Amélioration génétique de la tomate
Amélioration génétique de la tomate
Amélioration génétique
Gazzotti Félix
Cours de génétique appliquée - L.-A. Minsart
Table des matières
1. Introduction....................................................................................................................................2
2. Présentation de la tomate..............................................................................................................2
2.1. Origines et histoire de la tomate............................................................................................2
2.2. Botanique et taxonomie.........................................................................................................2
Classification scientifique de la tomate..........................................................................................2
2.3. Morphologie.......................................................................................................................3
2.4. Cycle de vie et croissance...................................................................................................3
2.5. Culture et conditions de croissance........................................................................................4
2.6. Maladies et ravageurs.............................................................................................................4
3. Production et utilisation.................................................................................................................4
3.1. Production :............................................................................................................................4
3.2. Utilisation :.............................................................................................................................7
4. Ressources phytogénétiques..........................................................................................................8
5. Amélioration génétique..................................................................................................................8
5.1. Caractères génétiques visés....................................................................................................8
5.2. Méthodes utilisées.................................................................................................................9
5.2.1. Sélection classique..........................................................................................................9
5.2.2. L’hybridation...................................................................................................................9
5.2.3. La sélection par rétrocroisement..................................................................................10
5.2.4. La sélection assistée par marqueurs moléculaires........................................................11
5.2.5. Tomates génétiquement modifiées..............................................................................11
5.2.6. Le multiplex editing.......................................................................................................12
5.3. Types de variétés commercialisées.......................................................................................12
5.4. Perspectives d'amélioration..................................................................................................12
6. Bibliographie.................................................................................................................................13
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1. Introduction
Dans le cadre du cours de génétique appliquée, il été demander d’effectuer un travail sur une plante
et ses améliorations génétiques. Le choix de ce travail s’est porté sur la tomate, car elle est largement
consommée et utilisée à travers le monde.
Le travail est structuré en plusieurs parties. D'abord, il présente simplement ce qu'est la tomate ainsi
que son origine. Ensuite, il aborde les cultures de tomates, tant au niveau mondial que national, ainsi
que les multiples façons dont elle est utilisée. Le troisième point explore les différentes ressources
phytogénétiques de la plante de la tomate. Enfin, le travail se termine par un chapitre dédié à la
manière dont la génétique est utilisée pour améliorer les tomates.
2. Présentation de la tomate
2.1. Origines et histoire de la tomate
L'origine de la tomate (Solanum lycopersicum) remonte à l'Amérique du Sud, où elle était déjà
cultivée par les populations autochtones bien avant l'arrivée des Européens. Les premières traces
archéologiques suggèrent que les civilisations anciennes telles que les Aztèques et les Incas en
cultivaient des variétés sauvages, qui différaient considérablement des tomates modernes en termes
de taille, de forme et de couleur. Les tomates étaient consommées et cultivées pour leur valeur
nutritionnelle, leur goût et leurs propriétés médicinales. Les Européens ont découvert la tomate
lorsqu'ils sont arrivés en Amérique et ont introduit le fruit en Europe au 16ème siècle. Cependant,
son acceptation initiale était mitigée en raison de soupçons quant à sa toxicité, en raison de sa
parenté avec d'autres plantes de la famille des Solanacées qui contiennent des substances toxiques.
Au fil du temps, grâce à des sélections et à des croisements, les tomates ont été transformées en une
variété de formes, de couleurs et de saveurs, devenant finalement l'un des aliments les plus
populaires et polyvalents au monde.
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La tomate (Solanum lycopersicum) appartient à la famille des Solanacées (qui contient de
nombreuses productrices, comme l’aubergine et les poivrons). Au sein de cette famille, elle est
classée dans le genre Solanum, qui englobe un vaste groupe de plantes incluant de nombreuses
espèces de plantes utiles et ornementales. On y retrouve par exemple la pomme de terre. L'espèce
spécifique est Solanum lycopersicum.
2.3. Morphologie
Racines : Les racines de la tomate sont pivotantes, profondément ancrées dans le sol pour assurer
une stabilité et un accès aux nutriments. Les racines latérales s'étendent largement pour capter l'eau
et les éléments nutritifs nécessaires à la croissance.
Tiges : Les tiges de la tomate sont généralement rampantes, mais elles peuvent être soutenues pour
pousser verticalement lorsqu'elles sont cultivées en jardinage vertical ou en serre. Les tiges sont
herbacées, vertes, et elles portent des feuilles et des fleurs. Les plants de tomates peuvent devenir
assez hauts en fonction de la variété et des conditions de croissance.
Feuilles : Les feuilles de la tomate sont alternes et disposées le long des tiges. Elles sont vertes,
légèrement velues et présentent des bords légèrement dentés. Les feuilles ont des pétioles qui les
relient aux tiges. Elles sont essentielles pour la photosynthèse, processus par lequel la plante produit
des glucides et de l'énergie à partir de la lumière du soleil.
Fleurs : Les fleurs de la tomate sont des fleurs hermaphrodites, ce qui signifie qu'elles portent à la fois
des organes mâles (étamines) et des organes femelles (pistil). Elles sont regroupées en inflorescences
appelées cymes. Chaque fleur a cinq pétales en forme d'étoile, de couleur jaune à jaune pâle. La
pollinisation est généralement assurée par les insectes, notamment les abeilles.
Fruits : Les fruits de la tomate sont des baies charnues. Ils varient en taille, forme et couleur en
fonction de la variété. Les tomates peuvent être sphériques, ovales, en forme de cœur ou encore
allongées. Leur couleur peut aller du rouge vif au jaune, en passant par le vert, le rose et le pourpre.
À l'intérieur des fruits se trouvent des compartiments remplis de pulpe juteuse et de graines.
Graines : Les graines de tomate sont contenues dans la pulpe des fruits. Chaque compartiment du
fruit contient de nombreuses petites graines plates et ovales. Les graines sont essentielles pour la
reproduction de la plante et peuvent être utilisées pour la propagation et la culture ultérieure.
Phase de germination : Lorsque la température du sol est optimale (20 à 25°C), la graine de tomate
va prendre entre 6 à 8 jours pour germer ? La tigelle et deux feuilles cotylédonaires simples et
opposées vont dès lors voir le jour. Sous la surface du sol, le développement d’une radicule entourée
par un manchon de poils absorbants va avoir lieu.
Phase de croissance : Il s’agit d’une phase où la plante va développer d’avantage son système
racinaire que foliaire. La radicule va s’allonger pour prendre l’apparence d’un filament blanchâtre où
vont apparaître des racines secondaires. L’apparition des 2 premières feuilles en tant que tel se fait à
partir du 11ème jour et dans le premier, le plant comprend 3 à 4 paires de feuilles.
Phase de floraison : Lors de cette phase, la partie aérienne du plant va d’avantage se développer.
Après environ deux mois et demi après la plantation d’une graine de tomate, la toute première
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inflorescence va apparaître. Les prochaines inflorescences vont se développer au-dessus de la
première.
Les principales sont le mildiou, le blanc et la maladie des taches des feuilles. On observe un peu plus
rarement la moisissure, la septoriose, l’alternariose et le sclérotinia.
Les insectes ravageurs qui attaquent les tomates sont les pucerons, les punaises, les acariens, les
limaces, les vers gris, les noctuelles de la tomate, les sphinx de la tomate, les vers de l’épi du maïs, les
thrips, les doryphores et les altises.
3. Production et utilisation
3.1. Production :
La production mondiale de tomates est considérable, avec une grande variété de pays participant à la
culture de ce légume. Les principaux producteurs mondiaux de tomates incluent la Chine, l'Inde, les
États-Unis, l’Egypte et la Turquie.16 pays rassemblent 80% de la production mondiale. Considérée
globalement, l'Union européenne se placerait au deuxième rang avec 12,5 % de la production
mondiale (15,8 millions de tonnes), dont l'Italie assure près de 40 %. Ces pays bénéficient de
conditions climatiques favorables et de vastes terres agricoles pour cultiver des quantités
significatives de tomates. La production varie d'une année à l'autre en fonction de facteurs tels que
les conditions météorologiques, les prix des produits agricoles et la demande du marché.
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La production de tomates depuis 1994 ne cesse d’augmenter. Si ce n’est de légères diminutions dans
la production ici et là (peut-être à la suite de causes économiques ou climatiques), il n’y a pas eu de
majeures altérations dans la croissance de cette courbe. Elle ne semble pas tendre vers une baisse
dans les années à venir. On peut d’onc s’attendre à voir la production continuer à augmenter, bien
qu’un plateau risque tout de même d’être atteint, comme on le voit dans de nombreuses autres
cultures. Cela dépend aussi des surfaces dédiées à cette culture.
En ce qui concerne la production chinoise, elle est presque similaire à la production mondiale (sa
croissance est même supérieure). Comme c’est le pays qui produit le plus de tomates, il est normal
qu’il ait une influence majeure sur la production mondiale. Elle représente en effet un peu plus du
quart de la production mondiale, ce qui correspond à plus de 70 millions de tonnes en 2021. La
grande majorité de la production chinoise (85%) est intérieure.
Bien que cette production semble démesurée face aux autres pays, il faut noter que le rendement à
l’hectare de la Chine est bien inférérieur à ceux-ci. En effet, ce rendement n’est que de 23,1 tonnes
par hectares, alors que les Etats-Unis, le Chili et l’Espagne sont au-delà des 65 (chiffres de 2007). La
production
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En Europe on observe clairement une augmentation de la production de tomates, couplée à une
diminution de la surface cultivée. Cela induit donc une grande augmentation du rendement au fil des
années. L’amélioration génétique des tomates est très certainement une raison de ce rendement en
augmentation.
Au niveau de la production belge, on observe une production assez stable jusqu’en 2012, qui ne
dépasse pas les 250 milles tonnes produites. Il y a ensuite une augmentation assez linéaire jusqu’en
2019, où l’on observe alors une soudaine augmentation qui dépasse les 300 milles tonnes de
tomates.
3.2. Utilisation :
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On retrouve la tomate sous deux formes principales : fraîche et transformée
L’utilisation de la tomate varie souvent en fonction des pays et de leur culture culinaire. Nous avons
vu que la Chine conservait une majorité de sa production pour la consommation à l’intérieur du pays,
majoritairement sous forme de produit frais. Selon les données de la Food and Agriculture
Organization (FAO) pour l'année 2017, la répartition de la consommation de tomates entre les
produits frais et transformés varie d'un pays à l'autre. Globalement, on estime que près de 60 % à 70
% de la production totale de tomates est utilisée pour la transformation, tandis que le reste est
consommé frais.
Le marché mondial de la tomate en tant que produit transformé occupe une place significative dans
l'industrie alimentaire. Les tomates transformées, sous forme de sauces, de conserves, de purées et
de produits dérivés, sont utilisées comme ingrédients essentiels dans une multitude de plats et de
préparations culinaires. En outre, les produits dérivés tels que les jus de tomates, les coulis et les
concentrés sont utilisés dans la préparation de boissons et de plats culinaires divers. Le marché des
produits transformés à base de tomates est soutenu par l'industrie alimentaire, qui s'appuie sur la
polyvalence et la richesse en nutriments de ce fruit pour créer une gamme diversifiée de produits qui
répondent aux besoins des consommateurs modernes.
La consommation de tomates varie considérablement d'un pays à l'autre en fonction des habitudes
alimentaires, des préférences culinaires et de la disponibilité des produits. Parmi les pays qui en
consomment le plus, on retrouve souvent des nations où les tomates jouent un rôle central dans la
cuisine traditionnelle. Par exemple, l'Italie est réputée pour sa consommation élevée de tomates, en
particulier sous forme de sauces et de préparations à base de tomates. Selon les données de la Food
and Agriculture Organization (FAO) pour l'année 2017, les principaux consommateurs mondiaux de
tomates sont la Chine, l'Inde et les États-Unis, avec des consommations respectives de 61,8 millions,
31,5 millions et 22,9 millions de tonnes. Les pays de la Méditerranée, tels que l'Espagne et la Grèce,
ainsi que le Mexique et le Brésil, figurent également parmi les consommateurs importants de
tomates en raison de leur utilisation fréquente dans les plats régionaux. Ces statistiques reflètent
l'omniprésence des tomates dans diverses cuisines internationales et soulignent leur rôle central dans
l'alimentation quotidienne de millions de personnes à travers le monde.
4. Ressources phytogénétiques
Une grande collection est conservée, grâce à Charles Rick, de l'Université de Davis en Californie, au
Tomato Genetics Resource Center (TGRC) et comprend plus de 3 000 variétés, notamment des
espèces sauvages, des mutants monogéniques et diverses autres ressources. Chaque année, le
Tomato Genetics Cooperative Report dresse un inventaire de cette collection et des recherches
récentes en génétique de la tomate. D'autres collections à travers le monde, comme celle du
ministère de l'Agriculture des États-Unis (USDA), de l'Asian Vegetable Research and Development
Center (AVRDC) à Taïwan, et de l'institut Vavilov en Russie, contribuent également à la préservation
de diverses variétés traditionnelles et sauvages. En Europe, plusieurs collections publiques sont
entretenues, et en France, l'INRA gère une collection d'environ 1 000 génotypes de tomates. L'INRA,
le GEVES et huit sociétés de sélection collaborent pour multiplier et étudier chaque année environ
100 génotypes de cette collection. Chaque partenaire multiplie dix génotypes, tandis que l'INRA
stocke les graines, les distribue, décrit les plantes et gère le catalogue. (Causse, et al., 2000)
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5. Amélioration génétique
L'amélioration génétique de la tomate vise un large éventail de caractères afin d'obtenir des variétés
plus performantes sur les plans agronomique, économique et nutritionnel. Voici quelques-uns des
caractères clés visés par l'amélioration génétique de la tomate :
Rendement : L'augmentation du rendement en termes de production de fruits par plante est l'un des
objectifs majeurs. Les variétés améliorées sont recherchées pour leur capacité à produire davantage
de fruits de haute qualité par unité de surface cultivée.
Résistance aux Maladies : L'amélioration génétique vise à développer des variétés résistantes à
diverses maladies qui affectent la tomate, telles que le mildiou, la pourriture des fruits et la mosaïque
du tabac. Cela réduit la dépendance aux pesticides et contribue à une production plus durable.
Qualité du Fruit : L'amélioration de la qualité du fruit est cruciale pour répondre aux préférences des
consommateurs. Cela comprend des caractéristiques telles que la texture, la saveur, la teneur en
sucre, l'acidité et la durée de conservation.
Taille, Forme et Couleur: Les variétés sont développées pour présenter des tailles et des formes
spécifiques, adaptées aux différentes utilisations, des tomates cerises aux tomates de taille standard.
Résistance aux Conditions Environnementales : Les variétés peuvent être sélectionnées pour leur
capacité à résister aux stress environnementaux tels que la sécheresse, les températures extrêmes et
les sols pauvres en éléments nutritifs.
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5.2.1. Sélection classique
La sélection classique est une méthode traditionnelle d'amélioration des plantes qui consiste à
croiser des plantes parentales ayant des caractéristiques souhaitées pour obtenir une progéniture qui
combine ces caractéristiques. Les tomates avec les caractéristiques désirées sont sélectionnées et
cultivées pour créer de nouvelles variétés.
5.2.2. L’hybridation
L’hybridation permet notamment de « fabriquer » des variétés résistantes aux maladies et parasites
en croisant deux variétés. La moitié des agents pathogènes qui s’en prennent aux différentes cultures
de tomates sont des parasites d’origine tellurique (champignons, bactéries, nématodes, etc.). La
plupart des gènes résistants utilisés proviennent des espèces sauvages et la plupart des résistances
sont monogéniques dominantes.
Le résultat des sélections donne lieu à des hybrides F1 qui portent des gènes dominants permettant
ainsi de contrôler jusque neuf pathogènes : TMV, TSWV, Cladosporium fùlvum, Verticillium daliae,
Stemphylium spp., Fusarium o. f sp. Lyco- persici et Fusarium o. f sp. radicis-Lycoper- sici,
Pseudomonas tomato et nématodes à galles. Il est cependant nécessaire d’associer plusieurs gènes
afin de ne pas voir apparaître des résistances de la part des pathogènes. (Causse, et al., 2000)
L’hybridation se réalise de la manière suivante : Sélection de deux variétés - pollinisation croisée qui
consiste à déposer le pollen d’un individu appartenant à une variété sur le pistil d’un individu de
variété différente. Les croisements se réalisent en retirant les étamines de la plante utilisée comme
plantes femelles et en apportant le pollen de la mâle - récolte des graines.
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5.2.3. La sélection par rétrocroisement
La sélection par rétrocroisement consiste à croiser deux variétés de plantes. L'une de ces variétés
(appelée "N") a des caractéristiques intéressantes, comme la forme et la couleur. L'autre variété
(appelée "M") est moins intéressante en général, mais elle possède un gène très utile appelé gène Z.
Au début, ces deux variétés sont croisées pour créer un mélange appelé hybride F1. Cet hybride
combine les caractéristiques de la variété "N" avec le gène Z de la variété "M". Cependant, l'hybride
F1 a la moitié de son ADN provenant de la variété "M", ce qui peut diminuer ses qualités.
Pour résoudre cela, on réalise une série de croisements rétrocroisés. Cela signifie qu'on croise
l'hybride F1 avec la variété "N" à plusieurs reprises, créant ainsi des hybrides comme F2, F3, etc. Au
fur et à mesure de ces croisements, les hybrides résultants auront de moins en moins d'ADN de la
variété "N".
Après plusieurs étapes de rétrocroisement, seuls les hybrides qui conservent le gène Z sont
conservés. Les autres caractéristiques indésirables de la variété "M" sont progressivement éliminées.
Cela permet de développer de nouvelles variétés de tomates avec les caractéristiques souhaitées de
la variété "N" et le gène Z de la variété "M". ("De nouvelles variétés de tomates", 2016)
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Les marqueurs moléculaires sont comme des balises qui aident à repérer les parties spécifiques des
chromosomes qui contiennent les gènes que nous cherchons. Ils sont également utiles pour suivre
comment ces gènes sont ajoutés aux meilleures variétés de plantes. Pour la tomate, il existe plus de
1000 de ces balises réparties sur les 12 groupes de gènes.
L'idée astucieuse consiste à placer ces marqueurs moléculaires près des gènes que nous souhaitons
obtenir. Cela accélère le processus de sélection et nous permet de gagner beaucoup de générations.
Normalement, lorsque nous voulons ajouter un gène intéressant à une variété de plante, cela
nécessite de faire plusieurs croisements successifs, ce qui peut prendre plusieurs générations.
Cependant, en utilisant les marqueurs moléculaires, ce processus peut être accéléré. Au lieu de
croiser les plantes pendant plusieurs générations pour obtenir le résultat souhaité, nous pouvons
suivre plus facilement l'emplacement du gène grâce aux marqueurs et ainsi obtenir rapidement la
variété souhaitée. (Causse et al., 2000)
Une espèce génétiquement modifiée est une espèce dont l'ADN a été altéré par l'homme, ce qui ne
se produit pas naturellement. Cela implique souvent l'ajout d'un gène provenant d'une espèce à
l'ADN d'une autre espèce, ou la modification de la façon dont un gène particulier fonctionne
En Belgique, il n'y a pas de tomates génétiquement modifiées disponibles à la vente, car elles ne sont
pas autorisées.
Au Canada, certaines tomates génétiquement modifiées ont été créées, mais elles n'ont pas été
autorisées pour la commercialisation. Il y a les tomates transgéniques 1401F, H282F, 11013F et 7913F,
conçues pour réduire la dégradation de la pectine en supprimant une enzyme appelée
polygalacturonase. Il y a aussi les tomates transgéniques 1345-4, développées pour ralentir la
maturation en réduisant la production d'éthylène. De plus, il existe les tomates génétiquement
modifiées "FLAVR SAVRMD" (Lycopersicon esculentum), qui ont été créées pour limiter la
détérioration de la pectine en inhibant la polygalacturonase.
Il existe plusieurs pays qui autorisent la commercialisation de tomates OGM. Il y a par exemple les
Etats-Unis, la Chine, le Canada, et plusieurs autres pays sud-américains.
Le multiplex editing (ou édition multiplex) est une technique avancée d'édition du génome qui
permet de modifier plusieurs sites génétiques cibles dans une cellule ou un organisme en même
temps. Cette technique est rendue possible grâce aux avancées dans les technologies d'édition du
génome, telles que CRISPR-Cas9.
Le terme "multiplex" fait référence au fait que plusieurs modifications génétiques peuvent être
réalisées simultanément, ce qui permet d'apporter des changements spécifiques à plusieurs endroits
du génome en une seule manipulation. Cela offre une efficacité accrue et une plus grande flexibilité
dans la modification des caractéristiques génétiques d'un organisme.
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5.3. Types de variétés commercialisées
Les catalogues en Europe répertorient plus de 4 000 différentes sortes de tomates, et parmi celles-ci,
plus de 480 sont enregistrées dans le catalogue français. Ces catalogues incluent principalement des
variétés modernes, souvent des hybrides F1, ainsi que des variétés traditionnelles.
Tomates rondes ou classiques : Ces tomates ont une forme globale et sont généralement rouges à
maturité. Elles sont polyvalentes et peuvent être utilisées dans divers plats, des salades aux sauces.
Tomates cerises : Petites et rondes, les tomates cerises sont souvent utilisées dans les salades, les
apéritifs et les collations en raison de leur taille pratique et de leur saveur sucrée.
Tomates allongées ou roma : Ces tomates ont une forme oblongue et sont souvent utilisées pour
faire des sauces, des conserves et des séchages en raison de leur chair épaisse et de leur faible teneur
en eau.
Tomates cœur de bœuf : Ces tomates sont grandes et ont une forme semblable à un cœur. Elles sont
appréciées pour leur chair juteuse et leur saveur douce
Tomates grappes : Les tomates grappes sont attachées à une tige et sont généralement vendues en
grappes. Elles ont une saveur douce et sont populaires dans les salades.
Tomates jaunes ou orange : Contrairement aux variétés rouges, ces tomates présentent des teintes
jaunes ou orange. Elles ont une saveur sucrée et sont appréciées pour leur couleur vive.
Il existe de nombreuses autres variétés de tomates, toutes aussi différentes en forme et en couleurs,
avec des goûts divers et variés. Il existe bien entendu des variétés spécifiquement tolérantes au
mildiou, telles que : Gourmansun F1, BuffaloSun F1, et beaucoup d’autres. Elles sont en grande partie
des F1.
Il existe de nombreuses études en cours qui ont la tomate comme centre d’intérêt.
Les technologies d'édition du génome, comme CRISPR-Cas9, permettent des modifications plus
précises et ciblées du génome des tomates, ouvrant la voie à des améliorations spécifiques et
contrôlées. Il peut être possible de supprimer es éléments allergènes des tomates, ou changer la
couleur de celles-ci.
6. Bibliographie
FAO. (2019). FAO STAT. Récupéré sur FAO STAT: [Link]
Gammvert. (2018). Les 10 meilleures variétés de tomates à cultiver. Récupéré sur Gammvert:
[Link]
cultiver
Tianxia Y., ( 2013 ) Recoloring tomato fruit by CRISPR/Cas9-mediated multiplex gene editing,
Horticulture Research, Volume 10, Issue 1
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Naika et al. (2005). La culture des tomates. Wageningen: Fondation Agromisa et CTA.
Naika, S., van Lidt de Jeude, J., de Goffau, M., Martin Hilmi , M., & van Dam , B. (2005). La culture des
tomates. Wageningen: Fondation Agromisa et CTA.
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