'§ Chez Gopy Star SED LOIS OTH HH HONDO HONS ?oe . ob pee \UMunoule Hine bie logs 2 Université Saad Dahleb - BLIDA Département Vétérinaire a Docteur MN. MENOUERI VIROLOGIE Générale (deuxiéme année) | - DEFINITION DES VIRUS C'est en 1953 que Lwoff a défini le concept de virion. C'est une particule virale mature et infecticuss libre dens ‘2 milieu extérisur, phase ultime de la biosynthése des virus. Un virion a 4 caractéres essentiels. 1+ le virion posséde un seul type d'acide nucléique qui peut atre soit du AON , soit du ARN . Les deux molécules ne coexistent donc pas dans la particule virale, ce qui oppose les virus aux autres formes vivantes connues jusqu’a ce jour. On peut observer & la fois de 'ADN qui conserve information génétique et de ARN qui permet l'expression génétique. acide nucléique viral porte 'intégralité de linfo nation génétique du virus et constitue ce que ton appelie fe génome viral 2. is virion se reproduit uniquement & partir de son matériel génétique par réplication de son génome. Il n’existe pas de scissiparité comme chez les bactéries et il n'y & pas de mitose comme dans les cellules eucaryotes. 3- Les virus sont doués d'un parasitisme intracellulaire obligatoire. Ils ne peuvent se reproduire qu'au sein d'une cellule héte vivante. Du fait d'un parasitisme intracellulaire absolu le virus ne posséde aucun systéme enzymatique ou énergétique lui permettant d'assurer .sa- propre auto- replication. fi est donc amené a détourner et a utiliser pour sa propre biosynthése l'ensemble des macromolécules de la callule qu'il parasite (ribosome, tARN, activité enzymatique, systéme de réguiation). Au cours "de interaction entre la particule virale et sa cellule héte, daux éventualités incipates sont possibles a. La multiplication virale peut aboutir a la mort de la cellule : clest c= que l'on appeile la lyse cellulaire. b. Il peut contacter avec elle des relations qui résultent en des lésions non iéthales ceiluiaires : persistance viraie.Ceci implique que les virus sont -ncapables de se reproduire sur des milieux inertes de type baétériciogique. Leur isolement passe forcémont par inoculation & un systme biologique vivant que l'on dit permissit afin er leur réplication. Las trois tétes des contacts entre le virus et !a cal héte au cours de la mulipication virale expiquent également la ciffcuté ce mise au point d'une chimiothérapie antivirale spécifique a la fois efficace, non dangereuse et qui puisse raisonnablement étre utilisable en thérapeutique humaine. Le mode de reproduction des virus explique également leur insensibilité aux antibiotiques, aux antibacteriens; le virus ne présentant pas, 2 faction des drogues, les mémes cibles pharmacologiques que les bactéries. 4- le virion présente une structure particulaire qui oppose aux étre vivants & structure cellulaire procaryote (les bactéries) ou eucaryote. Le particule virale et la forme de dissémination des virus assurent le transfert a d'autres cellules sensibles, L'agencement das principaux constituants de la particule permet de reconnaitre aux virions un type de symétrie caractéristique (par exemple, symétrie hélicoidale ou symétrie cubique). En résumé, tes 4 caraciéres de aétinition du virion sont ies suivants : + un seul type d'acide nuciéique (ADN ou ARN) qui constiiue .- legénome + reproduction par réplication du génome + il s'agit d'un parasitisme intracellulaire absolu une structure particulaire. il stagit Ainsi définis, les virus représentent done des objets biologiques qui sont différents des bactéries et des protozoaires. Leur structure et surtout leur mode de reproduction trés particulier conditionnent la majeure partie de leur propriété biologique et de leur pathogénicité lia 6t6 mis en évidence, a partir de 1971 existence d'agents infectieux decrits surtout chez les végétaux limites 4 un ARN de trés petite taille que l'on a appelés viroides. li a ét6 proposé de diviser ‘ies virus en deux sous groupes : les virus conventionnels ou euvirus et les virus et agents non conventionnels ou viroides.ll- ANATOMIE GENERALE DES PARTICULES VIRALES Toute particule virale est constituée d'au moins deux éléments constants et obligatolres : 1+ te génome, de nature nuciéodique et compose d'acide nucléique 2- la capside, est une coque de nature protéique qui entoure le génome et est capable d'assurer sa protection et sa survie dans le milieu extérieur. Les interactions entre acide nucidique et protéine de la capside sont trés étroites. es structures protéiques se trouvent bien souvent inciuses dans cet ensemble, ce sont les protéines Internes. Lo structure nucléoprotéique définit par l'acide fucléique et les protéines interes prend le nom de nucléoide st l'ansemble nucléoide et capside constitue une unité fonctionnelie que fon appelle la nucléecapside, Les virus limités & leur nucléocapside sont dits des virus nus. Dans certaines familles virales, la nucléocapside est enfourée d'une structure périphérique facultative appelée 'enveloppe. Ceite enveloppe, dont 'existence oppose les virus enveloppés aux virus nus, peut éire de provenance et de nalure diverse. Lorsque Tenveloppe dérive des systémes membranaires de la cellule héte, elle peut prendre ie nom de pepios . Dans certaines familios viraies, des structures intevnédiaires appelées téguments peuvent venir siinterposer entre la nucléocapside et le systéme d'enveloppes. = STRUCTURE DES VIRIONS 4 las acides nuoléiques viraux La totalité de l'information génétique au virion est portée par l'acide nucléique qui constitue son génome. Les acides nuciéiques constituant les génomes viraux sont dune grande variété. Les principaux paramétras a étudier dans chaque famille virale sont les suivants : + la nature de acide nucigique : ARN ou ADN - la taille de acide nucléique, longueur de {a chaine polynuciéotidique en nanométre, la masse moléculaire en million de dalton, le nombre de paires de base et la capacité approximative de codage, c'est-8-dire (nombre de chaine polypentidique nouvant étre codée par l'acide nuciéique). - Lacomposition en base, notamment le pourcentage GC%. - La structure qui est soit monocaténaire . bicaténaire ou bien avec des fragments subgénomiques. - Leur topologie, elie peut étre jinéaire, circulaire, plane ou circulaire super hélicale ( super contract).1-a les génomes 4 ADN Les ADN des virus animaux, le plus souvent bicaténaires et linéaires, présenteit pour la plupart une structure tridimensionnelle classique appelée en double hélice {double chaine désoxyribonucléotidique, complémentaire et anti-paralléle). Des exceptions doivent cependant étre notées : - le génome des parvoviridae est monocaténalre, apparaissant .Gans les virus sous deux aspects moléculaires complémentaires capable de sthybrider in vitro, - Le génome bicaténaire du virus de 'hépstite B est circulaire. + Le génome de certains bactérionhages, comme le phage X174, un phage filamenteux est a la fois monocaténaire et circulaire. La masse moléculaire des ADN viraux s’étale sur une large échelle allant de 1 a 180 x10° dalton: - Les plus petits génomes (parvoviridae, virus de !Hépatite 8) ont une masse moléculaire voisine de 1,1 x 10° dalton. - Les papovaviridae ont un ADN de l'ordre de 3 x 10° dalton. a ~ Les adénoviridae ont un ADN de 20 a 25 x 10° dalton. + Les herpesviridae de 80 & 150 x10° dalton. - Enfin on trouve des ADN de 160 & 180 x 10° dalton chez les poxviridae. La composition en base et en particulier le %GC, qui en est un reflet, varie de 32 a 78% (par comparaison, le %GC de I'ADN des cellules de mammifére est de ordre de 42 %). 1- les génomes 4 ARN, La variabilité des ARN viraux est sensiblement moins grande que calle des AON. Les ARN viraux, généralement monocaténaires et linéalres, ont une masse moléculaire comprise entre 2 X 10° dalton (virus de la mosalque du tabac) ou 2,7 X10° dalton pour les entérovirus et 15 X10® dalton pour les reovirus, Certains génomes sont bicaténaires (reovirus). Le génome des reovirus et des myxovirus se présente sous forme de fragments subgénomiques (7 4 2 pour les virus grippaux et 10 pour les reovirus). Cette disposition favorise les recombinaisons gé: s entre vis st permet Mexpression d'une granda variabilité génétique et donc antigénique. = Le génome des rétroviridae est lui constitué de deux molécules d'ARN monocaténaires, linéaires identiques religes per des liaisons covalentes & leur extrémité 5'.Figure 3 ver Overview of the packing of subunits in picornaviruses. The proteins are cleaved from a precursor, as shown. VP1-3 are represented by wedge-shaped blocks (the RVC domains) with N- and C-terminal extensions. The N- terminal extensions interdigitate to form an_ internal framework. VP4 is, in effect, part of the N-terminal extension of VPO. In polio and rhinovirus, the prominent GH of VP1 loop lies across VP2 and VP3 as shown. In FMDV. it forms an even larger, disordered projection. An | “exploded” view of one protomer is shown at the right.9 2- Jos capsides virales 2-a Genéralités Le génome, contenant l'information génétique constitue la partie « noble » du virion. La protection de l'acide nucléique viral est assurée dans le milieu extra cellulaire par une structure protéique, la capside, qui posséde de pits chez les virus sans enveloppe des signes de reconnaissance de la cellule héte. Les acides nucléiques viraux n’ont pas en moyenne de capacité de codage suffisante pour une protéine de taille compatible avec calls de !a capside virale. ll y a done eu un postulat qui est existence de sous-unités protéiques en petit nombre, de masse moléculaire relativement peu élevée, assemblées en une métastructure de dimension plus importante. existence d'unités de structures identiques, structures de base de architecture das capsides virales a été depuis démontree. De plus, il 2 été enoncé ce que ('on appelle un principe de l'auto assemblage : les sous unités protéiques et acide nucléique du virion ont tendance & s'assembier spontanément pour adopter la configuration qui correspond & l'état le plus stable ou "énergie est minimale. Liénergie nécessaire & assemblage provient des intera entre les sous unités. Cette régle conduit & admettre au sein de la structure du virion, 'équivalence absolue de toutes les sous unités entre-elles la été également démontré qu'une cistorsion dans l'arrangement des sous unités, pouvant aller jusqu’é 4 4 5 degrds, était compatible avec une structure stable. conduisant & énoncer le principe de quasi-équivalence qui régit depuis les concepts concernant larchitecture des virions. La conséquence des principes de quasi-équivalence et d'auto assemblage est quil ne peut exister que deux systémes permettant assemblage des sous unités protéiques et de l'acide nucléique pour constituer les nucléocapsides virales : - le systéme a symétrie hélicoidale (virus a nucléocapside hélicoidale) ~ le systéme & symétrie cubique (virus 4 nucléocapside cubique ou icosaédrique) 2-b Jes virus & symétrie hélicoldale (figure n°1) La caractéristique des capsides @ symétrie hélicoidale est que les sous unités protéiques constituent a elles seules des unités morphologiques. a) l'exemple le plus classique est celui du virus de la mosaique du tabac. Le virus & la morphologie de batonnets allongés rigides. i s‘agit en fait d'un cylindre creux de 300 nanométres de long et 18 nanomeétres de diamétre délimitant un canal central de 4 nanomeétres de diamétre.FIGURE IRUS DE LA MOSAIQUE DU TABAC. Acide nucléique Unité de structure Symétrie hélicoidale : - Répétition de sous-unités protéiques constituent un "manchon" - Lemanchon est rigide — forme tubutaire du virus . Ese - Le manchon est flexible -+ structure enroulée sur elle-méme — forme sphériqueLa masse moléculaire totale du virion est égale @ 40 X10® dalton. L'acide nucléique ast un ARN linéaire monocaténaire de 2 X10° dalton soi" sine comptoxité de 6 600 nucléotides. II s'enroule dans l'espace selon une spirale de 8 nm de diamétre. La cepside est constitue de 2 200 unités de structure protéiques toutes identiques. La nucléocapside des virus animaux a symétrie hélicoidale ne présente pas la rigidité en batonnets du virus de la mosaique du labuc, Eile esl flexueuse, repliée ou spiralée, et toujours entourée d'une enveloppe La nucléocapside du vir la rage (thabdoviridae) a une structure hélicoidale. ARN y est ralié a des sous unités d'une protéina da 52 000 daltons (protéine N). La morphologie générale de la particule, entourée d'une enveloppe est celle d'un cylindre de 165 nm de long sur 50 nm de large, délimitant un canal axial. On trouve encore @ Tiintérieur de lenveloppe une trancriptase (protéine L), une protéine matricielle (protéine M), et une protéine NS (non structurale) . Le diamétre de la nucléocapside est de l'ordre de 15 nm. Les orthomyxoviridae (virus grippaux) présentent a Tinterieur dune envelope unique, plusieurs nucléocapsides (8) constituées dun fragment ARN relié & une molécule de polymérase et 2 des sous unilés protéiques. On trouve encore ur protéine membranaire (protéine M) a Iintérieur de l'enveloppe. Le diamétre de chaque nuciéocapside est de 8 nm et celui de !a particule complexe de ordre de 100 am. 2-¢ les virus &.symétrie cubique (figure n°2 et 3) Le caractéristique essenticlle des virus @ symétrie cubique est que les unités de structure protéique se groupent en unités morphologiques, visibles en microscopie électronique et qu'une “énaturation méningée de la nucléocapside permet souvent disoler. Ces unités morphologiques, qui p constituées de :_ nent le Peuvent étre = bimare (2 unités de structure), + trimére (8 unités de structure), pentamere (5 unités de structure), ou penton, hexamare (6 unités de structure), ou hexon. Les considérations théoriques et les observations cristallographiques ont amené & admettre que tes groupements de capsomares des capsides des virus d'apparence “sphérique" en microscopie électronique devaient en fait se faire selon une structure symétrique. Parmi les polyédres réguliers capables d'assurer une symétriqlé cubique, |" icosaédre a été sélectionné par la nature pour la constitution des capsides virales & symétrie cubique. Le nombre de capsomére total (N) est donné par la formule suivante : N= 10 (T-1) + 12. Dans cette formule T est le nombre de triangulation qui en fait est le nombre de triangles divisant chaque face de icosaédre. En conséquence, chaque capside icosaédrique est constituée de 12 pentons et d'un nombre variable d'hexons en fonction du nombre de triangulationFipnre > | (ee ICOSAEDRE : PO! LYEDRE REGULIER : ae [7 sommers | (aux sommets) Pe Sexes de symetie 2 - | = 20 FACES | : - 30 ARETES J spicuie athemaggluinine - LSPARETES _| iw on. a ADENOVIRUS n=6 -N=2622-4 les vinis 4 symétrie complexe Un certain nombre de virus ne paraissent pas répondre aux types de description précédente. Les bactériophages de la série T paire présentent une symétrie binaire ou mixte (figure n°4 ). Ces virus nus possédent une capside en deux parties : une téte a symétrie cubique_ formée de 182 capsoméres contenant un ADN Ge grande dimension et une queue & symétrie hélicoidale reliée & la téte par le collier. La queue est constituée d'une gaine protéique contractile délimitant un canal creux central. Elle est terminée par une plaque basale elle-méme porteuse de spicules et de 6 fibres caudales. 3 - Les em es virale: Certaines familles virales possédent, autour de la nucléocapside, une structure ou un ensemble de structures périphériques facullatives que on appelle envelope. Les Virus qui possédent une envelope sont dits enveloppés, les autres sont dits nus. Tous les virus animaux ARN a nuciéocapsides 4 symétrie hélicoidale sont enveloppés : orthomyxovirus, paramyxovirus, thabdovirus. Quelques virus icosaédriques a ARN (togavirus) et des virus a ADN (herpesvirus, poxvirus) possédent également une enveloppe. Les envelopes virales sont de composition macromoléculaire complexe, lipido- glucido-protéique. La structure lipido-protéique rend les enveloppes trés sensibles aux actions physico-chimiques, 4 l'action des solvants des lipides et en particuliers & léther, aux détergents, aux sels biliaires, aux variations de pH. Elle confére d'autre part au virion une particuliére thermosensibilité. De ce fait, la présence d'une envelope, loin d'étre un élément de protection supplémentaire de la nucléocapside confére au contraire aux virus enveloppés une certaine fragilité, dans le milieu extérieur o¥ ils survivent peu de temps et dans les milieux hostiles de organisme (matiére fécale). f Cela a des conséquences au niveau de lépidémiologie (faible persistance dans ‘environnement, transmission directs), ei du diagnostic {faible probabilité de retrouver le virus a certains niveaux et nécessité d'un transport rapide, au froid et dans des milieux de transports spéciaux du produit pathologique en vue de risolement du virus). La plupart des enveloppes virales proviennent des systémes membranaires de la cellule héte (elles prennent le nom de peplos). Trois origines membranaires sont possibles - la membrane nucléaire, au niveau de son feuillet interne (herpes virus)~ les systémes membranaires intra cytoplasmiques comme le réticulum endoplasmique ou l'appareil de Golgi ~ la membrane plasmique (myxovirus). La nucisccapside sn vole dassemivage subit un transit intracelluiawe et se Bositionne en regard des sites membranaires. A ce niveau, se mettent en place des t slycoprotéique ou lipoprotéiqus, pul un phénoméne d'exocytose avec liberation d'une nucléocapside enveloppée. En 4 cans un ol e de maturation, objectivé par rphologiques, par exemple augmentation de la densité aux Electrons. Ces hénoménes de bouraeonnements sont diintensité variable et souvent compatibles avec une survie relativement prolongée de la cellule héte. Assez fréquemment la libération est incompléte et de nombreuses particules virales restent absorbées sur les systémes membranaires. Les enveloppes viraiss ou pepios sont constituées de de x Spécificités distinctes qui Se retrouvent dans leur structure antigénique ~ des constituants cellulaires, le virion emportant avec lui une ~ des constituants codés par le génome viral. On retrouve dans cette catégorie des composés a activité biologique particuligre tel que 'hémagglutinine, la neuraminidase, des facteurs toxiques, ou des facteurs de fusion cellulaire. Ces composée peuvent se présenter sous la forme de projection perpendiculaire a la surface de l'enveloppe et sont visibles en microscopie sisctronique sous ia forme Ge spicuies. Les aimensions, ia forma et ie nombre de ces spicules différent selon la famille virale considérée. A noter qu’a cété des envelopes virales directement issues des membranes lent des éléments de fragilié a stent chez certains virus des systémes différents. : Les poxvirus possédent un systéme d'enveloppes multiples et complexes. La nuciéocapside est entourée d'une premiére enveloppe, puis d'une double membrane exteme dont elle est séparée par des formations protéiques, les corps latéraux. La membrane la plus externe porte des péploméres responsables d'une activité némaggiunante, Les virus de hépatite 8 f dent uns nuciéocapside ¢ ONA entourée d'un systéme d'enveloppes porteur de l'antigéne de surface (antigane HBs). Dans les deux cas, c'est-a-dire poxvirus et virus de 'hépatite B, la présence dun systéme d'enveloopes. aui ne oeut pas étre assimilé & un peplos commun, est un élément de résistance du virion dans le milieu extérieur. Les poxvirus et le virus de "hépatite B résistent particuliéremeni bien aux actions physico-chimiques et en particulier aux antiseptiques.IV = CLASSIFICATION DES VIRUS La classification des virus est difficile & établir. La classification des virus peut reposer sur différents critéres, par exemple la nature de lhéte, le tropisme tissulaire, le pouvoir pathogéne, le mode de transmission. - La nature de I’héte. = Le tropisme tissulaire : virus dermotrope, neurotrope, viscérotrope... = Le pouvoir pathogéne : virus morbilleux responsable de la rougeole, virus ourlien responsable des oreillons, etc. La classification selon le pouvoir pathogéne posent certains problémes. Le plus souvent un virus donné posséde un domaine pathologiqve étendu qui touche en fait plusieurs organes, appareils ou systémes. Inversement un syndrome donné peut €tre di a une grande multiplicité de virus différents. D'eutre part, au cours des années, un certain nombre de virus (alors dénommés orphelins) ont &é découverts et isolés chez 'homme auquel aucun pouvoir pathogéne n'a pu étre attribué rendant impossible une classification fondée sur la seule pathogénicité — Le mode de transmission : virus respiratoire, entérique, transmis par des arthropodes, etc. Plus récemment, une meilleure définition des virus a permis lobtention d'une nouvelle classification fondée uniquement sur des critéres objectifs. Elle est le résultat des travaux de Lwoff, Horne, et Tournier (LHT) qui proposérent en 1962 une classification appelée syst8me L.H.T. qui retient 4 critéres : 1 - La nature de I'acide nucléique, permettant de distinguer des virus & ADN (0), des virus & ARN ( R), 2 - La symétrie de la nucléccapside : hélicoidale (H), cubique (C ) ou mixte, 3 - La présence (E) ou I'absence (N) d'une enveloppe, = 4 - Enfin le nombre de capsoméres pour les virus @ nucléocapside icosaédriques ou bien le diamatre (A) de la nucléocapside pour les virus hélicoidaux Un virus peut ainsi étre représenté pai un siyie & 4 important & cette classification est |_ coexistence sous un méme sigle de virus différenis (par exemple groupe des paramyxovirus, et le groupe des herpes virus), Lladjonction de critéres supplémentaires comme les caractéristiques moléculaires du génome ou le cycle cellulaire de rénlication permet une discrimination plus fine. convénient Fn fait, depuis 1988. un comité international de taxonomie des virus a défini une nomenclature des virus et proposé une classification & vocation universelle.rinaire ° s2eme années: < 0 eh Oy. s Chez Copy S LED DOVORVHON. DEO BE oS PNYa Mannre WOM alo Université Saad Dahleb- BLIDA Département Vétérinaire Docteur MN. MENOUERI VIROLOGIE Générale (deuxiéme année) LA Mi ICA’ ALE La multiplication virale est un phénoméne complexe au cours duquel le Is va détourner la machinerie cellulaire a son profit. En effet, du fait de leur simplicité extréme, les . Irus ne peuvent pas se multiplier, du moins se multiplier par eux-mémes, Connaitre et bien comprendre les différentes étapes du cycle de multiplication virale est un objectif majeur pour le développement de molécules antivirales. Certaines étapes sont spécifiques du virus et constitue une cible idéale pour une molécule antivirale. La multiplication d'un virus consiste en I'introduction du génome viral dans une cellule et c'est elle qui va fabriquer de nouveaux virus selon un procédé de biosynthése que l'on appelle réplication. Le temps du cycle viral peut varier d’un virus a l’autre en fonction de la taille du génome et de la complexité du cycle viral (4 4 8 heures pour le poliovirus, plus de 40 heures pour les Herpesviridae).LA MULTIPLICATION D'UN VIRUS COMPORTE SIX ETAPES ALWATTACHEMENT [Link] PENETRATION — 3,LA DECAPSIDATION [Link] REPLICATION [Link] multiplication des virus 8 ADN 4-2. till irus 8 Al 5. ‘ASSEMBLAGE ET LA MATURATION 6, LA LIBERATION DES VIRUS LATTACHE! La premiére étape est l'entrée en contact du virus et de la cellule. C'est lattachement de la surface virale sur la surface cellulaire. Cet attachement se fait par une structure de la capside pour les virus nus, par des glycoprotéines d’enveloppe pour les virus enveloppés. Ces protéines ou alycoprotéines s‘attachent a des récepteurs situés sur la membrane cytoplasmique de Ia cellule hate. Ce besoin de récepteurs cellulalres de la membrane cytoplasmique pour les virus explique qu'un virus donné ne peut infecter qu'un nombre restreint d'esp&ces animales (tropisme d’héte) avec des tropismes tissulaires et celiulaires précis. La sensibilité d’une cellule pour un virus définit sa capacité & pouvoir étre infectée par un virus donné. L’ensemble des cellules sensibles a un virus définit son spectre d’nétes. Ce dernier est variable selon les virus, certains peuvent infecter de nombreuses cellules, d’autres sont spécifiques d’un type cellulaire pour un animal donné. ati Ainsi, les poliovirus n'infectent qué l'homme et, expérimentalement, les singes supérieurs, mais pas les oiseaux, ni les poulets car les poliovirus ne trouvent de récepteurs pour leur attachement que sur les cellules de primates et non sur les cellules de poulet. Les virus de I'immunodéficience humaine (HIV) infectent principalement les lymphocytes T CD4+ car leur enveloppe peut s'attacher sur la molécule CD4, récepteur spécifique de ces virus. La structure d'attachement de I'HIV est la glycoprotéine de surface de 'enveloppe, la gp120 (glycoprotéine de 120 000 daltons, 120 kDa de poids moléculaire).Les virus de la grippe infectent principalement les cellules de l'arbre respiratoire car leur envelope se fixe sur les acides slaliques (récepteurs présents & la surface de ces cellules). 2. LA PENETRATION On distingue trois mécanismes permettant entrée du virus a l'intérieur de la cellule, le plus souvent par microphagocytose pour les virus nus (ex : poliovirus) et, pour les virus enveloppés, par fusion de l'enveloppe virale et de la membrane cytoplasmique en une membrane unique, fusion suivie de lyse, par formation d'un pore (trou) qui s'élargit et laisse passer la capside dans le cytoplasme (ex : virus VIH). Un troisitme mécanisme associe I'endocytose et la fusion. Aprés attachement sur son récepteur cellulaire, le virus est internalisé au~ sein d'une vésicule ou endosome. Une acidification du virus au sein de V'endosome est induite par une pompe a protons (ex : protéine M2 pour le Virus influenza type A). Cela induit une modification conformationelle des protéines d’enveloppe virale libérant des régions protéiques hydrophobes habituellement cachées qui réagissent avec les lipides membranaires de Vendosome. Ii s’ensuit une fusion des membranes et une libération de la capside virale dans le cytoplasme de la cellule. Ce mécanisme concerne de nombreux virus enveloppés (Orthomyxoviridae, Rhabdoviridae. [Link] DECAPSIDATION Les structures virales vont ensuite étre dégradées, a l'exception du génome qui, débarrassé de la capside, se trouve libéré, Il est nécessaire que la capside soit détruite pour que le génome, décortiqué, puisse fonctionner, livrer son information génétique a la machinerle cellulaire. En général cette étape se fait a l'aide de décapsidases cellulaires exception faite du poxvirus qul posséde sa propre décapsidase. Aprés ces étapes d'initiation de l'infection prend place la phase de réplication et * d'expression du génome viral. 4. LA REPLICATION Le génome viral doit étre transcrit, traduit et répliqué. Pour cela, le génome viral libéré prend ta direction des synthéses, dans la cellule. Ii se substitue en totalité ou en partie au génome cellulaire qui jusqu'alors organisait ies synthéses cellulaires. Désormais dirigée par le génome viral, la cellule va détourner la machinerie cellulaire au profit du virus et va ainsi produire des virus entrainant dans certains cas une inhibition des synthéses d’ARN et d’ADN cellulaires. Plus précisément, la cellule va faire des coples, (répliques) du génome viral, des répliques de protéines virales, protéInes de capside et glycoprotéines d’enveloppe.La stratégie de multiplication est dépendante de la nature et de la structure du matériel génétique : ADN ou ARN, génome bicaténaire ou monocaténaire, segmenté ou non, circulaire ou linéaire. Selon le type de virus la réplication sera plus ou moins complexe. Seuls les virus 8 ADN — dont la réplication est intranuciéaire peuvent utiliser les enzymes | cellulaires pour la transcription. Les autres virus doivent posséder leurs propres enzymes (ex : poxvirus qui ont une réplication cytoplasmique, virus 4 ARN). 4-1, La multiplication des virus 8 ADN Les virus & ADN double brin suivent-des mécanismes de multiplication qui se rapprochent de ceux observés pour les génes cellulaires. Le cycle viral peut étre divisé en 2 phases sauf pour les Herpesviridae chez lesquels on distingue 3 phases : + une phase précoce ot une petite partie du génome est transcrite grace a une ARN polymérase-ADN dépendante cellulaire. Les ARN messagers précoces migrent dans le cytoplasme cellulaire pour étre traduits par les ribosomes de a cellule en protéines régulatrices non structurales ou en enzymes impliquées dans la synthése de I'ADN. lly a ensuite réplication de IADN viral par I'ADN polymérase cellulaire ou virale aboutissant en un grand nombre de copies d’ADN_ viral. + une phase tardive ot les ADN néoformés vont servir. de matrices pour une deuxiéme transcription aboutissant a la formation.d‘ARN messagers tardifs qui aprés traduction vont former des protéines de structure (capside, envelope). Quelques exemples : Les Papillomaviridae, Polyomaviridae, Adenoviridae et Herpesviridae se multiplient dans le noyau. Ils interragissent largement avec les composants cellulaires les détournant pour assurer leur. propre transcription virale.Exemple du fycle de multiplication des Herpesviridae.: Membrane ‘yoplasmique Boxe gevimeitent paride ta (endure nueteate OE tpenpin “aR mersdges Nie prcooes &. passe ns y ST te RE-»tibération esenlage Adela ax tencapsite SStonp ager aseroneey ene Reta Pettis nn suuetunes UGE Oe, Pal Les protéines virales sont synthétisées en trois phases : trs précoce (protéines a), précoce (protéines b) et tardive (protéines g). Grace a la Protéine virale VP16 amenée par le virus dans la cellule, la transcription des genes trés précoces est Initiée. Les protéines a synthétlsées ont des fonctions de contréle sur la transcription des génes précoces et tardifs alors qu’elles Inhibent par un phénoméne d’autorégulation la transcription des génes trés précoces. Les protéines précoces b sont des enzymes impliquées dans la réplication de l’ADN viral. Elles activent également la transcription des génes tardifs aboutissant la synthase de protéines structurales g. Par contre, les Poxviridae se multiplient exclusivement dans le cytoplasme. Ils possédent donc la plupart des facteurs nécessaires a leur réplication et sont indépendants de la machinerie cellulaire.4-2, La multiplication des virus 4 ARN ' Le génome des virus & ARN peut prendre ee a coeeabens seyinenté ou non, bicaténaire ou mon; arité positive négative, uivant tes virus, l'élaboration de transcription est une opération plus ou moins complexe. Pour les virus & ARN de polarité positive tels que les poliovirus, to génome est un ARN qui sert tel quel de messager; il est immédiatement traduit par les ribosomes cellulaires en protéines de capside (et enzymes viro-induites), Pour les poliovirus, il n'y a pas de transcription. Par contre pour les virus 4 ARN de polarité négative tels que les orthomyxovirus ou les rhabdovirus, il faut passer par un ARN messager de polarité positive. Cette étape de transcription sera réalisée par une enzyme virale. De méme, la réplication du génome des virus @ ARN nécessite l’'apport d'enzymes spécifiques : ARN polymérase-ARN dépendante virale qui n’existe pas dans la machinerie cellulaire. En effet dans la cellule normale, une telle opération et une telle enzyme n‘ont pas de raison d’étre et n’existent pas ; ies RNA celluiaires, quli s'agisse des RNA messagers, ribosomiques ou de transfert, sont synthelisés par des RNA polymerases endantes, travaifisnt sur une matrice de DNA, le génome cellulaire. Donc, pour se multiplier dans une cellule, un poliovirus et d/une facon généraie tous ies virus 8 RNA doit faire fabriquer a la cellule infectée une RNA réplicase, enzyme nouvelle, viro-induite, absente de ia cciluie nor transcriptase Inverse (TI) ou a est également une enzyme viro-indulte.A. Virus 8 ARN simple bri larité positive : Exemple du cycle de multiplication du poliovirus : Sas rrocnes o-4>a-r umn Le génome de polarité positive esi tradult directement en une grande polyprotéine qui est ensuite clivée pour donner nalssance a trois protéines P1, P2 et P3, La maturation de ces protéines virales fait intervenir plusieurs clivages en cascade. La région P1 contient l'information génétique codant pour les protéines de capside. Les régions P2 et P3 codent pour des protéines non structurales dont ARN polymérase-ARN dépendante ou réplicase. La réplicase va synthétiser un brin (-) pour aboutir a la forme réplicative constituée d'un brin (-) et d’un brin (+) appariés en double hélice. Le brin (-) va servir a la synthése de nouveaux brins (+) toujours grace a la réplicase dans un complexe appelé « intermédiaire de réplication ». Ces nouveaux brins (+) vont étre encapsidés afin de former de nouveaux virions. rus imple bri Ils comprennent des virus 4 génome segmenté (Orthomyxoviridae, Bunyaviridae) ou non segmenté (Bornaviridae, Filoviridae, Paramyxoviridae et Rhabdoviridae). Ces génomes de polarité négative ne sont pas infectieux. L’infection nécessite une ARN polymérase associée au virion pour la transcripcion en ARN messager.Une autre proprigté spécifique de certains virus est la capacité de reproduire une molécule d‘ADN a partir d’ARN (+) quill s’agisse d’ARN génomique pour les Retroviridae ou d'un produit de transcription pour les Hepadnaviridae (virus de I’hépatite 8). Cette étape Indispensable est rendue possible par la présence d’une enzyme virale, la transcriptase inverse (reverse transcriptase : RT). Exemple du cycle de multiplication du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) : 2. Fusion 6, Traaucton| Une fois entré dans la cellule, I'ARN viral va étre rétrotranscrit dans le cytoplasme en ADN par la transcriptase inverse virale (TT). La TI dégrade UARN viral puls copie |'ADN viral monocaténaire en ADN double brin qui passe dans le noyau de la cellule. Grace a I'intégrase virale, I'ADN chromosomique est clivé et |'ADN viral s'intégre dans cet ADN chromosomique au sein du noyau de la celiule Infectée, sous le nom G'ADN proviral. Une fois intégré et si il y a activation de la cellule, |'ADN proviral est transcrit en ARN messagers et en ARN génomique par l'appareillage de transcription de la cellule. La traduction d'ARN messagers peu ou pas épissés donne naissance a des polyprotéines virales correspondant d'une part aux génes gag et po/ et d'autre part augéne —-- ~ env. La polyprotéine env va tre clivée par une protéase cellulaire en deux protéines d'enveloppe qui seront glycosylées par les enzymes de la cellule.Uassemblag¢) des protéines virales et de 2 molécules d'ARN viral se fait au hiveau de la membrane celiuigire. Quant & ia polyprotélne Gag-Pol, c'est au moment du bourgeonnement du virus hors de la cellule qu'elle va étre clivée par fa protéase virale pour donner les protéines constitutives internes du virus et ses 3 enzymes. Cette derniére étape s'appelle la maturation et est indispensable 3 lz prduction de virus infectieux capables d'infecter d'autres cellule, 5. L'ASSEMBLAGE ET LA MATURATION ~“neogiaoode ' QF Nucleocapsides: ngofor més es sat renemes ats te wos. sete aves te genes vu jess de Lal, Les nouveaux génomes fabriqués par la cellule s'entourent de nouvelles protéines Virales fabriquées per la cellule. C’est 'encapsidation des génomes qui aboutlt & la formation de nouveaux virus. Les mécanimes peuvent étre simples avec auto- assemblage des protéines de capside et encapsidation du génome. lis peuvent étre plus complexes avec I'intervention de protéines virales spécifiques = [Link] LIBERATION DES VIRUS Ces nouveaux virus sortent de la cellule par éclatement pour les virus nus, par bourgeonnement pour les virus enveloppés. C'est lors du bourgeonnement que les virus @ enveloppe constituent leur enveloppe qui est une bicouche lipidique cellulaire hérissée de spicules glycoprotéiques. Certains virus comme les Herpesvirus Sentourent,d'une enveloppe provenant de la membrane nucléaire de la cellule infectée, d'autres comme les rétrovirus s‘entourent d'une enveloppe provenant de la ‘Membrane cytopiasmique de ia celiuie. Une celluie produit de ordre de 100 & 1000 virusq Université Saad Dahleb - BLIDA Département Vétérinaire =x Cours de virologie générale Docteur MN. MENOUERI TECHNIQUES D'ETUDE DES VIRUS 1 existe différentes techniques d'étude des virus Etude morphologique des particules virales 1- La microscopie électronique permet soit [a visualisation du virion, soit la visualisation des acides nuciéiques. La visualisation du virion par microscopie ¢lectronique peut se faire soit per ia technique d'ombrage, soit par la technique de coloration négative. La visualisation des acides nuciéiques par microscopie électronique fait appel & une technique de flottage des ARN ou des ADN sur une surface liquide recouverte d'un film de protéine et & fombrage métallique de la préparation ainsi obtenue. Les méthodes de microscopie électronique permettent dlobtenir de nombreux renseignements sur la taille des virus et sur ia topologie de leur acide nuciéique. 2. (ultra centrifugation. (Purification des virus) - chromatographie 3 - "électrophorése 4 - les techniques biochimiques. 5 - les techniques immunologiques.LE DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DES. INFECTIONS VIRALES Introduction Papmmalorité des infections virales présentent un tableau clinique trés évocateur et régressent d’elles-mames sans que le clinicien ait receurs on diagnostic virologique. Par patholo ans cettaines situations, te diagnostic précis d'un virus responsable os te pathologie observée est nécessaire et il faut faire appel au laborstone de Virologie pour * Apporter la preuve de l'origine virale des signes cliniques observés et Giagnostiquer le virus en cause (ex : hépatites, herpes) suivre revolution Proveaiaue de Finfection (ex : quantification du virus dans le sang * Vit; VHB, VHC), 2 pallte une évolution biologique de I'infection (ex : VIH, Hépatite 8), + Permettre une décision thérapeutique et juger de l'efficacite des traitements et de tissus, * Apprécier I’état immunitaire (ex : rubéole), * RUGS" Jes (Teraueurs sériques en population (ex : enquétes de prévalence, Studes épidémiologiques. Le diagnostic virologique fait appel & deux groupes de techniques réalisant 7 Soit la mise en évidence du virus ou de ses constituants, * soit celle de la réponse immunitaire spécifique. 1. Recherche de Virus et de ses constituants Les virus ne sont pas visibles en microscople optique. Plusieurs ‘approches sont possibles Pour montrer la présence d'un virus responsable d'une infection * : identification directe des cellules infectées au sein des prélévements des patients : Lamplification du virus par inoculation des prélevements sume cultures cellulaires + Lamplification du génome virale (ex : particules vireles présentes dans ie plasma), du prélévement laquelle est variable selon le moment (primo-infection) selon I’état immunitaire du sujet (risque élevé chez les ‘Sujets immunodéprimés). 1-1. les prélévements Différents types de prélévements peuvent &tre utilisé pour la recherche de virus, cfs méthodes avec amplification sont les plus sensibles, cependant tout dépend de la charge virale On peut utiliser le sang (virémie), les selles, les sécrétions nasales, les urines, les prélévements cutanés (vésicules, ulcérations), les prélévements génitaux, les liquides de. ‘avage broncho-alvéolaire (LBA), les liquides céphalo-rachidhen (CR).Les virus sont fragiles, ils sont p ‘sents dans les cellules infectées qui elles-mémes survivent déhs des conditions particuliéres. Plusieurs éléments conditionnent la réussite d'un bon prélévement I'aboutisse-nent au diagnostic d’une infection virale: + Le prélavement doit étre bien fait (quantité suffisante, bonnes conditions de transport, transfert rapicie vers le laboratoire), + Le choix du site de prélévement doit étre fait selon les signes cliniques, selon les virus recherchés et en fonction de la physiopathologie de infection virale, + L’identification du'nom, prsnom date de prélévement et lieu de prélévement sont indispensables; les princi 1ux signes cliniques peuvent aider et orienter la recherche des virus (feu'lle de prescription systématiquement associée aux tubes). Les contacts et discussion avec le virologue peuvent guider et faciliter /as recherches 2 les explorations a réaliser. Il faut souligner le caractére infectieux des prélevements (Hépatite B, VIH) qui imposent un conditionnement protégé et propre (sac plastique) 1-2. Les techniques de détection de virus et des constituants A. La recherche de virus par cultures cellulaires Pendant longtemps les techniques d’isolements de virus en cultures cellulaires étaient ies plus utilisées, elles sont de plus en plus abandonnées au profit des techniques de détection des antiganes viraux et surtout de celles d’acides nucléiques (PCR). Cependant, il peut atre utile de faire des isolements de virus pour préparer des stocks importants de virus complets vivants et infectieux (caractérisation des types de souches virales : épidémies, recherche de mutations de résistance au traitement : HIV, CMV, HBV). Les cultures cellulaires utilisent des lignées de cellules d'origine humaine ou animale. On citera les cellules épithélioides humaines en lionge continue (Hela, Hep, KB) ou les cellules fibroblastiques humaines (MRCS : pour les CMV). Les signes de multiplication virale induisent \’apparition de l’effet cytopathogéne (ECP) défini par un changement de laspect des cellules, visible en microscopie optique (accumulation des virus produits ou des antigénes dans le noyau, ou dans le cytoplasme des celiules infectées). On peut observer des modifications de la nappe cellulaire par examen au microscope. On peut aussi colorer les cellules pour Identifier les inclusions. Les techniques de culture de virus sont indispensables pour effectuer des titrages de virus et quantifier le nombre de virus infectieux. Elles restent 3 la base des techniques de recherche de molécules antivirales (screening d’antiviraux). [Link] recherche des aénomes viraux Les techniques de PCR sont les plus utilisées. Elles sont sensibles, elles sont spécifiques de chaque type de virus. Les appareils de PCR en temps réel constituent un progres important puisqu'lls permettent des diagnostiques rapides ; de plus le coGt de ces techniques est peu élevé. 2. Recherche des antico: 2-1. Objectifs ‘2, Sérologies Virales infection virale est le plus souvent suivie par une réponse immunitaire humorale traduite par la production d’anticorps spécifiques des antigénes du virus : (immunoglobulines IgG et IgM). |.a connaissance d'un statut sérologique présente différents intéréts : elle permet «ie connaitre I’état immunitaire du sujet : un titre positi permet d’affirmer que le sujet esi immunisé et a rencontré une fois le virus dans sa vie (CMV, 'HIV, Rubéole) ou bien qu’ti ast vacciné (hépatite B: Elle permet aussi de suivre 'évolution de l'infection virale (anticorps anti HBc et HBs).2-2. Prél@vements Les anticorps sont présents dans les différents liquides biologiques de l'organisme et notamment dans le sang périphérique (plasma ou sérum selon que le sang est prélevé avec ou sans anticoagulant). Cing a dix millilitres de sang veineux suffisent pour effectuer la recherche de plusieurs marqueurs ou faire plusieurs sérologies. Les échantillons de plasmas ou de sérums se conservent au congélateur et doivent étre gardés un an par le laboratoire (sérologie rubéole). 2-3. Techniques Différentes techniques sont utilisées : ELISA, agglutination, Western blot et immunoblot. et LIELISA est devenue lz technique le plus utilisée car elle est rapide simple spécifi adaptable sur automate. Elle permet d’utiliser différents types d’antiganes : lysats de virus, protéines viraies natives, protéines de recombinaison génétique ou peptides de synthese, . :2 Copy an wemeeioeee che BROS Sooo SG Ae 7wy cinde GO nite, Hicrobologis ; Université Saad Dahleb - BLIDA Département Vétérinaire Cours de virologie générale Docteur MN. MENOUERI LA PHYSIOPATHOLOGIE DES INFECTIONS VIRALES Il y a plusieurs niveaux ‘interaction entre les virus et les hétes qu’iis infectent. Ces interactions complexes ont pour conséquence différents types de pathologies selon les virus, !e type d’organes atteints et selon !a réponse immunitaire de I’hdte. Nombreuses infections virales sont éradiquées par l’organisme, tandis que d’autres persistent et peuvent induire des maladies chroniques, voire des cancers. Quelques définitions : -U 1s pathogéne est un virus capable d'induire des signes cliniques donc une maladie avec des symptémes. - Une infection virale peut étre asymptomatique. Un organisme infecté peut produire abondamment des virus sans développer une maladie clinique. - Un virus cytolytique est un virus dont la réplication virale induit la destruction de la cellule quill a infectée. - La virulence est I’aptitude d’un virus a provoquer des troubles graves. Elle peut tre lige a la souche de virus : la maladie virale peut étre plus ou moins sévére selon les souches virales.29, = Saeetremomn dene cou "sO so 7 La peau constitue a priori une barriére du fait de cellules mortes qui ne Peuvent étre le support de la réplication virale, cependant les virus Peuvent pénétrer par voie cutanée en cas : + @abrasions ou de lésions (ex : variole, molluscum contagiosum), * de pladres d'tnsectes (ex : arbovirus, flavivirus : virus ae la fievre jaune) + de morsure d’animal (ex : rage) * de pigdres par aiguilles ou tatouages (ex : HBV, flevres hémorragiques) Lavoie sanguine : 2 Bar transfusion de globules ou plasma (ex : HBV, HCV, VIH) * Par toxicomanie intraveineuse (ex HBV, HCV, Viti) La conjonctive : + Piscines, contacts accidentels, mains souillées (ex : HSV, vzv, adénovirus, entérovirus). La voie respiratoire : Les virus qui sont excrétés dans I’air ambiant sont inhalés par aérosols. Le tractus respiratoire est a priori constitué d'une barriere : le mucus, qui s‘oppose a I‘implantation agents pathogénes ; il est secrété Par ies cellules caliciformes, il peut contenir des IgA spécifiques. Le bon état général de I’épithélium nasal est un des facteurs dé protection contre les é[Link] voies respiratoires. Les macrophages de l’arbre respiratoire ont pour réle la destruction des virus, notamment les macrophages des alvéoles pulmonaires. Certains virus induisent des infections respiratoires hautes qui restent localisées (ex : les rhinovirus responsables de rhumes). D’autre virus peuvent diffuser a tout I’arbre respiratoire : larynx, trachées, bronches, poumons (ex : virus de la grippe, para-influenzae, virus respiratoire syncytial ou VRS). Enfin, certains virus pénétrent par voie respiratoire ou ils peuvent établir une infection localisée. Ils diffusent ensuite 4 tout l’organisme (ex : virus de la rougeole). La voie génitale De nombreuses infections virales sont des infections sexuellement transmises (IST). Certains virus sont présents dans les lésions (Iésions génitales dues 4 HSV-1 ou HSV-2). D’autres virus peuvent étre présents dans les sécrétions génitales (sperme, sécrétions vaginales) sous forme de particules virales libres (VIH, VHB, VHC) ou sous forme intégrée dans des lymphocytes et des monocytes circulants (VIH, CMV). 1-2. Les voies de dissémination La diffusion des virus dans \’organisme se fait par voie lymphatique : ce sont les macrophages qui véhiculent les virus jusqu’aux tissus, organes lymphoides périphériques proches de la porte d’entrée (ganglions, amyadales, plaques de Peyer...). La diffusion aux ganglions est essentielle puisqu’ils vont étre le site d’une réplication virale permettant une amplification du nombre de virus qui vont pouvoir diffuser par voie sanguine. La virémie définit !a présence de virus dans le sang, soit sous forme de particules virales libres dans le plasma (poliovirus, flavivirus, VHB, VHC, VIH), soit sous forme associée aux leucocytes (rougeole) aux macrophages (VIH), aux lymphocytes (EBV, VIH) aux érythrocytes (virus de la vallée du Rift). La virémie est maintenue par la réplication dans d’autres organes qui ont été infectés. De nombreux virus peuvent se multiplier dans le foie, la rate, la moelle, les endothéliums des vaisseaux. La virémie peut aussi tre entretenue par une réplication virale au sein des leucocytes eux-mémes (CMV, EBV, VIH). 1-3. L‘atteinte de lorgane-cible Les voies sanguine et lymphatique vont permettre I’acheminement des virus vers lorgane-cible qui peut étre : La peau Macules, papules, vésicules sont dues a des infiltrats cellulaires et/ou a la réplication virale locale (ex : varicelle). Dans le cas de la rougeole, laphysivjathologie de l'infection est différente, le rash est dai a la réponse immunitaire inflammatoire (présence de complexes Antig&nes/Anticorps). Le sy1lome nerveux central Certain virus peuvent diffuser par voie nerveuse (ex : la rage, VZV, HSV) et atteindre le cerveau. Les virus polio, les flavivirus, et les HSV peuvent induirr- des lésions cérébrales du fait de réplication virale locale et d’un effet Iytique de l'infection virale : nécrose cellulaire, phagocytose par les cellule: gliales et infiltration péri-vasculaire peuvent étre associées. La réplication virale n’est pas toujours présente, dans certains cas |'effet délétere est lié a un mécanisme auto-immun (présence d’une réaction inflarninatoire locale trés forte et absence d’isolement de virus 2 partir du LCR ; © : encéphalite post rougeoleuse). Le schérna présentant les mécanismes de diffusion des virus dans Vorganisme fait apparaitre plusieurs étapes de diffusion avec pour chacune: une phase de réplication indispensable pour amplifier un stoc viral. lus le nombre d’étapes est étevé et I’atteinte de organe cible tardive, plus l'incubation de la maladie sera longue. A I'inverse, la grippe qui implique une réplication virale au niveau de la porte d’entrée aura un temps ‘incubation trés court. Le foie peut constituer organe-cible, il peut aussi -onstituer un site de réplication intermédiaire, avec une réplication virale qui sera transitoire Des sites secondaires de réplications virales soni souvent établis : ii s'agit notamment des reins, des glandes salivaires et du poumon qui sont a l'origine d’excrétions virales.eee | (HECANISNES DE DIFFUSION OES WRUS DANS LORGANISME] 1-4. Les voies d'excrétion L'excrétion de virus par l'organisme infecté constitue la derniére étape du cheminement des virus dans l’organisme. Les objectifs sont la contamination d‘autres sujets : pour le maintien de la survie des virus dans la population (maintien de la chaine épidémiologique). Le sujet infecté doit éliminer du virus (dans le cas de la rage, I’homme n‘excréte pas de virus, c'est un héte accidentel, la chaine est rompue). Différents territoires de l’organisme peuvent étre porteurs de virus et donc & origin de transmissions virales : é La salive Les glandes salivaires peuvent étre un site de réplication virale ... supplémentaire et différent de l’organe-cible. La salive conduit & destransmissions virales lors de contacts proches (ex : les baisers : EBV, cmv). Larbre respiratoir Tousser, se moucher, parler diffusent trés facilement des virus présents dans la gorge et le tractus respiratoire (ex : virus respiratoires, rhinovirus, virus grippaux, VRS, autres virus : rougeole, EBV, HSV). La peau Lésions (ex : HSV, Varicelle VZV, rougeole) Le tube digesti Trés nombreux virus sont présents dans les selles (adénovirus, rotavirus, coxsakievirus, poliovirus, coronavirus, entérovirus). Le tractus urinaire Présence de virus dans les urines (:» : oreillons CMV, rougeole). Le lait materne| €x :VIH, HLTV. Le sang Et le don d‘organe (< Les sécrétions génitales Les virus sont présents dans les leucocytes, le liquide séminal, le liquide vaginal, mais aussi dans ies cellules muqueuses et le col utérin (ex ; HSV 1 et HSV 2, CMV, VHB, VIH). Le réle de la réponse immunitaire dans la pathogén se des infections virales Le cours d‘Immunologie constitue le meilleur support de ce paragraphe qui ne fait que citer les Principes nécessaires a ce chapitre. Les virus ont 'a particularité de se développer exciusivement dans des cellules-hate. Les defenses que organisme mets en ceuvre pour lutter contre I'infection sont dirigées non seulement vers les particules virales (pour les éliminer) mais aussi vers les cellules infectées, particulitrement vers les cellules productrices exprimant des antigénes viraux sur leur membrane externe (pour les tuer). : VIH, VHB, VHC, CMV, HTLV), Dans les premiéres phases de I’infection virale, /immunité non spécifique (ou immunité naturelle) participe aux systemes de défense (la peau, Vacidité gastrique, la réaction inflammatoire, les interférons...). Les macrophages, associés au systéme réticulo-endothélial;’sont capables de phagocyter et de détruire les particules virales grace'aux’enzymes du lysosome. éa 2-1, Les effecteurs de la réponse immunitaire Les effecteurs spécifiques de la réponse immunitaire incluent toutes les classes de lymphocytes. Les lymphocytes T CD4, les lymphocytes T CD8 et les lymphocytes B sont responsables de réponses immunes spécifiques incluant les réponses cytotoxiques et la production d’anticorps. Pour effectuer leur action cytolytique sur les cellules infectées, les cellules cytotoxiques reconnaissent les antigénes viraux exprimés a la surface en association avec les antigénes du complexe majeur d’histocompatibilité Les lymphocytes B activés par les lymphocytes T sont responsables de /a production des anticorps de classes IgM et IgG dirigés contre les antigenes viraux. Les fonctions des anticorps produits sont multiples certains anticorps sont dits neutralisants. Ils sont capables de bloquer I'infection de nouvelles cellules et donc de limiter la propagation de l'infection virale. Les mécanismes intervenant dans la neutralisation sont complexes : les anticorps qui réagissent avec une particule virele peuvent neutraliser Vinfectivité de plusieurs fagons : En inhibant l’attachement du virus a la cellule En inhibant la pénétration En inhibant la décapsidation En inhibant des fonctions plus tardives Les anticorps peuvent aussi avoir d’autres fonctions en association avec le systéme du complément ou par une activité cytolytique en association avec les macrophages et les cellules tueuses (NK : Natural Killer), c’est \'ADCC (activité cytolytique dépendante des anticorps). Certains anticorps dits facilitants peuvent favoriser l’infection de cellules notamment celles pourvues de récepteurs Fc des immunogiobulines. Les ‘cytokines : un grand nombre de cytokines (ou chimiokines) peuvent intervenir au cours des infections virales : interleukines, interférons, TNF, etc. Leurs activités sont multiples et une production accrue de cytokines au cours d’infection virales prolongées peut étre responsable de certains symptémes. 2-2, Les conséquences En association avec ses effets bénéfiques, la réponse immunitaire induit le plus souvent des manifestations cliniques notables. On citera, a ce titre, effet des complexes immuns (associant antigénes viraux et anticorps) qui peuvent étre responsables d’éruptions (ex : rubéole, parvovirus B19) des arthrites, des arthralgies, des glomérulonéphrites, des vascularites (ex : VHB, VHC). De méme, la réponse cytotoxique peut avoir des réponses néfastes. Dansle cas des hépatites virales la lyse des hépatocytes résulte non pas d'un effet cytopathogene viral mais de I’action des lymphocytes cytotoxiques Sur les hépatocytes infectés. Une réponse cytotoxique trop importante peut conduire 4 une hépatite fulminante. A l'inverse, une réponse cytotoxique trop faible ne pourra éliminer le virus et conduira a une hépatite chronique avec réplication virale. Les maladies virales et I'expression des signes cliniques ont donc deux origines possibles : l’effet lytique du virus qui peut conduire a la destruction d’un tissu associé ou non a leffet de la réponse immunitaire qui peut étre délétére. Ces conflits héte/virus sont trés variables selon les infections virales, mais aussi selon les sujets infectés. I faut souligner que des facteurs génétiques sont responsables de nombreuses variations dans expression clinique des maladies virales. 2-3.1 ions virales et immunodé i Les sujets présentant des déficits immunitaires, quills soient d'origine thérapeutique (greffe d’organes) ou d'origine virale (Sida) ou liées & des chimiothérapies (hémopathies malignes) présentent fréquemment des infections virales. D’une part, le déficit de l'immunité cellulaire favorise les infections & herpesviridae (CMV, EBV, HSV, VZV) les déficits en anticor favorisent surtout les infections sensibles aux anticorps neutralisants (#v entérovirus, parvovirus B 19) Les virus eux-mémes peuvent étre inducteurs de déficits immunitaires en exercant un effet immunosuppresseur (ex : CMY, virus de fe rougeole) Certaines protéines virales sont immunosuppressives, elles favorisent | réplication virale diminuent les réponses cytotoxiques y compris en augmentant la sensibilité aux infections bactériennes. lanifestations clini liées aux infection: S 3-1. Les infections virales aiqués La majorité des infections virales sont aigués. L’exemple type est celui de la grippe, des gastro-entérites qui aboutissent apres plusieurs jours de manifestations cliniques (liées a la fois la réplication virale et a la réponse immunitaire) 8 |’éradication de infection avec une immunité protectrice définitivement établie contre le type de virus en cause. Uévolution des maladies virales aigués dépend de la virulence du virus et de I’héte. Les réactions de défense sont différentes d’un sujet a l'autre qu’elles soient spécifiques ou non spécifiques. Nombreuses infections virales aigués sont asymptomatiques : la réplication virale peut passer totalement inapercue. Seule la présence d’anticorps révéle la trace de "infection (ex : la rubéole : 50% des femmes immunisées n‘ont pas développé de symptémes cliniques ; autres exemples CMV, EBV).3-2. Les infecti i istantes La persistance de virus dans l’organisme est due au fait que la réponse immunitaire est insuffisante pour éliminer les cellules infectées et bloquer définitivement la réplication virale. II existe deux modes de persistance virales : les infections latentes et les infections chroniques. Les infections latentes sont observées pour les virus capables d'intégrer leur génome viral dans le génome cellulaire (ex : virus du groupe Herpes HSV, CMV, EBV, VZV et le VIH : la reverse transcription du génome ARN en ADN double brin permet cette intégration au génome cellulaire). Plusieurs mécanismes de réactivation des génomes viraux induisent une nouvelle réplication virale dans Vorganisme a ‘origine d’infections récurrentes différentes selon les virus en cause. Au cours des infections chroniques, le virus persiste et la réplication virale se poursuit malgré la réponse immunitaire qui s’avére insuffisante (ex : hépatite B chronique). La balance avec la réponse immunitaire est en faveur du virus ; cependant, méme aprés plusieurs années le phénomene peut basculer et la réplication virale s’arréter. 3-3. Virus et cancers Certains virus ont un pouvoir oncogéne et sont capables d‘induire, chez homme et chez |’animal, la formation de tumeurs caractérisées par la transformation cellulaire. Les cellules infectées sont immortalisées : elles présentent des caractéristiques particuliéres. Elles sont capables de transmettre et de produire des cellules malignes si elles sont inoculées a des animaux immunodéprimés. Elles ont un potentiel de culture supérieur 4 celui de cellules normales. Elles se divisent indéfiniment, perdent tout contact d‘inhibition, ont une haute efficacité de clonage et ont des besoins nutritifs réduits. Elles présentent des anomalies morphologiques et chromosomiques. + oncogéne viral : le virus exprime une ou plusieurs protéines perturbant la division cellulaire. + La mutagénése insertionnelle : I'insertion du génome viral dans le génome cellulaire est susceptible d’entrainer une prolifération incontrélée des cellules ; + Les cycles de nécrose/régénération : il s‘agit de mécanismes indirects de l'oncogénése viro-induite. Ce nécanisme est évoqué pour les hépato-carcimones liés aux virus des hépatites B et C. Quelques exemples de cancers associés aux virus peuvent étre cités qu’il s’agisse de virus a ADN : EBV (lymphome de Burkitt, carcinome du naso-pharynx), HBV (carcinome hépatocellulaire) ou de virus a ARN : HTLV1 (leucémie T, lymphomes) HCV (carcinome hépatocellulaire). 9