CHAPITRE 4.
TAXINOMIE ET SPECIATION
1. Taxonomie et biodiversité
2. Système taxonomique actuel
3. Niveaux taxonomiques
4. Grandes subdivisions du monde vivant
5. Spéciation et diversification
1. Taxonomie et biodiversité
La science de la classification (taxonomie), est née du besoin de mettre un peu
d’ordre dans la biodiversité, vue son immensité. La taxonomie est la branche de la
biologie qui s’occupe de nommer et classifier les espèces et groupes d’organismes. Il
s’agit d’un système d’ordre hiérarchique pour nommer et classer les espèces sur la
base des critères (objectifs ou subjectifs) de ressemblance. Les objectifs de la
taxonomie sont :
- Nommer et classer les espèces : il est important d’attribuer un nom
scientifique à un organisme afin de pouvoir transmettre des informations à son
sujet tout en s’assurant que les interlocuteurs parlent bien de la même
espèce.
- Identifier rapidement une espèce : situer une espèce par rapport aux autres
grâce à des clés d’identification.
- Comprendre les liens de parenté (la phylogénie) entre les espèces.
L’espèce est l'unité de base de la classification en biologie. Elle regroupe les
organismes qui se ressemblent et qui peuvent se reproduire en engendrant une
descendance féconde.
2. Système taxonomique actuel
Il s’agit de la nomenclature binomiale, système taxonomique inventée par Car von
Linné (1707 - 1778), naturaliste et médecin suédois. Dans ce système, chaque
organisme est désigné par deux mots latins soulignés ou en italique :
- le premier mot désigne le genre auquel appartient l’espèce; c’est le nom
générique ; ce nom est commun à plusieurs espèces voisines comme le
palmier, le rônier et le cocotier ;
- le second mot désigne l’espèce ; c’est le nom spécifique différent pour chaque
espèce.
3. Niveaux taxonomiques
Dans la classification, les espèces sont regroupées en groupes de plus en plus
généraux : les taxons. Les niveaux taxonomiques sont : le Règne, l’Embranchement,
la Classe, l’Ordre, la Famille, le Genre et l’Espèce. Il existe aussi des niveaux
intermédiaires et aujourd’hui un niveau supérieur au règne est défini : le Domaine.
Le taxon correspondant à l’espèce présente de nombreux critères de classification et
ceux-ci sont très spécifiques. Ils permettent de discriminer de façon précise une espèce
donnée. Quant au taxon correspondant au règne présente relativement peu de
critères de classification mais ceux-ci sont très généraux. Ce taxon regroupe de
nombreuses espèces.
Figure 9 : Niveaux taxonomiques
4. Les grandes subdivisions du monde vivant
Le monde vivant est fondamentalement constitué de deux ensembles biotiques (les
procaryotes et les eucaryotes). Ces deux grands ensembles biotiques sont ensuite
subdivisés en domaines et en règnes. Cette classification qui n'a rien de naturel, est
une construction de l'homme qui souhaite ordonner la diversité des formes vivantes.
Il est très important de noter que l'arrangement de la diversité biologique dans les
taxa les plus élevés est un processus dynamique, l’évolution des systèmes de
classification.
4.1. Systèmes de classification à deux règnes
Dans les premiers jours de la biologie, tous les organismes ont été classifiés dans deux
règnes : le règne végétal et le règne animal parce que la plupart des organismes
macroscopiques s’intègrent nettement dans la dichotomie végétal- animal. Les
eucaryotes unicellulaires (algue et amoebas) étaient rangés à l’un des deux règnes
selon qu’ils soient photosynthétiques ou qu’ils se déplacent et ingèrent de la nourriture.
Le schéma à deux règnes a eu aussi une longue tradition dans la taxonomie formelle
car le taxonomiste suédois Carl Von Linné (1707-1778) a divisé toutes les formes de
vie entre les végétaux et les animaux. Les mycètes et les
bactéries ont été rangés dans le règne végétal, parce que les mycètes sont
sédentaires et les bactéries ont des parois cellulaires.
Règne végétal Règne animal
Figure 10 : Système de classification à deux règnes
4.2. Système de classification à 5 règnes
Avec l’évolution de la science, certains organismes ne convenaient pas bien au
système de classification à deux règnes. Des classifications avec des règnes
additionnels ont été proposées, mais aucun n'est devenu populaire avec la majorité
des biologistes jusqu'à ce que Robert H. Whittaker (1969) de l'université de Cornell
ait plaidé efficacement pour un système de cinq règnes :
les cellules procaryotes simples de l'ensemble de bactéries forment le règne
des Monera ;
les organismes dans les quatre autres règnes ont tous des cellules eucaryotes
mais diffèrent généralement dans la structure, les cycles de vie et les modes de
nutrition :
o le règne des Protistes est l’ensemble organismes eucaryotes
unicellulaires ou multicellulaires simples peu évolués (amoebas et
algues) ;
o les mycètes, organismes pluricellulaires non photosynthétiques,
hétérotrophes et décomposeurs forment le règne des Fungi ;
o les organismes autotrophes, photosynthétiques forment règne des
végétaux (Plantes) ;
o les organismes ingérant la nourriture et la digérant dans des cavités
spécialisées forment le règne des Animaux ;
Figure 11 : Système de classification en cinq règnes
4.3. Autres systèmes alternatifs
La taxonomie moléculaire a clarifié les relations entre les différents groupes
d'organismes et mis en exergue les imperfections du système de classification en
cinq règnes. Ainsi, dans un nouveau système à huit règnes, les procaryotes
(Monera) sont divisés en deux règnes : les Bactéries et les Archaea. Ce système
coupe également les Protistes qui formaient un règne polyphylétique, mal délimité et
hétérogène (souvent rejeté pour ces raisons par nombre de biologistes) en trois règnes
(figure 5).
Figure 12 : Système de classification en huit règnes
Même les huit règnes ne sont pas suffisants pour refléter exactement la diversité
biologique parmi les Protistes. Ainsi, les taxonomistes ont suggéré que les Protistes
soient encore subdivisés. Cinq "propositions de règnes" au sein des Protistes sont
montrées ci-dessous (figure 6).
Figure 13 : Système de classification à dix règnes
