REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

UNIVERSITE D’ALGER 1
FACULTE DE MEDECINE D’ALGER

LES ACIDES AMINES –PEPTIDES- PROTINES

STRUCTURE – PROPRIÉTÉS -METABOLISME

1ère année médecine /2021-2022
Dr .Z. OUABBOU
Maitre assistante en biochimie
CHU .Beni Messous
ou-Zakia @hotmail.fr
 CHAPITRE I : Les acides amines
I-1- Définition
I-2- Importance biologique
I-3-Nomenclature des acides aminés
I-4-Classification des acides amines naturels
I-4-1- Classification selon le radical R
I-4-2-Classification selon la polarité de la chaine latérale R à pH neutre
I-5-Les acides aminés essentiels
I-6-Les acides non α - amines
I-7-Propriétés physico chimiques des acides aminés
I-8-Méthodes d’étude des Acides aminés

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 I- Les Acides Aminés

❑Les Acides aminés sont les constituants fondamentaux des protéines.

❑Plus de 300 acides aminés ont été inventoriés . On distingue :

➢ Les 20 Aa naturel ou standard : qui sont incorporés dans les protéines

naturelles lors de la traduction.
➢ Les autres Aa, Les acides non α -aminés : Ils ne sont pas constitutifs
des protéines mais peuvent intervenir dans le métabolisme, ou comme
neurotransmetteurs

❑Les Aa sont Synthétisés par les animaux, les micro-organismes et les

végétaux.
❑Source :
- Exogène : apport alimentaire
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- Endogène : catabolisme des Protéines
 I-1-Définition
-Les acides aminées ou aminoacides sont
des molécules chimiques, qui possèdent deux
fonctions:
➢ Une fonction acide carboxylique COOH
➢ Une fonction amine primaire NH2

-Ces deux fonctions sont portés par un même

atome de carbone (noté α)
-Les AA différent par la nature de la chaîne
latérale R.
Remarque :Une exception la proline dont la
fonction amine est incluse dans un cycle .
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I-2- Importance biologique
Le rôle des acides aminés est multiple:
-Structurale : monomères des protéines.
-Energétique : substrats énergétiques.
-Métabolique : précurseurs de molécules d’intérêt
biologique ou intermédiaires métaboliques -Histidine et
histamine- .
- Fonctionnel :Certain ont des propriétés biologiques
importantes –glutamine et transmission de l’ influx
nerveux .
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I-3- Nomenclature des acides aminés : Codage des AA.
Pour nommer les acides aminés, on peut utiliser un code à 3 lettres ou un code à une lettre.

Nom Code à Code à Nom Code à Code à

3 lettres 1 lettre 3 lettres 1 lettre
Alanine Ala A Leucine Leu L
Arginine Arg R Lysine Lys K
Asparagine Asn N Méthionine Met M
Acide aspartique Asp D Phénylalanine Phe F
Acide glutamique Glu E Proline Pro P
Cystéine Cys C Sérine Ser S
Glutamine Gln Q Thréonine Thr T
Glycine Gly G Tryptophane Trp W
Histidine His H Tyrosine Tyr Y
Isoleucine Ile I Valine Val V
6 Sélenocystéine Sec U
 I-4-Classification des acides aminés naturels
I-4-1- Classification selon le radical R

1.Neutre: un groupe amine, un groupe carboxyle et une

chaine latérale qui est :
Aliphatique, hydroxylée, souffrée, à noyau aromatique,
cyclique
2. Acide: un groupe aminé, un groupe carboxylé et une
chaine latérale carboxylée .
3.Basique: un groupe aminé, un groupe carboxylé et
chaine latérale basique
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Aliphatique

Aa Hydroxylés

Aa souffrés

Aa aromatiques

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 Aa diacides et leurs amides

Aa basiques

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 Proline: Acide iminé à chaine latérale cyclique.

Sélénocystéine:
Acide aminé avec du sélénium
à la place du souffre; entre dans la constitution
de certaines enzymes (glutathion peroxydase).

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 I-4-2-Classification selon la polarité de la chaine latérale R à pH neutre
1) Polaires

➢ Non ionisables :
Non chargées à pH neutre
Sérine, thréonine, asparagine, glutamine, cystéine et tyrosine.

➢ Ionisables :
Chargées négativement à pH neutre
Acide aspartique, acide glutamique,
Chargées positivement à pH neutre
Lysine, arginine et histidine

2) Non polaire : Non chargées à pH neutre (apolaire ou hydrophobe)

Glycolle, alanine, valine, leucine, isoleucine, méthionine, phénylalanine, tryptophane et
11 proline
 I-4-2-Classification selon la polarité de la chaine latérale R à pH neutre

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 I-5-Les acides aminés essentiels

❑ Les acides aminés non indispensables peuvent être synthétisés par l’organisme par des
réactions simples en utilisant des précurseurs métaboliques

➢ Acide aminé essentiels= indispensable : L’homme ne peut pas synthétiser les AA dits
indispensables = essentiels et qui doivent être apportés par l’alimentation la
valine, la leucine, l’isoleucine, la phénylalanine, le tryptophane, la lysine, la méthionine et la
thréonine : Lysine et Thréonine: Absolument essentiels.
 Pour retenir: «Mets-le dans la valise, il fait trop d’histoires» Met-Leu-Val-Lys-Ile-Phe-Trp-His-Thr (plus l’Arg)

➢ Acides aminés parfois essentiels,

dans certaines conditions (grossesse, croissance) l’histidine et l’arginine deviennent
essentielles ; (Arg +++ = chez le Nourrisson)

➢ Les acides aminés qu’on peut appeler semi essentiels :

tyrosine et la cystéine (phénylalanines et la méthionine)
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 I-6-Les acides non α - amines
➢ Les autres Aa, Les acides non α -aminés : Ils ne sont pas constitutifs des protéines mais peuvent intervenir dans le
métabolisme, ou comme neurotransmetteurs:
➢ L’acide glutamique peut être décarboxylé en acide -aminobutyrique (GABA, neurotransmetteur)
- L’histidine peut être décarboxylée en histamine (neuromédiateur, impliquée dans les phénomènes allergiques
- Des Aa modifiés après traduction : hydroxyproline, hydroxylysine, phosphosérine
- Des Aa Impliqués dans des voies métaboliques : méthyl-histidine, homocystéine, acide gamma hydroxybutyrique
,Ornithine et citrulline
Ornithine et citrulline interviennent dans la synthèse de l’urée, le cycle de l’urée permettant l’élimination de l’azote «
toxique » chez l’homme

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 I- 7-Propriétés physico chimiques des acides aminés
I-7-1- Propriétés physiques

a- Solubilité

➢ Les AA sont solubles dans l’eau : Les plus solubles sont les plus petit
(glycocolle) ou ceux qui portent des radicaux mouillables comme NH2,
COOH ou OH (sérine).
➢ Les acides aminés à long chaine carbonée sont peu solubles dans l’eau.
➢ Les Aa sont faiblement solubles dans l’alcool.
➢ La solubilité dans les solvants apolaires dépend de la chaine latérale.

➢ En présence de deux phases liquides (éthanol/eau), les aminoacides se

répartissent dans les deux phases avec des coefficients de partage
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spécifique : cette propriété est utilisée pour les classer.
 b- Stéréochimie des acides α aminés
➢ Les acides aminés comprennent tous, 1 ou 2 carbones asymétriques:
ce sont des molécules chirales, à l’exception de la glycine.

➢ L’atome de carbone asymétriques appelé centre de la chiralité est lié à

quatre substituant différents donc substitué asymétriquement.

➢ Il existe 2 stéréo-isomères de configurations différentes

D-acide aminé et L-acide aminé

➢ Ces stéréo-isomères sont appelées “énantiomères”

(non superposables; images l’un de l’autre dans un miroir)
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❑ Notation D, L
Les configurations absolues de toutes les molécules dérivées du carbone sont
rapportées

au D-glycéraldéhyde [isomère (+)]

et L-glycéraldéhyde [isomère (-)].

Notation D, L

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 Notation D, L

➢ En règle générale les acides aminés présents dans les protéines naturelles
appartiennent à la série L.

➢ Mais on peut trouver des acides aminés de configuration D dans certains

produits naturels (antibiotiques peptidiques…)

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 Remarque

Cas d'acides aminés ayant un deuxième centre chiral.

Il y a 2n structures isomériques (n = nombre de centres
chiraux), ce qui correspondent à 2 paires d’énantiomères

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➢ Le carbone 3 (β) de la thréonine et de l'isoleucine est aussi un centre chiral
➢ Leur énantiomère (L) existe sous deux formes épimères.
➢ On affecte le préfixe "allo" à l'épimère que l'on ne trouve pas dans les
protéines :
➢ Des isomères qui ont le même enchaînement d'atomes, mais qui ne sont ni
superposables, ni l’image l'une de l'autre dans un miroir sont des
diastéroisomères .
➢ Des isomères qui diffèrent par un seul des centres asymétriques sont des
épiméres(diastéréoisomères).

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 c- Pouvoir rotatoire des AA

➢ Les énantiomères possèdent une activité optique:

➢ C’est la propriété de dévier la lumière polarisée;
➢ Placés dans le faisceau d’une lumière polarisée plane,
ils provoquent la rotation du plan de polarisation.
➢ Si la rotation s’effectue dans le sens des aiguilles
d’une montre, on dit que la molécule est dextrogyre
(+)
➢ Si la rotation s’effectue dans le sens inverse des
aiguilles d’une montre, on dit que la molécule est
lévogyre (-).

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 d- Propriétés ioniques (ou Propriétés acido basique des acides aminés)

➢ Les aminoacides possèdent deux groupements ionisables à pH

convenable,
1 fonction acide -COOH et 1 fonction basique -NH2.
➢ Ils prennent la forme dipolaire ou ion mixte, ce sont des molécules
amphotéres.
➢ Ils peuvent agir comme des acides et comme des bases.
➢ En allant du pH très acide à pH très alcalin, l’évolution des charges
peut être schématiser comme suit:

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 d- Propriétés ioniques (ou Propriétés acido basique des acides aminés)

Point isoélectrique (pHi)= PI

➢ Tous les acides aminés possèdent un point isoélectrique ou pHI,
PI = pH pour lequel l’AA en solution tamponnée a une charge nette nulle
(somme des charges intramoléculaires est nulle).
➢ L’AA apparait à ce pH comme étant neutre (alors qu’il a au moins deux charges
intra moléculaires réalisant un zwittérion).
➢ Le zwittérion possède autant de charges positives que de charges négatives,
par:
- Le groupement carboxylique chargé négativement
- Le groupement aminé, chargé positivement
- Les groupements ionisables de leurs chaines latérales.
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 d- Propriétés ioniques (ou Propriétés acido basique des acides aminés)

PI= PKa (groupement carboxyl) + PKb (groupement amine)\2

pK = pH de demie-dissociation = 50% du groupement

est dissocié. Ainsi une courbe de titration, peut être
tracée et interprétée en fonction de la variation du Ph
pour les acides aminés

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 d- Propriétés ioniques (ou Propriétés acido basique des acides aminés)
Courbe de titration :
Alanine : acide aminé monoaminé et monocarboxylique

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 L’Acide glutamique La lysine

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 Récapitulatif

➢ Le point isoélectrique (pHi) est le pH où un AA se trouve dans sa forme

neutre.
➢ A ce pH, l’AA existe presque exclusivement sous la forme dipolaire.
➢ A un pH supérieur au point isoélectrique, les acides aminés forment des
anions;
➢ au dessous de ce pH critique, ils fixent des protons et existent à l’état de
cations.
➢ Le pHi pour les acides aminés neutres va de pH 4,8 à 6,3.
➢ Pour les acides aminés basiques, le pHi s’étende de 7,8 à 10,8
➢ Pour les acides aminés acides, le pHi va de 2,7 à 3,2.

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 e- Propriétés spectrales : Coloration et absorption de la lumière

➢ Les solutions d’AA sont incolores, mais sont

visibles en UV: λ < 230 nm

➢ Les AA aromatiques absorbent vers 280 nm.

➢ Utile pour repérer la présence de protéines.

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 I-7-Propriétés physico chimiques des acides aminés
1-7-2) Propriétés chimiques :

a- Propriétés de la fonction carboxylique

❑ Estérification par un alcool : en présence d’un

acide fort
Réaction utilisée pour séparer les aminoacides en
phase gazeuse (et même en phase liquide) en
produisant des dérivés esters butyliques

❑ Formation d’amide (liaison peptidique):

synthèse peptidique (lier le carboxyle d'un
aminoacide avec l'amine du suivant).

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❑Réaction de décarboxylation : synthèse d’amine (ex : histamine)

➢ Par voie chimique ou enzymatique

➢ Exemple de formation d’amine(par

décarboxylation):

-Sérine: donne éthanolamine (précurseur de la

choline)

-Histidine donne l’histamine (vasodilatateur

intervenant dans les réactions d'allergie ou
d'inflammation)

-Acide glutamique : donne 4-aminobutanoique

ou "GABA" (neurotransmetteur).
30
 b- Propriétés liées au groupe NH2
1.Formation d’imine « base de Schiff » :
réaction avec aldéhyde: Addition de
carbonyle
Sauf la proline qui contient une fonction imine

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2. N-Acylation
Avec des composés tels que les
anhydrides d’acides ou des
chlorures d’acide, les acides aminés
forment des dérivés N-acylés

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3. Action du 1-fluoro 2,4- dinitrobenzéne
➢ Le FDNB réagit facilement avec les
fonctions aminées pour former un dérivé
N-2,4- dinitrophénylé.
➢ Ce composé jaune est facile à identifier par
chromatographie et doser par
spectrophotométrie à 360 nm.
➢ Cette réaction a permis à Frederik SANGER
(1953) d'établir la première structure
primaire d'une protéine : l'insuline.

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4. Action du phénylisothiocyanate ou
Carbamylation
La carbamylation avec le
phénylisothiocyanate (PTC), à un pH
basique de 9, donne un dérivé
phénylthiohydantoine-aminoacide
(PTH-aminoacide) qui absorbe dans
l’UV et facilement séparable par
chromatographie.

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5. Carbamylation
La réaction avec l‘AA terminal d'une
protéine (n AA) libère un PTH-
aminoacide et une protéine amputée
de son AA N-terminal ( (n-1 AA)
aminoacides:
En répétant le processus, on peut
déterminer la structure primaire de la
protéine (dégradation récurrente
d'Edman).

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6. Dansylation

L’action du chlorure de dansyle (1-

diméthyl-amino-naphtalène-5-
sulfonyle) donne un DNS aminoacide
stable et fluorescent

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7. Désamination
Réaction au cours de laquelle, l’acide
aminé perd son groupement sous
forme de NH3.

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8.La réaction avec la ninhydrine

(++ connue et utilisée) donne un produit

violet pour les amines primaires
jaune pour les amines secondaires.

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 c- Propriétés de la chaine latérale

➢ Groupement thiols
Oxydation des SH : formation de ponts
disulfures La cystéine peut être
oxydée en cystine.
➢ Fonctions alcool de la sérine et la
thréonine, la fonction phénol de la
tyrosine aussi
Phosphorylation par l’acide
phosphorique: formation d’un ester
phosphate
O-Glycosylation
➢ Fonctions amide
N-Glycosylation
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 I-8-Méthodes d’étude des Acides aminés

❑ Méthodes basées sur la solubilité

▪ Chromotagraphie sur Papier
 Chromotagraphie sur Couche Mince
 Chromatographie en phase gazeuse

❑ Méthodes basées sur la charge

 Electrophorèse
 Chromatographie échangeuse d’ion

❑ HPLC
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 I-8-Méthodes d’étude des Acides aminés

❑ Chromatographie sur papier

➢ Partage entre «phase hydrophile» et
« phase hydrophobe ».
➢ Migration par capillarité: Les Aa
hydrophobes migrent le plus
➢ Coloration par la ninhydrine
➢ L'identification des différents Aa du
mélange se fait par comparaison avec des
témoins, en calculant le Rf (rapport au
front) de chaque soluté, ou le Rt (rapport
à un témoin
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❑ Chromatographie sur couche mince
(CCM)
Phase stationnaire: eau dans la couche mince de gel
Phase mobile: solvant
Pour caractériser les composés = rapport:
distance parcourue par le soluté / distance parcourue
par le solvant.
Si soluté soluble dans la phase stationnaire = RF faible
Si soluté soluble dans la phase mobile = Rf vers 1.

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❑Electrophorèse
➢ À un pH donné, les AA chargées électriquement peuvent exister en
solution comme cations (+) ou anions (-).
➢ Un dépôt de l’acide aminé est placé au milieu du papier absorbant qui
est humecté par une solution tampon.
➢ Le papier est connecté à deux électrodes.
➢ Lorsque le courant électrique est établi, les cations (chargées
positivement) se déplacent vers l’électrode négative ou cathode (-) et
les anions (chargées négativement) se déplacent vers l’électrode
positive ou anode.
➢ La vitesse de chaque espèce migrante dépend du pH de la solution
tampon et du point isoélectrique de l’acide aminé.
➢ Coloration (ninhydrine)

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44
 ❑Electrofocalisation (IEF - IsoElectric Focusing)

➢ La migration est effectuée dans un gradient de pH;

chaque Aa migre jusqu'à l'endroit où le pH est égal à
son pHi.

➢ Le gradient de pH est généré par des ampholytes,

molécules amphotères de synthèse introduites dans le
gel au moment de sa fabrication.

➢ Ces molécules migrent rapidement dans le gel jusqu'à

atteindre une zone où leur charge devient nulle Elles
ont alors une distribution statistique telle qu'elles
génèrent un gradient de pH sensiblement linéaire le
long du gel
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❑Chromatographie liquide sur colonne
❑Chromatographie en phase gazeuse
❑La chromatographie d'échange d'ions
➢Séparation basée sur la propriété d'échange d'ions,
➢La phase stationnaire (colonne) comporte des
groupements ionisés (+ ou -) fixes.
➢Les ions retenus au voisinage des charges fixes sont
échangeables avec les ions présents dans la phase mobile.

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 HPLC: High Performance liquid chromatography
Principe
 Le mélange d’Aa à analyser est poussé par un liquide (phase mobile) dans une colonne
remplie de "grains" de très petite taille (phase stationnaire).
 La phase mobile est poussée par une pression élevée (grâce à des pompes à haute
pression).
 Diminution du temps nécessaire de séparation des composants du mélange.
 Meilleure séparation des composants.
 Les pics obtenus sont plus étroits , bien séparés (meilleurs résolution)

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 HPLC: High Performance liquid chromatography

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