Structure et Analyse des Génomes

O. Lecompte : 10h CM + 6h TD
R. Ripp : 4h CM + 6h TD + 3h TP
Mini-projet : travail personnel+ 3h TP R. Ripp

O. Lecompte
Laboratoire de Bioinformatique et Génomique Intégratives – IGBMC

[Link]

Plan
1
1. Génomes complets

2. Architecture des génomes

 Procaryotes et eucaryotes
 Organelles - Endosymbiose

3. Annotation des génomes

 Localisation des éléments génétiques
 Annotation fonctionnelle
 Intégration

1
 Définitions

 Génome :
l’ensemble du contenu en ADN d’une cellule (haploïde)
=> l’ensemble des gènes et des régions intergéniques

 Génomique :
étude multidisciplinaire
p de la structure et de la fonction des génomes
g
- Cartographie et séquençage des génomes
- Localisation des éléments génétiques
- Caractérisation fonctionnelle
- Comparaison des génomes
- Modélisation des systèmes biologiques

Le séquençage des génomes

1995 Haemophilus influenzae

1996 Saccharomyces cerevisiae
1998 Caenorhabditis elegans
2001 Version préliminaire du génome humain
2011 > 1500 génomes procaryotes et eucaryotes disponibles…
~ 2350 virus
[Link]
~ 650 phages
[Link]
~ 2650 organelles
[Link]

2
GOLD ([Link]

[Link]

3
[Link]

4
 Projets génomes
Archaea Bacteria Eukarya
310 projets 6600 projets 1850 projets

60%
84%

Total : 5 phyla

Total : 30 phyla

Total : 54 phyla

Les génomes procaryotes

Funding relevance of Bacterial Genome Projects

5
 Les génomes bactériens
Les bactéries p
pathogènes
g
- de mammifères : Mycobacterium, Mycoplasma, Salmonella…
- de plantes : Ralstonia, Xanthomonas…

Bactéries utilisées en biotechnologie et/ou industrie:

- enzymes et d’antibiotiques : Bacillus subtilis, Streptomyces coelicolor
- acides aminés : Corynebacterium glutamicum
- solvants : Clostridium acetobutylicum
- produits laitiers : Lactococcus lactis
- création de p
plantes transgéniques
g q : Agrobacterium
g tumefasciens
f
- traitement des eaux usées : Caulobacter crescentus

Espèces présentant un intérêt évolutif :

- bactéries photosynthétiques : Synechocystis
- bactéries endosymbiotiques : Buchnera aphidicola
- espèces situées à la base de la lignée bactérienne : Aquifex aeolicus

Recherche de cibles à partir du génome

test de l’activité
immunogène

D’après Fraser, 2000

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 Séquençage de multiples souches
exemple : Staphylococcus aureus

 N315 (MRSA) 2 813 Kb 2 594 ORFs 2001

 Mu50 (VRSA) 2 878 Kb 2 697 ORFs 2001
 aureus MW2 2 820 Kb 2 632 ORFs 2002
 MRSA252 2 902 Kb 2 634 ORFs 2004
 MSSA476 2 820 Kb 2 597 ORFs 2004
 aureus COL 2 809 Kb 2 618 ORFs 2005
 RF122 bovine 2 515 Kb 2 665 ORFs 2005
 aureus USA300 2 872 Kb 2 560 ORFs 2006 14 souches
 NCTC 8325 2 969 Kb 2 892 ORFs 2006
 aureus Newman 2 878 Kb 2 615 ORFs 2007
 JHI VISA 2 906 Kb 2 747 ORFs 2007
 JH9 VISA 2 906 Kb 2 697 ORFs 2007
 aureus Mu3 2 880 Kb 2 698 ORFs 2007
 aureus MRSA USA300_TCH1516 2 872 Kb 2 657 ORFs 2007

Diversité génétique intraspécifique

Bacillus Streptococcus

B. anthracis, une espèce ? un clone de B. cereus ?

Branches proportionnelles à la fraction de gènes non

partagés par les différentes souches Medini et al., Curr. Opin. Gen Dev, 2005

7
 Diversité génétique intraspécifique
souvent spécifiques à une
souche
beaucoup de fonctions
inconnues

adaptation
à une niche
environnementale

translation, réplication,
homéostasie énergétique

Bentley, Nature, 2009

Le pan-génome
 Pan-génome
Pan génome : le répertoire global de gènes dd’une
une espèce (somme de
tous les gènes présents dans les souches d’une espèce)
 core genome
 dispensable genome

Open pan-genomes:
multiple
p environments,, multiple
p ways
y of
exchanging genetic material

Closed pan-genomes:
isolated niches with limited
access to the global microbial gene pool

Medini et al., Curr. Opin. Gen Dev, 2005

8
 Les génomes d’archées
A la découverte du domaine inconnu !
Le domaine des Archées
- découvertes récemment (milieux extrêmes)
- longtemps considérées comme des bactéries atypiques
- proposition des 3 domaines en 1990 (Woese)

Particularités physiologiques
- hyperthermophiles : Pyrococcus
- halophiles : Halobacterium
- acidophiles : Sulfolobus

 compréhension des mécanismes biologiques

 applications biotechnologiques et industrielles

Cliché IFREMER

Les génomes d’archées

Et nos origines dans tout ça ?

Bac Arc Euc Bac Arc Euc Bac Arc Euc Bac Euc Arc Bac Euc Arc

A B C D E

Intérêt évolutif : relation entre les 3 domaines du Vivant

9
 Les génomes eucaryotes
Des organismes
g modèles :
Arabidopsis thaliana

Drosophila melanogaster

Le génome humain...
Caenorhabditis elegans

S. cerevisiae
Rattus norvegicus
Tetraodon nigroviridis Mus musculus

Les génomes eucaryotes

Importance agro-alimentaire Evolution au sein d’un groupe

groupe des hémiascomycètes (génome compact)
Oryza sativa

Kluyveromyces lactis

Candida glabrata

Espèces pathogènes :
E. cuniculi, P. falciparum, P. yoelii, A. gambiae (vecteur),
Leishmania, Giardia, Trypanosoma, Entamoeba…

Anopheles gambiae
Magnaporthe grisea (maladie du riz)

10
 Homo sapiens

Génomes Mus musculus

Rattus norvegicus

eucaryotes Gallus gallus

Xenopus laevis
Chordata
Xenopus tropicalis

Tetraodon nigroviridis

Danio rerio

Fugu (Takifugu) rubripes

Metazoa
Ciona intestinalis
Ciona intestinalis Xenopus tropicalis Echinodermata Strongylocentrotus purpuratus

Drosophila melanogaster
Arthropoda
Anopheles gambiae

Caenorhabditis elegans
Nematoda Caenorhabditis briggsae
Brugia malayi
Cnidaria Nematostella vectensis
Strongylocentrotus
Placozoa Trichoplax adherens
purpuratus
Nematostella Choano-
vectensis Monosiga brevicollis
flagellates

Génomes eucaryotes
Trichoplax adherens (Placozoa)
=> parmi les plus simples des animaux

Monosiga brevicollis
(Choanoflagellés)
=> parmi les
unicellulaires les plus
proches des animaux

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 Fungi Ascomycetes Schizosaccharomyces pombe
Pichia stipitis
Pichia guilliermondii
Aspergillus clavatus

Fungi Aspergillus oryzae

Aspergillus fumigatus
Aspergillus terreus
Coccidioides immitis
Phaeosphaeria nodorum
Chaetomium globosum
Magnaporthe grisea
Sclerotinia sclerotiorum
Neosartorya fischeri
Botryotinia fuckeliana
Saccharomyces cerevisiae
Lodderomyces elongisporus
Vanderwaltozyma polyspora
Candida glabrata
Kluyveromyces lactis
Ashbya gossypii
Debaryomyces hansenii
Yarrowia lipolytica
Neurospora crassa
Basidiomycetes Cryptococcus neoformans
Ustilago maydis
Microsporidies Encephalitozoon cuniculi

Viridiplantae Tracheophyte Arabidopsis thaliana

Génomes Oryza sativa

Vitis vinifera

eucaryotes Bryophyte
Chlorophyte
Physcomitrella patens
Chlamydomonas reinhardtii
Ostreococcus lucimarinus
Ostreococcus tauri
Rhodophytes Cyanidioschyzon merolae
Cryptosporidium parvum
Stramenopiles Thalassiosira pseudonana
Mycetozoa Dictyostelium discoideum
Entamoebidae Entamoeba histolytica
Parabasalidea Trichomonas vaginalis
Euglenozoa Trypanosoma brucei
Trypanosoma cruzi
Leishmania major
Entamoeba histolytica
Alveolata Tetrahymena thermophila
Plasmodium falciparum
Plasmodium yoelii
Theileria parva
Theileria annulata
Trypanosoma cruzi Cryptosporidium parvum
Cryptosporidium hominis
Diplomonades Giardia lamblia

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 Génomes eucaryotes : vraiment complets ?

Publication des génomes :

• des “drafts” (séquences préliminaires)...

Ex: Oryza sativa, Plasmodium yoelli,…

• des séquences “presque complètes”

(régions centromériques et télomériques partielles et gaps)

• des génomes complets

Ex: Saccharomyces cerevisiae !

Métagénomes

métagénomique :
analyse génomique d’une population

extraction directe d’ADN et clonage

=> accès aux espèces non cultivables
 symbiose
y
 espèces pathogènes
 prélèvements environnementaux
 ADN ancien

Tringe et Rubin, Nature review genetics, 2005

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 Métagénomes

Analyses réalisées :
 recherche de marqueur phylogénétique (16S rRNA, gène RecA,…)
=> caractériser les espèces présentes
 recherche de gène d’intérêt : séquençage aléatoire, recherche de

gènes cibles puis ancrage phylogénétique (recherche de marqueurs

phylogénétiques à proximité)
 assemblage de génomes (pour des milieux pauvres)

 …

Métagénomes
paléogénomique : séquençage d’ADN ancien

Tringe et Rubin, Nature review genetics, 2005

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Projets métagénomes

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