LE COMPARTIMENT
CYTOSOLIQUE
PLAN
1. GÉNÉRALITÉS – DÉFINITIONS
2. ACTEURS
3. MÉTABOLISME ÉNERGÉTIQUE (GLYCOLYSE)
4. SYNTHÈSE DES PROTÉINES
5. DÉGRADATION DES PROTÉINES
6. CONCLUSION
1 Généralités - Définitions
• Notion de compartiment
Définition 1
Listes des compartiments: 5 4
1. Noyau (génome, ADN) (1) 2
2. Cytoplasme (cytosol + organites) (2)
• Cytosol (synthèse des
protéines + dégradation +
3
métabolisme intermédiaire)
(3)
• Mitochondries (4)
• Peroxysomes
• Reticulum endoplasmique (
ribosomes, synthèse des
lipides, stockage de Ca++) (5) 1 5
2
• Golgi
• Lysosomes/Endosomes
(intermédiaire entre extérieur et
lysosome)
• Vésicules
3 4
1 Généralités - Définitions
• Composition
– Isolement
– Gel visqueux
– Molécules « simples », ions, macromolécules
(cytosquelette, complexes ARN-protéines…)…
• Carrefour métabolique
– Anabolisme et catabolisme
– Début et/ou fin de réactions
– Protéines: synthèse, adressage, dégradation…
– Glucides: production ATP
D’après Mol Bio Of the Cell, 4eds
1 Généralités - Définitions
Compartiments et modes de
transport
• Rapports topologiques
• Toutes les lumières peuvent
communiquer entre elles et
avec l'extérieur (par
bourgeonnement fusion) = trafic
CYTOSOL LUMIERES
D’après Mol Bio Of the Cell, 4eds
2 Acteurs principaux
2.1 Molécules chaperons
• Acquisition et maintien structure secondaire, tertiaire et quaternaire
des protéines (= maturation des protéines)
– Ubiquitaires
– Nombreux rôles: Cytosol
• conformation/repliement des protéines
• Adressage
• Renaturation
• Dégradation…
Cytosol Noyau
• Protéines de choc thermique (Hsp)
– Ubiquitaires
Mitochondries
– Familles conservées
– Localisations variables
2 Acteurs principaux
2.1 Molécules chaperons
• Protéines de choc thermique (Hsp)
– Choc thermique réponses cellulaires
– Inductibles ou constitutives
– Localisations subcellulaires
– Activité ATPasique - co-chaperons – liaison non covalente (hydrophobe)
– Exemple: Hsp60
fixation repliement Sortie
D’après Mol Bio Of the Cell, 4eds
2 Acteurs principaux
2.1 Molécules chaperons
• Protéines de choc thermique (Hsp)
– Rôles: multiples
• Adressage (mitochondries, peroxysomes…)
• Déshabillage de vésicule
• Repliement et Re-repliement des protéines mal conformées = contrôle qualité
– Par traduction de mauvaise qualité
– Par agression (choc thermique, agression virale…)
évite agrégation cellulaire
Agression…
Mort cellulaire
Dégradation protéique
(Protéasome, autophagie…)
– En pathologie
• Cancer
• Mutations (maladies neurodégénératives…)
2 Acteurs principaux
2.2 Ubiquitine et protéasome
• Ubiquitine
– Petite mol (76AA)
– Ubiquitaire
– Fixation covalante (mono ou poly) – réversible
– SUMO
• Protéasome ou Système Ubiquitine Protéasome
(UPS)
– Système multi-protéique, multi-catalytique
– 2 anneaux a et 2 b (cœur = 20S) + 2 sous unités
régulatrices (19S)
20S 26S
Unité régulatrice
cœur
Unité régulatrice
Structure en cristallographie
Vue de dessus
Vue de 3/4
Pore fermé Pore ouvert
2 Acteurs principaux
2.3 Protéines G monomériques
Active
EFFET
Inactive
D’après Cours de Bio Cell – 4eds
2 Acteurs principaux
2.4 Calcium
– Concentration IC variable (sondes
fluorescentes)
– Stock dans compartiments dédiés et
grâce à protéines spécifiques
– Mouvements sous contrôle de
transporteurs
– Rôle dans la signalisation
notamment de contrôle de protéines
[Link]
[Link]
2 Acteurs principaux
2.4 Calcium
– Concentration IC
variable (sondes
fluorescentes)
– Stock dans
compartiments dédiés et
grâce à protéines Ca2+
spécifiques Protéine
liant le Ca2+
– Mouvements sous Ca2+
contrôle de transporteurs
– Rôle dans la
signalisation notamment
de contrôle de protéines
2 Acteurs principaux
2.4 Calcium
– Concentration IC
variable (sondes
fluorescentes)
– Stock dans
compartiments dédiés et
grâce à protéines
spécifiques
– Mouvements sous
contrôle de transporteurs
– Rôle dans la
signalisation notamment
de contrôle de protéines
D’après Cours de Bio Cell – 4eds
2 Acteurs principaux
2.4 Calcium
Activation de CamK II
Calmoduline
(CaM)
Ca2+
Protéine
cible
3 Métabolisme énergétique
• Métabolisme des glucides
– Carrefour = glucose 6 phosphate
– Glycose anaérobie
– Production de pyruvate/NADH
– Voies simultanées
• Métabolisme des lipides
– Inclusions lipidiques
– Cavéoline
– RE
4 Synthèse des protéines
• Traduction/maturation
• Adressage éventuel
• Modifications post-traductionnelles
Modifications post-traductionnelles
- Protéolyse: peptide-signal, fragmentation (cf.
Méthionine)
[Glycosylation (Serine – compartiment spécifique,
rarement cytosolique cf. FI)]
- Acylation: farnésyl (cf. Lamine) – protéine G…
- Hydroxylation: proline/lysine (cf. Collagène)
- Acétylation: Histidine (cf. Histones)
- Phosphorylation: serine, thréonine, tyrosine
- Cofacteur: hème (cf. Catalases)
4 Synthèse des protéines
Etapes élaboration d’une
protéine fonctionnelle
D’après Mol Bio Of the Cell, 4eds
5 Dégradation des protéines
• Nombreux mécanismes
• Autophagie (KDEL); Protéases; Voie UPS…
• Fonctions:
– Elimination protéines mal conformées/ turn-over de protéines
– Régulée et contrôlée
– Plusieurs déclencheurs:
• Ubiquitine
• Phosphorylation
• Dissociation d’une sous unité
• Coupure d’une liaison peptidique
• Types de protéases
– pH neutre:
• caspases et apoptose
• Activées par le Ca2+: calpaïne et cytosquelette
• Protéasome
– pH acides: hydrolases acides et lysosome
5 Dégradation des protéines
• Voie UPS
– Nombreuses protéases dans le cœur
– Mécanisme ATP dépendant
5 Dégradation des protéines
• Voie UPS
– Nombreuses protéases dans le cœur
– Mécanisme ATP dépendant
5 Dégradation des protéines
• Voie UPS
– Exemples
d’intervention Récepteur
(TNFa)
• NF-kB (réponse inflammatoire)
• p53 (arrêt du cycle cellulaire)
Kinase de Ik-B
• Réponse immune (IKK)
Noyau
5 Dégradation des protéines
Activation lymphocytes T
• Voie UPS
– Exemples
d’intervention
• NF-kB (réponse inflammatoire)
• p53 (arrêt du cycle cellulaire)
• Réponse immune
6 Conclusions
• Carrefour métabolique
• Modifications post-traductionnelles des protéines
(P/deP; Ub)
• Siège du protéasome +/- protéases
• Trois acteurs
– Molécules chaperons
– Calcium
– Protéines G
