Hybridation et Stéréochimie en Chimie Organique
Hybridation et Stéréochimie en Chimie Organique
Rodrigue SAFOU-TCHIAMA
1
PREPA 2
CHIMIE ORGANIQUE STRUCTURALE
2
I. STRUCTURE DES MOLECULES ORGANIQUES
3
I.1 Les hybridations des orbitales atomiques
En chimie organique, la MOLÉCULE=atomes maintenus ensemble par des liaisons constituées de
doublets électroniques.
2s1 2p3
4
1 3
une orbitale 2s et trois orbitales 2p sp3 orbitale constituée de s + p
4 4
Les quatre orbitales sp3 d’un atome de carbone sont dirigées vers les sommets d’un tétraèdre
Il y a un recouvrement entre un grand lobe de chaque sp3 avec une 1s de l’hydrogène
H H
liaison C-C (133 pm)
6
recouvrement de deux orbitales hybrides sp2 de chaque atome de C avec 1s de H 4 OM (C-H)
recouvrement d’une sp2 d’un atome de C avec une sp2 d’un autre atome de C 1 OM (C-C)
recouvrement d’une 2pz d’un atome de C avec une 2pz d’un autre atome de C 1 OM (C-C)
Exercice
[Link] la formation des OM de l’acétylène C2H2; du formaldéhyde (H2CO)
a) Discuter de l’hybridation du carbone et de l’oxygène au sein de ces deux molécules
b) Combien de doublets d’électrons existent-il sur l’oxygène ? De quel type de doublets s’agit-il?
2. Les imines sont des fonctions chimiques ayant un squelette triangulaire plan
a) Représenter la formule développée du composé R 2CNR ;
b) Discuter de l’hybridation de l’atome de C et de N ;
c) Comment explique t-on l’existence d’un doublet non liant autour de l’atome d’azote?
7
I.1.3 Hybridation au sein de la molécule de formaldéhyde
la double liaison C=O. C’est la fonction la plus importante en chimie organique. Elle
est présente dans les aldéhydes, les cétones, les acides carboxyliques, les amides…;
les atomes de carbone et d’hydrogène sont hybridés sp2 ;
une orbitales sp2 du carbone et une orbitales sp2 de l’oxygène une liaison ;
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I.1.4 Discussion du concept de l’hybridation à partir de la molécule d’acétylène
Hybridation d’une orbitale 2p et d’une orbitale 2s ou HC CH
2 orbitales hydrides sp :
1 1
s + px
2 2
9
II. PRINCIPES DE STEREOCHIMIE
10
II. Introduction
A une même combinaison atomique peuvent correspondre plusieurs structures molé-
culaires différentes les unes des autres. Chaque assemblage moléculaire est appelé
isomère.
OH
Plans de symétrie. Un plan de symétrie est un plan qui coupe un objet (ou une molécule)
de façon telle que ce qui est d’un côté de ce plan soit l’exacte réflexion de ce qui est de l’autre côté.
Tout objet qui a un plan de symétrie est achiral, et les objets chiraux n’ont pas de plan de symétrie
CH3 CH3
H H
H3CH2C Br Br CH2CH3
Exemple du 2-bromobutane
II.2.2 Notion de chiralité
Une molécule ou un objet est dit chiral lorsqu’il n’est pas superposable à son image
spéculaire. Exemple. La main droite et la main gauche
Cette asymétrie a des conséquences en chimie
✓ caractéristiques des molécules chirales :
les deux énantiomères font tourner le plan de la lumière polarisée d’une valeur
égale mais en sens opposé ; 12
Figure 1. Schéma d’un polarimètre
✓ lorsque l’un des énantiomères est en excès par rapport à l’autre, l’échantillon
présente un pouvoir net; il est dit optiquement actif ;
✓ les échantillons d’un seul des énantiomères sont dits optiquement purs ;
✓les échantillons contenant les deux énantiomères en quantité égale ont un pouvoir
rotatoire nul, ces sont des mélanges racémiques.
Le pouvoir rotatoire spécifique (ou rotation spécifique) d’une substance optiquement
active est défini comme celui causé par une solution contenant 1g de substance/mL de
solution placée dans un tube de 1 dm (10 cm) de long.
Son expression est: t
= (solvant )
l c
Remarques:
La substance est dextrogyre ou droite si elle fait fait tourner le plan de polarisation
de la lumière dans le sens des aiguilles d’une montre;
La substance est lévogyre ou gauche si elle fait fait tourner le plan de polarisation
de la lumière dans le sens inverse des aiguilles d’une montre. 14
Exercice
Le pouvoir rotatoire, mesuré avec la raie D du sodium, d’une solution de 1g de sucre ordinaire
dans 100 mL d’eau, placée dans un tube de 2 décimètre, est +1,33° à 25°C. Donner l’expression
du pouvoir rotatoire spécifique de ce sucre et calculer sa valeur.
C*
C*
15
✓Chiralité des énantiomères.
16
✓Conséquence due à l’existence d’un plan de symétrie
le carbone tétraédrique de gauche a deux de ses sommets occupés par deux atomes
(ou groupes) identiques A ;
il a un plan de symétrie qui passe par les atomes BCD et bissectrice de l’angle ACA ;
son image dans un miroir est identique, comme le montre une rotation de cette image
de 180° autour de la liaison C⎯B. Une telle molécule est donc achirale.
17
Exercice
1. Quelle est la formule développée du 2-bromobutane ?
a) quel est son centre chiral ?
b) écrire son tétraèdre puis ses deux énantiomères.
2. Lequel des composés suivants est achiral?
a) le 1-bromo-1-phényléthane
b) le 1-bromo-2-phénylethane
• les propriétés chirales, telles que le signe de rotation optique sont différentes.
Exemple de l’acide lactique
CO2H
CO2H CO2H CO2H CO2H
180°
ou OH C H
H C OH ou C* C* C*
OH HO H
H3C CH3 H3C
H H OH CH3
CH3
CH3
H
C CH2
*
*
C CH2
H
CH3
CH3 CH2CH3
et
H H
H3CH2C Cl H3C Cl
CH3 H
a) et
H CH3
H3CH2C Cl Cl CH2CH3
CH3 Cl
et
H CH2CH3
H3CH2C Cl H3C H
b)
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Considérant un énantiomère déterminé, on doit en pouvoir spécifier la configuration, sans
pour cela devoir en écrire la structure.
Deux anglais R.S. Cahn et C.K. Ingold et un Suisse, V. Prelog (prix Nobel en 1975)
proposèrent un système, appelé Cahn-Ingold-Prelog ou système R⎯S dont voici la
règle:
on donne un ordre de préséances aux quatre atomes ou groupes d’atomes liés au
au centre chiral: a → b → c →d ;
on regarde alors le centre chiral du côté opposé au dernier atome ou groupes d’atomes
(d) dans l’ordre de préséance ;
si les trois atomes, pris par ordre décroissant de préséance (a → b → c ) se présentent
au regard dans le sens des aiguilles d’une montre, la configuration est symbolisée par
R (du latin rectus, droit) ; et si c’est dans le sens inverse, par S (du latin sinister, gauche)
21
Figure 5. Représentation de l’ordre de préséance des constituants d’une molécule
II.3.1. Ordre de préséance des atomes
CH3 H H H
H
OH H
23
H3C H H3C OH
II.4. La convention E⎯Z pour les isomères cis-trans
La nomenclature cis-trans est parfois ambiguë ou insuffisante comme dans les exemples
ci-dessous:
F Br H3CH2C Cl
On utilise exactement les mêmes règles de préséances que pour les centres chiraux.
lorsque les groupes qui ont préséance sont du même côté que la double liaison, on uti-
lise le préfixe Z (de l’allemand zusammen, ensemble);
Quand les groupes sont de part et d’autre de la double liaison, on utilise le préfixe E
(de l’allemand entgegen, opposé)
F Br H3CH2C Cl
C C C C
Cl I H3C Br
(Z)-1-bromo-2-chloro- 24
(E)-1-bromo-1-chloro-
2-fluoro-1-iodoéthène 2-méthyle-propène
Exercice
1. Nommer les composés suivants dans le système E-Z
H3C CH2CH3 Cl H
a) C C b) C C
H H Br F
Exemple le 2-bromo-3-chlorobutane 25
Exercice résolu
1. La formule développée du 2-bromo-3-chlorobutane est :
* *
H3C CH CH CH3
Br Cl
R S SR S
Br C H H C Br H C Br Br C H
R S S R
H C Cl Cl C H H C Cl Cl C H
énantiomères énantiomères
les quatre stéréoisomères sont (2R, 3R), (2S, 3S), (2R, 3S), (2S, 3R).
les formes (2R, 3R) et (2S, 3S); et (2R, 3S) et (2S, 3R) sont énantiomères.
26
Suite de l’exercice résolu
3. Mais quelle est la relation entre (2R, 3R) et (2R, 3S), et entre (2S, 3S) et (2S, 3R) ?
Ils ne sont pas images l’un de l’autre par rapport à miroir plan, ils sont donc diastéréoisomères.
Cl Cl
Il présente 22, soit 4 stéréoisomères que l’on peut représenter comme suit:
27
CH3 CH3 CH3 CH3
R S R S
Cl C H H C Cl Cl C H H C Cl
R plan de symétrie
R S R
H C Cl Cl C H Cl C H H C Cl
On donne le nom de composé méso à une telle structure. Le composé méso étant achiral bien
qu’ayant plusieurs centres chiraux, il est optiquement inactif.
L’acide tartrique dont l’activité optique a fait l’objet d’importants travaux de Pasteur, a
deux centres chiraux. O O
OH OH 28
CO2H CO2H CO2H
H C OH HO C H H C OH
plan de symétrie
HO C H H C OH H C OH
En 1951, le Hollandais J.M. Bijvoet montra à l’aide d’une technique particulière aux rayons X que
l’acide tartrique a pour configuration (2R, 3R).
Exercice
1. Ecrire les stéréoisomères du 1,2-diméthylcyclobutane
2. Ecrire les stéréoisomères du 1,3-diméthylcyclopentane. (Il faut noter qu’une molécule
peut avoir une forme méso, même si ses centres chiraux ne sont pas adjacents)
29
II.7. La chiralité dans les monosaccharides: la projection de Fischer
les hydrates de carbones les plus connus sont la cellulose, l’amidon et les divers sucres ;
la cellulose est le constituant principal des plantes, il rentre dans la composition des parois
cellulaires rigides des plantes et de certains matériaux naturels comme le bois et les fibres
végétales ;
chez les animaux supérieurs, le sucre qu’on appelle le glucose est un constituant essentiel du
sang. La formule du glucose est C6H12O6 ;
On classe ordinairement les hydrates de carbone en monosaccharides, oligosaccharides et
polysaccharides
2 CHOH C O CHOH
HC O HC O
25C
D + 8,7(c = 2, H 2O) 25D C − 8,7(c = 2, H 2O)
R-(+)-glycéraldéhyde C C S-(-)-glycéraldéhyde
OH H
HOH2C HOH2C 31
H OH
Avant l’adoption de la convention R/S, on utilisait (et utilise encore) un système déjà
ancien pour préciser la chiralité des hydrates de carbone.
C’est Emil Fischer, un chimiste allemand du XIXe siècle qui proposa cette convention.
CH O
H OH
H OH
CH2OH
33
III. NOTIONS DE MECANISMES REACTIONNELS
34
III.1. Introduction
L’étude des mécanismes réactionnels vise à comprendre les raisons pour lesquelles les
atomes et/ou les molécules réagissent entre elles ou non. Elle vise en particulier, à com-
prendre ou à présenter :
la réactivité en terme de charges, d’orbitales et de déplacement des électrons;
les détails du déplacement des électrons, le mécanisme de la réaction par des
signes particuliers appelés courbes?
35
III.3. Comprendre la réaction chimique à partir de l’attraction des charges
III.3.1 Chez les composés inorganiques
la réaction chimique est gouvernée par une attraction électrostatique des cations (+) et des anions
(-).
Me2C O
RCl + NaI NaCl + RI
Les ions Na+ et Cl- en solution s’attirent mutuellement et se combinent pour former un réseau
cristallin de cations et d’anions alternés, le précipité de chlorure de sodium cristallin.
✓ l’acétone possède une double liaison C=O polarisée : l’oxygène est plus électronégatif
que le carbone; 36
✓ l’ion cyanure négatif est attiré par l’extrémité positive du dipôle du groupe carbonyle
Le réactif peut ne pas être chargé. C’est le cas dans la réaction entre l’ammoniac et
l’acétone.
C’est le doublet non liant de l’azote (une paire d’électron) qui est attiré par l’extrémité
positive du dipôle carbonyle (C=O).
Le donneur d’électrons, ici l’ion hydroxyle est appelé nucléophile (qui aime les noyaux);
L’accepteur d’électrons, ici l’atome de phosphore chargé positivement est appelé
électrophile (qui aime les électrons) ;
Exercice
1. Donner la configuration électronique de l’atome de bore, puis celle de l’atome de fluor.
2. Quelle est la forme géométrique de la molécule BF3?
3. Quelle est l’hybridation de l’atome de bore dans BF3? Expliquer la formation de BF3 à l’aide de
l’hybridation des orbitales atomiques du bore. Quelle est l’origine de l’orbitale vide au sein de
BF3?
4. Quelle est l’hybridation de l’azote dans la molécule de triméthylamine ((CH 3)3N)? 38
5. Expliquer la formation de la molécule ci-dessous:
F
F F
B
N
Me Me
Me
Exercice résolu
Expliquons la formation de l’ion H3O+
Cette réaction débute par la formation de la molécule d’eau, suivie d’une protonation de cette
molécule d’eau selon le mécanisme réactionnel ci-dessous :
39
• réactions de l’oxygène du C=O
Les électrons du doublet libre de l’oxygène interagissent mieux avec les orbitales vides
1s du proton.
le cation résultant (*) est encore plus électrophile à cause de la charge positive ;
les nucléophiles continuent à attaquer sur le carbone du groupement carbonyle,
parce que la contribution de l’atome de carbone dans l’orbitale * reste
majoritaire ;
les électrons du doublet libre du nucléophile vont dans l’orbitale * de la liaison C=O
et rompent ainsi la double liaison , mais pas la liaison . 40
✓ caractère électrophile des liaisons
• les liaisons peuvent être électrophiles si l’un des atomes liés est suffisamment électro-
négatifs pour abaisser l’énergie de l’orbitale *.
c’est le cas des acides dont l’hydrogène est lié à un oxygène ou un halogène dont la
forte électronégativité leur donne un moment dipolaire et une orbitale * d’énergie relati-
vement faible.
41
✓ quelques réactions de la fonction carbonyle (C=O)
• réactions sur le carbone du C=O
Les composés carbonylés ont une orbitale antiliante * d’énergie relativement faible;
cette orbitale est décentrée vers le carbone pour compenser le décentrage opposé
de l’orbitale pleine.
orbitales antiliantes
42
orbitales liantes
Expliquons le mouvement des flèches à partir de quelques exemples réactions
43
particularité de la double liaison C=C dans la réaction chimique
La double liaison C=C à la particularité de posséder :
❑ une liaison C⎯C nucléophile ;
❑ et une orbitale * électrophile.
Quel est le mécanisme de la réaction de formation du bromure de tertio-butyle (t-Bu)?
+ HBr
Br
➢ la première flèche (sur le nucléophile) part du milieu de la liaison et arrive dans l’intervalle
entre l’un des atomes de carbone et l’atome d’hydrogène de HBr ;
➢ la deuxième flèche (sur l’électrophile) enlève les électrons de la liaison H⎯Br et les place sur
l’atome de brome pour faire un ion bromure.
➢ les ions formés réagissent entre eux pour donner le produit de la réaction
44
exemple de réactions aboutissant à la décomposition des molécules
45
(A)
➢ la flèche qui part de l’ion hydroxyle arrache un proton de la molécule en créant une
nouvelle liaison O⎯H pour former une molécule d’eau ;
➢ la flèche du milieu déplace les électrons de la liaison C⎯H vers la liaison C⎯C, la
transformant en une liaison ;
➢ la troisième flèche polarise la liaison du carbonyle qui devient un oxyanion.
Exercice
En réalité, le composé A est un intermédiaire qui aboutit à la formation du composé B.
Expliquer la formation du composé B à l’aide d’un mécanisme réactionnel.
Indication: remarquer l’alternance entre le doublet d’électron de l’oxyanion et la double liaison C⎯C
notion de mésomérie
O
(B)
46
Exercice
1. Expliquer à l’aide d’un mécanisme réactionnel, la formation des intermédiaires A et B.
H
(C)
H H R O
R O A B R O R
-H
N
N OH
H2O
(E)
47
IV. LES SUBSTITUTIONS NUCLÉOPHILES
48
IV. Introduction
R-X + Nu R-Nu + X
-
L’équation bilan ci-dessus montre la substitution du groupement X par le nucléophile Nu . Il
s’agit du remplacement d’un groupe par un autre. Exemple de la substitution de Cl par le
groupement SPh.-
-
la molécule PhS est le nucléophile ;
l’ion chlorure est le groupe partant.
b) Ou bien les deux évènements sont simultanés le mécanisme est dit SN2
50
IV.2 Le mécanisme SN1 de la substitution nucléophile
IV.2.1 Concepts généraux de la SN1 à partir de quelques réactions classiques
Cette réaction se déroule selon un mécanisme SN1, qui comme toutes les réactions de
type SN1 met en jeu deux étapes:
étape lente
L’étape 1 est l’étape clé du mécanisme SN1. C’est une étape lente qui aboutit à la formation
d’un ion carbénium ou carbocation t-butyle dont les propriétés sont consignées dans le tableau 1.
51
Le cation t-butyle a une structure proche du plus simple des cations, le cation méthyle
(CH3+). Ce dernier est plan avec une orbitale p vide.
CH3
CH3
CH3
orbitale p vide
Tableau 1. Carbocations: ions carbénium 52
étape 2 : capture du carbocation par le nucléophile
étape rapide
La cinétique de la réaction SN1 est une cinétique d’ordre 1. Une étude de la réaction
entre le t-BuBr et NaOH montre que la vitesse de cette réaction dépend de l’étape lente.
NaOH t-BuOH
t-BuBr
Cette réaction se déroule selon le mécanisme ci-après
vitesse = k1 t − BuBr
53
Une étude expérimentale de la cinétique de cette réaction montre que la vitesse de la
réaction dépend de la concentration en t-BuBr.
(a)
(b)
54
ii) Stabilité du carbocation tertiaire
La réaction entre le t-BuBr et le NaOH passe par un carbocation t-butyle dont la structure
est présentée ci-dessous.
✓ Ce cation est stabilisé par un recouvrement entre l’orbitale p vide et les lobes des liaisons
des C-H de chaque groupement méthyle ;
✓ On remarquera que le cation t-butyle est plus stable que le cation méthyle. L’orbitale p
de ce dernier ne bénéficie pas d’une stabilisation supplémentaire.
Cl
Cl
les deux structures délocalisées sont identiques et la liaison est également partagée
entre les trois atomes ;
orbitale antiliante vide
du cation allyle
l’attaque des nucléophiles sur le cation allyle se fait sur les extrémités de l’orbitale non
liante (2) ;
un cation allyle symétrique ne donne qu’un seul produit par le mécanisme SN1 56
Exercice corrigé
Le traitement du cyclohexènol par le bromure d’hydrogène donne les composés (B) et (B’)
a) Donnons l’équation bilan de cette réaction :
OH Br
b) Expliquons à l’aide d’un mécanisme réactionnel, la formation des composés (B) et (B’)
La réaction débute par la protonation du groupement hydroxyle (OH). Cette protonation est
rendue possible grâce aux doublets non liants de l’oxygène qui arrachent le proton de H-Br. Cette
étape est concomitante de la libération de l’ion bromure. On aboutit à l’intermédiaire (A) qui
donne lieu à un équilibre mésomère mettant en évidence les deux positions du carbocation.
(A)
OH2
OH H Br
-Br
c) Ces deux positions donnent lieu à l’addition de l’ion bromure selon le mécanisme ci-dessous:
on aboutit à deux réactions identiques. Mais à quoi correspond le composé B’?
(B)
57
IV.2.3 Racémisation et diagramme d’énergie de la réaction SN1
58
ii) Diagramme d’énergie libre pour une réaction SN1
Energie libre, G
Coordonnées de la réaction
59
Exercice
Proposer le mécanisme réactionnel de chacune des réactions ci-dessous :
Quel est le rôle de la pyridine dans la réaction e) ?
HO
OH HBr HBr
A ; b) B et C
a)
Ph
X
Nu Pyridine
D ; e) Ph Cl + RCH2-OH E
c) N
Ph
Nous devons établir les raisons qui font qu’un groupe est bon ou mauvais partant.
60
i) Cas des halogénures
Deux facteurs principaux interviennent : la force de la liaison C-halogénure et la stabilité
de l’ion halogénure.
-
i) Le groupe tosylate TsO
Le groupe tosylate est un très bon groupe partant préparé à partir du chlorure de para-
toluènesulfonate.
61