Microbiologie

sous-discipline de la biologie consacrée à l'étude des

micro-organismes

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Microbiologie
:
 Sous- Biologie,
classe science exacte
de
Pratiqué Microbiologiste
par
Champs Bactériologie
virologie
protistologie

La microbiologie est un domaine des sciences appliquées

qui a pour objet les micro-organismes et les activités qui les
caractérisent. Plus spécifiquement, la microbiologie se
consacre à l'identification et à la caractérisation des micro-
organismes ; à l'étude de leur origine et de leur évolution ; à
définir leurs caractéristiques, les produits de leurs activités
et leurs besoins ; et à comprendre les relations qu’ils
entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou
artificiel.

Les micro-organismes appartenant à trois règnes

présentant une structure cellulaire eucaryote ou procaryote,
ou qui est eucaryote, et qui est caractérisé par
l'unicellularité, une taille microscopique ou
ultramicroscopique, un potentiel métabolique et de
reproduction, l'omniprésence et l'abondance[1]. Les micro-
organismes sont répartis en cinq groupes[1] : les algues, les
protozoaires, les mycètes, les bactéries, les virus et les
:
 prions. Les bactéries sont classées parmi les monères. Les
algues unicellulaires font partie des protistes procaryotes et
eucaryotes. Les champignons unicellulaires, les lichens et
les protozoaires sont des protistes eucaryotes. Les virus et
les prions sont des acaryotes (soit sans organisation
cellulaire).

On parle aussi maintenant de « microbiologie

moléculaire », dans le domaine des biotechnologies
notamment[2].

Historique

Sculpture à Lille, en hommage à Louis Pasteur, au lieu précis où il a effectué ses recherches qui mèneront à la compréhension de la
microbiologie actuelle.

Dès l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux

transmissibles invisibles à l'œil nu.

1546 : Jérôme Fracastor impute la transmission des

:
 maladies à des germes vivants, qu'il appelait
« seminaria ».
1665 : Robert Hooke montre les structures de
reproduction des moisissures et est donc le premier à
décrire des micro-organismes.
1668 : Francesco Redi (expérience de Redi sur l'origine
des asticots) démontre le principe de la biogénèse qui
remet en cause la théorie de la génération spontanée.
1677 : Découverte des bactéries par le microscopiste
hollandais Antoine van Leeuwenhoek.
1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la
première fois le terme bactérie.
1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose
une « théorie des germes » pour les maladies.
1857-1876 : Louis Pasteur (doyen de la faculté des
sciences de Lille) met en évidence les rôles des micro-
organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il
développe les techniques de pasteurisation et de
stérilisation lui permettant la mise en place de cultures
pures de micro-organismes. La possibilité de culture a
permis de démontrer que la génération spontanée était
une aberration.
1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des maladies
:
 sont la conséquence de la présence de ces micro-
organismes. Premières recherches systématiques sur
l'origine de certaines maladies, ainsi que la vaccination
(connue depuis Edward Jenner pour la variole - maladie
virale).
1873-1882 : Robert Koch met en évidence le bacille
responsable de la tuberculose (Mycobacterium
tuberculosis). Koch a établi les règles (toujours utilisées)
qui permettent de démontrer rigoureusement qu'une
bactérie donnée est à l'origine d'une infection.
1884 : Hans Christian Gram développe une technique de
coloration qui est la plus utilisée dans l'étude et la
classification des bactéries en deux grands groupes : les
bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif.
1912 : Paul Ehrlich découvre le premier traitement
efficace (dérivé d'arsenic) contre la syphilis. C'est la
première fois qu'on traite avec un agent
chimiothérapeutique une maladie bactérienne.
1917 : Découverte des bactériophages par Frederick
Twort et Félix d'Hérelle.
1928 : Frederick Griffith découvre la transformation
bactérienne et établit les fondements de la génétique
moléculaire.
:
 1929 : Alexander Fleming découvre les propriétés
antibactériennes de la pénicilline produite par Penicillum.
L'humanité entre dans l'ère des antibiotiques.
1944 : Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un
autre antibiotique: la streptomycine qui sera bientôt
utilisée contre la tuberculose.
1960 : François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et
Jacques Monod proposent le concept d'opéron pour le
contrôle de l'expression des gènes bactériens.
1977 : Carl Woese étudie l'ARN ribosomique pour
découvrir une troisième forme de vie, les Archaea,
distincte génétiquement des bactéries et des eucaryotes.
1986 : En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus
aquaticus, Kary Mullis invente la technologie de PCR
(Polymerase Chain Reaction). La technique de PCR est
devenue l'outil de base de la biologie moléculaire.
1995 : Séquençage complet du premier génome
bactérien (Haemophilus influenzae) par Craig Venter et
ses collègues du TIGR. La microbiologie entre dans l'ère
de la génomique.
2006 - 2020 : Emmanuelle Charpentier et Jennifer
Doudna découvre, dans des bactéries, le système
CRISPR-Cas9.
:
 Organismes étudiés

Procaryotes

Les procaryotes Prokaryota ou Prokarya), du grec pro

(avant) et caryon (noyau), sont des organismes dont la
cellule ne possède pas de noyau cellulaire ni d'autres
organites, ils appartiennent à au moins deux taxons
distincts :

les archéobactéries ou archées sont un groupe

particulier, car il ne comprend essentiellement que des
espèces anaérobies (n'ayant pas besoin d'oxygène, voire
souvent ne tolérant pas l'oxygène), vivant dans des
environnements extrêmes : on parle d'organisme
extrémophile. Les environnements extrêmes sont à la
limite des conditions tolérées par les cellules biologiques
(milieu salin très acide ou très alcalin, milieu à
température proche de l'ébullition). Les archéobactéries
ne sont pas que des extrémophiles, ce sont aussi des
organismes plus communs qui vivent dans des
conditions de vie classique comme les marais ou les
rumens des ruminants. Il ne faut pas associer
systématiquement archéobactéries à des organismes
extrêmes même si on retrouve parmi eux la plupart des
:
 extrémophiles ;
on retrouve les eubactéries dans notre quotidien : sol,
nourriture, etc. Ce sont les bactéries les plus connues.
Cependant certaines eubactéries sont aussi
extrémophiles.

Ces micro-organismes ont des mécanismes pour résister à

ces conditions.

Eucaryotes

Les eucaryotes ont un système membranaire interne

enfermant des organites (noyau, plaste, mitochondrie, etc.) ;
ils présentent un cytosquelette interne (actine, tubuline)
absent chez les procaryotes, qui leur confère une taille
souvent plus importante que les procaryotes.

On estime que chaque groupe d'eucaryotes a eu un ancêtre

parmi les procaryotes (archéobactéries ou eubactéries), et
que les mitochondries (et peut-être aussi d'autres organites
comme les chloroplastes) présents dans le cytoplasme des
eucaryotes actuels ont aussi eu au moins un ancêtre
procaryote distinct qui aurait colonisé cette ancienne
bactérie pour vivre en symbiose (endosymbiose) avec elle
et former tous les eucaryotes qui ne peuvent plus vivre sans
:
 elles.

En effet, on retrouve dans les mitochondries un

cytosquelette interne spécifique, une structure
membranaire externe complexe, un matériel génétique
interne spécifique logé dans une zone plasmique appelée
proto-noyau (dépourvu de membrane mais tout de même
structurée), même si les mitochondries ne peuvent se
multiplier seules sans le concours de la cellule hôte (les
mitochondries auraient perdu leurs facultés de reproduction
qui ne leur étaient plus nécessaires, puisque la cellule hôte
leur fournit pratiquement tout le matériel nécessaire à leur
croissance et leur division).

Algues

Contrairement aux champignons et aux protozoaires, les

algues ont des pigments chlorophylliens leur permettant de
réaliser la photosynthèse.

Elles sont donc des organismes vivant immobile et

autotrophes.

Les algues sont présentes dans le sol, les plantes, l'eau

douce et l'eau de mer.
:
 Le mot « algue » n'a pas de sens d'un point de vue
phylogénétique, c'est-à-dire que l'ancêtre commun à
toutes les algues est celui des eucaryotes.

Champignons

Les champignons sont présents dans le sol, plantes, débris

végétaux, lichen, parasites de l'homme, des animaux et des
plantes.

Remarque : une levure, eucaryote unicellulaire, est un

champignon. Il existe de nombreuses espèces de
levures comme Saccharomyces cerevisiae (levure de
boulangerie), la famille des Candida (responsables des
candidoses), Rhodotorula (parfois retrouvée dans la
choucroute qu'elle colore en rouge),
Schizosaccharomyces, etc.

Les champignons sont « absorbotrophes » : ils se

nourrissent par absorption. Ils sécrètent des enzymes qui
digèrent des polymères dans le milieu extérieur, ce
mécanisme chimique transforme par exemple les glucides
en monomères (petites molécules) qui sont ainsi absorbés.

Les champignons constituent un groupe biphylétique, car

une partie d'entre eux, les eumycètes, appartiennent aux
:
 opistocontes, et une autre, les oomycètes, aux
hétérocontes.

Taille des micro-organismes

Comme signalé au début, les micro-organismes sont de
très petite taille (d'où leur nom) :

procaryotes (bactéries) : de l'ordre de 0,5 à 3 µm (pour la

largeur), pas de limite en longueur ; le pouvoir de
résolution de l'œil humain est de 100 µm (10−4 m soit
0,1 mm), ces micro-organismes sont donc tous invisibles
à l'œil nu ;
eucaryotes : très variable, de 2 à 200 µm (pour la largeur),
pas de limite en longueur ; certains eucaryotes sont
visibles à l'œil nu (notamment les algues), d'autres ne
sont visibles que sous forme d'agrégats (cas des
champignons, dont les parois plasmiques émettent des
filaments sur une grande longueur relativement à leur
taille). Tous les eucaryotes ne s'agrègent pas ainsi
(notamment les protozoaires, invisibles à l'œil nu).

Le rapport surface sur volume est directement influencé par

la taille : si l'on considère une forme simple telle que la
sphère, la surface est proportionnelle au carré de la taille (
  avec   le rayon de la sphère), alors que le volume
:
 est proportionnel au cube de la taille ( ), le rapport
 

surface/volume est donc inversement proportionnel à   (

 

).

Ceci conditionne la vitesse à laquelle le micro-organisme se

nourrit : la nourriture passe à travers la membrane
plasmique, donc la vitesse d'absorption est proportionnelle
à la surface, mais la quantité à nourrir est proportionnelle au
volume. La vitesse à laquelle entrent et sortent les
nutriments et les déchets est donc inversement
proportionnelle à la taille. Donc plus la bactérie est petite,
plus elle va pouvoir se nourrir à grande vitesse. Elle
compense sa petite taille par une multiplication à très
grande vitesse (taux de croissance très rapide).

Culture des micro-organismes

Richesse du milieu

Les micro-organismes ont besoin :

d'une source d'énergie ;

pour les chimiotrophes, elle provient de la
:
 dégradation de composés chimiques (par exemple
du glucose),
pour les phototrophes, de la lumière ;
d'une source de carbone ;
pour les autotrophes, il suffit de CO2 atmosphérique
(carbone minéral),
pour les hétérotrophes, elle provient de molécules
organiques (CH4, oses, etc.) ;
de macroéléments (ainsi appelés en raison de leur
concentration dans le milieu de culture) : C, H, O, N, S, Na,
Mg, P, K. Les éléments carbone, azote, phosphore doivent
être présents aux proportions 100/10/1 pour un milieu
correct ;
de microéléments : Cu, Co, Zn, Cl, Fe, etc. ;
d'une source d'azote, d'origine minérale (sel
d'ammonium) ;
de facteurs de croissance pour les auxotrophes :
vitamines, acides aminés, bases azotées. Les bactéries
prototrophes sont celles qui n'ont pas besoin de facteur
de croissance ;
de dioxygène (oxygène moléculaire) pour les aérobies
strictes, ou d'absence de dioxygène pour les anaérobies
stricts ; pour ces derniers micro-organismes, le peroxyde
:
 d'hydrogène (H2O2) formé par la réaction entre l'O2 et
l'H2O les empoisonnent, car ils ne possèdent pas une
catalase dégradant H2O2, à l'inverse des individus
aérobies. Il existe également des micro-organismes
aérobies facultatifs capables de se multiplier en présence
ou en l'absence d'oxygène grâce à leur capacité à utiliser
la fermentation et des bactéries microaérophiles qui ne se
développent qu'à une certaine pression en dioxygène ;
de facteurs physico-chimiques :
pour le facteur température, on distingue trois
catégories de micro-organismes selon leur optimum
de croissance. Les psychrophiles ont leur optimum à
15 °C, les mésophiles à 37 °C, les thermophiles à
65 °C. Il faut descendre au-delà de −18 °C pour
arrêter toute croissance microbienne. À 3 °C, il y a
peu de risques lié aux bactéries pathogènes
(mésophiles, donc virulentes à la température du
corps) ou toxinogènes, seules quelques bactéries
vivant à ces températures peuvent être dangereuses
(listéria),
pour le facteur pH, on considère que les bactéries
préfèrent la neutralité excepté pour les bactéries
lactiques. Pour les levures et moisissures, le pH
optimum est plus acide (pH=5).
:
 Diversité du milieu de culture

On distingue deux sortes de milieux de culture :

synthétiques : milieux dont on peut donner la

composition chimique complète. Les milieux
synthétiques sont utilisés en recherche fondamentale ;
empiriques : milieux dont on ne connaît que partiellement
la composition.

et parmi ces deux types de milieux, il existe des milieux

sélectifs (qui vont permettre de sélectionner le type de
micro-organismes qui pourront s'y multiplier). On peut ainsi
choisir de ne laisser se développer qu'un genre de bactérie
donné (ex. : milieu mFC pour les coliformes fécaux ou
gélose au sang pour certains pathogènes) ou au contraire
de favoriser le développement des levures-moisissures en
ajoutant un antibiotique au milieu. La température à laquelle
on incubera les milieux inoculés constitue également un
facteur de sélection comme mentionné plus haut.

Les milieux de culture peuvent contenir des extraits de

levure (cellules de levure déshydratées et lysées) qui
fournissent une source d'acides aminés, de vitamines et
d'azote, des extraits de malt apportant une source de
carbone, des peptones (protéines animales, de poisson, de
:
 caséine de lait) source d'azote organique qui intéresse les
individus hétérotrophes.

Ces milieux sont soit liquides, soit solides. Pour solidifier le

milieu on utilise fréquemment la gélose ou agar-agar, un
polymère de sucre tiré d'une algue rouge présentant la
propriété de former avec l'eau un gel solide si la
température est inférieure à 60 °C.

Méthodes

Challenge test

Un challenge test est une technique permettant de

démontrer l'efficacité anti-microbienne (bactériostatique ou
bactéricide) d'une substance donnée (produits
pharmaceutiques, cosmétiques ou agroalimentaires par
exemple).

Cette technique consiste à inoculer une quantité connue de

différents germes microbiens (bactéries, levures,
moisissures, etc.) dans la substance à tester, puis de
dénombrer ces germes à diverses échéances.

Ce test permet notamment de valider la date limite de

consommation (DLC) ou la date limite d'utilisation optimale
:
 (DLUO) d'un produit.

Stérilisation

La stérilisation est l'opération qui consiste à éliminer les

micro-organismes d'un objet et ce, de manière durable. En
microbiologie, le but de la stérilisation est d'une part
maîtriser les micro-organismes introduits dans le milieu
d'étude, et d'autre part éviter la contamination du milieu
extérieur et des personnes (voir aussi l'article sur l'hygiène).

Il existe trois façons pour stériliser un milieu de culture. Une

destruction par la chaleur, par une méthode de filtration ou
par l'emploi de radiation et d'agent chimique (gaz).

Chaleur

On distingue les procédés à chaleur « sèche » ou

« humide ».
:
  

Zone de stérilité d'un bec Bunsen.

chaleur sèche :
bec Bunsen : tout l'air qui se trouve dans un globe
virtuel de quinze centimètres de rayon de la flamme
d'un bec Bunsen, est passé une fois dans la flamme.
Ceci crée une enceinte fictive stérile. Les
microbiologistes travaillent avec une flamme
oxydante qui crépite,
« four Pasteur » ou « four Poupinel » : c'est un four
classique utilisé à 180 °C pendant 90 minutes au
minimum. Il est moins efficace que l'autoclave (et
consomme plus d'énergie)[3].
chaleur humide :
autoclave : son principe est de faire bouillir de l'eau
dans une enceinte hermétiquement close pour
augmenter la pression et donc dépasser les 100 °C
d'ébullition (principe de l'autocuiseur). Ceci est
réalisé à 134 °C pendant dix-huit minutes.
:
 Cas particuliers : la pasteurisation et tyndallisation

La pasteurisation est un procédé pour la conservation des

aliments par lequel un aliment est chauffé à une
température définie pendant une période de temps définie
avant d'être refroidi rapidement. Les températures de
pasteurisation varient entre 70 °C et 85 °C. Cette technique
ne détruit qu'une partie de la flore bactérienne. Ce n'est, en
aucun cas, une technique de stérilisation.

La tyndallisation est une série de chauffages brefs à des

températures de 70 °C à intervalles réguliers (trois
chauffages d'une heure, vingt-quatre heures entre deux
chauffages), ceci afin de laisser aux formes résistantes la
possibilité de germer pour les tuer au chauffage suivant. Par
exemple, la destruction des germes pathogènes du lait se
fait par un cycle de 63 °C pendant trente minutes suivie de
73 °C pendant quinze minutes.

L'ébullition n'est pas une méthode de stérilisation. Les

formes sporulées des bactéries peuvent résister jusqu'à
huit heures trente à 100 °C.

Filtration

La filtration est une technique qui consiste à faire passer un

:
 liquide à travers un filtre dont les pores ont un diamètre de
0,2 µm ; les micro-organismes sont trop gros pour passer et
sont donc retenus par le filtre. Pour forcer ce liquide à
traverser le filtre, on utilise deux solutions :

mise en pression du liquide par l'intermédiaire d'un

piston ;
aspiration du liquide en créant par exemple une enceinte
dépressurisée de l'autre côté du filtre.

Cette technique est intéressante lors d'utilisation de

produits thermolabiles (c'est-à-dire qui ne résistent pas à la
chaleur) comme certains acides aminés aromatiques,
vitamines, hormones de croissance, acides nucléiques et
une bonne partie des antibiotiques. Cependant les filtres de
0,2 µm colmatent vite. On peut contourner ce problème en
augmentant la surface du filtre ou en utilisant un procédé de
filtration tangentielle.

Dans certains cas le filtre ayant servi à stopper les micro-

organismes peut être déposé sur un milieu de culture solide
afin de permettre la multiplication des germes, ceci dans le
but de procéder à leur dénombrement et à leur
identification.
:
 Radiation et agent chimique

Ces techniques sont utilisées par les industries dont

l'alimentaire. Elles sont très pénétrantes, car les radiations
et certains gaz traversent le plastique et tuent les micro-
organismes.

Les rayons ultraviolets ne sont cependant pas une bonne

technique de stérilisation, car ils sont non pénétrants, donc
ils ne passent pas au travers de matériaux comme le
plastique et le verre. De plus certains micro-organismes
sont capables de réparer les dommages infligés par les
ultraviolets si le produit est éclairé après application de
rayons ultraviolets ; c'est le phénomène dit « de photo-
réparation ».

On peut dans certains cas utiliser le rayonnement gamma,

beaucoup plus pénétrant et puissant que les ultraviolets.

Notion de culture pure

Technique des stries

Elle est basée sur la notion d'UFC (unité formant une

colonie). Chaque unité cellulaire (une cellule, un groupe de
cellules ou un morceau d'hyphe) va donner une colonie.
:
 Sur un milieu de culture, il y a formation d'un monticule de
bactéries ou de levures avec une forme particulière (la
colonie). La forme de ce monticule est déterminée par
l'organisation de la colonie, qui elle-même est déterminée
génétiquement. Les champignons vont, eux, développer un
thalle c'est-à-dire ce que l'on peut par exemple observer
sur les confitures ayant « moisi. L'UFC est utilisée aussi
pour le dénombrement bactérien en utilisant des cultures
sur boîte à partir de tubes préparés par dilutions en
cascades de la suspension bactérienne mère.

L'observation macroscopique de l'aspect des colonies

permet de différencier les colonies de bactéries
contaminantes de celles qu'on cherche à isoler.

Technique de suspension dilution

Cette technique sert à évaluer le nombre de micro-

organismes qui se trouvent dans un milieu liquide (eau de
puits, boissons, eau de piscine, etc.) ou dans un milieu
solide (sol, aliments, etc.). Elle peut aussi servir à isoler une
souche pure à partir d'un mélange.

Il s'agit simplement d'une suite de dilutions suivie d'un

prélèvement d'un aliquot qui sera étalé sur un milieu de
:
 culture qui pourra être sélectif ou non. Il suffira ensuite de
compter le nombre de colonies, et connaissant le volume de
l'aliquot (en général un millilitre sur une boîte), on en déduira
la quantité approximative de bactéries dans le milieu (on
considère qu'un UFC correspond à une bactérie).

Identification des bactéries

L'identification des bactéries se fait suivant une clé
dichotomique qui va des caractères les plus vastes aux plus
pointus pour aboutir à une espèce bactérienne donnée.

Critères morphologiques

L’étude de la morphologie bactérienne est le premier acte

effectué par un laboratoire de diagnostic pour identifier une
bactérie. L'observation de la morphologie bactérienne
permet une orientation préliminaire du diagnostic.

Macroscopique

À l'œil nu, on peut distinguer les caractéristiques d'une

colonie :

la forme du relief (bombée, semi-bombée, plate) ;

la taille ;
:
 la couleur ;
l'aspect (collant, filamenteux, etc.) ;
l'odeur ;
la transparence (opaque, translucide) ;
l'allure des contours (régulier, dentelés) ;
la consistance ;
la pigmentation ;
aspect de la surface (lisse ou rugueuse).

Il existe trois grands types de colonies :

colonies de Type S (Smooth = lisse) : contours lisse et

réguliers, semi-bombée, surface brillantes, crémeuses ;
colonies de Type M (Muqueux) : contours lisse et
réguliers, très bombées, surface très brillantes, filantes ;
colonies de Type R (Rough = rugueux) : contours
irréguliers, plates rugueuses et mates, sèches.
Microscopique

État frais

L'état frais se fera avec une suspension de colonie qui ne

sera pas fixée sur la lame comme la coloration de gram mais
se fera avec une goutte de suspension entre lame et lamelle.
:
 Cette observation microscopique se fera à l'objectif x40
avec peu de lumière pour ne pas tuer les bactéries car le but
de cette observation est de voir leurs mobilités (on peut voir
aussi la morphologie mais cela se voit mieux en coloration
de gram).

Coloration de Gram

Les bactéries étant en général quasiment transparentes, on

commence par préparer un étalement (faire un frottis) sur
lame de microscope auquel on applique une coloration de
Gram. L'observation microscopique se fera à l'objectif x100
avec de l'huile à immersion. Les bactéries à Gram positif
apparaîtront mauves alors que celles à Gram négatif
apparaîtront roses. Il existe d'autres colorations, comme
celle au vert de malachite permettant de mettre en évidence
les formes sporulées. La coloration de Gram permet de
déterminer le type de paroi cellulaire.

Forme

La forme est extrêmement diverse au sein du monde

bactérien. Si on excepte les bactéries dépourvues de paroi
(Mycoplasmes), qui peuvent être très polymorphes, la
diversité est relativement restreinte pour les bactéries
d’intérêt médical et vétérinaire. Parmi celles-ci, on distingue
:
 principalement des formes sphériques (cocci), cylindriques
(bacille), spiralées (spirille), enroulées (spirochète) à
appendice bourgeonnant ou filamenteux.

Mode de groupement

Elles peuvent se regrouper en chaînes (Streptococcus,

Enterococcus, Lactococcus, etc.), en amas asymétriques
ou grappes (Staphylococcus), en amas cubiques réguliers
(sarcines), en palissades ou en paquets d’épingles
(Corynebacterium), etc. Le mode de groupement, à
condition de l’apprécier sur une culture jeune effectuée en
milieu liquide et de tenir compte de l’aspect prédominant,
est également un élément important pour orienter
l'identification.

Taille

Les plus petites bactéries ont une taille de 0,1 à 0,2 µm

(Chlamydia) alors que certaines ont un diamètre supérieur à
10 µm. La plus grande bactérie connue (Thiomargarita
namibiensis) peut atteindre un diamètre de 750 µm.

Présence de spores

Toutes les bactéries n'ont pas la possibilité de sporuler. Pour

:
 mettre en évidence les spores au microscope optique, il
suffit de les colorer au vert de malachite ou à l'encre de
Chine. Mais on peut les deviner à la coloration de Gram
(absence de coloration). Les spores sont présents chez les
Bacillus.

Mobilité

Les bactéries peuvent être équipées d'un ou plusieurs

flagelle(s) leur permettant de se déplacer. Les deux
mobilités les plus courantes sont la mobilité par ciliature
péritriche si la bactérie se déplace dans tous les sens, soit
par ciliature polaire si la bactérie part dans un seul sens.
Pour définir le mode de déplacement des bactéries, on parle
de chimiotactisme. La bactérie évoluant dans un milieu se
déplace selon des gradients de concentration pour se
rapprocher de sa « nourriture »

Certaine motilité dépende d'un mécanisme impliquant le

pilus de type IV et de plusieurs polysaccharides comme
chez la bactérie Myxococcus xanthus[4].

Capsule

La capsule est formée de polymères (polysaccharides ou

protides) disposés en couches à la périphérie de la bactérie.
:
 Celle-ci permet à la bactérie d'adhérer aux surfaces
(coloniser les surfaces) et d'échapper au système
immunitaire car les antigènes de surface sont recouverts
par la capsule qui les rend indétectables (pouvoir
pathogène).

Critères biochimiques

On identifie aussi une bactérie en observant si elle utilise tel

ou tel substrat. On la met donc en contact dans un milieu de
culture avec un glucide, ou un peptide, ou d'autres substrats
plus complexes — le test de l'oxydase par exemple utilise le
tétraméthyl-paraphénylènediamine. On peut révéler
l'utilisation de ce substrat par virage d'un indicateur de pH
car un glucide utilisé donne un produit acide, un peptide
donne un produit basique, etc.

Chaque famille de bactéries a des caractères propres, on

peut donc les rassembler facilement avec des
caractéristiques de base comme l'utilisation du glucose
avec ou sans oxygène, la réduction des nitrates, etc. Ensuite,
on dispose de galeries d'identifications biochimiques qui
sont parfois vendues par des sociétés spécialisées. Ces
tests sont assez longs, de un à deux jours.
:
 Critères génétiques

On peut citer des techniques de génie génétique comme :

la PCR (Polymerase Chain Reaction) pour cibler un gène

présent uniquement chez une famille ou un genre
bactérien par réhybridation spécifique de courtes
séquences d'ADN (oligonucléotides amorces)
synthétiques précises ;
les puces à ADN qui utilisent le même principe mais
ayant une précision allant jusqu'à la souche même.

Systématique bactérienne

La systématique permet d'identifier une souche

bactérienne inconnue grâce à différents examens et à
l'utilisation de milieux de culture spécifiques.

La coloration de Gram et les tests de la catalase et de

l'oxydase permettent de déterminer la famille. Des milieux
de cultures spécifiques permettent d'arriver au genre et à
l'espèce. Des examens supplémentaires tels que le
sérogroupage peuvent être utilisés dans certains cas.

Coques à Gram positif et catalase positive

Famille des Micrococcaceae

:
 Genre Micrococcus
Famille des Staphylococcaceae
Genre Staphylococcus
Coque à Gram positif et catalase négative

Famille des Streptococcaceae

Streptocoques des groupes Lancefield A, B, C, D
(Enterococcus), F et G
Coque à Gram négatif

Gram négatif regroupe les bactéries à paroi fine qui ne

retiennent pas le bleu de gentiane/cristal. Elles apparaissent
au microscope optique en rose après que l'on ajoute de la
fuchsine (genre neisseria, par exemple).

Bacille à Gram positif

Genre Bacillus
Genre Listeria
Genre Clostridium
Bacille à Gram négatif

Oxydase négative

Famille des Enterobacteriaceae :

:
 Genre des Salmonella
Genre des Escherichia
Sérogroupage des Escherichiae Coli
Sérogroupage des autres Escherichia
Genre Shigella
Genre Klebsiella
Genre Enterobacter
Genre Serratia
Genre Proteus
Genre Morganella
Genre Providencia
Genre Hafnia
Oxydase positive

Pseudomonas
Vibrio
Aeromonas

Agents antibactériens

Agents physiques

On peut citer les agents suivants :

:
 la chaleur : à partir de 65 °C, les protéines sont
dénaturées, cependant certains micro-organismes sont
capables de supporter des températures plus élevées ;
le pH : qu'il soit trop acide ou trop basique ;
les hautes pressions : à partir de 6 000 bar. Ainsi, c'est
avec un traitement par la pression que l'on stérilise les jus
de fruits produits en industrie ;
les UV : à une longueur d'onde voisine de 260 nm, ils
détruisent tous les micro-organismes. Peu efficaces à
travers les plastiques, ils sont utilisés pour stériliser l'air ;
les rayons gamma : comme les UV, ils sont très efficaces.
Ils peuvent traverser tous les plastiques et servent donc à
stériliser les instruments comme les fils chirurgicaux. Leur
utilisation a été tentée pour les produits alimentaires, sans
succès auprès du public.

Agents chimiques

Les agents chimiques utilisés se répartissent dans deux

catégories : antiseptiques et désinfectants. Les
antiseptiques sont utilisés pour l'élimination des micro-
organismes sur des tissus vivants ; les désinfectants quant
à eux sont utilisés sur des surfaces inertes.

Antibiotiques
:
 Article détaillé : Antibiotique.

Les antibiotiques sont des substances chimiques qui ont

une action spécifique avec le pouvoir de limiter la
prolifération de bactéries spécifiques. Elles sont dépourvues
de toxicité pour les autres cellules (champignons et autres
eucaryotes). Ces molécules peuvent avoir une action
drastique, c'est-à-dire bactéricide ; leur efficacité peut être
également limitée à empêcher le développement des
bactéries (on parle alors d'action bactériostatique).

Résistances aux antibiotiques

Article détaillé : Antibiotique > Les résistances aux
antibiotiques.

Croissance bactérienne
C'est le pouvoir ou la capacité des bactéries à augmenter
leur nombre ; il est en fonction du type de bactéries
(thermophiles, mésophiles, psychrophiles, psychrotrophes,
etc.) Quand des bactéries sont incubées dans un milieu
liquide adéquat, elles continuent généralement à se
multiplier de façon exponentielle jusqu'à ce qu'un facteur
nécessaire à leur croissance approche de l'épuisement et
:
 devienne limitant ou que des produits métabolites
inhibiteurs (acides organiques, alcools, ammoniaque, etc.)
s'accumulent exagérément. Cette culture, pratiquée sans
addition de nutriment ni élimination de déchets en cours de
croissance, s'appelle une culture en milieu discontinu ou en
batch qui constitue un système clos. Une culture de ce type
se comporte comme un organisme multicellulaire avec une
limitation de croissance génétiquement déterminée.

On peut représenter graphiquement la croissance d'une

culture de ce type en portant le logarithme du nombre de
cellules viables en fonction du temps. La courbe obtenue
pourra être divisée en six phases :

1. Phase de latence. C'est une période d'adaptation de la

souche à son nouveau milieu. Cette phase serait
inexistante si la souche était issue du même milieu de
culture ;
2. Phase d'accélération. Au cours de cette étape, il y a
synthèse active des enzymes ;
3. Phase de croissance exponentielle. Au cours de cette
phase, la bactérie croît à un taux constant maximal ;
4. Phase de ralentissement. Au cours de cette phase, le
milieu commence à s'épuiser : diminution de la
:
 concentration en nutriments, les déchets cellulaires
commencent à s'accumuler dans le milieu ;
5. Phase stationnaire. Au cours de cette phase, il y a
autant de bactéries qui se divisent que de bactéries
qui meurent ;
6. Phase de déclin. Au cours de cette phase, les
bactéries meurent à cause d'un manque de nutriment
et d'une accumulation trop importante de déchets que
la bactérie produit.

Diauxie

Courbe de croissance dans un milieu contenant deux glucides (ex. : I : utilisation du glucose et II : utilisation du lactose).

En présence de deux sources de carbone, les bactéries

exhibent une courbe de croissance biphasique. Ceci
s'explique par la consommation de la source de carbone la
plus facilement assimilable, puis une adaptation pendant
laquelle les enzymes permettant de dégrader la deuxième
source de carbone sont synthétisées, puis consommation
de la deuxième source de carbone (c'est le cas par exemple
:
 du milieu Kligler-Hajna. Sur ce milieu, la bactérie utilise le
glucose comme première source de carbone puis le lactose
comme second source de carbone lorsqu'il n'y a plus de
glucose). L'analyse de ce comportement a permis à
Jacques Monod de définir la notion d'opéron ; le plus connu
étant l'opéron lactose.

Notes et références
Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article
intitulé « Challenge test ([Link]
hp?title=Challenge_test&oldid=cur)  » (voir la liste des
auteurs ([Link]
nge_test&oldid=cur&action=history) ).
1. Le Grand Dictionnaire terminologique,
« microorganisme » ([Link]
[Link]?Id_Fiche=8367206)  [archive].
2. Accès vers un document de synthèse diffusé par
ADIT ([Link]
ts/smm07_035.htm)  [archive] (article du Pr Dr Axel
A. Brakhage, « Les bioproduits pharmaceutiques »,
p. 11/29, dans « Les biotechnologies blanches,
avancées et perspectives - Rencontre d'experts
franco-allemande », Berlin, 29 septembre 2006).
:
 3. Bonazzi, Florence (2005), L'hygiène au cabinet
médical des médecins généralistes : observation de
30 médecins de l'agglomération grenobloise
(Doctoral dissertation, université Joseph-Fourier).
4. (en) Salim T. Islam, Israel Vergara Alvarez, Fares Saïdi
et Annick Guiseppi, « Modulation of bacterial
multicellularity via spatio-specific polysaccharide
secretion », PLOS Biology, vol. 18, no 6, 9 juin 2020,
e3000728 (ISSN 1545-7885 ([Link]
org/issn/1545-7885&lang=fr) ,
PMID 32516311 ([Link]
,
PMCID PMC7310880 ([Link]
,
DOI 10.1371/[Link].3000728 ([Link]
, lire en ligne ([Link]
ticle?id=10.1371/[Link].3000728)  [archive],
consulté le 14 décembre 2020)

Voir aussi

Articles connexes

Microbiologie médicale
Bactériologie médicale
:
 Microbiologie alimentaire
Biohygiéniste
Culture microbiologique
Géomicrobiologie
Paléomicrobiologie
Collection française de bactéries phytopathogènes

Lien externe

Sélection de sites sur la microbiologie sur le web : Les

Signets de la Bibliothèque nationale de France ([Link]
[Link]/html/categories/c_570microbio.html)  [archiv
e]

Portail de la biologie
 
Portail de la microbiologie
 

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