Groupe Services de laboratoire
et Biobanque (LSB)
Chef Assistant gestion des services Etudiants et chercheurs extérieurs
Dr Zisis Kozlakidis de laboratoire Dre Subasri Armon
Dre Stéphanie Villar Mme Mathilde Benoit
Secrétariat Dr Koh Furuta
Mme Charlotte Volatier Technicien principal biobanque Mme Léa Marchand
(jusqu’en décembre 2020) M. Christophe Lallemand M. Morten Øien
Mme Tracy Wootton Mme Julie Roux
Techniciens biobanque Dr Daniel Simeon-Dubach
Assistant gestion des processus Mme Elodie Colney M. Pierre Vodosin
de la Biobanque M. Henri Cordier Mme Maissa Zeghidi
Dre Elodie Caboux Mme Sophie Guillot
Mme Gertrude Tchoua
Le Groupe Services de laboratoire et Figure 1. Equipe du Groupe Services de laboratoire et Biobanque. Avec l’aimable autorisation
Biobanque (LSB) (Figure 1) travaille de Xuexun Zhou.
avec les Services intérieurs (ASO) et les
Groupes de recherche pour fournir les
services de laboratoire et de biobanque
indispensables aux activités du Centre.
Il supervise également des projets de
recherche nationaux et internationaux
sur les biobanques et les infrastructures
essentielles à la recherche médicale.
Enfin, il donne des conseils techniques
et de sécurité pour les futurs laboratoires
et la biobanque du Nouveau Centre,
dans le respect de la Stratégie à moyen
terme 2021–2025 du CIRC.
Dans le cadre de la nouvelle struc-
ture organisationnelle mis en place au
1er janvier 2021, le Groupe LSB a été
rebaptisé Services de soutien des labo-
ratoires et Biobanque.
groupe services de laboratoire et biobanque 86
Services de laboratoire médicaux. La seconde partie du manuel procédures de travail dans les labora-
couvre la sécurité en laboratoire, avec toires L3 ou L2+ ; et la tenue du cahier
Le Groupe LSB veille à la disponibilité de notamment des consignes de protection de laboratoire électronique. Le Groupe
services de laboratoire de qualité. Il offre individuelle et collective, la gestion des LSB a également publié un rapport sur la
notamment un local de stockage des équipements et des chambres froides, biosécurité, présentant les lacunes dans
fournitures et consommables de labora- les procédures de transport d’un labora- nos connaissances actuelles (Roux et
toire, une laverie, la recherche de myco- toire à l’autre entre les différents étages, coll., 2021).
plasmes dans les cultures cellulaires les services de laboratoire offerts et
avec possibilité de mise en quarantaine, les bonnes pratiques de laboratoire. Le Le Groupe LSB joue un rôle important en
la vérification des pipettes, ainsi que la manuel contient également des rensei- ce qui concerne la préparation du démé-
congélation de lignées cellulaires dans gnements sur les risques biologiques nagement dans le bâtiment du Nouveau
de l’azote gazeux et/ou leur récupération. et chimiques, notamment ceux liés à Centre. Il participe notamment aux diffé-
Conjointement avec le Comité directeur la manipulation des produits cancéro- rents groupes de travail sur les labora-
des laboratoires (LSC), il supervise les gènes, de l’azote liquide et des déchets toires, sur les biobanques et sur le trans-
plateformes communes de laboratoire et de laboratoire. fert et le déménagement. Il a également
veille au bon entretien des équipements. participé à plusieurs appels d’offres, à la
Le renforcement des interactions entre Le Groupe LSB gère les autorisations campagne d’appel au don et à la mise en
la recherche en laboratoire et les études du CIRC pour l’utilisation limitée d’orga- œuvre de nouvelles procédures.
épidémiologiques passe notamment par nismes génétiquement modifiés (OGM).
la modernisation et le perfectionnement L’emploi de radionucléides ayant totale-
des équipements scientifiques, l’acqui- ment cessé, les autorisations n’ont pas Services de la Biobanque
sition d’instruments de pointe et la four- été renouvelées. Le Groupe LSB a égale-
niture d’une capacité de stockage suffi- ment lancé la déclaration des collec- La Biobanque du CIRC entretient des
sante des échantillons. tions biologiques stockées au CIRC et a collections d’échantillons biologiques,
demandé l’autorisation d’activité d’impor- issus d’études internationales, et gère
tation et/ou d’exportation d’échantillons une plateforme de service pour la récu-
Sante et securite biologiques auprès du CODECOH. Cette pération des échantillons, leur enre-
autorisation est valable jusqu’en 2025. gistrement, leur aliquotage, l’extraction
Les questions relatives à la santé et à d’ADN et sa quantification, la réception
la sécurité sont traitées en collaboration Au cours de cet exercice biennal, le ou l’envoi de matériel biologique dans le
avec le Comité de santé et de sécurité Groupe LSB a organisé 124 séances monde entier.
au travail (OHSC). Le manuel de sécu- d’information sur la sécurité à l’intention
rité du CIRC est un document de réfé- des nouveaux arrivants et 28 séances La base de données du système SAMI
rence désormais disponible en ligne. de formation à l’intention de ceux qui (sample management database) du
Il est régulièrement mis à jour avec les travaillent dans les laboratoires. Il a fait CIRC consigne les informations sur plus
dernières directives nationales et inter- une dizaine d’exposés à 93 membres de six millions d’échantillons biologiques.
nationales. Dans une première partie, il du personnel de laboratoire, concer- Au cours de cet exercice biennal, plus de
décrit le rôle de tous les personnels et nant : les nouvelles directives liées aux 363 000 nouveaux échantillons ont été
prestataires de service impliqués dans contraintes imposées par la COVID-19 ; entrés dans SAMI et plus de 65 000 ont
la sûreté et la sécurité au Centre, les la manipulation d’azote liquide, de été mis à disposition de collaborateurs.
conditions d’accès, le règlement général, produits cancérogènes et du système Le système est continuellement mis à
les procédures d’urgence et les services d’imagerie cellulaire Fusion FX ; les niveau et une version 2.0 a été lancée
en 2020.
Figure 2. Vue d’ensemble des services fournis par la Biobanque du CIRC, jusqu’en septembre Les procédures standardisées régissant
2021. © CIRC. l’envoi/la réception d’échantillons biolo-
giques au CIRC et leur gestion ont été
actualisées (par exemple, la nouvelle
politique d’élimination des échantillons).
En 2020–2021, le Groupe LSB a validé
techniquement 106 accords de transfert
pour la réception et l’envoi de matériel
biologique. Il a supervisé le rempla-
cement des équipements obsolètes et
l’acquisition de nouvelles unités pour
augmenter les capacités de stockage
frigorifique en réponse aux besoins
futurs, mais aussi afin de disposer d’un
nombre suffisant d’installations de
secours. Enfin, le Groupe LSB a validé
87 rapport biennal 2020/2021
un nouveau système de surveillance des apporté ses services à 18 projets, tous son assistance tout au long du processus
congélateurs qu’il a installé sur l’équi- dans le cadre de demandes émanant allant de leur réception jusqu’au télé-
pement de stockage frigorifique, en d’instituts internationaux. Il a fallu pour chargement des données dans SAMI
prévision de son déménagement et de cela sortir plus de 12 000 échantillons (Figure 2).
son développement dans les locaux du des cuves d’azote liquide, effectuer
Nouveau Centre. 5133 extractions d’ADN, réaliser La Biobanque participe toujours aux
7162 aliquots d’ADN et 5034 de plasma tests internationaux d’aptitude pour
La Biobanque continue de proposer des et de sérum, et expédier ou réceptionner lesquels elle obtient d’excellents résul-
services pré-analytiques sur une base 205 colis vers ou depuis 23 pays du tats en matière d’extraction et de quan-
de recouvrement des coûts. Au cours monde entier. La Biobanque a inventorié tification d’ADN à partir de sang total,
de cette période biennale, elle a ainsi plus de 67 000 échantillons et a apporté de tissus congelés et de tissus fixés au
formol, inclus en paraffine.
Figure 3. Carte des pays membres du BCNet en septembre 2021. © CIRC.
BCNet
Le Groupe LSB participe à plusieurs
programmes d’étude conformes à la
mission de recherche du CIRC au
service de la prévention du cancer. Afin
de remédier au manque de ressources
biologiques pour les études dans les
pays à revenu faible et intermédiaire
(PRFI), le CIRC a créé en 2013 le
Réseau de constitution de cohortes et de
biobanques dans les PRFI (BCNet pour
Biobank and Cohort Building Network ;
[Link] Ce réseau compte
à ce jour 42 instituts répartis dans
23 pays (Figure 3). En 2020–2021,
BCNet a fait quatre présentations à des
collaborateurs extérieurs (du Nigeria, du
Figure 4. Le Consortium pour une infrastructure paneuropéenne de biobanque (BBMRI-ERIC pour Biobanking and BioMolecular resources
Research Infrastructure–European Research Infrastructure Consortium) a lancé avec le CIRC une initiative visant à mieux comprendre le
paysage des biobanques pédiatriques ([Link]
biobanking-with-children/). © Stock Adobe.
groupe services de laboratoire et biobanque 88
Kenya, des Philippines et de la Région l’élaboration d’autres recommandations Figure 5. Le Projet structurant « Impact de la
administrative spéciale de Macao en et directives (Jazieh et Kozlakidis, 2020 ; COVID-19 sur le cancer » (IMCOCA), financé
Chine) et publié plusieurs articles de fond Vandenberg et coll., 2020 ; Cree et coll., par le Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-
(Henderson et coll., 2020 ; Kozlakidis, 2021a), plus particulièrement en matière Alpes (CLARA), est porté conjointement par
2020 ; Vodosin et coll., 2021). de données et d’intelligence artificielle le Centre Léon Bérard (CLB) et le Groupe
(Eklund et coll., 2020 ; Kozlakidis, 2020 ; LSB. Avec l’aimable autorisation du CLARA.
Le financement direct de BCNet est Kozlakidis et Nigam, 2020). Enfin, il par-
assuré par le Center for Global Health, ticipe à la préparation d’un futur cours de
le National Cancer Institute et les l’Académie de l’OMS.
National Institutes of Health des Etats-
Unis. Le Groupe LSB remercie tous les Durant cette période biennale, le Groupe
membres du BCNet pour leurs discus- LSB a étudié l’impact de la pandémie
sions et leurs échanges actifs qui ont de COVID-19 sur les infrastructures et
enrichi nos connaissances scientifiques les patients atteints de cancer (Allocca
et notre compréhension du contexte de et coll., 2020a, 2020b ; Di Lorenzo et
la recherche mondiale. coll., 2020a, 2020b ; Aisyah et coll., IMCOCA
2021). Cette étude se poursuivra dans Impact COVID Cancer
le cadre du projet régional « Impact de
C ollaborations la COVID-19 sur le cancer » (IMCOCA),
un Projet structurant financé par le
Concernant la recherche sur les infras- Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-
tructures, le Groupe LSB représente Alpes (CLARA ; [Link]
le CIRC au sein de l’Organisation in- [Link]/), porté conjointe-
ternationale de normalisation (ISO ; ment par le Centre Léon Bérard (CLB ;
[Link] et du Consortium [Link] et le
pour une infrastructure paneuropéenne Groupe LSB (Figure 5). 1
de biobanque (BBMRI-ERIC pour
Biobanking and BioMolecular resourc- Le Groupe LSB participe à des projets
es Research Infrastructure–European financés par la Commission européenne :
Research Infrastructure Consortium ; le projet Human Exposome Assessment
[Link] (Figure 4). Il Platform (HEAP) (subvention n° 874662) tructure européenne de recherche trans-
a participé à la recherche sur les infra- ([Link] et le projet de lationnelle en pédiatrie ([Link]
structures du point de vue des questions jumelage pour l’infrastructure de recherche et le Centre d’excellence en matière de
de préparation opérationnelle et de réa- arménienne dédiée à la recherche sur le biobanques et de recherche biomédicale à
ctivité (Henderson et Kozlakidis, 2020 ; cancer (ARICE) (subvention n° 952417) l’Université de Chypre ([Link]
Aisyah et coll., 2021 ; Wei et coll., 2021b). ([Link] Le financement est
Le Groupe LSB a également contribué à assuré par le BBMRI-ERIC pour l’Infras-
89 rapport biennal 2020/2021
