I.

Introduction et généralités

Les organismes vivants sont le siège d'un grand nombre de réactions biochimiques très
diverses. Elles sont catalysées par des macromolécules biologiques : les enzymes.

Un catalyseur est un corps qui, ajouté à un mélange réactionnel, accélère la réaction sans
y être consommé. Dans les milieux biologiques, ce sont les enzymes qui jouent le rôle de
catalyseur.

Une enzyme est une substance, majoritairement, de nature protéique et chirale qui
permet aux réactions du métabolisme de se dérouler à une vitesse suffisante à la
température du corps (transformations biochimiques des molécules du vivant).

L'enzymologie est la partie de la biochimie qui étudie les propriétés structurales et

fonctionnelles des enzymes qui transforment un substrat S en produit P.

Le pouvoir catalytique des enzymes permet de produire de nouvelles substances

(produits) et de l’énergie, indispensables au bon fonctionnement des organismes vivants.

L’enzyme accélère une réaction biochimique sans en modifier les produits.

Ces réactions sont accélérées d’un facteur 109 à 1023 par l’enzyme.

Une enzyme peut catalyser 103 à 1017 réactions par seconde.

L’enzyme agit en très faible concentration et elle reste intacte après l’acte catalytique.

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Représentation graphique de l’acte catalytique avec et sans présence d’enzyme

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Propriétés d’enzymes

Les enzymes sont constituées de plusieurs acides α-aminés de la série L unis entre eux par
des liaisons peptidiques.

Les enzymes sont des polypeptides de masses moléculaires élevées entre 10 à 1000 kDa.

Le substrat est la molécule dont l'enzyme catalyse la transformation, il s’agit de la

molécule sur laquelle agit l'enzyme.

Le nom de l'enzyme peut indiquer le nom du substrat sur lequel elle agit :

La lactase catalyse l'hydrolyse du lactose, sucre du lait ;

La maltase catalyse l'hydrolyse du maltose ;

La saccharase catalyse l'hydrolyse du saccharose.

Résumé :
 L’enzyme est une protéine qui agit comme étant un catalyseur biochimique.
 L’enzyme accélère la réaction sans modifier l’état d’équilibre.
 Les enzymes abaissent l’énergie d’activation du substrat.
 L'énergie d'activation (énergie libre d'activation) est l'énergie qui doit être
absorbée par les réactifs pour que leurs liaisons soient brisées.
 La première étape de la catalyse implique la formation d’un complexe "E-S"
enzyme-substrat.
 Les enzymes stabilisent l’état de transition, c’est un état instable dans lequel les
liaisons sont plus fragiles et plus faciles à briser.
 La pécificité d’une à un substrat est régit par des interactions/adaptation
réciproque via des liaisons de faibles énergies.
 La transformation du substrat en produit libère l’enzyme intacte.

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 1. Historique
Les rapports de la marine britannique dans les années 1700 sur les pratiques des habitants
des îles du Pacifique pour attendrir les viandes et pour le traitement de la teigne (dermatose)
avec les extraits du papayer ont suscité un grand intérêt scientifique en Europe du dix-
huitième (XVIIIème) siècle.

 Lazzaro Spallanzani, moine et physiologiste italien, a été le premier à suggérer le

phénomène de catalyse enzymatique à la fin du XVIIIème siècle. Il a observé l’action des sucs
gastriques de requin sur des aliments.

 En 1815, Louis Joseph Gay-Lussac a décrit la fermentation alcoolique par des micro-
organismes.

 La première enzyme (Diastase) a été découverte en 1833 par Anselme Payen et Jean-
François Persoz. En traitant un extrait aqueux de malt avec de l’éthanol, ils ont fait
précipiter une substance, sensible à la chaleur et capable d’hydrolyser l’amidon : la diastase.

 En 1836, Theodor Schwann a isolé la Pepsine qu’il avait déjà décrite en 1834. C’est la
première enzyme isolée à partir d’un tissu animal.

 En 1897, Kuhne a donné le nom d’enzyme aux substances qui catalysent des réactions
enzymatiques.

 Henri et Brown étaient les premiers, en 1902, à proposer un modèle dans lequel il y a
formation d’un complexe intermédiaire enzyme-substrat (E-S).

 L’uréase, capable de donner de l’ammoniaque et du CO2 à partir de l’urée, est la première

enzyme cristallisée en 1926.

 La pepsine, la trypsine et la chymotrypsine ont ensuite été cristallisées par Northrop et

ces collaborateurs. Ces chercheurs ont démontré que les cristaux de protéines étaient des
enzymes pures.

 Dans les années 1930, Otto Warburg a établi les bases de la purification des enzymes, ce qui
a permis d’expliciter un grand nombre de phénomènes physiologiques (la glycolyse dans le
muscle, la luminescence chez le ver luisant et finalement la synthèse de l'ADN).

 En 1955, Sanger a établi la séquence des acides aminés qui compose l’insuline, avant qu’en
1966, Merrifield et Wang ne mettent au point une voie de synthèse.

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L’enzymologie devient une science à part entière

Progressivement, le champ d’application des enzymes s’est élargi, avec

notamment des applications dans le domaine médical (exemple le

traitement des désordres digestifs par des enzymes pancréatiques), en

chimie analytique ou encore dans le domaine agro-alimentaire (exemple

l’utilisation de l’Amylase et de la Glucose isomérase pour la production

du sirop de fructose à partir d’amidon de maïs).

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2. Propriétés générales

En générale, les enzymes sont doués de :

Sélectivité : une réaction précise nécessite une enzyme précise.

Répétitivité : l’enzyme peut effectuer un grand nombre (infini) de cycles sans être
modifiée.

A. Spécificité et stéréospécificité.

Spécificité absolue : Se traduit par la propriété d’une enzyme de ne transformer qu'un

seul substrat en un ou plusieurs produits.

Spécificité structurale : Une enzyme peut transformer plusieurs substrats ayant des
structures moléculaires analogues. Exemple, l'Hexokinase peut phosphoryler plusieurs
hexoses : le glucose, le fructose et le mannose.

Stéréospécificité : La plupart des réactions enzymatiques sont dotées de stéréospécificité,

propriété de certaines enzymes de ne transformer qu'un seul isomère stérique d'une
molécule. (Réaction produisant un seul stéréo-isomère).
Exemple : Hexokinase ne peut phosphoryler que le D-glucose et non le L-glucose.

Spécificité de substrat : Des enzymes distinctes agissant sur un même substrat ne se lient
pas généralement avec la même partie de la molécule. Cette spécificité des enzymes n'est
toutefois pas absolue. Les peroxydases agissent sur des substrats différents.

Spécificité d'action : Une enzyme ne catalyse qu'un seul type de réaction chimique pour
un substrat donné.

Ex : Une déshydrogénase catalyse une oxydation par retrait d'hydrogène,

Une carboxylase catalyse une réaction de carboxylation, c'est-à-dire de fixation de
CO2 sur le substrat.

Certaines enzymes catalysent deux types de réactions chimiques :

La Rubisco, abondante dans les cellules chlorophylliennes, permet la fixation du CO2
dans les molécules organiques et également l'oxygénation du ribulose biphosphate.

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 B. Réversibilité de l’action des enzymes.
Beaucoup de réactions enzymatiques sont réversible, le substrat se transforme en produit
à l’aide d’une enzyme et le produit peut lui aussi donner le substrat initial. Cependant,
l’enzyme ne catalyse que dans un sens unique de la réaction.

Une réaction enzymatique réversible (Ex, la conversion du glucose en fructose par

Glucose isomérase peut être représentée par le schéma suivant :

La réaction passe par les étapes réversibles de formation d'un complexe d'enzyme-
substrat (ES), la conversion au complexe enzyme-produit (EP) et, enfin, la désorption du
produit.
Selon la définition classique, il y a une double spécificité des enzymes: d'action et de
substrat. De plus, les enzymes catalysent des réactions thermodynamiquement possibles
(en abaissant l'énergie d'activation), ou alors en couplant une réaction endergonique avec
une exergonique. La réaction qui se produit dans un sens, doit être couplée à une autre
réaction (par exemple l'hydrolyse d'ATP) pour fonctionner dans l'autre sens, et donc il
faut une enzyme différente.

Bien qu'une enzyme ne peut jamais changer la position d'équilibre d'une réaction
catalysée, car elle n'a aucun effet sur le changement d'énergie libre standard en cause,
elle peut favoriser la réaction dans un sens plutôt que son contraire. Il est peu probable
que la même préparation enzymatique serait optimale pour catalyser une réaction
réversible dans les deux sens.

L'enzyme se lie avec le substrat sous forme de complexes enzyme-substrat, mais sa liaison
au produit reste faible.

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 3. Classification des enzymes
Les enzymes sont classées en fonction de leur activité catalytique.
Une nomenclature a été proposée par la Commission des Enzymes de l'Union Internationale
de Biochimie divisant les enzymes en six grandes classes :

 Chaque enzyme, en fait, chaque réaction particulière, est reconnue par un code
constitué des initiales E.C. suivies de quatre nombres "E.C.a.b.c.d"

Les nombres de ce code représentent successivement :

• a : la classe à laquelle appartient la réaction (de 1 à 6)

• b : la sous-classe,

• c : la sous-sous classe,

• d : le n° d’ordre de cette réaction dans la sous-sous-classe considérée.

E.C (classe) Classification Type de réaction catalysée Co-enzyme impliqué

E.C.1 Oxydoréductases Oxydo-réduction NAD(P)+

E.C.2 Transférases Transfèret de groupement Phhosphate de

fonctionnel pyridoxal

E.C.3 Hydrolases Hydrolyse Aucun

E.C.4 Lyases Elimination de groupement et Pyrophosphate de

formation de doubles liaisons thiamine

E.C.5 Isomérases Isomérisation (de position de Phhosphate de

groupe ou de fonction) pyridoxal
E.C.6 Ligases Formation de liaisons couplées ATP
à l’hydrolyse de l’ATP

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 Exemple d’enzyme : Glucose oxydase : EC [Link].
EC 1 : Oxydoréductase
EC 1.1 : Agissant sur le groupe CH-OH du donneur
EC 1.1.3 : Avec l'oxygène comme accepteur
Le dernier chiffre est le numéro individuel de l’enzyme, il permet
un classement supplémentaire en fonction du substrat sur lequel
l'enzyme agit. Ex : Alanine déshydrogenase…
Remarques :
 Glutamate déshydrogénase met en évidence la notion d'isoenzymes ou d'isoformes de
la "même" enzyme : (E.C.[Link], E.C.[Link] ou E.C.[Link])
 Certaines Lyases catalysent des réactions dont l’équilibre est en faveur du substrat ;
elles peuvent donc catalyser la formation de liaisons covalentes, et on leur donne
parfois le nom de Synthases. Il faut éviter de confondre ces Lyases avec les Ligases

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 (classe 6) dont l’action catalytique fait toujours intervenir une molécule de nucléoside
triphosphate (ATP ou autre).

Question : Translocase !!?

 Nomenclature des enzymes

L’Hexokinase reçoit le code E.C.[Link]; certaines hexokinases se révèlent très

spécifiques, et on leur attribue alors un n° de code différent (n° d’ordre de cette réaction
dans la sous-sous-classe), comme la Glucokinase, spécifique du glucose : E.C.[Link].

En plus du code E.C .de la nomenclature commission internationale de biochimie, les

enzymes sont connues par leurs noms systématiques et ordinaires.

Nom systématique Nom ordinaire

L-Lactate : NAD oxydoréductase EC [Link] Lactate déshydrogénase
ATP : glucose-6-phosphotransférase EC [Link] Glucokinase
Acétate : CoA ligase (AMP) EC [Link] Acétyl-CoA synthétase
Succinate : CoA ligase (GDP) EC [Link] Succinyl-CoA synthétase

II. Structure des enzymes

Certaine enzyme incorpore des groupes chimiques non-protéiques, fixés soit de façon
covalente ou non-covalente :
- Holoenzyme : complexe actif composé par la protéine et le cofacteur
- Apoenzyme : partie protéique du complexe actif
- Coenzyme : cofacteur organique (ex. certaines vitamines, …) Rôle d’accepteur et/ou
de donneur d’électrons et de protons.
- Métallo-enzymes : incorporent des cations divalents (Mg2+, Ca2+, Zn2+) et les ions
des métaux de transition (Fe, Cu, Ni, Co...) soit pour stabiliser la conformation de la
protéine (enzyme), soit ils sont impliqués directement dans le mécanisme
enzymatique

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 1. Nature et localisation des enzymes

Les enzymes sont, majoritairement, des protéines dotés de pouvoir catalyseur.

Ceux-ci sont retrouvés dans les cellules de tout organisme, notamment dans le pancréas, le
foie… et dans certains organites comme les plastes (végétaux), les mitochondries,
lysosomes… chez les bactéries, les enzymes sont retrouvés surtout dans le cytoplasme.

Les Ribozymes font l’exception, se sont des enzymes de nature non protéique. ,
la synthèse des protéines se déroule sur les ribosomes, et c’est un ARN qui catalyse la
formation de la liaison peptidique.
 Le ribosome, son site actif catalyse la réaction de synthèse des liaisons peptidiques, il
est composé par des ARN ribosomiaux.

 L’ARN de la Ribonucléase P intervient dans la maturation des ARNt.

2. Conformation spatiale et activité biologique

L’ordre, dans lequel sont arrangés les acides aminés, constitue la structure primaire des
enzymes.

Les enzymes (protéines) ont tendance à se replier sur elles-mêmes afin de former des
arrangements secondaires principalement en hélices α et en feuillets β ; cette structure est
stabilisée grâce à la génération de liaisons hydrogènes.

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L’arrangement de ces structures secondaires les unes par rapport aux autres forme une
structure tertiaire qui, elle, sera stabilisée par des ponts disulfures.

Représentation schématique de la structure tertiaire de la Glucose oxydase

La structure tertiaire définitivement repliée et compactée correspond à l’état natif (protéine

globulaire) stabilisée par des liaisons : hydrogènes, hydrophobes, ioniques, pont disulfures.
 Cette forme permet l’activité enzymatique.

Pour certains enzymes, un niveau d’organisation supplémentaire est distingué : La Structure

quaternaire.
La structure tridimensionnelle de l’enzyme lui donnera sa spécificité en permettant à celle-ci
de reconnaître un substrat, en particulier via une région distincte de l’enzyme, appelée le
site actif. Cette structure quaternaire peut même être décrite pour les très grosses enzymes.

Représentation schématique de la structure quaternaire de la Glucose déshydrogénase

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3. Formation et structure du site actif
- Les enzymes sont en général des protéines globulaires.
- Le site actif est formé d’un site de fixation et d’un site catalytique.
- Le site de fixation reconnaît la structure du substrat et détermine l’affinité et la
spécificité de la réaction.
- Le site catalytique permet la transformation du substrat en produit et détermine la
vitesse de la réaction.
- Le substrat va se lier à l’enzyme afin de former un complexe intermédiaire enzyme-
substrat.
- Suite à la rupture de cette liaison (E-S), dont la durée de vie est limitée et bien définie,
un produit va être formé et le site actif de l’enzyme se retrouve disponible pour une
nouvelle catalyse.

Représentation spatiale d’une enzyme à proximité de son substrat

Compatibilité des structures de l’enzyme et celle du substrat

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Ultra-structure chimique du site actif - Liaisons chimiques entre E et S

Formation du complexe ES et libération du produit

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À retenir:

- La structure tertiaire de l’enzyme et les acides aminés constituant le site actif sont
déterminants pour la fixation sélective du substrat et pour l’efficacité de la catalyse.
- Le substrat modifie localement la conformation de l’enzyme
- Les enzymes reconnaissent spécifiquement leurs substrats.
- Les réactions enzymatiques ne forment aucun produit secondaire.
- Les enzymes possèdent une affinité remarquable pour l’état de transition des
réactions qu’elles catalysent.
- Certaines enzymes ne sont constituées que d’une partie protéique qui assure à la fois
la reconnaissance du substrat et sa transformation.
- D’autres comprennent une partie protéique (apoenzyme) spécifique de la fixation du
substrat et une partie non protéique (groupement prosthétique, cofacteur ou
coenzyme) spécifique de la réaction catalysée.
- Des ions métalliques (Ca++, Mg++, Zn++) peuvent être nécessaires à la réaction
(métalloenzymes).

- Ex : Coenzymes redox :
 Les réactions catalysées par les Déshydrogénases utilisent comme coenzyme
des transporteurs de protons et d’électrons.
 Ils possèdent un noyau flavinique comme le FAD et FMN ou nicotinamide
comme le NAD+ et le NADP+

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