BIOCHIMIE :

CHAPITRE 1 : NOTION DE BIOCHIMIE :

1. Définition des concepts de matière et d’énergie

1. 1. Matière :

Tout ce qui occupe un volume et possède une masse

Chimie de la matière : étudie la nature, les modes d’association et d’interaction de ses

unités

ÉTATS DE LA MATIÈRE :

Les solides : os et dents

Les liquides : plasma sanguin

Les gaz : l’air expiré

1. 2. Énergie :

Énergie : capacité à fournir un travail

Type d’énergie :

ÉNERGIE CINÉTIQUE : représentée par le mouvement (mobilité)

ÉNERGIE POTENTIELLE : énergie stockée ou inactive

Formes d’énergie :

Jouent un rôle dans le fonctionnement de l’organisme

ÉNERGIE CHIMIQUE : emmagasinée dans liaisons entre les atomes (sous forme potentielle)

ATP, liaisons chimiques

ÉNERGIE ÉLECTRIQUE : résulte du mouvement de particules chargées

ions : Y signaux électriques (influx nerveux, coeur)

ÉNERGIE MÉCANIQUE : Y directement un mouvement de matière

ÉNERGIE ÉLECTROMAGNÉTIQUE : ondes de longueur variable constituent le spectre

magnétique : lumière visible, rayons X, infrarouges, ultraviolets, ondes radios

CONVERSION D’UNE ÉNERGIE EN UNE AUTRE :

- Énergie chimique (essence) en énergie mécanique (fait tourner le moteur) et en énergie

cinétique (propulsion du bateau)

- ATP (énergie chimique) : énergie mécanique ou autre + chaleur = augmentation vitesse de

réaction)

1) Forme n’énergie contenant aliments ? Énergie chimique

2) Forme d’énergie pour transmettre messages d’une partie du corps à une autre ? Énergie
électrique

3) Type d’énergie quand une personne se tient immobile ? Et quand on fait de l’exercice ?
Potentielle / Cinétique

UV : pigmentation, cancer et vieillissement cutanée

Lumière visible : vision, sécrétion hormone de croissance
IR : isolation, chaleur
Agitation thermique donc augmentation de la probabilité de rencontre des
substrats biochimiques
2. Composition de la matière : atomes et éléments

Éléments : substances uniques et fondamentales de la matière, impossible à décomposer en

substances plus simple par les méthodes chimiques ordinaires

Carbone, Hydrogène, Oxygène, Azote = 96% masse corporelle

OXYGÈNE (O) - Constituant important mol organiques (avec

C) et mol inorganiques (sans C)

- État gazeux : Y° ATP

CARBONE (C) - Principal composant mol organiques :
Glucides, Lipides, Protéines, Acides
Nucléiques

HYDROGÈNE (H) - Présent dans toutes les mol organiques

- Sous forme d’ions (proton)

- Concentration détermine pH liquides

organisme

AZOTE (N) - Présent dans protéines et acides nucléiques

- Sous forme de sel : os et dents

- Sous forme d’ions (Ca2+) : contractions

CALCIUM (Ca) musculaires, transmission influx nerveux, et
coagulation sang

PHOSPHORE (P) - Constituant du phosphate de calcium (sel le

plus présent ds os et dents)

- Présent dans ATP et acides nucléiques

POTASSIUM (K) - Ion positif (K+)le plus abondant ds cellules

- Propagation influx nerveux

- Contraction musculaire
SOUFFRE (S) - Présent dans protéines (protéines
musculaires)
- Ion positif (Na+) des liquides extracellulaires

SODIUM (Na) - Équilibre hydrique

- Conduction influx nerveux

- Contraction musculaire

CHLORE (Cl) - Ion négatif (Cl-) le plus abondant des

liquides extracellulaires

MAGNÉSIUM (Mg) - Présent dans les os

- Cofacteur important ds de nombreuses

réactions métaboliques

IODE (I) - Sous forme ionique (iodure, I-), essentiel à

Y° d’hormones thyroïdiennes

FER (Fe) - Sous forme ionique , constituant de

l’hémoglobine (assure transport oxygène ds
GR) et certaines enzymes
 Atomes confères propriétés caractéristiques à élément :

- Propriétés physiques : détectables par sens (couleur/texture) ou avec instruments (point

d’ébullition, de congélation)

- Propriétés chimiques : interaction atomes entre eux (liaisons) et explique pq fer rouille,
digestion,..

2. 1. Structure de l’atome :

Éléments constitués d’atomes.

Atomes : formés de protons (positifs), électrons (négatifs), neutrons (neutres)

Neutrons + Protons = Nucléons : dans noyau et représentent pratiquement tout la masse de

l’atome

Électrons : occupent couches électroniques autour du noyau

Nombres électrons = nombres protons

2. 2. Identification des éléments :

NUMÉRO ATOMIQUE (Z) = nombre de protons (électrons)

NOMBRE DE MASSE (A = Z + N) : nombre de protons + nombres de neutrons

42He : 4 = A et 2 = Z
ISOTOPES : même Z mais A différents

MASSE ATOMIQUE : environ = au nombre de masse de son isotope le plus abondant

2. 3. Radio-isotopes :

Désintégration atomique = radioactivité (désintégrat° noyau radioactif = minuscule

explosion) :

- isotope lourd sont instables et leurs atomes de décomposent en forme plus stable

- Émission particules alpha, bêta ou rayons gamma

- Utile pour diagnostic médical (tissus endommagés ou cancéreux) + recherche en biochimie

(iode 131 : évaluation taille et activité glande thyroïdienne : cancéreuse)

Demi-vie : temps qu’un radio-isotope perde la 1/2 de son activité.

4) Éléments composant la majeure partie de la matière vivante ? H,O,C,N

5) Nombre de masse = 207, 125 neutrons, combien d’électrons et protons ? Où sont-il

situés ? 82, situés autour du noyau
6) Différence entre nombre de masse et masse atomique ? Nombre de masse = somme
nucléons ; Masse atomique = relative à son isotope

3. Composition de la matière : atomes et éléments

3. 1. Molécules et composés :
Molécules : ensemble de plusieurs atomes du même élément unis par des liaisons chimiques
(plus petite unité)

Composé : ensemble de plusieurs atomes d’éléments différents

Composant : un ou plusieurs constituants (ex : eau + sucre)

3. 2. Mélanges :

Mélange : association sans réactions chimiques de 2 ou plusieurs constituants, physiquement

entremêlés mais conservant leurs propriétés respectives.

la substance la plus abondante : SOLVANT (souvent un liquide)

la substance la moins abondante : SOLUTÉ

3 catégories (par ordre de taille des solutés) :

- Solutions

- Colloïdes

- Suspensions

Solutions : mélanges homogènes (même composition partout) de substances (gaz, liquide,

solide)

particules infimes : ne se décomposent pas et ne diffusent pas la lumière

concentration exprimée en pourcentage ou molarité

Solutions Vraies : solutions du corps (gaz, liquides, solides dissous dans l’eau

transparentes (mélanges glucose/eau, …)

Mole : élément d’un composé contenant un nombre de grammes = à la masse moléculaire

(somme des masses atomiques) du composé.

Nombre d’Avogadro : mole contenant le même nombre de particules de soluté : 6,02x1023

Colloïdes : mélanges hétérogènes (composit° varie d’un endroit à l’autre)

translucide ou laiteux

particules de solutés plus grosses que dans solution

diffuse la lumière mais ne se dépose pas (ex: cytosol : protéines dispersées)

Suspensions : hétérogènes

particules de très grandes tailles

diffuse la lumière et se déposent (ex : sang)

3. 3. Différences entre mélanges et composés :

MÉLANGES COMPOSÉS

pas de liaisons chimiques entre les constituants Liaisons chimiques (atomes liés entre eux)
(propriétés conservées)

Molécules peuvent être séparées par des méthodes Pas de séparations des molécules
chimiques ou des moyens chimiques

Hétérogènes ou homogènes Toujours homogènes

7) Définition molécule ? Ensemble d’atomes unis par des liaisons chimiques.
8) Pourquoi chlorure de sodium est un composé et que oxygène gazeux ne l’est pas ? Car
chlorure de sodium contient des liaisons chimique et que O est un élément isolé.
9) Sang contient liquide + cellules vivantes. Composé ou mélange ? C’est un mélange car il
n’y a pas de liaisons chimiques et on peut séparer les substances. De plus c’est un mélange
hétérogène, or un composé est toujours homogène.

4. Liaisons chimiques

Liaisons chimiques : maintiennent ensemble les atomes combinés

circulation d’énergie

constitués d’électrons

pas de structure physique : relation énergétique entre électrons des atomes

4. 1. Rôle des électrons dans les saisons chimiques :

Couches électroniques : région de l’espace occupée par les électrons (niveau d’énergie)

Couches :
1) 2 électrons max

2) 8 électrons max

3) 8 électrons max

Couche de covalence : la plus éloignée du noyau

la plus grande énergie

Atome stable = couches remplis (gaz rares), chimiquement inerte non réactif (aréactif)
Réactivité = couche de covalence pas remplie (échanges d’électrons entre atomes pour
atteindre un état stable)

4. 2. Types de liaisons chimique (3 types) :

LIAISONS IONIQUES :

Liaison ionique : liaison chimique formée par le transfert d’un ou plusieurs électrons entre
atomes

échange définis d’électrons

Ions : atome possédant une ou des charges électriques

Anions : accepteurs d’électrons

ions négatifs
plus d’électrons que de protons

Cations : donneurs d’électrons

ions positifs

moins d’électrons que de protons

Composés ioniques : souvent des sels

 LIAISONS COVALENTES :

Liaison covalente : partage de paires d’électrons

échange réciproque et réversible (non définitif)

Molécule polaire (DIPÔLE) : (molécule d’eau) répartition électrons inégale + rôle important dans
R.C qui se déroulent dans les cellules de l’organisme.
Molécule non polaire : électrons répartis de façon égale

Liaison covalente simple : les 2 atomes partagent une paire d’électrons

Liaisons covalentes doubles ou triples : 2 ou 3 paires d’électrons

Électropositifs : perte de leurs propres électrons de valence au profit d’autres atomes (K, Na)

Électronégatifs : attire électrons de valence (O, N)

LIAISONS HYDROGÈNES :

Liaison hydrogène : liaison faible entre atomes d’hydrogène, déjà lié de façon covalente à un
atome électronégatif et un autre atome électropositif.

échange non définitif mais garde pendant un court instant électrons

échangé

liaison solide si nombreuses

retiennent ensemble différentes molécules (eau) ou différentes parties

d’une même molécule (protéines)

favorise tension superficielle (rosée, insectes patineurs)

liaison intramoléculaires : maintiennent et stabilisent structure grosses

molécules (protéines, ADN) + solvant

Exemples rôles L.H :

ADN LH entre les deux brins, maintient structure 3D protéines, solubilisation molécules
dans le solvant
4) Quel type de liaison se forme entre molécule d’eau ? Liaisons hydrogènes

5) Pourquoi Oxygène (8) se combine facilement avec d’autres éléments mais pas Argon (18) ?
Car Argon = atome stable (couches remplies) et Oxygène ne l’est pas (6 électrons sur couche
de valence)

5. Réactions chimiques
Il y a R.C quand il y a formation, modification, ou rupture des liaisons chimiques

5. 1. Équations chimiques :

R.C représentées par des équations chimiques : combinaisons d’atomes

Chimie : Réactifs Produits

Biochimie : Substrats Produits

H+H H2
4H + C CH4

Coefficient stoechiométrique : quantité réactifs = quantité produits 4H+C = CH4

5. 2. Modes de réactions chimiques :

RÉACTION DE SYNTHÈSE :

Combinaison atomes ou molécules pour former molécule plus grosse et plus complexe :

A+B AB

Base activités ANABOLIQUES : glucose glycogène

AA protéine

RÉACTION DE DÉGRADATION :

Molécule brisée en molécules plus petite ou en chacun des atomes la constituant :

AB A+B

Base activités CATABOLIQUES : glycogène glucose

protéine AA

RÉACTION D’ÉCHANGE (SUBSTITUTION) :

Synthèse + Dégradation : création et rupture simultanée de liaisons

AB + C AC + B et AB + CD AD + CB

Glucose + ATP Glucose-P + ADP : glucose prisonnier dans cellule

 RÉACTION D’OXYDORÉDUCTION :

Échanges d’électrons et protons (redistribution)

Mol sans protons ni électrons vont captés ceux-ci : COENZYMES

Perte électrons = donneur électrons : OXYDÉ

Gagne électrons = accepteur électrons : RÉDUIT

RESPIRATION CELLULAIRE :

Y° ATP par dégradation de glucose

C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O + ATP

Glucose + Oxygène Gaz carbonique eau + Énergie cellulaire

5. 3. Variations d’énergie :

L.C = relation énergétique, R.C entraîne perte ou gain net d’énergie

Réactions éxergoniques : libèrent énergie (ou chaleur) : catabolisme

Réactions endergoniques : absorbent énergie (ou chaleur) : anabolisme

5. 4. Réversibilité des réactions :

Conditions inchangés : toute R.C = ÉTAT D’ÉQUILIBRE : réaction se poursuit à la même vitesse
dans les deux directions

Réaction réversible : A+B AB

Toute R.C est théoriquement réversible, mais chez les êtres vivants, de nombreuses réactions se
déroulent dans 1 seule direction à cause des besoins énergétiques ou utilisation/élimination
produits :

Réaction irréversible : A+B AB

5. 5. Facteurs influant la vitesse des réactions chimiques :

Température : (haute)
Augmentation force et taux de collision = augmentation vitesse réaction

Concentration :
Particules présentent en grand nombre = augmentation vitesse réaction (chances collision plus
élevées)

Élimination ou ajout de particules = augmentation vitesse réaction

Taille des particules :

Petites = déplacement plus rapide = donc augmentation vitesse réaction

Catalyseurs :

Ajout de catalyseurs = augmentation vitesse réaction

enzymes = biocatalyseurs

Catalyseurs ne subissent pas de changements chimiques

R.C se Y que lorsque particules entre en collision et qu’il se Y des interactions entre leurs
électrons de valence.
Plus les particules réactives sont petites, plus leur énergie cinétique est élevée et plus le
taux de réaction est élevée

6) Digestion lipides par intestins ? Réaction de dégradation

7) Pq nombre de réactions dégradation sont-elles pratiquement irréversibles ? Car les

produits sont consommés pour produire de l’énergie ou de la synthèse.
8) Transformation combustibles provenant aliments en énergie ? Oxydation : exergonite