Structures des acides
nucléiques
Chapitre I
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Objectifs du cours
• Comprendre la composition chimique des acides nucléiques en
identifiant les molécules simples qui les composent
• Comprendre la nomenclature des nucléotides
• Comprendre les structures primaires et secondaires des acides
nucléiques
• Décrire les propriétés chimiques de l’ADN et l’ARN
• Connaitre les différents types d’ARN et leurs fonctions
• Comparer et contraster la structure de l’ADN et l’ARN
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Définition des acides nucléiques
• Polymères linéaires de nucléotides contenant l’information génétique
- Déterminent la séquence des acides aminés (molécules de base de
toutes les protéines d’une cellule)
- Responsables de la bonne marche de toutes les fonctions cellulaires
• Composés de monomères appelés nucléotides
- Pentoses (sucres/oses à 5 carbones)
- Bases azotées (purines ou pyrimidiques)
- Acide phosphorique (PO4H3)
• Deux types majeurs d’acides nucléiques
- L’acide désoxyribonucléique (ADN): information génétique
- L’acide ribonucléique (ARN): copie de l’information/messager
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Molécules simples: Pentoses
• Deux types de pentoses dans les acides nucléiques: Ribose et Désoxyribose
• Ribose: Pentose, constituant majeur de la structure de l’acide ribonucléique
(ARN) dans lequel il est cyclisé sous sa forme β-D-ribose
• Désoxyribose: Composant majeur de l’ADN. Il est dérivé de l’hydrolyse du
groupement OH (carbone N°2) du ribose. Le désoxyribose donne à l’ADN une
structure plus stable permettant de conserver l’information génétique
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Molécules simples: Bases (1)
• Deux classes de base azotés dans les acides nucléiques: Puriques et
Pyrimidiques (selon le noyau aromatique)
• Purine: Deux noyaux aromatiques contigus ayant deux carbones en
communs (position 5 et 4).
• Pyrimidine: Un seul noyau aromatique à 6 atomes (4 carbones et 2 azotes)
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Molécules simples: Bases (2)
Pyrimidines
Purines
C, A et G ont un
groupement amine (NH2)
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Molécules simples: Phosphates
- Liaison ester: entre un groupement OH libre d’un alcool/sucre et
un phosphate
- Liaison anhydride: entre un groupement OH libre d’un acide et
un phosphate 7
Génération d’un nucléotide
A. NUCLEOSIDE = BASE + SUCRE
• Liaison N-osidique entre le sucre (désoxyribose
ou ribose) et une base azotée.
• Implique le carbone réducteur (N°1) du sucre et
l’azote N°1 et N°9 des bases pyrimidiques et
puriques, respectivement.
• Nomenclature des atomes de la base: 1, 2, 3….
• Nomenclature des carbones du sucre: 1’, 2’, 3’….
B. NUCLEOTIDE = BASE + SUCRE + PHOSPHATE
Liaison ester entre la fonction
alcool du sucre sur le carbone
primaire (5’ OH) et une des trois
fonctions acides du phosphate.
L’ester formé est un nucléotide.
Les nucléotides sont donc des
esters phosphoriques de 8
nucléosides
Nomenclature des Nucléotides
Bases Nucléosides Nucléoside 5’-mono, di, Monomères
triphosphates nucléotidiques des
acide nucléiques
A= Adénine (désoxy-) adénosine AMP, ADP, ATP (d-) adenylate
dAMP, dADP, dATB
G=Guanine (désoxy-) guanosine GMP, GDP, GTP (d-) guanylate
dGMP, dGDP, dGTP
C=Cytosine (désoxy-) cytidine CMP, CDP, CTP (d-) cytidinylate
dCMP, dCDP, dCTP
U=Uracile Uracine UMP, UDP, UTP uridylate
T=Thymine (désoxy-) thymidine dTMP, dTDP, dTTP (d-) thymidylate
Les acides nucléiques sont formés par une polymérisation de nucléotides:
-Acide ribonucléiques: AMP, GMP, CMP, UMP
-Acide désoxyribonucléique: dAMP, dGMP, dCMP, dTMP
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Les Liaisons Hydrogènes
• Un pont intermoléculaire de faible énergie impliquant deux atomes
attirés l’un vers l’autre par des forces électrostatiques
ATOME NUCLÉOPHILE + ATOME ÉLECTROPHILE = LIAISON HYDROGÈNE
Riche en électrons Riche en protons
(ex: Oxygène et Azote) (ex: Hydrogène)
•Hybridation engage deux nucléotides qui s’associent par des liaisons
hydrogènes
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Polymérisation des nucléotides
5’ 3’
Directionalité 5’ 3’
• Condensation des nucléotides les uns sur les autres pour former une chaine polynucléotidique
• La liaison phospho-diester se forme entre le carbone 3’ du premier nucléotide et le carbone 5’ du
second nucléotide
• Chaque molécule d’acide nucléique aura un sens:
- Début de la chaine: commence par le nucléotide dont le P en 5’ sera libre (non lié à aucun autre
nucléotide)
- Fin de la chaine: nucléotide dont la fonction alcool en 3’ n'est pas estérifiée (non lié à un P)
• Structure primaire des acides nucléiques est un polymère linéaire de nucléotides
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Formation des acides nucléiques
Polymérisation des nucléotides aboutit à la formation d’une double hélice:
structure secondaire des acides nucléiques
Les oses et les P se trouvent a
l’extérieur de la molécule
Les bases azotées sont orientées vers
l’intérieur
Formation de la double hélice se fait
par appariement à la base
complémentaire par des liaisons
hydrogènes
ADN: acide désoxyribonucléique
ARN: acide ribonucléique
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La double hélice de l’ADN
• Les deux brins de l’ADN sont complémentaires et antiparallèles
• Complémentaires: les bases azotées sont hybridées deux à deux par des liaisons
hydrogènes sur toute la longueur (A-T ou C-G)
• Antiparallèles: l’extremité 5’ du premier brin est à coté de l’extremité 3’ du second
brin. Les deux chaines sont orientées dans le sens opposé. 13
Histoire de la découverte de la
structure de l’ ADN
L’ADN est une double hélice avec deux brins complémentaires et
antiparallèles
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Configuration spatiale de l’ADN
• La forme la plus prédominante dans la cellule est la Forme B de l’ ADN
• La double hélice a un diamètre de 20 Å (angström): 2,4 nm
• L’hélice est dite droite car elle s’enroule à droite en la regardant du haut vers le bas
• Le pas ou la tour de l’hélice est de 3,4nm qui correspond à ~10 paires de nucléotides
• Présence de sillons majeurs et mineurs qui permettent la formation de sites
d’attachements de protéines endogènes et exogènes sur les atomes de l’ADN
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Les propriétés de l’ADN: Solubilité
• Soluble en milieu aqueux en devenant un sel acide
– Molécule très chargée
– Peu de groupements hydrophobes
• Précipite en présence d’alcool (Ethanol ou
Isopropanol) et d’une forte concentration saline
(pour éviter la séparation des brins)
• Méthode de base pour la purification de l’ADN au
laboratoire
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Les propriétés de l’ADN: Dénaturation thermique
• La dénaturation thermique se fait lorsque les deux brins de l’hélice se dissocient par
l’action de la chaleur.
• La température de fusion ou Tm (melting Température) est la température à laquelle les
deux brins de l’ADN sont à moitié séparés. Elle dépend de:
– La taille de l’ADN
– Le contenu en paire de bases (G-C sont plus stables que les A-T)
• La Tm est représentée sous la forme d’une courbe sigmoïde qui traduit l’effet coopératif de
la dissociation de l’ADN : le début de la dissociation favorise la dissociation du reste de
l’ADN. Le Tm est mesuré au niveau du point d’équivalence.
• Renaturation peut se faire par:
– refroidissement lent
– cations neutralisant les forces répulsives de l’ADN.
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La dénaturation de l’ADN
Au repos ADN dénaturé en brin unique ADN rénaturé en double brin
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L’ acide ribonucléique: ARN
• L’ ARN est un acide nucléique (comme l’ ADN)
• L’ ARN diffère de l’ ADN par:
- La présence du ribose à la place du désoxyribose
- La présence de l’ Uracile (U) à la place de la thymine (T)
- Sa taille: L’ ARN est plus courte que l’ ADN
- Simple brin et linéaire: Mais….certaines régions de l’ ARN
peuvent s’apparier par des liaisons hydrogènes sur une courte
distance due à la complémentarité de leur base. Formation
d’épingles à cheveux (intérieur de la molécule) ou de boucle à
tige (extrémité de la molécule).
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Configuration spatiale de l’ARN
Structure tertiaire
• L’ hélice formée par l’ARN est de type A
• Plus courte et plus trapue que l’hélice de type B de l’ADN
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Les différent types d’ARNs
• Acides ribonucléiques ribosomiques (rARN: 82%): font partie de la structure du ribosome (qui est
responsable de la formation des protéines). Ils sont associés à des protéines dans le ribosome.
Leur taille est définie en unité de Svedberg (s). Les eucaryotes ont quatre rARNs
- RNA 28S: 4718nt -RNA 5,8S: 160nt
- RNA 18S: 1874nt -RNA 5S: 120nt
• Acides ribonucléiques de transfert (tARN: 16%): sont des transporteurs d’acides aminés pour la
synthèse des protéines (co-enzymes). Ils sont constitués de 65-85 nt
• Acides ribonucléiques messagers (mARN: 2%): copies de l’ADN (complémentaires et antiparallèles
au brin codant). Ils sont fabriqués lors de la transcription de l’information génétique. Ils servent de
modèles pour diriger la synthèse des protéines (traduction)
• Acides ribonucléiques nucléaires courts (snARN<1%): Participent à l’épissage/excision de l’ ARNm
et autres activités enzymatiques (ribozymes)
• Acides ribonucléiques cytoplasmiques courts (scRNA 7S<1%): se trouvent dans le cytoplasme où
ils s’associent à des complexes impliqués dans le transport sélectif des protéines
• ARN interférants et microARNs: participent à la régulation de la synthèse des protéines.
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Stabilité de l’ARN
• L’ ARN est chimiquement moins stable que l’ADN: 2’OH du
ribose est labile (en milieu alkalin) contrairement à l’ADN
H2O
2’ et 3’ monophosphates
• L’ ADN est la molécule appropriée pour la conservation à
long-terme de l’information génétique (exemple: fossiles).
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Résumé: ADN versus ARN
similarités et différences
Transcription Translation
Réplication ADN ARN Protéine
Retro-Transcription
Formé de quatre désoxyribo- Formé de quatre Formée de vingt acide
nucléotides ribo-nucléotides aminés
Nucléotides sont liés par des Nucléotides sont liés par des Les acide aminés sont liés
ponts phospho-diesters ponts phospho-diesters par liaisons peptidiques
Structure tertiaire est une Structure tertiaire est une Structure tertiaire est
double hélice de type B avec hélice de type A composée variable et composée d’un
deux brins complémentaires d’un seul brin seul brin
23
Le «Dogme central» de la
biologie moléculaire
1953 1970-1980 2008-Actuel
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Questions?
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