Introduction à la Biochimie
I. Généralités sur les Molécules en biochimie
Organisme Humain : H2O = plus Grande Masse
60 – 65 % → Adulte
78 % → Nouveau-Né
70 % → Nourrisson
Biochimie : Centrée sur le Carbone
Permet de constituer 100'000 molécules chez l’Homme
50% Poids sec du corps Humain
4 Liaisons : Simples (saturées) CH4
Doubles (insaturées) O = C = O
Triples (insaturées) H – C = C – H
Les Molécules sont de 2 types :
Simples (assez inertes) : Carbone + Hydrogène (linéaire, ramifié ou cyclique)
Complexes (réactives ++) : H remplacé par N, P, O, S [plus électro-réactifs]
Augmentation polarité, solubilité et réactivité des molécules
Groupement
Phosphate Aldéhyde Cétone Sulfhydryl
Façon d’activer/désactiver
une fct° protéique
Ajout = Kinase
Suppr = Phosphatase
Molécules simples (monomère) Complexes (polymères / macromolécules)
Glucose Glycogène
4 Familles : Lipides (Acides Gras, Triglycérides, Cholestérol, …)
Glucides (oses simples [glucose], polysaccharoses [glycogène])
Acides Aminés, Peptides, Protéines
Nucléosides, Nucléotides
II. Liaisons entre Atomes
Fortes énergie = > 100 [Link]-1
Faible énergie = < [Link]-1
A. Liaisons Covalentes
Moyenne : 400 [Link]-1 (fortes)
Partage : d’un ou plusieurs e- (ex C – C)
Règle de l’octet : stabilisation de sa couche ext d’e-
1 à 3 paires d’e- entre 2 atomes (1 à 3 liaisons) [de + en + solide]
Pas de 4 liaisons entre 2 atomes en bio Hum
Molécules Polaires / Apolaires :
Si Liaison avec Atomes + électronégatif (O & N) : dipôle (δ+ et δ-)
Molécule polaire δ+ δ-
Grande réactivité chimique C=O
Si pas de déséquilibre (surtout avec C & H) alors Apolaire (peu réactives)
Polaire : Hydrosoluble : pas transporteur dans le sang (Glucose)
Apolaire : Non Hydrosoluble : transporteur sanguin (lipides se lient avec apoprotéines)
Ionisation : tellement de déséquilibre Rupture électrolytique
Na – Cl Na+ (cation) & Cl- (cation)
Radicaux Libres : Rupture de liaison homolytique
O = O 2 O°
Electrons non Appariés = très instable !
Altération d’autres molécules : Acides Nucléiques, Lipides, …
Mutations ADN Peroxydation lipidique
TOXIQUES
Cancérisation Mort CellR, Vieillissement
Dérivés Réactifs de l’Oxygène (DRO) :
Radical hydroxyde HO° Stress Oxydant
Radical Alkoxyle RO° (si plus d’oxydants que d’antioxydants)
Lutte Enzymatique :
Superoxyde dismutique, catalase, péroxyrédoxine, lactoperoxydase,
glutathion peroxydase
Antioxydant :
Glutathion, Vit E & C (intracell ++)
Acide urique (extracell)
B. Non Covalente
Pas de mise en commun d’e- donc :
Moins forte que covalente (10x moins)
Reformation facile
Liaison Ionique (en solution) :
Entre un atome + et atome –
Liaison hétéro-polaire / « pont de sel »
4 [Link]-1 / si même atomes mais état solide ([Link]-1)
Liaison Hydrogène : 40 [Link]-1
Quand H lié avec atome fortement électronégatif (O ou N)
H : petite charge positive
Peut interagir avec atome avec petite charge négative
Et aussi entre et avec molécules d’eau
Liaisons de Van Der Waals : 10 [Link]-1 (en moy)
Quand déséquilibre = formation temp de dipôle élec
2 molécules dipolaires = rapprochement / même moment
Orientation appropriée
Faible attraction de Van der Waals
Liaison H : type particulier de liaison de Van der Waals incluant H
Interaction hydrophobe :
Hydrophobes : éviter le contact avec l’eau
III. Acides Aminés
A. Introduction
Cadre des protéines : grec protos = premier, + important, car :
Cellule : > 50% des molécules (poids sec)
Structure liée au code génétique
Molécule induisant formation d’autres molécules (enzymes)
Acides Aminés (AA) : sous-unités monomériques des peptides / protéines
Liaison peptidique
Protéine > peptide > AA
Acide Aminé : Nom général dû à leur structure (Fct° COOH / NH2)
Forte Conservation entre Eucaryote et Procaryote
Les Bactéries peuvent produire des protéines humaines ( « Recombinantes » )
Production ADNC Humain de l’Insuline Diabète de type 1
Bactérienne Hormone de Croissance Retard de Croissance Osseux
2 Grandes Familles : Appartenance non exclusive
1) A.A. à Rôle Protéinogène
Synthèse peptidique/protéique (250-300g par jour chez l’H)
20 A.A. historiques
Retrouvés identiques ou modifiés (modif post traduc) dans structure peptidique/protéique
+ 2 AA rajoutés :
Sélénocystéine : homme/bactérie
Sélénium prend la place du soufre dans la cystéine (mais formée à partir sérine)
Sert product° Glutathion peroxydase (lutte DRO)
Thioréduxine réductase / désiodase (métabolisme hormone thyroïdienne)
Pyrolysine = archéobactérie méthanogène
Méthyl-transférase
2) A.A. à Rôle Non Protéinogène
300 AA
Précurseur de molécules complexes : Glycine → Hème → Hémoglobine
Réserve d’énergie : Créatine – Phosphate (vertébrés)
liaison type Phospho – Amidine
Arginine – Phosphate (invertébrés)
Précurseur Hormonal :
Dérivé iodé de tyrosine / hormone thyroïdienne
Mono-Iodotyrosine (MIT) / Di-Iodotyrosine (DIT)
T3 (tri-iodotyrosine : MIT + DIT) / T4 (tétra-iodotyrosine : DIT + DIT)
Coagulation Sanguine : γ Carboxy-Glutamate (liaison Ca2+)
Neurotransmission (excitateur / inhibiteur)
Glutamate (+)
Glycine (-)
Acide γ aminobutyrique (GABA) : dérivé Glutamate (-)
Métabolisme : A.A. Glucoformateur (néoglucogenèse)
Métabolisme, transport et élimination de l’azote
Production du monoxyde d’azote (NO)
B. Structure / Propriétés Physico-Chimiques
1) Structure
Fonction Acide Carboxylique
Fonction amine primaire (basique)
Sauf Proline : amine secondaire (α imino-acide / acide α iminé)
Groupe R : Radical Latéral
Responsable des propriétés chimiques et physiques
Carbone α : porteur COOH, NH2, H et R (donc n°2)
Autres carbones β (3), γ (4), δ (5), ε (6) α
2) Propriétés Physiques
Présence d’un Carbone asymétrique
17 AA = 1 C*
2 AA = 2 C* (Thréonine / Isoleucine)
Glycine = 0 C*
Convention de Fischer / Modèle Glycéraldéhyde
L : laevus (gauche) / D : Dextra (droite)
Si 2 C*
D (α = D & β = L) D-Allo (α & β = D)
L (α = L & β = D) L-Allo (α & β = L)
Ex : L-Allo-Isoleucine (maladie des urines à odeur de sirop d’érable)
l et d : Même propriétés chimiques et physique SAUF déviat° de la lumière polarisée
d (dextrogyre) → + / l (lévogyre) → –
Pas de lien avec D ou L
Mélange équimolaire (dit racémique) = aucun pouvoir polarisant
A.A. Humaine de type L (homochiralité humaine)
Lors du décès des cellules = racémisation progressive L <=> D
Datation de la date du décès avec ration L/D
Bactérie : présence peptides à A.A. de type D (D alanine & D glutamine paroi bactérie)
Insensibilité L-peptidase humaine
3) Radical Aromatique : tryptophane, Tyrosine, Phénylalanine
Absorption à 280nm (Trp > Tyr > Phe)
Tryptophane : λ = 280nm A =1 seul dont le pic est à 280
Tyrosine : λ = 275nm A = 0,2 Oscillation entre les 2 produits
Tyrosinate : λ = 295nm A = 0,2 donc absorption à 280nm
Phénylalanine λ = 257nm A = 0,02
A.A. pas d’absorption dans la lumière visible (solution incolore)
Loi de Beer Lambert / coefficient d’extinction molaire ε
Dosage peptides et protéines si Trp et/ou Tyr
260nm (ADN,ARN)
Rapport 280nm (protéines)
Si > 1,8 (pureté de l’extraction nucléique pour utilisation ADN et ARN)
DO : Densité Optique
A : Absorbance
L : longueur de la cuve
I : intensité lumineuse
DO = A = log(I0/I) = ε.c.l
ε et l fixes donc : A = K (constance) . [c]
4) Propriétés Acido-Basiques
AA comporte au moins deux fonctions ionisables : groupement acide COO-
groupement Basique NH3-
Molécule Amphotère
pK du groupement ionisable : pH pour lequel ce groupement se trouve à 50% ionisé
et 50% non ionisé
AA a au moins deux pK : acide pKa et basique pKb
Point isoélectrique : pH où somme des charges intramoléculaires est nulle pas de
migration dans un champ électrique
pI = pH AAneutre = pHi = ½ (pKa + pKb)
Existence trois formes en équilibre selon pH :
pH < pHi (pH acide) pH = pHi (pH neutre) pH > pHi (pH basique)
Nombreux H+ Nombreux OH-
AA capte les H+ « Zwittérion » AA libère des H+
COO- → COOH (sel interne) COOH → COO-
NH3- prédomine NH3- → NH2
AA Chargé + Pas de Migration Acide chargé -
AA migre vers la cathode AA migre vers l’anode
(pôle -) (pôle +)
AA = cation AA = anion
Conséquences Biologiques :
pH Physiologique Cellulaire : nbx AA ionisés / liaisons électrostatiques
Analytique :
électrophorèse des AA : pH fixe (tampon) s/ acétate de cellulose
1) Dépôt, 2) Migration et 3) Révélation ninhydrine (bleu-violet)
Base principale des Chromatographies échangeuses d’ions :
Utilisation des différents signes et amplitudes de charges
électriques des AA en fonction du pH et des concentrations de sel
Groupement anionique fixé : échangeuse de cations :
Ex : polysulfurisés / Résine – SO3- – Na+ + RNH3+ → Résine – SO3- – RNH3+ + Na+
1) Fixation des AA par échange avec Na+ et RNH3+ (pH acide)
2) Elution des A avec augmentation de pH et de concentration en sels (acide vers basique)
Groupement Cationique Fixé : échangeuse d’anions :
Ex : polyaminés / Résine – NH3+ – Cl- + RCOO- → Résine – NH3+ – RCOO- + Cl-
1) Fixation des AA par échange avec Cl- et RCOO- (pH basique)
2) Elution des AA avec diminution de pH et augmentation de concentration en sels
(basique vers acide)
5) Hydrophobie / Polarité
Hydrophobie / Hydrophilie : varie en fct° du pH
Permet de séparer avec chromatographie de partage : phase stationnaire
hydrophile, solvant hydrophobe (ou inverse), donc :
AA hydrophobes restent dans solvant
AA hydrophobes migrent vers phase stationnaire
Selon polarité, 3 types pour 20 AA protéinogènes :
R à chaine latérale apolaire (9)
R à chaine polaire non-chargée (6)
R à chaine polaire chargée (5)
Soit : 9 AA apolaires / 11 AA polaires
15 AA neutres / 5 acides ou basiques
C. Nomenclature
1) A.A. Apolaires (9)
# 5 AA Aliphatiques :
Aleiphas = gras (grec) / ancrage bicouche lipidique (phospholipides)
Radical avec H et C / hydrophobe (repliement dans espace privé d’eau)
~ Glycine (Gly / G)
Pas de C* donc achirale
Flexibilité structurale / encombrement stérique minimal
Hyperglycinémie sans cétose : maladie métabolique du complexe protéique de dégradation de
la Glycine (protéines P, T, H, L)
→ Augmentation [Gly] dans urine, sang et LCS
~ Alanine (Ala / A) ~ Valine (Val / V)
~ Leucine (Leu / L)
Résidus dans structure Protéique de liaison à l’ADN :
« Leucin Zipper » / Glissière à Leucine
Permet à des protéines d’interagir sur des sillons de l’ADN
~ Isoleucine (Ile / I)
2 C*
Augmentation Val, Leu, Ile
+ Leucinose (détectable dans le sang & urines)
Apparition allo-Isoleucine (L) Maladie des urines à odeur de sirop d’érable :
Déficit en céto-acide décarboxylase des acides α-cétoramifiés (Val, Leu, Ile) ou thiamine
(cofacteur) [dégradation tellement lente, considérée inefficace]
# 1 AA Soufré :
~ Méthionine (Met / M)
R avec chaine thio-éther (S – CH3)
Rôle : Complexe d’initiation biosynthèse protéique
Donneur de radical méthyl (méthylation ++)
# 2 AA Aromatiques :
~ Phénylalanine (Phe / F)
Alanine substituée par Phényl
Pathologie : Phénylcétonurie
Normalité :
Phénylalanine-hydroxylase
Phénylalanine Tyrosine
(cofacteur) BH4 BH2
Phénylcétonurie (PCU / PKU) :
Absence (mineure/majeure) de Phénylalanine-hydroxylase
et/ou
Déficit en Tétrathydrobioptérine (BH4)
et/ou
Absence enzyme qui restaure le BH2 en BH4 cofacteur : la dihydrobioptérine réductase
La nature essai d’éliminer la Phe en la transformant en Ac Phényl-Pyruvique
Biologie : accumulation de Phe sanguine
D’acide Phénylpyruvique (cétone) dans les urines (d’où le nom de Phénylcétonurie)
Clinique : Accumulation de Phe dans cerveau
→ mort neuronale non réversible
Retard mental si non prise en charge
→ l’idiotie Phénylpyruvique
Anomalie de production des neurotransmetteurs
→ nervosité, fatigabilité, troubles de concentration
→ Problèmes de mémorisation
→ diminution des performances intellectuelles
Effets Inhibiteurs de la Phénylalanine sur la production de neurotransmetteurs
- Tryptophane → 5-Hydroxy-Tryptophane → Sérotonine
Phénylalanine → Tyrosine → DOPA
- DOPAMINE
XXX → Neurotransmetteur NORADRÉNALINE
- Inhibition de la formation ADRÉNALINE
Dépistage Néonatal : Test de Guthrie (dosage Phe sang bébé / talon)
1/17'000 naissance en France
Traitement : Régime sans Phénylalanine
Principe du TEST de Guthrie (historique)
Bactérie qui :
Pousse inhibée par la L-β2-thiénylalanine
Pousse Stimulée par Phénylalanine (malgré la L-β2)
[Phe] en corrélation avec la pousse bactérienne
Maintenant, c’est un dosage biochimique
5 Maladies dépistées en France à la Naissance + Surdité (Juin 2012)
Phénylcétonurie (1972) / aug [Phe] → 1 / 17 k
Hypothyroïdie congénitale (1978) / aug [TSH] → 1 / 3,5 k
Hyperplasie Congénitale surrénales (95) / aug [17-OH-Progestérone] → 1 / 19 k
Mucoviscidose (2002) / aug Trypsine Immuno-réactive (TiR) → 1/4k
Drépanocytose (69) / HbS au lieu de HbA
Test au Talon : Assoc Fr pour le Dépistage et la Prévention des Handicap de l’Enfant
Test à faire après au moins 72H de naissance (J3 / 4e jour de vie min)
~ Tryptophane (Trp/W)
Hétérocycle indole
A l’origine de :
Mélatonine : alternance jour/nuit (circadien)
Sérotonine : satiété, sommeil, humeur
Kynurénine (tics psychiatriques)
# 1 A.A. Cyclique
~ Proline (Pro/P)
Présence de Fonction amine II
Noyau Pyrole / cycle pyrolidine
Peut devenir α-iminé avec N = C(α)
Rôle de Structure 3D particulière :
Ex : Collagène : → Rigidité Protéique (pas de rotation entre amine et C(α)
→ Casse les hélices α
→ Permet des coudes (changement direction au sein de protéine)
→ Réticulation si hydroxylé : 4-OH Proline
2) A.A. Polaires NON Chargés
# Groupement Hydroxyl (OH)
Permet estérification avec acide phosphorique : activation / désactivation protéique
O-Glycosylation (réaction enzymatique, volontaire)
(≠ glycation non enzymatique, non volontaire : réaction chimique)
→ à l’origine de l’hémoglobine glyquée : marqueur sanguin du diabète (HbA1C)
Enzyme OH → O- : site catalytique (substrat +)
~ Sérine (Ser/S)
Alcool I (CH2 – OH)
Sérine utilisée par la Sélénocystéine-synthétase pour
fixer un atome Se issu du grpmt donneur
SélénoPhosphate
~ Thréonine (Thr/T)
2 C*
Fonction Alcool II
~ Tyrosine (Tyr/Y)
Présence d’un groupement phénol (AA aromatique)
Mise en équivalence fonction phénol utilisée dans dosage protéique des liquides bio.
(réaction chimique, pas spectrale)
Origine :
Des hormones Thyroïdiennes
De la DihydroxyPhénylalanine (DOPA) → Dopamine
Intermédiaire d’autres catécholamines
Neuromédiateur des neurones dopaminergiques du SNC / locus niger
(touché par Parkinson)
Implication réaction émotionnelle, apprentissage et mouvement fins
Si déficit → maladie de Parkinson / Traitement par L-DOPA
De la mélanine (mélanocytes) par tyrosinase :
Mélanine : protection contre les UV
Albinisme : cheveux décolorés / yeux très clairs
Problèmes dermato / oculaire
Hypersensibilité aux UV
# Fonction Amide (CO – NH2)
Transport sanguin de l’azote
Phénomène de N-glycosylation (≠ N glycation)
~ Asparagine (Asn/N)
~ Glutamine (Gln/Q)
[c] sanguine la plus importante des 20 AA
(Culture Ȼ : milieu de culture enrichi en Gln)
A l’origine du glutathion (détoxification / lutte contre les DRO)
# Soufré
~ Cystéine (Cys/C)
Fonction Thiol : pont disulfure / liaison covalente
Au sein d’une même chaîne ou entre chaînes
(SH + SH = S – S)
Cys – Cys = Cystine dans glutathion
Implication dans réaction d’oxydo-réduction
3) A.A. Polaires Chargés
# A.A. Dicarboxyliques : caractère acide net / Chargé négativement (COO-)
~ Acide Aspartique / Aspartate (Asp/D)
A.A. le plus acide des 20
~ Acide Glutamique / Glutamate (Glu/E)
Origine γ-carboxy-Glutamate (coagulation)
Coagulation anormalement élevée = Thromboses, embolies
# A.A. Basiques : Chargés positivement (NH3+)
~ Histidine (His/H)
Noyau Imidazole → imidozalium (NH3+)
Site catalytique enzymatique (proton)
→ Interaction avec substrat chargé -
Origine de l’histamine
~ Lysine (Lys/K)
Butyl-Amine → Butyl-Ammonium (NH3+)
Permet synthèse Carnitine
(entrée AG dans mitochondrie → β-oxydation)
5-OH lysine : structuration du Collagène
~ Arginine (Arg/R)
Guanidine → Guanidium (NH3+)
Donneur NO (vasodilatateur / Nobel 1998)
4) A.A. Essentiels / Non Essentiels
Dépend des espèces
Organisme incapable de les produire à partir de composés intermédiaires
→ tributaire apport exogène (alimentation ++)
8 Essentiels :
→ Val, Leu, Ile, Mét, Phe, Trp, Thr, Lys
2 Semi-Essentiels :
→ His, Arg [grossesse, croissance]
D. Réactions liées au Groupe Carboxylique des A.A.
1) Activation des A.A.
Incorporation des AA dans protéine : nécessité d’activation
→ Activation = liaison à ARNt
ARNt : adaptateur (bras anticodon avec ARNm + bras AA, terminé par l’AA à
incorporer)
Liaison entre OH en 3’ de l’ose et COOH de l’AA
Formation d’acyl ARNt (amino-acyl ARNt synthétase)
AA + ARNt + ATP → AA – ARNt + AMP + PPi (pyrophosphate)
2) Formation de sels
R – COOH → RCOO- Cat+
→ APARTÉ SUR LES ENZYMES ←
Enzyme :
Responsable de réaction enzymatique : Substrat Produit
Partie de l’enzyme : 3D / Site catalytique (lieu unique)
Terminée par -ase mais aussi code :
EC : syst numérique de la connaissance des enzymes
W : indique la réaction catalysée (1-6)
X : indique le substrat général (ou groupe de substrat) impliqué
Y : indique le substrat spécifique (grp substrat) ou la coenzyme
Z : le numéro de série de l’enzyme
Ex : oxydase de glucose EC 1. 1. 3. 4
Notion de cofacteurs :
Non protéique
Simple : atome ionisé (Zn2+), molécule d’eau
Complexe : coenzyme (ex : Vit du groupe B)
K1 K3
Cinétique enzymatique : équation Michaelis – Menten
K2
Mesure activité enzymatique : unité internationale (UI) / Katal (Kat)
3) Décarboxylation
Transformation enzymatique visant à enlever un COOH : L – Amino-Décarboxylase
Co-Facteur : phosphate de pyridoxal (forme active Vit B6)
Hydrosoluble (comme Vit A, D, E, C, K)
Need 2 mg / j
Histidine → Histamine : par histidine décarboxylase
o Neurotransmetteur
o Médiateur allergique :
mastocytes → vasodilatation capillaire, inflammation
Flore bactérienne, intoxicat° alimentaire (poisson cru mal préparé/pourri)
o Sécrétion gastrique (+) → récepteurs sur estomac (sécrétion HCl), ulcération
o Médicament anti-histaminiques → anti-allergie / anti-ulcéreux
(récepteur Histaminique) Anti RH1 Anti RH2
Synthèse des Catécholamines : Enzyme / Cofacteur
Tyrosine
Adrénaline
Tyrosine BH4
Hydroxylase Phényléthanolamine
BH2 N-Méthyl Transférase
L-DOPA
Noradrénaline
Phosphate de Vit C
Décarboxylase Pyridoxal Dopamine
des A.A. Hydroxylase
Aromatiques
Dopamine
Absence Dopamine
→ maladie de Parkinson (locus niger)
1e et 3e étapes = hydroxylation / 2e étape = décarboxylation
Adrénaline : hormone de Stress / réponse rapide
Aug glycémie (Glycogénolyse) / stimule lipolyse (TG en AG libérés)
Oriente flux sanguin vers organes « nobles » : cœur, cerveau, muscles
Aug rythme cardiaque / aug pression artérielle / dilatation bronchique
E. Réactions dues au groupement Amine
1) Transamination
Nécessité de formation de base de Schiff !
o Réaction entre NH2 d’AA et aldéhyde aromatique (phosphate de pyridoxal)
o Passage du phosphate de pyridoxal en phosphate de pyridoxine
2 enzymes importantes en bio Humaine (échanges entre AA et AcCétonique)
~ Alanine Amino-Transférase (ALAT/SGPT) (Cytoplasme)
Alanine (AA1) + α-Céto-Glutarate ↔ L-Glutamate (AA2) + Pyruvate
~ Aspartate Amino-Transférase (ASAT/SGOT) (Mitochondries)
L-Aspartate (AA1) + α-Céto-Glutarate ↔ L-Glutamate (AA2) + Ac Oxaloacétique
Intérêts dosage lors Nécrose Hépatique (hépatite) :
Si augmentation ALAT : Atteinte Cytoplasmique
Apparition ASAT : Atteinte mitochondriale
2) Désamination
3 enzymes : désaturante / non oxydative / oxydative
Production de NH3 / toxicité sauf foie (cycle de l’urée)
3) N-Alkylation / N-Arylation / N-Acylation
Substitution par R d’un H du groupement amine : IR → IIR
R = groupement aliphatique (alkylation), aromatique (Arylation)
Groupement formyl, acétyl ou carbobenzoxyl (Acylation)
4) Condensation avec Ninhydrine
2 molécules de ninhydrine réaction avec :
o Amino-acides : couleur pourpre (bleu-violet) → appl. Empreinte digitale
o Imino-acides (proline) : couleur jaune
Destruction de l’Acide Aminé
Intensité de coloration proportionnelle à la concentration d’AA (dosage Beer Lambert)
Détection : 1 nano (10-9) mol.L-1 (fluorexamine 1 pico (10-12) mol.L-1)