EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES
(ECBU)
Dr NENE OUMOU KESSO BARRY
DESBC 4 2017/2018
OBJECTIFS
Connaitre les indications de l’ECBU;
Connaitre les différentes étapes pré analytiques : conditions de réalisation,
recueil du prélèvement, conservation, transport;
Maitriser les différentes étapes de réalisation de l’ECBU;
Pouvoir interpréter les résultats quelque soit le contexte;
Connaitre les principales espèces responsables d’ITU.
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PLAN
I. Généralités
II. Indications
III. Etapes pré analytiques
IV. Examen cytobactériologique
V. Interprétation des résultats
VI. Principales espèces responsable d’ITU
VII. Conclusion
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I. GENERALITES
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I. Généralités (1)
ECBU :
Examen le plus courant au laboratoire de microbiologie fréquences des
infections du tractus urinaire (ITU),
Permet de diagnostiquer une IU due à la présence de germes pathogènes au
niveau de l’appareil urinaire,
ITU :
acquise + souvent / voie ascendante à partir de la flore fécale et périnéale
femmes plus infectées / urètre plus court
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I. Généralités (2)
/ voie descendante ou hématogène très rare , origine souvent intestinale :
suite à une stase et une prolifération bactéries de la flore intestinale passent
dans circulation et parviennent au rein ,
Suite à une infection génitale chez l’homme,
Facteurs favorisants : obstacles et corps étrangers sur voies urinaires (sonde,
lithiase, tumeur, adénome prostatique etc.), malformation chez l’enfant avec stase
urinaire, grossesse, âge, ID, Diabète intervention chirurgicale ou manœuvre de la
sphère urogénitale…
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I. Généralités (3)
Infection peut être responsable de pyélonéphrite et se compliquer d’une
insuffisance rénale si mal ou tardivement diagnostiquer,
Objectifs de l’ECBU :
Mettre en évidence des signes d’inflammation de l’arbre urinaire (leucocyturie),
Identifier et quantifier le ou les micro-organisme(s) pathogène(s),
Déterminer leur phénotype de résistance aux antibiotiques.
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II. INDICATIONS
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II. Indications
Principales circonstances amenant le clinicien à demander un ECBU:
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III. ETAPES PRE ANALYTIQUES
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III. Etapes pré analytiques (1)
Prélèvement :
Examen de réalisation et d’interprétation parfois délicate qualité du
prélèvement point le plus important de l’analyse bactériologique;
Objectif majeur recueillir urine vésicale , normalement stérile
en évitant sa contamination lors de la miction par la flore commensale
colonisant urètre terminal et région périnéale.
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III. Etapes pré analytiques (2)
Recueil « à la volée » ou « du milieu de jet » : adultes et enfants
avec miction volontaire
Prélèvement première urine du matin ou à distance de la précédente
miction (temps de stase suffisant dans vessie) :
- Lavage hygiénique des mains et toilette soigneuse au savon ou
antiseptique de la de la région vulvaire chez la femme et du méat
chez l’homme suivi d’un rinçage à l’eau,
- Eliminer le 1er jet (20 ml) pour ne recueillir dans un pot stérile que
20-30 ml suivants en veillant à ne pas toucher le bord supérieur du
récipient,
- Technique pas facile à mettre en pratique chez la femme.
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III. Etapes pré analytiques (3)
Chez le nourrisson
Dispositif à usage unique, adapté à l’anatomie placé après désinfection
soigneuse du périnée et ne peut être laissé en place plus de 30 min pour
éviter la contamination.
Passé ce délai si l’enfant n’a pas uriné le dispositif est retiré et remplacé par un
collecteur neuf.
Dès la miction terminée, le collecteur est retiré et les urines sont transvasées dans
un flacon stérile.
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III. Etapes pré analytiques (4)
Chez les porteurs de sonde à demeure
Tuyau d’évacuation sera clampé pendant 10mn afin de laisser l’urine
s’accumuler en amont puis ponctionner l’urine via l’opercule
spécifique de la sonde après désinfection ,
Ne pas prélever dans le sac collecteur où la pullulation microbienne
est importante ni déconnecter le système de drainage qui doit rester
fermé .
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III. Etapes pré analytiques (5)
Ponction sus-pubienne ou par cathétérisme urétral
La ponction sus-pubienne expose à peu de risques graves mais nécessite une
indication rigoureuse et une équipe entrainée : après désinfection des téguments les
urines sont directement ponctionnées dans la vessie à l’aide d’une seringue,
Le cathétérisme de réalisation facile chez la fille, s’avère délicat chez le garçon et
expose à un risque traumatique de l’urètre et à une IU iatrogène,
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III. Etapes pré analytiques (6)
- Lors de ce prélèvement, les premières gouttes d’urines, potentiellement
contaminées, doivent être éliminées,
- Chez la femme, cathétérisme conseillé si miction impossible.
Recueil des urines du 1er jet (Après massage prostatique éventuel)
Intéressant en cas de suspicion d’infection urétrale ou prostatique pour la
recherche de Mycoplasmes urogénitaux ou de Chlamydia trachomatis.
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III. Etapes pré analytiques (7)
Recherche de Mycobactéries
Examen exécuté sur prescription spécifique,
Effectuée sur la totalité de la 1ère miction du matin après restriction hydrique 3
jours de suite.
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III. Etapes pré analytiques (8)
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III. Etapes pré analytiques (9)
Transport et conservation :
Renseignements devant accompagnés les prélèvements :
- Identité du malade , âge et sexe du patient,
- Mode et heure du prélèvement,
- Motifs de la demande,
- Diagnostic clinique,
- Antécédents d’ITU, notion de maladie concomitante,
- Traitement éventuellement déjà institué,
- Date heure du recueil
- Hospitalisation ou non du malade,
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III. Etapes pré analytiques (10)
Urines recueillies dans récipient stérile et acheminées rapidement au
laboratoire . Jamais conservées + de 2h à température ambiante afin
d’éviter la pullulation microbienne et d’ éventuelles bactéries
contaminantes,
Conservées à + 4°C pour durée max. de 6 à 12h : au delà de 12h à 4°C,
bactériurie non modifiée mais les leucocytes peuvent s’altérer et se
grouper en amas,
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III. Etapes pré analytiques (11)
Utiliser un tube contenant de l’acide borique pour une conservation
de l’urine pendant 48 h à température ambiante sans modification
notable bactériurie et leucocyturie .
Le transport se fera dans un récipient contenant de la glace (4°C) pour
une durée maximale de 6 à 12h.
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IV. EXAMEN
CYTOBACTERIOLOGIQUE
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IV. Examen cytobactériologique (1)
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IV. Examen cytobactériologique (1)
Examen macroscopique :
Renseigne sur les caractères organoleptiques des urines
- Urines normales sont limpides et jaune paille
- Suspicion d’ITU en cas de trouble
Examen microscopique :
Examen cytologique (cytologie quantitative et qualitative)
Examen bactériologique (présence éventuelle de germes).
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IV. Examen cytobactériologique (2)
Examen cytologique
Cytologie quantitative
Numération des éléments figurés sur les urines totales, concentration exprimée /ml
Utilisation de cellules «calibrées» de Malassez, kova..
Entre lame et lamelle : numération en comptant le nombre de leucocytes /chp
Leucocyturie si > 104 / ml (sans valeur chez patient sous sonde).
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IV. Examen cytobactériologique (3)
Cytologie qualitative :
Etat frais à partir du culot de centrifugation (3000 trs /mn);
Déceler présence hématies, leucocytes, cristaux (phosphate, oxalate, urate), de
cylindres, de cellules (rondes rénales, vésicales en raquette, endothéliales)
Parasites : œuf de Schistosomes , Trichomonas vaginalis,
Levures..
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IV. Examen cytobactériologique (4)
Examen bactériologique
- Etat frais : mobilité et type de mobilité;
- Coloration de Gram : morphologie, affinité tinctoriale, mode de
regroupement.
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IV. Examen cytobactériologique (5)
Uroculture :
Milieux de culture :
- CLED ( Cystine-lactose-Electrolytes-Deficient),
- Gélose Mc Conkey;
- Milieux chromogènes (Ex: Uriselect)
- Lowenstein Jensen (Recherche de mycobactéries) …
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IV. Examen cytobactériologique (6)
Dénombrement des Germes Urinaires (DGU) : plusieurs méthodes
Méthode de l’ Anse calibrée
- prélever 10 µl d’urine et diluer dans 1ml d’eau stérile et ensemencer sur CLED
incuber à 37°c pendant 24h,
- méthode la plus utilisée, simple et fiable ,
- Une colonie correspond à 104 bactéries / ml.
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IV. Examen cytobactériologique (7)
Méthode des lames immergées
On plonge dans l’urine fraichement émise une lame portant des milieux nutritives
généralement les géloses Mc Conkey et CLED
Méthode simplifiée de Véron
- Urines diluées au 1/100 en eau distillée stérile,
- On étale 0,1 ml de cette dilution ,
- Une colonie correspond à 1000 bactérie/ml.
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IV. Examen cytobactériologique (8)
Méthode originale de KASS
Dilutions en série de 10 en 10, un volume connu de chaque dilution est étalée sur
une boîte de pétri.
Techniques automatisées cytométrie en flux couplée à une détection de
fluorochrome ou une technique d’analyse d’images après capture par système
vidéo.
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IV. Examen cytobactériologique (9)
Anses calibrées de 10µl Milieux chromogènes Lames immergées
Automate sysmex uf-100
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IV. Examen cytobactériologique (10)
Résultats obtenus après 24 h d’incubation à 37°C en aérobiose;
Recherche de Mycobactéries devant toute pyurie avec uroculture négative ou
devant présomptions cliniques de tuberculose;
Germes responsables infections uro-génitales (gonocoque, Chlamydiae,
Ureaplasma) ou anaérobies stricts pouvant être recherchés exceptionnellement
dans les urines d’où intérêt dialogue clinico-biologique.
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IV. Examen cytobactériologique (11)
Autres techniques :
Détection bactériurie et leucocyturie dans urines
Recherche dans les urines :
- Nitrate réductase ( enzyme bactérienne),
- Estérases leucocytaires
Résultat en quelques min par immersion bandelette réactive dans l’urine.
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IV. Examen cytobactériologique (12)
Plusieurs difficultés d’interprétation: leucocyturies dues aux leucorrhées, ou
fausses leucocyturies lors d’hyperalbuminémie ou en présence d’acide
ascorbique, de nitrofurantoine ou de gentamicine
Test sans valeur chez les patients sondes (leucocyturie systématique).
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IV. Examen cytobactériologique (13)
Recherche de nitrites faussement négative lors d’infections causées par des
bactéries ne produisant pas de nitrate réductase tels que Staphylococcus spp.,
Enterococcus spp., Pseudomonas spp., ou Acinetobacter spp.
1: nitrate réductase
2: leucocyte estérase
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IV. Examen cytobactériologique (14)
Identification
Démarche classique de l’étude des caractères biochimiques (Api 20 E, Api NE) et
éventuellement des caractères antigéniques par agglutination.
Antibiogramme
Identification de l’espèce responsable ITU toujours suivie de l’ABG, réalisé
selon les recommandations du CA-SFM ;
Tester les antibiotiques actifs sur l’espèce en cause et dont la diffusion dans le
tractus urinaire est suffisante.
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IV. Examen cytobactériologique (15)
Principaux antibiotiques qu’on peut tester:
- Pénicillines (Amoxicilline, Ampicilline, Amoxicilline + acide clavulanique…)
- Céphalosporines (C1G, C2G , C3G)
- Quinolones
- Nitrofuranes
- Aminosides
- Sulfamides
- Fosfomycine ECBU 2017/2018 38
V. INTERPRETATION DES
RESULTATS
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V. Interprétation des résultats (1)
Diagnostic repose sur des signes cliniques évocateurs, l’existence d’une bactériurie
et d’une leucocyturie considérées comme significatives,
Leucocyturie
A l’état physiologique : l’urine contient moins de 10³ leucocytes/mL (et moins de 10³
hématies/mL).
En cas d’infection urinaire, la leucocyturie est considérée comme significative si elle
est ≥ 10⁴ leucocytes/mL (± associée à une hématurie ≥ 10⁴ hématies/mL)
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V. Interprétation des résultats (2)
Bactériurie :
Le seuil de bactériurie est fonction de la forme clinique et de l’espèce
bactérienne;
Quatre groupes de micro-organismes sont définis selon leur caractère pathogène,
le seuil de bactériurie significatif (pour l’espèce) et leur niveau d’implication dans
l’étiologie des IU (European Guidelines for Urinalysis ).
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V. Interprétation des résultats (3)
Groupe 1 :
Bactéries considérées comme particulièrement uropathogènes et souvent isolées
chez des patients ne présentant pas d’uropathie;
Le seuil de bactériurie retenu pour ces espèces est de 10³ UFC/mL quel que soit le
tableau clinique.,
Comprend : E. coli , Staphylococcus saprophyticus
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V. Interprétation des résultats (4)
Groupe 2 :
- Bactéries uropathogènes qui peuvent être responsables d’IU communautaires (en
particulier les entérobactéries), mais plus habituellement impliquées dans des IU
nosocomiales ou lorsqu’il existe des facteurs anatomiques ou iatrogènes
favorisants,
- Comprend : Proteae, Klebsiella spp., Enterobacter spp., Serratia spp., Citrobacter
spp., Corynebacterium urealyticum, Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus.
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V. Interprétation des résultats (5)
Pour ces espèces bactériennes :
- en culture mono microbienne (plus particulièrement pour Enterococcus spp),
le seuil significatif de bactériurie est 10⁴ UFC/mL chez la femme et est
abaissé à 10³ UFC/mL chez l’homme mais si retrouvé en association avec E.
coli, ce qui est fréquent en pratique clinique le seuil est alors augmenté à 10⁵
UFC/ mL.
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V. Interprétation des résultats (6)
Groupe 3 :
Bactéries dont l’implication comme pathogène est peu probable et exige un
niveau de bactériurie ≥ 105 UFC/mL.
Il s’agit de : Streptococcus agalactiae, staphylocoques à coagulase négative
(autre que Staphylococcus saprophyticus), Acinetobacter spp.,
Stenotrophomonas maltophilia, autres Pseudomonaceae, Aerococcus urinae,
Oligella urethralis ou les Candida spp.
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V. Interprétation des résultats (7)
Groupe 4 :
Espèces considérées comme contaminantes, qui appartiennent habituellement à la
flore urétrale ou génitale de proximité : lactobacilles, streptocoques alpha-
hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobacterium spp., bacilles corynéformes
(sauf Corynebacterium urealyticum);
Théoriquement, seul leur isolement à partir d’une ponction sus-pubienne peut
permettre de confirmer leur rôle pathogène.
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V. Interprétation des résultats (8)
Interprétation de la bactériurie en fonction du germe et du sexe
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V. Interprétation des résultats (9)
Interprétation
Absence de leucocytes, pas de germes: absence d’infection;
Absence de leucocytes , bactériurie, aspect mono microbien: infection possible
(sujet aplasique, infection débutante ou contamination);
Absence de leucocytes, bactériurie, aspect poly microbien: urine contaminée;
Leucocyturie, pas de germes: malade traité, BK, souillure vaginale (refaire en
fonction contexte clinique).
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V. Interprétation des résultats (10)
Leucocyturie, bactériurie, aspect mono microbien: infection certaine.
Identifier germe et réaliser ABG
Leucocyturie, bactériurie, aspect poly microbien: infection mixte possible,
infection sur sonde , prélèvement contaminé.
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V. Interprétation des résultats (11)
Leucocyturie (N/ml) Bactériurie (UFC/ml) Interprétation et CAT
< 104 < 104 Urine normale, non infectée
> 104 ≥ 105 Infection urinaire, habituellement mono
microbienne
En cas de sonde: poly microbien, signe
d’une contamination intrinsèque
< 104 ≥ 105 Plusieurs hypothèses:
-Infection débutante
- contamination du prélèvement avec
mise en culture tardive
- infection sur terrain particulier: femme
enceinte, immunodéprimé
Un nouveau prélèvement est nécessaire
> 104 <105 -Infection bactérienne traitée par
antibiotiques
- Leucocyturie sans germe: penser au BK
- Inflammation non infectieuse (sonde)
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VI. PRINCIPALES ESPECES
RESPONSABLES D’ITU
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VI. Principales espèces responsables d’ITU (1)
IU communautaires
E. coli (80 %) , Proteus, Klebsiella, Enterobacter , Enterococcus, S.saprophyticus,
Streptocoques , Candida etc.
Plus rarement isolés Corynebacterium urealyticum, Oligella urethralis, Aerococcus
urinae
IU nosocomiales
E. coli, Pseudomonas aeruginosa, S. aureus, Enterococcus, S. maltophilia,
Acinetobacter …
Recherche particulière N. gonorrhoeae, Chlamydia , BK..
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VI. Principales espèces responsables d’ITU (2)
Fréquence des espèces responsable d’ITU
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VII. CONCLUSION
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VII. Conclusion
Très courant en routine hospitalière,
Bonne interprétation prend on compte différents aspects du prélèvement
jusqu’ à l’identification ainsi que toutes les données relatives au patient,
Nécessité d’une concertation clinico-biologique poussée.
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REFERENCES
Bactériologie médicale : Techniques usuelles, 2e éd, France : Elsevier Masson;
2011
Seuils de bactériurie significative dans l’infection urinaire : Comparaison des
recommandations nationales et internationales en langue française et anglaise
pédiatriques et adultes, thèse, Octobre 2014;
Examen Cytobactériologique des Urines : http://bacterioweb.univ-
fcomte.fr/bibliotheque/remic/02-ECBU.PDF
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MERCI POUR VOTRE AIMABLE
ATTENTION
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