Qu’est-ce qu’un BioRéacteur?

Technologie des
BioRéacteurs
K. Traina

1 2

Quelle est la fonction d’un Quel est le contenu d’un

BioRéacteur? BioRéacteur?

3 4
 Outils nécessaires Outils nécessaires
Mathématiques et Langue en situation appliquée à Information et Mathématiques et Langue en situation appliquée à Information et
Biologie et Chimie statistique appliquées au l’enseignement supérieur-UF2 communication Biologie et Chimie statistique appliquées au l’enseignement supérieur-UF2 communication
Physique Physique biochimie
appliquée
biochimie organique secteur technique 80 p professionnelles appliquée organique secteur technique 80 p professionnelles
120 p. 160 p. 100 p. 40 p. 120 p. 160 p. 100 p. 40 p.
80 p. 80 p.

Chimie des Chimie des

matériaux Chimie générale Eléments de Chimie physique matériaux Chimie générale Eléments de Chimie physique
40 p. 140 p. 40 p. 40 p. 140 p. 40 p.

Chimie des Chimie des

Electricité et électronique de base Electricité et électronique de base
polymères polymères
100 p. 100 p.
40 p. 40 p.
Bachelier : Stage d’insertion Eléments de Chimie Chimie Bachelier : Stage d’insertion Eléments de Chimie Chimie
professionnelle analytique physique professionnelle analytique physique
40 p. 40 p. 40 p. 40 p.
120 p./20 p. 120 p./20 p.

Informatique Informatique
Informatique appliquée aux appliquée aux Informatique appliquée aux appliquée aux
sciences et aux technologies : sciences et aux sciences et aux technologies : sciences et aux
initiation à la programmation technologies : initiation à la programmation technologies :
80 p. Initiation aux Stage d’intégration professionnelle : 80 p. Initiation aux Stage d’intégration professionnelle :
Chimie Chimie
réseaux Bachelier en chimie Technologie des réseaux Bachelier en chimie Technologie des
industrielle industrielle
40 p. 120 p./20 p. bioréacteurs 40 p. 120 p./20 p. bioréacteurs
160 p. 160 p.
80 p. 80 p.

Contrôle de Stage d’activités professionnelles : Contrôle de Stage d’activités professionnelles :

process Informatique Chimie analytique Chimie analytique process Informatique Chimie analytique Chimie analytique
Bachelier en chimie – Finalité : chimie biomoléculaire Bachelier en chimie – Finalité : chimie
chimiques biomoléculaire appliquée 120 p. appliquée chimiques appliquée 120 p. appliquée
160 p. 40 p. 80 p. 160 p. 40 p. 80 p.
120 p./20 p. 120 p./20 p.
40 p. 40 p.

5 6

Informatique
Informatique appliquée aux appliquée aux
sciences et aux technologies : sciences et aux
initiation à la programmation technologies :
80 p. Initiation aux Stage d’intégration professionnelle :
Chimie
réseaux Bachelier en chimie Technologie des

Outils nécessaires
industrielle
40 p. 120 p./20 p. bioréacteurs
160 p.
80 p.

Contrôle de Stage d’activités professionnelles :

process Informatique Bachelier en chimie – Finalité : chimie Chimie analytique Chimie analytique
chimiques biomoléculaire appliquée 120 p. appliquée
160 p. 40 p. 120 p./20 p. 80 p.
Biologie et 40 p.
biochimie
120 p.
Formation
Chimie générale
140 p.

Dans le cadre de ce cours, nous Applications industrielles

« n’étudierons » pas les micro-
Eléments de Chimie Chimie
organismes à proprement parler. analytique
40 p.
physique
40 p.
Produits Bioconversion
Les micro-organismes font partie énergétique
Pharmaceutiques
intégrante d’un processus de
production industrielle. Technologie des
Chimie
industrielle
bioréacteurs
160 p.
80 p.
Cosmétiques Traitement des
eaux
Contrôle de
process Informatique Chimie analytique Chimie analytique
chimiques biomoléculaire 120 p. appliquée
160 p. 40 p. 80 p.
40 p. Agroalimentaire
7 8
 La finalité? La finalité?
L’unité de formation vise en outre à induire chez L’unité de formation vise en outre à induire chez
l’étudiant des compétences qui lui permettront : l’étudiant des compétences qui lui permettront :
de découvrir le rôle d’un bioréacteur au sein d’un de découvrir le rôle d’un bioréacteur au sein d’un
processus biotechnologique ; processus biotechnologique ;
de distinguer les divers types de bioréacteurs ; de distinguer les divers types de bioréacteurs ;
d’établir une relation entre la structure d’un d’établir une relation entre la structure d’un
bioréacteur et sa destination fonctionnelle ; bioréacteur et sa destination fonctionnelle ;
développer chez l’étudiant des savoir-faire lui développer chez l’étudiant des savoir-faire lui
permettant de configurer, gérer et optimaliser une permettant de configurer, gérer et optimaliser une
installation de culture de cellules. installation de culture de cellules.
Si je vous dis…
9 10

La finalité? La finalité?

11 12
 La finalité? La finalité?
L’unité de formation vise en outre à induire chez
l’étudiant des compétences qui lui permettront :
de découvrir le rôle d’un bioréacteur au sein d’un
processus biotechnologique ;
de distinguer les divers types de bioréacteurs ;
d’établir une relation entre la structure d’un
Si je vous dis…
bioréacteur et sa destination fonctionnelle ;
développer chez l’étudiant des savoir-faire lui
permettant de configurer, gérer et optimaliser une … Que concluez-vous?
installation de culture de cellules.
Si je vous dis…
13 14

La finalité? La finalité?
L’étudiant sera capable :
Nous allons avoir énormément de travail. en respectant les règles de sécurité et l'utilisation
correcte du matériel et des documents techniques,
de situer l’étape de culture cellulaire au sein d’un
processus biotechnologique en identifiant les
opérations en amont et en aval de cette étape ;
de découvrir les contraintes techniques induites par la
coexistence de phases biotiques et abiotiques dans
un réacteur (transferts thermiques, gazeux,
liquides,…) ;
15 16
 La finalité? La finalité?
L’étudiant sera capable : L’étudiant sera capable :
de décrire les modalités de détermination du « KL*a » d'établir dans une optique d’optimalisation du
(produit du coefficient global de transfert par la process, les relations qui expriment la dissipation des
surface d’échange) d’une cuve ; puissances consommées par un agitateur mécanique
au sein d’un bioréacteur ;
de déterminer les diverses modalités
d’homogénéisation des bioréacteurs ; de décrire la structure et la fonction des équipements
d’établir une «classification » des types de à la périphérie de la cuve (vannes, pompes,
bioréacteurs relativement à l’homogénéisation ; tuyauteries,…) ;

d'établir la relation entre la géométrie d’un agitateur de commenter l’organisation d’une installation
mécanique et l’hydrodynamique générée dans un de culture cellulaire continue ou discontinue ;
bioréacteur ; 17 18

La finalité? La finalité?
L’étudiant sera capable : En prime :
de décrire la structure et la fonction des capteurs
électrochimiques valorisés pour réguler le Introduction aux Bonnes Pratiques de
fonctionnement d’un bioréacteur ;
Fabrication (GMP)
de créer, d’optimaliser un environnement de culture
favorable à la prolifération cellulaire dans un
bioréacteur ; Rappel de statistiques
de nettoyer, stériliser et calibrer le matériel d’une
installation de culture de cellules ;
Introduction à la
de mesurer (pH, t°, RPM, ...) et réguler les Planification Expérimentale
paramètres de culture dans une optique
d’optimalisation de la production biotique. (Design of Experiments)
19 20
 Plan Général du Cours Plan Général du Cours
Procédés de fermentation et bioréacteurs Procédés de fermentation et bioréacteurs
Les souches microbiennes et leurs milieux Les souches microbiennes et leurs milieux
de culture de culture
Le bioréacteur et ses équipements Le bioréacteur et ses équipements
Suivi de la fermentation et régulation Suivi de la fermentation et régulation
Extraction et purification des produits Extraction et purification des produits
Applications industrielles et mises en Applications industrielles et mises en
œuvre à l’échelle pilote œuvre à l’échelle pilote
21 22

Procédés de fermentation et Procédés de fermentation et

bioréacteurs bioréacteurs
1.1 Histoire 1.1 Histoire

1.2 Définitions 1.2 Définitions

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l”échelle d'une
fermentation fermentation

1.4 Différents procédés de fermentation 1.4 Différents procédés de fermentation

1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs 1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs

23 24
 1.1 Histoire 1.1 Histoire
Fermentation Fermentation (terminologie latine)
technologie de transformation et de conservation
des aliments très ancienne : pain, boissons provient du latin firfuere qui signifie bouillir
alcoolisées et vinaigre. au cours de certaines fermentations
Les Sumériens en 8000 av. J.C. : pain et de la bière apparaissait en effet un dégagement de gaz
les Babyloniens maîtrisaient la fabrication du vin de (souvent du CO2) avec formation de mousse
palme en 5000 av. J.C., comme dans le cas d'un liquide en ébullition.
les Égyptiens utilisaient les levures pour la fabrication
du pain et des boissons alcoolisées en 4000 av.J.C.
et les Chinois se nourrissaient de chou fermenté dans Voir video
le vin en 3000 av. J.C.
25 26

1.1 Histoire 1.1 Histoire

Fermentation (Étude du phénomène) Fermentation (Développement industriel)
Entre 1862 à 1877 (il y a 140-150 ans), Louis Entre 1900 et 1940 : développement de la
Pasteur s'intéresse aux fermentations. fermentation industrielle avec la production d'acétone,
de butanol, de glycérol, d'acide citrique et d'acide
ll étudie les ferments, lactique.
la formation du vinaigre : la transformation de À partir de 1940, à l’aide de programmes de sélection
l’alcool en acide acétique par Mycoderma aceti. et de mutation de souches, diverses productions
comme celles d'antibiotiques, d'acides aminés, de
nucléotides et d’enzymes sont réalisées.

27 28
 1.1 Histoire 1.1 Histoire
Fermentation (Développement industriel) Fermentation
À partir des années 80, développement du génie
génétique Pourquoi cet essor
amélioration des souches microbiennes à fort potentiel
industriel ‘’tardif’’ par rapport à
et exploration de nouvelles voies biochimiques.
Les fermentations industrielles concernent ainsi un l’industrie chimique ?
grand nombre de secteurs : l'alimentaire, la chimie
fine, la pharmacie, l'agro-industrie et la cosmétique.

29 30

Procédés de fermentation et Procédés de fermentation et

bioréacteurs bioréacteurs
1.1 Histoire 1.1 Histoire

1.2 Définitions 1.2 Définitions

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation

1.4 Différents procédés de fermentation 1.4 Différents procédés de fermentation

1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs 1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs

31 32
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Pourquoi (re)définir des notions déjà vues? Fermentation (Biochimiste)*
Éviter les amalgames (il y en a beaucoup) les fermentations sont des voies cataboliques
Nous comprendre (pas simple) anaérobies au cours desquelles des
composés organiques servent à la fois de
Selon domaines (Biologiste, Biochimiste, Ingénieur…) donneurs et d'accepteurs d'électrons, la
Pas de différence synthèse d'ATP étant réalisée par
Différences subtiles (nuances) phosphorylation au niveau du substrat.
Différences certaines (signification différente)

33 34

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Fermentation (Biochimiste) Fermentation (Biochimiste)
les fermentations sont des voies cataboliques les fermentations sont des voies cataboliques
anaérobies au cours desquelles des anaérobies au cours desquelles des
composés organiques servent à la fois de composés organiques servent à la fois de
donneurs et d'accepteurs d'électrons, la donneurs et d'accepteurs d'électrons, la
synthèse d'ATP étant réalisée par synthèse d'ATP étant réalisée par
phosphorylation au niveau du substrat. phosphorylation au niveau du substrat.

35 36
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Fermentation (Biochimiste)*
les fermentations sont des voies cataboliques
anaérobies au cours desquelles des
composés organiques servent à la fois de
donneurs et d'accepteurs d'électrons, la
synthèse d'ATP étant réalisée par
phosphorylation au niveau du substrat.

37 38

1.2 Définitions Exemple à connaître

1.2 Définitions
Fermentation (Microbiologiste industriel)** Fermentation (Microbiologiste industriel)
désigne l'opération unitaire qui permet de désigne l'opération unitaire qui permet de
produire de la biomasse ou des produits de produire de la biomasse ou des produits de
bioconversion par la culture de micro- bioconversion par la culture de micro-
organismes. organismes.

39 40
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Fermentation industrielle (vulgaris)** Bioréacteurs (définition générale)*
ne se réfère pas au métabolisme du micro- Le bioréacteur (ou fermenteur) est une
organisme. enceinte permettant d'assurer une croissance
Ce terme s'applique en industrie pour des de micro-organismes et une production
métabolismes aérobiques et anaérobiques. optimale dans un environnement dont les
paramètres physiques et chimiques de la
fermentation sont contrôlés.

41 42

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Bioréacteurs (définition générale)* Bioréacteurs (définition générale)*

Exemple de bioréacteurs - échelle laboratoire

43 44
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Bioréacteurs (définition générale)* Bioréacteurs (définition générale)*

Exemple de bioréacteurs - échelle pilote

45 46

1.2 Définitions
Amoxicillin

Exemple de bioréacteurs - échelle industrielle

Bioréacteurs (autres définitions)
Fermenteur : Enceinte généralement stérilisable
dans laquelle est conduite une fermentation.

Cytoculteur : Enceinte stérilisable dans laquelle est

conduite la culture de cellules animales ou végétales.

Digesteur : Réservoir fermé servant à transformer et

à stabiliser des déchets organiques (boues, ordures
ménagères, eaux usées) par décomposition sous
l'action de certains micro-organismes agissant en
47 absence d'oxygène. 48
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Bioréacteurs (autres définitions) Bioréacteurs (autres définitions)
Fermenteur : Enceinte généralement stérilisable Fermenteur : Enceinte généralement stérilisable
dans laquelle est conduite une fermentation. dans laquelle est conduite une fermentation.

Cytoculteur : Enceinte stérilisable dans laquelle est Cytoculteur : Enceinte stérilisable dans laquelle est
conduite la culture de cellules animales ou végétales. conduite la culture de cellules animales ou végétales.

Digesteur : Réservoir fermé servant à transformer et Digesteur : Réservoir fermé servant à transformer et
à stabiliser des déchets organiques (boues, ordures à stabiliser des déchets organiques (boues, ordures
ménagères, eaux usées) par décomposition sous ménagères, eaux usées) par décomposition sous
l'action de certains micro-organismes agissant en l'action de certains micro-organismes agissant en
absence d'oxygène. 49 absence d'oxygène. 50

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Bioréacteurs (autres définitions) Bioréacteurs (autres définitions)
Propagateur : Bac de bouturage largement utilisé Propagateur : Bac de bouturage largement utilisé
pour diverses cultures tropicales : caféier, cacaoyer, pour diverses cultures tropicales : caféier, cacaoyer,
etc. etc.

Pourquoi
propagateur =
bioréacteur?

51 52
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Bioréacteurs (autres définitions) Bioréacteurs (autres définitions)
En ingénierie tissulaire, le terme de bioréacteur En ingénierie tissulaire, le terme de bioréacteur
peut designer un système permettant la culture de peut designer un système permettant la culture de
tissu. Le but n'est pas ici de produire des métabolites tissu. Le but n'est pas ici de produire des métabolites
mais bien un tissu complet composé de cellules et de mais bien un tissu complet composé de cellules et de
la matrice extracellulaire. la matrice extracellulaire.

53 54

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Bioréacteurs (autres définitions) Bioréacteurs (Procédé industriel)**
En ingénierie tissulaire, le terme de bioréacteur Un bioréacteur est un milieu aérobique ou
peut designer un système permettant la culture de anaérobique en forme de cylindre dans lequel se
tissu. Le but n'est pas ici de produire des métabolites développent des cultures de micro-organismes
mais bien un tissu complet composé de cellules et de (bactéries, cellules eucaryotes…) dans le but de
la matrice extracellulaire. transformer des matières et/ou d’obtenir des
molécules d’intérêt industriel; qui peuvent être
récupérées par diverses méthodes.

55 56
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Bioréacteurs (Procédé industriel)** Bioréacteurs (Procédé industriel) **
Un bioréacteur est un milieu aérobique ou Une fois les cultures développées, si les conditions
anaérobique en forme de cylindre dans lequel se internes (nutriments, température, pression,
développent des cultures de micro-organismes oxygénation,…) du contenant sont constantes, alors
(bactéries, cellules eucaryotes) dans le but de la production de molécules sera également constante
transformer des matières et/ou d’obtenir des (dans le mode d’alimentation continu).
molécules d’intérêt industriel; qui peuvent être
récupérées par diverses méthodes.

57 58

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Micro-organisme (définition générale)
Bioréacteurs (Procédé industriel) **
Un micro-organisme ou microbe est un organisme
Les bioréacteurs sont utilisés dans divers vivant, généralement invisible à l'œil nu, qui ne peut
être observé qu'à l'aide d'un microscope.
domaines industriels.
Les additifs alimentaires (Erythritol, acide citrique…)
Les aliments fermentés (bière ou yaourt)
Des microorganismes peuvent être génétiquement
modifié pour produire des molécules d’intérêt
pharmaceutique (antibiotique, principe actif…)
…

59 60
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Micro-organisme (définition générale) Micro-organisme (définition générale)
Un micro-organisme ou microbe est un organisme Un micro-organisme ou microbe est un organisme
vivant, généralement invisible à l'œil nu, qui ne peut vivant, généralement invisible à l'œil nu, qui ne peut
être observé qu'à l'aide d'un microscope. être observé qu'à l'aide d'un microscope.

Les micro-organismes sont représentés par Les micro-organismes sont représentés par
diverses formes de vies dont les bactéries, certains diverses formes de vies dont les bactéries, certains
champignons, les archéobactéries, et les protistes; champignons, les archéobactéries, et les protistes;
des plantes microscopiques (appelées algues vertes); des plantes microscopiques (appelées algues vertes);
et des animaux tel que le plancton, le planaire et et des animaux tel que le plancton, le planaire et
l'amibe. Certains microbiologistes incluent les virus l'amibe. Certains microbiologistes incluent les virus
mais d'autres ne les considèrent pas comme des mais d'autres ne les considèrent pas comme des
êtres vivants. êtres vivants.
61 62

LUCA
Last Universal Common Ancestor

Arbre phylogénétique montrant la relation entre les archées et les autres Arbre phylogénétique montrant la relation entre les archées et les autres
formes de vie. formes de vie. Les eucaryotes sont de couleur brun, les archées de couleur
63 rouge et les bactéries en bleu. Adapté de Ciccarelli et al. 64
Arbre phylogénétique montrant la relation entre les archées et les autres
formes de vie. Les eucaryotes sont de couleur rouge, les archées de couleur
verte et les bactéries en bleu. Adapté de Ciccarelli et al. 65 66

1.2 Définitions
Micro-organisme (définition générale)
Un micro-organisme ou microbe est un organisme
vivant, généralement invisible à l'œil nu, qui ne peut
être observé qu'à l'aide d'un microscope.

Les micro-organismes sont représentés par

diverses formes de vies dont les bactéries, certains
champignons, les archéobactéries, et les protistes;
des plantes microscopiques (appelées algues vertes);
et des animaux tel que le plancton, le planaire et
l'amibe. Certains microbiologistes incluent les virus
mais d'autres ne les considèrent pas comme des
êtres vivants.
67 68
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Dans un bioréacteur
RAPPEL ⇒ Pas de distinction entre :
Bactéries
Bioréacteurs (définition générale)*
Champignons
Le bioréacteur (ou fermenteur) est une Archéobactéries
enceinte permettant d'assurer une croissance
des micro-organismes et une production Protistes
optimale dans un environnement dont les Algues vertes
paramètres physiques et chimiques de la Plancton
fermentation sont contrôlés.
Virus
69 70

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Micro-organisme (Procédé)* Biomasse (définition générale)
Organisme vivant
appartenant à un des règnes, présentant une
structure cellulaire eucaryote ou procaryote,
caractérisé par l'unicellularité, une taille
microscopique ou ultramicroscopique, un
potentiel métabolique et de reproduction,
l'omniprésence et l'abondance.

71 72
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Biomasse (définition générale) Biomasse (définition générale)
Ensemble des matières organiques produites par la Ensemble des matières organiques produites par la
croissance végétale et animale, ou par l'activité croissance végétale et animale, ou par l'activité
humaine et animale, qui peuvent être utilisées pour la humaine et animale, qui peuvent être utilisées pour la
production d'énergie ou à d'autres fins, telle la production d'énergie ou à d'autres fins, telle la
production d'isolants (foin), d'engrais, de matériaux production d'isolants (foin), d'engrais, de matériaux
de construction (bois), etc. (Ministère des Ressources de construction (bois), etc. (Ministère des Ressources
naturelles (Québec), 1996) naturelles (Québec), 1996)
Masse totale des organismes vivants dans un
périmètre ou un volume donné. (Organisation
73 météorologique mondiale, 2011) 74

1.2 Définitions RAPPEL 1.2 Définitions

Biomasse (définition générale) Pourquoi (re)définir des notions déjà vues?
Ensemble des matières organiques produites par la Éviter les amalgames (il y en a beaucoup)
croissance végétale et animale, ou par l'activité
humaine et animale, qui peuvent être utilisées pour la Nous comprendre (pas simple)
production d'énergie ou à d'autres fins, telle la Selon domaines (Biologiste, Biochimiste, Ingénieur…)
production d'isolants (foin), d'engrais, de matériaux
de construction (bois), etc. (Ministère des Ressources Pas de différence

naturelles (Québec), 1996) Différences subtiles (nuances)

Masse totale des organismes vivants dans un Différences certaines (signification différente)
périmètre ou un volume donné. (Organisation
météorologique mondiale, 2011) 75 76
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Biomasse (définition générale) Biomasse (définition générale)
Quantité de matière vivante existant dans un Quantité de matière vivante existant dans un
écosystème aquatique par unité de volume ou de écosystème aquatique par unité de volume ou de
superficie et exprimée en unités massiques. (Office superficie et exprimée en unités massiques. (Office
québécois de la langue française, 1973) québécois de la langue française, 1973)
Ensemble des organismes et de leurs produits ou
dérivés obtenus dans un milieu. (Association française de
normalisation, 1986)

77 78

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Biomasse (définition générale) Biomasse (définition générale)
Quantité de matière vivante existant dans un Quantité de matière vivante existant dans un
écosystème aquatique par unité de volume ou de écosystème aquatique par unité de volume ou de
superficie et exprimée en unités massiques. (Office superficie et exprimée en unités massiques. (Office
québécois de la langue française, 1973) québécois de la langue française, 1973)
Ensemble des organismes et de leurs produits ou Ensemble des organismes et de leurs produits ou
dérivés obtenus dans un milieu. (Association française de dérivés obtenus dans un milieu. (Association française de
normalisation, 1986) normalisation, 1986)

79 80
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Biomasse (Valorisation) Biomasse (Valorisation)
Ensemble de la matière vivante susceptible d'être Ensemble de la matière vivante susceptible d'être
collectée à des fins de valorisation énergétique. Elle collectée à des fins de valorisation énergétique. Elle
concerne notamment le bois, le biogaz, les concerne notamment le bois, le biogaz, les
biocarburants. Sa combustion ne dégage que la biocarburants. Sa combustion ne dégage que la
quantité de CO2 équivalente à celle absorbée par la quantité de CO2 équivalente à celle absorbée par la
plante pendant sa croissance. plante pendant sa croissance.

81 82

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Biomasse (Valorisation) Biomasse (Fermentation)*
Dans le traitement de l'eau, la biomasse est la masse La Biomasse désigne l'ensemble des végétaux et
totale de microorganismes présents dans une masse des animaux, ainsi que des déchets organiques qui
d'eau donnée ou dans un réacteur biologique. Par leurs sont associés.
exemple, les boues activées.
La biomasse végétale provient de la photosynthèse et
constitue une source d'énergie renouvelable
(nutrition, combustion, fermentation).

83 84
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Biomasse (Fermentation)* Biomasse (Fermentation)*
La fermentation, ou dégradation par des bactéries, Dans des conditions optimales, leur nombre peut
en milieu aérobie permet d'obtenir un compost, et en doubler toutes les 20 minutes. Elles peuvent être
milieu anaérobie un biogaz riche en méthane. aérobies strictes ou anaérobies facultatives et même
quelque fois, dans les couches les plus profondes du
Les bactéries constituent, de par leur nombre, la biofilm anaérobies strictes.
partie la plus importante de la population de la
biomasse (6,6 109 bactéries par ml). Les premières font partie des genres : pseudomonas,
achrobacter, bacillus, flavobacterium, micrococcus,
aeromonas.

85 86

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Métabolisme (définition générale) Métabolisme (définition générale)
Le métabolisme d'un organisme définit quels types de Le métabolisme d'un organisme définit quels types de
substances sont pour lui nutritives et lesquels sont substances sont pour lui nutritives et lesquels sont
au contraire toxiques. La vitesse du métabolisme au contraire toxiques. La vitesse du métabolisme
détermine également le rythme de nutrition détermine également le rythme de nutrition
nécessaire. nécessaire.
Ensemble des processus complexes et incessants de
transformation de matière et d'énergie par la cellule
ou l'organisme au cours des phénomènes
d'édification ou de dégradation biologiques
(anabolisme et catabolisme).
Que fait un micro-organisme ?
87 88
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Métabolisme (définition générale) Métabolisme (Médecine)
Le métabolisme d'un organisme définit quels types de Ensemble des échanges chimiques et biologiques
substances sont pour lui nutritives et lesquels sont compris dans la fonction de nutrition.
au contraire toxiques. La vitesse du métabolisme
détermine également le rythme de nutrition Ensemble des réactions biochimiques catalysées par
nécessaire. des enzymes appropriées et aboutissant à des
synthèses (anabolisme) ou à des dégradations
Ensemble des processus complexes et incessants de (catabolisme) de molécules biologiques.
transformation de matière et d'énergie par la cellule
ou l'organisme au cours des phénomènes Échanges physiques et chimiques dans les tissus
d'édification ou de dégradation biologiques grâce auxquels un corps est maintenu en vie et son
(anabolisme et catabolisme). énergie régénérée.
89 90

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Métabolisme (Biologie) Métabolisme cellulaire (Biochimie)*
Le métabolisme est l'activité d'une cellule, ou plus Le métabolisme d'une cellule est la somme du catabolisme, ou
généralement d'un organisme vivant, qui permet le activité de dégradation, et de l'anabolisme, ou activité de
maintient et l'évolution de l'organisme. synthèse. Le catabolisme dégrade des molécules complexes en
molécules de base, soit pour produire de l'énergie soit pour
Il s'agit d'un ensemble de transformations produire des molécules directement utilisables par les voies de
moléculaires et énergétiques régies par les l'anabolisme. L’anabolisme concerne toutes les synthèses.
principes de la thermodynamique se déroulant de Les voies métaboliques sont très nombreuses et enchevêtrées
manière ininterrompue. Les réactions biochimiques les unes aux autres. Il s'agit d'un système autorégulé et soumis
consomment de l'énergie et sont catalysées par des à régulation hormonale et génétique.
enzymes, ce qui permet également leur
autorégulation. Le mauvais fonctionnement d'un seul enzyme de ces voies est à
l'origine des maladies métaboliques, souvent fatales.
91 92
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Métabolisme (définition générale) Métabolites*
Le métabolisme d'un organisme définit quels types de
substances sont pour lui nutritives et lesquels sont
au contraire toxiques. La vitesse du métabolisme
détermine également le rythme de nutrition
nécessaire.
Ensemble des processus complexes et incessants de
transformation de matière et d'énergie par la cellule
ou l'organisme au cours des phénomènes
d'édification ou de dégradation biologiques
(anabolisme et catabolisme).
Que fait un micro-organisme ?
93 94

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Métabolites* Métabolites primaires*
Métabolites : Produit intermédiaire formé au cours du physiologiquement fondamentaux :
métabolisme cellulaire.
les métabolites essentiels biosynthétisés (aminoacides,
Métabolites primaires : Lysine et autres produits similaires de nucléotides, coenzymes, acides gras à fonction
faible poids moléculaire, qui constituent les éléments essentiels membranaire, oses et dérivés d'oses fondamentaux, ...) ;
de la croissance des cellules.
mais aussi les métabolites intermédiaires précurseurs
Métabolites secondaires sont historiquement plus spécifiques fondamentaux (acide citrique, fumarate, oxaloacétate, 2-
aux plantes, bactéries et champignons, mais on découvre cétoglutarate ...) ;
également des métabolismes spécifiques à certains groupes
animaux, que l'on peut donc qualifier des métabolismes produits du métabolisme énergétique :
secondaires. On les retrouve dans des compartiments éthanol d'une fermentation alcoolique ;
particuliers ou à des moments précis de la vie. acide acétique d'une respiration acétique ...
95 96
 1.2 Définitions
RAPPEL
Métabolites secondaires*
Contrairement aux métabolites primaires, les
métabolites secondaires ne participent pas
directement à l’assimilation des nutriments et donc,
au développement de l'organisme (les végétaux,
typiquement).

97 98

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Métabolites secondaires* Métabolites secondaires*
Contrairement aux métabolites primaires, les Les métabolites secondaires participent à la vie de
métabolites secondaires ne participent pas relation de la plante (ou de leur organisme hôte), et ils
directement à l’assimilation des nutriments et donc,
au développement de l'organisme (les végétaux, ont des rôles très variés :
typiquement). servir de défense (sécrétions amères ou toxiques pour les
prédateurs)
Cependant, ils ne sont pas totalement différent car ils
dérivent parfois des mêmes voies de biosynthèse et au contraire, attirer certaines espèces ayant des rôles
certains, comme la chlorophylle et la lignine ont des bénéfiques (pollinisateurs).
fonctions indispensables pour la croissance de la
plante, et pourraient donc faire partie des métabolites permettent également la communication entre les plantes,
primaires. par des messages d’alerte par exemple, ou faire partie de la
structure de la plante (tanins et lignine).
99 100
 1.2 Définitions 1.2 Définitions

Métabolites secondaires* Milieu de culture cellulaire*

Un milieu de culture est un support qui permet la
Les métabolites secondaires se classent en de culture de cellules, de bactéries, de levures, de
nombreux groupes, dont trois grands groupes chez moisissures afin de permettre leur étude ou leur
les plantes : production.

Phénols : tanins, lignine, flavonoïdes

Azotés : alcaloïdes, bétalaïne, hétérosides cyanogènes et

glucosinolates

Terpènes : hémiterpènes (C5), monoterpènes (C10),

sésquiterpènes (C15), Diterpènes (C20), triterpènes (C30),
tétraterpènes (C40) et polyterpènes (+ que C40).
101 102

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Milieu de culture cellulaire* Milieu de culture cellulaire*
Un milieu de culture est un support qui permet la
culture de cellules, de bactéries, de levures, de
moisissures afin de permettre leur étude ou leur
production.
Les cellules trouvent dans ce milieu les composants
indispensables pour leur multiplication en grand
nombre, rapidement, mais aussi parfois des éléments
qui permettront de privilégier un genre bactérien ou
une famille. Ainsi, selon le but de la culture, il est
possible de placer les micro-organismes dans des
conditions optimales, ou tout à fait défavorables.
103 104
 1.2 Définitions
Milieu de culture cellulaire*

105 106

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Bouillon de culture cellulaire* Substrat (de fermentation)*
Il existe aussi des bouillons de culture qui possèdent Milieu nutritif et catalyseur dans lequel se fait la
la même fonction, mais ces milieux ne contiennent multiplication des microorganismes responsables de
pas d'agar-agar, ils sont donc totalement liquides. la fermentation :
Fermentation lactique : Il se forme de l'acide lactique à partir
du glucose.

Fermentation acétique : Il se forme de l'acide éthanoïque à

partir de l'éthanol.

107 108
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Bioconversion* Bioconversion*
Transformation de l'énergie solaire en une autre
forme d'énergie par l'intermédiaire des plantes ou des
micro-organismes.

109 110

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Bioconversion* Bioconversion*
Transformation de l'énergie solaire en une autre Transformation de l'énergie solaire en une autre
forme d'énergie par l'intermédiaire des plantes ou des forme d'énergie par l'intermédiaire des plantes ou des
micro-organismes. micro-organismes.

Conversion d'une forme d'énergie en une autre forme Conversion d'une forme d'énergie en une autre forme
d'énergie, par voie biologique. d'énergie, par voie biologique.

Terme général s'appliquant à toute transformation

d'une substance en une ou plusieurs autres
substances réalisée par des biocatalyseurs libres ou
immobilisés.
111 112
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Biocatalyseur* Biocatalyseur*
Macromolécule biologique, cellule, organite cellulaire,
ou microorganisme, porteur d'activité catalytique
(enzymatique).

113 114

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Biocatalyseur* Biogaz *

Macromolécule biologique, cellule, organite

cellulaire, ou microorganisme, porteur
d'activité catalytique (enzymatique).

115 116
 1.2 Définitions
Biogaz *
Gaz combustible issu de la fermentation de déchets
organiques d'origine animale ou végétale en absence
d'oxygène, qui est principalement composé de
méthane et de gaz carbonique.

117 118

1.2 Définitions 1.2 Définitions

Biogaz * Biogaz
Gaz combustible issu de la fermentation de déchets Synonyme
organiques d'origine animale ou végétale en absence
d'oxygène, qui est principalement composé de gaz biologique
méthane et de gaz carbonique. gaz de digestion
biométhane
Note : Le biogaz se forme dans les marais, les lacs,
les sites d'enfouissement, les eaux usées des
élevages et de certaines industries, les eaux usées
domestiques, etc. Il est possible de provoquer et de
contrôler ce processus en introduisant les différents
déchets dans un digesteur. Le biogaz peut ensuite
être brûlé pour produire de la chaleur ou être raffiné.119 120
 1.2 Définitions 1.2 Définitions
Biogaz épuré/valorisé* Biogaz épuré
Biogaz dégagé de la plupart de ses impuretés, dont la Synonyme
qualité et la teneur en méthane est identique à celle Biométhane
du gaz naturel raffiné. biogaz valorisé
Les propriétés du biométhane étant identiques à biogaz épuré
celles du gaz naturel épuré, il peut être injecté dans gaz naturel renouvelable
les réseaux de gaz naturel existants, servir de méthane biologique
combustible aux véhicules, produire de l'électricité, de
la chaleur, etc.

121 122

1.2 Définitions Si vous avez tout suivi

Biocombustible* Le substrat est le catalyseur du biocatalyseur. Au
moyen de micro-organismes suspendus dans le
Combustible constitué de dérivés industriels tels que bouillon de culture, le biocatalyseur engendre la
les gaz, alcools, éthers, huiles et esters obtenus bioconversion du substrat en métabolites : du biogaz,
après transformation de produits d'origine végétale ou des biocombustibles, ou des molécules d’intérêts
animale. industriels. Les propriétés du bouillon, le
développement des micro-organisme ainsi que le
Biodiesel, bioéthanol procédé de bioconversion lui-même sont contrôlés
dans le bioréacteur. Un bioréacteur peut donc être
utiliser pour produire des métabolites (primaires ou
secondaires) ou de la biomasse.

123 124
 Procédés de fermentation et
Si vous avez tout suivi
bioréacteurs
Un petit dessin… 1.1 Histoire

1.2 Définitions

1.3 Étapes et mise à l”échelle d'une

fermentation

1.4 Différents procédés de fermentation

1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs

125 126

Procédés de fermentation et 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une

bioréacteurs fermentation
1.1 Histoire Fermentation (industrielle)

1.2 Définitions Étapes?

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une Contraintes Scaling-up?

fermentation

1.4 Différents procédés de fermentation

1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs

127 128
1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
A RETENIR fermentation fermentation
Étapes de tout procédé de fermentation Étapes de tout procédé de fermentation
A. Fabrication du milieu de culture A. Fabrication du milieu de culture
B. Stérilisation du bioréacteur, de ses B. Stérilisation du bioréacteur, de ses
équipements et du milieu de culture équipements et du milieu de culture
C. Préparation de l’inoculum C. Préparation de l’inoculum
D. Phase/étape de production D. Phase/étape de production
E. Extraction du produit et purification E. Extraction du produit et purification

129 130

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
A RETENIR fermentation fermentation
Étapes de tout procédé de fermentation Processus de mise à l’échelle : Scale up
A. Fabrication du milieu de culture Le scale up (ou mise à l'échelle) est le
B. Stérilisation du bioréacteur, de ses transfert du procédé d'un bioréacteur de
équipements et du milieu de culture laboratoire de petit volume à celui d'un
C. Préparation de l’inoculum bioréacteur industriel à grande échelle.
D. Phase/étape de production
E. Extraction du produit et purification Contraintes

131 132
 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up Processus de mise à l’échelle : Scale up

Contraintes Contraintes

133 134

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up Processus de mise à l’échelle : Scale up
Le scale up (ou mise à l'échelle) est le bioréacteurs de laboratoire stérilisables à
transfert du procédé d'un bioréacteur de l'autoclave jusque 18 L
laboratoire de petit volume à celui d'un
bioréacteur industriel à grande échelle.

Pouvez-vous donner des

exemples de contraintes?
Contraintes
Contraintes

135 136
1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up
bioréacteurs de laboratoire stérilisables à
l'autoclave jusque 18 L
bioréacteurs de laboratoire stérilisables in
situ (SIP) jusqu'à 30 L

137 138

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une

fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up
bioréacteurs de laboratoire stérilisables à
l'autoclave jusque 18 L
bioréacteurs de laboratoire stérilisables in
situ (SIP) jusqu'à 30 L
bioréacteurs pilotes jusqu'à 300 L ;

139 140
1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up
bioréacteurs de laboratoire stérilisables à
l'autoclave jusque 18 L
bioréacteurs de laboratoire stérilisables in
situ (SIP) jusqu'à 30 L
bioréacteurs pilotes jusqu'à 300 L ;
bioréacteurs industriels jusque 500000 L
(500m3).

141 142

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up Processus de mise à l’échelle : Scale up
Types de Problèmes? Impossibilité de conserver l'ensemble des
paramètres identiques ou proportionnels au
changement d’échelle:
Dynamique du mélange
Échanges (matière et thermique)
Débit

143 144
1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up Processus de mise à l’échelle : Scale up
Impossibilité de conserver l'ensemble des Chaque transfert à une plus grande échelle est
paramètres identiques ou proportionnels au complexe car divers paramètres tels que le barème
changement d’échelle: de stérilisation, l'aération et l'agitation sont modifiés
Dynamique du mélange lorsqu'on augmente le volume, le diamètre et la
hauteur du bioréacteur.
Échanges (matière et thermique)
Débit

145 146

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up Processus de mise à l’échelle : Scale up
Contraintes générales Transfert de matière
Maintient des conditions physicochimiques
similaires dans l'environnement de chaque
cellule malgré l'augmentation du volume de
culture.

Bouillon
de culture
147 148
1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
fermentation fermentation
Processus de mise à l’échelle : Scale up Processus de mise à l’échelle : Scale up
Transfert de matière Contraintes générales
A chaque étape du scale up, divers paramètres
sont analysés puis modifiés car les réactions
physicochimiques et enzymatiques se produisant
à l’intérieur du bioréacteur varient en fonction du
volume du réacteur utilisé.

149 150

1.3 Étapes et mise à l’échelle Procédés de fermentation et

d'une fermentation bioréacteurs
Processus de mise à l’échelle : Scale up 1.1 Histoire
Contraintes générales
les coûts d’investissement du matériel 1.2 Définitions
(bioréacteur, techniques d'extraction et de
purification) et de fonctionnement (milieu de
culture et énergie) ;
1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
de réaliser, si possible, une automatisation du fermentation
matériel ; Pourquoi?
de réduire la production de déchets ; Pourquoi? 1.4 Différents procédés de fermentation
d’obtenir des produits correspondant à la qualité
souhaitée. Pourquoi? 1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs
151 152
 Procédés de fermentation et 1.4 Différents procédés de
bioréacteurs fermentation
Un fermenteur
1.1 Histoire
Cette unité peut fonctionner dans
des conditions oxiques ou
1.2 Définitions anoxiques.

Les additions de nutriment, la

1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une prise d’échantillon et la
surveillance de la fermentation
fermentation sont effectués dans des
conditions stériles.

1.4 Différents procédés de fermentation

1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs

153 154

1.4 Différents procédés de

fermentation
Un fermenteur

Des biosenseurs et un
monitorage infra-rouge
fournissent une information en
temps réel sur l’évolution de la
fermentation.

Il est possible de détecter

substrats spécifiques,
intermédiaires métaboliques et
produits finaux.

155 156
 1.4 Différents procédés de
fermentation

1.4.1 Procédé
discontinu (Batch)

157 158

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Principe Principe
le procédé est réalisé dans un système clos dans
lequel un même volume de milieu non renouvelé
est utilisé pour la croissance des micro-organismes
la quantité de nutriments est donc limitée.

159 160
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Principe Courbe de croissance (qualitative)

161 Que se passe-t-il aux différentes étapes du procédé batch? 162

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Courbe de croissance (quantitative) Courbe de croissance (Optimisation)

ln 2
G=
Qx exp o
163 G = temps de génération 164
 1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Courbe de croissance (Métabolites) Courbe de croissance (Substrat)

Métabolite primaire et secondaire ? 165 166

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Courbe de croissance (Exemple) Courbe de croissance (Exercice)

L’espèce Streptomyces ambofaciens a été
sélectionnée pour sa production de spiramycine. A
partir d'une fermentation type en bioréacteur, on a
suivi l’évolution de la biomasse (X) et de la
spiramycine (P) en fonction du temps (t)

167 168
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Courbe de croissance (Exercice) Courbe de croissance (Exercice)

L’espèce Streptomyces ambofaciens a été
sélectionnée pour sa production de spiramycine. A
partir d'une fermentation type en bioréacteur, on a
suivi l’évolution de la biomasse (X) et de la
spiramycine (P) en fonction du temps (t)
Pour la biomasse, déterminer:
la durée de la phase exponentielle,
la vitesse spécifique de croissance pendant la
phase exponentielle
et le temps de génération.
169 170

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Rendement et productivités
Courbe de croissance (Exercice) Afin d‘évaluer un procédé de fermentation,
L’espèce Streptomyces ambofaciens a été divers critères peuvent être calculés :
sélectionnée pour sa production de spiramycine. A
partir d'une fermentation type en bioréacteur, on a le rendement de croissance par rapport au
suivi l’évolution de la biomasse (X) et de la substrat ;
spiramycine (P) en fonction du temps (t) le rendement de conversion substrat - produit ;
la productivité volumique horaire maximale ;
Pour la spyramycine, déterminer: la productivité volumique horaire globale.
En déduire le type de métabolite produit par la
Avec
bactérie. Justifier la réponse.
Différence entre rendement et Productivité ?
171 172
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)
Rendement et productivités
Afin d‘évaluer un procédé de fermentation, Rendements
divers critères peuvent être calculés : le rendement de croissance par rapport au substrat*
le rendement de croissance par rapport au
substrat ;
le rendement de conversion substrat - produit ;
la productivité volumique horaire maximale ;
la productivité volumique horaire globale.
Avec Unité!
rendement = critère ‘’thermodynamique’’ *ou coefficient de conversion du substrat
Productivité = critère ‘’cinétique’’ 173 174

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Rendements Rendements
le rendement molaire le rendement de conversion substrat - produit

mol.L-1

Unité!
Unité!

175 176
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Cas R X / S < RP / S Cas R X / S > RP / S Productivité

La productivité est la quantité de biomasse ou de
produit formé par unité de volume de milieu et par
unité de temps.
= critère économique majeur
= procédé rentable
= choisies en fonction d’une installation

Grande installation ≠ Grande productivité

177 178

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité Productivité
la productivité volumique horaire maximale Pvhm et la productivité volumique horaire maximale Pvhm et
globale Pvhg globale Pvhg

Grande installation ≠ Grande productivité

179 180
 Production de biomasse
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité
la productivité volumique horaire maximale Pvhm et
globale Pvhg
Pour calculer ces productivités, dans le cas des
bioréacteurs discontinus, il convient aussi de
prendre en compte les temps de vidange, de
nettoyage, de remplissage de milieu et de
stérilisation en plus du temps nécessaire à la
fermentation.

Technicien : temps de travail => déplacement + achats + réparation

181 182

Productivité Production de métabolites primaires?

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité
La productivité en Batch est généralement assez
faible car…
Néanmoins, le procédé batch permet :
les productions de biomasse, si le taux de croissance
spécifique est …
la production de métabolite primaire, si le taux de
croissance faible permet…
la production de métabolite secondaire, si la phase
exponentielle est…

183 184
 Productivité Production de métabolites secondaires?
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité (Exercice 1)
Production industrielle d'un bio-émulsifiant : Alasan*
Acinetobacter radioresistens est capable de
produire l’alasan, une substance tensioactive
(appelée bioémulsifiant) utilisée en industrie
cosmétique. La culture de cette souche est réalisée
en bioréacteur de 15 L. Les résultats de la
croissance bactérienne et de la production d’alasan
au cours du procédé sont présentés dans la figure
suivante.
*Bioprotéine de 16; 31 ou 45 kDa.
185 186

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) Activité émulsifiante EA

Productivité (Exercice) L'activité émulsifiante est définie comme la quantité
maximale d'émulsifiant (huile) qui peut être émulsifiée par
une quantité fixe de protéine.
Elle est mesurée à partir de la turbidité des solutions à
500 nm, selon la méthode modifiée de Moure et al.
L’activité émulsifiante n’a pas d’unité et se calcule de
la façon suivante à partir de l’absorbance mesurée :

Avec T0 la turbidité = désigne la teneur d'un fluide en matières qui le troublent.

187 188
 Activité émulsifiante EA Activité émulsifiante EA

189 190

Activité émulsifiante EA
Elle est mesurée à partir de la turbidité des solutions à
500 nm, selon la méthode modifiée de Moure et al.

191 192
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité (Exercice) Productivité (Exercice 1)

1) Délimiter et nommer sur le graphique les
différentes étapes de la croissance.

2) Décrire brièvement la courbe de l'évolution de

l'activité émulsifiante totale AET due à la sécrétion
de l’alasan en fonction du temps.

3) Déterminer la productivité horaire globale en

alasan exprimée en U.h-1.

193 194

1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité (Exercice 1) Productivité (Exercice 2)

Les microcines sont des peptides produits par Escherichia
Exemples de bioémulsifiant Coli et ont une activité anti-salmonelle. La microcine E492 est
Ovalbumine - Lysozyme - Concentrât de produite dans des conditions optimales par culture de la
lactoprotéines - β lactoglobuline - Caséinate de souche E492 d'E. coli en milieu approprié (bouillon M63). Des
prélèvements de cette culture sont effectués toutes les heures.
sodium
Sur chaque prélèvement :
Sérumalbumine bovine - Hémoglobine - on mesure l’absorbance à 600 nm afin de suivre la croissance de
Protéine de levure - Succinylée - Isolat de soja la souche ;
on détermine la concentration de microcine produite en mesurant
son activité.
Les résultats obtenus pour le suivi de la production de
microcine sont donnés sur la figure suivante:
195 196
1.4.1 Procédé discontinu (Batch) 1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Productivité (Exercice) Productivité (Exercice 2)

Déterminer
1. pendant quelle phase de croissance la microcine
est-elle produite? Justifier.

2. la vitesse maximale de production de microcine ;

3. les productivités volumiques horaires maximale

(Pvhm) et globale (Pvhg).

197 198

1.4.1 Procédé discontinu (Batch)

Intérêts du procédé Batch ? 1.4.2 Procédé

Conception…
Production…
discontinu alimenté
Durée de la fermentation… (Fed-Batch)
Fréquence des nettoyages, remplissages,
vidanges…
Taux de contamination …
Risque d'apparition de mutants …
Consommation de milieu de culture …
Possibilité d'intervention en cas de panne …
199 200
1.4.2 Procédé discontinu alimenté 1.4.2 Procédé discontinu alimenté
(Fed-Batch) (Fed-Batch)
Principe Principe

201 202

1.4.2 Procédé discontinu alimenté 1.4.2 Procédé discontinu alimenté

(Fed-Batch) (Fed-Batch)
Principe Principe
Si du milieu de culture neuf est ajouté dans le
bioréacteur, la phase exponentielle d’une culture en
batch est alors prolongée.
Cette addition peut être réalisée jusqu’à ce que la cuve
soit pleine.
Le procede fed-batch est donc une culture en batch
dans laquelle l’inoculum est ajouté dans un faible
volume de milieu ;
lorsque la culture a atteint la phase exponentielle, le
milieu est ajouté de manière continue ou
séquentiellement, de manière à ce que la culture reste
203 204
en phase exponentielle de croissance.
1.4.2 Procédé discontinu alimenté 1.4.2 Procédé discontinu alimenté
(Fed-Batch) (Fed-Batch)
Productivité ? Productivité
Cet apport de substrats permet:
des productions plus importantes de biomasse
et de métabolites primaires
ainsi qu'un contrôle important des réactions du
métabolisme en modifiant la composition du milieu
d'alimentation.

205 206

1.4.2 Procédé discontinu alimenté 1.4.2 Procédé discontinu alimenté

(Fed-Batch) (Fed-Batch)
Productivité Productivité
Cet apport de substrats permet:
des productions plus importantes de biomasse
et de métabolites primaires
ainsi qu'un contrôle important des réactions du
métabolisme en modifiant la composition du milieu
d'alimentation.
L’intérêt du procédé fed-batch dans le contrôle métabolique
peut être illustré par la production industrielle de levure.

207 208
Procédé Fed-Batch appliquée à la Procédé Fed-Batch appliquée à la
production industrielle de levure production industrielle de levure
Anaérobiose (fermentation lactique ou alcoolique) Aérobiose (Phosphorylation oxydative)

209 Le rendement énergétique est nettement plus élevé en aérobiose qu’en anaérobiose.
210

Procédé Fed-Batch appliquée à la Procédé Fed-Batch appliquée à la

production industrielle de levure production industrielle de levure
Que faire pour augmenter PVHM ?
Si procédé Batch Anaérobiose >< Aérobiose
Si la concentration en glucose est trop élevée (> 100
mg.L-1 – en Batch, par exemple), les enzymes du
cycle de Krebs sont inhibées et le glucose est
fermenté en éthanol et CO2 malgré la présence d’O2
= Effet Crabtee ou effet Glucose
Le procédé fed-batch permet d’alimenter en continu
le glucose de manière à ce que sa concentration ne
soit pas trop élevée dans le milieu de culture.
Procédé Fed-Batch => régulation possible

211 212
1.4.2 Procédé discontinu alimenté
(Fed-Batch)
Intérêts ?
Conception… 1.4.3 Procédé de
Production…
Durée de la fermentation…
culture continue
Fréquence des nettoyages, remplissages,
vidanges…
Taux de contamination …
Risque d'apparition de mutants …
Consommation de milieu de culture …
Possibilité d'intervention en cas de panne …
213 214

1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Principe Principe
Le procédé de culture continue consiste a ajouter
du milieu neuf stérile tout en éliminant la culture en
continu par un trop-plein afin d'éliminer le même
volume de culture que de milieu neuf rajouté.

Le système est alors maintenu dans un état

d'équilibre.

215 216
1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Principe Contrôle de la croissance

Les paramètres de bioconversion sont maintenus Le chemostat (1949-1950 Monod, Novick et Szilard) est un
constants : système dans lequel le contrôle est assuré par la limitation de
l’alimentation en un substrat limitant.
le volume de culture,
la vitesse spécifique de croissance,
les concentrations en micro-organismes et en nutriments.
La biomasse obtenue peut être très importante. Les
produits peuvent être extraits en continu. Les
bioréacteurs agités fonctionnant en continu sont
nommés en industrie Continuous Stirred Tank
Reactor (CSTR)
217 218

1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Contrôle de la croissance

Le chemostat est un système dans lequel le contrôle est Le chemostat est un système dans lequel le contrôle est
assuré par la limitation de l’alimentation en un substrat assuré par la limitation de l’alimentation en un substrat
limitant. limitant.

219 220
 A l’échelle du laboratoire
1.4.3 Procédé de culture continue
Le milieu de culture d’un
chemostat contient une quantité
limitée d’un élément nutritif
Contrôle de la croissance
essentiel ([Link]. une vitamine). La vitesse d’échange du nutriment est exprimée sous forme
de la vitesse de dilution D, vitesse à laquelle le milieu passe
Ce nutriment étant limité, la au travers de la chambre de culture par rapport au volume de
vitesse de croissance est la cuve, où f est la vitesse d’écoulement (exprimée en ml/h) et
déterminée par la vitesse à V est le volume du récipient (exprimé en ml).
laquelle le milieu frais est ajouté
f
D=
dans la chambre de culture et la
densité cellulaire finale dépend
de la concentration en nutriment
limitant. V
Par exemple, si f est de 30 ml/h et V est 100 ml, la vitesse de dilution D
vaut 0,33 h-1.
221 222

1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Contrôle de la croissance

La densité de la population microbienne et le temps de Inconvénient du Chémostat
génération sont tous deux liés à la vitesse de dilution.
Pas de sondes
Essais et erreurs
Pas de PID possible
Avantages du Chémostat
Facilités de mise en œuvre
Nécessite peu de moyen

223 224
1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Contrôle de la croissance

L’auxostat est un dispositif de mesure pour culture
en continu. Il utilise les informations reçue à partir
d'une mesure effectuée dans la chambre de
croissance pour contrôler la vitesse d’écoulement
du milieu frais.
Il peut s’agir de sonde de :
Température
pH
Oxygène
…
225 226

1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Contrôle de la croissance

227 228
1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Contrôle de la croissance

Avantages de l’Auxostat Le turbidostat est un système dans lequel le contrôle est
réalisé par l'évaluation de la concentration en micro-
Utilisation d’une ou plusieurs sondes organismes mesurée par opacimétrie (Turbidimétrie).
PID possible
Inconvénient de l’Auxostat
Utilisation de contrôleur (coût)
Représentativité de certaines grandeurs (pH,
PO2,…)
Ne mesure pas la biomasse produite
229 230

1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Contrôle de la croissance

Le turbidostat est un système dans lequel le contrôle est La vitesse d’écoulement du milieu dans la cuve est
réalisé par l'évaluation de la concentration en micro- réglée automatiquement pour maintenir une turbidité
organismes mesurée par opacimétrie
prédéterminée.
Turbidostat vs. Chémostat :
La vitesse de dilution dans un turbidostat varie au lieu de
rester constante.
Tous les éléments nutritifs sont en excès dans le milieu de
culture.
Le turbidostat fonctionne mieux à des vitesses de dilution
élevées, alors que le chémostat est plus stable et plus
efficace à des vitesses de dilution réduites.
231 232
 1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Contrôle de la croissance Procédé Feedback

Avantages du Turbidostat Procédé continu avec recyclage de la biomasse
Utilisation d’une ‘’sonde’’
Obtention d’une biomasse plus importante en
Boucle PID possible recyclant les cellules par réalimentation du
Inconvénient du Turbidostat bioréacteur avec les micro-organismes produits.
Nécessite un turbidimètre (coût) Procédé Feedback interne
Limite de l’opacité du milieu de culture
Procédé Feedback externe

233 234

1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Procédé Feedback Interne (boucle interne) Procédé Feedback Externe (boucle externe)
Le milieu est éliminé du bioréacteur par deux canalisations Le milieu est éliminé du bioréacteur par centrifugation ou
décantation ou microfiltration

Régulation du degré
du feedback (ou de Dtot = D1 + D2
recyclage) Croissance lente
Extraction métabolites
Microorganismes de
Croissance lente grande taille
Degré du feedback
=
D1/Dtot
D1 D2
235 236
1.4.3 Procédé de culture continue 1.4.3 Procédé de culture continue

Productivité Productivité
De biomasse et de métabolites primaires supérieure à celle De biomasse et de métabolites primaires supérieure à celle
obtenue en culture en batch car… obtenue en culture en batch car…
peu d'applications commerciales utilisent le procédé de culture peu d'applications commerciales utilisent le procédé de culture
continue car il présente un certain nombre d'inconvénients continue car il présente un certain nombre d'inconvénients
majeurs. majeurs.

237 238

1.5 Exemples de modèles de

BioRéacteurs
1.5 Exemples de Pourquoi plusieurs types de modèles?
modèles de
BioRéacteurs

239 240
 1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
Rappel BioRéacteurs BioRéacteurs
Processus de mise à l’échelle : Scale up
Transfert de matière

241 242

1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de

BioRéacteurs BioRéacteurs

système d’agitation vibrationnelle

243 244
 1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
BioRéacteurs BioRéacteurs
Gazosiphon

Si seul => Fermenteur à agitation pneumatique

245 246

1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de

BioRéacteurs BioRéacteurs
Gazosiphon Gazosiphon

• grande capacité (de 0,5 à 5000 m 3) ;

• de forme cylindrique ;
• Convection par écart de densité;
• agitation moléculaire importante => élévation
importante de la température;
• milieu n'est pas toujours bien homogénéisé
247 248
1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
BioRéacteurs Rappel BioRéacteurs
Gazosiphon
Processus de mise à l’échelle : Scale up
Transfert de matière

249 250

1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de

BioRéacteurs BioRéacteurs
Gazosiphon

251 252
1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
BioRéacteurs BioRéacteurs

• injections importantes de milieu dans le • Oxygénation ?

fermenteur
• pompe aspirante / refoulante de type
WORTHINGTON - limiter les phénomènes de
cavitation
• conduit d'injection plus fin à sa base qu'au
sommet => accélérer la vitesse d'écoulement
du fluide
253 254

1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de

BioRéacteurs Combinaison des différents types BioRéacteurs

• Oxygénation par partie supérieure du

fermenteur => contribution agitation
• écoulement laminaire à un écoulement
turbulent

255 256
 1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
Combinaison des différents types BioRéacteurs Combinaison des différents types BioRéacteurs

110mètre!!!

257 258

1.5 Exemples de modèles de

Combinaison des BioRéacteurs
différents types
Bioréacteur WAVE de GE
•destiné à la production de vaccins
et autres produits biothérapeutiques;
• permet de réaliser des cultures de
cellules sans nécessiter de
nettoyage ou de stérilisation à la
vapeur (utilisation de sacs jetables);
•Réduction de la consommation en
eau et énergie ;
• Réduction du temps d'occupation
du personnel (procédure de
nettoyage et de stérilisation)

259 260
1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
BioRéacteurs BioRéacteurs

261 262

1.5 Exemples de modèles de 1.4.4 Exemples de modèles de

BioRéacteurs BioRéacteurs

263 264
1.5 Exemples de modèles de 1.5 Exemples de modèles de
BioRéacteurs BioRéacteurs

265 266

1.5 Exemples de modèles de

Où est la limite? BioRéacteurs

267 268
 1.5 Exemples de modèles de Procédés de fermentation et
Où est la limite? BioRéacteurs bioréacteurs
Des chèvres 1.1 Histoire
génétiquement modifiées Développer ces points
pour produire du 1.2 Définitions
‘’lait vaccinal’’ !

Dans ce cas-ci, les chercheurs introduisent 1.3 Étapes et mise à l’échelle d'une
en fait l’ADN codant du parasite de la
La transformation génétique d’animaux
de ferme en « animaux pharmaceutiques » malaria dans la partie du génome de la fermentation
n’est pas nouvelle. chèvre qui est liée à la production de lait.
En 2009, la Food and Drug Administration Cet ADN ainsi introduit n’est ainsi censé se
américaine a approuvé le premier « mettre en marche » que dans la glande 1.4 Différents procédés de fermentation
médicament produit par du bétail mammaire, lorsque la chèvre produit du lait.
génétiquement modifié pour produire un
gène humain. 1.5 Exemples de modèles de bioréacteurs
269 270

Plan Général du Cours Plan Général du Cours

Procédés de fermentation et bioréacteurs Procédés de fermentation et bioréacteurs
Les souches microbiennes et leurs milieux Les souches microbiennes et leurs milieux
de culture de culture
Le bioréacteur et ses équipements Le bioréacteur et ses équipements
Suivi de la fermentation et régulation Suivi de la fermentation et régulation
Extraction et purification des produits Extraction et purification des produits
Applications industrielles et mises en Applications industrielles et mises en
œuvre à l’échelle pilote œuvre à l’échelle pilote
271 272
En résumé

273