Chapitre 1 : INTRODUCTION GENERALE
-TERMINOLOGIE
-HISTORIQUE DE LA PHYTOPATHOLOGIE
-DIAGNOSTIQUE EN PATHOLOGIE VEGETALE
-CLASSIFICATION DES MALADIES
Chapitre 2 : GENERALITES SUR LES AGENTS PATHOGENES
Champignons, bactéries, virus, mycoplasmes, viroïdes, nématodes et
phanérogames parasites.
Chapitre 3 : SYMPTÔMES ET LUTTES CONTRE LES MALADIES A :
Myxomycètes, Phycomycètes, Oomycètes, Ascomycètes et champignons
imparfaits et Basidiomycètes
A- TERMINOLOGIE
La phytopathologie ou pathologie générale c’est la science qui
traite les maladies des plantes. Elle étudie :
-Les causes parasitaires et les conditions environnementales qui
provoquent des perturbations dans la croissance et le développement
des végétaux
-L’interaction entre ces agents et la plante malade
-Les méthodes pour prévenir ou contrôler les maladies
Elle regroupe:
- L’étiologie la science qui étudie les causes des maladies
- La symptomatologie la science qui étudie les symptômes
- L’épidémiologie la science qui étudie les modalités d’extension
spatiale et temporelle de la maladie au sein d’une population de plantes
saines
HISTORIQUE DE LA PHYTOPATHOLOGIE
L ’ergot des céréales
L'histoire a retenu maints souvenirs
de cas d'ergotisme généralisé,
liés aux périodes de disette,
notamment au Moyen Age. En 1722,
l'ergot de seigle aurait provoqué
l'effondrement de l'armée du tsar
Pierre le Grand de Russie, en marche
vers la Turquie. L'un des derniers
cas d'ergotisme eut lieu en 1951
à Pont Saint-Esprit (France).
.
L ’ergot des céréales
Ces sclérotes contiennent des alcaloïdes toxiques
(parmi lesquels l'acide lysergique) dont l'absorption
provoque des affections convulsives
(le “ feu sacré ”) ou gangreneuses
(déformations et nécroses des membres)
pouvant conduire à la mort des
personnes ou des animaux intoxiqués.
Le mildiou de la pomme de terre, une maladie
qui a fait l ’HISTOIRE
1845, l ’agent du mildiou de
la pomme, originaire
d ’Amérique latine, est
introduit accidentellement
en Irlande et émigration
vers USA...
Le mildiou de la pomme de terre, une maladie
qui a fait l ’HISTOIRE
En 1917, le même mildiou provoque une famine en
Allemagne, hâtant peut-être la défaite du Kaiser...
1918 : la famine en Allemagne
DIAGNOSTIQUE EN PATHOLOGIE VEGETALE
Symptôme = modification du phénotype par rapport à
celui qui est attendu
ENVIRONNEMENT
ABIOTIQUE
Génotype mis en culture Phénotype observé
ENVIRONNEMENT = Symptôme
BIOTIQUE
Phénotype attendu
Figure1 : Effet des maladies sur les principales fonctions d’une
plante
Symptomatologie
• 1. Modifications de couleur
• 2. Altérations d ’organes
• 3. Modifications anatomiques des
rameaux et des tiges
• 4. Modification au niveau des feuilles
• 5. Modifications touchant les fleurs
• 6. Anomalies de croissance
• 7. Anomalies internes
• 8. Excroissances pathologiques
•
Exemple d ’anthocyanose
Anthocyanose virale sur carotte
Photo FUSAGx
Exemple de chlorose
Carence en fer chez le chêne
Exemple de mélanose
Photo FUSAGx
La maladie « des taches noires » du rosier
Exemple de mosaïque
Virus de la mosaïque dorée du haricot
A. Sartorato Embrapa
2. Altérations d ’organes
• Nécrose : altération résultant de la mort des
cellules
• Pourriture : altération résultant d ’une
décomposition des tissus
• Déformation: excroissance (Hernie de chou)
• Flétrissement : perte de turgescence
Exemples de nécrose
Photo [Link], FUSAGx
Nécrose de l ’extrémité des feuilles
sur millepertuis (pollution au fluor)
Photo [Link], FUSAGx
Nécrose bactérienne sur haricot
Exemples de pourriture
Photo USAGx
Pourriture à Sclerotinia sur carotte
Photo FUSAGx
Photo FUSAGx
Pourriture de pommes en conservation
Exemple de flétrissement
Université d ’Edinburgh
Photo FUSAGx
Flétrissement d ’une plante
Photo Brancard, INRA de betterave
3. Modifications anatomiques des
rameaux et des tiges
• Balai de sorcière : prolifération abondante
des ramifications d ’une tige
• Chancre : altération localisée de l ’écorce
Exemple de balai de sorcière
Trèfle (infection par un phytoplasme)
Exemples de chancre
Chancre à Colletotrichum
sur manioc
Chancre à Nectria sur poirier
4. Modification au niveau des feuilles
• Frisolée : boursouflure et gaufrement du
limbe foliaire
Exemple de frisolée
Ipomoea nil infecté par des virus
de la patate douce
5. Modifications touchant les fleurs
• Virescence : pièces florales restant vertes
• Chloranthie : transformation de verticilles
floraux en organes foliacés
Exemple de virescence
Infection à phytoplasmes sur pervenche
Exemples de Chloranthie
Infections à phytoplasmes
6. Anomalies de croissance
• Nanisme et atrophie : réduction de la taille
de la plante ou de ses organes
• Déformations d ’organes
Exemple de nanisme
Nanisme d’une plante d’orge
infectée par le virus de la
jaunisse nanisante de l’orge (BaYDV)
Exemple de déformation de fruits due au Virus
du bois strié du pommier
7. Anomalies internes
• Thyllose : expansion vésiculeuse se formant
dans le xylème à partir de cellules
• Dépôts anormaux : callose
Exemple d’anomalie interne
Photo FUSAGx
Thylles dans des vaisseaux
de xylème d ’une plante de
tomate infectée par
Exemple d’anomalie interne
Dépôts anormaux de callose
dans le phloème d’une plante
de pomme de terre
infectée par le virus
de l ’enroulement
1.3.8. Excroissances pathologiques
• Gale : altération superficielle de
l ’épiderme de la plante
• Galle : excroissance dues aux insectes,
bactéries et champignons
• Tumeur : prolifération anarchique des
tissus suite à une modification génétique
des ces cellules végétales
Exemple de gale
Gale ordinaire de la pomme de terre
(Streptomyces scabies)
Exemple de galle
Galles dues à des insectes sur érable
Exemple de tumeur chez la tomate
Ministry Agriculture Fisheries Food
L ’étiologie est la discipline qui étudie
les causes des maladies
• Deux grands types de maladies (et de
causes de celles-ci) chez les plantes :
Maladies parasitaires
Maladies parasitaires
Les maladies parasitaires
Ce sont les maladies causées par l'action
d'agents pathogènes (virus, phytoplasmes,
bactéries, champignons, etc.)
Ces parasites sont infectieux(ils envahissent
l’hôte et s’y multiplient) et contagieux (ils se
transmettent d’une plante infectée à une
plate saine)
Maladies parasitaires
Les maladies parasitaires
• Agents pathogènes responsables des
maladies parasitaires (=diseases) :
– Les virus et viroïdes
– Les procaryotes (phytoplasmes et
bactéries)
– Les protozoaires
– Les champignons
– Les phanérogames parasites
Maladies non parasitaires
L ’étiologie des maladies non
parasitaires
Elles résultent d'une inadéquation des
conditions écologiques.
Il peut s ’agir de problèmes liés aux
conditions climatiques, aux
phénomènes de pollution ou à
des problèmes nutritifs.
.
Maladies non parasitaires
L ’étiologie des maladies non
parasitaires
• Quelques causes de maladies non
parasitaires
– Des carences nutritives
– Le climat
– La pollution
– La toxicité des pesticides
Synthèse des causes des maladies
chez les plantes
Agents non parasitaires (physiques-chimiques)
Climat Froid, chaud, sécheresse, excès de
précipitation, grêle, foudre, vent, neige
Nutrition Déséquilibres, carences, excès, pH, salinité,
toxiques naturels
Pollution Atmosphérique (SO 2, F, etc.), sols, eaux (
nitrate, pesticides), poussières industrielles
(Pb, Zn), pesticides (herbicides)
Agents parasitaires
Molécules Virus, viroïdes
Cellules ou organismes pluricellulaires Bactéries, phytoplasmes, protozoaires,
champignons, phanérogames non
chlorophylliens
Phanérogames chlorophylliens
Les températures élevées
En cas de températures excessives, les symptômes observés sont dus à une
transpiration dépassant les quantités d'eau fournies par le système conducteur.
Les feuilles perdent leur rigidité et se fanent, les chlorophylles sont détruites,
induisant chloroses et de nécroses.
Altération de l'écorce due à une élévation de la température
Les températures basses ("chilling")
Les effets des températures de 0 à 5 C (refroidissement de type "
chilling ") sont distincts des dégâts de gel. Un coup de froid
correspondant à une telle chute de température est d'autant plus
redoutable qu'il survient brusquement et rapidement (exemple sur
agrume).
Dégâts de type "chilling" sur agrume
Le gel
Le stress causé par le gel se manifeste à des températures inférieures au
point de congélation. Comme la concentration du liquide cellulaire varie
considérablement, ce point limite diffère d'une espèce à l'autre.
Les dégâts sont dus à la formation de cristaux de glace dans la cellule ou
dans les espaces intercellulaires, avec plasmolyse et déshydratation du
protoplasme.
La sécheresse
La sécheresse a pour effet direct la déshydratation des cellules,
qui reste totalement réversible jusqu'à une teneur limite en eau.
Au-delà de ce seuil d'hydratation, la cellule ne pourra plus se ré
imbiber normalement et le dégât sera irréversible. Il existe un
certain parallélisme entre les effets de la sécheresse, de la
salinité et du gel : dans les trois cas, il y a indisponibilité de l'eau.
L'excès d'eau
L'excès d'eau (ou submersion) est défini comme étant la présence
d'eau, dans le sol, en quantité dépassant celle de la capacité au champ
Effet dépressif sur la croissance d'un excès
d'eau dans le sol (combiné à une mauvaise
structure du sol)
Le stress salin
La salinité accentue les effets de la sécheresse en limitant le
prélèvement de l'eau par la plante, par réduction de la différence
des potentiels osmotiques entre la solution du sol et les cellules
végétales. Le stress salin est cependant plus complexe que le
stress hydrique, car cet effet physique est combiné à des
phénomènes de toxicité ionique et à des interactions nutritionnelles
Observez les nécroses
marginales qui traduisent un
stress hydrique de la plante
soumise à cet excès de
salinité)
La phytotoxicité
Parmi les ions, certains sont toxiques à des concentrations moyennes et d'autres
(comme ceux de Hg, Se, I, Cd, Ti,…) le sont à des concentrations de quelques
ppm. Les concentrations en métaux lourds dans les sols et les végétaux sont
anormalement élevées dans un certain nombre de circonstances :
- les sites métallifères
- les zones industrielles
- les zones urbaines
- les zones de trafic
- les zones rurales
La phytotoxicité liée à des pratiques culturales (pesticides)
Excès ou carences en substances nutritives
En fonction de sa concentration, de sa mobilité dans le sol, et de la
présence ou non d'autres ions, un élément nutritif essentiel (donc
nécessaire a priori) peut provoquer des effets toxiques.
La carence en un élément entraîne des anomalies de croissance,
conséquence directe du déficit de sa présence, de son immobilisation
sous une forme insoluble, ou encore d'effets antagonistes d'autres
composés
Les symptômes sont très souvent peu caractéristiques. Cette figure
tente de dégager quelques pistes pour des éléments important
Maladies parasitaires
Généralités sur Les maladies parasitaires
• Agents pathogènes responsables des
maladies parasitaires (=diseases) :
– Les virus et viroïdes
– Les procaryotes (phytoplasmes =
mycoplasmes et bactéries)
– Les protozoaires
– Les champignons
– Les phanérogames parasites
Figure 1 : Diagramme représentatif des formes et taille des différents
agents pathogènes en relation avec la cellule végétale
1- Maladies virales = viroses
Les virus ont une structure très simple: une coque de protection = capside,
renfermant une information génétique sous forme (ARN) ou (ADN). Ils ne
comportent q’un petit nombre de gène. Ce sont des organismes les plus
simples, ils ne sont pas vu par un microscopique optique, ne sont pas retenus
par des filtres et sont des parasites obligatoires des cellules de la plantes hôte,
ils y se multiplient et provoques des perturbations métaboliques conduisant à
l’expression des symptômes.
Les viroses des plantes sont des maladies généralisées (le virus gagne
l’ensemble du végétal: racine, tige, feuille, fleurs et fruit), persistantes et
généralement transmises par des insectes.
Spicules = projections de surface
= boutons = antirécepteur viral Structure des virus
+ Enveloppe Acide nucléique (ADN ou ARN)
Forme parfois complexe
Simple ou double brin (parfois les deux
Fragmenté ou non, linéaire ou circulaire
Parfois associé à des nucléoprotéines basiques
(NC) pour le stabiliser et former le core ou
nucléoïde
NC
+/- tégument
(= matrice, protéines MA - Spicules des
structure
finale des
virus
cohésion)
Nucléocapside
+ virus nus
enveloppés (= structure finale des
virus nus) Hélicoïdale
Capside
(protéines CA)
Parfois en plusieurs couches
« coque »
+/- autres molécules : nucléiques (ex : ARNt) ou
protéiques (ex : réplicases)
Schémas d’un modèle de virus de la mosaïque du Tabac
1- acide nucléique
2- Spicules
3- capside
Classification
des phytovirus
Tomato Mosaic Virus (TMV)
Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV)
2- Les viroïdes
Les viroïdes sont les plus petits microorganismes, plus petits que les virus,
contiennent un seul ARN circulaire avec très peu de nucléotides (200-400) et n'ont pas
de capside.
Les viroïdes diffèrent des virus en six points:
- Ils existent à l'intérieur des cellules en tant que particules d'ARN uniquement, sans
capside ni enveloppe.
Ils n'ont qu'un seul ARN circulaire qui contient très peu de nucléotides
Leur ARN ne code pour aucune protéine
Contrairement à certains virus, les viroïdes n'ont pas besoin de l'aide d'un virus pour
infecter une cellule
Contrairement au virus dont l'ARN peut être copié dans le cytoplasme ou le noyau,
l'ARN des viroïdes est copié dans le noyau uniquement
Il faut utiliser des techniques spéciales pour les détecter dans les tissus
Principaux symptômes retrouvés chez les plantes infectées par des viroïdes
Retard de croissance chez Chlorose sur des feuilles de pêcher
des plants de tomates
3- Maladie d’origine bactérienne = phytobactériose
Les bactéries sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes
caractérisées par une absence de noyau et d ‘organites. La plupart des
bactéries ont une paroi cellulaire glucidique, le peptidoglycane.
Les bactéries mesurent quelques micromètres de long et peuvent présenter
différentes formes : des formes sphériques (cocci), des formes allongées
ou en bâtonnets (bacilles).
Les symptômes provoqués par les bactéries sont classées en 4 types
(voir tableau n°: 2)
- Nécroses: ex: Pseudomonas syringae p.v. tomate; Xanthomonas campestris
- Flétrissements, ex: Crynebacterium michiganes
- Pourritures molles: ex: Erwinia carotovora
- Phénomènes de prolifération, tumeur, ex: Agrobactérium tumefacciens
Les bactéries sont disséminées à partir d’exsudats sous forme de gouttelettes
chargées de bactéries qui suintent à travers les stomates ou les fentes des
tissus infectés, des éclaboussures de pluie,les insectes, les limaces ou d’autres
animaux
La quasi-totalité des bactéries phytopathogènes sont regroupées dans les
genres suivants : Pseudomonas, Corynebactérium, Agrobactérium,
Xanthomonas et Streptomyces.
Différents symptômes
des phytobactéries
pathogènes
Corynebacterium michiganense pv
Xanthomonas vesicatoria
Pseudomonas syringae pv. Tomato sur feuille
Pseudomonas syringae pv. Tomato sur fruit
Erwinia carotovora
Streptomyces scabies
crown gall Agrobacterium tumefaciens
4- Mycoplasmes
Les mycoplasmes sont des procaryotes unicellulaires qui n'ont pas de paroi
ces petites cellules de taille variante de 100 à 1000 µm, contenant deux
acides nucléiques. Ils peuvent se déformer et passer dans les vaisseaux
conducteurs de la sève élaborées. Ils se sont détectés au microscopiques
électroniques exp: Mycoplasmes spiralé des agrumes (Spiroplasma citri) ou
jaunisse des carottes = Jaunisse ou jaunisse de I'aster
Aster yellows mycoplasma (AYM) :
Premièrement apparaît le jaunissement et la décoloration des nervures des
jeunes feuilles au centre du collet, Plus tard, les nombreuses pousses
malades surgissant de celui-ci donnent au sommet du plant l'aspect d'un balai
de sorcière. Les feuilles âgées blanchissent au début puis deviennent cuivrées
De nombreuses radicelles fibreuses et difformes croissent habituellement en
quatre rangées le long de l'axe de la racine principale
Jaunisse ou jaunisse de I'aster
Aster yellows mycoplasma (AYM)
5- Phanérogames parasites
IL s’agit des plantes supérieures avec des feuilles et des fleurs, appartenant
à des genres et des familles différentes. Le parasitisme peut être total, la
plante parasite dépourvue de chlorophylle, tire de son hôte toute son
alimentation, exemple de l’Orobanche, ou bien partielle, la plante parasite ne
prélevant que l’eau et les éléments minéraux mais conserve son pouvoir de
synthèse chlorophyllienne. Elles peuvent être selon le cas des parasites
spécifiques de certaines espèces (le gui) ou bien plus généralistes.
Gui blanc (Viscum album)
Champ infesté par Orobanche. crenata O. ramosa sur tomate
6-Champignons phytopathogènes
Plus de 8 000 espèces de champignons s’attaquent aux plantes. Ce sont des
organismes généralement microscopiques ne possèdent pas de chlorophylle ni
de tissus conducteurs, ils sont, donc, hétérotrophes.
Les champignons qui vivent au dépend des êtres vivants sont considérés comme
des parasites, ceux qui se développent sur des détritus organiques sont appelés
saprophytes.
La partie végétative d’un champignon est constituée par le thalle, on distingue: thalle
plasmodial ou plasmode, qui est une masse protoplasmique nue, avec en
suspension un grand nombre de noyaux. Ce type de thalle caractérise certains
champignons primitifs Archimycètes, thalle filamenteux c’est un mycélium
composé de filaments ou d’hyphes qui peut être siphonné sans cloisons
(Phycomycètes= Siphomycètes) ou articulé avec cloisons (Septomycètes
champignons plus évolués.
7- Nématodes phytopathogènes
Les nématodes c’est la classe de vers cylindriques, ils provoquent de nombreuses
maladies de plantes, Selon la partie du végétal on classe les nématodes en 3
groupes:
+ endoparasites qui deviennent adultes et pondent dans les organes du végétal
(racines, feuilles , tige) tes que: Hetroderma
+ semi endoparasites, qui vivant sur les radicelles, pondent à l’extérieur tel que:
Tylenchulus sur les racines des agrumes
L'arbre dépérit à la suite des attaques du Nématode
+ ectoparasites, qui vivent à l’extérieur et piquent la plante pour se nourrir
Xiphinema
