‫ا لجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية‬

RÉPUBLIQUE ALGÉRIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE

‫وزارة التعليم العالي و البحث العلمي‬

MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

Université des Frères Mentouri Constantine ‫جامعة االخوة منتوري قسنطينة‬

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie ‫كلية عاوم الطبيعة و الحياة‬

Département de Microbiologie .‫ الميكروبيولوجيا‬: ‫قسم‬

Mémoire présenté en vue de l’obtention du Diplôme de Master

Domaine : Sciences de la Nature et de la Vie
Filière : Sciences Biologiques
Spécialité : Microbiologie générale et biologie moléculaire des microorganismes

Intitulé :

Etude de la résistance et la multirésistance aux antibiotique de souches

isolées du milieu hospitalier
………………………………………………………………………………
………………………………………………………………………….
Présenté et soutenu par : MESKINE Amina Le : 21/06/2016
BENABDELKADER Lina

Jury d’évaluation :

Président du jury : AIT ABDELOUAHEB . N (Maitre assistante - UFM Constantine).

Rapporteur : LEBAD BOULTIFAT . L (Maitre assistante - UFM Constantine).

Examinateurs : MEZIANI .M (Maitre assistante - UFM Constantine).

Année universitaire
2015 - 2016
 Remerciements
Nous remercions ALLAH tout puissant qui nous a donné le courage et la volonté et de nous
avoir bénie pour la réalisation de ce travail.

Nous voudrions présenter nos remerciements et notre gratitude en premier lieu au laboratoire
d’analyse « [Link] « pour son acceptation afin de réaliser ce travail.
Nous tenons particulièrement à remercier notre promotrice et directrice de mémoire madame
« Linda Lebad Boultifat » Maitre assistant en microbiologie pour avoir accepté la charge
de nous encadrer
Nous remercions également :
Madame « Ait Abdelwaheb Nawel » Maitre assistant à l’Université des frères Mentouri
pour l’honneur qu’elle nous a fait en présidant ce jury. Qu’elle trouve ici l’expression de
notre profond respect.

Nous adressons nos sincères remerciements à Mme « Meziani Meriem » pour avoir accepté
d’examiner et juger ce travail

Un merci particulier à Melle « Boutamine zineb » pour son aide.

Nous remercions également tout le personnel de laboratoire d’analyse [Link] pour leur
accueil et leur contribution dans ce travail.
*Merci*
À ceux et celles qui nous ont aidé d’une façon ou d’une autre, de prés ou de loin dans notre
travail, nous les remercions du fond du coeur.
 Dédicace
Je dédie ce modeste travail

Ala mémoire de mon père,

Qu’ilpuisse reposer en paix

A ma douce et tendre mère, le symbole de la tendresse, du courage, de la responsabilité et de

l’amour.

En témoignage de ses prières, sa bénédiction, sa patience et ses sacrifices.

Que Dieux te garde, te comble de santé, et te donne longue vie.

A mes chers frères Amir et Hamdani, ma fierté dans cette vie.

Ama tendre, gentille et adorable sœur Zalo et son mari Yacine

Ames chères cousines Zineb, Anissa, Mounira, Filissia, Maria, en témoignage de

mes plus profondes amitiés.
.
Ames chères tantes à qui j’exprime mes plus profonds sentiments d'amour.

Ames chères amies Basma, Yasmine, Noussa, Zineb, Sawssen, Rayan, Fati, fifi et Lamía, je
les remercie pour le sourire qu'elles ont su toujoursdessiner sur mon visage.

A mon binôme Amina, je la remercie pour le courage qu’elle m’a donné et tous les moments qu’on a
passé ensemble.

A la technicienne du labo [Link] « Nadia « et son fils Jawad pour son aide et sa patience

Atous ceux qui ont contribué de près ou de loin à la réalisation de ce travail.

Lina
 Dédicace
Je dédie ce modeste travail à :
Ma très chère et douce mère Badiaa et mon très cher père Omar
pour l’éducation qu’ils m’ont prodigué ; avec tous les moyens et au prix de
toutes les sacrifices qu’ils ont consentis à mon égard, pour le sensé devoir qu’il
mon enseigné depuis mon enfance.

A ma très chère grande mère Turkia.

Ames chers frères : Rabeh,BIllel,Mohammed el hadi et Abd

el rahim .

A ma belle sœur Lamia.

Aux perles de mon cœur qui je l’aime beaucoup Adam et lina .

A mes chères amis lina ,fedjriaet fatima et a tous ceux qui ont une
relation de proche ou loin avec la réalisation du présent rapport.

Je dédie ce travail.

Amina
 TABLE DES MATIÈRES

Introduction………………………………………………………………………………… 01
Synthèse bibliographique ………………………………… 02
Chapitre 1 : La résistance et la multirésistance bactérienne 02
1. Définition …………………………………………………… 02
2. Type de résistance………………………………………………………………………… 02
2.1. La résistance naturelle ou résistance intrinsèque …………………………… 02
2.2. La résistance acquise……………………………………………………………… 02
2.2.1. Résistance chromosomique…………………………………………………………… 03
2.2.2. La résistance extra-chromosomique…………………………… 03
a. Plasmides………………………………………………………………………… 03
b. Les transposons…………………………………………………………………… 04
2.2.3. Résistance par acquisition des gènes transférés……………………………………….. 04
2.3. La résistance croisée……………………………………………………………………. 04
2.4. La co-résistance……………………………………………………………… 04
3. Les mécanismes de résistance aux antibiotiques…………………………………… 05
3.1. La destruction ou l’inactivation du médicament par des enzymes …………………… 05
3.2. Le blocage de la pénétration dans la cellule ……………………………………....... 05
3.3. La modification de la cible du médicament………………………………………… 05
3.4. L’expulsion du médicament………………………………………………………. 06
4. Méthode de mesure de la résistance bactérienne ……………………………… 06
5. Réservoir de la résistance aux antibiotiques……………………………… 06
6. Transmission de la résistance à l’homme………………………………………………… 07
6.1. La transmission directe……………………………………………………… 07
6.2. La transmission via l’alimentation d’origine animale………………………………. 07
6.3. Le transfert de gène de résistance de l’animal à l’homme…………………………… 08
7. la multirésistance………………………………………………………………………… 08
Chapitre 2 : Les antibiotiques
1 .Définition …………………………………………………………………… 10
2 .Types des antibiotiques…………………………………………… 10
2.1. Origine naturelle……………………………………………………… 10
2.2. Origine synthétique……………………………………………………………… 10
3. Mode d'action des antibiotiques……………………………………………………… 11
a. Sur la paroi bactérienne………………………………………………………… 11
b .sur la membrane cytoplasmique…………………………………… 12
c. Sur l'ARN des ribosomes…………………………………………… 12
d. Sur l'ADN bactérien…………………………………………………………… 12
e. Les antibiotiques inhibiteurs du métabolisme intermédiaire ………………… 12
4. Classification des antibiotiques………………………………………………… 12
4.1. les β lactamines……………………………………………………… 13
4.2 .les aminosides ou aminoglycosides……………………………… 13
4.3. les Phenicoles……………………………………………………………… 13
4.3.1. Le chloramphénicol…………………………………………………………………. 13
4.3.2. Thiamphénicol……………………………………………………………………… 13
4.4. les tétracyclines………………………………………………………………………… 13
4.4.1. Cyclines naturelles……………………………………………………… 14
4.4.2 .Cyclines semi-synthétiques……………………………….. 14
4.5. Les polypeptides………………………………………………… 14
4.5.1. La vancomycine……………………………………………………………………… 14
4.5.2 .La telcoplanine ………………………………………………… 15
4.5.3 .La Polymyxine………………………………………………………………………… 14
4.6. Les macrolides………………………………………………………………………… 14
4.7. Les quinolones………………………………………………………………………… 15
4.8. Les rifamycines…………………………………………………… 15
5. Antibiothérapie………………………………………………………………………… 15
5.1. Le Germe…………………………………………………………………………… 16
5.2. Le site de l'infection……………………………………………………… 16
5.3. Le terrain………………………………………………………………………… 16
5.4. Risque écologique…………………………………………………………… 16
5.5. Coût……………………………………………………………………………………… 16
Chapitre 3 : Les bactéries multirésistantes aux antibiotiques
3.1. Définition 17
3.2. Type des BMR ……………………………………………………………………….. 17
3.2.1. Hospitaliers…………………………………………………………………………… 17
3.2.2. Communauté………………………………………………………………………… 18
3.3. Localisation des BMR………………………………………………………………… 19

Partie pratique

Matériels et méthodes
1. Etude prospective…………………………………………………………… 20
2. Matériels utilisés……………………………………………………… 20
2.1 .Appareillage………………………………………………………………… 20
2.2. Milieux de culture…………………………………………………………… 20
2.2.1. Milieux de culture solides…………………………………………………………. 20
2.2.2. Milieux d’identification biochimiques et métaboliques…………………………… 20
2.2. [Link] d’Antibiotiques………………………………………………… 21
3. Méthodologie……………………………………………………………………………… 21
3.1. Les prélèvements ………………………………………………………….…………… 21
3.1.1. Techniques de Prélèvement…………………………………… 21
a-Prélèvement d’urine…………………………………………………………. 21
b-Prélèvement de l’éjaculat ……………………………….................................... 22
c-Prélèvements effectués sur des surfaces à l’hôpital……………………………… 22
3.2. L’isolement………………………………………………………………………………. 22
3.2.1. A partir des urines ………………………………………………………………… 22
3.2.2. A partir d’éjaculat ………………………………………………… 22
3.2.3. A partir des surfaces hospitalières………………………………………………. 22
3.3 .purification et identification ………………………………………………………….. 23
3.3.1. la galerie biochimique ……………………………………………………… 23
3.3.2. Test de la sensibilité aux antibiogrammes (ATB gramme standard) …..……… 25
Résultats et discussion ……………………………………………………………………….. 26
Résultat de l’isolement et l’antibiogramme ………………………………………………….. 26
1. A partir des urines …………………………………………………………………………. 26
2. A partir de l’éjaculat ……………………………………………………………………….. 27
3. A partir des surfaces hospitalières …………………………………………………………. 28
Discussion ……………………………………………………………………………………. 29
1. Etude de l’antibiorésistance des souches isolées à partir des urines …………………….. 29
2. Etude de l’antibiorésistance des souches isolées à partir de l’éjaculat ………………….. 31
3. Etude de l’antibiorésistance des souches isolées à partir des surfaces hospitalières……. 32
Conclusion …………………………………………………………………………………… 33
Résumé
Références bibliographiques
Annexes
 LISTE DES ABREVIATIONS

AUG : Augmentin (Amoxicilline +[Link])

AN : Amikacine
AMX : Amoxicilline
ADN : Acide désoxyribonucléique
ARNm : Acide ribonucléique messager
ARNt : Acide ribonucléique de transfert
API : Appareillage et procédé d’identification
BMR : Bactéries multi résistante
BLA : beta-lactamase
CL : Colistine
CTX : Céfotaxime
CZ : Cefazoline
CMI : Concentration minimal inhibitrice
CMB : Concentration minimal bactéricide
CTX-M : Cefotaximase, first isolated at Munich
E: Erythromycine
EBLSE : Entérobactéries productrices de B-lactamases à spectre étendu
ERV : Entérocoque résistante à la vancomycine
FOX : Cefoxitine
GN : Gentamycine
H2S : Sulfure d’hydrogène
IPM : Imipenèm
MR : Multi résistante
NA : [Link]
NI : Nibiol
OXA : Oxacilline
P: Pénicilline
PEF : Pefloxacine
PIP : Piperacilline
PT : pristinamycine
PLP : Protéine de liaison aux pénicillines
RA : Rifamicine
SARM : Staphylococcus aureus résistant à la méticilline
SDRM : Staphylocoque doré résistant à la méticilline
SXT : Trimethoprime+sulfamides
TE : Tétracycline
TIC : ticarcilline
TSI : Triple sugar iron agar
VA : vancomycine
 LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Diffusion des gènes de résistance aux antibiotiques ………………………….3

Figure 2 : Les différents mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques……4

Figure 3: Voie de disséminations potentielles des bactéries résistantes et des gènes de
résistance………………………………………………………………………6

Figure 4 : Les principales cibles des antibiotiques……………………………………….10

Figure 5 : Synthèse des purines et de certains acides amines ………………………….11

Figure 6 : L’antibiogramme……………………………………………………………..24
Figure 7 : Disposition des disques d’antibiotiques sur Mueller Hinton……………….24
Figure 8 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’E. coli du
patient1………………………………………………………………………..26
Figure 9 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’Enterobacter sp du
patient 2………………………………………………………………………..26

Figure10 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’E. coli

du patient 3…………………………………………………………………….26
Figure11 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’E. coli
du patient 4……………………………………………………………………26
Figure12 : Résultats de Galerie biochimique et antibiogramme de Proteus sp du
patient 5………………………………………………………………………27
Figure13 : Résultats de Galerie biochimique et antibiogramme de Klebsiella sp………27
Figure14 : Résultats de Galerie biochimique et antibiogramme Enterobacter sp………27
 LISTE DES TABLEAUX
Tableau1 : Mécanismes d’action des principales familles d’antibiotiques 16
Tableau 2 : Localisation des BMR en milieu hospitalier 19
Tableau 3 : Recherche de l’utilisation de citrate 23
Tableau 4 : Recherche de l’utilisation du glucose, lactose, production de gaz et 24
d’hydrogène sulfuré (H2S) sur milieu TSI
Tableau 5 : La recherche de l’hydrolyse de l’urée et la production d’indole 25
Tableau 6 : Identification bactérienne et antibiogramme des souches bactériennes 26
isolées à partir d’urine

Tableau 7 : Tableau d’identification biochimique des entérobactéries 27

Tableau 8 : Identification bactérienne et antibiogramme des souches bactériennes 28
isolées à partir de l’éjaculat
Tableau 9 : Identification bactérienne et antibiogramme des souches bactériennes 28
isolées à partir des surfaces hospitalières
 PARTIE I
SYNTHESE
BIBLIOGRAPHIQUE
INTRODUCTION
 Introduction

Introduction

Au cours des cinquante dernières années, les antibiotiques ont joué un rôle crucial dans la
lutte contre de nombreuses maladies et infections et leur développement a révolutionné le
traitement de ses maladies. Cependant, avec l'utilisation croissante et parfois injustifiée de ces
molécules, les bactéries ont appris à se défendre et à s'adapter et certaines sont devenues
résistantes aux antibiotiques. Cette situation apparait particulièrement préoccupante en milieu
hospitalier et le nombre de bactéries résistantes est sans cesse d’augmentation et nous
assistons de plus en plus à l’émergence de nouvelles résistances 10.

Afin de mieux comprendre ce phénomène, nous avons jugés qu’il est important qu’on
dispose de connaissances sur les résistances, les multirésistances bactériennes et sur les
mécanismes d’actions des antibiotiques que nous allons aborder dans ce mémoire, divisé en
deus grandes parties. La première est essentiellement bibliographique, elle traite la résistance
bactérienne aux antibiotiques, les antibiotiques et leurs principaux mécanismes d’action et les
bactéries multirésistantes. Dans le même contexte, la seconde partie est pratique et elle a pour
objectif de rechercher, d’identifier et d’étudier l’antibiorésistance de certaines souches isolées
du milieu hospitalier.

1
 CHAPITRE 1
LA RESISTANCE ET LA
MULTIRESISTANCE
BACTERIENNE
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

1. Définition

La résistance aux antibiotiques est la résistance d’une bactérie à un antibiotique auquel

il était jusque -là sensible 29. En peut dire aussi qu’une souche est résistante lorsqu’elle est
capable de supporter une concentration d’antibiotiques beaucoup plus élevée que celle qui
inhibe le développement de la majorité des autres souches de la même espèce 24.
Elle résulte de l’aptitude de certaines bactéries à supporter l’attaque de médicaments
antimicrobiens tels que les antibiotiques, de sorte que les traitements classiques deviennent
inefficaces et que les infections persistent et accroissant le risque de propagation 29.

2. Types de résistance

La progression de la résistance bactérienne aux antibiotiques cause des infections

difficiles à traiter et pose un problème de santé publique. Les bactéries résistantes sont
souvent la cause des infections nosocomiales aggravant le pronostic des malades, prolongent
leur hospitalisation et augmentent les coûts de traitement. On distingue deux types de
résistance bactérienne. La résistance naturelle et la résistance acquise 26 .

2.1. La résistance naturelle

La résistance naturelle ou résistance intrinsèque est une caractéristique propre à une
espèce bactérienne et partagée par toutes les souches de cette espèce. Elle peut être due à la
présence d’un gène chromosomique commun à toutes les bactéries de l’espèce. Pour chaque
classe d’antibiotique, il existe des espèces bactériennes pour lesquelles l’antibiotique est
inactif par défaut de cible ou d’accès à la cible. Ainsi, l’absence de paroi chez les
mycoplasmes rend les β-lactamines inactives vis à vis de ces bactéries 26.

2.2. La résistance acquise

La résistance bactérienne acquise à un antibiotique est un phénomène qui apparait au
niveau des souches d’une espèce donnée, normalement sensible à cet antibiotique. C’est
l’acquisition d’un facteur génétique qui se traduit par une réduction de la sensibilité à la
molécule qui lui était fatale. Elle peut donc se faire soit par mutation chromosomique soit par
acquisition des gènes transférés d’un autre micro-organisme 26 .

2
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

2.2.1. Résistance chromosomique

La résistance chromosomique résulte d’une mutation qui présente les caractères
suivants :
- La rareté : une mutation se produit en moyenne toutes les 105 à 1010 divisions mais
compte tenu de l’importance des populations bactériennes dans un foyer infectieux, la
probabilité d’existence d’une bactérie résistante à un antibiotique n’est pas négligeable.

- La spécificité : la mutation n’affecte généralement qu’un caractère et la résistance ne touche

qu’un antibiotique ou une famille d’antibiotique ayant le même mode d’action. Il existe
toutefois des exceptions notables à cette règle, comme par exemple chez Serratia marcescens
et Pseudomonas aeruginosa ou une seule mutation entraîne une résistance simultanée aux
bêta-lactamines et aux aminosides.

-L’indépendance : La probabilité de deux mutations simultanées est égale au produit du taux

de mutation et elle est donc très faible. Cette indépendance des mutations constitue un des
meilleurs arguments pour justifier l’association des antibiotiques.

- La transmissibilité : Une mutation résulte de la modification d’un gène, elle est

permanente, sauf mutation reverse et elle a un caractère héréditaire (transmissible sur un
mode vertical de la bactérie mère aux bactéries filles) 26 .

2.2.2. La résistance extra-chromosomique

a. Plasmides
Les premiers plasmides de résistance aux antibiotiques ont été décrits au japon en
1950, lors d’une épidémie de dysenterie bacillaire à Shigella flexneri. Depuis cette date, des
plasmides de résistance ont été retrouvés chez de très nombreuses espèces et on a constaté que
la résistance plasmidique concerne de très nombreux antibiotiques. Les caractéristiques de
cette résistance sont :
- Le niveau de résistance plasmidique est en général élevé
- Phénomène liée directement à l’utilisation d’antibiotiques : les antibiotiques à spectre large
peuvent sélectionner dans les populations commensales de l’organisme les bactéries porteuses
de plasmides R

- Phénomène non spécifique d’une famille d’antibiotique. Plusieurs groupes d’antibiotiques

différents sont touchés après administration d’un seul d’entre eux

3
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

- La perte d’un ou plusieurs caractères de résistance est possible mais rare 26 .
b. Les transposons
Ce sont des fragments d’ADN, capable de changer leur localisation dans le génome
sans jamais apparaître à l’état libre. Ils codent pour les déterminants de la transposition et
ceux d’autres fonctions telles que la résistance aux antibiotiques en s’intégrant soit dans le
chromosome soit dans le plasmide, en allant de l’un à l’autre 26.

2.2.3. Resistance par acquisition des gènes transférés

Les résistances par acquisition d'ADN sont la conséquence d’un transfert horizontal y
compris entre espèces éloignées phylogénétiquement. Les bactéries utilisent trois mécanismes
principaux de transfert horizontal d’éléments génétiques entre bactéries d’une même espèce
ou d’espèces et de genres différents : la transformation, la transduction et la conjugaison  5 .
Les gènes de résistance aux antibiotiques, pour la plupart chromosomiques, proviennent
généralement de micro-organismes producteurs d’antibiotiques pour lesquels ils sont
immunisés. Le transfert de ces gènes sera rendu plus efficace après leur intégration sur des
éléments mobiles tels que les plasmides, les transposons, les intégrons ou encore sur des
phages. Ces mécanismes de résistance peuvent alors diffuser très rapidement dans une
population (Fig1) 37 .
2.3. La résistance croisée
La résistance croisée est un phénomène par lequel une bactérie qui a développé une
résistance à l’un des antibiotiques d’une classe devient aussi résistante aux autres membres de la
même classe. Cela même si elle n’a jamais été exposée à ces molécules. C’est cette résistance
croisée qui permet aux β-lactamases à spectre étendu (BLSE) présentes chez les bactéries à Gram
négatifs d’avoir une résistance si étendue (β-lactamines et céphalosporines) à tel point qu’elles
deviennent un véritable enjeu en santé humaine 22 .
2.4. La Co-résistance
Plusieurs mécanismes de résistance sont associés chez la même bactérie, parfois
stabilisés par intégration dans le chromosome. Chacun des mécanismes confère par résistance
croisée la résistance à un groupe d’antibiotique conférant à la bactérie un large spectre de
résistance 37 .

4
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

3. Les mécanismes de résistance aux antibiotiques

Les bactéries disposent de certains mécanismes par lesquels elles deviennent

résistantes aux agents chimio thérapeutiques (Fig 2).

3.1. La destruction ou l’inactivation du médicament par des enzymes

Ce sont surtout les antibiotiques d’origine naturelle, tels que les pénicillines et les
céphalosporines, qui sont détruits où inactivés par des enzymes. Les médicaments entièrement
de synthèse tels que les fluoroquinolones sont moins vulnérables à cet égard, bien qu’ils
puissent être neutralisés par d’autres moyens. On peut supposer que les microbes n’ont tout
simplement pas eu le temps de s’adapter à ces structures chimiques inhabituelles.

Les pénicillines, les céphalosporines et les carbapénems ont en commun une structure,
le cycle B-lactame, que les B-lactamases, des enzymes bactériennes, attaquent et hydrolysent
.on connait à l’heur actuelle prés de 200 B-lactamases différentes, chacune spécifique d’une
variation mineure de la structure du cycle.

La mieux connue des bactéries résistantes et le fameux Staphylocoque doré résistant à

la méticilline (SDRM), qui résiste non seulement de la méthicilline, mais presque tous les
antibiotiques .en outre [Link] n’est pas la seule bactéries concernée, d’autres agents
pathogène tels que Streptococcus pneumoniae , échappent aussi aux B-lactamines 16 .

3.2. Le blocage de la pénétration dans la cellule

Les bactéries à Gram négatif sont plus résistantes que les autres aux antibiotiques.
Les structures de leurs parois cellulaires limitent l’absorption de nombreuses molécules en
obligeant celles-ci à passer par des ouvertures appelées porines. Chez certains mutants les
porines sont modifiées si bien que les antibiotiques ne peuvent pas pénétrer dans l’espace péri
plasmique. Fait peut- être plus important, lorsque il y a les B-lactamases dans l’espace
périplasmique, l’antibiotique qui parvenu jusque-là est attaqué et inactivé 16.

3.3. La modification de la cible du médicament

Pour que la synthèse d’une protéine s’effectue, le ribosome doit interagir avec un brin
d’ARMm et des ARNt .Plusieurs antibiotiques, en particulier les aminoglycosides, les
tétracyclines et macrolides, inhibent la synthèse des protéines en se liant aux sites de ces
interactions. Certaines modifications mineures des ces sites peuvent neutraliser les

5
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

antibiotiques sans perturber le fonctionnement de la cellule bactérienne de façon appréciable

16.

3.4. L’expulsion du médicament

Certains protéines de la membrane plasmiques des bactéries à Gram négative sont des
pompes qui expulsent les antibiotiques et les empêchent d’atteindre la concentration requise
pour qu’ils soient efficaces .c’est avec la tétracycline qu’on a observé ce mécanisme pour la
première fois. On sait aujourd’hui qu’il confère la résistance à presque toutes les grandes
classes d’antibiotiques .Les bactéries ont normalement un grand nombre de pompes pour
éliminer les substances toxiques 16 .

4. Méthode de mesure de la résistance bactérienne

Pour mesurer microbiologiquement la résistance d’une bactérie, la notion

communément utilisée dans le monde scientifique est la concentration minimale inhibitrice
(CMI). La CMI représente la première concentration en antibiotique pour laquelle aucune
croissance bactérienne n’est observée. La mesure de la CMI est souvent accompagnée de la
mesure concentration minimale bactéricide (CMB). Elle correspond à la concentration
permettant de réduire la population bactérienne d’un facteur 1000. Les mesures des CMI et
CMB sont dépendantes des conditions de cultures de la bactérie. Les conditions de
déterminations de ces indicateurs ont donc été calibrées et standardisées.
Ensuite, des antibiogrammes peuvent être réalisés. Leur interprétation repose sur l’évaluation
de la CMI en fonction du diamètre d’inhibition. Ces outils permettent de prédire la sensibilité
des bactéries aux antibiotiques en matière d’efficacité clinique. Ainsi, une souche pathogène
peut être catégorisée cliniquement de sensible (S), intermédiaire (I) ou résistante (R).
L’antibiogramme sert également à la surveillance épidémiologique de la résistance
bactérienne, et peut orienter l’identification bactérienne par la mise en évidence de résistances
naturelles 22.

5. Réservoir de la résistance aux antibiotiques

La flore intestinale de l’homme et des animaux est considérée comme un
environnement privilégié en termes de compartiment de sélection et d’amplification des
bactéries résistantes et des gènes de résistance. D’autres flores commensales comme la flore
cutanée, la flore oro-pharyngée, la flore vaginale, sont également exposées au traitement
antibiotique. Ces flores bactériennes sont toutefois moins denses que la flore intestinale. Elles

6
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

sont aussi moins étudiées dans le cadre de la sélection de la résistance aux antibiotiques.
Cependant les mécanismes généraux de sélection et d’amplification de la résistance sont
comparables dans tous les types de flore ( Fig 3) 37.
6. Transmission de la résistance à l’homme

Les bactéries évoluent rapidement non seulement par mutation et multiplication mais
également par acquisition de matériel génétique exogène. La résistance par accumulation de
mutations est supposée présenter un risque minimum de dissémination des gènes, alors que la
résistance par acquisition de gènes exogènes a un fort potentiel de diffusion car elle est dans
la plupart des cas portée par des éléments génétiques mobiles. L’absence d’étanchéité entre
les écosystèmes animal - homme - environnement aggrave d’un point de vue santé publique le
risque de dissémination de la résistance aux antibiotiques 11.

6.1. La transmission directe

A l’hôpital, l’état immunodéprimé transitoire du patient, ajouté aux traitements
antibiotiques peut favoriser la sélection et la colonisation d’un germe infectieux résistant déjà
présent chez l’individu. A cela s’ajoute la transmission entre patients malades porteurs de
souches résistantes (transmission croisée) et le contact direct avec le personnel hospitalier.
Les mesures d’hygiène professionnelles mises en place à l'hôpital ont également montré une
certaine efficacité à contrôler et limiter la transmission des bactéries en milieu hospitalier.
Dans la communauté, la circulation des biens, des marchandises et des personnes ainsi que
l’absence d’étanchéité entre les écosystèmes sont autant de facteurs pouvant favoriser la
transmission des bactéries résistantes aux antibiotiques 11.

6.2. La transmission via l’alimentation d’origine animale

Le rôle de la chaine alimentaire dans la transmission de bactéries résistantes est non
seulement possible mais certains arguments attestent de sa réalité pour certains pathogènes
comme Salmonella. De nombreux rapports notent effectivement la présence de bactéries
productrice de CTX-M dans l’alimentation d’origine animale. En 2004, à la suite d’une
épidémie à salmonelle survenue en France, une étude de cas identifia que les malades infectés
par Salmonella enterica résistant à la ceftriaxone avaient consommé de la viande de cheval
importée hébergeant une souche de S. enterica Newport véhiculant le gène de résistance bla
CMY-2 11.

7
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

6.3. Le transfert de gène de résistance de l’animal à l’homme

Même si l’origine animale d’une toxi-infection alimentaire à bactéries résistantes aux
antibiotiques est facile à mettre en évidence chez l’homme, l’acquisition de gènes de
résistance par transfert horizontal des bactéries d’origine animale aux bactéries d’origine
humaine est plus complexe à démontrer. Les principaux rapports épidémiologiques récents
affirment la présence de plasmides conjugatifs communs à plusieurs souches résistantes
retrouvées aussi bien chez l’homme que chez l’animal, suggérant un potentiel transfert de
plasmides porteurs de résistance entre l’homme et l’animal. D’autres auteurs ont rapporté
l’existence de déterminants de résistance communs chez des bactéries isolées chez l’homme
et l’animal 11 .
7. La multirésistance
La définition de la multirésistance est difficile à établir. Il est couramment admis de
parler de multirésistance lorsqu’une souche bactérienne a accumulé sur son profil sauvage de
sensibilité aux antibiotiques des résistances acquises telles que la souche ne reste sensible
qu’à un nombre restreint d’antibiotiques utilisables en thérapeutique 11.

Les scientifiques ont découvert par la suite que les gènes de résistance étaient
facilement capturés, disséminés et échangés d'une bactérie à l'autre par un système de
"couper/coller" génétique de structures contenant ces gènes, appelées intégrons. Mais la
dynamique de ces échanges, qui conditionne le développement des multirésistances chez les
bactéries, restait inexpliquée.

Les travaux de chercheurs révèlent aujourd’hui pour la première fois comment les
bactéries acquièrent ces propriétés de multirésistance. Ce sont en fait les antibiotiques eux-
mêmes qui provoquent la synthèse de l’enzyme bactérienne qui capture les gènes de
résistance et permet leur expression dans l’intégrons. Cette enzyme favorise en outre le
réagencement, au hasard, des gènes de résistance au sein de l’intégrons. Or, l’ordre de ces
gènes dans l’intégrons détermine le degré de priorité pour leur expression : les premiers sont
les plus exprimés et confèrent à la bactérie les résistances correspondantes. Les derniers
restent silencieux tout en étant néanmoins conservés, en réserve. Lors d’un nouveau
réagencement, déclenché par la prise d’un antibiotique par exemple, ils seront susceptibles de
se retrouver dans les premières positions, et d’apporter à la bactérie les résistances requises
face à ce médicament. Les bactéries qui possèdent alors la bonne combinaison de gènes
pourront survivre et assurer le maintien du potentiel de résistances au fil des générations.

8
 Chapitre 1 : la résistance et la multirésistance bactérienne

Ces travaux démontrent combien les stratégies d’adaptation bactériennes face aux
antibiotiques sont efficaces, aussi bien à court qu'à long terme. Ils caractérisent ainsi
précisément les contraintes liées à la génétique des bactéries, que devront prendre en compte
les mesures de santé publique à venir pour lutter contre le problème de multirésistance 28.

9
 CHAPITRE 2
LES ANTIBIOTIQUES
 Chapitre 2 : les antibiotiques

1. Définition

Un antibiotique est défini comme toute substance chimique produite par des micro-
organismes ayant le pouvoir d'inhiber et même de détruire les bactéries et autres micro-
organismes. L’étendue de l'activité antibactérienne d'un antibiotique définit son spectre. Plus
un antibiotique détruit des types de bactéries différentes, plus son spectre est large

Les antibiotiques sont caractérisés par :

- Activité antibactérienne (spectre d’activité)

- Toxicité sélective (mode d’action)

-Activité en milieu organique (pharmacocinétique)

-Bonne absorption et diffusion dans l’organisme 26

2. Type des antibiotiques

Il existe des antibiotiques d’origines naturelle ou synthétique

2.1. Origine naturelle :

Parmi les 10 000 antibiotiques d'origine naturelle recensés dans le monde, 20 %
proviennent de champignons : Penicillium, Cephalosporium, Aspergillus, 70 % proviennent
d'actinomycètes microfilaments dont le genre Streptomyces est un producteur majeur
d'antibiotiques : tétracyclines, aminoglycosides et 10 % proviennent des bactéries (non
actinomycètes), en particulier des genres Bacillus et Pseudomonas. La bacitracine utilisée
pour certains traitements locaux en est un exemple 26.

2.2. Origine synthétique :

Les antibiotiques synthétiques sont obtenus soit à partir de dérivés artificiels, soit en
recréant des substances primitivement extraites de micro-organismes. Parmi les antibiotiques
d’origine synthétiques on distingue : Sulfamides, métronidazole, isoniazide, acide nalidixique
et les fluoroquinolones, pénèmes. On distingue aussi des antibiotiques d’origine semi-
synthétique,ils sont obtenus en modifiant en laboratoire une substance produite par un micro-
organisme 26.

10
 Chapitre 2 : les antibiotiques

3. Mode d'action des antibiotiques

Les antibiotiques peuvent avoir 2 modes d'action:

 Action bactériostatique: Ils empêchent le développement des bactéries ou germes

microbiens.
 Action bactéricide: Ils détruisent les bactéries ou les germes microbiens en agissant
sur la paroi, l'ADN, la membrane cytoplasmique et la synthèse de protéines.

L'antibiotique à action bactéricide, comme par exemple les β-lactamines, peuvent agir de deux
manières:

 Ciblée, ce qui signifie qu'il ne détruit qu'un seul type de bactéries

 A large spectre, c'est à dire qu'il détruit plusieurs types de bactéries.

Les antibiotiques agissent, en général, à un niveau précis des structures bactériennes 26.

Ils peuvent agir sur 5 parties différentes de la structure de la bactérie (Fig 4).

a. Action Sur la paroi bactérienne

Inhibition de la synthèse de la paroi. Ces antibiotiques agissent sur des cibles

extérieures de la cellule (paroi) et ne sont actifs que sur les germes qui sont en croissance. Les
cellules au repos ne sont pas perturbées par l'action des antibiotiques et de leurs molécules.
Leur action peut être comparée à celle effectuée sur un ballon de baudruche: si on le presse en
son centre, celui ci s'allongera jusqu'à un certain point, mais après il explosera.

De même, les antibiotiques bloquent la synthèse du peptidoglycane, la cellule s'allonge

sans faire de paroi et ainsi explose sous l'effet de la pression osmotique interne. Les ß-
lactamines agissent suivant ce mode d'action 26.

11
 Chapitre 2 : les antibiotiques

b. Action Sur la membrane cytoplasmique

Ils agissent sur les membranes lipidiques, la membrane externe d’abord, puis la
membrane cytoplasmique. La fixation de l’antibiotique va désorganiser la structure de ces
membranes et les rendre perméable, ce qui aboutit à la mort rapide de la bactérie 26.

c. Action Sur l'ARN des ribosomes

En inhibant la synthèse des protéines, pour constituer de bonne cible Ils agissent en se
fixant sur la sous unité 30S, à concentration subthérapeutique, ils entraînent des erreurs de
lecture, à dose thérapeutique, ils inhibent l’élongation de la chaîne peptidique en bloquant le
complexe d’initiation. En plus en diminuant l’AMP (Adénosine MonoPhosphate) cyclique
intracellulaire, ils perturbent la barrière de perméabilité de la membrane cytoplasmique, ce qui
conduit à la fuite vers l’extérieur des constituants intracellulaires, les aminosides et les
Phenicoles agissent selon ce mode d’action 26.

d. Action Sur l'ADN bactérien

En inhibant la synthèse ou même le fonctionnement des acides nucléiques de

différentes façons selon les familles d’antibiotiques soit par :

1. inhibition de la réplication de l’ADN

2. inhibition de la transcription / ARN polymérase
3. diminution de la synthèse des précurseurs nucléotidiques 41.

e. Les antibiotiques inhibiteurs du métabolisme intermédiaire

Par inactivation d’enzymes impliqués dans la synthèse des purines et de certains
acides aminés essentiels (Fig 5)20.

4. Classification des antibiotiques

Les antibiotiques peuvent être classés selon plusieurs critères : l'origine, la nature
chimique, le mécanisme d'action et le spectre d'action.
Les principales familles sont :

12
 Chapitre 2 : les antibiotiques

4.1. Les β lactamines

Le noyau de base est le cycle ß lactame. Les antibiotiques de cette famille sont
bactéricides. Ils se répartissent en trois groupes :

• Groupe I : il comporte le cycle ß lactame et un cyclethiazoline (ex : spectre étroits

peni M et peni V),

• Groupe II : il comporte un cycle lactame et un cycledihydrothiazine (ex : spectres larges

peni A),

• Groupe III : il comporte un noyau limité au cycle ß lactame (ex :

céphalosporines, etc.…)

.En plus de ces trois groupes, il existe des inhibiteurs de ßlactamases tels que Augmentin®
composé d'amoxicilline et d'acide clavulanique et qui agit sur les bactéries
productrices de pénicillinase 12.

4.2. Les aminosides ou aminoglycosides

Ce sont des hétérosides naturels formés par un ou plusieurs glycosides liés à un
aminocyclitol. Ce sont des antibiotiques rapidement bactéricides. Il existe plusieurs centaines
d e m o l é c u l e s n a t u r e l l e s e t h é m i - s yn t h é t i q u e s . E l l e s s o n t devisées en trois
classes :
-Streptamine
- 2 désoxystreptamine
- Streptidine 12
4.3. Les Phenicoles
4.3.1. Le chloramphénicol
C’est un antibiotique bactériostatique à large spectre. En Algérie, il est réservé au
traitement de la fièvre typhoïde 12.
4.3.2. Thiamphénicol
Le thiamphénicol est très voisin chimiquement du chloramphénicol, son spectre
d'action est similaire 12.
4.4. Les tétracyclines
Les tétracyclines sont bactériostatiques, elles pénètrent bien d a n s l e s c e l l u l e s ,
c e s m o l é c u l e s p r é s e n t e n t u n e g r a n d e homogénéité. On distingue les cyclines
naturelles et les cyclines semi synthétiques 12.

13
 Chapitre 2 : les antibiotiques

4.4.1. Cyclines naturelles

• Chlortetracycline (Auréomycine®)
• Tetracycline base (Tetracyne ®)
4.4.2. Cyclines semi-synthétiques
• Oxytetracycline (Terramycine®),
• Doxycycline (Vibramycine®),
• Minocycline (Mynocine®) 12.
4.5. Les polypeptides
On distingue 7 groupes : parmi eux :
• Peptides cycliques représentés par la Capréomycine, laViomycine.
• Glycopeptides représentés par la Vancomycine.
• G lycolipopeptides représentés par la telcoplanine, laramoplanine
• lipopeptides représentés par la Daptomycine (en développement clinique), la Polymyxine
(actif sur BGN) 12.
4.5.1. La vancomycine
Le chlorhydrate de vancomycine représente le principe actif et est administré par voie
intra - veineuse uniquement. Antibiotique à usage hospitalier 12
4.5.2. La teicoplanine
La molécule est un acide faible soluble dans l'eau et bien toléré en IV et en IM. Sa
grande lipophilie lui permet une meilleure diffusion tissulaire et un relargage lent.
Antibiotique à usage hospitalier 12.
4.5.3. La Polymyxine
Les lipopeptides se caractérisent par une chaine peptidique à laquelle est fixée une
chaine lipidique.
On distingue : Polymyxine ß (Polymyxine®) et la Polymyxine E (Colimycine®) 12.
4.6. Les macrolides
Ce sont des antibiotiques fréquemment utilisés en pratique de ville à cause de leur
facilité d'emploi. Ils ont un spectre étroit, et sont parfaitement actifs sur les germes
intracellulaires. Ils ont une excellente pénétration tissulaire, les macrolides possèdent un
noyau lactone central qui est à la base de leur classification, selon le nombre d'atomes de
carbone. Ce sont des molécules lipophiles 12.

14
 Chapitre 2 : les antibiotiques

4.7. Les quinolones

Plusieurs molécules ont été synthétisées pour exalter le pouvoir antibactérien et
améliorer les
Caractéristiques pharmacocinétiques. Schématiquement on peut classer les quinolones sur la
base de l'étendue du spectre antibactérien et la nature fluorée ou non du squelette en deux
groupes :
- Les quinolones de première génération exemple : L'acide nalidixique : Negram®, L’acide
oxolinique : Urotrate®
- Les quinolones de deuxième génération exemple : Ofloxacine : Oflocet, Levofloxacine 12
4.8. Les rifamycines
Sont constituées d'un macro-cycle et d'un cycle aromatique.
On distingue trois antibiotiques :
. La Rifamycine SV (Rifocine®),
. La Rifamide et la Rifampicine 12.
Tableau 1 : Mécanismes d’action des principales familles d’antibiotiques 32.

Mécanisme d’action Familles d’antibiotiques

Pénicillines, céphalosporines,
carbapénémes, daptomycines,
Inhibition de la synthèse de la paroi cellulaire
monobactames, glycopeptides

Tétracyclines, aminoglycosides
Inhibition de la synthèse protéique ,oxazolidonones, streptogramines ,kétolides,
macrolides,lincosamides
Inhibition de la synthèse de l’ADN Fluoroquinolones

Inhibition compétitive de la synthèse de Sulfonamides, triméthoprime

l’acide folique (folates)
Inhibition de la synthèse de l’ARN Rifampine

5. Antibiothérapie
Le choix optimal d'un antibiotique dépend de plusieurs facteurs :

15
 Chapitre 2 : les antibiotiques

5.1. Le Germe
Les prélèvements bactériologiques doivent impérativement précéder la mise en route
d'un traitement antibiotique. Une fois que l'isolement et l'identification de la bactérie sont
effectués, il faut procéder à l'étude de la sensibilité aux antibiotiques par la détermination de
la concentration minimale inhibitrice (CMI) et la concentration minimale bactéricide (CMB)
essentiellement 26.
5.2. Le site de l'infection
Pour qu'un antibiotique soit actif sur un germe, il est essentiel qu'il le rencontre, et de
connaitre les capacités d'un antibiotique à pénétrer suffisamment et à se concentrer en un site
donné 26.

5.3. Le terrain
Le terrain du patient doit également constituer une préoccupation avant la mise en
route d'un traitement antibiotique. Il est vrai qu'il y a des états physiologiques facilement
contrôlables, mais il existe également des états pathologiques qui peuvent poser de sérieux
problèmes dans le choix d'un antibiotique. En effet, certains antibiotiques, en raison de leurs
effets toxiques, risquent d'aggraver des tares préexistantes (insuffisance rénale, insuffisance
hépatique, SIDA) 26.
5.4. Risque écologique
Parmi les effets indésirables des antibiotiques, il y en a un qui a une importance
capitale, c'est la modification de la flore bactérienne normale de l'individu qui peut entraîner
la sélection de souches résistantes, non seulement à l'antibiotique administré, mais aussi, en
fonction de la nature de la résistance, à d'autres familles d'antibiotiques 26.
5.5. Coût
Devant la consommation importante d'antibiotiques, le coût devient un élément
fondamental.
Dans certaines circonstances pour traiter une infection, le prix du traitement peut être
multiplié par vingt, à efficacité égale. Cette situation appelle à une sérieuse réflexion pour
uniformiser les attitudes thérapeutiques dans le sens où, à efficacité égale, le choix sera donné
à la molécule la moins coûteuse 26.

16
 CHAPITRE 3
LES BACTERIES
MULTIRESISTANTES
 Chapitre: 3 Les bactéries multirésistantes

3. Les bactéries multirésistantes

3.1. Définition

Les bactéries sont dites multi résistantes (BMR) aux antibiotiques lorsque, du fait de
l’accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu’à un
nombre restreint d’antibiotiques utilisables en thérapeutique.

La multirésistance concerne les bactéries responsables d’infections communautaires

à l’exemple des pneumocoques ou les bacilles de la tuberculose et les bactéries responsables
d’infections nosocomiales ou associées aux soins. Certaines résistances sont particulièrement
importantes à prendre en compte, car elles concernent des espèces bactériennes qui sont à la
fois commensales susceptibles de disséminer dans la population générale et à fort potentiel
pathogène. C’est le cas des Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM) et des
entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (EBLSE) 6.

3.2. Les types de BMR

3.2.1. Hospitaliers

 SARM : [Link] est une des deux principales espèces responsables d'infection
nosocomiale. Le développement incontrôlé des épidémies de SARM et les preuves
répétées de leur diffusion clonale justifient à eux seuls la mise en place d'un
programme de lutte contre les BMR. Les SARM représentent 5 à 10% des bactéries
isolées des infections nosocomiales(IN),il sont résistants à toutes les ß-lactamines et
très souvent résistants aux aminosides, aux macrolides et aux fluoroquinolones 40.
 ESBL : les entérobactéries dans leur ensemble représentent 35 à 40% des bactéries
responsables d'IN. Les EBLSE représentent environ 1% des bactéries isolées des IN.
La tendance à la diffusion clonale des EBLSE est bien démontrée. Les souches
d'EBLSE principalement Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes et à un
moindre degré Escherichia coli, Proteus mirabilis, Citrobacter sp sont résistantes à de
nombreuses ß-lactamines (sauf imipénème), et souvent céphamycines pour les espèces
qui y sont naturellement sensibles, et très souvent résistantes aussi aux aminosides et
aux fluoroquinolones 40.
 Entérocoque résistante à la vancomycine(ERV) : représentent environ 1% des souches
d'entérocoques isolées à l'hôpital. On retrouve principalement :

17
 Chapitre: 3 Les bactéries multirésistantes

-Acinetobacter baumannii : représentent 2 à 4% des bactéries responsables d'IN, jouent un

rôle non négligeable dans certains secteurs hospitaliers (soins intensifs) et sont parfois à
l'origine de bouffées épidémiques dans lesquelles la contamination de l'environnement des
patients porteurs joue un rôle. Certaines souches épidémiques résistantes à l'imipénème
conduisent à des impasses thérapeutiques 40.

-Pseudomonas aeruginosa multirésistant : les souches de [Link] résistantes aux ß-

lactamines (ticarcilline, ceftazidime ou imipénème) ont tendance à être résistantes aussi aux
aminosides et aux fluoroquinolones. Dans les hôpitaux concernés, ces souches doivent faire
l'objet d'une stratégie spécifique, notamment d’une politique de prescription des antibiotiques,
et des mesures de contrôle de l'environnement 40.

3.2.2. Communautaire

Les BMR communautaire sont des bactéries impliquées dans les infections
survenant en dehors d'un établissement de santé, par opposition des BMR hospitaliers.
Ces germes sont caractérisés par une probabilité de résistances relativement faibles, les plus
fréquentes de ce type de BMR sont les pneumocoques et les bacilles de la tuberculose 1.

 Streptococcus pneumoniae : est un pathogène majeur, responsable d’infections

communautaires à type de pneumonies, de bactériémies, de méningites, d’otites et de
sinusites, la pneumocoque a acquis au cours des cinq dernières décennies de
nombreuses résistances à : sulfamides ,tétracyclines, érythromycine, pénicilline et
chloramphénicol .La résistance du pneumocoque aux ß-lactamines est liée à une
modification des protéines de liaison aux pénicillines (PLP). la surveillance de la
sensibilité du pneumocoque aux antibiotiques est nécessaire afin d’adapter les
recommandations thérapeutiques des infections penumococciques.
 Bacille de la tuberculose : Le bacille de la tuberculose peut devenir résistant aux
antimicrobiens utilisés pour guérir la maladie, La tuberculose multi résistante (MR) est
une tuberculose contre laquelle l’isoniazide et la rifampicine, les 2 antituberculeux les
plus puissants, ne sont pas efficaces, La mauvaise gestion du traitement
antituberculeux et la transmission interhumaine expliquent la propagation de la
tuberculose multi résistante 1.

18
 Chapitre: 3 Les bactéries multirésistantes

3.3. Localisation des BMR en milieu hospitalier

La propagation des BMR selon les services et leurs particularités est mentionnée au-
dessous :

Tableau 2 : localisation des BMR en milieu hospitalier 19.

SERVICES PARTICULARITES
Forte incidence en BMR car :
- prescription importante
d’antibiotiques
Réanimation, soins intensifs
- technicité développée, procédures
invasives, charge en soins
importante
Services de court séjour : transferts internes
médecine, - transferts entre établissements de
chirurgie, santé médicaux et sociaux
obstétrique - technicité développée, procédures
Invasives
Services de soins de suite et de - nécessité de rééducation
rééducation collective (repas, activités)
- poly pathologies
Long séjour, - charge en soins élevée
MAS, EHPAD, - poly pathologies des patients et
Psychiatrie, … troubles du comportement
- faible ratio personnel / malade
- nécessité de rééducation

19
 PARTIE II
LA PARTIE PRATIQUE
MATERIELS ET METHODES
 Matériels et Méthodes

1. Etude prospective

Notre travail expérimental a été réalisé au laboratoire d’analyses Dr. Bellil, paillasse de
bactériologie, situé à El khroub. Durant une période de 15 jours allant du 7 au 23mai 2016
on a pu colliger divers échantillons pathologiques provenant de sujets d’âges et de sexes
différents, hospitalisés à L’Hôpital d’El Khroub et des échantillons prélevés, par nous-mêmes,
sur des surfaces du service de médecine interne du même hôpital.

2. Matériels et milieux utilisés

2.1. Matériels
- Microscope optique;
- Bec bunsen;
- Pipettes pasteur;
- Anse de platine;
- Boites de Pétri;
- Lames et lamelles ;
-Etuve;
- pinces;
- Ecouvillons ;
2.2. Milieux de culture
2.2.1. Milieux d’isolement
- Gélose nutritive;
- Gélose Hektoen;
- Gélose Chapman ;
- Gélose au chocolat ;
- Gélose Mueller Hinton ;
2.2.2. Milieux d’identification biochimique et métabolique
-Milieu TSI;
-Milieu Citrate de Simmons;
-Milieu Liquide Urée Indole ;
-Réactif de Kovax ;

20
 Matériels et Méthodes

2.2.3. Disques d’Antibiotiques

 β-lactamines

Amoxicilline(AMX), Amoxicilline-acide–clavulanique(AUG), Cefoxitine(FOX),

Cefazoline(CZ), Céfotaxime(CTX), Ticarcilline(TIC), Piperacilline(PIP), Nibiol(NI)
Aminosides
Gentamycine(GN), Amikacine(AN)
 Quinolones
[Link](NA), Ciprofloxacine(CIP), Pefloxacine(PEF)

 Autres

Trimethoprime+Sulfamides(SXT), Colistine(CL)

3. Méthodologie

Les échantillons collectés ont été prélevés sur 50 patients, seulement 05 d’entre eux
présentaient un résultat positif. Parmi ces derniers quatre (04) sont des échantillons d’urines
et un (01) échantillon d’éjaculat.

En plus des échantillons précédents on a rajouté des prélèvements effectués sur certaines
surfaces, du service de médecine interne au niveau de l’hôpital d’EL Khroub, il s’agit : passe
de porte, chariot des soins.

3.1. Les prélèvements

Les prélèvements reçus au laboratoire sont accompagnés d’une fiche de renseignements qui
comporte :
 Nom et prénom.
 Age et sexe.

3.1.1. Techniques de Prélèvement

 Prélèvement de l’urine
Après lavage hygiénique des mains et toilette soigneuse des organes génitaux externes et
après élimination du premier jet, les urines, de préférence les urines du matin, sont recueillies
dans un tube stérile (environ 10 à 20 ml), le tube est fermé hermétiquement et acheminé au
laboratoire dans la demi-heure qui suit le prélèvement, si non il est placé dans de la glace 15.

21
 Matériels et Méthodes

 Prélèvement de l’éjaculat
Le prélèvement du sperme est réalisé classiquement après une abstinence de trois jours, mais
dans le contexte qui nous intéresse ici, il peut être réalisé sans période d’abstinence, mais
après une miction suivie d’une désinfection soignée du gland à l’aide d’un antiseptique et
rinçage. Le recueil est effectué dans un flacon stérile à large ouverture.
 Prélèvements effectués sur des surfaces à l’hôpital
Les prélèvements ont été effectués au niveau des services de médecine interne comme
mentionné plus haut par frottement des surfaces à l’aide d’écouvillons stériles.

3.2. L’isolement

3.2.1. A partir des urines

Après un examen à l’état frais des urines, on réalise des cultures, à l’aide d’une anse calibrée.
On ensemence par des stries bien serrées une goutte d’échantillon sur une gélose nutritive.
Les boites sont incubées à 37°C pendant 24heures. Une culture est dite positive lorsqu’on
observe une croissance bactérienne et les numérations sont supérieures ou égales à
105bactérie/ml

3.2.2. A partir de l’éjaculat

L’échantillon de l’éjaculat est placé dans une étuve à 37°C pour qu’il se liquéfie. Après
environ une heure on prend à l’aide d’une pipette pasteur une goutte et on l’ensemence par
des stries serrées sur les 3 milieux de culture suivants : La gélose Hektoen, la gélose au
chocolat, la gélose Chapman, les boites sont incubées à 37°C pendant 48 heures .Une culture
est dite positive lorsqu’on observe une croissance bactérienne sur les boites avec un aspect
précis des colonies.

3.2.3. A partir des surfaces hospitalières

On procède à l’enrichissement des prélèvements dans un bouillon nutritif et incubation à

37°C pendant 24 heures. Un résultat positif est caractérisé par l’apparition d’un trouble. La
culture est par la suite réalisée sur la gélose nutritive par des stries serrées suivie d’une
deuxième incubation pendant 24 heures pour vérifier la croissance des bactéries.

22
 Matériels et Méthodes

3.3. Purification et identification

Après incubation, on examine l’aspect des colonies ayant poussé sur les milieux de culture
et selon la nécessite (si les boites contiennent plusieurs types de colonies), on procède à la
purification de la souche en réalisant des repiquages successifs (sur le même milieu
d’isolement). L’identification des souches est réalisée par l’étude de quelques tests
biochimiques dont : Le métabolisme des sucres sur milieu TSI, l’utilisation du citrate sur
milieu citrate de Simmons, recherche de l’uréase et la production de l’indole sur milieu Urée
indole (mini galerie biochimique).

3.3.1. La galerie biochimique

Les principaux tests biochimiques qu’on a effectués sont :

-Recherche de l’utilisation du citrate

Le milieu citrate de sodium (citrate de Simmons) est un milieu solide qui permet de mettre en
évidence l’utilisation du citrate comme seule source de carbone et d’énergie, ce caractère est
intéressant pour discriminer les bactéries entre-elles et ainsi de les identifier  2.

Tableau 3: Recherche de l’utilisation du citrate 2.

Mode d’ensemencement Caractère recherché Résultat

-La pente ensemencée par -utilisation du citrate comme -Le virage de l’indicateur de
une série longitudinale, seule source de carbone. pH de vert au bleu : il y a une
réalise à l’anse, à partir d’une alcalanisation du milieu et la
suspension de la culture souche est citrate +
solide en eau distillée stérile. -Pas de virage de l’indicateur
pH : il n’y a pas eu une
-Ne pas visser le bouchon à alcanalisation et le milieu ne
fond, afin de permettre les présente pas de culture
échanges gazeux (en (citrate)
particulier l’élimination du
dioxyde de carbone)

-Mettre à l’étuve 24h à 37C°

23
 Matériels et Méthodes

-Recherche de l’utilisation du glucose, lactose, le saccharose, la production de gaz et

d’hydrogène sulfureux (H2S) sur milieu TSI

 Le milieu TSI est un milieu semi –incliné

 Le but de ce test est la recherche de plusieurs caractères chimiques 2.

Tableau 4 : Recherche de l’utilisation du glucose, lactose, saccharose, production de gaz et

d’hydrogène sulfureux (H2S) sur milieu TSI 2.

Mode d’ensemencement Caractères recherchés Résultat

-Ensemencer abondamment -L’utilisation du glucose -La fermentation des

la surface par des stries ou -L’utilisation du lactose glucides (glucose,
par inondation, puis le culot -L’utilisation du saccharose saccharose, lactose)
par simple piqure, à l’aide de -Production de gaz provoque une production
la même pipette boutonnée -production d’H2S d’acide qui est détectée par
-il est important de ne pas l’indicateur au rouge de
oublier de visser phénol, des changements de
partiellement la capsule afin couleur en résultat, et le
de permettre les échanges milieu vire au jaune en cas
gazeux. de production d’acides, ou en
-Mettre à l’étuve à 37C° rouge en cas d’alcanalisation.
pendant 24heures. -La présence de bulles et le
déplacement du milieu vers
le haut signifie qu’il y a
production du gaz.
-La production d’H2S se
traduit par un précipité noir.

24
 Matériels et Méthodes

-La recherche de l’hydrolyse de l’urée et la production d’indole

Cette recherche est faite sur milieu urée tryptophane, appelé improprement milieu urée
Indole, le milieu tryptophane est un milieu synthétique. Ce milieu complexe fournit un
ensemble de résultats utiles à l’identification de nombreux germes bactériens 2.

Tableau 5 : Recherche de l’hydrolyse de l’urée et la production d’indole 2.

Mode d’ensemencement Caractères recherchés Résultat

-Dans un tube contenant la -La présence de l’uréase -Coloration rouge du milieu:

suspension bactérienne, on qui dégrade l’urée sera uréase (+)
rajoute quelques gouttes du révélée par un virage pas de virage de couleur en
milieu urée-indole de l’indicateur de pH (le rouge : uréase (-)
-Incuber à 37C° pendant rouge de phénol) à sa teinte -Formation d’un anneau
24heures. basique (rouge). rouge indole (+)
-Apres addition du réactif de -Absence de coloration
Kovacs, le diméthyl-amino- rouge : indole (-)
benzaldhyde contenu dans le
réactif de Kovacs réagit avec
l’indole, produit l’activité de
la tryptophanase et forme un
composé coloré en rouge.

3.3.2. Test de la sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme standard)

Nous avons testé la sensibilité de toutes les souches identifiées vis-à-vis différents
antibiotiques, par la méthode de l’antibiogramme standard, par diffusion sur gélose Mueller
Hinton(MH). 3 à 5 colonies sont prélevées et dissociées dans 5ml d’eau distillée stérile. Le
milieu MH est ensemencé par stries très serrées en 3 passages en faisant pivoter les boites de
Petri de 60 °.
Les disques d’antibiotiques sont disposés sur la gélose, manuellement, avec une pince
métallique stérile. Les boites sont incubées pendant 24 heures à 37°C.

La lecture se fait par mesure du diamètre de la zone d’inhibition obtenu autour des disques
d’antibiotiques à l’aide d’une règle. L’interprétation est en : sensible (S) ou résistante (R) ou
intermédiaire (I) (Fig 6,7).
25
RESULTATS ET DISCUSSION
 Résultats et discussion

Résultats de l’isolement et l’antibiogramme

1. A partir des urines

Les résultats de l’isolement, l’identification biochimique et l’antibiogramme obtenus
sont représentés dans le tableau 6. Les cultures à partir des urines ont permis d’isoler les
souches suivantes : E coli et Enterobacter sp, identifiées par référence au tableau
d’identification biochimique, tableau 7.

Tableau 6 : Identification bactérienne et antibiogramme des souches bactériennes isolées

à partir des urines.

Patient Caractères Galeries biochimiques Bactéries Antibiogramme

s culturaux Isolées
TSI Urée- Citrate
Indole de
Simmons
Ronde, bombé, Glu :+ Amx : R AN :S
Urée :- Aug : R Na :S
opaque, lisse,
Sacc /Lac:+ CZ : R Ni : /
crémeuse, non Escherichia Ctx : R Sxt :S
1 - Fox :S CL :S
pigmentée H2S :- coli
Tic :R PEF : S
Indole: + Pip :R CiP :S
Gaz :+ GN : S

Opaque Glu :+ Urée : - Amx :R AN :S

Aug :R NA :R
crémeuse, Sacc /Lac:+ CZ :R Ni :S
lisse brillantes, Enterobact Ctx :R Sxt :R
2 +
H2S :- er sp Fox :S CL :S
opaques, Tic :R PEF :R
Indole: -
d’aspect gras Gaz :+ Pip :R CiP :R
GN : R
Ronde, bombé, Glu :+ Urée: - Amx :R AN :S
Aug :R NA :R
opaque, lisse,
Sacc /Lac:+ CZ :R Ni : I
crémeuse, non Escherichia Ctx :R Sxt :R
3 -
H2S :- coli Fox :R CL :S
pigmentée
Indole: + Tic :R PEF : R
Gaz :+ Pip : I CiP :R
GN : S
Ronde, bombé, Glu :+ Urée :- Amx :R AN R
Aug :R NA :R
opaque, lisse,
Sacc /Lac:+ CZ :R Ni : R
crémeuse, non Escherichia Ctx :R Sxt :R
4 -
H2S :- coli Fox :R CL :R
pigmentée
Indole: + Tic :R PEF : R
Gaz :+ Pip :R CiP :R
GN : R

26
 Résultats et discussion

(+) : réaction positive , (R) : résistante , (I) : intermédiaire

(-) : réaction négative , (S) : sensible

Tableau7 : Tableau d’identification biochimique des entérobactéries 32.

Escherichia Citrobacter Enterobacter Klebsiella Serratia Salmonella Shigella Proteus Providencia

Gluc + + + + + + + + +

Lact + + + + - - - - -

ONPG + + + + + - +/- - -

indole + - - +/- - - +/- +/- +

VP - - + + + - - - -

(acétoine)

Citr - + + + + +/- - +/- +

Mob. + + + - + + - + +

Urée - - - + - - - + -

PDA - - - - - - - + +

H2S - +/- - - - + - +/- -

Caractère positif (+), Caractère négatif (-), Caractère variable (+/-).

2. A partir de l’éjaculat

Les résultats obtenus sont présentés dans le tableau suivant :

27
 Résultats et discussion

Tableau 8 : Identification bactérienne et antibiogramme des souches bactériennes isolées

à partir de l’éjaculat.

Patients Caractères Galeries biochimiques Bactéries Antibiogramme

culturaux Isolées
TSI Urée- Citrate
Indole de
Simmons
Ronde, Glu :+ Urée : + Amx :R AN :S
Aug :R NA :R
bombé,
Sacc /Lac:- CZ :R Ni :R
opaque, Ctx :S Sxt :R
5 H2S :+ + Proteus sp Fox :S CL :R
lisse, sous
Indole :- Tic :S PEF: R
forme de Gaz :+ Pip :S CiP :I
GN :S
nappe

3. A partir des surfaces hospitalières

Tableau 9 : Identification bactérienne et antibiogramme des souches bactériennes isolées à

partir des surfaces hospitalières.

Service Médecine interne

Prélèvement
Caractères Galeries biochimiques Bactéries Antibiogramme
culturaux trouvées
Caractères
TSI Urée- Citrate
d’identification
Indole de
Simmons
lisses, Glu :+ Urée :- Amx : R AN :S
Aug : R NA :R
bombées,
Sacc /Lac:d CZ : R Ni :S
brillantes Ctx :R Sxt :S
Passe de porte
humides
H2S :- - Fox :S CL :S
Indole :- Klebsiella Tic :R PEF: R
muqueuses Gaz :d spp Pip :R CiP :R
GN :S
filantes
Opaque Glu :+ Urée :- Amx : R AN :S
Aug :R NA :S
crémeuse,
Sacc /Lac:+ CZ :R NI :I
lisse, Ctx :S Sxt :S
Chariot de H2S :- Fox :R CL :S
brillantes, +
soins Indole :- Tic :R PEF: S
opaques, Gaz :+ Enterobacter Pip :S CiP :S
spp GN :S
d’aspect
gras.

28
 Résultats et discussion

Discussion

1. Etude de l’antibiorésistance des souches isolées à partir des urines

L’infection urinaire est l’infection bactérienne la plus commune. Elle impose un

fardeau économique considérable à la société. Cela est en rapport avec la physiopathologie de
l’infection urinaire qui est en général ascendante, à cela s’ajoutent des facteurs spécifiques
d’uropathogénicité 4.

D’après les statistiques du laboratoire DR Bellil, E. coli est de loin le germe le plus
fréquemment isolé suivi de Klebsiella spp et d’Entrobacter spp. Ainsi, E. coli possède des
adhésines capables de lier la bactérie à l’épithélium urinaire et d’empêcher son élimination
par les vidanges vésicales 7.

La prédominance d’Escherichia coli a été mentionnée dans plusieurs études africaines,

HOUNTON en 2002 a rapporté un taux de (42,2%) d’Escherichia coli, (28,3%) de Klebsiella
pneumoniae, (7,1%) d’Acinetobacter spp et (4.4%) de Klebsiella oxytoca. PODIE à son tour
rapporté une prédominance de 25.6% d’Escherichia coli suivie de 20.8% de Klebsiella spp
7.

Autrefois, l’amoxicilline et l’augmentin étaient les molécules les plus utilisées dans le
traitement des infections causées par Escherichia coli. La sensibilité de cette bactérie à ces
deux antibiotiques a beaucoup diminuée.

Notre étude confirme cette observation car les trois souches d’Escherichia coli isolées
sont résistantes à l’amoxicilline et à l’augmentin. Ce résultat est comparable à ceux de
certains chercheurs ; ainsi d’après S. Ben RedjebI et Boutiba-Ben Boubaker (2004-2007),
64.92% des E. coli étudiées au cours de ces années sont résistantes à l’amoxicilline 30 .

Par contre, d’autres auteurs tels que DE MOUY et Coll. (1997), en 1995 en France
ont obtenu un taux nettement plus élevé de souches sensibles à l’amoxicilline 13.

L’étude de la sensibilité de ces souches aux β-lactamines, montre des taux de

résistance acquise très élevés à l’hôpital du fait du caractère nosocomial des souches. Cette
situation générale est la conséquence de la pression de sélection due au large usage des β-
lactamines. De plus, ces résistances acquises du fait de leur déterminisme plasmidique, ont
un grand pouvoir de dissémination.

29
 Résultats et discussion

La résistance aux β-lactamines peut être consécutive à 3 mécanismes :

-Altération des porines avec diminution de la perméabilité (bacilles à Gram négatifs).

-Inactivation enzymatiques par les β-lactamases qui ouvre le cycle β-lactame des pénicillines
(pénicillinases) .ces enzymes sont extracellulaires et ont un support génétique étant alors
chromosomique ou plasmidique (bactérie Gram-).

-Modification des cibles (PBP Penicillin Binding Protein) 7.

Les aminosides (Gentamycine(GN) et Amikacine(AN)) gardent une excellente activité

et restent jusque là très actifs sur les entérobactéries et principalement sur E coli. Ces résultats
sont très proches de ceux rapportés par PODIE en 1999 et à ceux de Cotonou et BATHILY en
2002 qui ont trouvé respectivement 43.8% et 45% de sensibilité 8.

Pour les Quinolones (PEF, CIP et NA) un taux de résistance élevé est noté pour les
souches étudiées notamment pour E. coli, Cela peut s’expliquer par l’émergence de
mutations de premier niveau de l’ADN gyrase (GyrA) qui confèrent une résistance à l’acide
nalidixique chez [Link]. La multiplication de telles souches est susceptible de faire le lit de
mutations additionnelles à la suite d’une exposition à l’antibiotique et ainsi d’une émergence
des résistances aux fluoroquinolones. L’évolution des résistances à l’acide nalidixique et aux
fluoroquinolones doit donc être particulièrement surveillée 4.

L’amikacine (AN) est l’antibiotique le plus actif pour traiter les infections urinaires
provoqués par les entérobactéries, pour cela il est encore efficace en antibiothérapie chez
l’homme.

-Un cas particulier est noté pour le patient 4, l’antibiogramme de la souche d’[Link] isolée
montre que cette dernière est résistante a tous les antibiotiques testés quelque soit sa famille
donc en peut dire que cette souche est : multirésistante

Ce résultat est proches à celui du Dr Johann Pitout, professeur agrégé de pathologie

et de microbiologie, Université de Calgary, Alberta qui a trouvé un taux de résistance parmi
les souches d’[Link] testé élevés envers la pipéracilline-tazobactam, l’amikacine, la
ciprofloxacine, la gentamicine, la tobramycine et le triméthoprime-sulfaméthoxazole, ce qui
souligne la nature multirésistante des isolats inclus dans l’étude, affirment l’auteur

30
 Résultats et discussion

Les espèces de la famille des Enterobacteriaceae principalement Escherichia coli qui

produisent de nouvelles bêtalactamases à spectre élargi (BLSE) sont incriminées dans les
infections urinaires .Parmi ces souches d’[Link] porteuses de CTX-M – sont actuellement à
l’origine d’une pandémie d’infections à E. coli multirésistante pour lesquelles peu d’options
de traitements sont adoptés, surtout lorsque ces infections sont graves 25.

2. Etude de l’antibiorésistance des souches isolées à partir de l’éjaculat

Dans l’échantillon de l’éjaculat, Proteus spp est la seule souche isoleé. Proteus
mirabilis est l’espèce la plus fréquemment isolée des prélèvements cliniques, elle est à
l’origine d’infections graves et parfois mortelles 36.
Ce germe est transmis par contact sexuel, ou par des pathogènes urologiques banaux.
Proteus spp est naturellement résistante à la colistine et sensible à toutes les bêta-lactamines
(pas de céphalosporinase chromosomique de classe C). Les autres antibiotiques testés sur les
bacilles à Gram négatif type Entérobactéries sont habituellement actifs (aminosides,
quinolones, cotrimoxazole, chloramphénicol) 35.

Notre souche isolée présente une résistance à la colistine. Ce résultat corrobore

parfaitement avec celui de Sougakoff et al. (2004).
Une résistance à la moitié des antibiotiques de la famille des β-lactamines (Amx, Aug,
CZ, NI) à été notée pour cette souche. Il s’agit donc d’une résistance acquise qui peut être due
à une mutagénèse ou à un transfert de gènes, résultats relativement éloignés de ceux
mentionnés par Kassama et al. (2013) qui confirment la sensibilité à toutes les β-lactamines
23.
Concernant les aminosides, proteus spp est naturellement sensible à eux, cette
sensibilité est enregistrée vis-à vis de l’amikacine et la gentamicine dans notre étude.
Résultats non conforme aux travaux de Kassama et al. (2013) indiquant 100% de résistance à
ces antibiotiques 23.
Le mécanisme de résistance acquise de proteus spp est identique à ceului décrit
précédemment pour E. coli.

31
 Résultats et discussion

3. Etude de l’antibiorésistance des souches isolées à partir des surfaces hospitalières

Klebsiella spp et Enterobacter spp sont les souches isolées et identifiées à partir des
prélèvements effectués sur des surfaces de passe de porte de chambre d’un malade et de
chariot des soins

Les bactéries du genre Klebsiella peuvent être transmises d’une personne à une autre,
elles sont souvent présentes sur les mains du personnel hospitalier ce qui explique leur
existence sur le passe de porte. Conformément aux données de Decré et al en 2000, l'espèce
K. pneumoniae est plus fréquemment isolée à l'hôpital qu'en communauté 14.

Bien que ces agents pathogènes soient souvent en cause dans les cas de pneumonie et
de bactériémie d’origine communautaire, ils causent principalement des infections
nosocomiales. On considère que les espèces du genre Klebsiella sont endémiques dans les
services de néonatologie, et les éclosions nosocomiales 3.

Klebsiella pneumoniae est naturellement résistante aux pénicillines des groupes G et A

et à la carbénicilline sous l’effet d’une pénicillinase chromosomique appelée SHV1. Elle est
sensible aux autres antibiotiques actifs sur les bacilles à Gram négatif 26 .
A partir des résultats obtenus, les souches étudiées sont résistantes à l’amoxicilline, la
ticarcilline, amoxicilline-acide clavulanique et à la Cefazoline. Il reste donc cefoxitine et
céfotaxime de la famille des β-lactamines qui peuvent traiter Klebsiella spp et Enterobacter
spp respectivement.
Une excellente activité est enregistrée pour les aminosides (la gentamycine et
l’amikacine) a cause de la grande sensibilité de ses souches face à ces antibiotiques, ces
aminosides sont de premiers choix dans le traitement des infections nosocomiales à Klebsiella
spp et Enterobacter spp 2.
Ces résultats sont différents de ceux de Sekhri A en 2011, qui rapportent des taux de
Résistance respectivement de 69,23% pour la gentamycine et de 48,07% pour l’amikacine
33.

32
CONCLUSION
 Conclusion

Conclusion

Les bactéries isolées du milieu hospitalier sont des germes opportunistes.

Aujourd’hui, et en raison de leur résistance à une large variété d’antibiotiques, elles sont les
agents responsables d’infections nosocomiales sévères et d’épidémies qui peuvent entrainer
de grandes difficultés de prise en charge pour les patients, avec des situations d’impasse
thérapeutique 28 .

Face à cette épidémie qui évolue à bas bruit et constitue une menace majeure pour la
santé publique, une mobilisation déterminée et durable de l’ensemble des acteurs impliqués
est indispensable.

Dans ce contexte, le but principal assigné à ce travail est basé sur deux aspects : le
premier est l’identification de souches isolées à partir d’échantillons provenant du milieu
hospitalier et le deuxième est l’étude de la sensibilité des souches isolées vis-à-vis de certains
antibiotiques utilisés en thérapeutique.

Sept souches isolées sont retenues pour cette étude. Les résultats de l’identification
ont révélés que la fréquence des bactéries responsables d’infections est dominée par la famille
des Enterobacteriaceae avec E. coli au premier rang, suivie d’Enterobacter Spp pour les
urines et Proteus spp pour l’éjaculat. Les deux souches isolées à partir des surfaces
hospitalières appartiennent également à la famille des Enterobacteries aux genres Klebsiella et
Enterobacter.
La technique de diffusion en gélose utilisée pour l’étude de la résistance de ses
souches a montré que toutes les souches étudiées présentent une résistance vis-à-vis de
l’amoxicilline et de l’association amoxicilline + acide clavulanique.

- Les souches E. coli, Klebsiella Spp et Enterobacter Spp sont fortement sensibles à la
céfotaxime, la cefoxitine, l’amikacine et la colistine.
- Proteus spp qui est naturellement résistante à la colistine s’est avéré résistante à la moitié
des antibiotiques de la famille des bêta-lactamines utilisés, nos résultats montrent qu’elle a
probablement acquis une résistance vis-à-vis des antibiotiques de cette dernière famille,
auxquels elle était naturellement sensible.
- Une souche E. coli qualifiée de multirésistante, isolée chez un patient à partir des urines, a
été identifiée. Elle présentait une particularité remarquable puisque elle avait résisté à toutes
les classes d’antibiotiques testés. Ce cas doit être signalé pour permettre ainsi aux équipes

33
 Conclusion

soignantes de le prendre en charge dans les meilleures conditions et d’éviter la transmission

nosocomiale de ce germe qui représente une véritable menace pour la santé publique.

Notre travail reste préliminaire et l’étude des mécanismes de résistance nécessite le

recours à des techniques avancées de biologie moléculaire.

En fin, une étude régulière des isolats et la détermination des sensibilités aux
antibiotiques semblent êtres nécessaires pour mieux guider l’antibiothérapie et préserver
l’efficacité des antibiotiques.

34
 Références bibliographiques

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41[Link]
 Annexes

ANNEXES
Annexe 1:Composition des milieux d’isolement

- Gélose nutritive
Extrait de viande……………………………………………………………………………01g
Extrait de levure…………………………………………………………………………….02g
Peptone……………………………………………………………………………………...05g
Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g
Agar…………………………………………………………………………………………15g

Eau distillée : 1000 ml

pH = 7,4

-Gélose Chapman
Peptones…………………………………………………………………………………11,0g/l
Extrait de viande………………………………………………………………………… .1,0g/l
Chlorure de sodium………………………………………………………………………...75g/l
Mannitol……………………………………………………………………………………10g/l
Rouge de phénol………………………………………………………………………..0,025g/l
Agar……………………………………………………………………………………...15,0g/l

pH=7, 4

-Gélose au chocolat

Peptone trypsique de caséine………………………………………………………….....7,5 g /l

Peptone pepsique de viande……………………………………………………………..l7,5 g/l
Amidon de maïs…………………………………………………………………………….1 g/l
Hydrogénophosphate de potassium ……………………………………………………… 4 g /l
Dihydrogénophosphate de potassium……………………………………………………….1g/l
NaCl…....................................................................................................................................1g/l
Hémoglobine……………………………………………………………………………….10g/l
Agar………………………………………………………………………………………..15g/l

pH=7, 2

- Gélose Hektoen

Protéose-peptone....................................................................................................................12 g
Extrait de levure………………………………………………………….............................03 g
Lactose……………………………………………………………………….......................12 g
Saccharose……………………………………………………………………......................12 g
Salicine……………………………………………………………………….......................02 g
Citrate de fer III et d'ammonium...........................................................................................1,5g
Sels biliaires……………………………………………………………...............................09 g
Fuchsine acide………………………………………………………...................................0,1 g
Bleu de bromothymol........................................................................................................0,065 g
Chlorure de sodium……………………………………………………………………........05 g
 Annexes

Thiosulfate de sodium............................................................................................................05 g
Agar........................................................................................................................................14 g

Eau distillée : 1000 ml

pH = 7,5

Annexe 2 : Composition du milieu utilisé pour l’antibiogramme.

- Gélose Mueller-Hinton
Infusion de viande de bœuf…………………………………………………………........300ml
Peptone de caséine………………………………………………………………………..17,5g
Amidon de maïs……………………………………………………………………………1,5g
Agar…………………………………………………………………………………………17g

Eau distillée : 1000 ml

pH = 7,4

Annexe 03 : Composition des milieux utilisés pour l’identification biochimique.

- Milieu TSI
Peptones de caséine…………………………………………………………………………15g
Peptones de viande………………………………………………………………………….05g
Extraits de viande…………………………………………………………………...............03g
Extrait de levure…………………………………………………………………………….03g
Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g
Lactose……………………………………………………………………………...............10g
Saccharose…………………………………………………………………………………..10g
Glucose……………………………………………………………………………………...01g
Citrate de fer III et d'ammonium…………………………………………………...............0,5g
Thiosulfate de sodium……………………………………………………………...............0,5g
Rouge de phénol…………………………………………………………………………0,024g
Agar…………………………………………………………………………………………12g

Eau distillée : 1000 ml

pH = 7,4

-Milieu Urée Indole

Urée…………………………………………………………………………………………2,0g
L-tryptophane………………………………………………………………………………0,3 g
KHPO4 ……………………………………………………………………………………..0,1 g
KH2PO4……………………………………………………………………………………..0,1g
NaCl………………………………………………………………………………………..0 ,5g
Alcool à 95 °C………………………………………………………………………….......1,0 g
Rouge de phénol à 1 %.......................................................................................................0,25 g
 Annexes

Eau distillé : 100 ml

pH=7

- Milieu citrate de Simmons

Citrate de sodium……………………………………………………………………...........02 g
Bleu de bromothymol…………………………………………………………………….0,08 g
Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g
Sulfate de magnésium……………………………………………………………………...0,2 g
Hydrogénophosphate de potassium………………………………………………………...01 g
Dihydrogénophosphate d'ammonium……………………………………………………….01g
Agar…………………………………………………………………………………………15 g

Eau distillée : 1000 ml

pH = 6,9
Figure 1. Diffusion des gènes de résistance aux antibiotiques 37.

9
Figure 2. Les différents mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques 16 

9
Figure 4: les principales cibles des antibiotiques 39.

9
 Figure 6: l’antibiogramme 17.

Figure 7 : Disposition des disques d’antibiotiques sur Mueller Hinton

9
Figure 8 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’E. coli du patient 1

Figure 9 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’Enterobacter sp du patient 2

Figure 10: Résultats de la galerie biochimique et de l’ antibiogramme d’E. coli du patient 3

Figure11 : Résultats de la galerie biochimique et de l’antibiogramme d’E. coli du patient 4

9
Figure 12 : Résultats de Galerie biochimique et antibiogramme de Proteus sp du patient 5

Figure 13: Résultats de Galerie biochimique et antibiogramme de Klebsiella sp

Figure14 : Résultats de Galerie biochimique et antibiogramme Enterobacter sp

9
Figure 3. Voies de disséminations potentielles des bactéries résistantes et des gènes de
Résistance 11.

9
Résumé

Notre travail porte sur l’identification et l’étude de la résistance aux antibiotiques de

souches bactériennes, isolées du milieu hospitalier.

Cette étude qui a eu lieu au laboratoire Dr Bellil situées El’khroub-Constantine durant

une période de15 jours, nous a permis de collecter 50 échantillons provenant de patients
hospitalisées dans l’hôpital d’El’khroub dont 05 positifs (présentent les signes d’une
infection). Deux prélèvements effectués sur des surfaces (chariot de soins, passe) du service
de médecine interne ont été également retenus.

Les souches identifiées par galerie classique appartiennent toutes à la famille des
Enterobacteriaceae avec E. coli au premier rang, suivie d’Enterobacter Spp. Proteus spp et
Klebsiella Spp.

Les résultats du test de la sensibilité de ses souches à certains antibiotiques utilisés en

thérapeutique, confirment l’importance croissante de la résistance et la multirésistance de ses
souches aux antibiotiques et surtout aux bêta-lactamines d’où l’importance d’un suivi
régulier de cette évolution.

Mots-clés : résistance bactérienne, multirésistance bactérienne, antibiotique, bactérie

hospitalière, milieu hospitalier.
Abstract

Our work focuses on the identification and study of antibiotic resistance of bacterial

strains isolated from hospital.

This study took place in laboratory Dr Bellil in El’khroub Constantine during a period

of15 days, we were able to collect 50 samples from patients hospitalized in the hospital of

El’Khroub with 05 positive (showing signs of infection). Two samples taken from surfaces

(carriage care, passes) of the internal medicine department were also retained.

The strains identified by conventional gallery all belong to the family Enterobacteriaceae

with E. coli at the forefront, followed by Enterobacter spp, Proteus spp and Klebsiella spp.

The test results of the sensitivity of this strains to some antibiotics used in therapy,

confirming the growing importance of the resistance and the multiresistance of its strains to

antibiotics and especially beta-lactam hence the importance of regular monitoring of these

developments.

Key-words: bacterial resistance; bacterial multirésistance ; antibiotics ; hospital’s bacteria

 ‫الملخص‬

‫‪ .‬يزكز عًهنا عهى ذحذيذ ودراسح يقاويح انسالالخ انثكريزيح انًعزونح ين انًسرشفى نهًعاداخ انحيىيح‪.‬‬
‫ذًد هذه انذراسح في يخرثز انذكرىر تهيم انكائن تانخزوب قسنطينح خالل فرزج ‪ 15‬يىو كنا قادرين ين خالنها عهى جًع‬

‫‪50‬عينح ين انًزظى في يسرشفى انخزوب ين تينها ‪05‬حاالخ ايجاتيح وانري ذظهزعهيهاأعزاض االنرهاب‪ .‬ذى أيعا أخذ‬

‫عينرين ين أسطح عزتح انعالج و يقثط انثاب انراتعح نقسى انطة انثاغني‪.‬‬

‫انسالالخ انًعىيح يع ‪ [Link]‬في انطهيعح‬ ‫انسالالخ انًحذدج تىاسطح‪ la galerie classique‬كهها ذنرًي إنى عائهح‬

‫ذهيها ‪ Proteus spp .Enterobacter Spp‬و‪.Klebsiella Spp‬‬

‫نرائج اخرثار حساسيح هذه انسالالخ نثعط انًعاداخ انحيىيح انًسرخذيح في انعالج ذأكذ عهى األهًيح انًرزايذج نهًقاويح‬
‫وانًقاويح انًرعذدج نهذه انسالالخ نهًعاداخ انحيىيح وخصىصا نهثيرا الكرايين ‪ ،‬وين هنا ذأذي أهًيح انزصذ انًنرظى نهذه‬
‫انرطىراخ‪.‬‬

‫الكلمات المفتاحية ‪ :‬انًقاويح انثكريزيح‪ ،‬انًقاويح انثكريزيح انًرعذدج‪ ،‬انًعاداخ انحيىيح‪ ،‬تكريزيا انًسرشفياخ‬
 Année universitaire : 2015/2016 Présenté par : MESKINE AMINA
BENABDELKADER LINA

Etude de la résistance et la multirésistance aux antibiotiques de souches isolées

du milieu hospitalier

Mémoire de fin de cycle pour l’obtention du diplôme de Master en Microbiologie générale

et biologie moléculaire des microorganismes
Résumé

Notre travail porte sur l’identification et l’étude de la résistance aux antibiotiques de souches

bactériennes, isolées du milieu hospitalier.

Cette étude qui a eu lieu au laboratoire Dr Bellil sis El’khroub-Constantine durant une période de15

jours, nous a permis de collecter 50 échantillons provenant de patients hospitalisées dans l’hôpital

d’El’khroub dont 05 positifs (présentent les signes d’une infection). Deux prélèvements effectués sur des

surfaces (chariot de soins, passe) du service de médecine interne ont été également retenus.

Les souches identifiées par galerie classique appartiennent toutes à la famille des Enterobacteriaceae

avec E. coli au premier rang, suivie d’Enterobacter Spp. Proteus spp et Klebsiella Spp.

Les résultats du test de la sensibilité de ses souches à certains antibiotiques utilisés en thérapeutique,

confirment l’importance croissante de la résistance et de la multirésistance de ses souches aux

antibiotiques et surtout aux bêta-lactamines d’où l’importance d’un suivi régulier de cette évolution.

Mots clés : résistance bactérienne, multirésistance bactérienne, antibiotiques, bactéries hospitalières,

milieu hospitalier
Laboratoire de recherche : Laboratoire d’analyse Dr : Bellil El’khroub Constantine
Jury d’évaluation :
Président du jury : AIT ABDELOUAHEB . N (Maitre assistante - UFM Constantine).
Rapporteur : LEBAD BOULTIFAT . L (Maitre assistante - UFM Constantine).
Examinateur : MEZIANI .M (Maitre assistante - UFM Constantine).

Date de soutenance : 21/06/2016