“Diversity and Structure of the Endophytic Bacterial Communities Associated With
Three Terrestrial Orchid Species as Revealed by 16S RNA Gene Metabarcoding”
“Diversité et structure des communautés bactériennes endophytes associées à trois
espèces d'orchidées terrestres révélées par le métabarcodage du gène ARN 16S”
Notre article s’intéresse au microbiote endophyte bactérien de trois espèces
d'orchidées méditerranéennes (Neottia ovata, Serapias vomeracea et
Spiranthes spiralis). L’analyse du microbiote endophytique de ces orchidées
se fait par métabar codage du gène ARNr 16S.
Objectif : vérifier sera de vérifier si les différentes espèces et organes des
orchidées, à la fois souterrains et aériens, influençaient les communautés
bactériennes endophytes.
Métabar codage : utilisation de la technologie NGS qui permet en aveugle et
en une fois, d’identification de toutes les espèces présentes dans un
échantillon.
Endophytes : composants du microbiote végétal qui colonisent les tissus
végétaux sains internes et établissent des relations non nocives avec leur
hôte.
Rôles : protection contre maladie, sécheresse + protection des plantes
protection environnement. Favorisant la croissance des plantes (PGP)
peuvent favoriser la croissance des plantes par des mécanismes qui incluent
la libération de phytohormones.
Résumé : étude du microbiote endophyte bactérien de trois espèces d'orchidées
méditerranéennes (Neottia ovata, Serapias vomeracea et Spiranthes spiralis) par
métabarcodage du gène ARNr 16S.
NGS : next-generation sequencing
ARNr 16S : ARN ribosomique constituant la petite sous-unité des ribosomes des
procaryotes.
Microbiote : ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites et
champignons non pathogènes, dits commensaux – qui vivent dans un
environnement spécifique.
4 OTU centrales ont été identifié : unité taxonomique utilisé pour regrouper des
séquences d’ADN similaires/ Individus phylogénétiquement proches.
3 similaires : Pseudoxanthomonas, Rhizobium et Mitsuaria
1 non simi : Thermus était un membre inhabituel du microbiote végétal.
Résultat : ascension sélective et systémique des communautés bactériennes des
organes végétatifs aux organes reproducteurs.
Matériel et méthodes
1. Échantillonnage d'orchidées et stérilisation de surface
Neottia ovata, Serapias vomeracea, Serapias vomeracea : trois espèces d'orchidées
méditerranéennes qui poussent naturellement en Italie
Des échantillons de racines, de tiges, de feuilles et de capsules des trois différentes
orchidées ont été récoltés pendant la floraison dans la région de Ligurie (Italie),
stockés sur de la glace dans des récipients stériles, transportés au laboratoire et
conservés à 4◦C avant d'être traités (dans les 2 jours).
2. Extraction d'ADN
L'intégrité des 65 échantillons d'ADN résultants a été vérifiée par électrophorèse
dans un gel d'agarose à 1 % et stockée à -20◦C.
3. PNA Clamps – Pinces
Résultats
