Université de Bejaia

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie

Département de Microbiologie

Chapitre 4
Les fermentations industrielles
Niveau: Licence L3 Microbiologie
Dr. DJINNI I.
2023-2024
 Chapitre 4 Les fermentations industrielles

Définition

• Les fermentations industrielles désignent les processus biotechnologiques utilisés à grande

échelle pour produire une large gamme de produits.
• Ces processus impliquent l'utilisation de microorganismes, tels que des bactéries, des levures
ou des champignons, pour catalyser des réactions biochimiques qui conduisent à la production
de substances d'intérêt commercial.
• Les fermentations industrielles sont utilisées dans divers secteurs

Produits
Pharmacie
Agroalimentaire chimiques

Biocarburants
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1. Les fermenteurs

• Les fermenteurs, appelés également bioréacteurs, sont des équipements utilisés dans les
processus de fermentation industrielle pour cultiver et maintenir les microorganismes dans des
conditions optimales de croissance et de production de produits.

• Ces équipements sont conçus pour fournir un environnement contrôlé, où des paramètres tels que
la température, le pH, l'agitation et l'aération peuvent être ajustés selon les besoins du processus
de fermentation spécifique.
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Schéma d’un bioréacteur

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Les bioréacteurs sont classés en fonction de leur volume maximal:

• les bioréacteurs de laboratoire stérilisables à l’autoclave jusqu’à 18 L ;
• les bioréacteurs de laboratoire stérilisables in situ jusqu’à 30 L ;
• les bioréacteurs pilotes jusqu’à 300 L ;
• les bioréacteurs industriels jusqu’à 500 000 L (500 m3)
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2. Structure et fonctionnement d’un fermenteur industriel

• Les fermenteurs industriels sont des équipements complexes conçus pour cultiver des microorganismes
dans des conditions optimales de croissance afin de produire des substances d'intérêt commercial.

Cuve de fermentation
C'est le cœur du fermenteur, où se déroule la
croissance des microorganismes. La cuve est
généralement fabriquée en acier inoxydable pour
assurer une stérilité adéquate et une résistance à la
corrosion. Elle est conçue pour maintenir des conditions
de culture spécifiques telles que la température, le pH,
l'agitation et l'aération.

Systèmes de contrôle et de surveillance

Les fermenteurs sont équipés de systèmes de contrôle
avancés pour surveiller et réguler les paramètres de
fermentation en temps réel. Cela comprend des
capteurs de température, de pH, de concentration en
nutriments, ainsi que des systèmes d'agitation et
d'aération automatisés.
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Agitateurs
Les fermenteurs sont équipés d'agitateurs pour assurer un mélange homogène du milieu de culture et
des microorganismes. Ces agitateurs peuvent prendre la forme de pales, d'agitateurs magnétiques ou
d'injecteurs de gaz pour garantir une distribution uniforme des nutriments et de l'oxygène.
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Systèmes d'aération
L'aération est cruciale pour fournir de l'oxygène aux microorganismes en croissance. Les fermenteurs
sont équipés de systèmes d'aération qui peuvent inclure des bulleurs, des spargers ou des agitateurs à
jet pour maximiser l'efficacité de transfert d'oxygène

Fermenteur Fermenteur à
à jet d’air bulleurs
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Systèmes de stérilisation
Avant chaque utilisation, les fermenteurs doivent être stérilisés pour éliminer toute contamination
microbiologique. Cela peut être réalisé à l'aide de vapeur d'eau sous pression, de rayonnements ultraviolets
ou de produits chimiques désinfectants.
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3. Les modes de fermentation
3.1. Le mode discontinu (ou batch)
• Dans ce type de fermenteur, le système est fermé et garde un volume constant.
• La cuve est remplie par le milieu de culture stérile, puis il sera inoculé par la souche industrielle.
• La fermentation se déroule sous agitation, et durant tout le temps de la fermentation, le volume de la
culture reste constant sans introduction supplémentaire de milieu de culture.
• Les réactifs de neutralisation, ou encore un produit antimousse, peuvent être ajoutés.
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• La concentration en biomasse augmente selon la courbe de croissance microbienne.

• Au même temps, le substrat est consommé par le microorganisme et la concentration de produits (P)
recherchés augmente.
• À la fin de culture on vide le fermenteur et on extrait le produit désiré
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S: Substrat
X: Biomasse
P: Produit

Évolution de taux de croissance des cellules (X), par rapport aux taux de conversion de substrat (S),
la production de métabolites (P), au cours d’une fermentation industrielle
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Les avantages en mode discontinu (Batch) de la fermentation
• Configuration est facile à mettre en place et à exécuter.
• Large applicabilité dans les laboratoires et les industries
• Le produit
. désiré peut-être recueilli à tout moment.
• Le risque de contamination est faible.
• La conversion complète d'un substrat en un produit est possible

Les inconvénients de la fermentation en mode discontinu (Batch)

• Le temps de latence est très long.
• La durée de la phase exponentielle est très courte, donc la biomasse et le produit final sont
produits en quantités faibles : rendement limité.
• La récupération du produit est difficile. En effet, le bouillon de fermentation contient des
nutriments, des produits, des réactifs, des débris cellulaires et des toxines.
• Cela implique un temps d'arrêt élevé entre deux lots consécutifs.
• Nécessite un coût de main-d'œuvre élevé et entraîne une variabilité entre les lots.

Applications
• La technique permet aux microbiologistes d'observer l'activité métabolique des bactéries.
• Aide à étudier la physiologie cellulaire des microorganismes.
• Elle est efficace pour la production de métabolites secondaires tels que les antibiotiques.
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3.2. Fed Batch (fermenteur discontinue et alimenté)

• Dans ce type de fermentation, pour réduire la durée de la phase de latence tout en prolongeant la phase
exponentielle de croissance, la culture démarre avec l'utilisation d'un petit volume de milieu de culture
appelé "pied de cuve", qui est ensemencé avec un inoculum microbien.
• Une fois que le microorganisme atteint la phase exponentielle de croissance, le milieu de culture stérile est
introduit dans la cuve.
• Le débit d'alimentation est ajusté pour maintenir une concentration constante en substrat dans la cuve,
tout en évitant d'exercer un effet inhibiteur sur la production de biomasse.
• La fermentation est interrompue dès que la cuve est remplie avec le milieu de culture.
• Ce type de fermenteur présente un risque de contamination plus élevé.
• Aucun milieu de culture n'est retiré jusqu'à la fin du processus.
• Le volume à l'intérieur de la cuve de culture augmente en raison de l'ajout périodique de substrats ou de
nutriments.
• Il permet d'obtenir une densité cellulaire élevée et de produire davantage de métabolites pour augmenter
la productivité globale.
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Applications du Fed-batch

• La production d'antibiotiques tels que la pénicilline, qui nécessite une alimentation contrôlée en
nutriments.
• Une sous-alimentation ou une suralimentation des substrats peut entraîner respectivement une carence
en nutriments et une dilution du produit.
• Ainsi, le fed-batch permet un flux contrôlé de nutriments pour atteindre une production maximale des
produits désirés ou pour obtenir une densité cellulaire élevée.
• Il est également utilisé dans la production de levure de boulangerie

Les avantages du mode de fermentation en fed-batch

• Il permet un flux d'alimentation contrôlé pendant la fermentation.

• Le fed-batch aide à surmonter des conditions telles que la répression catabolique et l'inhibition du
substrat.
• Il a un coût d'exploitation plus faible que la fermentation en batch.
• Il réduit la viscosité du bouillon.
• La culture en fed-batch maintient les cellules microbiennes dans leur phase de croissance exponentielle
ou la phase productive de la culture, ce qui libère la plupart des métabolites primaires.
• Elle produit des densités cellulaires élevées.
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• Les inconvénientas du mode de fermentation en fed-batch

• La culture en fed-batch est un processus complexe à mener.

• Elle nécessite des compétences techniques pour son fonctionnement et sa maintenance.
• La fermentation en fed-batch nécessite un équipement sophistiqué pour contrôler le flux d'alimentation.
• Il est également nécessaire d'étudier la physiologie des cellules microbiennes par rapport à la
productivité.
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3.3. Fermentation continue

• Dans ce type de fermentation, la phase exponentielle de croissance microbienne est maintenue en

permanence, grâce à une addition régulière de milieu de culture neuf par un débit constant, ce qui
permet un réapprovisionnement en nutriments et le maintien de pH; et en même temps une quantité
équivalente de milieu de culture additionné doit être soutirée, ce qui permet d’éviter l’accumulation des
déchets
• Dans la culture continue, le taux de croissance des cellules microbiennes est maintenu dans la phase
exponentielle, c'est-à-dire que les cellules ne peuvent pas atteindre la phase stationnaire de croissance.

Il est nécessaire d'avoir certains équipements supplémentaires pour maintenir la phase stable des
cellules microbiennes afin de réaliser la méthode de culture continue.
Le chemostat et le turbidostat sont les deux types d'équipements uniques les plus couramment
utilisés en culture continue.
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Fonctionnement d'un bioréacteur en mode continu

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Chemostat

• Il s'agit d'un mode utilisé pour la culture continue de bactéries où la densité cellulaire est maintenue
constante en maintenant le taux de dilution et le débit du milieu nutritif constants.
• Le chemostat a été introduit dans les années 1950 par trois scientifiques, Monod, Novick et Szilard.
• Le milieu nutritif stérile est ajouté dans le réservoir avec les cellules microbiennes.
• Le taux de dilution contrôle la concentration du milieu nutritif.
• Dans un chemostat, le substrat est continuellement ajouté dans le réservoir, et les produits dérivés
sont continuellement élués du réservoir.
• Les cellules bactériennes vont croître à un taux constant, c'est-à-dire la phase exponentielle, car il n'y
aura pas d'épuisement des nutriments en raison de l'apport continu de nutriments dans le réservoir.
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Turbidostat

Il est également appelé "Biostat". Un turbidostat est un dispositif qui maintient une densité cellulaire
constante en contrôlant le débit du milieu frais. Le turbidostat est un appareil introduit par les deux
scientifiques Bryson et Szybalski en 1952. C'est un dispositif dont le fonctionnement dépend de deux
composants :

• Dispositif photoélectrique
• et dispositif de détection optique

• Un turbidostat est un dispositif qui comprend un réservoir stérile, un vaisseau de culture, une cellule
photoélectrique et une source lumineuse.
• Dans le turbidostat, le milieu nutritif frais est régulé automatiquement, ce qui maintient la turbidité
prédéterminée.
• Le milieu nutritif frais est ajouté au vaisseau de culture par l'intermédiaire d'une vanne, qui contrôle le
débit du milieu.
• Le milieu nutritif frais est ajouté une fois que la densité optique augmente. La densité cellulaire est
maintenue constante dans le vaisseau de culture grâce à un dispositif photoélectrique.
• Le dispositif photoélectrique mesure la turbidité du milieu en absorbant la source lumineuse. La
turbidité est surveillée tout au long du processus.
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Avantages du mode continu

• Le processus est rentable

• Étant donné qu'il y a un traitement continu, cela réduit le nombre d'étapes telles que le nettoyage, la
stérilisation, la préparation des cultures de départ, etc.
• En culture continue, la population cellulaire peut être maintenue dans la phase exponentielle à une
concentration cellulaire constante pendant longtemps.
• En réduisant le nombre d'étapes, cela permet également de gagner du temps et de l'énergie.
• Comme le produit est continuellement évacué, la toxicité des métabolites secondaires n'affecte pas le
milieu de culture. Par conséquent, la culture continue évite l'accumulation de substances toxiques.

Inconvénients du mode continu

• Il existe un risque élevé de contamination, car le processus se poursuit sans nettoyage ni stérilisation
appropriés.
• Pour mener à bien le processus de culture continue, des compétences techniques élevées sont
nécessaires pour maintenir l'état stable des cellules bactériennes.
• Pour effectuer une culture continue, des équipements supplémentaires et spécifiques sont nécessaires.
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4. Processus de mise à l’échelle (ou extrapolation) : scale up

• Le processus de mise à l'échelle, également appelé extrapolation ou "scale up", fait référence à la
transition d'un processus ou d'une méthode développé(e) à petite échelle vers une mise en œuvre à
grande échelle.
• Cela implique généralement l'adaptation des conditions et des paramètres utilisés dans le processus
initial pour s'adapter à des volumes de production plus importants tout en maintenant des
performances et des résultats optimaux.
• La mise à l'échelle est une étape cruciale dans le développement de produits et de processus
industriels, permettant de garantir la faisabilité, l'efficacité et la rentabilité de la production à grande
échelle.
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4. Cinétique de croissance en Batch

4.1. Les paramètres intégraux
a. Biomasse X

Xf: paramètre à la fin de la fermentation

X0: inoculum: petite quantité pour démarrer
En industrie, le nombre totale de cellules X= X vivantes +X mortes

b. Substrat S (g/L)
A t0: S0
tf: Sr substrat résiduel (non consomé)

c. Produit (g/L)
A t0 : P0  tend vers 0
tf: Pf
4.2. Paramètres dérivés
Ce sont les vitesses
a. Vitesse de croissance (rate): rx= dX/dt= X2-X1/t2-t1 (g/L)/h
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b. Vitesse de consommation du substrat S: rs= -dS/dt= -(S2-S1)/t2-t1 (g/L)/h

c. Vitesse de production du produit P: rp= dP/dt= P2-P1/t2-t1 (g/L)/h

3. Paramètres à vitesses spécifiques

a. Vitesse spécifique de croissance : μ= rx/X= dX/dt. 1/X (h-1)

b. Vitesse spécifique de consommation du substrat S: qs= rs/X =-dS/dt. 1/X (h-1)

c. Vitesse spécifique de production du produit P: μp = rp/X= dP/dt. 1/X (h-1)

• Toutes les caractéristiques (vitesse globale, vitesse spécifique) se calculent en phase exponentielle
• L’industriel s’interesse à la Vitesse spécifique de croissance et à la Vitesse spécifique de production
du produit P
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4. Les rendements

a. Les rendements globaux b. Les rendements instantanés

• Biomasse Rx=rx/rS= dx/dt/-ds/dt= dx/-ds= x2-x1/-(s2-s1)
RX/S= Xf-X0/S0-Sr
• Produit
RP/S= Pp-P0/S0-Sr

5. Paramètres cinétiques globaux: productivité (γ)

a. Productivité en biomasse (g/L/h)

Px= ∆X/ ∆t=rx
b. Productivité en produit (g/L/h)
Pp= ∆P/ ∆t=rp
c. Productivité en consommation du substrat
-∆S/ ∆t=rs
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Les protéines d’organismes unicellulaires (POU)

1. Définition

• On appelle "Protéines d'Origine Unicellulaire" (P.O.U), ou en anglais Single Cell Proteins (SCP), toute
biomasse microbienne riche en protéines destinée à l'alimentation humaine ou animale.
• Les P.O.U ne sont pas des protéines pures, mais contiennent également des glucides, des lipides, des
acides nucléiques, des sels minéraux et des vitamines.

2. La raison du besoin mondial des protéines d’origine unicellulaire

Les sources de protéines sont essentiellement couverts par les protéines animales, représenté
principalement par la viande de différents types, cependant, à cause de son prix élevé, le régime
alimentaire de beaucoup de pays accuse un grave déficit en protéines animales, et la recherche de
nouvelles ressources protéiques est l’une des préoccupations de ces pays.

Donc la motivation de l’utilisation de P.O.U dans l’alimentation humaine, à principalement comme

objectif de surmonter la sous-alimentation dans ces pays, et permet donc de satisfaire leurs besoins
en protéines. Dans les pays où il n’y a pas de graves problèmes de sous-alimentation, l‘utilisation des
P.O.U en alimentation humaine est très limitée, et elle est plutôt destinée à l’alimentation animale
(Ravindra et al, 2000).
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3. Les microorganismes utilisés pour la production des P.O.U

Les levures généralement utilisées comme P.O.U, sont La moisissure, Fusarium venenatum, est utilisée
principalement : pour la production de Quorn, qui est une marque
- Saccharomyces cerevisiae: utilisé surtout comme de substitut de viande à base de mycoprotéine,
additif alimentaire. possédant un gout qui ressemble à la viande de
- Candida utilis : après inactivation par chauffage, poulet.
elle est utilisée en tant qu'aliment nutritif,
puisqu’elle est riche en protéines et en acides aminés
libres, et possède une saveur légère de viande.

Les cyanobactéries peuvent être utilisées comme des

compléments alimentaires, c’est le cas par exemple de
la spiruline, produit principalement à partir des
espèces, Arthrospira platensis ou Arthrospira maxima.
La spiruline est riche en protéines (60% de protéines)
et de vitamines, ainsi que des sels minéraux et des
oligoéléments.
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4. Critère de choix de microorganisme pour la production de P.O.U.

Avant d’être utiliser comme source de P.O.U, le microorganisme doit remplir certains critères, il
doit être:
• Non pathogène
• Possédant un taux de protéines élevé
• Taux de croissance élevé
• Facilité pour la récolte
• Bonne résistance aux variations dans les conditions de production

5. Production industrielle des P.O.U.

1. Les conditions de culture.

• Le rapport idéal pour les différentes sources de carbone, d’azote et de phosphore, entrant dans la
composition de milieu de culture pour la production des P.O.U, doit être égal à 100 / 5 / 1.
• La température d’incubation est généralement comprise entre 30 et 35 °C, selon le microorganisme, alors
que le pH doit être maintenu entre 4.0 et 5,5.
• Un paramètre critique est la concentration en oxygène dissout. Pour des fermentations aérobies, le
milieu devrait être saturé à 40 % en oxygène.
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2. Fermentation et purification des P.O.U.

• Après avoir stérilisé le milieu de culture, la production de biomasse est réalisée dans un fermenteur.
• Les POU sont récupérés, ensuite, par centrifugations multiples, puis sont emmagasiné dans des barils,
ou bien sont séchés afin d'obtenir une poudre exempte de toute cellule vivante.
6. Avantages et inconvénient des POU

L’utilisation des microorganismes comme source de protéines d'origine unicellulaire possède certains
avantages par rapport aux sources de protéines d’origine animale ou végétale (Nasseri et al, 2011) :
• Taux de croissance rapide, par rapport aux animaux d’élevage
• Teneur élevée en protéines (30–80% du poids sec);
• La possibilité d'utiliser une large gamme de substrats bon marché (peu coûteux), y compris les
déchets organiques, pour leur croissance
• Demande peu d’espace et peu d’eau, par rapport à l’élevage.
• La production des P.O.U est indépendante des variations climatiques.
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Inconvénients pouvant accompagner l’utilisation des P.O.U, comme source de protéines

• Ils peuvent produire des toxines ou autres métabolites nuisibles.

• Le contenu en acides nucléiques des POU limite leur utilisation en alimentation humaine. En effet,
une grande consommation d'acides nucléiques, élève la concentration en acide urique dans le plasma
sanguin. Il y a alors un risque de précipitation d'urée dans les tissus et les articulations, ce qui
aboutit à des symptômes analogues à la maladie de la goutte.