Licence Professionnelle : Sciences et Technologie de l'Assainissement des Déchets Liquides et Solides
Module : Chimie et Microbiologie des eaux
Mécanismes de dégradation microbienne de la
matière organique dans les milieux aquatiques
Réalisé par: Supervisé par:
Pr. MEZRIOUI N.
ABSI Marouane
AMROUSS Meryem
BELAGHRISSI Abdessamad
2022 - 2023
plan
INTRODUCTION
1. Définitions 5. Le cycle de la MO
Définition de la matière organique
6. Le rôle et de la matière organique
Définition de la biodégradation
7. L’effet de la dégradation de la matière organique
2. Origine de la matière organique dans un milieu
aquatique
8. Comment se fait la dégradation de la MO dans
Allochtone et autochtone un milieu aquatique
COD, Azote, Phosphore
Le métabolisme bactérienne
3. La forme de la matière organique
Dégradation d’azote organique
Dissoute
Dégradation du phosphore organique
Particulier
9. Conclusion
4. Les propriétés de la MO
Introduction
3
Introduction
La présence de matières organiques: MO (selon leur concentrations) dans les
écosystèmes aquatiques, est responsable de leur fonctionnement et aussi de leur
dégradation.
La décomposition des matières organiques peut se faire sous l'action de
microorganismes (bactéries, champignons, les algues, etc.) qui y puisent l'énergie et
les substances nécessaires à leur croissance et à leur métabolisme.
Ces microorganismes produisent des enzymes extracellulaires capables de lyser
certaines liaisons chimiques des matières organiques particulaires (MOP), et donc
d'en détacher des sucres solubles.
La réduction de la concentration des MO est tributaire des microorganismes mis en
jeu
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Définitions
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C’est quoi une
matière organique ?
Ensemble des macromolécule provenant de la dégradation des débris animaux et
végétaux et aussi de la production primaire des phytoplanctons dans les
écosystèmes aquatiques.
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Biodégradation des MO
Biodégradation = dégradation par voie biologique (par microorganismes)
Minéralisation à travers
Matière organique substance minérale
des micro-organismes
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Origine de la matière
organique
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Origine de la Ma tièr e Or ganique
• les cellules vivantes ou mortes, animales ou végétales et toutes les
molécules résultant de la décomposition de ces cellules.
• les métabolites produits • les molécules de synthèse dont font
par les êtres vivants partie les produits phytosanitaires.
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Composition de la Ma tièr e Or ganique
Carbone organique Total
90% 10%
Carbone organique Dissous de carbone organique particulaire
(COD) (COP)
• dégradation des végétaux et • sédiments,
des détritus animaux • zooplancton,
• l’activité agricole, des rejets • phytoplancton
industriels et urbains • bactéries
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Concentration approximatives en carbone organique dissous et particulaire des
eaux naturelles
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Composition de la Ma tièr e Or ganique
Azote organique Dissous
Fertilisation rejets agricoles Nature de bassin
L’azote organique peut être un facteur, contribuant au problème d’eutrophisation
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Composition de la Ma tièr e Or ganique
Phosphore organique
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Origine de la Ma tièr e Or ganique
Origine Allochtone Origine autochtone
MOP/MOD
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La forme de la matière
organique
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For me de la Ma tiè r e Or ganique dans les eaux de surf aces
• Les acides humiques et fulviques.
A - Solubles et • La cellulose
colloïdales • Les hydrocarbures
(carbone organique • Les acides aminés, lipides et sucres
dissous COD) • Les sécrétions animales ou végétales, autolyse des
organismes aquatiques, virus …
Les micro-organismes tels que les algues (phytoplancton), le
zooplancton, les champignons et les bactéries ;
B - Particulaire Les substances humiques fixées aux argiles (complexe argilo-
(carbone organique humique) ;
particulaire COP)
Les débris divers issus de la fragmentation (feuilles mortes à
l’automne, résidus de fauche sur les rives).
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Granulométrie des principaux constituants de la matière
o r g a n i q u e c o n t e n u e d a n s l e s e a u x n a t u r e l l e s.
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Les propriétés de la
matière organique
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Propriétés de la Ma tièr e Or ganique na tur elle
• Leur affinité avec les surfaces minérales,
d'où résulte la structuration des sols, • Leur acidité, qui leur permet de participer à
l'altération des minéraux et à la dissolution
des cations libérés par cette altération,
• Leur affinité pour les molécules
organiques, notamment
• Diverses relations avec les métaux, affectant
xénobiotiques.
la mobilisation ou l'immobilisation de ces
derniers dans l'environnement
• La possibilité du recyclage des éléments qui les
constituent (C, N, P) sous forme assimilable par
les végétaux,
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cycle de la
matière organique
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Cycle de la ma tièr e or ganique
bactéries
Décomposition des
substance ORG
Matière vivante des Substances
Animaux (subst. minérales
organiques simples dissoutes
complexes) dans l'eau
Matière vivante des
Végétaux
(subst. organiques
complexes)
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rôle et de la matière
organique
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Rôle de la ma tièr e or ganique
• la circulation des éléments chimiques en général
• La nutrition des micro-organismes animales et végétales
et leur développement dans les milieux aquatiques
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effets de la dégradation
de la matière organique
Les ef f ets de la dégr ada tion de la M.O
Désoxygénation Les effets de la Présence d’éléments
de l’eau, dégradation de pathogènes (bactéries
la M.O fécales, vers, virus…),
Libération de substances
toxiques (ammoniac,
nitrites,…)
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DEGRADATION DE LA MATIERE
ORGANIQUE DANS UN MILIEU
AQUATIQUE
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Source d'Ener gie
Oxydation d’une
Lumière
substance chimique
chimiotrophes phototrophes
Donneur d’e- Donneur d’e- Donneur d’e- Donneur d’e-
organique minérale organique minérale
Chimioorganotrophe Chimiolithotrophe Photoorganotrophes Photolithotrophe
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C’est quoi le métabolisme ?
Succession des réactions chimiques ordonnées
Catabolisme
Dégradation + libération d’énergie
Matière complexe Molécules simple
Synthèse + consommation d’énergie
Anabolisme
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Catabolisme pour les bactéries chimio-hétérotrophes
dans un milieu aquatique
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Biodégradation des MO
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Biodégradation des MO
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L’hydrolyse
Matière organique Matière organique
L’eau
(complexe) plus simple
Exemple : hydrolyse de saccharose
Saccharose L’eau Glucose Fructose
C12H22O11 H2O C6H12O6 C6H12O6
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MO (exemple : glucose) Acide lactique
• Lactobacillus
Ethanol
• Saccharomyces cerevisiae
Fermentation • Candida albicans
Pyruvates
Butan-2,3-diol
• Entrobacter
Respiration
Acides mixtes
• Escherichia coli
Acétyl-CoA Synthèse
d’ATP
Cycle de Krebs
Collecte des e-
à partir des O2 :Accepteur
nutritions. finale d’e-
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Dégr ada tion d’azote or ganique
1. l’ammonification
2. la nitrification
3. la dénitrification
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L’ammonifica tion
Ammonification
Azote organique Ammoniaque
(Acides aminés) (NH4 + et NH3)
• Bactéries :
• Bacillus
• Pseudomonas
• Clostridium
• Algues
• Mucor
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La nitrifica tion
Faite en deux étapes :
I. l'ammoniaque (NH3) est oxydé en nitrites (NO2−) Nitritation
Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrosospira
II. le nitrite est oxydé en nitrate (NO3−) Nitratation
Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrospira
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NH3
NO2−
NO3−
Nitrosomonas Nitrobacter
(chimiotrophe) (Chimio-autotrophe)
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La dénitrifica tion
Les bactéries dénitrifiants utilisent les ions nitrates comme accepteurs finales des électrons
(Respiration anaérobie)
Condition : un milieu anoxique (manque d’O2)
NO3− NO2− NO N2O N2
Nitrate Ion nitrite monoxyde d’azote Oxyde nitreux Diazote
Bactéries dénitrifiants
Paracoccus dénitrifiants (hétérotrophe)
Thiobacillus dénitrifiants (autotrophe)
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Dégr ada tion du phosphor e or ganique
Se fait par des organismes accumulateurs de phosphore dans les conditions anaérobies
Le phosphate intervient dans le processus de synthèse des protéine, acide
nucléique et la production de l’énergie (ADP et ATP)
Accumulation dans la cellule
Comme énergie Composés de la cellule
Exemple : Accumulibacter
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conclusion
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Conclusion
• La plupart des composés organiques naturels (c'est à dire issus du vivant) sont
susceptibles de se dégrader par voie biologique, avec une vitesse plus ou moins
grande. Cette biodégradation est effectuée surtout par les microorganismes qui
sont très diversifiés et abondants.
• L'élimination de produits industriels toxiques dans les sols et dans les milieux
aquatiques est devenue une tâche nécessaire.
• La dégradation de la MO est la cause principale de la consommation de
l'oxygène dissous dans l'eau.
• Plus la charge en MO est élevée dans un écosystème aquatique, plus sa
concentration en oxygène dissous diminue (O2 consommé par les microorganismes).
• Les eaux qui sont riches en MO doivent être bien traitées (réduction des leur
concentration en MO) avant leur rejets dans les milieux récepteurs.
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Références bibliographiques
• Bordas F. (1998). Remobilisation de micropolluants métalliques à partir de sédiments de rivière
naturellement pollués
• BAUDER, J. 1999. When is organic matter built up or used up? Montana State University,
Communications Services. 4 p. (texte publié sur le WEB à l’adresse
[Link]
• CONSEIL DES PRODUCTIONS VÉGÉTALES DU QUÉBEC i n c . 1992. Gestion de la matière
organique. Conseil des productions végétales du Québec. 34 p.
Webographie
• [Link]
• [Link]
organique_Veni-[Link]
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