UNIVERSITE AMAR TELIDJI – LAGHOUAT
DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
MODULE DE BIOCHIMIE
2ème année Sciences Biologiques 2022/2023
Série de TD N°5 : PEPTIDES
Exercice N°1 :
La carboxyméthylcellulose (CM-cellulose) est un support échangeur de cations (+), obtenu en
substituant la cellulose par des groupements carboxyméthyles (–CH2–COOH).
Soit les protéines suivantes :
Protéines pHi
Ovalbumine 4.6
Cytochrome c 10.65
Lysozyme 11
Quelles sont celles qui sont retenues par la CM-cellulose à pH 7 ?
Exercice N°2 :
Un polypeptide P nous donne après hydrolyse 7 acides aminés. Après l’action de l’aminopeptidase,
nous obtenons la Leucine ; Le BrCN aboutit à la formation d’un tripeptide A finissant par une
homosérine lactone et d’un tétrapeptide B. La réaction de réactif d’Edman sur B libère une PTH de
Gly ; La trypsine fragmente P en un pentapeptide contenant Phe et dipeptide C ; L’action du réactif
de Sanger sur C donne après hydrolyse la DNP-Sérine.
˗ Trouver la structure de P.
Exercice N°3 :
On procède au séquençage d'un polypeptide P. On obtient les résultats suivants :
a) Hydrolyse acide: (Ala4 , Val, Lys2 , Arg, Gly, Asp, Met, Pro, Trp)
b) Digestion à la carboxypeptidase : Lys
c) Traitement au dinitrofluorobenzène (DNFB): Val
d) Traitement au bromure de cyanogène : génération de deux peptides : peptide A : (Gly, Arg,
Trp, Asp, Lys, Ala) et peptide B: (Ala3 , Lys, Val, Met, Pro)
- Le traitement du peptide A au DNFB et carboxypeptidase donne :
DNFB: Gly Carboxypeptidase: Lys
e) Digestion à la trypsine : génère trois peptides:
Peptide C: (Lys, Trp, Ala), peptide D: (Ala3 , Val, Lys, Pro) et peptide E: (Met, Asp, Gly, Arg)
- Le traitement du peptide C au DNFB donne : DNFB: Trp
- Le traitement du peptide E au DNFB donne : DNFB: Met
- Le traitement du peptide D avec la thermolysine donne : Val, Ala, Ala, (Ala, Lys, Pro)
Quelle est la structure primaire de ce peptide ?
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DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
MODULE DE BIOCHIMIE
2ème année Sciences Biologiques 2022/2023
Exercice N°4 :
Après hydrolyse trypsique de la protéine L7 de la grande sous-unité ribosomale d’Escherichia coli,
on a notamment isolé un oligopeptide P, dont la composition en acides aminés est : Lys 1, Asx 1, Thr
1, Glx 1, Val 1, Leu 1, Ile 1, Phe 1. La charge nette de P est -1 à pH 6,5. Après action du chlorure de
dansyle sur P, puis hydrolyse acide, on identifie la dansyl-thréonine. La carboxypeptidase détache
successivement de P : Lys, Leu, Ile et Val. Quand P est hydrolysé par la chymotrypsine, on obtient
notamment un oligopeptide P’ dont la composition brute en acides aminés est Asx 1, Val 1, Leu 1,
Ile 1.
˗ Quelle est la séquence de P ?
Enzymes et réactifs utilisés en séquençage des protéines
ENZYMES « ENDOPEPTIDASES » SPECIFICITES
o Carboxypeptidase AA « C-Terminal »
o Aminopeptidase AA « N-terminal »
o Trypsine (C) LYS, ARG (sauf si PRO à droite)
o Chymotrypsine (C) PHE, TRP, TYR, (sauf si PRO à droite)
o Thermolysine (N) LEU, ILE, VAL, (sauf si PRO à gauche)
o Pepsine (N) PHE, TRP, TYR (sauf si PRO à gauche)
o Protéase staphylococcique
GLU, ASP
(Protéase V8) (C)
REACTIFS CHIMIQUES SPECIFICITES
o BrCN (C) Met (Homosérine lactone)
o β-Mercaptomethanol Pont disulfure Cys-S–S-Cys
o Cl-Dansyl « N-terminal » Dansyl-AA1 + AAn-1
o Sanger (DNFB) « N-terminal » DNP-AA1 + AAn-1
o Edman (PTC) « N-terminal » PTH-AA1 + AAn-1
NH2– AA1 AA2 AA3 AAn –COOH
Extrémité Extrémité
N-Terminal C-Terminal
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