REPUBLIQUE DU CAMEROUN REPUBLIC OF CAMEROON

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UNIVERSITE DE YAOUNDE I UNIVERSITY OF YAOUNDE I
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FACULTE DES SCIENCES FACULTY OF SCIENCE
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DEPARTEMENT DE CHIMIE DEPARTEMENT OF INORGANIQUE
INORGANIQUE CHEMISTRY
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LABORATOIRE DE CHIMIE PHYSIQUE LABORATORY OF PHYSICAL AND
ET THEORIQUE CHM4148 : CHIMIE
THEORETICAL CHEMESTRY
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COMPUTATIONNELLE *************

TITRE : VISUALISATION DE
STRUCTURE SUR CHIMERA ET
EXPLORATION DE LA BANQUE DE
DONN2ES DES PROTEINES (PDB)

PRESENTE PAR :
OBAM BIKOUE Samuelle Ervane
18C2774

SOUS LA SUPERVISISON DE :
NDJABON E.

Année académique : 2022/2023

1. INTRODUCTION
 La Banque de Données sur les Protéines ou BDP du Research Collaboratory for
Structural Bioinformatics, plus communément appelé Protein Data Bank ou PDB est une
collection mondiale de données sur la structure tridimensionnelle (ou structure 3D) de
macromolécules biologiques : protéines, essentiellement et acides nucléiques. Ces structures
sont essentiellement déterminées par cristallographie aux rayons X ou par spectroscopie
RMN. Ces données expérimentales sont déposées dans la PDB par des biologistes et des
biochimistes du monde entier et appartiennent au domaine public. Leur consultation est
gratuite et peut se faire directement depuis des sites Internet de la banque tels que : PDBe en
Europe, PDBj au Japon ou encore RCSB PDB aux États-Unis.

USCF Chimera ou Chimera tout simplement est un logiciel extensible pour la

visualisation interactive et l’analyse de structures moléculaires et de données connexes,
notamment les cartes de densité, les assemblages supramoléculaires, les alignements de
séquence, les résultats d’amarrage, les trajectoires et les ensembles conformationnels

La protéine qui fait l’objet de notre étude est l’acétylcholinestérase.

L’acétylcholinestérase (AChE) est une protéine exprimée dans les systèmes nerveux
et sanguin des eucaryotes supérieurs. Si au sein du système circulatoire, son rôle
physiologique reste encore à élucider, sa fonction principale, au sein du système nerveux, est
parfaitement caractérisée. L’AChE est une protéine exprimée au sein des synapses dites
cholinergiques, i.e. qui utilisent le neurotransmetteur acétylcholine (ACh). De telles synapses
sont retrouvées au niveau des jonctions neuromusculaires, ainsi que dans les zones du cortex
en charge des fonctions cognitives (mémoire, orientation, jugement, etc.). L’AChE
hydrolysera à ces divers loci le neurotransmetteur ACh, terminant ainsi la transmission de
l’influx nerveux et restaurant, de fait, l’excitabilité de ces synapses. De sa vitesse d’hydrolyse
dépendra donc la rapidité de transmission des influx nerveux ; ainsi ; l’AChE est parmi les
enzymes les plus rapides de la Nature, avec un turn-over de 1000 à 20000 molécules par
secondes selon l’espèce considérée.

Très tôt (Allès et Hawes, 1940), et depuis lors constamment, des efforts considérables ont
été fournis dans le but de comprendre le mécanisme de fonctionnement de cette enzyme,
élucider sa structure et moduler son activité. L’AChE est en effet impliquée dans divers
problèmes majeurs de santé publique (maladie d’Alzheimer, myasthénie, intoxication aux
insecticides, aux gaz neurotoxiques, au venin de serpents Mamba ou au curare). Une
meilleure compréhension de son mécanisme d’action pourrait donc apporter des informations

2
 utiles en vue d’en résoudre certains. Il sera alors question pour nous dans ce travail de
visualiser sur Chimera les structures de la protéine obtenue sur PDB pour différentes espèces,
notamment : l’humain, la souris, l’anophèle, la mouche domestique, le serpent et le poisson et
d’en effectuer une étude comparative en établissant le pourcentage d’identité.

2. RÉSULTATS ET DISCUSSIONS
a. Résultats

AChE Specie Name file Number of PDB Code Subunit per Organism
Chains Chain
Human HU_ACHE_1.pdb 2 (A, B) 4EY5 542 Homo Sapiens
Mouse MO_ACHE_1.pdb 2 (A, B) 2HA0 543 Mus musculus
Anopheles Gambiae AN_ACHE_1.pdb 2 (A, B) 5X61 553 Anopheles
Gambiae
House fly HO_ACHE_1.pdb 2 (A, B)
Snake SN_ACHE_1.pdb 2 (A, B) 4QWW 542 Bungarus
fasciatus
Fish Fi_ACHE_1.pdb 4 (A, B, C, D) 5W4T 327 Danio rerio

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 1. Human vs. Mouse AChE

Human AChE vs Mouse AChE HU_ACHE A HU_ACHE B

MO_ACHE A 86.35 86.72
MO_ACHE B 28.41 87.08

2. Human vs. Anopheles Gambiae AChE

Human AChE vs Anopheles Gambiae AChE HU_ACHE A HU_ACHE B

AN_ACHE A 46.31 46.31
AN_ACHE B 46.31 46.31

4
 3. Human vs. Snake AChE

Human AChE vs Snake AChE HU_ACHE A HU_ACHE B

SN_ACHE A 63.28 63.28
SN_ACHE B 63.28 63.28

4. Mouse vs. Snake AChE

Mouse AChE vs Snake AChE MO_ACHE A MO_ACHE B

SN_ACHE A 63.1 47.97
SN_ACHE B 62.92 42.07

5. Mouse vs. Fish AChE

Mouse AChE vs Snake AChE MO_ACHE A MO_ACHE B

FI_ACHE A 0.00 0.61
FI_ACHE B 0.92 0.31
FI_ACHE C 0.00 0.00
FI_ACHE D 0.31 0.31

6. Mouse vs. House fly AChE

Mouse AChE vs House fly AChE MO_ACHE A MO_ACHE B

HO_ACHE A
HO_ACHE B

7. House fly vs. Anopheles Gambiae

House fly AChE vs Anopheles Gambiae AChE HO_ACHE A HO_ACHE B

AN_ACHE A
AN_ACHE B

8. Fish vs. Snake AChE

Fish AChE vs Snake AChE FI_ACHE A FI_ACHE B FI_ACHE C FI_ACHE D

5
SN_ACHE A 0.00 1.22 0.00 /
SN_ACHE B 0.92 / 0.92 /

b. Discussions

 D’après les résultats ci-dessus, force est de constater que de toutes les combinaisons
effectuées, celle qui présente le pourcentage de similarité des chaines le plus
significatif concernant la protéine maitresse de notre étude est celle de l’humain et de
la souris. Cela s’explique aisément par le fait que l’humain et la souris possèdent 99%
de gènes homologues. La souris est donc un merveilleux organisme pour mieux
comprendre certaines maladies génétiques humaines. Cependant, la comparaison des
deux génomes a aussi révélé des différences génétiques. La souris possède environ
300 gènes que l’humain ne possède pas et réciproquement. Les plus grandes
différences sont observées pour le sexe, l’odorat, le système immunitaire et la
détoxification.
 Le fort pourcentage de similarité dans les chaines d’acétylcholinestérase de l’humain
et du serpent peut également s’expliquer de façon assez particulière. En effet, il a été
découvert que les serpents femelles possèdent également un clitoris. Comme chez les
humains, l’organe fournit un certain plaisir aux serpents femelles. Selon l’étude qui le
suggère, les tissus érectiles, susceptibles de se gonfler par un apport de sang comptent
de nombreux faisceaux nerveux suggérant que leur stimulation pourrait fournir une
réponse sensorielle leur propriétaire. Aucune autre activité ne déclenche autant de
secrétions que le sexe. C’est une pluie de neurotransmetteurs.
 Le pourcentage de similarité entre le serpent et la souris, qui lui aussi est plus ou
moins grand, peut alors s’expliquer en faisant un assemblage de tout ce qui a été dit
précédemment.
 Pour ce qui est des autres combinaisons, les pourcentages de similarité des sont pas
élevés du fait de l’énorme différence qui existe entre les génomes des espèces
concernées.

3. CONCLUSION

6
 L’objectif de ce TP était, premièrement, de visualiser les structures des protéines
obtenues depuis la banque de données des protéine (PDB) et d’effectuer alors une étude
comparative de la protéine d’AChE dans différentes catégories d’espèces à savoir l’humain, la
souris, l’anophèle, le serpent, la mouche domestique et le poisson. Il en est ressorti que les
espèces qui présentent le plus important taux de similarité des chaines de l’AChE sont
l’humain et la souris.

4. RÉFÉRENCES

Jacques-Philippe COLLETIER, Études des relations structure – dynamique – fonction au sin

de l‘acétylcholinestérase, 21 juillet 2006

https://fr.m.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank

https://fr.m.wikipedia.org/wiki/UCSF_Chimera

https://www.futura-science.com/sante/actualiets/genetique-genome-souris-celui-homme-
1439/#de-la-souris-a-lhomme