Salmonella
L3 Pharmacie, FMPO-UCAD
Année Universitaire 2022
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Objectifs
- Citer 3 caractères bactériologiques essentiels pour orienter
l’identification des Salmonelles
- Citer 3 sérotypes majeurs impliqués dans la fièvre typhoïde
- Décrire les modes de contamination des Salmonelles
- Citer trois facteurs de pathogénicité des Salmonelles
- Citer 3 milieux d’enrichissement des Salmonelles
- Décrire les étapes du diagnostic bactériologique d’une
salmonellose
- Citer deux vaccins utilisés dans la prévention des infections à
Salmonelles
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Plan
Introduction
Historique
Classification
Caractères bactériologiques
Epidémiologie
Pouvoir pathogène
Diagnostic au laboratoire
Sensibilité aux antibiotiques
Traitement et Prophylaxie
Conclusion
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Introduction
Définition
Bactéries à Gram négatif appartenant famille
Enterobacteriaceae, et au genre Salmonella
pathogènes spécifiques présentes dans intestinaux
animaux et vertébrés, disséminées dans nature par excréta
Souvent pathogènes des animaux à sang chaud
Responsables de pathologies (salmonelloses) liées au péril
fécal
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Introduction
Intérêt
- Clinique : fièvre typhoïde et toxi-infection alimentaires
- Thérapeutique : apparition de souches résistantes aux
antibiotiques
- Prévention : existe de vaccins pour prévenir les infections à
salmonelles
- Epidémiologie : forte incidence de la salmonellose chez la
population humaine, et notion de portage
- Domaine vétérinaire : pertes économiques dues à la maladie
animale
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Historique
1873 : Description par Bretonneau
1880 : Eberth découvre l'agent responsable de la
fièvre typhoïde (Bacille d’Eberth)
1884 : Gaffky cultive de la bactérie
1896 : Widal met en évidence la diversité antigénique
des souches de salmonelles
Kauffman : Inventaire antigénique
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Classification
Famille : Enterobacteriaceae
Genre : Salmonella
Espèces : Salmonella bongori
Salmonella enterica
(> 2 500 sérotypes )
Sous espèces : Salmonella enterica subsp. enterica
Salmonella enterica subsp. arizonae
Salmonella enterica subsp. diarizonae
Salmonella enterica subsp. houtenae
Salmonella enterica subsp. indica
Salmonella enterica subsp. salamae
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Classification
Sérotypes > 2500 sérovars
Désigner sérovar par un nom rappelant
soit pouvoir pathogène (S. Typhi)
soit nom ville premier isolat (S. Mbao)
Salmonella enterica, subsp enterica, sérovar Mbao
Salmonella enterica, subsp enterica, sér O43; h i 1,2
Salmonella Mbao
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Caractères bactériologiques
Morphologie
Bacilles à Gram Négatif
Longueur : 1 - 6 μm, Largeur : 0,3 – 1 μm
Mobiles par ciliature péritriche
(exception sérovar Gallinarum - Pullorum)
Culture
Prototrophes
Mésophiles ( t°: 5,2°C- 47 °C )
pH : 4,5 - 9
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Caractères bactériologiques
Biochimie
Caractères généraux Entérobactéries
Uréase (-), TDA (-), indole (-), VP (-), ONPG (-)
H2S (+), Gaz (+)
LDC (+) ODC (+)
Citrate de Simmons (+)
Exceptions
S. Paratyphi A : H2S (-), LDC (-)
S. Typhi : H2S en pointe, gaz (-), CS (-)
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Caractères bactériologiques
Antigènes
Antigènes somatiques O
Partie spécifique du lipopolyssaccharide,
structure polysaccharidique,
Classés en: facteurs O majeurs stables ex : O:2 ,O:4, O:9
facteurs O accessoires ex:1, 5, 12
Détermination par agglutination sur lame à l’aide
d’anticorps polyclonaux (7 polyvalents, 55 monovalents)
Stables, résistent à l'alcool et au phénol pdt 2h 30 à la
température de 100°C
Problèmes : le phénotype rough
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Caractères bactériologiques
Les antigènes flagellaires H
Polymères d’une sous unité protéique : la flagelline
Habituellement diphasiques
2 gènes (fliC et fljB) alternativement exprimés
Détermination des 2 phases par agglutination sur lame avec
anticorps polyclonaux (12 polyvalents, 85 monovalents) et
d’une inversion de phase
Thermolabile, détruit par chaleur (100°C), alcool et
ferments protéolytiques
Résiste au formol
Problème : souches monophasiques et immobiles
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Caractères bactériologiques
Antigènes d’enveloppe
Ag Vi polysaccharidiques (Typhi, Paratyphi C, Dublin)
Détermination par agglutination sur lame à l’aide
d’un Ac polyclonal
Rend germes inagglutinables par les Ac O qd abondant
Ne se développe <25°C et > 40°C
Un chauffage à 100°C le détruit et les germes deviennent
agglutinables par Ac O
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Caractères bactériologiques
Antigènes de Salmonella
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Classification de Kauffman White
Résumé de la structure antigénique réelle des
Salmonelles (détermination des antigènes O, H, et Vi)
Groupe O ( A) 1; 2 Ag O AgH1 AgH2
Paratyphi A 1, 2; 12 a -
Groupe O ( B) 4
Typhimurium 1,4, [5 ]12 i 1,2
Paratyphi B
1,4 [5],12 b 1,2
Groupe O (D ) 9
Enteritidis 1,9, 12 g; m -
Typhi
1,9,12 [Vi] d -
En crochet les Ag qui varient facilement par mutation
Souligné ceux déterminés par phages ou plasmides
(perte ou acquisition possibles à tout moment)
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Epidémiologie
Salmonelloses Majeures
Espèces Adaptées à l'homme : Typhi, Paratyphi A, B et C
Responsables des fièvres typhoïdes
Homme seul réservoir
Contamination par ingestion d'eau ou aliments contaminés
par selles d'origine humaine
Maladie du péril fécal (zones hygiène précaire) : PVD en
Asie, Afrique et Amérique Latine
26,9 millions de fièvre typhoïde en 2010, 1 % de létalité
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Epidémiologie
En 2017, la typhoïde a atteint près de 11 millions de cas et causé
116 000 décès dans le monde, principalement en Asie et en
Afrique subsaharienne.
France en 2018, salmonelles responsables de 51% des TIAC
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Epidémiologie
Salmonelloses majeures (suite)
Intestin des animaux (volailles et les porcs)
Environnement
Éliminées par matières fécales et résistent bien dans le
milieu extérieur
L'homme contaminé par voie digestive
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Epidémiologie
Salmonelloses mineures
Maladie grave parfois mortelle
Zoonose + fréquente dans pays européens
Infection après ingestion de produits d'origine animale
Présentes dans denrées alimentaires (œuf cru, volaille,
porc, bœuf, produits carnets et laitiers)
Gastro-entérites provoquées par des Salmonella
ubiquistes présentes chez l'homme et les animaux
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Epidémiologie
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Pouvoir pathogène
Pouvoir entéro-invasif: pénètrent cellules muqueuse
intestinale
Souches à propagation bactériémique se multiplient dans
ganglions mésentériques
passent dans circulation sanguine (bactériémie)
bactéries détruites sur place
et libèrent l'endotoxine responsable troubles nerveux
et végétatifs de la typhoïde
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Pouvoir pathogène
Mécanisme : Colonisation – Invasion
Voie de pénétration : Digestive
Dose Infectante plus faible si achlorydrie
Pénétration par muqueuse intestinale (iléon et colon )
au niveau (cellules M) plaque de Peyer
Infection systémique
Migration système lymphatique ; sang, SRE, foie, rate,
voies biliaires, Intestin
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Pouvoir pathogène
Facteurs de pathogénicité
- Adhésines : Fimbriae ( muqueuses intestinales)
Invasion cellules intestinales
- Plasmide de virulence: présent chez tous sauf Typhi
- Îlots de pathogénicité: Traversée muqueuse digestive
Envahissement cellules épith.
Contact avec cellule =Activation
Secrétions de protéines exportées qui
induisent remaniement cytosquelette
aboutissant ingestion bactérie par
cellule épithéliale
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Pouvoir pathogène
Facteurs de pathogénicité
La bactérie transforme cellule épithéliale en phagocyte
La bactérie phagocytée survit et se multiplie dans les
macrophages
persiste dans le phagosome
Induit la mort par apoptose
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Pouvoir pathogène
Manifestations cliniques
3 types de manifestations cliniques
- Formes bactériémiques
Strictement humaines
fièvres typhoïde et paratyphoïde dues à
S. Typhi, Para A, Para B et Para C
bactériémies à point de départ lymphatique
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Pouvoir pathogène
Formes bactériémiques
La phase d'incubation dure 2 semaines
Phase d'invasion (1er septennaire) associe:
fièvre élevée (40°), maux de tête, insomnies,
vertiges, épistaxis, une anorexie et nausées
Phase d'état (2ème septennaire) associe:
fièvre élevée (40°), diarrhée,
troubles de la conscience
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Pouvoir pathogène
-Toxi-infections alimentaires
Tableau de gastro-entérites
Tous les autres sérovars mais aussi Para B et C
- Manifestations extra-digestives
Divers sérovars en cause
Plus fréquentes chez sujets fragilisés
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Pouvoir pathogène
Manifestations extra-digestives (suite)
- Infections pleuro-pulmonaires
- Atteintes ostéo-articulaires : arthrites septique ou
réactive, ostéomyélite, ostéite
- Infections cardio-vasculaires : péricardites, artérites,
infections sur prothèses
- Infections urinaires
- Infections abdominales : cholécystites, abcès du foie,
abcès rate
- Infections SNC: méningites, abcès cerveau, hématome
sous-dural infecté, abcès épidural
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Diagnostic au laboratoire
Prélèvements
Sang, selles , urines, pus, aliments, vomissures, eau, etc.
Mise en évidence de Salmonella
directe (culture)
indirecte (sérologie)
Salmonella Typhi, Paratyphi A, B, C isolés de préférence
dans sang et matières fécales des typhoïdiques
Salmonella provoquant intoxications alimentaires ou
gastro-entérites aiguës toujours recherchées dans
matières fécales et aliments
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Diagnostic au laboratoire
Isolement
Milieux d'enrichissement
Bouillon au sélénite
Bouillon à base de tétrathionate (Muëller Kauffmann)
Bouillon Rapapport de Vassiliadis: vert de malachite et
chlorure de magnésium
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Diagnostic au laboratoire
Milieux d’isolement
Contiennent variété d'association de facteurs sélectifs:
Milieux Hektoen, Salmonella -Shigella (SS),
Gélose vert brillant et rouge de phénol (VB-RP),
Gélose Xylose Lysine désoxycholate (XLD)
Gélose Chromogar +++
Salmonella apparaissent sous forme de colonies
caractéristiques (forme, couleur et morphologie)
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Diagnostic au laboratoire
Milieux Colonies Suspectes Autres colonies non suspectes
Salmonella
Gélose Colonies vertes ou bleues Colonies jaunes car lactose +
Hektoen (lactose -) centre noir (H2S+)
Gélose SS Colonies incolores (lactose -) Colonies rouges car lactose +
centre noir (H2S+)
Gélose DCL Colonies incolores (lactose -) Colonies rouges car lactose +
centre noir (H2S+)
Gélose Colonies rose-framboise Colonies vertes, rouges,
Chromogar entourées d’un halot clair marron
(Exception S. Paratyphi A:
colonies jaune-pâle)
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Diagnostic au laboratoire
Milieux de culture Salmonella
Milieu Chromogar
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Diagnostic au laboratoire
Lyse par le phage 01 (Félix et Callow)
Epreuve de confirmation appartenance à Salmonella
Identification biochimique colonies suspectes
Par minigalerie (Kliger - Hajna , citrate de Simmons,
urée- tryptophane, mannitol mobilité)
à compléter par d’autres tests
Lactose (-)
SH2 (+)
Glucose (+) Gaz (-)
S. Typhi 34
Diagnostic au laboratoire
Identification biochimique colonies suspectes
Par systèmes standardisés
API 20 E, RAPID 20 E,
Entérotubes Roches, MIS entérobactéries
Par Maldi-Tof
Biologie Moléculaire
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Diagnostic au laboratoire
Milieux Caractères Salmonella Salmonella typhiques
biochimiques non typhiques
[Link] [Link]
Glucose + + +
Milieu Gaz + -
Hajna- Kligler
H2S + + (faible)
Lactose +/- -
Milieu Uréase - -
Urée-indole Indole - - -
Milieu glycérol Glycérol - -
Milieu LDC LDC + +
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Diagnostic au laboratoire
Diagnostic différentiel
Bactéries Uréase Indole Glycérol LDC
Salmonella non typhique - - - +
Citrobacter - - + -
Edwarsiella tarda - + +
Proteus mirabilis + - -
Proteus vulgaris + + -
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Diagnostic au laboratoire
Typage antigénique Salmonella
Etape essentielle pour déterminer sérotypes
Méthodologie simple (agglutination) réalisable par la
plupart des Laboratoires
Technique reproductible et résultats en 3 ou 4 jours
Très discriminant pour les sérotypes rares
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Diagnostic au laboratoire
Typage antigénique Salmonelles
Salmonella divisé en groupes sérologiques liés présence
facteur somatique O commun (n = 67)
Intérieur groupe, sérotypes individuels liés présence:
d’autres Ag O,
Ag flagellaires H (mono ou biphasiques)
et de l’Ag Vi
Seuls centres de référence en mesure de sérotyper plus de
2 500 espèces reconnues (+ de 200 antisérums)
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Diagnostic au laboratoire
Identification des Salmonelles
BGN, mobile péritriche,
oxydase (-)
Colonies vertes avec centre
noir sur gélose Hektoen
Colonies incolores à centre
noir sur gélose SS
Gélose HK Gélose SS
Pointe noire: suspect de Typhi
(H2S (+)/ avec LDC et Citrate
négatifs)
H2S (-): suspect de Paratyphi A
(LDC-)
Kligler Hajna Frottis coloré au Gram
Test d’agglutination
Api 20E indispensable pour
identifier le sérotype
Caractères à retenir: H2S +, ONPG-, saccharose et lactose négatifs
Diagnostic au laboratoire
Antibiotypie
Utilisation des phénotypes de résistance aux
antibiotiques comme marqueur de clonalité
Technique simple réalisée en première intention par
tout laboratoire
Interprétation en fonction du mécanisme de résistance :
plasmidique ou chromosomique
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Diagnostic au laboratoire
Sérodiagnostic de Widal et Félix
Rechercher Ac malade en présence de suspensions
antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C
L'analyse résultats permet suspecter agent causal et
fixer date de l'infection
Test d’orientation mais non un moyen diagnostic
Interprétation : Beaucoup de réactions croisées
Toujours essayer d’isoler la salmonelle responsable
pour prouver l’infection
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Diagnostic au laboratoire
Sérodiagnostic de Widal et Félix
Négatif première semaine
Anticorps anti o
apparaissent vers le 7-8e jour
atteignent maximum vers 14e jour
restent en plateau jusqu'à la 4e semaine
puis disparaissent rapidement
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Diagnostic au laboratoire
Sérodiagnostic de Widal et Félix
Anticorps anti H
apparaissent vers le 10e jour
montent rapidement pour atteindre un
maximum de 1/800e à 1/1600e vers le
14e jour
restent en plateau jusqu'à la 4e semaine et
diminuent ensuite
persistent toute la vie à un taux de l'ordre
de 1/200e
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Diagnostic au laboratoire
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Sensibilité aux antibiotiques
Les Salmonelles sont généralement sensibles aux
antibiotiques actifs contre les bacilles à Gram négatif
Certaines résistances sont possibles et impliquent la
pratique d'un antibiogramme
Résistance acquise par production d’enzymes
(bêta – lactamases +++, quinolones, etc.)
Souches BLSE avec gène CTX-M-109 isolées à Dakar
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Traitement
Fièvres typhoïdes: C3G en particulier par la Ceftriaxone
(traitement de référence)
Fluoroquinolones chez l'adulte
Azithromycine
Gastro-entérites: traitement symptomatique comprenant
régime et réhydratation
antibiothérapie utile dans les cas graves
(Fluoroquinolones/Lévofloxacine)
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Prophylaxie
Vaccin TAB (pour Typhi, para A, para B)
mélange Salmonella Typhi, Paratyphi A et Paratyphi B
tuées par la chaleur et le phénol
3 injections avec rappel
assez mal supportée à cause de la grande quantité
d'endotoxine qu'elle apporte
efficacité incomplète
obligatoire que pour les sujets exposés (personnel de
santé)
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Prophylaxie
Vaccin Typhim Vi
vaccin injectable, constitué d'un extrait du polyoside
capsulaire Vi purifié de S. Typhi
une seule injection, bien supporté
protège pour une durée de 3-5 ans
recommandé aux voyageurs en partance en zone
endémique
Protection limitée à la fièvre typhoïde
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Prophylaxie
Nouveaux vaccins
Vaccin Ty21a: Voie orale
Efficacité satisfaisante ( Égypte)
tolérance : bonne et efficace en zone d’endémie
Vaccin: typhoïde + hépatite A
voie orale
Mesures d’hygiène individuelle et collective
Lutte contre le péril fécal
Contrôle de la chaine alimentaire
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Conclusion
Bactéries responsables surtout de fièvre typhoïde et gastro-
entérites
Maladies liées au péril fécal et au notion de portage
Malgré l’émergence de souches multirésistantes aux
antibiotiques, la plupart des souches demeurent sensibles
aux antimicrobiens
Il existe des vaccins pour la prévention
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MERCI DE VOTRE ATTENTION
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