(BrDU, thymidine…).

Le niveau de résolution néces-

Caryotype saire dépend de l’indication du caryotype.
Les techniques de cytogénétique moléculaire (FISH,
CGH, PRINS…) permettent de compléter ces tech-
Le caryotype consiste en l’étude des chromosomes. niques conventionnelles afin de préciser des remanie-
Les chromosomes ne sont visibles que dans les cellules ments chromosomiques ou de rechercher des anomalies
en division, au stade métaphasique. chromosomiques inframicroscopiques : syndromes
On fait donc appel soit à des tissus riches en divisions microdélétionnels (syndrome de DiGeorge, de Smith-
cellulaires spontanées, soit à des cellules en culture. On Magenis…) ou remaniements des télomères (extrémités
distingue les cultures in situ utilisées pour des cellules des chromosomes, riches en gènes et souvent impliquées
adhérentes (exemple : amniocytes) ou les cultures en dans l’étiologie des retards mentaux).
suspension.
Les tissus les plus couramment utilisés sont : Caryotype normal
• pour le diagnostic constitutionnel postnatal : les Chaque chromosome est constitué de deux chromatides
lymphocytes stimulés par la phytohémagglutinine sœurs reliées par le centromère ou constriction primaire
(culture en 72 heures) et beaucoup plus rarement les qui définit un bras court (p) et un bras long (q). La
fibroblastes à partir d’une biopsie tissulaire (peau taille du chromosome, la position centromérique et les
essentiellement) ; différentes bandes permettent son identification.
• pour le diagnostic constitutionnel prénatal : les cel- Le caryotype normal comporte 46 chromosomes iden-
lules du liquide amniotique (culture en environ tiques 2 à 2, répartis en 22 paires d’autosomes numéro-
10–15 jours), les villosités choriales (divisions cellu- tés de 1 à 22 par ordre de taille décroissante et une
laires spontanées pour les cellules trophoblastiques paire de chromosomes sexuels (gonosomes) XY chez
ou culture en 10–15 jours pour le stroma villositaire) l’homme et XX chez la femme.
ou les lymphocytes fœtaux à partir d’une ponction de La formule chromosomique s’écrit : nombre de chro-
sang fœtal (culture en 72 heures) ; mosomes, formule gonosomique, anomalie chromo-
• pour le diagnostic tumoral : les anomalies chromoso- somique éventuelle, soit pour un sujet normal : 46,XY
miques sont principalement étudiées dans le cadre de ou 46,XX.
l’oncohématologie à partir de moelle osseuse, de sang
ou de biopsie ganglionnaire, plus rarement de tissus Définitions des anomalies cytogénétiques
tumoraux. les plus fréquentes
L’anomalie chromosomique peut être homogène (pré-
Principes techniques sente dans l’ensemble des cellules du patient) ou en
mosaïque (avec plusieurs lignées cellulaires ayant des
Les cellules sont bloquées en métaphase par de la col-
formules chromosomiques différentes).
chicine, soumises à un choc hypotonique pour disperser
les chromosomes, fixées par un mélange alcool-acide Les anomalies chromosomiques peuvent être équili-
acétique puis étalées sur lame en cas de culture en sus- brées ou déséquilibrées.
pension. Les anomalies déséquilibrées, c’est-à-dire avec perte ou
On applique ensuite différentes techniques de banding gain de matériel codant, sont responsables d’un phéno-
permettant d’obtenir un marquage spécifique de chaque type anormal (retard mental, malformations congéni-
chromosome (traitement par la chaleur, par la tryp- tales, syndrome dysmorphique…). Les anomalies
sine…). équilibrées, c’est-à-dire sans perte ni gain de matériel
codant (exemple : échange de fragments chromoso-
Les mitoses sont capturées sur un logiciel analyseur miques entre deux chromosomes différents), n’ont en
d’images et les chromosomes sont alors classés par règle générale pas d’expression phénotypique mais
paire. peuvent avoir pour conséquence, en cas de malségréga-
La sensibilité du caryotype dépend du degré d’étirement tion ou d’anomalie de recombinaison lors de la méiose,
des chromosomes défini en nombre de bandes par la formation de gamètes déséquilibrés à l’origine de
génome haploïde neutre (23 chromosomes X). Un troubles de la reproduction (infertilité, fausses couches
caryotype standard comporte de 150 à 500 bandes. Au- spontanées précoces et parfois récidivantes) ou de la
dessus (850 bandes), on parle de caryotype haute réso- naissance d’enfants anormaux porteurs d’une anomalie
lution nécessitant l’utilisation d’agents synchronisants déséquilibrée.
Les anomalies chromosomiques sont à différencier des • les translocations réciproques : cassure au niveau de
variants chromosomiques (fréquence de l’ordre de deux chromosomes non homologues, suivie d’un
1 %). Il s’agit de polymorphismes de taille intéressant échange segmentaire réciproque. Il s’agit d’anomalies
le plus souvent des régions hétérochromatiques non équilibrées dans plus de 90 % des cas ;
codantes ou des régions répétées codant les organisa-
• les translocations robertsoniennes : elles intéressent
teurs nucléolaires (constituants du nucléole), plus rare-
les chromosomes acrocentriques (chromosomes 13,
ment des régions euchromatiques. Ces variants n’ont
14, 15, 21 et 22) dont les bras courts sont constitués
aucune conséquence sur le phénotype ou la reproduc-
d’ADN répétitif codant les organisateurs nucléolaires,
tion et se transmettent de génération en génération.
ADN dont la perte ou le gain sont sans conséquence
Leur étude fait appel à des techniques particulières de
phénotypique. Une translocation robertsonienne est
banding (Bandes C, AgNor…).
une fusion de deux chromosomes acrocentriques au
Une anomalie chromosomique peut survenir de novo niveau de leur centromère, avec perte des bras courts.
(caryotypes des parents du sujet porteur normaux). Le La plus fréquente intéresse les chromosomes 13 et 14
risque de récurrence lors des grossesses ultérieures est (der(13;14)). Elle peut être équilibrée (caryotype à
faible. Inversement, une anomalie peut être héritée de 45 chromosomes) ou déséquilibrée (caryotype à
l’un des parents, lui-même constitutionnellement por- 46 chromosomes) (figure 3) ;
teur d’un remaniement chromosomique, en règle équili-
bré. Il existe alors à chaque grossesse du parent porteur • les autres anomalies chromosomiques, de structure
un risque de récurrence de l’anomalie qui dépend du moins fréquentes, qui sont les délétions (perte d’un
type de remaniement, des chromosomes impliqués et du fragment chromosomique terminal ou interstitiel), les
parent porteur. anneaux (deux cassures situées de part et d’autre du
centromère avec perte des segments distaux et recolle-
On distingue les anomalies chromosomiques de nombre
ment des segments proximaux), les inversions péri-
et de structure.
centriques ou paracentriques, les insertions, les
isochromosomes, les duplications…
— Anomalies chromosomiques de nombre
Toutes les cellules vivantes sont diploïdes (46 chromo-
somes) à l’exception des gamètes qui sont dits haploïdes — Fréquence des anomalies chromosomiques
(23 chromosomes).
• Dans les produits de fausses couches du 1er trimestre :
La polyploïdie, par exemple la triploïdie (69 chromo-
60 %, essentiellement trisomies autosomiques :
somes) et la tétraploïdie (92 chromosomes), se définit
trisomies 16,18,13, 21... (50 %), monosomie 45 X
par la présence d’un nombre total de chromosomes
(20 %), triploïdies (17 %), monosomies auto-
multiple entier supérieur à 2 du lot haploïde (23 chro-
somiques…
mosomes, X). Ces anomalies sont létales (in utero le
plus souvent). • Chez les enfants mort-nés (> 28 semaines d’aménor-
L’aneuploïdie (monosomie ou trisomie) se définit par la rhée) : 6 %, trisomies 21, 13 ou 18, anomalies des
présence d’un nombre total de chromosomes anormal chromosomes sexuels ou anomalies de structure
mais différent d’un multiple entier du lot haploïde. Les déséquilibrées…
monosomies homogènes sont le plus souvent létales, • Chez les nouveau-nés vivants : 0,6 %.
sauf la monosomie X responsable du syndrome de
Turner. Les trisomies libres se définissent par la pré- • Chez l’enfant et l’adulte :
sence d’un chromosome surnuméraire (caryotype à – retard mental : 3 à 10 % (15 à 20 % en associant
47 chromosomes). Elles constituent les anomalies les techniques de cytogénétique moléculaire) ;
chromosomiques les plus fréquentes. Elles sont le plus
souvent de novo et sporadiques. Parmi les trisomies – stérilité masculine : 1 à 10 % ;
libres et homogènes, seule la trisomie 21 est viable à
– fausses couches à répétition : 2 à 5 % (essentielle-
long terme.
ment anomalies équilibrées) ;
— Anomalies chromosomiques de structure – anomalie de la différenciation sexuelle (femme) :
25 %.
Il s’agit de cassures chromosomiques suivies ou non
d’une réparation aberrante. Les anomalies de structure Les anomalies chromosomiques constituent l’anomalie
les plus fréquentes sont les translocations. On dis- génétique la plus fréquente avec, pour la trisomie 21,
tingue : 1/700 naissances.
 Figure 3

ou

caryotype normal translocation rob. équilibrée, translocation rob.

46 chromosomes 45 chromosomes déséquilibrée,
46 chromosomes

Trisomie 21 risque de récidive est donc identique à celui d’une triso-

mie 21 homogène.
— Trisomie 21 libre et homogène
(47,XX,+21 ou 47,XY,+21) : 92 % Caryotype constitutionnel postnatal
Le mécanisme est une non-disjonction des chromo- Le caryotype constitutionnel postnatal est réalisé à par-
somes 21 survenant lors de la première ou de la tir de 10 ml de sang total veineux périphérique (5 ml
deuxième division méiotique maternelle ou paternelle chez l’enfant) prélevé sur tube stérile vacutainer à hépa-
(première division méiotique maternelle le plus sou- rinate de lithium.
vent), aboutissant à un gamète disomique pour le chro- La réalisation d’un caryotype peut être motivée par dif-
mosome 21. L’âge maternel avancé augmente le risque férents tableaux :
de survenue d’une non-disjonction maternelle des chro- • un retard psychomoteur, un retard mental, des mal-
mosomes 21.
formations viscérales et/ou squelettiques, une dys-
Le risque de récurrence est estimé à 1 % pour les morphie craniofaciale, une hypotonie axiale ou une
femmes de moins de 38 ans et reste celui de l’âge mater- hypotrophie chez le nouveau-né font rechercher une
nel pour une femme de plus de 38 ans. anomalie chromosomique de nombre ou une anoma-
lie de structure déséquilibrée. C’est dans ce type
— Trisomie 21 par translocation d’indication que l’examen standard peut être com-
(caryotype à 46 chromosomes) : 5 % plété par un caryotype en haute résolution ou de la
FISH ;
Le chromosome 21 surnuméraire est transloqué sur un
autre chromosome : • une ambiguïté sexuelle doit faire établir le sexe chro-
mosomique de l’enfant et faire rechercher plus parti-
• le plus souvent sur un chromosome acrocentrique, culièrement des anomalies des gonosomes. Celles-ci
par translocation robertsonienne (95 % des cas) ; sont aussi volontiers retrouvées dans un contexte de
• plus rarement sur un autre chromosome par translo- retard pubertaire ou de retard de croissance staturo-
cation réciproque, souvent héritée. La trisomie est pondérale chez le grand enfant ou l’adolescent. Une
alors partielle (ne concerne que la partie distale du croissance staturale inférieure à –2 DS chez la fillette
chromosome 21) et associée à une monosomie par- ou l’adolescente, une aménorrhée primaire (absence
tielle de l’autre chromosome intéressé par la translo- de survenue des premières règles) chez l’adolescente
cation. Le tableau peut être moins typique. et la jeune fille évoquent un syndrome de Turner :
Le risque de récurrence dépend du type de translocation monosomie X ou variant cytogénétique fréquent ;
parentale et du parent porteur. • chez l’adulte, les principales indications sont les
échecs de reproduction, l’hypofertilité ou l’infertilité :
Trisomie 21 libre en mosaïque : 3 % – les avortements spontanés précoces à répétition
(plus de deux fausses couches spontanées [FCS] au
Le phénotype qui en résulte (syndrome malformatif et 1er trimestre de la grossesse) indiquent la réalisation
retard mental) est très variable. du caryotype chez le couple. Une anomalie de struc-
Le mécanisme le plus souvent évoqué est celui d’une ture équilibrée est trouvée chez l’homme ou la
correction mitotique d’une trisomie 21 homogène. Le femme dans 1 cas sur 300 couples testés. Il s’agit le
 plus souvent d’une translocation réciproque équili- taires) nécessite une confirmation sur un autre tissu.
brée, d’une translocation robertsonienne ou d’une Certains phénotypes sont également évocateurs
inversion péricentrique. Les FCS répétées peuvent d’anomalies limitées aux fibroblastes, comme le
être, dans ce cas, la conséquence d’un déséquilibre syndrome de Pallister-Killian.
méiotique de l’anomalie de structure équilibrée
parentale (malségrégation d’une translocation réci- Caryotype constitutionnel prénatal
proque ou robertsonienne ; aneusomie de recombi-
naison d’une inversion péricentrique). La Un diagnostic prénatal est proposé lorsqu’il existe une
découverte d’une anomalie équilibrée parentale augmentation significative du risque d’anomalies chro-
implique un conseil génétique avec évaluation du mosomiques déséquilibrées chez le fœtus susceptibles
risque de déséquilibre du conceptus (syndrome d’entraîner des troubles du développement suffisam-
polymalformatif et/ou retard mental à terme). Ce ment graves et/ou létaux (malformations, retard psy-
risque varie de 1 à 40 % selon l’anomalie et le chomoteur) pour proposer une interruption médicale de
parent porteur du remaniement. Un caryotype fœtal grossesse. L’anomalie chromosomique la plus fréquem-
est proposé en cas de grossesse, et une enquête ment dépistée est la trisomie 21. Le conseil génétique
familiale est réalisée ; est particulièrement difficile lors de la découverte
d’anomalies de pronostic plus incertain en l’absence de
– l’infertilité masculine par oligospermie ou azoo-
signes d’appel échographiques : anomalies de nombre
spermie d’origine sécrétoire est associée à une ano-
ou de structure des gonosomes, anomalies de structure
malie chromosomique constitutionnelle dans 10 %
apparemment équilibrées de novo, petit marqueur sur-
des cas. L’anomalie chromosomique la plus fré-
numéraire de novo.
quente (20 %) est la formule 47,XXY et ses
variantes cytogénétiques en mosaïque, associées au Les indications du caryotype fœtal prises en charge par
syndrome de Klinefelter avec azoospermie sécré- l’assurance maladie sont les suivantes :
toire constante. Les autres anomalies sont des ano- • âge maternel supérieur à 38 ans : il existe une aug-
malies des gonosomes et des anomalies mentation progressive avec l’âge maternel du risque
autosomiques de structure équilibrées ; de trisomies par non-disjonction chromosomique lors
– l’infertilité féminine avec insuffisance ova- de la première division de méiose (risque d’anomalie
rienne (aménorrhée secondaire, ménopause pré- chromosomique à 38 ans : 1 %, à 40 ans : 2 %) ;
coce) fait rechercher plus particulièrement les • signes d’appel biologiques : une étude du caryotype
anomalies du chromosome X, anomalie de nombre fœtal est proposée pour un risque de trisomie 21 supé-
le plus souvent en mosaïque ou anomalie de rieur à 1/250 après dosage des marqueurs sériques
structure ; maternels (â-hCG, estriol, alphafœtoprotéine) entre la
– le bilan biologique d’un couple infertile avant 15e et la 18e SA (semaine d’aménorrhée). L’évaluation
procréation médicalement assistée (FIV, ICSI) statistique de ce risque tient également compte de l’âge
comporte en général un caryotype sanguin constitu- maternel ;
tionnel. Le caryotype est également réalisé chez les • mesure de la clarté nucale lors de l’échographie du
personnes « donneuses » dans les dons de gamètes ; 1er trimestre entre la 11e et la 13e SA : elle est l’un
– les enquêtes familiales font établir le caryotype de des meilleurs marqueurs de trisomie 21 fœtale. Elle
sujets apparentés à un cas index porteur d’une ano- permet de définir un risque individuel, intégrant là
malie de structure équilibrée ou déséquilibrée aussi l’âge maternel, et d’avoir un diagnostic précoce
connue : on réalise d’abord les caryotypes des sur villosités choriales ;
parents du sujet index, afin de préciser si l’anomalie • signe(s) d’appel échographique(s) : l’échographie du
est héritée ou de novo, puis, le cas échéant, le caryo- 1er trimestre pourra mettre en évidence un retard de
type des descendants et collatéraux. Cela apporte croissance précoce, des anomalies du pôle céphalique
une aide précieuse au conseil génétique. Il est à motivant l’étude du caryotype. Lors de l’échographie
noter que la recherche d’une anomalie chromoso- morphologique (20–22 SA), le caryotype fœtal est
mique chez un sujet phénotypiquement normal ne indiqué en cas d’anomalie quantitative du liquide
peut être réalisée que chez des sujets majeurs ; amniotique (volume insuffisant : oligoamnios, en
– plus rarement, le caryotype est établi à partir de excès : hydramnios), de malformation(s) fœtale(s), de
fibroblastes de peau cultivés : c’est le cas en particu- retard de croissance intra-utérin. Le risque d’anoma-
lier lorsque la mise en évidence sur lymphocytes lies chromosomiques fœtales varie en fonction du
sanguins d’une mosaïque faible (coexistence de cel- signe d’appel et de son caractère isolé ou intégré dans
lules normales et de cellules anormales minori- une association malformative. La recherche attentive
 de « petits signes » (fémur court, brièveté de la — Prélèvement de sang fœtal par cordocentèse
5e phalange, mesure des os propres du nez, focus
mitral : calcifications…) fait partie de la stratégie de Il n’est quasiment plus utilisé pour la réalisation du
dépistage de la trisomie 21 (genetic scan des Anglo- caryotype fœtal. La ponction de sang fœtal n’est réali-
Saxons). Chaque petit signe permet une évaluation sable qu’à partir de 20–21 SA, échoguidée, par un prati-
statistique (méthode de vraisemblance) du risque cien expérimenté. La ponction a lieu dans le cordon, au
chromosomique ; niveau de son insertion placentaire ou en cordon libre ;
elle ramène 1 à 2,5 ml de sang fœtal. La qualité de
• existence d’un remaniement chromosomique équili- l’échantillon (absence de dilution par du liquide amnio-
bré parental (translocations, inversions…) ; tique) et sa pureté (absence de contamination par des
• antécédent d’anomalie chromosomique. cellules maternelles) sont vérifiées par un comptage au
Coulter Counter (VGM, Ht, GR et GB), détermination
Le diagnostic de sexe pour les maladies monogéniques
du pourcentage d’hémoglobine fœtale, dosage de
liées à l’X n’est plus une indication de caryotype fœtal
l’hCG, ou typage des antigènes I,i. Le risque de fausse
car il est dorénavant possible dès la 10e SA, par génoty-
couche spontanée ou de mort in utero est de 2 %.
page à partir de l’ADN fœtal circulant dans le sang
maternel, méthode non invasive supprimant le risque
de fausse couche dû au prélèvement de cellules fœtales. — Prélèvement de villosités choriales
par choriocentèse
La valeur prédictive positive pour le dépistage de la tri-
somie 21 est de l’ordre de 1,5 à 2 % pour les deux Il peut être effectué à partir de 11 SA. Il permet un
principales indications du caryotype foetal (âge mater- diagnostic cytogénétique précoce, rapide en analyse
nel et signes d’appel biologique), soit 75 % environ des directe (mitoses spontanées du cytotrophoblaste),
amniocentèses en France. Actuellement, en France, devant être confirmé par des cultures en 8 à 15 jours
10 % des femmes enceintes ont une amniocentèse avec (mitoses du mésenchyme extra-embryonnaire) en raison
un risque de perte fœtale de 1 %. De nouvelles straté- du risque de faux positifs et de faux négatifs lié à l’exis-
gies sont en cours d’évaluation pour améliorer la sensi- tence de mosaïques placentaires résultant de l’instabilité
bilité et la précocité du diagnostic prénatal de la des premières mitoses blastomériques. L’analyse cyto-
trisomie 21 : marqueurs sériques maternels du 1er tri- génétique est de moins bonne résolution que sur les
mestre, mais surtout calcul de risque intégré associant métaphases obtenues à partir des cellules du liquide
âge maternel, mesure de la clarté nucale et risque amniotique. Il existe un risque de contamination de la
sérique maternel au premier trimestre (sensibilité 80 % culture par des cellules de la caduque maternelle néces-
pour 5 % de prélèvements ovulaires). sitant que le prélèvement soit trié sous loupe binocu-
laire avant mise en culture. De plus, dans 1 à 2 % des
— Prélèvement de liquide amniotique cas, des discordances entre la technique directe ou la
par amniocentèse culture rendent les résultats ininterprétables et
impliquent la nécessité d’un deuxième prélèvement. Le
C’est le prélèvement ovulaire le plus fréquemment prélèvement de villosités choriales est plus particulière-
choisi quelle que soit l’indication du caryotype fœtal. ment indiqué lorsque le risque de déséquilibre chromo-
C’est une méthode simple, rapide, peu douloureuse, le somique fœtal est important dans le cadre d’un
risque de fausse couche est faible (1 %). La résolution remaniement de structure équilibré parental connu ou
chromosomique sur amniocytes permet une analyse devant un épaississement de la nuque ou encore une
cytogénétique de bonne qualité (environ 400 à anomalie échographique au 1er trimestre.
550 bandes). L’amniocentèse est réalisable à partir de Le risque de fausse couche spontanée est de 1 %.
14 SA jusqu’à la fin de la grossesse. Le résultat est
obtenu en 8–15 jours.
Aspects juridiques et bioéthiques
Le prélèvement, sous échoguidage, ramène de 15 à
20 ml de liquide amniotique qui sera mis en culture Les conditions de réalisation du diagnostic prénatal ont
rapidement au laboratoire. Certaines conditions aug- été précisées par le décret 2006-1661 du 22 décembre
mentent le risque d’échec de culture : quantité insuffi- 2006 modifiant le Code de la santé publique. Ces pra-
sante de liquide prélevé (en cas d’oligoamnios…), tiques « sont soumises à des règles de bonnes pratiques
prélèvement tardif au-delà de 32 SA (peu de cellules en définies par arrêté du ministre chargé de la santé sur
mitose), liquide hémorragique notamment par ponction proposition du Directeur général de l’Agence de la bio-
transplacentaire, ce qui augmente aussi le risque de médecine après avis de l’Agence française de sécurité
contamination maternelle des cultures cellulaires. sanitaire des produits de santé. Ces règles tiennent
compte des recommandations de la Haute autorité de fiant qu’il a apporté à la personne concernée les infor-
santé ». mations réglementairement définies et qu’il a recueilli
Les analyses destinées à établir un diagnostic prénatal son consentement ou celui des titulaires de l’autorité
[…] doivent être précédées d’une consultation médicale parentale lorsque la personne est mineure ou celui du
adaptée à l’affection recherchée, permettant : représentant légal s’il s’agit d’un majeur sous tutelle. »
• d’évaluer le risque pour l’enfant à naître d’être atteint Ce même arrêté de novembre 2004 précise les condi-
d’une maladie d’une particulière gravité ; tions de réalisation des examens de cytogénétique molé-
culaire.
• d’informer la femme enceinte sur les caractéristiques
de cette maladie, les moyens de la détecter, les possi- Les actes de cytogénétique moléculaire peuvent être
bilités thérapeutiques et sur les résultats susceptibles prescrits d’emblée dans les cas suivants :
d’être obtenus au cours de l’analyse, ainsi que sur • recherche d’un syndrome microdélétionnel (exemple :
leurs éventuelles conséquences ; syndrome de Di George) ;
• d’informer la femme enceinte sur les risques inhérents • diagnostic de sexe chromosomique en période post-
aux prélèvements, sur leurs contraintes et leurs éven- natale ;
tuelles conséquences. • signe d’appel échographique en période prénatale.
Le médecin consulté fournit à la femme enceinte les Ils peuvent être effectués à l’initiative du biologiste pour
informations mentionnées ci-dessus. Il établit une attes- caractériser, si besoin, une anomalie chromosomique
tation cosignée par la femme enceinte certifiant que ces détectée lors de l’examen du caryotype. Ils sont dans
informations lui ont été fournies et en conserve l’origi- ces indications pris en charge par l’Assurance Maladie.
nal. Lorsque la femme enceinte consent à la réalisation
des analyses, son consentement est recueilli sur un for-
Hybridation in situ fluorescente (FISH)
mulaire conforme à un modèle fixé par arrêté du
ministre chargé de la santé pris après avis du directeur Les récents développements des techniques d’hybrida-
général de l’Agence de la biomédecine. Le médecin en tion in situ fluorescente (FISH) en ont largement étendu
conserve l’original. Une copie de l’attestation et une le champ d’application dans les différents domaines de
copie du formulaire de consentement sont remises à la la cytogénétique constitutionnelle et acquise.
femme enceinte et au praticien qui effectue les analyses. Le principe de la FISH repose sur la dénaturation d’une
Les analyses […] sont réalisées sous la responsabilité préparation interphasique et/ou métaphasique sur lame
d’un ou plusieurs praticiens agréés. Ils sont seuls habili- et d’une sonde d’ADN spécifique d’une région chromo-
tés à signer les comptes rendus d’analyses. L’agrément somique (obtention d’ADN monobrins) suivie d’une
des praticiens est délivré par le directeur général de hybridation. La sonde étant marquée à l’aide d’un
l’Agence de la biomédecine pour une durée de 5 ans. fluorochrome, l’analyse est réalisée au microscope à
L’autorisation d’exercice est délivrée à l’établissement fluorescence équipé de filtres sélectifs : lecture de
public de santé ou au laboratoire d’analyses de biologie signaux spécifiques rouges, verts ou bleus « aqua » sur
médicale par la commission exécutive de l’Agence des noyaux et/ou des chromosomes préalablement colo-
régionale de l’hospitalisation pour une durée de 5 ans. rés par un contre-colorant, en général DAPI.
L’Agence de la biomédecine tient à jour la liste des pra- La FISH permet le diagnostic rapide des principales
ticiens agréés et la liste des établissements de santé et anomalies de nombre des chromosomes. Elle est, par
des laboratoires autorisés et les met à disposition du ailleurs, l’outil de référence pour l’exploration des
public. remaniements complexes ou cryptiques ainsi que pour
le diagnostic des syndromes microdélétionnels.
Les conditions de réalisation du caryotype constitution-
nel postnatal ont été précisées par l’arrêté du
— FISH interphasique
25 novembre 2004.
« Les analyses de cytogénétique, incluant la cyto-
• Diagnostic prénatal des aneuploïdies
génétique moléculaire constitutionnelle, ne peuvent être
réalisées que dans des laboratoires autorisés et par des L’utilisation de sondes spécifiques des chromo-
praticiens agréés en application des articles L. 1131-1 à somes 21, 13, 18, X et Y sur des noyaux interphasiques
L. 1131-6 et R. 1131-1 à R. 1131-15 du code de la d’amniocytes non cultivés permet d’obtenir le diagnos-
santé publique. » tic des anomalies chromosomiques les plus fréquentes
« Le praticien agréé qui réalise l’examen doit être en en 24 à 48 heures alors qu’un caryotype conventionnel
possession de l’attestation du médecin consulté certi- nécessitant une culture cellulaire requiert 8 à 15 jours.
Cent noyaux environ sont analysés en comptant le — FISH métaphasique
nombre de « spots » fluorescents : un minimum de
95 % de noyaux analysables comportant 2 signaux est • Caractérisation des anomalies de structure
requis pour qu’un résultat soit considéré normal ; de
même 70 % des noyaux analysables doivent comporter Remaniements complexes ou cryptiques
3 signaux pour accepter le diagnostic de trisomie. Dans
le cas contraire, le résultat est considéré ininterprétable. Le degré de résolution d’un caryotype standard com-
Une double lecture est recommandée. portant de 300 à 450 « bandes chromosomiques » par
La sensibilité et la spécificité sont bonnes avec une cor- génome haploïde neutre (23 autosomes + X) est de
rélation entre les résultats de la FISH et ceux du caryo- l’ordre de 5 à 10 millions de bases (Mb : mégabases),
type classique supérieure à 99 % pour la plupart des celui d’un caryotype en haute résolution atteint 3 Mb.
séries publiées pour la recherche des aneuploïdies. La FISH permet de caractériser ou de localiser des seg-
Les limites de la FISH interphasique sont d’ordre tech- ments chromosomiques de quelques dizaines de milliers
nique et clinique : de paires de bases, rendant possible le diagnostic des
microremaniements infracytogénétiques : transloca-
– 10 à 15 % des échantillons sont ininterprétables ou tions cryptiques, microdélétions parfois cliniquement
non informatifs (contamination maternelle, prélève- suspectées (cri du chat et délétion 5p, syndrome de
ment hémorragique, liquide amniotique tardif...) ; Wolf-Hirschhorn et délétion 4p).
– seules sont analysées les régions chromosomiques Elle permet également l’identification de segments ou
reconnues par les sondes utilisées : les trisomies de fragments non reconnaissables par les techniques
rares (trisomies 9, 8…) sont méconnues, de même conventionnelles, autorisant ainsi la caractérisation de
que les anomalies de structure. Selon les indica- remaniements complexes impliquant 3 voire 4 chromo-
tions, 20 à 30 % des anomalies cliniquement signi- somes.
ficatives ne peuvent être diagnostiqués par
l’hybridation in situ ; Anomalies subtélomériques
– la FISH ne permet pas de distinguer une trisomie 21 Un intérêt particulier est porté aux régions télomériques
libre (accidentelle) d’une trisomie 21 par transloca- depuis les publications de J. Flint et S. Knight rappor-
tion robertsonienne comportant, lorsqu’elle est tant 7,4 % d’anomalies télomériques, le plus souvent
héritée, un risque de récidive parfois élevé ; infracytogénétiques, chez des sujets présentant une défi-
– dans ce contexte de dépistage, l’interprétation d’une cience mentale modérée à sévère (QI inférieur à 50)
mosaïque est difficile. idiopathique. La moitié de ces anomalies sont héritées
Pour toutes ces raisons, l’étude du caryotype conven- et donc associées à un risque de récidive.
tionnel doit compléter un résultat de FISH interpha- La FISH pantélomérique permet le diagnostic des ano-
sique. malies subtélomériques soit déséquilibrées, soit équili-
brées telles que les translocations réciproques
• Diagnostic des mosaïques cryptiques familiales. Des sets de sondes spécifiques des
régions subtélomériques identifient 41 des 46 télomères
En permettant l’étude rapide d’un nombre important de des chromosomes humains, à l’exclusion des télomères
noyaux, la FISH interphasique permet la mise en évi- des bras courts des chromosomes acrocentriques (13,
dence de clones minoritaires dont la présence modifiera 14, 15, 21, 22) pour lesquels un déséquilibre est sans
le pronostic. C’est essentiellement le cas des dysgono- expression phénotypique. Une même sonde est utilisée
somies : la présence d’une lignée 46,XY dans une pour les bras courts des chromosomes X et Y, ainsi que
monosomie X (syndrome de Turner) augmente le risque pour leurs bras longs (homologies de séquences). Cette
de gonadoblastome, la présence d’un petit anneau de technique est particulièrement longue, et nécessite une
l’X est, dans certains cas, associée à une déficience densité suffisante de métaphases qui la rend parfois
mentale… d’application difficile dans le cadre du diagnostic pré-
Certaines trisomies confèrent à la cellule un désavan- natal. L’interprétation des résultats nécessite une bonne
tage sélectif en culture et seront plus aisément diagnos- expertise. La résolution ne permet pas de dépister des
tiquées sur des noyaux quiescents : tétrasomie 12p remaniements inférieurs à 5 Mb.
(syndrome de Pallister-Killian associant déficience men- Des techniques plus récentes de génétique moléculaire
tale et malformations) qu’une sonde pour le centromère (MLPA, QMPSF…) permettent actuellement une étude
du chromosome 12 permettra de mettre en évidence sur des télomères automatisable, plus rapide et moins oné-
les noyaux de cellules non cultivées. reuse. Il s’agit de techniques de PCR quantitative per-
mettant de mettre en évidence des déséquilibres au type 1 ou classique invdup (15) : petit méta-
niveau de courtes séquences géniques (40 pb) situées centrique composé essentiellement d’hétéro-
dans les régions subtélomériques. Toute anomalie chromatine correspondant à une duplication
nécessite une confirmation en FISH. Les limites de ces pter-q11::q11-pter de bon pronostic en l’absence
techniques sont l’existence de polymorphismes (SNP, de disomie uniparentale associée du chro-
CNV : copy number variation) à l’origine de faux posi- mosome 15 ;
tifs, la localisation parfois imprécise des sondes rendant type 2 : duplication plus large (pter-q12::q12-pter)
difficile la confirmation en FISH, la quasi-impossibilité comportant la région Prader-Willi/Angelman,
de confirmer en FISH une duplication de petite taille. associée à une déficience mentale et à des
Elles ne permettent pas le diagnostic des remaniements convulsions.
subtélomériques équilibrés. Elles constituent néanmoins
un outil précieux pour l’étude des télomères et font par- Les autres marqueurs satellités dérivent des chromo-
tie comme la FISH pantélomérique de la démarche somes 13, 14, 21 ou 22 : leur pronostic dépend là aussi
recommandée entre autres par l’American College of de la présence ou de l’absence, souvent difficile à affir-
Medical Genetics et l’American Academy of Neurology mer, de matériel codant.
pour le diagnostic étiologique du retard mental. Les marqueurs non satellités ont des origines diverses
avec une fréquence particulière pour les iso (18p) asso-
Identification des marqueurs chromosomiques
ciés le plus souvent à un retard mental.
Il s’agit de chromosomes le plus souvent surnuméraires, Enfin les marqueurs non surnuméraires (caryotype à
homogènes ou en mosaïque, dont l’origine ne peut être 46 chromosomes) ont le plus souvent pour origine les
définie par les différentes techniques de marquage chro- gonosomes : anneau ou fragment centrique de l’X,
mosomique. Leur fréquence est estimée à 0,4/1 000 iso Yp…
dans la population générale, 1/1 000 dans le cadre du Les sondes utilisées (alpha-satellite, peinture) précise-
diagnostic anténatal. Ils sont, dans 10 à 15 % des cas, ront l’origine du marqueur et l’éventuelle présence de
associés à une déficience mentale. Leur pronostic matériel codant. Là aussi, la MLPA constitue un outil
dépend, outre de leur caractère hérité ou de novo, de d’appoint en permettant la recherche de déséquilibre de
leur origine chromosomique, et la FISH est une étape séquences juxta-centromériques, limité cependant aux
essentielle de leur identification. marqueurs homogènes. En revanche, les techniques
La moitié des marqueurs satellités dérivent du chromo- d’exploration globale du génome (CGH, caryotype en
some 15 et appartiennent à deux catégories principales : multifluorescence) encore difficilement disponibles en

Tableau 7
Fréquence des Autres
Localisation Délétions
Syndrome (fréquence) Principaux signes cliniques microdélétions mécanismes
chromosomique familiales
chromosomiques moléculaires
22q11.2 Di-George/VCF/Syndrome – Dysmorphie 90 % 10 %
De Schprintzen – Cardiopathie conotroncale
(1/4 500) – Hypoplasie thymique
– Hypocalcémie
– Fente palatine, insuffisance
vélaire
– Anomalies rénales
– Retard de développement
– Troubles psychotiques
15q11q13 : Prader-Willi Cf. Prader-Willi (syndrome de) 70 % <1% Disomie
délétion paternelle (1/10 à 15 000) uniparentale
maternelle : 25 %
Mutation
d’empreinte
15q11q13 : Angelman Cf. Angelman (syndrome d’) 70 % <1% Disomie
délétion maternelle (1/12 à 20 000) uniparentale
paternelle : 7 %
Mutation du gène
UBE3A : 11 %
Mutation
d’empreinte : 3 %
 Fréquence des Autres
Localisation Délétions
Syndrome (fréquence) Principaux signes cliniques microdélétions mécanismes
chromosomique familiales
chromosomiques moléculaires
7q11.23 Williams-Beuren – Déficience mentale modérée, 96 % Rares
(1/ 20 000) troubles du comportement
– Sténose supravalvulaire
aortique ou pulmonaire
– Hypercalcémie néonatale
– Dysmorphie
17p13.3 Miller-Dieker – Dysmorphie 99 % 20 % Mutations de LIS1
(1/100 000) – Microcéphalie
– Tétraparésie
– Déficience mentale sévère,
convulsions
– Lissencéphalie type 1 (IRM)
11p13 WAGR – Aniridie 90 % +
(aniridie-tumeur de – Déficience mentale
Wilms) – Anomalies génito-urinaires
– Tumeur de Wilms,
gonadoblastome
8q23.3q24.13 Langer-Giedon – Syndrome
trichorhino-phalangien type 2
– Exostoses 90 % Rares
– Déficience mentale inconstante
20p11.23 Alagille – Hypoplasie des canaux biliaires 7% ? Mutations du gène
(dysplasie intrahépatiques JAG1 : 88 %
artériohépatique) – Sténose pulmonaire Mutations de
(1/70 000) – Embryotoxon postérieur NOTCH2 : < 1 %
– Vertèbres en ailes de papillon
– Dysmorphie
– Anomalies rénales
16p13.3 Rubinstein-Taybi – Déficience mentale 10 % Rares Mutations du gène
(3/100 000) – Dysmorphie (nez++), CREBBP : 40 à
microcéphalie 60 %
– Pouces, orteils larges Mutations de
EP300 : 3 %
17p11.2 Smith-Magenis – Déficience mentale, retard de 90 % Rares Mutations de
(1/25 000) langage, troubles du RAI1 : 5 à 10 %
comportement (sommeil)
– Brachydactylie
– Dysmorphie, petite taille
Anomalies
télomériques
3pter Microdélétion 3p25 – Déficience mentale sévère Mutations de
– Dysmorphie FOXL2
– BPES (blepharophimosis, ptosis,
epicanthus, situs inversus)
– RCIU
2q37.1 Pseudo-ostéodystrophie – Polydactylie +
héréditaire d’Albright – Petite taille, obésité
– Brachymétacarpie-tarsie
– Pseudo-hypoparathyroïdie
22q13.3 Microdélétion 22q13.3 – Déficience mentale +
– Retard de langage sévère
– Insensibilité à la douleur
– Syndrome dysmorphique
modéré
1p36 Microdélétion 1p36 – Retard mental, troubles du +
comportement, agressivité
– Dysmorphie
– Retard et anomalies de
croissance
– Épilepsie
– Hypotonie, problèmes
nutritionnels
routine sont réservées aux situations les plus com- tant alors la fabrication de sondes fluorescentes spéci-
plexes. fiques de la région d’ADN humain cloné.
Avant toute utilisation, il est nécessaire de confirmer
• Syndromes microdélétionnels (aneusomies sur des métaphases la localisation du BACs spécifiée
segmentaires) dans la base de données.
Ils sont définis par la présence d’un remaniement chro- Les BACs sont applicables à la fois pour une hybrida-
mosomique de taille inférieure à 3 Mb et ont des cri- tion en interphase (sur noyaux) et en métaphase.
tères en commun :
– leur identification clinique oriente le diagnostic • Applications
(cytogénétique syndromique) ;
Dans le cadre de la recherche, cette technique était
– le diagnostic n’est qu’exceptionnellement fait en
initialement et est encore utilisée à l’heure actuelle
cytogénétique conventionnelle ou en haute résolu-
pour compléter la cartographie du génome humain
tion mais nécessite le recours à la FISH ;
(HapMap Project).
– certains relèvent de plusieurs mécanismes molécu-
laires (microdélétion, anomalie d’empreinte, muta- Elle a également contribué à la localisation et à la carac-
tion ponctuelle) et la FISH constitue avec la térisation de nombreux gènes par la stratégie dite du
biologie moléculaire un des éléments du bilan étio- « clonage des points de cassure », c’est-à-dire l’étude
logique. fine des points de cassure d’un remaniement chromoso-
mique (translocation, inversion…) associé à un phéno-
Une vingtaine de syndromes microdélétionnels sont type d’intérêt.
actuellement connus : les plus fréquents sont décrits
dans le tableau 7. Les applications diagnostiques des BACs se sont récem-
ment développées avec l’émergence de la microcyto-
Plusieurs de ces syndromes ont comme composante
génétique :
majeure des troubles du comportement fortement évo-
cateurs et ont abouti à la notion de phénotype compor- – description de nouveaux syndromes microdélétion-
temental (syndromes de Prader-Willi, d’Angelman, de nels ou de syndromes rares associés à des microre-
Williams-Beuren…). maniements de loci pour lesquels les industriels
Certains d’entre eux sont la conséquence du déséqui- n’ont pas développé de sondes commerciales
libre d’un remaniement chromosomique parental (exemple : sonde de la région 20p12 remaniée dans
parfois cryptique imposant l’étude des caryotypes le syndrome d’Alagille) ;
parentaux qui orientera le conseil génétique. – nécessité de caractériser précisément un remanie-
ment chromosomique apparemment équilibré asso-
— FISH/BACs cié à un phénotype anormal (translocation,
inversion…) à la recherche, au niveau des points de
L’analyse de déséquilibres infracytogénétiques répartis
cassure, d’un déséquilibre inframicroscopique
de façon aléatoire sur l’ensemble du génome a nécessité
méconnu par les techniques standard du caryotype.
d’élargir le panel des sondes.
Seule une telle étude exhaustive permettra dans ces
Depuis les années 1990, une nouvelle technique permet circonstances particulières un conseil génétique
de fabriquer au sein du laboratoire de cytogénétique des approprié ;
sondes « maison » : il s’agit du système BAC (bacterial
artificial chromosome). – confirmation des déséquilibres télomériques dépis-
tés par les techniques récentes de PCR quantitative
• Principe appliquées à l’étude des télomères (MLPA, QMPSF)
pour laquelle la FISH reste la technique de réfé-
Un fragment d’ADN humain (> 300 kb) sélectionné rence.
dans une base de données pour sa localisation est inséré Il s’agit dans tous les cas d’une technique complémen-
au sein du génome d’une bactérie (E. coli). Celle-ci est taire de la FISH classique, mais non de routine car elle
mise en culture, se multiplie et permet ainsi le clonage est « cas-spécifique ». Les délais de fabrication des
du fragment d’ADN humain inséré, c’est-à-dire l’obten- BACs peuvent varier de quelques semaines (pour
tion d’une quantité importante de cet ADN. 1 seule sonde) à plusieurs mois (pour le clonage de
Après extraction de l’ADN, une technique de prépara- points de cassure), mais le développement par les indus-
tion et de marquage de l’ADN par Nick-translation triels de kits plus conviviaux devrait contribuer à en
(réaction de « coupure d’ADN ») est effectuée, permet- élargir l’utilisation.
 Rapport annuel – Bilan des activités 2005. Diagnostic sur l’embryon et
Les limites de la technique des BACs sont celles de la le fœtus.
FISH. Saint-Denis-la-Plaine : Agence de la Biomédecine, 2005 ; pp. 177-192.
Moeschler JB, Shevell M.
Clinical genetic evaluation of the child with mental retardation or deve-
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Pediatrics 2006 ; 117/6 : 2304-2316.
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Cloning and stable maintenance of 300-kilobase-pair fragments of human
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( Agence de la Biomédecine. Proc Natl Acad Sci, USA 1992 ; 89 : 8794-8797.