Détection Précoce des Calcifications Mammaires
Détection Précoce des Calcifications Mammaires
SPECIALITE : Electronique
Option : Electronique
Sujet :
Segmentation des clichés mammographiques en vue de la
détection des foyers de micro-calcifications mammaires :
application à la base de données CHU de Tizi-Ouzou
Mes plus chaleureux remerciements vont à mes amis, plus particulièrement à mes amis et
collègues du laboratoire LAMPA.
Enfin, les mots les plus simples étant les plus forts, j’adresse toute mon affection à ma famille
pour son soutien et ses encouragements permanents durant la préparation de cette thèse, et en
particulier à mes parents pour leur compréhension, leur présence et leur patience durant les
moments difficiles que j’ai rencontrés pour l’aboutissement de ma thèse. Merci pour avoir fait
de moi ce que je suis aujourd’hui. Est-ce un bon endroit pour dire ce genre de choses ? Je n’en
connais en tout cas pas de mauvais. Je vous aime tous.
. اﻟﻤﻮرﻓﻮﻟﻮﺟﯿﺎ اﻟﺮﯾﺎﺿﯿﺔ،Mini-MIAS ﻗﺎﻋﺪة ﺑﯿﺎﻧﺎت، ﻣﻼﻣﺢ اﻟﻨﺸﻄﺔ، أوﺗﺴﻮ، ﺻﻮرة ﺑﺄﺷﻌﺔ اﻟﻤﺎﻣﻮﻏﺮاﻓﯿﺎ:ﻛﻠﻤﺎت اﻟﻤﻔﺎﺗﯿﺢ
Résumé
La mammographie est la technique d’imagerie la plus utilisée pour détecter des tumeurs à un stade précoce.
Elle est actuellement la principale investigation dans le dépistage du cancer du sein. La présence de
calcifications dans des images mammographies est particulièrement intéressante pour la détection précoce
du cancer du sein. Dans cette thèse, nous avons mis en œuvre un système pour la détection des calcifications
fondé sur deux nouvelles approches proposées de prétraitement d’images mammographiques. Ce traitement
est basé sur la morphologie mathématique et nous finalisons notre travail par deux techniques de
segmentation : la première d’Otsu et la seconde celle des contours actifs. Les résultats obtenus sont
visuellement très clairs, et montrent que l’approche proposée dans ce travail permet d’extraire avec succès
les calcifications à partir des mammographies référents de la base de données Mini MIAS et notre base de
données.
Mots clés: Image mammographie, Otsu, contour actif, Mini-MIAS, morphologie mathématique.
Abstract
The mammography is the technique of imagery the most used to detect tumors at an early stage; it is
currently the principal investigation in the tracking of the breast cancer. The presence of calcification in
mammography is particularly interesting for the early detection of the breast cancer. In this thesis, we
propose to use a system for the detection of calcifications, based on two proposed new approaches
mammogram image preprocessing. This treatment is based on the mathematical morphology and we finalize
our work by two techniques of segmentation the first of Otsu and the second one that of the active contour.
The results obtained are visually very clear, and show that the approach proposed in this work makes it
possible to successfully extract the calcifications from the referential mammograms of the database Mini
MIAS and our database.
σ : Ecart Type
G: La Fonction De Diffusivité
I: Image
F: Vitesse d’évolution
. : Contour Fermé
/: Gradient Morphologique
K : Seuil de Diffusion
Sommaire
Introduction …..……………………………………………………………………………………………1
I-5-4 CLASSIFICATION BI-RADS SELON L’ACR POUR LES MICROCALCIFICATIONS MAMMAIRES .................... 20
I-6 Systèmes d’aide à la décision ..................................................................................................................... 21
I-7 DISCUSSION ................................................................................................................................................. 23
La recherche en imagerie médicale est l’une des disciplines les plus actives du traitement
d’images. Ses récentes découvertes permettent non seulement un meilleur diagnostic mais
offrent aussi de nouveaux espoirs de traitement pour de nombreuses maladies comme par
exemple, le cancer du sein. Le travail appréhendé dans cette thèse, suscite l’intérêt du
laboratoire LAMPA, pour la mise en œuvre d’un système de détection de pathologies
mammaires; en particulier l’identification des calcifications. En effet, le cancer du sein
représente l’un des enjeux prépondérants dans le domaine de la santé publique. Il constitue la
cause de décès la plus fréquente chez la femme [1]. En Algérie particulièrement, chaque
année, plus de dix mille (10.000) nouveaux cas sont décelés avec une moyenne d’âge de 40
ans, dont 95% des cas se présentent à un stade avancé de la pathologie [2]. L’étape du
diagnostic est une étape clef dans la lutte contre le cancer du sein comme pour toute autre
pathologie. Cependant, la réduction du taux de mortalité causée par ce type de cancer ainsi
que la favorisation des chances de guérison ne sont possibles que si ces différentes lésions ont
été prises en charge dès les premiers stades de leur apparition. Par conséquent, la détection du
cancer, l'analyse et le traitement du cancer sont devenus un grand axe de la recherche. La
technologie d'imagerie moderne a déjà eu des effets de sauvetage sur la capacité de détection
du cancer précoce et plus précisément le diagnostic de la maladie. Dans ce but, la technique
radiologique la plus efficace est la mammographie [2-5], et en particulier, celle qui met en
évidence des lésions au niveau du sein. Selon les radiologues, un indicateur important du
cancer du sein est la présence des calcifications qui apparaissent dans 30% à 50% des cas
diagnostiqués par mammographies [6-9]. La mammographie est une technique à faible dose
de rayons X qui ne permet pas bien la visualisation de la structure interne du sein. Ces
difficultés ainsi que la faible qualité des images mammographies font que l'analyse est
particulièrement fatigante et chronophage. Par conséquent, la conception d'un système de
détection assistée par ordinateur (CAD) représente un système pour aider les radiologistes
dans l'interprétation des mammographies pour le dépistage de masse et la calcification [10].
En dépit des efforts faits par les chercheurs, l’automatisation de détection des pathologies
mammaires demeure toujours difficile. Au cours des dernières années, il y a eu des efforts
importants dans le développement d'algorithmes pour la détection des calcifications dans les
images de mammographie. Les plus importantes sont les méthodes qui utilisent la
représentation de mammographie basées sur l’amélioration du contraste et la détection des
1
Introduction
calcifications par les filtres de morphologies mathématiques [1,7, 10]. Ces derniers
fournissent des outils pour l'extraction de calcifications même si celles-ci sont situées sur un
fond non uniforme. L’amélioration locale de contraste [11-13], le bruit péréquation [14] sont
un processus important dans l’étape de prétraitement des images pour augmenter le contraste
entre les zones claires et sombres pour révéler les caractéristiques des limites. L'objectif
principal de netteté de l'image est de mettre en évidence des détails fins.
Nous trouvons également une méthode basée sur la transformée en ondelettes pour détecter
des calcifications regroupées dans des clichés de mammographies [15-19]. Cette transformée
offre une méthode de représentation très clairsemée et efficace pour la mammographie, et est
considérée comme étant un mélange de plusieurs fonctions de base obtenues par des
contractions et des dilatations, des traductions à partir de l'ondelette mère.
Dans ce but, nous avons proposé une nouvelle approche pour améliorer la détection des
calcifications dans les mammographies numérisées. Cette approche est basée sur deux étapes
principales à savoir la suppression du bruit et l'amélioration du contraste entre les
calcifications et le fond de l'image numérique. L’amélioration du contraste se fera par le biais
des opérations de la morphologie mathématique (en utilisant une transformation
morphologique White Top-Hat et black Top-Hat) qui a été utilisée comme une première étape
de traitement d'images. Dans la deuxième étape, nous utilisons une segmentation de la région
d'intérêt pour l'identification des calcifications, basée sur deux techniques de segmentation:
La méthode proposée a été testée sur l’ensemble des images de la base Mini-MIAS [1] et
notre base de données [2]. Les résultats obtenus valident bien l'efficacité de la technique
proposée.
2
Introduction
Organisation du manuscrit
v Le premier chapitre sera consacré à la définition des notions de base sur l’anatomie du
sein ainsi que la description de ses principaux composants. De plus, un aperçu sur les
microcalcifications, leurs caractéristiques et leurs classifications seront présentées
également dans ce chapitre.
v Un état de l'art sur les méthodes de segmentation fera l'objet du troisième chapitre et
nous permettra ainsi d'appuyer notre choix sur la technique retenue dans le cas de
notre étude.
v Le quatrième chapitre est un recueil des différents résultats obtenus par chaque
technique choisie ainsi que leurs interprétations et comparaisons. De plus, une brève
présentation de l'interface utilisateur développée est donnée.
v Nous terminons notre travail de recherches par une conclusion générale qui présente
une synthèse des contributions apportées ainsi que quelques perspectives ouvertes par
cette étude.
3
Chapitre I
L'imagerie mammographique
Préambule
La recherche en imagerie médicale est une des disciplines les plus actives du traitement d’images. Les
récentes découvertes permettent non seulement un meilleur diagnostic mais offrent aussi de nouveaux
espoirs de traitement pour de nombreuses maladies (comme le cancer du sein). En effet, le cancer du sein,
constitue la cause de décès, la plus fréquente chez les femmes [20]. Particulièrement en Algérie, chaque
année, 10.000 nouveaux cas sont décelés avec une moyenne d’âge de 40 ans, dont 95% des cas, se
présentent à un stade avancé de la pathologie [21]. L’étape du diagnostic est une étape clef dans la lutte
contre le cancer du sein comme pour toute autre pathologie. Par conséquent, la détection du cancer, l'analyse
et le traitement du cancer sont devenus un grand axe de la recherche. La technologie d'imagerie moderne a
déjà eu des effets de pouvoir discriminer précocement les différentes lésions aussi bien bénignes que
malignes et poser correctement un diagnostic sur la pathologie. Dans ce but, la technique radiologique la
plus efficace est la mammographie [22-24], et en particulier, celles des lésions au niveau du sein qui
concernent notre champ d’étude. Selon les radiologues, un indicateur important du cancer du sein est la
présence de calcifications qui apparaissent dans 30% à 50% des cas diagnostiqués par mammographies [25-
28]. La mammographie est une technique à faible dose de rayons X qui ne permet pas bien la visualisation
de la structure interne du sein. Ces difficultés ainsi que la faible qualité des images mammographiques font
que l'analyse est particulièrement fatigante et chronophage. Par conséquent, la conception d'un système de
détection assistée par ordinateur (CAD) représente un outil pour aider les radiologistes dans l'interprétation
des mammographies pour le dépistage de masse et de calcifications [29].
L'imagerie médicale est certainement l’un des domaines de la médecine qui a connu une véritable révolution
pendant ces vingt dernières années. Les récentes découvertes permettent non seulement un meilleur
diagnostic mais offrent aussi de nouveaux espoirs de traitement pour de nombreuses maladies (comme le
cancer du sein).
Le cancer du sein est le premier néoplasie chez la femme dans le monde et dans notre pays chaque année,
environ 10.000 cas de cancer du sein sont enregistrés, tout en sachant que ce type de néoplasie en Algérie
vient en tête des tumeurs malignes chez la femme et constitue la première cause de mortalité chez la gent
féminine, avec environ 3500 décès enregistrés chaque année. Le cancer du sein concerne une femme sur 11
dont l'âge se situe le plus souvent entre 50 et 60 ans. Uniquement 5 % des femmes présentant un cancer du
sein ont moins de 35 ans. Il s'agit du cancer le plus fréquent de la femme et le nombre de cancer du sein croît
régulièrement. Ces chiffres montrent l'importance d'une détection précoce de cette maladie. La
mammographie par rayon X reste la technique la plus fiable pour le diagnostic précoce du cancer du sein.
Les masses et les microcalcifications sont les premiers signes d'alerte de cette maladie.
4
Chapitre I L'imagerie mammographique
Dans ce chapitre, nous appréhendons l’approche médicale de l’imagerie du sein pour situer le
contexte de notre application.
I - Imagerie médicale
I-1 Définition
L’imagerie médicale est définie comme la : « Spécialité médicale consistant à produire des images du corps
humain vivant et à les interpréter à des fins diagnostiques, thérapeutiques (imagerie interventionnelle) ou de
surveillance de l'évolution des pathologies.
5
Chapitre I L'imagerie mammographique
o les artères,
o les veines,
o les nerfs,
o les ganglions.
· Le pectoral et les côtes.
Le sein est parcouru de vaisseaux sanguins et de vaisseaux lymphatiques. Les ganglions et les
vaisseaux lymphatiques composent le système lymphatique qui aide à combattre les infections.
Les ganglions lymphatiques du sein [32] sont principalement situés:
· au niveau de l'aisselle (creux axillaire), ce sont les ganglions axillaires;
· au-dessus de la clavicule : les ganglions sus-claviculaires;
· sous la clavicule : les ganglions sous-claviculaires (infra-claviculaires) ;
· à l'intérieur du thorax, autour du sternum : les ganglions mammaires internes.
La structure simplifiée d’un canal galactophorique est montrée sur la (figure I.3). En partant d’un orifice
galactophorique au niveau du mamelon, le canal galactophorique principal se dilate d’abord, pour former
une cavité appelée sinus lactifère. Ensuite, il rétrécit et se sépare en une arborescence de moyens et de petits
canaux galactophoriques qui se terminent dans des lobules [32].
Dans ce cadre, nous présentons quelques exemples de pathologies mammaires les plus fréquentes.
Nous explicitons aussi, les modifications de structures des tissus qui sont liées à ces pathologies et, comment
ces modifications se traduisent sur l’image mammographique [29].
*
Une cellule est l’élément fondamental constituant les organes d’un être vivant.
7
Chapitre I L'imagerie mammographique
Elle correspond cliniquement à un eczéma unilatéral du mamelon, et est caractérisée histologiquement par
l'apparition de grandes cellules peu colorées, dans l'épiderme du mamelon.
C'est une tumeur très fréquente correspondant à une prolifération fibro-épithéliale bénigne réalisant le plus
souvent une tumeur nodulaire palpable.
b. Tumeur phyllode
c. Carcinosarcome
Il s’agit d’une tumeur dont les deux composantes épithéliale et conjonctive sont malignes.
· Kystes
· Fibrose
· Hyperplasie épithéliale lobulaire ou canalaire
Le terme de maladie fibro-kystique est actuellement contesté car il englobe un ensemble de lésions très
différentes, dont certaines seulement, constituent un facteur de risque de développement d'un cancer.
Certains auteurs proposent donc la suppression de ce terme au profit d'une description histologique plus
précise des lésions, basées sur l'appréciation de l'activité proliférante de l'épithélium mammaire, et séparant
les mastoses non proliférantes, des mastoses proliférantes.
8
Chapitre I L'imagerie mammographique
I- 3 Mammographie
Lors d’une mammographie, chaque sein est radiographié de face et de profil pour visualiser l’intégration de
la glande mammaire. Chaque sein est comprimé entre le détecteur, la mammographie et une plaque
transparente (palette de compression) pour réduire ainsi l’épaisseur que les rayons x traverseront (figure I.5)
[20] pour réduire la dose glandulaire et la production de rayonnement diffusé. Cette compression fait étendre
le tissu du sein en évitant ainsi la superposition des structures et limitera aussi le mouvement qui pourrait
brouiller l’image radiographique. Le but de la mammographie est de produire des images de haute résolution
(pour une appréciation plus détaillée des microcalcifications) et hautement contrastées (pour une bonne
détection des masses), de façon systématique et en délivrant la plus petite dose de rayonnement possible.
Figure I.5 : Positionnement de la patiente pour la prise d’une mammographie de face [20].
9
Chapitre I L'imagerie mammographique
Les mammographies ont suivi des améliorations technologiques dans les deux dernières décennies. Ces
améliorations concernent les générateurs, l’augmentation de la distance foyer-détecteur, l’amélioration de la
compression, la diminution de la taille des foyers, le changement des matériaux de l’anode et de la filtration
et le développement des détecteurs (soient films ou détecteurs numérique) [21].
Actuellement, les appareils de mammographie comprennent notamment (figure I.6) :
Ø Un tube à rayons x qui délivre un faisceau de rayons x de basse énergie appropriée à l’examen du sein,
Ø Une palette de compression,
Ø Une grille anti-diffusante,
Ø Un exploseur automatique,
Ø Une distance foyer-détecteur au moins égale à 60 cm.
10
Chapitre I L'imagerie mammographique
La mammographie numérique (cf. figure I.7) peut utiliser soit des détecteurs dédiés (numérisation directe),
soit des détecteurs amovibles (ERLM, écran radio- luminescent à mémoire).
Figure I.7: Résumé des technologies de détection actuellement employées dans la mammographie. La mammographie
conventionnelle utilise les cassettes film-écran. L'image numérique utilise soit des détecteurs à conversion indirecte :
photons X lumière signal électrique, soit des détecteurs à conversion directe : photons X signal électrique
[23].
11
Chapitre I L'imagerie mammographique
a) Images de lésions détectées par la mammographie : lecture en 2D; b) Images de lésions détectées par la
mammographie : lecture en 3D
12
Chapitre I L'imagerie mammographique
Graisse Radio-transparent
Eau Légèrement radio-opaque
Tissu conjonctif, fibres Radio opaque
Calcium Très radio-opaque
Tableau I.1 : Correspondance entre densité des composants et l’image de la mammographie [29].
Une autre façon de faire le lien entre la réalité physique et son aspect radiologique, est l’approche
expérimentale [24] qui permette de comparer l’analyse histologique et les images obtenues par
microradiographie pour des exemples de tissus (tableau I.2).
13
Chapitre I L'imagerie mammographique
I-3-7-1 Dépistage
Aujourd’hui, la mammographie est l’outil principal pour le dépistage du cancer du sein. Dans les campagnes
de dépistage, deux ou quatre images sont acquises par patiente, à raison d’une ou deux par sein. Le fait de
choisir deux incidences par sein, permet de réduire le nombre de lésions non détectées, car certaines lésions
ne sont pas toujours visibles sur une seule vue. Les images obtenues sont généralement lues par deux
radiologues et, en cas de doute, des examens supplémentaires peuvent être demandés.
14
Chapitre I L'imagerie mammographique
I-3-7-2 Diagnostic
La mammographie est utilisée dans le diagnostic lorsqu’il y a déjà une suspicion à la suite d’une campagne
de dépistage, ou parce que la patiente elle-même a détecté une anomalie. Dans ces conditions, le but de la
mammographie est souvent d’analyser plus précisément une lésion détectée cliniquement, ou de chercher un
signe radiologique dans une zone suspecte. L’objectif de la mammographie devient alors la classification
d’une lésion plutôt que sa détection. Une alternative à la mammographie, l’échographie, est utilisée, parce
qu’elle permet de distinguer certains types de lésions qui ne peuvent pas toujours être perçues sur un cliché
radiologique.
I-3-7-3 Interventions
Lorsqu’une lésion a été détectée, il est souvent nécessaire de vérifier par d’autres méthodes si elle est
bénigne ou maligne. Si la distinction n’est pas possible à partir des seules images, cette vérification se fait en
prélevant un petit échantillon de tissu par voie percutanée dont l’histologie, sera étudiée. Pendant le
prélèvement de l’échantillon par aiguille, la localisation de la lésion à échantillonner est effectuée sous
Échographie ou à l’aide de la méthode de stéréotaxie. Cette dernière consiste à prendre deux clichés
mammographiques sous des angles différents. Si la lésion est visible sur les deux vues, il est possible de
déterminer sa position en trois dimensions, en se basant sur la géométrie connue de l’appareil de stéréotaxie.
I- 4 Calcifications mammaires
Les microcalcifications (voir figure I.11) sont des images calciques de petite taille (< 0,5 mm, en général
comprises entre 200 et 500 μ) ce qui les distingue des microcalcifications (voir figure I.12) qui sont
toujours bénignes. 10% sont des cristaux d'oxalate de calcium, toujours bénignes et, 90% correspondent à
du phosphate de calcium et, peuvent être bénignes ou malignes. Elles sont facilement vues en
mammographie du fait de leur forte densité: elles apparaissent comme des ponctuations blanches sur le gris
des tissus [28]. Les calcifications, doivent être décrites selon leur localisation, leur nombre, leur topographie
et leur morphologie. Ces renseignements ne peuvent être obtenus que par la comparaison des deux
incidences [34].
Les petites calcifications nombreuses, sont suspectes. La plupart des radiologues considèrent, qu'au-dessus
de 4 à 6 (micro-) calcifications, il convient d'être prudent dans l’interprétation [35].
a) Microcalcifications cutanées ou dermiques : elles présentent typiquement un centre clair. Des clichés
en incidence tangentielle sont souvent utilisés pour confirmer la localisation cutanée de ces
microcalcifications.
b) Microcalcifications vasculaires : ces microcalcifications en rails ou linéaires sont associées à des
structures tubulaires.
c) Microcalcifications grossières ou coralliformes : elles sont de grande taille (supérieures à 2-3 mm de
diamètre).
d) Microcalcifications en bâtonnets : elles sont généralement associées à une ectasie Canalaire (dilatation
du canal galactophore) et sont alors dirigées vers le mamelon. Elles mesurent habituellement plus de 1 mm
de large et peuvent présenter un centre clair si le dépôt calcique se fait dans la paroi du canal.
e) Microcalcifications rondes : elles ont une forme ronde et peuvent être de tailles variables. Lorsqu’elles
mesurent moins de 0.5mm, elles sont dites punctiformes ou pulvérulentes.
f) Microcalcifications à centres clairs : leur taille peut s’étendre de 1 mm à plus de 1 cm. Elles sont
rondes ou ovales, à surface lisse et à centre clair. La paroi calcifiée qui les entoure est plus épaisse que celle
des microcalcifications en coquille d’œuf.
g) Microcalcifications en coquille d’œuf ou pariétales : ces microcalcifications très fines apparaissent
comme des dépôts calciques sur la surface d’une sphère. Vu dans l’axe du rayonnement X, ce dépôt mesure
généralement moins de 1 mm.
h) Microcalcifications à type de lait calcique : elles sont sédimentées dans le fond de kystes. En utilisant
l’incidence cranio-caudale, elles sont souvent difficiles à discerner. Par contre, l’incidence de profil permet
de démontrer leurs formes caract. éristiques : semi-lunaires, en croissants, curvilignes ou linéaires.
i) Microcalcifications de suture : elles correspondent à des dépôts calciques sur du matériel de suture.
Ces microcalcifications sont typiquement linéaires ou tubulaires et présentent fréquemment des nœuds.
j) Microcalcifications dystrophiques : elles mesurent habituellement plus de 0.5 mm de diamètre et sont
de formes irrégulières. Elles présentent parfois un centre clair. Ces microcalcifications sont souvent
rencontrées dans un sein irradié ou après un traumatisme mammaire. Elles représentent la majorité des cas
retrouvés en pathologie mammaire.
k) Microcalcifications amorphes ou indistinctes : elles sont souvent plus ou moins rondes ou en forme
de flocons. Elles sont de petites tailles et généralement à contours vagues sans forme spécifique.
l) Microcalcifications fines et polymorphes: elles sont habituellement mieux visibles que les
microcalcifications amorphes. Elles sont irrégulières de taille et de forme variables mesurant généralement
moins de 0.5 mm de diamètre.
m) Microcalcifications linéaires et ramifiées : elles mesurent moins de 0.5 mm d’épaisseur. Elles sont
irrégulières et de formes parfois linéaires ou curvilignes généralement discontinues, coudées ou branchées.
17
Chapitre I L'imagerie mammographique
I-4-4 Distribution
La distribution des microcalcifications est un critère fondamental. Elle présente leur répartition dans le sein
et joue un rôle important dans la prise de décision de la malignité. Les différentes distributions possibles des
microcalcifications sont représentées dans la (figure I.14).
18
Chapitre I L'imagerie mammographique
19
Chapitre I L'imagerie mammographique
Forme du foyer : une disposition triangulaire « sommet orienté vers le mamelon » est suspecte.
Nombre de microcalcifications : le risque de lésion maligne augmente avec le nombre de
microcalcifications : 0 % si moins de 5 microcalcifications [41], 30 % entre 10 et 30 microcalcifications, et
56 % à 72 % au-delà de 30.
Groupement étroit des microcalcifications : pour Le Gal, plus de 10 microcalcifications dans une zone de
moins de 5 mm correspond à un risque de 57% de lésions malignes.
Nombre de foyers : l'existence de foyers multiples correspond à un risque de 70 % de lésions malignes. La
découverte de microcalcifications situées au sein d'une surdensité évoque une lésion suspecte qui pourrait
être invasive. La surdensité peut-être de taille plus petite que le foyer de microcalcifications. La concordance
entre la surdensité et les microcalcifications doit être vérifiée sur deux incidences orthogonales. La
réalisation de nouveaux clichés en agrandissement, voire après compression, est très souvent nécessaire, en
particulier, il est indispensable chaque fois que l'on observe un foyer de microcalcifications de compléter les
clichés par des agrandissements, tant l'amélioration de la valeur prédictive est importante.
La classification ACR [25] (American College of Radiologist) a pour but d'établir un score radiologique de
malignité BI-RADSTM (Breast Imaging Reporting and Data System). La terminologie de l'ACR pour les
microcalcifications est la suivante.
Cette classification cherche à évaluer le caractère dangereux ou non des calcifications observées.
Images rondes planes Images régulières Grains de sel Points irréguliers Vermiculaires
diagnostic. L’objectif de tels systèmes consiste, en l’amélioration des résultats de détection, en attirant
l’attention des experts sur des zones suspectes. Cette aide, est devenue indispensable et, peut être considérée
comme une « seconde lecture » de mammographie. Deux catégories essentielles, de systèmes d’aide au
diagnostic existent dans la littérature.
La première catégorie fait référence à la détection par ordinateur (CADe). De tels systèmes assurent une
détection automatique des zones suspectes et fournissent en sortie les positions des lésions potentiellement
identifiées. L’intervention des radiologues consiste dans ce cas à interpréter les résultats requis.
La seconde catégorie, faisant référence au diagnostic par ordinateur (CADx), considère en revanche que la
lésion est a priori connue. Ces systèmes visent plutôt à apporter aux radiologues un facteur de fiabilité pour
leur décision concernant la caractérisation d’une lésion détectée en tant que maligne ou bénigne. Ceci limite
considérablement le nombre d’examens invasifs.
Dans les deux cas, les radiologues bénéficient d’une aide particulière vis-à-vis de la prise de décision,
réduisant ainsi l’intra et l’inter-variation des diagnostics émis par la communauté des radiologues (cohérence
du diagnostic). Ce type de procédure facilite le travail et augmente la précision du diagnostic.
La figure I.16 présente un organigramme pour chacune d’elles, illustrant les principales étapes de leurs
processus de fonctionnement.
Mammographie
CADe CADx
Identification de régions
Localisation d’anomalie
suspectes
Segmentation Segmentation
Classification Classification
22
Chapitre I L'imagerie mammographique
I -7 Discussion
Nous avons parcouru dans ce chapitre quelques notions anatomiques et pathologiques mammaires en
introduisant la technique d’acquisition de base, qu’est la mammographie. Les glandes mammaires peuvent
être le siège de tumeurs bénignes ou malignes dont la lecture clinique demande une précision du diagnostic.
Ce qui permet d’augmenter significativement la découverte de cancers du sein infra cliniques. Cette
dénomination regroupe des entités multiples, de pronostics différents, dont la connaissance permet
d’appréhender au mieux le diagnostic, le bilan d’extension préopératoire et la surveillance post-
thérapeutique. Le plus souvent, des explorations complémentaires sont indispensables pour affiner l’examen.
Le traitement d’images devient un outil crucial pour aider les experts dans la détection de ces anomalies de
façon plus précise. Le prochain chapitre abordera essentiellement la phase de prétraitement de ce type
d’images via quelques filtres. Ces étapes comprendront les différentes opérations qui permettront la
réduction de bruit, d’hétérogénéité d’intensité et da la variation d’intensité inter-coupe des images
mammographiques.
23
Chapitre II
Les prétraitements des images mammographiques
Préambule
La mammographie est la technique d’imagerie la plus utilisée pour détecter des tumeurs à un stade précoce.
Elle est actuellement la principale investigation dans le dépistage du cancer du sein. La présence de
calcifications dans des mammographies est particulièrement intéressante pour la détection précoce du cancer
du sein. Dans ce chapitre, nous expliquerons la phase de prétraitement de l'image mammographie. En phase
de prétraitement, nous corrigerons le bruit dans ces images par quelques différents types de filtres que nous
estimons forts intéressants pour notre base de données. Cette étape comprend les opérations qui permettent
la réduction de bruit, d’hétérogénéité d’intensité et de la variation d’intensité inter-coupes des images.
L’image est définie comme étant la reproduction exacte, ou la représentation analogique d’une scène réelle,
ou bien, une représentation d’une scène tridimensionnelle sur un support en deux dimensions [45].
Visuellement, c’est une représentation bidimensionnelle. Elle contient en chaque point l’intensité lumineuse,
l’image peut être décrite sous forme d’une fonction f(x, y), tel que x et y sont les coordonnées linéaire d’un
point de l’image et f une fonction d’intensité lumineuse définie sur un domaine borné. Sous cet aspect,
l’image est inexploitable par ordinateur, ce qui nécessite sa numérisation.
24
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Ø Image numérique :
Elle est née d’un besoin de codage de l’image analogique parce que l’image fournie par un capteur est
analogique. Pour l’exploiter comme une donnée informatique, il est nécessaire de la numériser afin qu’elle
soit compréhensible par l’ordinateur.
Ø Image vectorielle :
Le principe est de représenter les données de l'image par des formules géométriques qui vont pouvoir être
décrites d'un point de vue mathématique. Dans ce type d’images, le segment est l’objet graphique
élémentaire. L'avantage de ce type d'images est la possibilité de les agrandir indéfiniment sans perdre la
qualité initiale. L'usage de ce type d'images concerne les schémas qu'il est possible de générer avec certains
logiciels de DAO (Dessin Assisté par Ordinateur). Ce type d'images est aussi utilisé pour les animations
Flash, utilisées sur Internet pour la création de bannières publicitaires [46].
Ø Images matricielles (bitmap) :
La plupart des images numériques sont de type matriciel (mosaïque). Ces images sont stockées en mémoire
sous forme de matrices de valeurs numériques (figure II.1).
Cette structure de données s’adapte bien à l’affichage avec un écran téléviseur. Dans ce type d’image, l’objet
élémentaire est le pixel. Les atouts de ce mode sont :
· Simplicité de stockage en mémoire, puisqu’il suffit de coder la succession des valeurs de la matrice.
· Grande facilité de traitement par des algorithmes élémentaires au niveau du pixel.
Les inconvénients de ce type de représentation sont de deux ordres:
· espace mémoire important pour gérer des grandes images ou des images de bonne qualité.
· Algorithme de tracé plus complexe (défaut de représentation dû au mode d’affichage des lignes en
marche d’escalier) [46].
Ø Le pixel :
Le pixel est l’abréviation de «Picture élément» ; élément d’image. C’est la primitive de bas niveau la plus
pauvre en information car ses seuls attributs sont la position dans la matrice image (n° de ligne, n° de
colonne) et la valeur numérique indiquant sa couleur ou son niveau de gris.
Il peut être représenté en mémoire sur :
· Un bit (0 ou 1) pour les images monochromes : 0 pour le noir et 1 pour le blanc.
· Un octet, soit 256 niveaux de gris pour une image à niveaux de gris : 0 pour le noir et 255 pour le
blanc.
Trois octets pour une image couleur (RVB) :
· 1 octet pour la couleur rouge (256 nuances de rouge).
· 1 octet pour la couleur verte (256 nuances de vert).
· 1 octet pour la couleur bleue (256 nuances de bleu).
La couleur du pixel est la combinaison des trois nuances de chaque couleur.
25
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Ø Le bruit :
Le bruit caractérise les parasites ou interférences d'un signal, c'est-à-dire les parties du signal déformées
localement. Ainsi le bruit d'une image, désigne les pixels de l'image dont l'intensité est très différente de
celles des pixels voisins.
Le bruit peut provenir de différentes causes:
· environnement lors de l'acquisition;
· qualité des capteurs ou une mauvaise utilisation de ces derniers;
· qualité de l'échantillonnage.
Ø Définition et résolution :
La résolution, terme souvent confondu avec la "définition", détermine par contre le nombre de points par
unité de surface, exprimé en points par pouce PPP, en anglais DPI. Un pouce représente 2.54 cm. La
résolution permet ainsi d'établir le rapport entre le nombre de pixels d'une image et la taille réelle de sa
représentation sur un support physique. Une résolution de 300 dpi signifie donc 300 colonnes et 300 rangées
de pixels sur un pouce carré ce qui donne donc 90000 pixels sur un pouce carré [48].
Plus le nombre de pixels par unité de longueur de la structure à numériser est élevé, plus la quantité
d'information qui décrit cette structure est importante et plus la résolution est élevée. La résolution d'une
image numérique définit le degré de détails de l’image. Ainsi, plus la résolution est élevée, meilleure est la
restitution (figure II.2).
Ø Le contraste :
C’est l’opposition marquée entre deux régions d’une image, plus précisément entre les régions sombres
et les régions claires de cette image. Le contraste est défini en fonction des luminances de deux zones
d’images [49].
Ø Le Niveau de Gris :
Dans une image en niveau du gris (nuance du gris) la couleur d’un pixel peut prendre des valeurs allant de 0
(Noir) jusqu’à 255 (blanc) en passant par un nombre fini de niveaux intermédiaires obtenus par dégradation
du noir. Le pixel est ainsi codé sur un octet.
26
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Exemple:
- Si on code l'image (figure II.3) avec un bit par pixel, on obtient 2 nuances de gris : 0 pour le noir et 1 pour
le blanc.
- Si on code l'image avec un codage sur 8 bits, on obtient 256 niveaux de gris.
II-2-1 définition
C'est un ensemble des opérations relatives à la collecte, à l’enregistrement, à l’élaboration, à la modification,
à l’édition, … de données. Mettons de côtés les termes enregistrement et édition. Le principe général du
traitement d’image est donc à quelques détails près, un système qui reçoit des images, y applique un
traitement et produit une information de nature liée à l’application visée [50]. Une source de rayonnement
envoie des ondes sur un objet qui sont ensuite réfléchies et collectées par un capteur. Le capteur transforme
ces ondes en un ensemble de points. Ces points sont traités et une information est produite en sortie du
système. On peut résumer le traitement d’image en quatre étapes principales:
Ø Acquisition des images :
Mise en œuvre des processus physiques de formation des images, suivis d'une mise en forme pour que ces
images puissent être traitées par des systèmes informatiques.
Ø Traitement des images :
Son but : améliorer ces images lorsqu'elles possèdent du bruit ou des défauts.
Ø Segmentation des images :
Son but : construire une image symbolique en générant des régions homogènes selon un critère défini à
priori.
Ø Analyse des images :
Consiste à extraire des paramètres ou des fonctions représentatives de l'image ou des régions.
On peut illustrer ces étapes par un exemple simple [51] (figure II.4).
Segmentation
Interprétation
Acquisition Prétraitement
Classification
27
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Image Image
Prétraitement
II-2-3 Histogramme
L’histogramme des niveaux de gris ou des couleurs d’une image est une fonction qui donne la fréquence
d’apparition de chaque niveau de gris (couleur) dans l’image. Pour diminuer l’erreur de quantification pour
comparer deux images obtenues sous des éclairages différents, ou encore pour mesurer certaines propriétés
sur une image, on modifie souvent l’histogramme correspondant Gonzales et Wintz (1977) [53]. Il permet
de donner un grand nombre d’information sur la distribution des niveaux de gris (couleur) et de voir entre
quelles bornes est repartie la majorité des niveaux de gris (couleur) dans les cas d’une image trop claire ou
d’une image trop foncée. Il peut être utilisé pour améliorer la qualité d’une image (Rehaussement d’image)
en introduisant quelques modifications pour pouvoir extraire les informations utiles de celle-ci.
La figure suivante montre un exemple d’un histogramme d’une image [54] en niveau de gris.
28
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Dans le cadre de cette recherche, on présente quelques exemples de l’amélioration de l’image par
modification d'histogrammes :
Ø Egalisation de l’histogramme
L’égalisation d’histogrammes est un outil qui se voit souvent utile pour améliorer certaines images de
mauvaise qualité (mauvais contraste, images trop sombres ou trop claires, mauvaise répartition des niveaux
d’intensité, etc.) [57].
Cette transformation consiste à rendre le plus plat possible l’histogramme des niveaux de gris de l’image.
On désire que chaque niveau de gris soit équitablement représenté dans l’image.
Soit i l’intensité du pixel de départ, l’intensité de l’image d’arrivée est donnée par f :
*+-./01314é(6(7,8))
!"(#, $)% = 255 & ' D (II.2)
9/3:;<>?<>@+70<4->?<>4A+3BC<
29
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Avec : histo cumulé (i) : indique le nombre de pixels, (dans l’image I(x, y)) qui ont une intensité inférieure
ou égale à i.
La figure II.8 montre l’effet d’une égalisation de l’histogramme de l’image [54].
a) b)
c) d)
Figure II.8: Image avant et après égalisation de l’histogramme, a) image original, b) image après égalisation, c)
histogramme de l’image original, d) histogramme égalisé.
Ø Étirement d’histogramme
Cette première transformation sur l’histogramme a pour objet l’augmentation du contraste d’une image.
Pour cela, il convient d’augmenter sur l’histogramme (figure II.9) l’intervalle [a, b] de répartition des
30
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
niveaux de gris de l’image d’entrée « Ie ». On parle alors d’étirement d’histogramme. Du point de vue de la
transformation (voir figure ci-dessous), un étirement maximal est réalisé dès lors que la répartition des
niveaux de gris de l’image de sortie « Is » occupe l’intervalle maximal possible [0, Max]. Typiquement pour
une image dont les niveaux sont codés sur 8 bits, l’intervalle [a, b] de Ie sera étiré jusqu’à l’intervalle [0,
255] pour Is [58].
La figure suivante montre un Exemple d’augmentation du contraste par étirement d’histogramme [54].
Image originale
Image contrastée
La figure II.10 illustre l’étirement d’histogramme sur l’image [54]. L’intervalle de l’image originale est [0,
230]. Après étirement de l’histogramme, la répartition des niveaux de gris s’effectue sur l’intervalle [0, 255]
et donc concerne toute l’échelle des niveaux de gris codés sur 8 bits. L’image obtenue après étirement
possède un meilleur contraste.
31
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
II-3 Filtrage
Un filtre est une transformation mathématique appelée (produit de convolution) permettant, pour chaque
pixel de la zone à laquelle il s'applique, de modifier sa valeur en fonction des valeurs des pixels avoisinants.
Le filtre est représenté par un tableau (matrice), caractérisé par ses dimensions et ses coefficients, dont le
centre correspond au pixel concerné. Les coefficients du tableau déterminent les propriétés du filtre. Ainsi le
produit de la matrice image, par le filtre donne une matrice correspondant à l'image traitée.
II-3-1 Filtrage
Le principe du filtrage (figure II.12) est de modifier la valeur des pixels d'une image, généralement dans le
but d'améliorer son aspect. En pratique, il s'agit de créer une nouvelle image en se servant des valeurs des
pixels de l'image d'origine [60].
32
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Le filtrage manipule uniquement les données de l'image numérisée. On ne fait aucune supposition sur ce que
représente l'image. Le résultat obtenu suite à un filtrage dépend donc énormément de la qualité du signal de
l'image d'origine. Si le signal est très détérioré, le filtrage seul sera très peu efficace [60]. Dans ce genre de
situation, le filtrage est juste une première étape dans un traitement plus complexe.
Chaque filtre (matrice) cherche à atténuer un type de défaut bien précis. Il n'y a pas de filtre universel
capable de corriger tous les défauts [60]. Il faut choisir les bons filtres suivant les défauts que l’on désire
corriger. Il existe plusieurs filtres utilisés en traitement d'image. On peut citer:
Ø Le filtre moyen
Le filtre moyenneur est un filtre linéaire qui consiste simplement à remplacer la valeur du pixel courant par
la moyenne des pixels de la fenêtre. La formule du filtre est :
!
= #& $(%)
"
(II.3)
1 1 1
Dans le cas du moyennage sur un voisinage 3x3 h=1/9'1 1 1*
1 1 1
v Le moyennage est un filtre passe-bas.
v Il rend l'image floue, en particulier les contours.
v Il élimine les dégradations locales de faibles dimensions. Valide lorsque les objets présents dans
l'image sont de dimensions supérieures aux dégradations.
Cette méthode permet de «lisser» les images, c’est à dire de diminuer les différences de niveaux de gris
entre pixels voisins. Cette méthode très simple est censée supprimer le bruit suivant le lissage que l’on veut
réaliser et on choisira une taille du filtre plus ou moins grande (3x3, 5x5,..) mais on doit comprendre que les
contours de l’image de départ deviendront alors plus flous (figure II.13).
33
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Ø Le filtre gaussien
Le filtre gaussien est un opérateur de lissage utilisé pour estomper les «détails» et le bruit. Ce filtre a une
logique analogue au filtre moyen [61]. En 2D, et en supposant que la distribution est circulaire symétrique,
la distribution gaussienne a pour expression :
Avec
σ : écart type
2 : moyenne
Le filtrage gaussien utilise cette distribution pour définir un filtre de convolution. Comme nous travaillons
sur des images discrètes, nous utiliserons une approximation discrète de la distribution gaussienne dans un
filtre fini de convolution (figure II.14).
34
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Interprétation
Le filtre gaussien de taille 5x5 donne un meilleur lissage et une meilleure réduction du bruit que le filtre
moyenneur. Néanmoins, les filtres linéaires suppriment beaucoup d'informations pertinentes telles que les
contours des objets, en les déplaçant et les rendant flous.
Ø Le filtre Médian
Les filtres de moyennage ont tendance à rendre l'image floue et donc à perdre de l'information sur les
contours caractérisés par des fortes variations d'intensité. Pour diminuer cet effet, on ne moyenne plus sur
le voisinage mais on prend la valeur médiane sur ce voisinage. C'est le filtre médian.
30 10 20
10 250 20
L’opération médiane : 10, 10, 10, 20, 20, 25, 30, 30,250.
25 10 30
Médiane
35
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Ø Le filtre anisotropique
Ce filtrage consiste à effectuer une forte diffusion dans les zones à faible gradient, et une diffusion faible
dans les zones à fort gradient. Formellement, nous effectuons une convolution de l’image par le noyau de
l’opérateur :
!
L’équation de diffusion de la chaleur : =# $ = %&'()Ñ$*) (II.5)
"
Le filtre de diffusion anisotropique non linéaire a été introduit par Perona et Malik (1990) [62] comme
outil de filtrage des images bruitées, avec la particularité de préserver les détails et les contours.
[Perona et Malik] ont proposé de modifier l'équation de diffusion de la chaleur afin de diminuer le filtrage
dans les zones de l’image. Ils ont formulé le filtrage non linéaire par diffusion anisotrope comme étant un
processus de diffusion qui est amoindri ou stoppé aux abords des contours en sélectionnant un taux de
diffusion adaptatif. Cela correspond à la propagation de la chaleur dans un solide dont la conductivité
thermique est non uniforme [62]. Ainsi, ces deux auteurs ont introduit l'équation de diffusion adaptative
suivante:
!
Modification de Perona et Malik : = #$%(&(' Ñu ')Ñ*) (II.6)
"
#+,#.
'* /
!" (# $% #) = & - (II.8)
1
!0 (# $% #) = #34#6
(II.9)
12* /
5
36
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
La figure II.16 présente l’allure de ces deux fonction de diffusion 1 et 2 avec un seuil de diffusion k=15
dont le rôle est de définir la limite entre les gradients correspondant au bruit comme le montre la figure II.17
[63].
Figure II.16: Allure des fonctions 1 courbe (1) et 2 courbe (2) [63].
Les exemples suivants (voir figure II.18) utilisent le filtre de diffusion anistropique sur les images maligne et
#$%#,
'* -
bénigne [54] avec l’utilisation de la fonction de diffusion !" (# $% #) = & + en choisissant le nombre
d’itérations.
37
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Figure II.18: Application d’une fonction de diffusion 1 sur l’image maligne et bénigne.
Les exemples suivants (figure II.19) utilisent le filtre de diffusion anistropique sur les images maligne et
$
bénigne [54] avec utilisation de la fonction de diffusion : ! (" #u ") = "'*",
et en choisissant le nombre
$%& -
+
d’itérations.
Figure II.19: Application d’une fonction de diffusion ! sur l’image maligne et bénigne.
38
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Interprétation
- L'effet de filtre anisotropique est un lissage non-uniforme, ralenti sur les contours.
- Le choix de la fonction de diffusivité (g) détermine la nature précise de l'effet: préservation des forts
gradients, ou des objets de grandes tailles...
II -4 La morphologique mathématique
Avant de définir les différents opérateurs de la morphologie mathématique, nous définissons d’abord
l’élément structurant qui est un élément de base de toute opération de la morphologie mathématique.
Ø L’élément structurant
L’élément structurant (ES) est un masque de forme quelconque dont ses éléments forment un motif, il est
défini comme suit :
39
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Cette théorie est fondée sur les opérations d’érosion et de dilatation. Ces opérations répétées, permettent
l’ouverture et la fermeture.
Ø Erosion
Soit X l'ensemble à éroder et B un élément structurant de géométrie simple, par exemple un cercle. L'érosion
consiste à faire déplacer B de telle sorte que son centre occupe toutes les positions x de l'espace. Pour
chaque position, on se pose la question suivante : est-ce que B est complètement inclus dans X?
L'ensemble des positions x correspondant à une réponse positive forme le nouvel ensemble Y, appelé érodé
de X par B, noté X Q B (figure II.20).
Après une érosion et selon la figure ci-dessus nous pourrons dire que:
Ø Dilatation
L'opération de dilatation se définit de manière analogue à l'érosion. En prenant le même élément structurant
B, on se pose pour chaque point x la question : " Bx touche-t-il l'ensemble X ? ", c'est à dire, y a-t-il une
intersection non vide entre Bx et X ?
L'ensemble des points de l'image (figure II.21) correspondant aux réponses positives forme le nouvel
ensemble Y des dilatés de X, noté comme suit :
40
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
D’après les exemples ci-dessus, on remarque que l’érosion et la dilatation (tableau II.1) produisent plusieurs
effets caractéristiques [66].
Erosion Dilatation
• Les structures de taille inférieure à B sont • Les trous de taille inférieure à B sont bouchés.
éliminées.
• La surface des structures de taille supérieure à B • La surface des structures est augmentée.
est réduite.
• Les structures ayant des étranglements de • Les structures voisines séparées d’une distance
largeurs inférieures à B sont séparées. inférieure à B sont fusionnées.
Ø Ouverture
Puisque l'érosion et la dilatation sont des transformations itératives, il est possible d'effectuer sur un
ensemble X une érosion, puis de dilater l'ensemble érodé par un même élément structurant B. Le résultat est
nommé l'ouvert de X par B, noté comme suit :
41
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Après une ouverture, on ne retrouve pas l'ensemble de départ; l’ensemble ouvert est plus régulier et moins
riche en détails que l'ensemble X initial (voir figure II.22). La transformation par ouverture adoucit les
contours, coupe les isthmes étroits, supprime les petites îles et les caps étroits.
Figure II.22: Ouverture d’une image mammographie par un élément structurant circulaire.
Ø Fermeture
La fermeture est l'opération "inverse" de l'ouverture, c'est à dire que l'on applique tout d'abord une dilatation
puis une érosion (toujours en gardant le même élément structurant). Le résultat est nommé le fermé de X par
B, noté comme suit :
Un ensemble fermé est également moins riche en détails que l’ensemble initial (figure II.23). La
transformation par fermeture bouche les canaux étroits, supprime les petits lacs et les golfes étroits.
Figure II.23 : Fermeture d’une image mammographique par un élément structurant circulaire.
42
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
L’ouverture et la fermeture sont des filtres morphologiques bien adaptés pour éliminer les structures dont la
forme et le contraste sont connus.
D’autres effets caractéristiques sont résumés dans le tableau ci-dessous :
Ouverture Fermeture
• Supprimer les structures claires. • Supprimer les structures sombres.
• Filtrage (lissage) de contour des formes. • Boucher les trous plus petits que B.
Ø Le gradient morphologique
C’est un algorithme intéressant permettant de mettre en évidence les contours d’objets dans une image. Le
principe est de matérialiser les fortes variations de niveaux de gris à l’aide de la dilatation et de l’érosion. Le
gradient morphologique (figure II.24) est défini comme étant la différence entre la dilatation d’une image
par un élément structurant B et son érosion par le même élément structurant. Pour un pixel donné, le
gradient morphologique est donc la différence entre le maximum et le minimum des niveaux de gris des
pixels traités par l’élément structurant B [67].
On peut voir dans cette équation, que le gradient morphologique mesure la différence maximale de niveau
de gris entre les pixels du voisinage défini par B.
43
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
On peut construire différentes familles de filtres morphologiques à partir des filtres de base, l’ouverture et la
fermeture morphologiques (figure II.25):
Composition
Le chapeau haut de forme est une transformation qui permet de retrouver les informations éliminées par
l'ouverture morphologique ou la fermeture morphologique. On définit la transformation du chapeau haut de
forme, blanc comme la différence algébrique entre la fonction de départ f et l'ouvert B(f) (voir Figure II.26)
tel que :
44
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
De même on définit la transformation du chapeau haut de forme noir (figure II.27) comme :
Figure II.26: Chapeau haut de forme blanc (WTH) d'une fonction numérique f par un Élément structurant B [64].
Figure II.27: Chapeau haut de forme noir (BTH) d'une fonction numérique f par un élément Structurant B [64].
Ø Rehaussement du contraste
Un rehaussement du contraste est effectué pour mettre en évidence toute les taches de hautes fréquences,
autrement dit, toutes les régions susceptibles d’être des calcifications. Dans ce but nous avons proposé deux
organigrammes (figure II.28 et figure II.30) de prétraitement pour la détection des calcifications ainsi que les
résultats obtenus.
45
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Image rehaussée
Figure.28 : Organigramme de prétraitement proposé pour la détection des calcifications par white and black Top-hat
transform [68].
En appliquant ces étapes sur des images mammographies " base de donnée algérien" avec un choix de
l’élément structurant utilisé pour le chapeau-haut-de-forme noir et blanc sur les images maligne et bénigne,
avec un élément structurant en forme de disque pour supprimer l'éclairage du fond inégal de l’image
correspondant à un disque avec une taille de 5X5 [69-71]( c’est la taille moyenne, d’un élément de base
d’une calcification).
Figure 29: Résultats relatifs à chaque étape de l'algorithme proposé pour le prétraitement de l'image
mammographique [54]:
a) la mammographie Originale b) Mammographie Image avec suppression du bruit par les filtres de diffusion
anisotrope et ajuste le contraste; c) la soustraction entre les résultats de WTH et BTH; d) addition du résultat précédent
avec elle-même; e) Superposition du résultat précédent de l'image originale.
46
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
En appliquant les deux organigrammes sur des images mammographies "Mini-MIAS" avec un choix de
l’élément structurant utilisé pour le chapeau-haut-de-forme blanc correspondant à un disque avec une taille
de 5X5 [69-71] (c’est la taille moyenne, d’un élément de base d’une calcification), on obtient (voir Figure
II.31).
Suppression du bruit
Filtre de gaussien
Morphologie mathématique
(chapeau-haut-de-forme blanc)
Figure II.30 : Organigramme de l’algorithme proposé pour la détection des calcifications [72].
47
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
NB : pour la détection des microcalcifications, nous avons utilisé le Chapeau Haut de Forme Blanc(White
Top Hat).
Où Oi et Fi sont une famille d’ouvertures et une famille de fermetures par un élément structurant de même
forme et de taille croissante [73]. On peut changer également l’ordre des ouvertures et des fermetures pour
obtenir un Filtre Alterné Séquentiel Blanc (FASB) :
!"+ ($) = &% % . &' ' &* * (II.19)
Ces filtres FAS qui sont gourmands en temps de calcul [73] conduisent à une bonne réduction du bruit grâce
à une élimination progressive des pics et des creux de faible surface. En pratique, le dernier élément
structurant utilisé n’est pas choisi librement. Il est déterminé en fonction de la taille minimale des objets de
l’image que l’on veut conserver après filtrage.
Les exemples suivants (figure II.32 et II.33) utilisent le Filtre Alterné Séquentiel (FAS) noir et blanc sur les
images maligne et bénigne [54], avec une variation des paramètres sur les images mammographiques.
Image originale maligne FAS Noir de Taille 10. FAS blanc de taille 10.
Figure II.32: Application du Filtre Alterné Séquentiel noir et blanc sur une image mammographique maligne.
48
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
Image originale bénigne FAS Noir de Taille 10. FAS blanc de taille 10.
Figure II.33: Application du Filtre Alterné Séquentiel noir et blanc sur une image mammographique bénigne.
Interprétation
D’après les résultats ci-dessus, nous concluons que Les filtres séquentiels alternés permettent de se
débarrasser d’éléments surnuméraires additifs et soustractifs grâce à l’alternance d’ouvertures et de
fermetures avec des éléments structurants de plus en plus grands. Le chapeau haut de forme peut être dans
ce cas utilisé pour corriger l’éclairage inégal lorsque le fond est sombre.
49
Chapitre II Les prétraitements des images mammographiques
II-5 Discussion
Dans ce chapitre, nous avons présenté des notions générales sur le traitement d’images, et introduit les
différentes techniques d’amélioration de l’image utilisées dans l’imagerie médicale.
Dans la première section, nous avons présenté les techniques employées pour l’amélioration des imageries
médicales par modification d'histogrammes. Nous avons mis en avant les propriétés de ces dernières, ainsi
que leurs avantages et leurs inconvénients.
Dans la deuxième section, nous avons présenté trois types des filtres : les filtres linéaires, les filtres
morphologiques et les filtre non linéaires. Ces derniers permettent de réaliser le filtrage du bruit et le
rehaussement d’une image tout en conservant les contours de celle-ci. Comme ce fut le cas pour
l’algorithme de Peronna et Malik, dont l’étude théorique des propriétés et de la stabilité de ce nouveau
modèle a conduit notre application suivant un choix approprié des paramètres, en particulier de la fonction
de diffusion, pour rehausser l’image tout en conservant les gradients. Les filtres de la morphologie
mathématique qui offrent un grand nombre d’outils très puissants de traitement et d’analyse d’images que
l’on retrouve sous différentes rubriques dans certains logiciels d’analyse d’images et dont le but est l’étude
des objets en fonction de leurs formes, de leurs tailles, des relations avec leurs voisinages, de leurs textures
et de leurs niveaux de gris, ont produits des résultats intéressants dans l’amélioration du contraste de l’image
mammographique.
Nous avons remarqué que, le filtrage non linéaire par diffusion anisotrope et comme étant un processus de
diffusion qui est amoindri ou stoppé aux abords des contours en sélectionnant un taux de diffusion adaptatif,
donne une meilleure résolution que les filtres morphologiques pour l’amélioration des microcalcifications de
l’image mammographique.
50
Chapitre III
Préambule
La segmentation est l’une des étapes les plus importantes pour l’analyse des données d’images. Elle vise à
décomposer complètement ou partiellement une image en régions qui possèdent une corrélation forte avec
les objets d’intérêt (à détecter) dans l’image. Elle permet ensuite de visualiser et de quantifier ces objets. Un
bon résultat de segmentation ne permet pas forcément une bonne interprétation, mais nous ne pouvons pas
obtenir une bonne interprétation à partir d'un mauvais résultat de segmentation [74].
Dans ce chapitre, nous allons esquisser un état de l'art sur les méthodes de segmentation d'images. Cette
revue des différentes techniques et approches n'a pas pour but d'être exhaustive mais de montrer la grande
diversité qui existe au sein de ce vaste domaine.
Les traitements de bas niveau opèrent en général sur les grandeurs calculées à partir des valeurs attachées
à chaque point de l'image sans faire nécessairement la liaison avec la réalité qu'elles représentent. Par
exemple, la détection des contours est un traitement de bas niveau qui est effectué «sans comprendre»
l'image. Le contour détecté peut très bien ne pas correspondre à un bord d'objet dans la réalité et ne présente
aucun intérêt. Ainsi les traitements de bas niveau opèrent plutôt sur des données de nature numérique [75].
A l'opposé, les traitements de haut niveau s'appliquent à des entités de nature symbolique associées à une
représentation de la réalité extraite de l'image. Ils sont relatifs à l'interprétation et à la compréhension de
l'image et sont exprimés avec des mots du vocabulaire de l'application. Par exemple, des zones d'une image
aérienne peuvent être caractérisées par leur forme (rectangulaire, linéique,..), être étiquetées avec les
termes : bâtiment, route, bosquet, ombre, etc [75].
51
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Les étapes que comprend le traitement d’image vont être explorées dans la figure suivante :
52
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
L’objectif de la détection de contours est la détermination des points de l’image séparant des zones de
caractéristiques différentes. Chaque méthode de détection de contours est justifiée de manière plus ou moins
explicite par la définition du type de transitions recherchées.
De manière duale, le but de la segmentation en régions est de partitionner l’image en ensembles de points
connexes possédant des propriétés d’homogénéité.
Ø Un ensemble d’entités,
Ø un ensemble d’attributs caractérisant ces entités,
Ø des relations topologiques entre ces entités,
Ø des attributs relationnels.
On cherche des partitions de données ayant des propriétés intrinsèques par rapport aux attributs et aux
relations topologiques (la 4 connexité et la 8 connexité).
53
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Dans la littérature [77], de nombreuses techniques de segmentation sont proposées, mais la plupart d’entre
elles ont besoin de plusieurs paramètres, dont le réglage exige souvent l’expertise humaine.
Dans ce chapitre, nous étudierons les méthodes qui se basent sur les modèles déformables, selon les contours
actifs (les snakes) et les ensembles de niveaux (level set) ainsi que les opérations qui s’appuient sur la notion
de la forme suivant la morphologie mathématique.
Comme précisé précédemment, la segmentation est une étape qui s’avère primordiale. Il est de ce fait,
très important d’obtenir des résultats satisfaisants au cours de cette étape.
La segmentation peut être conduite selon différentes modalités sur les images numérisées, elle peut ainsi être
effectuée [79]:
Il faut noter que les méthodes de segmentation automatique permettent une reconstruction rapide. Elles
sont néanmoins beaucoup moins précises que les techniques acceptant une correction manuelle (suite à un
pré seuillage automatique par exemple).
Méthodes de Segmentation
Approche
Approche Approche Théorie des Approche
région-
région contour graphes structurellle
contour
54
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Cette approche se distingue par exemple, des segmentations par contours ou par seuillage dans lesquelles
les régions créées ne possèdent pas toutes ces propriétés. On distingue dans cette approche les méthodes
suivantes :
55
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
D’une façon générale, les méthodes de croissance de régions offrent l’avantage de fournir des contours bien
délimités pour les régions obtenues. Néanmoins, la localisation de ces contours souffre d’imprécisions
importantes car il s’agit d’une croissance basée régions et non pixelique [83].
56
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Vérification du
Non critère de
Arrêt
similarité entre
les régions
Oui
Accroitre la région
Oui Non
Image segmentée Accroitre la région
Ce sont des approches qui opèrent en découpant l’image originale en régions plus petites suivant un
critère d’hétérogénéité. Le découpage s’arrête quand il n’y a plus de régions inhomogènes [84].
Le principe de cette technique est de considérer l’image elle-même comme région initiale, qui par la suite
est divisée en régions. Le processus de division est réitéré sur chaque nouvelle région (issue de la division)
jusqu’à l’obtention des classes homogènes [85].
57
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Les techniques de réunion (région merging) sont des méthodes ascendantes où tous les pixels sont visités.
Ces méthodes opèrent en regroupant des pixels ou des groupes de pixels selon un critère d’homogénéité
pour obtenir un ensemble de régions homogènes [87]. Elles suivent une hiérarchie arborescente.
Plusieurs règles de regroupement ont été proposées dans la littérature. Certaines de ces règles mettent en jeu:
· des propriétés statistiques telles que la moyenne ou la variance des niveaux de gris des régions, le
gradient moyen des frontières des régions, le contraste maximum des régions, ou d’autres
statistiques locales qui expriment l’état de la surface des régions;
· des propriétés géométriques ou morphologiques telle que l’élongation ou la compacité des régions.
Deux régions sont regroupées si par exemple un facteur de forme est conservé ou amélioré après
leur fusion.
Les inconvénients :
Ø Cette méthode dépend du critère de fusion qui peut influer sur le résultat final de la segmentation.
Ø Elle peut introduire l’effet de sous-segmentation.
Ø le résultat final (image segmentée) dépend fortement du choix des régions de départ.
Proposées par Horowitz [88], elles réunissent l’ensemble des algorithmes utilisés dans les techniques
précédemment citées (méthodes par fusion et méthodes par division).
58
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Splitting Merging
Figure III.9: Illustration du concept pyramidal de l'image pour la segmentation par fusion et division de régions.
· Diviser itérativement l’image en exploitant les caractéristiques propres de chaque région suivant un
critère d’hétérogénéité (surface, intensité lumineuse, colorimétrie, texture, etc.) jusqu'à avoir des
blocs contenant exclusivement des pixels similaires.
· Fusionner les blocs voisins s’ils sont similaires et réitérer l’opération jusqu'à ce que les
caractéristiques de l’image remplissent une condition prédéfinie: nombre de régions, luminosité,
contraste ou texture.
Plusieurs méthodes de détermination de cette valeur de seuil ont été appliquées pour la segmentation
d’images mammographiques. Certaines méthodes de détermination du seuil sont basées sur l’utilisation de
paramètres autres que le niveau de gris, tels que l’entropie [90] ou l’entropie de Tsallis [91]. A titre
d’exemple, Otsu [92] a formulé le problème de seuillage d’une image comme étant un problème d’analyse
discriminante itérative qui permet de choisir une valeur optimale du seuil. Le critère utilisé pour le choix du
seuil est basé sur la maximisation d’une mesure statistique de séparation entre les classes. Dans tous les cas,
le seuil obtenu via les méthodes citées ci-dessus sert finalement à la classification des pixels de l’image
59
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
selon leurs niveaux de gris. D’une façon générale, les méthodes de seuillage peuvent être classées en deux
catégories :
Ces deux classes peuvent être désignées en fonction du seuil S comme suit :
! = {0,1, #} (III.2)
" = {# + 1, $ % 1} (III.3)
Soient&'" la variance d’une classe, &(" )la variance interclasse et &*" la variance totale telles que :
&*" = 467!
58! .5 /9 % 23
"
(III.5)
Avec
2! , 2" >?2 ; désignent respectivement les niveaux de gris moyen des classes !, " et de l’image tel que :
A
2! = 4:58! 9@ A B (III.8)
C
A
2" = 467!
58:<! 9@ A
B
(III.9)
D
2 = 467!
58! 9@ .5 (III.10)
.!) et .! représentent respectivement les probabilités à priori des classes ! et " tels que :
.! = 4:58! .5 (III.11)
." = 467!
58:<! .5 (III.12)
.! + ." = 1 (III.13)
60
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
!
Le seuil optimum peut être déterminé en maximisant un des trois critères suivants :
%
#$
"( ) = % (III.14)
#&
%
#$
'( ) = (III.15)
#*%
#%
+( ) = , #*% (III.16)
&
Les trios critères sont équivalents, mais pour des raisons de simplicité, la variance interclasse est la plus
utilisée. Le seuil optimal ! est celui qui maximise cette variance :
L’exemple suivant (figure III.11) utilise l’analyse d’histogramme par seuillage global d'Otsu pour la
détection des masses et microcalcifications.
Figure III.11: Détection des masses et calcifications par analyse d’histogramme de seuillage global.
61
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Beaucoup de travaux se sont basés sur ces méthodes mais ils ne donnent qu’une évaluation «visuelle» des
résultats. Cette dernière a montré des résultats «jugés» de bonne qualité par les experts mais aucun résultat
quantitatif n’a été rapporté.
62
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Nous pouvons citer les approches se basant sur la méthode dérivative comme l’opération de gradient,
l’opération Laplacien et les différents filtre à savoir: filtre de sobel, prewitt et roberts ou bien des approches
analytiques comme le filtre de canny. Ce genre de techniques est peu exploitables car elles peuvent donner
leurs contours non fermés et restent sensible au bruit. La troisième approche pour la détection de contours
est proposée par les contours actifs (snakes). Cette méthode sera bien détaillée par la suite. La figure III.13
illustre les résultats obtenus avec quelques filtres avec l’image mammographie [54].
63
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Particulièrement les contours actifs paramétriques sont représentés explicitement comme des courbes
paramétrées dans une structure Lagrangienne, tandis que les contours actifs géométriques sont représentés
implicitement comme les ensembles de niveau d'une fonction bidimensionnelle qui se développe dans une
structure Eulérienne.
La courbe représentant le contour est défini sous la forme paramétrique de l’équation suivante :
L'idée de cette méthode est de déplacer les points pour les rapprocher des zones de fort gradient tout en
conservant des caractéristiques comme la courbure du contour ou la répartition des points sur le contour ou
d'autres contraintes liées à la disposition des points.
Au démarrage de l'algorithme, le contour est disposé uniformément autour de l'objet à détecter puis il va se
rétracter pour en épouser au mieux ses formes. De la même manière, un contour actif peut aussi se dilater et
tenter de remplir une forme. Il sera alors situé à l'intérieur de celle-ci au démarrage de l'algorithme.
A chaque itération, l'algorithme va tenter de trouver un meilleur positionnement pour le contour pour
minimiser ses dérivés par rapport aux contraintes utilisées. L'algorithme s'arrêtera lorsqu'il ne sera plus
possible d'améliorer le positionnement ou simplement quand le nombre maximum d'itérations aura été
atteint. On utilise les notions d'énergies interne et externe pour caractériser respectivement la forme du
contour et tous les éléments qui lui sont propres et, le positionnement du contour sur l'image en tenant
compte des lignes de gradient.
64
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Phases de l’algorithme
L’algorithme suit les phases ci-dessous à chaque itération:
· calcul des énergies interne et externe caractérisant le contour lui-même et son
positionnement sur l'image;
· pour chaque point du contour, détermination d'une nouvelle position sur laquelle le
contour devrait mieux minimiser les écarts de contraintes;
· arrangement du contour pour qu'il respecte des contraintes d'écartement entre les points,
de régularité de points, etc.
L’énergie interne
L'énergie interne ne dépend pas de l'image ni de la forme à détourer. Elle ne dépend que des points du
contour. Elle regroupe des notions comme la courbure du contour ou la régularité d'espacement des points.
En effet, le contour doit conserver une forme arrondie en minimisant les dérivées d'ordre 1, 2, ... et doit
empêcher un point de se détacher trop loin du reste du contour.
Idéalement, l'énergie interne est minimale pour un cercle où tous les points sont régulièrement espacés.
L’énergie externe
L'énergie externe correspond à l'impact du contour sur l'image. Pour la calculer, il faut considérer l'opposé
de la valeur de son gradient (ou de toute autre représentation mettant en jeu les contours à épouser) en
chaque point du contour.
· Cette énergie externe doit théoriquement être minimale si le contour épouse parfaitement la forme à
extraire.
· On ne considère l'opposé du gradient que pour avoir une énergie externe minimale à la convergence
de l'algorithme.
· On pourra utiliser une représentation en gradient et en flot pour ajouter de l'information dans les
zones uniformes où le gradient est nul, de manière à guider le contour vers le bord le plus proche.
65
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
b- Modifications du contour
Après avoir calculé l'énergie globale dégagée par le contour et par son positionnement sur l'image, il
convient de déterminer comment le faire évoluer pour minimiser cette énergie.
Pour cela, une méthode simple et intuitive est d'observer les pixels voisins immédiats de chaque point du
contour pour déterminer pour chacun d'eux l'énergie globale du snakes. Chaque meilleur voisin devenant un
point du contour. Il est nécessaire que le contour possède toujours suffisamment de points pour être sûr de
bien calculer son énergie globale et en particulier son énergie externe qui sera plus précise en tenant compte
davantage de points. C'est la raison pour laquelle il peut s'avérer pertinent de rajouter ou de supprimer des
points à chaque itération si des contraintes ne sont pas suffisamment respectées. Par exemple, on pourra
rajouter un point au snake si ses voisins sont trop éloignés. A l'inverse, on pourra supprimer un point s'il est
trop près de ses voisins.
Les exemples suivants (figure III.15) sont une application de contours actifs (snakes) sur l’image
mammographie en utilisant la base de données DDSM [101].
Segmentation
Avantages
Ø Extraction d’un minimum local par déplacements successifs d’une courbe polygonale;
Ø mise en œuvre en 2D simple et rapide;
Ø stabilité numérique face aux contraintes internes.
Inconvénients
66
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
La méthode des Ensembles de Niveaux est une méthode de simulation numérique utilisée pour l’évolution
des courbes et des surfaces dans les domaines discrets. C’est une représentation variationnelle des contours
qui conduisent à des solutions qui évoluent au cours du temps dans l’image régie par un critère global
[102][103].
Cette méthode permet de faire évoluer une courbe paramétrique fermée C(p) suivant une équation du type :
!
= $% (III.19)
"#
Chaque point de la courbe C évolue suivant la direction normale à la courbe avec une vitesse F.
L’avantage principal de cette méthode est la possibilité de gérer automatiquement le changement de
topologie de la courbe en évolution. La courbe C peut être divisée en deux ou trois courbes. Inversement,
plusieurs courbes peuvent fusionner et devenir une seule courbe. La méthode des Ensembles de Niveaux
est capable de réaliser ce changement en utilisant une fonction d’ordre supérieure :
Ø Principe de la méthode
Le principe des contours actifs est de faire évoluer une courbe. On a vu dans la section précédente
une formulation dynamique qui fait intervenir la vitesse d’évolution du contour. On va donc s’intéresser à la
façon de faire évoluer la courbe et plus généralement à la notion de propagation de fronts.
La figure III.16 illustre un exemple de l’application des contours actifs (levels set) sur l’image
mammographie [54].
67
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Segmentation
Inconvénients
L'implémentation implique plusieurs problèmes:
Ø On doit construire une fonction initiale Ф (x, y, z, t=0) de manière à ce que son niveau zéro
corresponde à la position initiale du contour;
Ø L'équation d'évolution n'est dérivée qu'au niveau zéro, la fonction vitesse v n'est donc pas définie (en
générale) pour les autres niveaux;
Ø La déformation constante peut causer la formation de coins saillants sur le modèle initialement lisse.
Ce coin, peut perturber les déformations successives, puisque la définition de la normale devient
ambigüe.
Ø Il est parfois nécessaire de recalculer la fonction distance par rapport au niveau zéro.
68
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Pour ce type de modèle déformable, chan & vese [103] utilisent un descripteur région qui est fonction de la
moyenne d’intensité. Un tel critère sert à segmenter la région homogène car on cherche la région dont les
pixels ont une intensité proche de la moyenne de la région. Ils définissent trois termes: descripteur de
l’intérieur, de l’extérieur et du contour. Donc l’idée est la suivante :
Soit une image, un contour fermé qui sépare deux régions l’une à l’intérieur (W!"#$ )$et l’autre à
l’extérieur de $(W%&# ) (figure III.17).
,(0) = NIO@ABP@PQ(0) R ST O U VWQ@(O U WADéQW@PQ<@$0) R X' ,-./ (0) R X* ,8>/ (0)J$ (III.25)
Avec :
Avec :
69
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
(!) = "- #$%(&, ')*|+&+' . / "- 0$%(&, ')*+&+' . 12 "678é96:;9<>:<?|3 4 !5 |5 +& (III.27)
Il est clair que les régions citées ci -dessus peuvent se définir par :
"J<678(?)|3(&, ') 4 !2 |5 +&+' = "KLM|3(&, ') 4 !2 |5 +&+' = "- |3(&, ') 4 !2 |0$%(&, ')*+&+' (III.29)
"J<:N8(?)|3(&, ') 4 !5 |5 +&+' = "KOM|3(&, ') 4 !5 |5 +&+' = "- |3(&, ') 4 !5 |0$%(&, ')*+&+' (III.30)
1I D(E,F)G(Ф(E,F)) HE HF
-$ = (III.32)
1I G(Ф(E,F)) HE HF
1I D(E,F)($JG*K(E,F).) HE HF
-" = (III.33)
1I ($JG*3(E,F).) HE HF
V : est un terme de pondération entre la régularisation et l’attache aux données. Cette fonctionnelle est
minimisée à l’aide des équations d’Euler, Lagrange et du gradient.
70
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Afin de calculer les équations d’Euler et Lagrange, les auteurs considèrent des versions régularisées de la
fonction d’évolution. La formule III.34 devient alors :
Ф
= "_Ɛ(Ф)[µ#(Ф) $ %(Ф) $ &' & *+ $ , & -+ $. / *_2 $ ^2] (III.35)
!
L’algorithme du modèle de chan & vese est donné suivant les étapes ci-dessous [103] :
Initialisation
- Réinitialisation tous les n (n>1) itérations Jusqu’à convergence ou jusqu’à ce que n = 01!345!167
Fin de boucle
Les exemples suivants (figure III.18 et figure III.19) sont une application de contour actif (Chen-vese) sur
l’image mammographie «malignes et bénignes» [54].
Figure III.18: Exemple de segmentation des microcalcifications malignes par contour actif : modèle Chen-vese.
71
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Figure III.19: Exemple de segmentation des microcalcifications bénignes par contour actif : modèle Chen-vese.
Les avantages Chen-vese
Ø extension à la 3 D simple;
Ø Modèle de Chanming Li
Pour ce type de modèle déformable, Chunming Li a proposé une nouvelle formulation variationnelle du
Level Set qui force la fonction d’ensemble de niveau d’être proche d'une fonction de distance signée [102]
et donc éliminer complètement le besoin du procédé coûteux de réinitialisation. De telle sorte que l’énergie
se compose d'un terme d'énergie interne et d'un terme d'énergie externe. Le terme d'énergie interne pénalise
la déviation de la fonction d’ensemble de niveau d'une fonction de distance signée, tandis que le terme
d'énergie externe conduit le mouvement du niveau zéro aux dispositifs désirés de l'image tels que des
frontières d'objet [102]. En raison de l'énergie interne, la fonction d’ensemble de niveau est gardée
naturellement et automatiquement comme fonction de distance signée approximative pendant l'évolution.
72
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
"
(Ф) = !Ω ($ %Ф $ &1)# '* '+, (III.36)
#
Elle indique de combien Ф est loin par rapport à la distance signée dans Ω Є R# (avec Ω: domaine totale de
l’image). Cette métrique présente le mot clé dans notre formulation level set.
La formule d’énergie totale est la suivante :
Ɛ2 (Ф): Énergie externe : elle dépend des données d'image permettant au contour initial à évoluer vers
les dispositifs désirés dans l'image.
Avec :
JI (Ф): Surface pondérée de Ω − Ф a pour objectif d’accélérer l’évolution et Ω-,Ф = {(x, y) |,Ф (x, y) < 0}.
73
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Le coefficient ν de A ! peut être positif ou négatif, selon la position relative du contour initial.
Si le contour initial est placé en dehors de l'objet, le coefficient ν dans le terme de la surface pondérée doit
prendre la valeur positive de sorte que le contour puisse se rétrécir plus rapidement.
Si le contour initial est placé à l'intérieur de l'objet, le coefficient ν doit prendre la valeur négative pour
accélérer l'expansion du contour.
L'énergie externe Ɛ ,λ,' (Ф) conduit le contour vers les frontières d'objet, alors que le terme µ!p(Ф) pénalise
la déviation de Ф d'une fonction de distance signée pendant son évolution. La dérivée première du
fonctionnelle Ɛ de (III.43) s’écrit comme :
'Ф 'Ф
= !µ["Ф ! #$% & )] ! *+,Ф-#$% &. ) ! %./+,Ф-/
Ɛ
Ф ('Ф( 'Ф
(III.44)
Où ∆ est l'opérateur Laplacien. Par conséquent, la fonction Ф qui minimise ce fonctionnelle satisfait
0Ɛ
l'équation d'Euler-Lagrange 0Ф
=1
Ce flux gradient est l'équation d'évolution de la fonction d’ensemble de niveau dans la méthode proposée.
Le deuxième et le troisième terme dans le côté droit (III.40) correspondent aux flux de gradient de l'énergie
λ L6 ,Ф-/et ν A6 ,Ф- respectivement, et sont responsables de conduire la courbe de niveau zéro vers les
frontières d'objets.
7Φ 9 9
/"Φ/ ! /div & ) = div 3&8 ! ) 7Φ4, a le facteur &8 ! ) comme taux de diffusion.
(7Φ( (7Φ( (7Φ(
Si (7:( >1, le taux de diffusion est positif et l’effet de ce terme est la diffusion habituelle,
C’est-à-dire rendre/Ф plus uniforme et donc réduire le gradient 7. Si 7: <1 le terme a un effet inverse et
augmente donc la valeur du gradient.
Avec :
EFФI
G<H J : Le terme dans (III. 45) qui est après l’égalité, et N: c’est un pas du temps.
74
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Ø Courbe initiale :
Coefficients: ρ > 2Ɛ
L’algorithme du modèle de Chunming Li est donné suivant les étapes ci-dessous [102].
- Evoluer le modèle en utilisant l’équation de l’évolution (III. 46) Jusqu’à convergence ou jusqu’à ce que
n= !"#$%"!&'
Fin de boucle
75
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
La figure III.20 illustre un exemple de l’application des contours actifs (Chunming Li) sur l’image suivante :
Remarque :
Puisque on travaille sur un ouvert Ω borné, les auteurs proposent des conditions aux limites (aux bords)
[104]. Les conditions qui interviennent naturellement au traitement d’images sont les conditions de
!
Neumann "
= 0 sur #$.
Pour imposer une telle condition, il suffit de prolonger l’image discrète I par réflexion par rapport à ses
bords [104].
La formulation du level set proposée par Chunming Li a trois principaux avantages par rapport aux
formulations d’ensemble de niveau traditionnel [102]. D'abord, une étape de temps sensiblement plus grande
peut être employée pour résoudre numériquement l'évolution PDE et accélère donc l'évolution de la courbe.
En second lieu, la fonction d’ensemble de niveau pourrait être initialisée comme fonctions qui sont plus
efficaces et plus facile à implémenter que la fonction de distance signée [102].
Troisièmement, l'évolution du level set proposée peut être mise en application en utilisant l'arrangement
simple de différence finie, au lieu de l'arrangement "schéma décentré" complexe comme dans les
formulations d’ensemble de niveau traditionnel [102].
76
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Il s’agit d’une coopération (figure III.21) dans laquelle l’une des techniques de segmentation (région ou
contour) est réalisée en premier lieu; son résultat va être exploité par l’autre technique pour renforcer la
définition des critères ou des paramètres de la segmentation.
Image originale
Segmentation
par contours
Segmentation
Contours par régions
Régions
77
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Les deux types de la segmentation seront réalisés indépendamment; la coopération (figure III.22)
concernera leurs résultats qui seront intégrés afin d’atteindre une meilleure segmentation;
Image originale
Segmentation Segmentation
par contours par régions
Image segmentée
Les deux types de segmentations coopéreront mutuellement (figure III.23) au cours de leur processus
d’exécution.
Image originale
Segmentation Segmentation
par contours par régions
Contours Régions
78
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
L’information échangée sert à aider la technique de segmentation dans la prise de décision dans le cas de
lacunes ou d’informations insuffisantes. La coopération permet de prendre des décisions plus sûres et plus
fiables.
Dans les approches de segmentation utilisant la théorie des graphes, l’idée directrice est de créer un graphe à
partir de l’image selon des procédés assez simples et de travailler sur ces graphes pouvant ainsi utiliser toute
la panoplie d’outils développés dans le cadre de cette théorie. Un travail relativement important sera
d’évaluer les arêtes puisque ceux sont-elles qui permettront de donner les caractéristiques de l’image à notre
graphe.
Un état de l’art très récent a été fait par Faliu Yi et Inkyu Moon [109] où ils ont décrit le concept des
théories de graphes basé sur la segmentation d’images et ils l’ont classifié en trois différentes catégories :
coupe de graphe accéléré (speed up-based graph cut), Coupe de graphe interactif (interactive-based graph
cut) et Coupe de graphe en fonction de forme à priori (shape prior-based graph cut).
En d’autres termes, cette méthode consiste à «immerger» l’espace et à compter le nombre « d’îles ». De
manière plus formalisée, on compte le nombre de composantes connexes (figure III.25) aux ensembles
= {! /"#(!) $ "%} où # représente la densité.
79
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Par définition, on entend par marqueur une ou plusieurs composante(s) connexe(s) permettant de localiser
les régions devant être segmentées dans l’image. Notons !" l’image (binaire) des marqueurs définie comme
suit :
0"""%&"# ' *+,-./.,
! (#) =$ (III.47)
1"""""""""""""""""""""""""%&232
Figure III.26: Processus de LPE par inondation avec contrainte (b) et sans contrainte (a) [110].
80
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
La LPE s’avère être une technique puissante de segmentation à partir du moment où les étapes préparatoires
(1 et 2) qui lui sont associées sont correctement effectuées.
La figure suivante illustre un exemple d’application de LPE sur l’image mammographique [54].
Marqueurs et contours
superposés sur l''image d''origine
Les attributs pour la détection des lésions dans les images mammographiques proposés dans la littérature
sont très variés et on retrouve des adaptations de toutes les méthodes du traitement d’images mettant en
œuvre l’analyse multi résolution selon les travaux de Liu [112], la segmentation par croissance de régions
adaptative dans les travaux de Rangayyan [113-115], la détection par la morphologie mathématique mise en
exergue par la ligne de partage des eaux dans les travaux de Vachier [116], pour la détection des masses.
L’extraction des calcifications par des transformations morphologiques se basant sur le chapeau haut de
forme dans les travaux de Rick [117], ainsi que la détection de masses suivant les contours actifs autour des
travaux de Boujelben [118] etc.
81
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Image
Apprentissage
adaptation du
prototype normalisation décision
Classes
modéle
paraméttrique modéle de la
Image des prototype Utilisation
variabillité
histrogrammes
Les résultats obtenus montrent l’utilité des fonctions d’appartenance adaptatives dans le traitement d’images
dans la classification, et aussi la possibilité de calculer l’estimation des variabilités entre les images.
Néanmoins, le prototype se base sur le choix des paramètres de modélisation des histogrammes. Il faut donc
trouver les bonnes fonctions de paramétrage ainsi que le nombre de composantes idéal pour décrire la
densité dans les histogrammes. Il reste aussi que les résultats obtenus ne sont pas quantitatifs et sont juste
des appréciations des experts et des comparaisons avec des travaux antérieurs se basant sur des
classifications classiques non adaptatives.
82
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
mammogramme numérique
traitements préliminaires
opacités
Figure III.29: Les principales étapes de l’algorithme de détection des opacités du sein [116].
Ø Traitement préliminaire : elle permet de réduire la fenêtre de travail (la glande mammaire peut ne
pas occuper qu’une petite partie du cliché radiographique), ce qui permet de réduire les temps des
traitements qui suivront l’algorithme utilisé pour la segmentation de la glande mammaire qui est basé
sur l’utilisation de la fonction d’extinction surfacique et de la LPE [116].
Ø Segmentation des sur-densités : elle consiste à extraire les régions d’intérêt dans la glande
mammaire : les sur-densités1, l’algorithme utilisé ici est toujours basé sur la LPE; les marqueurs des
sur-densités sont obtenus en considérant les maxima de plus forte dynamique [116].
1
Une sur-densité correspond à une région à fort contraste.
83
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Ø Caractérisation des sur-densités : elle permet de créer pour chaque sur-densité (un candidat) une
carte d’identification contenant toutes les caractéristiques et indices nécessaires à la détection d’une
anomalie (pathologie) (utilisés par les radiologues) [116].
Ø Sélection des sur-densités anormales : elle consiste à comparer chaque carte d’identification d’un
candidat à la carte d’identité de la pathologie à rechercher et ainsi, la confrontation de ces deux
modèles permet de conclure pour chaque candidat, si oui ou non il correspond à une lésion.
Les résultats obtenus par cette méthode sont très prometteurs avec un taux de performance d’environ 73.5%.
Néanmoins, le système a été testé sur un petit échantillon d’images et pour une seule pathologie. De plus, la
méthode de sélection des anomalies est très primitive et lente. Les indices de détections tels qu’ils sont pris
sont insuffisants car chaque indice dans une carte d’identification peut avoir un poids variant d’une
pathologie à une autre, sans parler de la méthode LPE qui est une méthode paramétrable, donc une erreur de
paramétrage peut aboutir à des résultats très mauvais [116].
84
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Dans ce dernier cas, le degré d’appartenance est calculé en utilisant le niveau de gris du pixel et la valeur
moyenne de la zone.
Lorsque cette agrégation itérative est finalisée, l’ensemble des pixels appartenant à la zone tumorale (resp.
fond d’image) auront une valeur d’appartenance unitaire (resp. zéro). Les pixels ayant des valeurs
d’appartenance partielles ( i.e.Î ] 0, 1 [ ) sont considérés comme étant des pixels appartenant aux zones
frontières qui séparent la zone tumorale du fond. Cette méthode a été appliquée sur 18 mammographies. Les
résultats obtenus montrent que les masses bénignes sont plus homogènes que les masses malignes.
Néanmoins, aucun résultat quantitatif n’a été rapporté dans cette étude [115].
Une partie de mammographie d'une
tumeur maligne spéculée
Figure III.31: Segmentation par croissance de régions permettant de décrire des contours flous [115].
Le travail de recherche appréhendé par Boujelben se rapporte à la détection des calcifications dans une
image mammographique suivant les ensembles de niveaux [118].
La première phase consiste à appliquer sur l’image une transformation logarithmique pour améliorer le
contraste des régions proches du contour de la tumeur (figure III.32).
Figure III.32: Résultats de la transformation logarithmique: a) original image, b) enhanced image [118].
85
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
La seconde étape consiste en la binarisation de l’image pour recueillir l’enveloppe de la glande mammaire
(figure III.33).
Figure III.33: Résultats de la binarisation :a) image améliorée, b) méthode d’Otsu, c) Méthode Maximum –entropie,
d) Méthode de la « Maximum corrélation » [118].
La quatrième étape vise la séparation du buste par rapport au fond de l’image en utilisant l’étiquetage des
composantes connexes (figure III.35).
Figure III.35: Séparation de la glande mammaire du fond, a) identification de points supérieur et inférieur,
b) dessin de deux lignes de séparation, c) à l'aide de l'algorithme d'étiquetage en composantes connexes [118].
86
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Figure III.36: Région du sein extraction, a) image originale, b) amélioration logarithmique, c) binarisation avec un
seuil de Otsu, d) séparation de la région de la poitrine, e) sélection de la plus grande maison, f) résultat final de
l'extraction du sein [118].
La détection des régions d’intérêt se fait dans ce cas en appliquant les ensembles de niveaux. La figure
suivante illustre l’application de l’approche des ensembles des niveaux sur une image présentant une tumeur
maligne en utilisant pour l’initialisation, le niveau de gris maximum.
Figure III.37: Détection de la région d’intérêt : (a) image originale, (b) détection de la glande mammaire, (c)
application des ensembles de niveaux, (d) Région détectée [118].
Les travaux de Liu [112] se basent sur un système multi-résolution pour la détection des lésions stellaires
dans la mammographie numérique. Tout d'abord, une représentation multi-résolution de la mammographie
initiale est obtenue en utilisant une phase non linéaire séparable 2D transformée en ondelettes. Un ensemble
de caractéristiques est ensuite extrait à chaque résolution pour chaque pixel. Cela répond à la difficulté de
prédéterminer la taille du voisinage pour l'extraction de caractéristiques pour caractériser les objets qui
peuvent apparaître avec différentes tailles. La détection est réalisée à partir de la résolution la plus grossière
à la résolution la plus fine en utilisant des classificateurs d'arbres binaires. Cette approche top-down
nécessite moins de calculs en commençant par le moins de données et la propagation des résultats de
détection des résolutions plus fines. Des résultats expérimentaux sur la base de données d'image de MIAS
ont montré que cet algorithme doté d'une capacité de détection des lésions étoilées de tailles très différentes
[112].
Ceci est représenté sur la figure III.38 et où les représentations multi-résolution d'une partie de la
mammographie avec une grande lésion stellaire dans la zone cerclée sont affichées
87
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
Multi résolution
a) b) c) d)
Figure III.38: Représentation multi-résolution d'une mammographie a) mammographie initiale J = 0 avec une lésion
stellaire (encerclée), b) niveau J = -1, c) niveau J = -2, d) le niveau J = -3 [112].
Avec
Les résultats expérimentaux ont montré que cet algorithme est capable de détecter des lésions stellaires de
tailles très différentes. Certains de nos résultats de détection sont présentés dans la figure III.39.
a) b) c)
88
Chapitre III Etat de l'art sur les méthodes de segmentation
III-7 Discussion
Dans ce chapitre, nous avons proposé une classification des méthodes de segmentation des images
mammographiques en explicitant les techniques les plus connues et les plus employées. Cependant chacune
d'entre elles a ses qualités et ses défauts, et c'est sur cette base que doit se faire le choix de l'emploi de l'une
ou l'autre de ces techniques…. ?
L’analyse des principes et des performances des différentes méthodes de segmentation permet de déduire les
remarques suivantes :
Ø Etant donné le faible contraste et la nature fortement texturée des images mammographiques, toutes
les méthodes de segmentation proposées dépendent très fortement des valeurs choisies des
paramètres (seuils, valeurs moyennes, variances, etc.) et des modèles exploités par ces méthodes
(densité de probabilités, fonction d’appartenance …). Par conséquent, une faible erreur d’estimation
de ces paramètres ou de ces modèles peut aboutir à des résultats de segmentation de qualités
médiocres en termes de taux d’erreur au niveau pixelique. Cette mauvaise estimation risque
également de compromettre la détection des petites régions contenues dans les images
mammographiques.
Ø Les méthodes de segmentation par croissance de régions se basant sur les mesures liées aux niveaux
de gris (y compris des mesures texturales), ou des mesures probabilistes apportent une bonne
identification initiale des régions d’intérêt mais souffrent de l’inconvénient majeur d’une localisation
imprécise des contours de ces régions.
Ø L’approche de segmentation par les contours actifs présente de bons résultats au niveau de la
localisation des contours des régions d’intérêt, à condition que l’initialisation de ces contours ne soit
pas trop éloignée des contours finaux. Néanmoins, la nature texturée des images mammographiques
fait souvent aboutir à de multiples faux contours à l’intérieur des régions détectées.
Ø Les méthodes de segmentation basées sur le concept de ligne de partage des eaux est puissante et
souple, mais le choix des paramètres reste le maillon faible de cette méthode.
89
Chapitre IV
Préambule
On s’intéresse dans ce travail de thèse à la description des pathologies mammaires pour mieux les
diagnostiquer. L’analyse de forme fait partie d’une chaîne compacte indissociable de traitement numérique
et automatique (ou semi-automatique) intitulée le diagnostic assisté par ordinateur.
L’objectif de ce travail est de proposer une méthode de segmentation des images mammographiques dans le
but de l’extraction et de la classification des pathologies mammaires issues de la base de données Mini-
MIAS (Mammographic Image Analysis Society) et notre base de données. Le but de cette méthode est de
faciliter la détection et l’interprétation des microcalcifications du sein.
Dans ce chapitre, nous donnerons des résultats détaillés de segmentation des différentes images
mammographiques retenues ainsi que la présentation de l’interface de l’application réalisée.
Ce travail a été réalisé au sein du laboratoire LAMPA (Laboratoire d’Analyse et de Modélisation des
Phénomènes Aléatoires) avec un ordinateur portable Intel core I3-2328M CPU @2.30GHz, CPU @ 2.30
GHz et, d’une capacité de mémoire vive « 6 GB RAM ».
90
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Notre application a été codée par le langage de programmation Matlab de version (R2013). Notre choix est
justifié par la souplesse et la facilité du travail. Matlab (matrix laboratory) est une bibliothèque très riche et
simple à utiliser. Elle nous a permis d’utiliser ses propres fonctions.
L’outil Guide (GUI) nous a bien facilité la tâche de la réalisation de notre interface graphique. Elle est
assurée en général par la création des :
91
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
92
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Le système (cf. figure IV.4) que nous avons développé a pour objectif la détection des microcalcifications
mammographiques qui sont représentés par les étapes suivantes :
1. En raison de la variabilité des tissus mammaires d’une patiente à l’autre, l’extraction de la zone
d’intérêt se fait d’une manière manuelle, moyennant l’annotation de l’expert;
2. Les applications des algorithmes de segmentation de la zone d’intérêt.
· l’extraction des calcifications par le chapeau haut de forme et le seuillage d’Otsu.
· l’extraction des calcifications par le chapeau haut de forme et contours actifs.
93
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Morphologie mathématique
(chapeau-haut-de-forme blanc)
Application de white Application de black
Top-hat transforms Top-hat transforms
Superposition du résultat du
chapeau haut-de-forme blanc
avec lui-même
Soustraction entre les
résultats de !" et !"
Superposition du résultat
précédent à l'image originale
(image rehaussée) Algorithme de segmentation
par contour actif
Algorithme de segmentation
par seuillage d'Otsu
Image segmentées
Dans notre système, nous avons utilisé deux méthodes de segmentation basées sur le chapeau haut de forme
blanc, coopérant avec le seuillage d’Otsu et le chapeau haut de forme noir et blanc, coopérant avec le modèle
déformable géométrique pour l’extraction des régions d’intérêts (microclacificatios).
94
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Remarque :
Afin d’éliminer les régions non suspectes et, pour plus de précision, l’image segmentée est présentée à
l’expert afin de lui permettre de sélectionner parmi les régions segmentées, celle qu’on appellera la région
d’intérêt c'est-à-dire qui présente réellement une lésion quelconque (microcalcifications). Après sélection de
la région d’intérêt par l’expert, vient le rôle du détecteur des contours actifs. Nous avons utilisé cet
algorithme afin d’extraire seulement la région d’intérêt à part.
95
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Dans cette partie, les méthodes de segmentation proposées ont été mises en œuvre dans le contexte de
l’identification des principaux tissus mammaires et l’extraction de la zone d’intérêt.
Nous présentons dans un premier temps les résultats obtenus après prétraitement. Nous verrons également la
Suppression du bruit et le rehaussement du contraste qui ont été exposé au chapitre deux (voir pages 25-27)
pour l’extraction des microcalcifications. Ensuite nous exposons les résultats obtenus de la segmentation par
l’approche contour (Modèle déformables géométriques) et les résultats obtenus de la segmentation par
l'approche d’Otsu.
Au cours de cette étude, nous varierons les différents paramètres et analyserons le comportement du
système de segmentation vis-à-vis de ces variations afin de comparer la robustesse et l’efficacité de chaque
méthode.
Dans notre cas, nous avons considéré un filtre gaussien d’écart type de valeur σ=0.5 pour réduire le bruit
présent dans l’image mammographie (voir figure IV. 5) et ne garder que les pics significatifs. L’image
résultante est notée (voir figure IV.7.b).
96
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
a) b)
Ø rehaussement du contraste
En appliquant ces étapes sur des images mammographies avec un choix de l’élément structurant utilisé pour
le chapeau-haut-de-forme noir correspondant à un disque avec une taille de 5X5 (c’est la taille moyenne,
d’un élément de base d’une calcification), nous avons obtenu les résultats suivants (voir la figure IV.8).
97
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Le complément de l’image rehaussée, permet d’accentuer la présence des calcifications. Le seuillage, extrait
alors uniquement ces microstructures. La figure suivante présente une comparaison entre complément de
l'image avant et après le prétraitement.
98
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 10: Résultat et la comparaison du filtrage de l'image mammographique par Anisotrope.
99
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
On voit bien que le filtre anisotropique accentue le contraste des contours, lisse les régions et diminue aussi
l’effet de volume partiel. La figure suivante représente le tracé complet de l’histogramme de différence. Le
tracé en rouge indique l’histogramme original et le tracé en bleu l’histogramme après filtrage.
Ø rehaussement du contraste
En appliquant ces étapes sur des images mammographies " base de donnée algérien" avec un choix
de l’élément structurant utilisé pour le chapeau-haut-de-forme noir et blanc.
Figure IV. 12: Résultats relatifs à chaque étape de l'algorithme proposé pour le prétraitement de l'image
mammographique [2]:
a) la mammographie Original b) Mammographie Image avec suppression du bruit par les filtres de diffusion
anisotrope et ajuste le contraste; c) la soustraction entre les résultats de WTH et BTH; d) addition du résultat précédent
avec elle-même; e) Superposition du résultat précédent de l'image originale.
100
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
L'image améliorée accentue encore la présence de calcifications. La figure suivante montre les comparaisons
de l'image après prétraitement.
Dans la première partie des résultats expérimentaux, la méthode de segmentation par le seuillage global de
l’algorithme d’Otsu s’est fait suivant la détection de l'opérateur du chapeau haut de forme issu de la
morphologie mathématique (l'étape de prétraitement), qui permet de ne garder que les petites structures. Les
résultats sont illustrés par les figures ci-dessous:
La première figure représenter deux images mammographie tiré de références de mammographie de la base
de données Mini-MIAS [54].
101
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 14: Résultats relatifs à chaque étape de l’algorithme proposé pour la détection des calcifications [54].
a) Image originale b) Chapeau haut de forme; c) Rehaussement du contraste (deux chapeau haut de forme + image
originale); d) Complément de l’image rehaussée; e) amélioration de l'intensité de l’image; f) Seuillage global
l’algorithme d’Otsu.
La deuxième figure représenter deux images mammographie tiré de références de mammographie de la base de
données algeriene [119].
102
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 15: Résultats relatifs à chaque étape de l’algorithme proposé pour la détection des calcifications [119].
a) Image originale b) Chapeau haut de forme; c) Rehaussement du contraste (deux chapeau haut de forme + image
originale); d) Complément de l’image rehaussée; e) amélioration de l'intensité de l’image; f) Seuillage global
l’algorithme d’Otsu.
Notre interface nous donne la possibilité de choisir la région à analyser. La figure suivante représente le
seuillage par Otsu de l'image mammographie avant et après découpage de l'image, en ne laissant que la
région identifiée par les radiologues experts.
103
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 16: Résultats de l'algorithme proposé pour la détection des calcifications avant et après de
redimensionnement de l’image en utilisant l’information annotée par le radiologue.
Un exemple de résultat de la segmentation de l’image qui représente par l'interface graphique et en utilisant
l’information annotée par le radiologue:
104
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Afin d’éliminer les régions non suspectes et, pour plus de précision, l’image segmentée est présentée à
l’expert afin de lui permettre de sélectionner parmi les régions segmentées, celle qu’on appellera la région
d’intérêt c'est-à-dire celle qui présente réellement une lésion (microcalcifications). Après sélection de la
région d’intérêt par l’expert, vient le rôle du détecteur des contours actifs.
La méthode de segmentation proposée a été mise en œuvre dans le cadre de l'identification des principaux
tissus de mammographie et d'extraction de la zone de calcification. Nous présentons d'abord l'image de
mammographie obtenue après le prétraitement et sélectionner la zone d'intérêt par une fonction de
MATLAB "imcrop". La segmentation par modèles déformables géométriques (Ensemble de niveau) est
présentée dans la dernière section [120].
Le choix du contour se fait manuellement à partir de la souris du PC (voir figure. 17. d). Après avoir choisi
le contour initial et dans le cas des microcalcifications, le nombre d’itérations pour la détection du contour
actif augmente en fonction de la taille de la zone d’intérêt [120].
D’autres paramètres sont utilisés également tels que: (alpha=1.5, epsilon = 1.5, lambda=3, kappa = 30).
105
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 18: Les résultats de l'algorithme proposé pour la segmentation par modèles déformables géométriques
(Ensemble de niveau):
a) l'image de mammographie après prétraitement b) Sélectionnez la zone d'intérêt en fonction de MATLAB imcrop;
c) Ajustement de la zone d'intérêt; d) initialisation manuelle du contour initial; e) L'évolution du contour; f) L'image
finale avec des modèles déformables géométriques (Ensemble de niveau) de segmentation [120].
Les deuxièmes résultats expérimentaux des images de mammographie, prises à partir de la base de données
du centre d'imagerie médicale [119].
106
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 19: Les résultats de l'algorithme proposé pour la segmentation par des modèles géométriques
déformables (Ensemble de niveau): a) image de mammographie après prétraitement b) Sélectionnez la zone
d'intérêt en fonction de MATLAB imcrop; c) Ajustement de la zone d'intérêt; d) initialisation manuelle du
contour initial; e) L'évolution du contour; f) L'image finale avec des modèles déformables géométriques
(Ensemble de niveau) de segmentation [120].
107
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Pour vérifier le bon fonctionnement de notre méthode de segmentation, nous l’avons appliquée sur les
différentes images mammographiques prises à partir de la base de données Mini-MIAS et notre base de
données. On peut observer que le modèle déformable peut améliorer les résultats de la segmentation initiale.
Bien qu’il améliore les paramètres de volume et de surface, nous constatons parfois qu’il converge vers de
faux contour à cause de la mauvaise définition (initialisation) des frontières. Cependant l’utilisation de
relations spatiales permet de réduire le taux de fausses détections, car ils empêchent la fuite du contour vers
les frontières mal définies. La figure IV.20 montre la qualité améliorée de la segmentation des
microclacifications par l’utilisation de la technique proposée.
Image mammographie image rehaussée L'évolution du contour Segmentation des foyers de microcalcifications
108
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
Figure IV. 20: Segmentation des foyers de microcalcifications en utilisent contour actif [120].
109
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
IV-3-3 Interprétation
Nous comparons dans les Tableaux (IV. 1 et IV. 2), les résultats obtenus par les deux algorithmes proposés.
Pour confirmer le choix de notre approche est fiable et peut être appliquée correctement pour segmentées les
microcalcifications mammaire.
A B C
Base de données Mini-MIAS Notre base de données
Nombre d’images totales 25 40
Temps d'exécution moyenne par image 41.5 Seconde 55.9 Seconde
Nombre d’images traitées 13 15
Nombre d’images bien traitées (vérifié visuellement) 10 8
Rapport de prétraitement (pour les images bien traitées) 77% 53%
Tableau IV. 1: Tableau de résultats obtenu avec la méthode de segmentation d'Otsu sur deux bases de données
Le tableau IV.1 représente un récapitulatif des résultats obtenus en appliquant la méthode de segmentation
d'Otsu sur deux bases de données. Le nombre d'image qu'on a jugé d'être nettement amélioré (visuellement)
est de 13 images pour la base de données de Mini-MIAS; soit environ un pourcentage de 77%. Hormis
qu'avec notre base de données, cette méthode nous a permis d'améliorer 8 images; soit 53% du nombre
totale d'images.
A B C
Base de données Mini-MIAS Notre base de données
Nombre d’images totales 25 40
Temps d'exécution moyenne par image 60.5 Seconde 80.9 Seconde
Nombre d’images traitées 13 10
Nombre d’images bien traitées (vérifié visuellement) 5 4
Rapport de prétraitement (pour les images bien traitées) 38% 40%
Tableau IV. 2: Tableau de résultats obtenu avec la méthode de segmentation du contour actif sur deux bases de
données
Dans le tableau IV.2, nous constatons que le pourcentage des images est de 38% pour la base de données
Mini-MIAS et de 40% avec notre base de données. Ceci nous permet de conclure que la méthode d'Otsu est
plus discriminante que la méthode du contour actif. Cela est dû à la nature texturée des images
mammographiques qui nous fait souvent aboutir à de multiples faux contours à l’intérieur des régions
détectées à cause de la difficulté du choix des paramètres d’initialisation.
110
Chapitre IV Tests, Résultats et Discussions
IV- 4 Discussions
Dans la vision par ordinateur, ce vaste domaine de recherche à la croisée des chemins entre les
mathématiques, le traitement du signal et l'intelligence artificielle, la segmentation des images est une tâche
très délicate et nullement aisée. Elle demande une connaissance précise des images, leur nature et le
domaine d’application. C'est ainsi que nous avons pris en considération l'aspect médical durant l'étude de
notre thèse, pour mieux comprendre notre sujet. Dans cette optique, nous avons proposé une nouvelle
approche pour la détection des calcifications sur les images mammographiques. Dans un premier temps,
nous avons appliqué une technique de traitement numérique de l'image dans le but d’améliorer ces images
en utilisant des opérations de morphologie mathématique afin d'améliorer le contraste entre les calcifications
et le fond dans le cliché de l’image mammographique numérique. Par la suite, nous avons prouvé la
faisabilité de la segmentation des microcalcifications mammaires par le seuillage d'Otsu. Le principe de
cette méthode consiste à faire une séparation des pixels d’une image en deux classes c (fond), c! (objet) à
partir d’un seuil S. Cette technique a donné des résultats satisfaisants au vu des résultats présentés dans la
littérature et confirmés par des médecins radiologues. Les résultats sont encourageants dans le cas de notre
étude.
Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons implémenté une autre technique de segmentation basée par
les contours actifs pour la détection des microcalcifications. Comme nous l’avons spécifié dans le chapitre
trois, l’approche de segmentation par les contours actifs présente de bons résultats au niveau de la
localisation des contours des régions d’intérêt à condition que l’initialisation de ces contours ne soit pas trop
éloignée des contours finaux. Néanmoins, dans notre cas, la nature texturée des images mammographiques
nous fait souvent aboutir à de multiples faux contours à l’intérieur des régions détectées. Cette technique ne
mène pas toujours à des résultats identiques. Les résultats ne sont donc pas satisfaisants par rapport aux
résultats obtenus par la technique d'Otsu.
111
Conclusion et perspectives
Nous nous sommes intéressés dans ce travail de thèse à l’étude des détections, d’amélioration
et de segmentation des clichés mammographiques en vue du diagnostic du cancer du sein à un
stade très précoce afin d’éviter toute complication engendrée par ce type de pathologie. En
effet, nous avons proposé deux approches pour l’identification des foyers des micros
calcifications dans les images mammographiques.
La recherche en imagerie médicale est une des disciplines les plus actives en traitement
d’images. Ses récentes découvertes permettent non seulement un meilleur diagnostic mais
offrent aussi de nouveaux espoirs de traitement pour de nombreuses pathologies.
Dans notre démarche, nous nous sommes lancé le défi d’améliorer la qualité visuelle des
clichés d’images mammographiques dans le but de pouvoir faire une détection précoce du
cancer du sein. En effet, le cancer du sein constitue la cause de décès la plus fréquente chez la
femme [1]. Particulièrement en Algérie, chaque année, plus de dix mille nouveaux cas sont
décelés avec une moyenne d’âge de 40 ans, dont 95% des cas, se présentent à un stade avancé
de la pathologie [2].L’étape du diagnostic, est une étape cruciale dans la lutte contre le cancer
du sein. Par conséquent, la détection du cancer, l'analyse et le traitement du cancer sont
devenus un grand axe de la recherche.
Pour répondre à cette problématique, nous avons mis au point une technique de rehaussement
basée sur la Suppression du bruit suivi par l’utilisation des transformations en chapeau haut
de forme.
112
Par conséquent, la conception d'un système de détection assistée par ordinateur (CAD)
représente un système d’aide pour les radiologistes dans l'interprétation des mammographies
pour le dépistage de masse et la calcification [10].
Dans le cadre de cette thèse, nous avons proposé d’utiliser un système pour la détection des
calcifications, fondé sur une nouvelle approche proposée de prétraitement d’images
mammographiques. Cette dernière est basée sur la suppression du bruit (diminuer au
maximum le bruit) par les filtres gaussien et anisotropique afin de ressortir toutes les taches
(Taches Claires) possibles d’êtres des calcifications. Ces opérations de prétraitement ont pour
but d’améliorer la qualité des images et de restreindre la zone de traitement avant l’étape de
segmentation.
A cet effet, nous avons appliqué une technique de traitement numérique de l'image dans le but
d’améliorer la qualité des images en utilisant des opérations de morphologie mathématique
afin d'améliorer le contraste entre les calcifications et le fond dans le cliché des images
mammographiques numériques. L’extraction des calcifications est faite suivant des
transformations en chapeau-haut-de-forme. Ces dernières sont constituées d’un ensemble de
techniques basées sur une étude des objets en fonction de leur forme, de leur taille et de leur
texture. Les résultats obtenus montrent que la méthodologie élaborée a été en mesure de
détecter des calcifications présentes dans les images testées aussi bien dans la base Mini-
MIAS que la base de données algérienne.
Dans une deuxième phase, nous nous sommes intéressés aux différentes techniques de
segmentation et les différentes approches rencontrées dans la littérature, qui a fait l’objet de
nombreux travaux de recherche depuis à peu près plus d’une trentaine d’années. Plusieurs
approches ont été décrites dans le chapitre trois. La méthode de segmentation proposée utilise
des méthodes contours et des méthodes Seuillages. Les méthodes basées sur les contours
« modèle déformable » appelées en anglais «Level set» sont des techniques difficiles à mettre
en œuvre car leur inconvénient majeur réside dans l’initialisation des frontières des
microcalcifications. On obtient souvent des régions non homogènes.
D’autre part, des méthodes basées sur le seuillage d’Otsu ont été proposées pour remédier à
ces problèmes. Le problème du choix du seuil se pose également dans ces techniques mais
nous sommes arrivés à mettre au point une méthode basée sur le principe d’Otsu qui nous a
permis de bien discriminer les calcifications. Les résultats obtenus sont visuellement très
clairs.
113
En guise de perspectives, nous proposons :
· Lorsque les masses mammaires sont importantes, nous proposons une étape de
description de ces formes obtenues à partir de l’étape de segmentation car une telle
caractérisation des masses est délicate. En effet, la considération d’une lésion maligne
en tant que bénigne pose un problème puisque la patiente réellement atteinte d’un
cancer n’aura pas le traitement adéquat pour maximiser ses chances de survie. En
revanche, considérer une lésion bénigne en tant que maligne fait croitre le taux des
biopsies inutiles sans oublier l’impact psychologique qu’une telle information sur les
patientes.
· L’étude locale de la texture de ces différentes masses mammaires. En effet, en plus de
la classification des masses en malignes/bénignes, l’étude de la nature de la texture
permet de différencier celle-ci entre les différentes classes et élaborer ainsi les niveaux
d’atteinte comme celles utiliser par l’ACR (American College of Radiology).
· Une autre perspective est de considérer dans le cas de la gaussienne une grande valeur
de σ pour obtenir une énergie potentielle créant une large vallée au niveau des
contours des masses ou calcifications. La valeur de σ est ensuite réduite pour affiner le
plaquage du modèle contre le contour.
114
Références bibliographiques
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Références bibliographiques
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Références bibliographiques
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