Microbiologie

- Bactériologie:

I. bactériologie généraleP 2-43

[Link]ériologie spécifique
P 77-149
- Virologie

I. virologie générale P 44-76

[Link] spécifiqueP 150-198

- Immunologie

fp: GH IZ LAN E Chaymaa

virus herpes simplex 1

(H SV-1)
 I. BACTERIOLOGIE GENERALE
1. taxonomie et structure bactérienne
❖ taxonomie bactérienne :
➢ LES PRINCIPAUX NIVEAUX DE – Un nom latin ( italique ou soulignée) dont la
CLASSIFICATION :
terminaison est ales pour l’ordre, ae pour la
 Taxonomie: Science de la délimitation des groupes, famille us, er ou a pour le genre et
consiste en la classification, la nomenclature et
espèce.(première lettre en majuscule pour
l'identification des organismes
ordre et famille)
 Phylogénie: science de l’évolution génétique dans le  Nomenclature binomiale: espèce est désignée par le
temps d’un organisme nom des deux derniers taxons : Genre et Espèce ;
– S'écrit en italique (ou souligné), Genre avec
REGNE : PROCARYOTES
Majuscule(1ère lettre) , Espèce avec minuscule.
–comporte 2 domaines
 Bacteria (ou Eubacteria) : Les « vraies » ➢ NOM DES BACTERIES :
bactéries incluant celles infectant l’Homme  Une bactérie est définie par: le genre + espèce.
 Archaea (ou Archaeobacteria) : procaryotes
➢ METHODE DE CLASSIFICATION :
primitifs
Classification phénotypique( la plus utilisée)
ESPECE : UNITE DE CLASSIFICATION Critères morphologiques :
– « un groupe d'individus qui possèdent un haut – Forme et groupement des bactéries, présence de
degré de similitude phénotypique associé à une flagelle, nature de la paroi, type de mobilité, présence
importante dissemblance avec d'autres groupes endospore
d'un type semblable » Tests biochimiques:( simples d’orientation ou
 A l’intérieur de l’espèce , il peut exister des complexes + ou moins automatisés)
variants qui se différencient de l’espèce-type par – Critères physiologiques (type métabolique, source
des caractères mineures n’entrant pas dans la d’énergie, de carbone, d’azote, substrat utilisé, capacité
définition de l’espèce: à produire certaines molécules, produits de
– Biochimique: biovar, fermentation, métabolites secondaires...)
– Antigénique: sérovar,serotype – Critères de pathogénicité
– Pathologique : pathovar – Critères antigéniques
– Enzymatique: zymovar  Analyses structurales de molécules :
– Sensibilité à un bacteriophage: lysovar Chimiotaxonomie
– Sensibilité aux antibiotique; antibiotype – Analyse chimique des constituants cellulaires
CLONES,SOUCHES,COLONIES : Classification génotypique :
– Clone: descendance d’une même cellule ➔Objectifs
bactérienne= souche ( copies de la meme bactérie – Détermination des groupes génomiques
qui possedent les meme caracteres – Détermination des filiations (évolution) par études
phénotypiques et genotypiques) phylogéniques
– Colonie: Multiplication d’une cellule bactérienne ➔ Méthodes
sur gélose – Etude du génome complet:
 Composition en bases de l’ADN: %
guanine+cytosine(>70% même espèce)
 Hybridation ADN/ADN total
 Mesure de la température de fusion (Tm) de l’ADN
 Polymorphisme de restriction de l’ADN total
 Séquençage du génome complet : étude d’une
portion du génome.
➢ NOMENCLATURE  Polymorphisme d’une portion d’ADN total
 L’ensemble des règles universelles qui régissent  Séquençage des ARN ribosomiques ou séquençage
l’attribution d’un nom à chaque taxon distinct. des gènes codant les ARNr
 Ordre ,famille ,genre et espèce sont exprimées par:
➢ STRATEGIES D’IDENTIFICATION
BACTERIENNE :
 Phénotypique : Etude spéctrométrique, étude
protéomique…
 Moléculaire : soit d’emblée ,soit en complément
Forme Gram Culture Genre Espèce Particularités
Cocci positif Aérobie Streptococcus Pyogenes Groupement en chainettes
Agalactiae
Bovis
Salivarius
Mitis
Sanguis
Pneumoniae Diplocoque en flamme de bougie
Staphylococcus Aureus Groupement en amas
Epidermidis
Saprophyticus
enterococcus Faecalis
Faecium
anaérobie Peptostreptococcus sp.
Peptococcus sp.
négatif aérobie neisseria Meningitidis Diplocoque en grain de café
Gonorrhoeae
branhamella catarrhalis
moraxella catarrhalis
anaérobie veillonella parvula
Bacilles positif aérobie corynebacterium diphteriae Anaérobies facultatifs sporulés
Listeria Monocytogenes pour bacillus sp.
bacillus Anthracis
cereus
Gardnerella vaginalis
erysipelothrix rhysiopathiae
anaérobie Nocardia Asteroides
brazilensis
clostridium Perfringens sporulés
Botulinum
Tetani
difficile
Actinomyces israeli
Tropheryma Whipplei
Propionibacterium acnes
Lactobacillus sp.
Négatif Aérobie escherichia coli
klebsiella Pneumoniae
rhinoscleromatis Enterobacteriacae*
enterobacter cloacae
serratia marcescens
Proteus mirabilis
acinetobacter
citrobacter freundi
morganella morganii
shigella Dysenteriae
Flexnerii
Boydii
sonneii Enterobacteriacae*
Salmonella enterica Typhi
Paratyphi
Typhimurium
Cholerae suis
Enteritidis
Arizona, etc.
 yersinia Pestis
Enterocolitica Enterobacteriacae*
Pseudo
tuberculosis
Pseudomonas Aeruginosa Famille des pseudomonacae*
burkholderia Mallei/pseudomallei Famille des burkholderiaceae
Legionella pneumophila Famille des legionellaceae
Coxiella Burnetti Intracellulaires
Pasteurella multocida Famille des pasteurellacae
Haemophilus Influenzae
ducreyi
campylobacter Jejuni/coli/fetus Famille des spirillaceae
Helicobacter pylori
vibrio Cholerae Famille des Vibrionaceae
parahaemolyticus
Aeromonas hydrophila
Plesiomonas shigelloides
Bartonella Henselae intracellulaires
Quinatana
bacilliformis
Brucella Melitensis Pousse sur milieu au CO2
Abortus bovis/suis
Francisella Tularensis
Bordetella Pertussis
calymmatobacterium Granulomatis
Streptobacillus Monoliformis
Spirillum Minor
Anaérobie Bacteroides Fragilis
Fusobacterium Necrophorum
prevotella melaninogenica
Famille Genre Espèce Particularités
spirochaetaceae Treponema Pallidum , Pertenuae Spiralés, mobiles
Carateum
Borrelia Recurrentis,Burgdorferi
Duttoni
Leptospira Interrogans, biflexans
Mycobacteriaceae Mycobacterium Tuberculosis Coloration de ziehl Neelsen
Bovis Pousse lente en culture
Africanum
Leprae
Xenopi
Marinum
Ulcerans
Avium intracellulare
kansasii
Rickettsiaceae Rickettsia Prowasekii intracellulaires
Conorii
Typhi
Africae
akari
chlamydiaceae chlamydia Trachomatis intracellulaires
Pneumoniae
psittaci
Mycoplasmataceae Mycoplasma Hominis , Pneumoniae Mollicutes sans paroi intracellulaires
Genitalium
Ureaplasma Urealyticum
 ❖ Structure bactérienne :

➢ B A C T E R I E : Organisme unicellulaire de • Microscope optique:

petite taille (micromètre) de structure relativement – État frais: Permet d’avoir une idée sur la forme et la
simple, de formes différentes, doués d’un pouvoir de mobilité
multiplication autonome et qui présente des – Après coloration:
caractéristiques propres (Procaryotes). • Met en évidence les affinités tinctoriales et précise la
– Un procaryote est un être vivant unicellulaire ne forme des bactéries
comportant pas de noyau ( pas de chromatine ni de • Différents colorants sont utilisés:
membrane) – Gram, Bleu de méthylène, l’imprégnation argentique,
Principaux caractères distinctifs des Ziehl- Neelsen (BAAR)...
procaryotes et des eucaryotes : • Fractionnement des bactéries puis séparation par
techniques physicochimique

➢ MORPHOLOGIEBACTERIENNE :
 Trois critères morphologiques : taille, forme et
mode de groupement:
– La taille: variable de 0,1 à 600 μm
Photomicrographie au microscope electronique des
– La forme : sphérique, cylindrique et spiralée...
Streptococcus pyogenes
– Le mode de groupement: chaîne, amas, palissade...
➢ Experience de pasteur & la théorie de la génération
spontanée (theorie infirmée)
Pasteur utilise des ballons à col de cygne. Il porte le ballon à
ébullition pendant quelques minutes jusqu’à ce que la vapeur
d’eau sorte par l’extrémité du col, puis le laisse refroidir.
Pendant le refroidissement, l’air aspiré dépose les poussières et
leurs germes sur la première courbure : le liquide, bien qu’en
contact avec l’air extérieur, reste inaltéré parce que les germes
ne peuvent pas y pénétrer.
Par les expériences les plus variées, Louis Pasteur démontrera
que :
les poussières de l’atmosphère renferment des micro-
organismes qui se développent et se multiplient ;
les liquides les plus putrescibles restent inaltérés, si après les
➢ METHODES D’ETUDES DE LA STRUCTURE avoir chauffés, on les laisse à l’abri de l’air, donc de ces micro-
BACTERIENNE : organismes.
• Microscope électronique: Mettre en évidence trois
régions architecturales:
• Cytoplasme qui contient le génome cellulaire (ADN),
les ribosomes et différentes inclusions
• Une enveloppe qui consiste en une paroi et une
membrane plasmique
• Des structures externes: capsule, cils, flagelles et
fimbriae .
 ➢ Structure générale d’une bactérie :

 Structures obligatoires(présentes chez toutes les bactéries) :

• Le cytoplasme: • Les ribosomes • Membrane cytoplasmique:

– Hydrogel colloïdal avec une phase – Petites granulations sphériques, 20 à – Identique à celle des Eucaryotes.
dispersante et une phase dispersée 30 nm de diamètre, 66% d'ARN
– Absence de stérols tels que le cholestérol
– Contient des ribosomes, éléments ribosomal et 33% de protéines
– Plusieurs fonctions:
nutritifs, ions, enzymes, déchets – Caractérisés par leur vitesse de
métaboliques et granules de réserve sédimentation en ultracentrifugeuse • Barrière osmotique
(mesurée en Svedberg (S)) • Siège de :
• Les inclusions ( 0,1 à 1 μm – Constante de sédimentation de 70 S: – Systèmes spécifiques de transports actifs
dimension) 2 sous-unités: 30 S et 50 S
– Systèmes d'excrétion vers l'extérieur de
– Renferment des matières – Libres dans cytoplasme, ou attachés différentes substances
organiques ou inorganiques, à la membrane plasmique.
substances de réserve (polymères de – Enzymes associées : chaine respiratoire,
– Lieu de traduction du code perméases, ATPases, synthèse de la paroi
phosphates, de lipides, de sucre génétique en protéines.
(glycogène)) – Réactions énergétiques
– Cibles d’antibiotiques
– Site d’action des antibiotiques

• Appareil nucléaire: • Paroi bactérienne :

– Chromosome unique( = génome haploide) circulaire de – Structure la plus externe, constante à l'exception des mycoplasmes
1 mm – Selon sa composition et sa structure, deux groupes de bactéries
– Absence de membrane nucléaire sont décrits, les Gram (+) et les Gram (-) ( à l’origine de la
– Chromosome: ADN bicaténaire. coloration de gram) :

– Rôle : ✓ Paroi des bactéries à Gram positif :

• Informations génétiques nécessaires à la vie et à la – Sa structure apparaît homogène, son épaisseur varie de 10 à 80
pathogénicité nm,

• Site d’action d’antibiotiques – Elle est composée essentiellement de peptidoglycane associé à l’

acide teichoique, mais pauvre en lipides (1 à 2 %).
– Particularités des Mycobactéries:
• Gram+ à paroi très riche en acides gras complexes (40% de la
bactérie) dont les acides mycoliques +++: acido-alcool résistance
✓ Paroi des bactéries à Gram négatif :
– Structure complexe, épaisseur est de 10 nm
– Composée de:
• Peptidoglycane
• Membrane externe (protéines, lipides, lipopolysaccharides)
– Traversée par des porines: protéines perméables aux substances
solubilisées de faible poids moléculaire
– Ancrée au peptidoglycane par lipoprotéines et protéine OmpA.
– Lipopolysaccharides jouent un rôle d’endotoxine
 LE PEPTIDOGLYCANE (PG) :

Le peptidoglycane est un hétéropolymère composé de

chaînes glucidiques reliées les unes aux autres par des
chaînons pentapeptidiques. formé de 3 éléments :
– Une épine dorsale alternant des chaînons N-Acétyl
Glucosamine - Acide N-Acétyl Muramique.
– Des chaînes latérales peptidiques formées au minimum
de quatre aminoacides (par exemple L- Alanine- D-Glycine
- L-Lysine - D-Alanine) toujours fixées sur l'acide
muramique. L'enchaînement des aminoacides des séries D
et L est une constante.
– Des ponts inter-peptidiques
 La macromolécule réticulée tridimensionnelle est ainsi
constituée et sa solidité dépend de l'importance des
interconnexions.
✓ Synthèse du PG :
PLP « Protéines Liant la Pénicilline » : Enzymes
impliquées dans l’assemblage du PG
▪ Glycosyltransférases,Transpeptidases et  ROLES DE LA PAROI BACTERIENNE :
Carboxypeptidases  Confère à la bactérie sa morphologie véritable
▪ Émergent sur la face externe de la membrane • Résistance
cytoplasmique – Maintient la pression osmotique et les constituants
– Protège contre les agressions physicochimiques
▪ Le nombre et nature des PLP varient selon les espèces
– Blocage de l’extraction de certains colorants
schéma de synthèse du PG : (hh) • Echanges
– Contrôle la diffusion des molécules en fonction de
leur taille, degré d'hydrophobicité... : rôle de
membrane semi- perméable
– Assure le captage des nutriments importants
– Effectue le rejet des composés nocifs dans le
milieu extérieur : pompes d'efflux
• Spécificité antigénique: antigène somatique O
• Activation du complément: effet chimiotactique et
opsonisant (rôle important dans la défense non
spécifique contre l'infection)
• Cible de l’action
– D’enzymes exogènes (lysozyme) ou endogènes
(autolysines)
– Antibiotiques, notamment les bêtalactamines
(pénicillines) inhibent la synthèse du peptidoglycan
(PLP=transpeptidases)
• Elle n'est pas une structure figée, mais elle est
continuellement en synthèse (et dégradation).
(voir le cours, tableau P 25 : comp entre bac gram+/-)
  Structures facultatives d’une bactérie :
• Endospore • Flagelles et mobilité
– Organite facultatif,se forme au sein du cytoplasme de certaines
bactéries pour résister à des conditions de vie défavorables – Les flagelles ou cils : structures rigides, ondulées, naissent
– Résistante à la chaleur, aux rayons UV, aux désinfectants de la membrane cytoplasmique, constitués d'une protéine
chimiques, à la dessiccation. (flagelline)
– Elles sont rondes ou ovales, diamètre de 0,2-2 mm – Ils permettent la mobilité des bactéries
– Certaines bactéries Gram positifs (Bacillus, Clostridium) sont
– Plusieurs dispositions : Monotriche, lophotriche,
capables de former des endospores
amphitriche, préritriche
– La sporulation est le phénomène de différenciation qui conduit
de la forme végétative à la spore. – Les antigènes des flagelles = Antigène H
➔ D'une manière générale, la mobilité s'observe chez les
bacilles
 Les différents types de ciliature :

• Fimbriae (Pili communs)

– Visible au microscopie électronique
– Structures filiformes, non impliquées dans la mobilité
– Très communs chez les bactéries à Gram– (exceptionnels
• Polysaccharides de surface : Enveloppes supplémentaires plus chez les Gram+)
ou moins structurées – Sont courts et cassants, nombreux
– Capsule « vraie »
• Correspond à une structure bien organisée, condensée et – Types I, II, III, IV : fonction de la composition
bien délimitée autour de la bactérie – Rôle : pouvoir pathogène
• Facteur de virulence, elle protège la bactérie de la • Utiles pour l'adhésion des bactéries aux interfaces et
phagocytose. particulièrement aux muqueuses et sont donc des facteurs
• Antigénique, les antigènes capsulaires sont dénommés de virulence.
antigène K
– Capsule « diffuse » - biofilm « slime » • Adhésion bactérie – bactérie
• Constituants polysaccharidiques plus ou moins libérés dans le • Propriétés hémmaglutinantes
milieu et ne constituant pas une véritable entité morphologique
• Permet l'adhésion bactérienne à des surfaces inertes • Pili sexuels
• La production de slime est fréquente avec les bactéries – Plus longs, Peu nombreux (1 à 4)
aquatiques et conduit à la formation de masse gluantes – Relient deux bactéries et sont les voies d'échanges de
auxquelles adhèrent des matières en suspension matériel génétique: la conjugaison

• Couche de surface cristalline

– Chez les bactéries à Gram positif, la couche S est située à la
périphérie du peptidoglycane et chez les bactéries à Gram
négatif elle est associée à la membrane externe.
– Rôle de squelette, adhésion, résistance au système
complémentaire, protéases des macrophages
• Les plasmides:
– Molécules d'ADN bicaténaires, généralement circulaires,
extra-chromosomiques,
– D'une taille variant de 1 à 400 kb (kilobases),
– Douées de réplication autonome (réplicon) et transmissibles de
façon stable à la descendance
– Pouvant être transmis sur un mode horizontal.
– Rôle : Informations génétiques supplémentaires non
indispensables
• Propriétés métaboliques • Pouvoir pathogène
• Résistance aux antibiotiques
 2. Génétique bactérienne :
❖ Les spécificités génétiques des bactéries :

Le matériel génétique
L’ADN bactérien
bactérien est caractérisé
par :
plasmides ( facultatifs) Chromosome (indispensable) • l’Haploïdie :

– Petits – Une copie (Allèle) de chaque

–Unique(exceptions)
gène
– Multiples (1 à 30 copies) – Circulaire
– Expression facile des
– Circulaires – Taille : 1 mm mutations
– Différents niveaux d’expression • Taille très variable 6X105 bp (500 • Temps de génération court:
• ADN à double brin, cytoplasmique gènes) à 109 bp (104 gènes) Expérimentation facile
douées de réplication autonome et de • Pas d’introns (séquences • Reproduction asexuée:
taille variable. d’ARNm délétées avant la
– Par division cellulaire
• Médiateurs de propriétés permettant traduction)
une meilleure adaptation des bactéries, – Obtention facile de clones
• ARN polycistroniques(>1
non indispensables au métabolisme polypeptide traduit)
normal de la cellule-hôte
• Début de la traduction quand la
(endosymbiotes)
transcription est encore en cours
• Transmission naturelle d'une cellule à
Stabilité des espèces assurée
l'autre s'effectue par conjugaison, les
par :
autres modes de transfert sont
possibles. • Réplication chromosomique
• Sans spécificité d'hôte, diffusion entre • Transfert aux bactéries filles
espèces bactériennes différentes. • Réparation des erreurs
Rôle des plasmides de résistance • Enzymes bactériens de
dans l’évolution de la résistance : restriction/modification
• Nombreux gènes de résistance
accrochés derrière une origine de
transfert commune(image du train
derrière la locomotive)
• Multirésistance :
– Croisée : au sein d’une même famille
– Associée : familles différentes.
• Co-transfert et co-sélection
 ❖ Les mécanismes de plasticité du génome bactérien
– S’exprime si :
 Nouveau codon = nouvel AA et site actif touché
 Si non silencieuse ou léthal (le plus fréquent).
Caractères de la mutation:
Les mutations ( au sein d’ un génome)

– Spontanée : Seule est provoqué la sélection des formes variantes préexistantes dans une population
bactérienne ( cas de ATB).
– Induite : UV ou de substances chimiques génotoxiques.
– Discontinue ou brusque : apparait selon la loi du tout ou rien.
– Stable : transmissible à la descendance.
– Rare : mesurable par le taux de mutation (probabilité pour une bactérie de muter pendant une unité de
temps définie (temps de génération). Il est, de l'ordre de 10-5 à 10-10 .
– Spécificité - Indépendance : la probabilité pour une bactérie de subir simultanément deux mutations
distinctes est le produit des probabilités individuelles de ces mutations.

En apparence, la présence
de l’antibiotique est suivi de
l’apparition de mutants
résistants.
NB : L’antibiotique n’est pas l’agent
mutagène, il sélectionne seulement les
mutants devenus résistants. Cela peut
conduire à la résistance (qui est acquise) à
toute une famille d’antibiotiques.
*L’INH(L’isoniazide) : antituberculeux
bactéricide
*RIF= rifampicine : ATB antituberculeux.

– Il s'agit d'un transfert d'ADN bactérien

partiel, par l'intermédiaire de bactériophages
(Virus spécifique des bactéries). dont le rôle
est passif (vecteur)
– Il est dans ce cas, virulent et se multiplie
dans la bactérie.
– Lors de la phase d'encapsidation, il incorpore
de l'ADN bactérien fragmenté
➔Caractéristiques :
Acquisition de matériel génétique

– Incidence: nombreuses souches lysogènes

(Staphylocoques, Entérobactéries).
– Types : Trois variantes conditionnent les
autres caractères tels :
• Spécificité du ou des caractères transduits
transduction

• Fréquence de transduction,
• Recombinaison génétique ou non.
la conversion lysogénique :
C'est l'acquisition par une bactérie d'un
caractère somatique particulier
déterminé par le génome d'un prophage
spécifique. Son expression dans toutes
les bactéries est liée à l'état lysogène. Il
disparait avec la perte de celui-ci.
• Exemples :
– S. aureus: Toxine de Panton-Valentine
– Toxine du bacille diphtérique,
– Toxine érythrogène du streptocoqueA
– Certaines cytotoxines (vérotoxines)
chez [Link] ECEP
*schéma : cycles des bactériophages➔*
 – Il s’agit de transfert d’ADN libre d’une bactérie
(càd un exogénote), qui est fixé et absorbé par
des bactéries réceptrices, dites en état de
compétence.
Cette absorption d'ADN polymérisé est suivie
d'une recombinaison génétique avec acquisition
de nouveaux caractères génétiques stables
(recombinants ou transformants).
– Ce transfert d'ADN bactérien est:
 Limité à quelques espèces: Streptococcus,
Neisseria, Haemophilus
 Partiel : une partie de l'exogénote (1-2% du
génome) pénètre et se recombine (si homologie
suffisante).
( transfert de gènes entre bactéries)

Experiences de Frederick griffith :

Acquisition de matériel génétique

➔en injectant à une souris

Transformation bactérienne

des pneumocoques de souche R ainsi

qu'une petite quantité de
pneumocoques S(encapsulés) tués
par la chaleur, la souris meurt et on
récupère des pneumocoques des deux
souches dans son sang.
➔En 1928, Frederick Griffith démontre
alors qu’il existe chez S. pneumoniae
un « principe transformant » qui
modifie la pathogénicité
Les gènes codant pour la synthèse
de la capsule (responsables de la
virulence) résistent à la chaleur. Ils
transforment la bactérie non capsulée
vivante.

➔16 ans plus tard

Avery et coll.
Montrent que le «
principe
transformant » est
l’ADN et non des
protéines ni des
carbohydrates.

➔Conséquences de la transformation bactérienne:

– Émergence d'espèces résistantes aux ATB: pneumocoque, méningocoque (transfert de gènes
de streptocoques buccaux mutants résistants)
–Une application « bénéfique » : Nombreuses utilisations en biotechnologies: clonage.
 _ Il s’agit de transfert de gènes par contact
cellulaire.
– Processus sexuel strict qui nécessite un
contact préalable et un appariement entre
bactéries de ‘’sexe différent’’ avec la formation
d'un pont cytoplasmique permettant les
échanges bactériens dont celui du
chromosome.
– Le facteur de sexualité ou de fertilité (F) est
un plasmide conjugatif permet la synthèse de pilis sexuels chez la bactérie donatrice ou
mâle et donne la polarité au chomosome.
– Le transfert d'ADN chromosomique est à sens unique, orienté, progressif et quelquefois
total (2 h).
➔Caractéristiques :
– Permet le transfert de gènes chromosomiques ou plasmidiques
– Existe chez les bactéries à Gram positif et à Gram négatif
– Importance majeure dans la dissémination des gènes de résistance.
– Spécificité - Fréquence : Le transfert d'ADN chromosomique suivi de recombinaison est
spécifique (intra espèces), mais limité, en particulier aux espèces à Gram négatif telles E.
coli, [Link] et aussi chez les Streptococcus .
Conjugaison ou sexualité bactérienne
Acquisition de matériel génétique

– Il s'agit du principal facteur d'évolution des bactéries, en particulier pour l'acquisition de la

résistance aux ATB.
Physiologie de la conjugaison chez les bactéries à gram négatif :
4 étapes :
•1. Contact cellulaire
•2. Préparation de l’ADN (mobilisation)
•3. Transfert d’un brin unique d’ADN
•4. Reconstitution du brin manquant à
la fois dans la cellule donatrice et dans
la réceptrice : le transfert est
conservatif.( Les cellules se séparent à
la fin du transfert)
– Si plasmide : processus rapide
– Si chromosome : processus long
débutant toujours au même endroit
(peut être interrompu et donc, si on
observe ce qui est transféré pour un
temps donné on peut dessiner une
carte physique du chromosome qui
était utilisé avant le séquençage)
la conjugaison se fait par
l’intermédiaire des pili sexuels.
La conjugaison chez les streptocoques :
• Mécanisme différent : pas de pili
• Sécrétion de petites molécules diffusibles par les cellules réceptrices.
• Agrégation des donatrices et des réceptrices.
• Transfert d’ADN
 • Transposons :
– Éléments d'ADN qui peuvent se déplacer d'un endroit à un autre sur un même brin d'ADN ou sur
un autre brin.
• Séquences d’insertion :
– Sont les éléments transposables les plus simples.
– Elles ne contiennent que les informations génétiques nécessaires à leur
transposition Phénotypiquement cryptiques.
– C’est le module de base du transposon
– Permet de mobiliser n’importe quel fragment de DNA
• Intégrons :
– Retrouvés exclusivement chez les bactéries.
– Système naturel de capture, d'expression et de dissémination de gènes.
– contiennent une intégrase et un promoteur : « station-service complète » pour les gènes
cassettes.
– La présence d’un intégron au sein d’un transposon est fréquente efficace pour accélérer
l’évolution.
gènes au sein d’ une cellule
Mécanismes de mobilité des

Place des intégrons dans la dissémination de la résistance aux antibiotiques.

 ❖ Les méthodes d’explorations :

• Hybridation
• Amplification suivi d’hybridation
• Séquençage
• Etude électro-phorétique: champ pulsé...
• Clonage

 PCR

 La connaissance de la plasticité génomique

bactérienne Rend illusoire la découverte d’un
antibiotique « sans résistance »,permet de comprendre
l’adaptabilité des bactéries et leur évolution et permet
de multiples applications en biotechnologie.
La plasticité du génome bactérien :
– Solution des bactéries pour trouver des issues à des
pressions de sélection environnementales
– Conséquences:
• La résistance
• La virulence
• Les biotechnologies
 3. Physiologie bactérienne :
❖ Les principaux éléments de la physiologie bactérienne :

➢ [Link] besoins nutritifs des bactéries :

 Source d’énergie :
– Composés minéraux ou organiques : bactérie
chimiotrophe
➔Élément minéral : bactérie chimiolithotrophe
➔Élément organique : bactérie chimioorganotrophe
– Lumineuse : bactérie phototrophe
 Sources de carbone :
– Bactérie autotrophe : CO2 exclusivement
– Bactérie hétérotrophe: CO2 ou substances
hydrocarbonées
(alcool, acide acétique, acide lactique, sucres divers,...)
 Source d’azote et de soufre
 Autres éléments: besoins inorganiques, ions ,
oligoéléments, facteurs de croissance ( auxotrophe)
➢ A.a.Pénétration des nutriments dans les
bactéries
• Tous les nutriments doivent traverser la paroi
bactérienne puis la membrane cytoplasmique grâce à:
– Des protéines de transports (porines, perméases)
– Diffusion libre: petit nombre de molécules
• La sortie des métabolites:
– Même mécanismes
– Ou lors de la lyse bactérienne
➢ [Link] environnementales :
 Le pH : certaines bactéries se développent à pH ➢ [Link] exigences gazeuses
– Entre 6 et 8 : bactéries neutrophiles (Escherichia  Quatre modes respiratoires:
coli) – 1.Aérobies strictes (exemple : Pseudomonas)
– pH alcalin (>8):bactéries alcalinophiles nécessitant une teneur en oxygène moléculaire
(Pseudomonas) suffisante pour pouvoir se multiplier.
– pH acide (<6) bactéries acidophiles (ex:
– [Link]-aérophiles (exemple : Campylobacter) se
Lactobacillus).
développant si lorsque la teneur en oxygène
 La pression osmotique : les bactéries ont une bonne
moléculaire est réduite (5%).
tolérance générale au sel. Certaines bactéries dites
halophiles nécessitent du chlorure de sodium ( vibrio – 3.Aéro-anaérobies facultatives (exemple :
parahaemolyticus) Escherichia coli): la croissance n’est pas affectée par
 La pression mécanique ou hydrostatique : la concentration en oxygène moléculaire.
– Bonne tolérance générale à la pression – [Link]érobies strictes ne se développant qu’en
– Espèces des grands fonds marins sont barophiles. absence d’oxygène (exemple : Clostridium).
 La température : cinq catégories de bactéries
– Mésophiles: 10 à 45 °C (Optimum 30-37°C bactéries
d’intérêt médicale)
– Psychrophiles: -15 à 20 °C (optimum : 5-10 °C)
(Listeria monocytogenes)
– Thermophiles: poussent de 45 à 70°C.
– Hyperthermophiles > 80°C
 Division bactérienne :
Les bactéries: organismes asexués dont la
reproduction a lieu par division cellulaire ou
➢ [Link] croissance bactérienne : reproduction binaire encore appelée scissiparité.
Les milieux de culture (supports nutritifs stériles)  La reproduction se fait selon trois phases :
– Allongement de la bactérie.
➔types de milieux de culture :
– Duplication des constituants.
– Milieux complexes de réalisation empirique (extraits de
– Séparation.
viande, de levure, extraits enzymatiques, protéines ou
 Temps de division et délais de croissance dépendent
peptones)
de l’espèce bactérienne et des conditions du milieu
– Milieux synthétiques de composition définie:
extérieur.
*Substrats nutritifs : acides aminés, peptides, bases
Temps de génération de quelques espèces
nucléiques, sucres..
bactériennes :
* Système tampon assurant la constance du pH, sels
minéraux,
* Facteurs de croissance : sang, protéines, hémoglobine,
vitamines
supplémentaires
– Milieux semi-synthétiques: milieux synthétiques
additionnés d'un extrait d’organismes comme un extrait
de levures contenant des facteurs de croissance pour les
bactéries.
➔caractéristiques des milieux de culture :
• Milieux d’enrichissement : permettent la
croissance des bactéries exigeantes.
• Milieux sélectifs: favorisent la croissance d’un
type bactérien particulier tout en inhibant celle
des autres types bactériens (ex: milieux sélectifs
pour les bactéries à Gram positif contenant des
antibiotiques inhibiteurs des bactéries à Gram
négatif).

➔les milieux de culture peuvent être :

Liquides : bouillons de culture en tubes ou en

flacons .
lors d’une croissance bactérienne : trouble du bouillon
après incubation de 2 à 15 jours à 37°C
 Solides: milieux gélosés en boîte de Pétri.
 Une bactérie déposée à la surface d’une gélose
nutritive: se multiplie de 24 à 72 heures à 37°C elle forme
un amas visible à l’œil nu : colonie.
Dès 1 million de bactéries (20générations): trois aspects
de colonies se forment:
•S : Lisse(smooth), M:muqueux, R : rugueux ( rough)
Bactérie en cours de division
dynamique de la croissance bactérienne : Métabolisme bactérien :
• Phase 1 : 2-3 h phase de latence, la croissance
 Ensemble des transformations des composés
est nulle, il y a accoutumance des bactéries à
l’environnement biochimiques de la cellule bactérienne
 Réactions de récupération et de transfert
• Phase 2 : phase d’accélération avec augmentation d’énergie obtenues à partir des nutriments
de la vitesse de croissance,
 Energie utilisée pour la croissance et
• Phase 3 : phase de croissance exponentielle
durant laquelle le taux de croissance est maximal l’édification des structures cellulaires
 Transfert d’énergie grâce à des molécules
• Phase 4 : phase de ralentissement : la vitesse de contenant des liaisons riche en énergie: ATP...
croissance diminue, épuisement des nutriments
du milieu de culture et accumulation des déchets.  Deux modes principaux de production d’énergie
– Métabolisme respiratoire: les électrons libérés lors
• Phase 5 : phase stationnaire : arrêt de la de l’oxydation du substrat énergétique sont transférés
reproduction due à un facteur limitant dans par une chaine respiration membranaire jusqu’à l’O2
l’environnement, le taux de croissance est nul
moléculaire accepteur terminal des électrons
• Phase 6 : phase de déclin : les ressources sont – Métabolisme fermentatif: réactions cytoplasmiques
épuisées et le nombre de bactéries diminue. anaérobies d’oxydo-reduction au dépend du substrat
énergétiques. L’accepteur final d’électron est un
substrat organique
 Recherche de l’apparition d’un produit
– Acide: virage d’indicateur coloré
– Nitrate réductase: disparation des nitrates et
apparition des nitrites
 Recherche de l’enzyme elle même

❖ Les implications lors de l’examen bactériologique :

 Conditions de prélèvements :
– Avant traitements antibiotiques ou antiseptiques
Phase pré-analytique

– Au cours d’une décharge bactérienne, cas des hémocultures

– Parfois prélèvements répétés
 Conditions de transports :
– Milieux de transport
– Environnement de transport
– Délai de traitement du prélèvement
  Choix des milieux de cultures: L’identification phénotypique des bactéries repose sur
– Un panel de différents milieux de culture l’étude de:
variable selon l’analyse à effectuer sera utilisé :
– Morphologie
* Milieux d’isolement: milieux solides
*Milieux d’enrichissement: milieux liquides – Exigences nutritives
*Tests d’identification parfois: galerie – Croissance en présence de divers substrats.
biochimique – Conditions physicochimiques de croissance
 Ensemencement: culture qualitative et ou – Type respiratoire et présence d’enzyme
quantitative respiratoire ( oxydase, catalase)
– Le produit est étalé grâce à une œse et donnera – Etude du métabolisme bactérien; (métabolisme
naissance à autant de colonies différentes qu’il protéique , glucidique, lipidique).
y’aura d’espèces microbiennes dans le mélange. – La combinaison des différents résultats = profil
 Conditions d’incubation : métabolique de la bactérie analysée ce qui permet de
– Étuves permettant l’incubation des milieux de le comparer aux profils d’espèces type et d’identifier
culture ensemencés à diverses températures (30 ainsi la souche étudiée.
°C, 37°C, ...) – Complément d’identification parfois: serotypie,
– Systèmes permettant la création des lysotypie, toxinotypie, génotypie.
atmosphères microaérophiles et anaérobies
(exemple : jarres avec générateurs d’atmosphère
particulière).
exemple : galerie API 20 E d’[Link] :
Phase analytique

Galerie api 10S d’une bactérie de la famille des Enterobacteriaceae :

• Etude de la sensibilité aux antibiotiques :

L’étude de la croissance bactérienne en présence de différents antibiotiques permet de définir pour chaque
bactérie analysée un profil de sensibilité / résistance aux différentes molécules antibiotiques

• Dénombrement bactérien :
-Ensemencement d’un volume défini d’échantillon sur milieu de culture gélosé,
- Dénombrement des colonies bactériennes obtenues après incubation à 37°C
- Permet de calculer les bactéries présentes dans l’échantillon
- Le résultat est exprimé en Unités Formant Colonie par millilitre (UFC/ml)
Autres implications
• Stérilisation • Conservation des souches: froid, lyophilisation, congélation
• Microbiologie industrielle:
– Dosage microbiologiques des vitamines et d’autres substrats
– production d’enzyme, d’acides amines
 4. Relation hôte bactérie :
❖ Moyens de défense de l’hôte :
Réaction inflammatoire :
 Barrière chimique : inhibent la croissance
• Succession de réactions physiopathologiques dés qu'une bactérienne
bactérie ou ses produits toxiques pénètrent dans le tissu – pH acide, sécheresse de la peau et T < 37°c
conjonctif après avoir franchi la barrière cutanéo-
– Sécrétion de lipides toxiques et de lysozyme au
muqueuse:
niveau des
– Rapide au niveau du site infecté : recrutement des follicules pileux, glandes sébacées et sudoripares
cellules phagocytaires et des protéines de l’inflammation.
 Barrière biologique : flore commensale normale,
– Conséquences : résidente
– [Link], corynébactéries, Propionibacterium
* Signes locaux
acnes..
* Signes biologiques d’infection hyperleucocytose – Empêche la colonisation par des bactéries
neutrophile, protéines inflammatoires dans sang (ex : C pathogènes :
Reactive Protein ).
compétition au niveau des sites et de l’utilisation des
* Réponse inflammatoire exagérée: sepsis, choc septique. nutriments.
➢ Les muqueuses :
Immunité spécifique acquise
 Barrière physique : Rôle du mucus +++ :
 A médiation humorale: – Emprisonnement des bactéries à distance de
– Retardée : 8-10j après premier contact surface des cellules épithéliales .
– Élimination des bactéries avec mucus (cils vibratiles
– AC de type IgM d’abord puis autres classes par la suite: ,péristaltisme, flux urinaire, sécrétions lacrymales,...)
IgG..
 Barrière chimique :
– Dominée par l’opsonisation et par la neutralisation. – PH acide du milieu inhibe la multiplication
bactérienne: estomac, vagin, urine..
– Efficace vis-à-vis des bactéries invasives à
multiplication extracellulaire, des bactéries toxinogènes – Sécrétion de produits antibactériens dans le mucus:
* Lysozyme, lactoferrine peptides toxiques ou
– Mémoire immunologique ++ (Vaccination)
défensines,
 A médiation cellulaire: * IgA sécrétoires (système immunitaire)
– Lymphocyctes cytotoxiques; cellules phagocytaires  Barrière biologique : – Flores commensales, sauf
voies respiratoires basses, utérus, voies génitales
– Inhibition, destruction des bactéries à multiplication hautes, tractus urinaire. – Équilibre écologique qui
intracellulaire. s’oppose à l’implantation de bactéries pathogènes .
– Parfois état de hypersensibilité retardée
caractéristiques des épithéliums :
 Barrières cutanéo-muqueuses
 Peau, muqueuses
 C’est la première ligne de défense
 Rôle primordial des épithéliums: niveau de la
rencontre hôte-bactéries.

➢ La peau :
 Barrière physique : 2 couches (épiderme + derme),
épithélium stratifié, kératinisation, desquamation
superficielle
 ❖ Facteurs bactériens de pathogénicité :
Facteurs d’échappement aux défenses de
l’hôte(complément, phagocytose, réponse anticorps) Facteurs facilitant la colonisation et
1- Capsule bactérienne: l’invasion dessurfaces de l’hôte
– Rôle protecteur contre l’activation du complément.
• 1- Pénétration à travers la peau intacte
– En général immunogénique
2- Facteurs de résistance au complément: – Iatrogènes: bactéries de la flore cutanée
– Modification de LPS, Synthèse de C5a peptidase (plaies , cathéters)
3- Echappement à la réponse anticorps – Utilisation d’un insecte vecteur : Borrelia
– Variation antigénique (Ex : variations de phase intéressant les flagelles burgdorferi
de Salmonella, ou les pili du gonocoque) • 2- Pénétration au niveau des muqueuses
– Camouflage avec des molécules ressemblant à celles de l’hôte :
certaines capsules . – Mobilité des bactéries : traversée de la
couche de mucus, lutte contre le flux
Facteurs endommageant l’hote
urinaire ou péristaltisme TD.
1- Enzymes hydrolytiques !
– Hyaluronidases, protéases, DNAses,...: destruction des tissus ([Link], – Sécrétion d’IgAs protéases : évite le
[Link]) blocage dans la couche de mucus (H.
2- Toxines protéiques bactériennes: Exotoxines influenzae, pneumocoque, méningocoque)
– Toxine type A et B: Tetanos – Entrée par les cellules M au niveau de la
– Cytolysines ou hémolysines = rupture membranaire de la cellule cible: muqueuse du TD (Plaques de Peyer) :
Streptolysine O (S. pyogenes), Toxine α (S. aureus) couche de mucus fine à ce niveau et
– Phospholipases ou lécithinases: Ex : Toxine α (Clostridium perfringens)
cellules naturellement phagocytaires
Toxine du Toxic Shock Syndrome (S. aureus).
(Yersinia, Salmonella, Shigella).
3- Composants de la paroi bactérienne à l’origine de la réaction
inflammatoire (Pathogen Associated Molecular Patterns (PAMPs)) •3- Adhésion bactérienne :
– Bactéries à gram négatif : – Adhésines bactériennes : Pili ou fimbriae
Lipopolysaccharide ou endotoxine : constituant de la membrane externe
composé de: * Expression variable fonction de
– Lipide A : propriétés toxiques identiques pour toutes les bactéries l’environnement et surfaces cellulaires
– Portion polysaccharidique : antigénique : antigène O ou Ag somatique. * Interaction moléculaire spécifique entre
– Bactéries à gram positif : Acides (lipo)teichoïques, peptidoglycane : bactérie et cellule-hôte
* Rôle équivalent au LPS dans la genèse du choc septique.
– Adhésines non fimbriales :contact serré
Rôle des composants bactériens dans le pouvoir pathogènes des
bactéries extracellulaires : bactérie /cellule.
– Biofilms Polysaccharides (slime)
* Impliqués dans l’adhésion des bactéries
entre elles et à la surface cellulaire
* Bactéries à l’abri des cellules
phagocytaires et des antibiotiques.
• 4- Mécanismes d’acquisition du fer:
synthèse de sidérophores
– Chélateurs du fer, compétition avec
lactoferrine et transferrine
(chélateurs du fer de l’hôte).
 Facteurs permettant la survie des bactéries pathogènes
intracellulaires :
 Pathogènes intracellulaires obligatoires: lésions minimes chez l’hôte
qui assure leur survie Ex : Chlamydia, Rickettsia
 Pathogènes intracellulaires facultatifs:
– Bactéries de l’environnement : Ex Legionella pneumophila
– Bactéries dont une étape du cycle correspond à un passage
intracellulaire (ex: traversée de muqueuse TD) (Ex : Shigella, Yersinia,
Salmonella)
– Bactéries recherchant un gîte à l’abri des défenses de hôte (Ex :
Multiplication intra macrophagique de
Brucella, [Link])
brucella (microscopie électronique)
 Facteurs du parasitisme intracellulaire
– Entrée dans les cellules: phagocytose induite par la bactérie ++.
– Survie dans le phagosome : (Coxiella): Multiplication intra-vacuolaire.
– Survie dans le cytoplasme : échappement du phagosome après lyse de
la membrane de la vacuole: Multiplication intracytoplasmique
 Echappement aux défenses de l’hôte :
– Multiplication intracellulaire permet à la bactérie de rester à l’abri des
défenses immunitaires de l’hôte ⇒ induction d’une immunité de type
cellulaire.

❖ Les principaux types de relation1 hôte-bactérie :

➢ Types de survie des bactéries : INTERACTION HOMME BACTERIE :

 Symbiose: Vivre ensemble
Dans l’organisme humain:
 Mutualisme: Type d’association bénéfique – 1014 bactéries (x10 Nb de cellules
 Parasitisme: Type d’association délétère humaines!) = 1à 2 kg
– L’homme est constitué à 90% de bactéries!
 Saprophytisme : forme de nutrition permettant à un organisme
– 3,3 M gènes bactériens: 150x génome
d’utiliser des matières organiques en décomposition
humain (20000 gènes)
 Une bactérie est saprophyte vit et se nourrit dans MICROBIOME :
l’environnement (sol, eaux, surfaces).La présence dans • Microbiote : flore commensale
l’organisme humain est en général transitoire. – Association constante de bactéries avec la
surface du corps: Flore
 Commensalisme : type d’association conduisant deux espèces
bactérienne normale
différentes d’organismes à vivre ensemble, sans que l’une nuise
– Propre à chaque individu
à l’autre, et où parfois l’une des espèces se procure nourriture,
• Microbiote intestinal:
protection ou d’autres avantages
– Un autre génome pour l’homme:
 Une bactérie est commensale ( symbionte)lorsqu’elle vit au indispensable à la santé
contact du revêtement cutanéo-muqueux d’un hôte sans – Est le mieux étudié = « organe vital »
entraîner de désordres. – Digestion de certaines molécules
(cellulose)
– Régulation du développement de la paroi
TD et du réseau sanguin qui l’irrigue
– Développement et maturation du système
immunitaire
– Implication probable dans obésité,
1
l’étude du cycle des relations hôtes-bactéries permet de: maladies inflammatoires chroniques de
– Optimiser le diagnostic: la virulence peut dépendre de la présence ou absence d’un l’intestin, autres maladies auto-immunes.
seul facteur de pathogénicité au sein d’une même espèce (exp: recherche du gène
codant la shigatoxine dans le cadre d’un SHU)
– Identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour la mise au point de nouveaux
anti-infectieux.
 La microflore normale d’un être humain :

➢ Notions de pouvoir pathogène et de virulence : ➢ Classification des interactions hôte-

bactéries
 Frontière entre bactéries commensales et bactéries pathogènes:
 Transit : absence d’implantation de la bactérie
– Parfois confuse et variable dans le temps
sur l’hôte pour des raisons d’exigence
– Dépend des facteurs modifiant l’équilibre de la relation nutritionnelle ou physiologiques.
hôte/bactérie
 Colonisation : implantation de la bactérie sur
 Pouvoir pathogène ou pathogénicité: Ensemble des mécanismes le revêtement cutanéo-muqueux sans
conditionnant le type de maladie dépendant d’une bactérie (Notion provoquer de dommage pour l’hôte.
qualitative).Virulence: Notion quantitative
 Portage (porteurs sains) : colonisation par
 Virulence : capacité de la bactérie à déclencher une maladie bactéries pathogènes retrouvées
infectieuse. Elle est définie par la dose infectante. transitoirement au niveau des flores
commensales.
 Bactéries pathogènes : bactéries capables de provoquer une
maladie chez un sujet dont les mécanismes de défense sont  Maladie infectieuse : conflit hôte-bactérie
normaux (tuberculose, typhoïde, choléra) aboutissant à des lésions chez l’hôte infecté
(Maladie). L’expression clinique de la maladie
 Bactéries opportunistes : Bactéries pouvant devenir pathogènes est le résultat complexe des multiples
lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies. Cas des bactéries interactions entre la bactérie et les défenses
bactéries commensales ([Link], [Link]), parfois des de l’hôte.
bactéries saprophytes (ex : [Link]).
 ➢ Physiopathologie de l’infection :  Modes d’infection :
 Réservoir des bactéries: exogène ou endogène
– Homme: maladie strictement humaine – Toxi-infection simple :
* IST, Meningocoque Toxine ingérée ou produite dans la lumière
* Malade lui-même : Infection endogène. intestinale est seule responsable du pouvoir
– Animaux: anthropozoonoses: brucellose, peste, maladie de pathogène. Ex : Toxi-infections alimentaires
lyme à [Link].
– L ’environnement : sol, l’air, les aliments
* Infection exogène – Colonisation suivie d’une toxi-infection :
Adhésion de la bactérie et colonisation.
• Modes de transmission
Sécrétion de toxines responsables du
– Transmission directe : contamination par contact direct
pouvoir pathogène. L’adhésion à des
avec le réservoir (individu ou animal infecté)
cellules- cibles renforce l’efficacité de
– Transmission indirecte : contamination par l’intermédiaire
l’action des toxines en permettant leur
d’objet infecté, aliment contaminé, eau,... Notion de survie
production in situ. Ex : Clostridium tetani
possible de la bactérie dans l’environnement pendant un
(Tétanos).
certain délai.
– Transmission horizontale (contamination – Colonisation suivie d’une invasion
interhumaine) ≠ verticale (in utero). bactérienne :
• Différentes voies de contamination Adhésion colonisation , puis invasion du
– Digestive : ingestion d’eau ou aliments souillés (ex : tissu sous épithélial. La plupart des
choléra, typhoïde ) bactéries rencontrées en pathologie
– Respiratoire : inhalation d’aérosols contaminés infectieuse sont des bactéries invasives+++.
(ex : légionellose, coqueluche)
– Cutanée : inoculation par contact (plaie souillée)
(ex : tétanos, surinfections de plaie)
– Transcutanée : inoculation iatrogène (injection,
cathéter) ou par piqûre d’insecte vecteur de
bactéries (ex : peste, maladie de Lyme)
– Sexuelle : infections sexuellement transmissibles
(ex : syphilis, uréthrite).
• Rencontre hôte/bactérie peut se faire:
– Soit juste avant le développement de l’infection
– Soit parfois longtemps avant: existence d’une phase
asymptomatique
– Soit avant naissance, in utero
➔ Notion de période d’incubation: De quelques
jours à plusieurs années (Lèpre).

• Eléments de physiopathologie :
– Etape 1: Colonisation, elle est dépendante de
l’adhésion bactérienne
– Etape 2 : Invasion (bactéries invasives),
franchissement de la barrière cutanéo-
muqueuse associée au développement d’une
inflammation non spécifique au niveau de la
porte d’entrée. (pneumonie, inf urinaire,..)
– Etape 3: dissémination à partir de la porte
d’entrée, par voie sanguine (bactériémie) ou
lymphatique: métastases
septiques(endocardite, ostéite, méningite...)
 5. Mécanismes d’action des Antibiotiques - Modes de résistance aux antibiotiques
❖ Introduction
 1928 : Découverte de la pénicilline G par A. Fleming • En octobre 2015, l’OMS a lancé le Système
 Espoir de juguler l'ensemble des maladies mondial de surveillance de la résistance aux
infectieuses antimicrobiens (GLASS).
 L’émergence de la résistance bactérienne aux  La lutte contre la résistance aux antibiotiques :
antibiotiques : fin à cette « fatale illusion » urgence mondiale : 4 niveaux d’action
 Mésusage des antibiotiques : humain, animal, végétal – Optimisation de l’usage des antibiotiques
 La montée des résistances, phénomène : – Surveillance
– Ancien, universel – Approfondir les recherches
– Observé pour toutes les espèces bactériennes – Sensibilisation des populations
– Problème de multirésistances, impasse thérapeutique  Semaine mondiale pour un bon usage des
– Course de vitesse : micro-organismes et la antibiotiques : 12-18 novembre 2018
recherche.
– Coût humain et financier
✓ 700.000 décès par an, dont 50.000 en Europe et aux
Etats-Unis.
✓ jusqu'à 10 millions de décès par an d'ici 2050, soit autant
que le cancer

❖ les antibiotiques :

Définition :
Effets :
Substance d’origine naturelle, hémi-synthétique ou
 Bactériostatique : l’antibiotique inhibe la
synthétique, ayant la capacité d’arrêter la multiplication
croissance bactérienne
ou de détruire des bactéries à faible concentration et
 Bactéricide : l’antibiotique détruit la bactérie
sans toxicité pour l’hôte.
 Nul : résistance vis-à-vis de l’antibiotique
– Agissent à très faibles doses
– Action très spécifique : cible
– Toxicité sélective
– Inhibent ou tuent leur cible
– Pas toujours sans effets secondaires
activité d’un antibiotique en heures.
 Famille d’antibiotique :
– Même structure chimique de base leur conférant
un même mécanisme d’action antibactérienne
– Subdiviser en Groupe et sous-groupes :
• Fonction de leur spectre d’activité
• Différencier par leurs propriétés
pharmacologiques

Les familles d’antibiotiques :
 Glycopeptides: vancomycine, teicoplanine
 Aminosides: gentamicne, tobramycine, amikacine...
 Quinolones et fluoroquinolones
 Macrolides-lincosamides-Streptogramines,
Kétolides
 Cyclines, minocycline et doxycycline
Spectre d’activité :  Phénicolés
 Définit par la liste des espèces sur lesquelles ils sont  Nitro-imidazolé
 Sulfamides et triméthoprime
susceptibles d’être actifs, il renseigne sur la résistance
 Oxazolidinones: linezolide
naturelle et sur la prévalence de la résistance acquise.  Fosfomycine [Link], polymyxine, lipopeptide :
– Spectre large : ATB qui peuvent agir théoriquement daptomycine, polypeptide.
sur la majorité des espèces pathologiques à Gram + et  novobiocine, nitrofuranes
à Gram -. lipoglycopeptides : télavancine, dalbavancine,
oritavancine
– Spectre étroit ou très étroit : ATBS à action plus synergistine injectable : quinupristine/dalfopristine
limitée. glycylcycline : tigécycline
 Intègre 3 types de données :  Antituberculeux: Rifamycine, isoniazide,
pyrazinamide, ethambutol, ethionamide, PAS,
– Activité in vitro déterminée au laboratoire sur des cycloserine, capreomycine
populations bactériennes provenant d’isolats cliniques  Les β lactamines ++++ : Famille qui ont en
récents. commun le noyau ; bétalactame.
– Données pharmacocinétiques/pharmacodynamiques. 4 groupes :
– Données cliniques : infections vis à vis desquelles le ➔Groupes I
traitement est réputé efficace. Les Pénames : pénicillines
– Pénicilline G,
 Figure dans les “mentions légales ” Résumé de – Pénicillines M,
caractéristique de produit - AMM (VIDAL) – Pénicillines A : pénicillines à large spectre
 Situe la probabilité globale de succès d’un traitement » Aminopénicillines,
en fonction des bactéries impliquées dans une » Carboxy-pénicillines,
pathologie donnée. » ureidopenicllines,
» Amidino-pénicilline
 Réactualisation régulière en raison des variations
» sulbactam, tazobactam
épidémiologiques des résistances
 Les carbapenems : imipénème
Principes de classification :  Les oxapénames ou clavam : acide
 Même structure chimique de base leur conférant un clavulanique
même mécanisme d’action ➔ Groupe II
 Les cephems :
 Même origine – Céphalosporines : quatre generation : cefotaxime
 Mode d’action ....
 Spectre anti-bactérienne – Céphamycines : cefoxitine
 Oxacephems: lamoxactam
➔GROUPE III:
 Monabactam: aztreonam
 Les β lactamines : les céphalosporines
1) Action sur la synthèse du peptidoglycane (PG) :
 Bêtalactamines
 Glycopeptides
 Fosfomycine
 Les dérivés de l’acide isonicotinique:
Isoniazide, pyrazinamide, éthionamide et
prothionamide
– Bloquent, par analogie structurale avec le NAD,
les enzymes de biogenèse des acides mycoliques
– Inhibent la formation de l’arabinogalactane,
 L’éthambutol :
– Inhibe des arabinosyl-transférases
– Bactéricide
Mode d’action des betalactamines :
- Analogie structurale avec D-alanyl-D- alanine,
conditions d’action des antibiotiques : – Fixation aux PLP, complexe covalent
 Posséder une cible bactérienne spécifique – Effet dépend de l’affinité envers les PLP, en
 Y accéder sous forme active particulier pour la cible essentielle
 Interagir efficacement avec la cible, en l’inactivant – Relation entre [ATB] et nombres de PLP inhibés
Si l’une de ces conditions n’est pas remplie, la – Bactéries en phase de multiplication
bactérie est résistante à l’antibiotique. – Altération pariétale, activation autolysines
Mode d’action des antibiotiques : _bactéricide temps dépendant
1.

2.
 Deux grands lieux d’action:
– La paroi
– Le cytoplasme
 Cinq modes d’action sur :
 Pénétration de la bactérie :
– Cible : PLP, la paroi est le seul obstacle

– BGP: pénétration aisée à travers le PG

(sauf E. faecalis)

– BGN :

 β-lactamines hydrophiles <600D: – Passage passif par

porines++++, – Vitesse (taille, hydrophilie, charge mode d’action des fosfomycines :
électrique) – Diminution ( efflux, blase, liaison aux PLP)  Petite molécule : franchit les porines et le
• β-lactamines lipophiles :passage marginal à travers la peptidoglycane

bicouche lipidique de membrane externe  Inhibition de la phase cytoplasmique de

synthèse du PG :
mode d’action des glycopeptides :
– Analogie avec phosphoenolpyruvate , le
 Vancomycine, teicoplanine ( plutôt lipoglycopeptide): substrat de la pyruvyltransférase
PM 1500-2000d
 Bactéricide
 Pénétration :

– Gram + : facile

– Gram – : grande taille empêche de traverser les

porines/ inactifs sur les GN

 Mode d’action
– Se complexe avec les D-Ala-D-Ala des précurseurs
du PG lorsqu’ils émergent de la membrane
cytoplasmique: inhibition de l’élongation

– Bactéricidie lente, Mécanisme de lyse méconnu

2) Altération des enveloppes membranaire :membrane
externe et membrane cytoplasmique
 Polymixines
 Polypeptide cyclique: méthane sulfonate anionique et
sulfate de colistine cationique
 Mode d’action:
*Cible: membrane cellulaire
_ Diffusion médiocre
_ Interaction électrostatique initiale avec les composées de
la membrane externe des BGN
_ Perméabilité de la membrane , Mort cellulaire
_ Activité anti endotoxine : très rapide
* Ce mécanisme d’action peut être synergique avec
ATB apparaissant résistants sur l’antibiogramme: intérêt de
tester les associations avec la colistine
 Bactéricide très rapide, concentration
Dépendante.

 Daptomycine (cubicin) :
 Glycolipopetide cyclique actifs seulement sur les
BGP
 Dépolarisation membranaire avec fuite de potassium
 Arrêt de synthèse : protéine, ADN, ARN
 Actif sur bactérie en phase stationnaire

3) Action sur la synthèse des protéines

 Aminosides :
 Polycations, se concentre dans l'environnement
immédiat des bactéries
 Pénétration :
– Rapide par les porines des GN, Traversée aisée du PG
– Traversée de membrane cytoplasmique: systèmes de
transport actifs en deux phases énergie dépendantes
(EDP I et EDP II)
– Bactéries anaérobies stricts ou aéro-tolérants : peu
ou pas sensibles
 Mode d’action
– Fixation sur l’ARN ribosomal 16S de la sous-unité 30S
du ribosome.
– Altération de toutes les étapes de la synthèse
protéique et donc des protéines membranaires .
– Bactéricide rapide et profonde , effet post ATB
  Macrolides-Linciosamides-
Streptogramines- Ketolides (MLSK)
 ATBs chimiquement différents, similitude des
mécanismes d’action
 Liaison réversible à l’ARN 23 S de la S/U 50S des
ribosomes (site P)
 Inhibition de la transpeptidation et la translocation
 Ketolide (télithromycine) bloque l’assemblage des S/U
30 S et 50 S
 ATBs Bactériostatiques
 Tétracyclines/ glycylcycline :
 Pénétration :
– Large spectre y compris Bactéries/intracellulaires.
– Traverse la membrane cytoplasmique par les porines
ou la bi-couche des phospholipides.
– Diffusion passive mais aussi transport actif
 Mode d’action:
– Fixation réversible à la sous-unité 30S des ribosomes
empêchant l’attachement des Aminoacyl- tRNA au site A
du ribosome.
– Inhibition addition d'acides aminés pour le peptide (
élongation).
 Effet: Bactériostatiques

 Chloramphénicol :
– Attachement à la sous-unité 50S (au site A)
– Inhibe la phase d’élongation empêchant l’attachement
des Amino- acyltRNA au site A du ribosome;
– Bactériostatique
_ mode d’action : voir schéma

 Acide fucidique :
– ATB hydrophobe , actif seulement sur les BGP.
– Inhibiteur de la phase d’élongation des synthèses
protéiques.
– Bactériostatique.

 Linézolide/ oxazolidinones ( Zyvoxid) :+*

– Inhibe la synthèse protéique en se liant au site P de la
S/U ribosomale 50S et empêche la formation du
complexe d’initiation.
– Arrête la synthèse des protéines avant qu'il ne
commence.
– Bactéricide sur les strepto
 récapitulatif
 Aminosides: Bactéricides
– Fixation sur la sous-unité 30S du ribosome.
– Inhibition de l’élongation de la chaîne peptidique
 Macrolides et apparentés: Bactériostatiques
– Liaison de façon réversible à la sous unité 50S des
ribosomes (site P) inhibant la transpeptidation et la
translocation
 Tétracyclines: Bactériostatiques
– Fixation réversible à la sous-unité 30S des ribosomes
empêchant l’attachement des Aminoacyl- tRNA au site A du
ribosome Rifamycines et rifampicine :
 Chloramphénicol: Bactériostatique – Liaison à la sous-unité β de l’ARN
– Attachement à la sous-unité 50S (au site A) empêchant polymérase bactérien, elle l’inhibe et bloque
l’attachemenT des Amino-acyltRNA au site A du ribosome; la transcription de l’ADN en ARN messagers
 Acide fucidique:
– Rifamycines SV active sur les BGP et
– Inhibiteur de la phase d’élongation des synthèses protéiques cocci GN
– Rifampicine spectre plus large, anti
4)Action sur la synthèse des acides nucléiques : bacillaire, active en intracellulaire

Quinolones/Fluoroquinolones : – Bactéricide même sur les bactéries au

repos.
 Quinolones actifs sur BGN et FQ sont à spectre large
 Pénétrationc: mécanisme passif, non saturable,
rapide (minutes)
– Petites molécules hydrophiles empruntent les
Porines (Gram –)
– Peptidoglycane (Gram – et Gram +)
– Membrane cytoplasmique (Gram – et Gram +)
– Il existe un système d’efflux à bas niveau
 Mode d’action
– Cibles: enzymes de régulation du surenroulement de
Nitro-imidazoles :
hélice d’ADN: les Topoisomérases
– Type II (ADN-gyrase) : – Pénétration par simple diffusion.

* Formée de 2 S/U A et 2 S/U B – Activé par la réduction de son groupement

* Coupures transitoires suivies de recollage des deux NO2, seules anaérobies et quelques micro-
brins aérophiles ([Link], Campylobacter spp, et
G. vaginalis ) capables de la réaliser.
* Quinolne: forme un complexe ternaire irréversible:
Q-ADN-Gyrase, inhibe l’enzyme et empêche la – Action : Fixation des dérivés réduits sur
réparation de l’ADN et donc sa réplication l’ADN , oxydation suivie d’une coupure des
brins d’ADN.
– Type IV ( 2 parE et 2 parC) : même mécanisme
 Bactéricides -bactéricide.
 5)Action sur le métabolisme intermédiaire :
 Sulfamides-triméthoprime:
– Inactivation d’enzymes impliqués dans la
synthèse des purines et de certains acides
aminés essentiels.
– Action :
* Sulfamides : inhibition de la Dihydroptéroate
synthétase
* Triméthoprime : inhibition de la
Dihydrofolate réductase
– Effet :
*Sulfamides ou Triméthoprime :bactériostase
* Association des deux : bactéricidie.
Voie métabolique des bases puriques et
pyrimidiques
1

 Nitrofuranes:
– Furazolidone, nifuroxazide, nitrofurantoine
– Réservé infections intestinales et urinaires
– Action : Apparentée à celui des imidazolés
* Réduction du groupement NO2 par les nitro-
réductases des bactéries aérobies
* Fixation des dérivés réduits sur l’ADN: coupures et
mutations des brins d’ADN
– Bactériostase ou bactéricidie selon la dose
 Novobiocine:
- inhibe la réplication de l’ADN
récapitulatif
 Quinolones/Fluoroquinolones: Bactéricides
– Inhibition de la réplication de l’ADN en antagonisant la
sous-unité de la gyrase A
 Rifampicine: Bactéricide
– Bloque la transcription de l’ADN en ARN-messagers
par la liaison à la sous-unité β de l’ARN-polymérase
bactérienne ;
 Nitro- imidazoles: bactéricides
– Ces dérivés réduits provoquent des coupures des
brins et déroulement de l’ADN.
 Novobiocine: inhibe la réplication de l’ADN
 Nitrofuranes: cible principale ADN

1
Métronidazole :ATB appartenant aux nitro-imidazoles.
 ❖ Modes de résistance aux antibiotiques :
la résistance bactérienne :
Une bactérie devient résistante à un antibiotique – Résistance Chromosomique : Mutations au
lorsqu’elle supporte des concentrations inhibitrices hasard dans le génome bactérien soit:
supérieures aux concentrations que l’on peut obtenir  Dans le chromosome (transmission
dans l’organisme, sans en être affectée verticale)
 types de résistance bactérienne :
 Dans éléments mobiles (transmission
Résistance naturelle : verticale /horizontale)
 Espèces bactériennes qui sont naturellement
–Résistance Extra-chromosomique : Acquisition
résistantes à certains antibiotiques, programmées sur
d’ADN étranger provenant d’autres bactéries
le génome bactérien, donc fixes et constantes à
(transposon, plasmide, intégron) 4 procédés:
l'intérieur du taxon.
 Constituent un critère d'identification  Conjugaison (plasmide)
 Exemples :  Transduction (virus bactériophage)
– Cible absente: Mycoplasmes et β- lactamines ;
 Transformation (fragment d’ADN provenant
– Cible peu accessible: bacilles à Gram – et Macrolides d’une bactérie morte)
– Cible non affine: bactéries à Gram + et Quinolones
 Transposon (gènes sauteurs) : du
Résistance acquise : chromosome à un plasmide ou de plasmide à
 Résistances qui apparaissent chez des bactéries plasmide.
jusqu’alors sensibles aux ATB.
 Consécutives à des modifications de l'équipement
génétique chromosomique ou plasmidique
 Elles ne concernent que quelques souches d'une
même espèce mais peuvent s'étendre
Principales caractéristiques :
 Émergence rapide:
– De quelques souches résistantes après l'introduction
d'un antibiotique
 Fréquence:
– Variable selon l’antibiotique, en augmentation
 Résistance transférable:
– Gènes transférables comme ceux intégrés dans:
plasmide, transposon ou intégron
– Risque de diffusion épidémique
 Cumule de résistance:
– BMR : Bactéries Multi-Résistantes.
Support génétique de la résistance :
 Résistance naturelle : chromosomique
 Résistance acquise** :
**

**
 Mécanismes biochimiques de résistance :
 Extrusion de l’ATB de la bactérie
 Imperméabilité (Bactéries à Gram + ou à Gram-) :
 Efflux
 Enzymatique : le plus fréquent  Spécifique d’un ATB ou touchant plusieurs
 Modification de la cible familles d’ATB
 Niveau de résistance variable
1. Interférence avec le mécanisme de
 Exemple: chez ß-lactamines, protéines
transportde type imperméabilité MexAB/OprM,....
3. Inactivation de l’antibiotique :

Défaut d’entrée de l’ATB dans la bactérie (Bactéries à

Gram-) :
 Les porines (Omp ou Opr) : Sécrétion d’enzymes+++ :
– Canaux protéiques hydrophiles qui laissent diffuser  Mécanisme de résistance très
diverses molécules de faible masse moléculaire
fréquent,très important et très varié
comme les ATB.
 Exemple: les ß-lactamases, au moins 350
– Dysfonctionnement ou perte: imperméabilité
– Un ATB touché ou plusieurs familles d’ATB enzymes maintenant identifiées
– Niveau de résistance variable  Pénicillinase chez S. aureus
– Exemple: ß-lactamines, quinolone, tétracycline...  Pénicillinase chez E. coli
2. Interférence avec le mécanisme de transport  BLSE
de type efflux  Carbapénémases
 4. Modification d’affinité de la cible
 Affinité diminuée ou cible modifiée
 Niveau de résistance variable
 Exemples:
– S. aureus résistant à la méticilline (SARM): mutation
de la PLP2a → R à toutes les b-lactamines
– Streptococcus pneumoniae: modifica'on de PLP →
Sensibilité diminuée aux Pénicillines
– Entérobactéries résistantes aux quinolones: mutation
de l’ADN gyrase

Résumé de la résistance bactérienne :

 Mécanismes biochimiques de la résistance aux ATB

❖ Moyens de détection des résistances :

▪ Autres infections : chaque fois que la souche

 Méthodes phénotypiques: isolée est considérée comme pathogène
 détermination des concentrations minimales inhibitrices: – Inutile :
– Directe : ▪ Sensibilité constante aux traitements de
référence.
• En milieu liquide
▪ Absence de corrélation d’activité in vivo / in
• En milieu gélosé
vitro.
• E-test
▪ Souche isolée sans responsabilité dans
– Indirecte: Antibiogramme l’infection : germe commensal ou contaminant,
culture non significative.
• Méthode de diffusion en gélose
Paramètres de l’activité in vitro des
• Méthode en milieu liquide
antibiotiques :
 Intérêt :
 CMI : la plus faible concentration
– Identification bactérienne : résistances naturelles d’antibiotique ne permettant pas une
croissance visible d’une population
– Guider l’antibiothérapie
bactérienne initiale (meilleure corrélation
– Surveillance épidémiologique de la résistance aux ATB clinique : la plus utilisée)
 Indications :  CMB : plus faible concentration
– Systématique : d’antibiotique laissant subsister moins de
0,01% (tue 99,99%) d’une population
▪ Infections sévères : septicémies, méningites, bactérienne initiale.
terrains particuliers (patient neutropénique, ...), ...
 Action bactéricide: CMB<32*CMI⇒ Destruction  Expérience clinique: relation CMI /guérison
clinique–succès microbiologique
 Action bactériostatique CMB >32*CMI ⇒ Inhibition du
développement et de la reproduction

Détermination de la CMI /CMB :

Valeurs critiques des CMI (mg/l)

 Catégorisation clinique sensible :

 Pas de résistance naturelle de l’espèce
 CMI basse ≤ c (concentration critique
inférieure)
 Pas de mécanisme de résistance acquis
interférent (lecture interprétative)
 Catégorisation clinique S

Catégorisation clinique résistante :

 Résistance naturelle de l’espèce
 CMI élevée > C (concentration critique
supérieure)
 Mécanisme de résistance acquis surajouté
possible (lecture interprétative)
 Catégorisation clinique R

Catégorisation clinique intermédiaire :

 Moindre sensibilité in vitro c < CMI ≤ C
 Mécanisme de résistance naturel ou acquis:
Incertitudes techniques
 Catégorisation clinique Intermédiaire
Incertitude in vivo

Définition clinique de S, I et R
 Sensibles : souches pour lesquelles la
probabilité de succès thérapeutique est forte
dans le cas d ’un traitement par voie
systémique avec la posologie recommandée
dans le résumé des caractéristiques du produit

 Résistantes : souches pour lesquelles il

Concentrations critiques pour un antibiotique: définition existe une forte probabilité d’échec
fonction : thérapeutique quels que soient le type de
traitement et la dose d’antibiotique utilisée
 Critères pharmacodynamiques /pharmacocinétiques:
Posologie standard / forte posologie
 Intermédiaires : souches pour lesquelles le
 Répartition des populations sauvages: Concentrations succès thérapeutique est imprévisible.
critiques par espèce
 Antibiogramme en milieu gélosé
ATBG en milieu gélosé :
 Réalisé pour vérifier la sensibilité des pathogènes aux  Avantages:
différents antibiotiques – Méthode standardisée
 Standardisé en 1966 par Kirby et Bauer. – Facilité d’exécution
 son principe : – Lecture visuelle
 Disques de papiers pré imprégnés d’ATB: – Vérification de l’identité de la souche testée
▪ Déposés à la surface d'un milieu gélosé préalablement  Inconvénients:
ensemencé avec une souche bactérienne pure – Détecte mal certaines résistances,
▪ L’ATB diffuse à partir du disque selon un gradient de [c] – bactérie de culture difficile
▪ Compétition : croissance bactérienne/diffusion d’ATB: – Interprétation parfois difficile
zone d’inhibition Antibiogramme en milieu liquide
 Lecture interprétative : fonction
 Technique partiellement ou totalement
▪ Diamètre de la zone d’inhibition
automatisable
▪ Déduction du mécanisme biochimique
➢ Catégorisation clinique en:  Utilisent une ou deux concentrations
• Résistant d’antibiotiques lyophilisés dans des galeries
• Sensible commercialisées : remise en suspension par
• Intermédiaire l’inoculum bactérien

 Nécessitent un dispositif de lecture

Méthodes génotypiques :
 Permet de mettre en évidence le ou les gènes
de résistance par biologie moléculaire:

– Gène mec A pour Staphylococcus aureus

– Gene rpoB et résistance à la rifampicine

 Intérêt:

– Rapide
– Directement sur produit pathologique,
– Bactéries à croissance difficile

Critères de choix d’un antibiotique :

 Critères bactériologiques : bactérie

– Nombre d’espèces pathogènes
– Identification précise
– Profil de sensibilité
 Critères pharmacologiques : antibiotique
– Spectre d’activité
– Absorption
– Diffusion
– Elimination
Techniques de synergie avec inhibiteur : – Toxicité
 Met en évidence les bêtalactamases à spectre  Critères épidémiologiques: écologie
étendu (BLSE) bactérienne
 Test de Hodge : Met en évidence les carbapénèmases  critères individuels : patient
– Age
– Pathologies sous-jacentes
– Grossesse et allaitement
– Degré d’urgence
 6. Le diagnostic bactériologique :
❖ Introduction :  Objectifs des examens bactériologiques :
• Évolution : De la microbiologie et de la pathologie • Confirmer l’infection
• Isoler et identifier l’agent causal ( .)
infectieuse ( émergence, réémergence d’agents
• Étudier sa sensibilité aux antibiotiques(.)
pathogènes), de la résistance aux antibiotiques • Étayer une enquête épidémiologique
• Orienter les mesures thérapeutiques et prophylactiques
• La collaboration : du bactériologiste avec • Deux types d’examens bactériologiques: direct et indirect
l’infectiologue et l’épidémiologiste, indispensable 
pour la maîtrise des risques infectieux. -Bonne indication des examens bactériologiques
-Optimiser le diagnostic, le traitement et la prévention

❖ Types des Examens bactériologiques:

➢ Le diagnostic bactériologique direct

 les prélèvements :
*Deux grandes catégories sont distinguées : * Prélèvements de qualité avant le
– Prélèvement à visée épidémiologique: début de toute antibiothérapie
• Surveiller l’écologie microbienne du malade ou du service – Identification nature et lieu
• Détecter les colonisations de bactéries résistantes aux – Renseignements cliniques
antibiotiques – Transport rapide, milieux adéquats :
– Prélèvement à visée diagnostique:
flacons d’hémoculture, écouvillons
• Mettre en évidence une bactérie ou des bactéries nommément
pathogènes ( infections) ou responsables de surinfection mousses, milieux gélosés/les
anaérobies
* Site normalement stérile
Prélèvement à visée Prélèvement à visée – Hémoculture, LCR, Liquide articulaire,
diagnostique : épidémiologique : pleurale, ....
 Echantillons :Obtenus en  Echantillons :écouvillons de – Infections pulmonaires: prélèvements
La phase pré-analytique

l’absence de contamination peau , plaies muqueuses, les protégés.

externe ; liquides internes ; expectorations ;les * Site normalement non stérile: Urine,
écouvillons de peau , plaies biomatériaux traversant la
selles, pus superficiel…
muqueuses mais uniquement surface cutanée : la bactérie
pour des bactéries recherchée doit être précisée. * Il ne faut pas hésiter à interroger le
nommément désignées. laboratoire avant de réaliser le
Utilisation des milieux de Utilisation d’un milieu prélèvement
culture diversifiés pour élargir sélectionnant la bactérie * Éviter de recueillir d’autres bactéries
le potentiel d’isolement de recherchée. que celles qui sont responsables de
bactéries.
détection d’une seule détection d’une seule colonie l’infection
colonie : pas forcément le de la bactérie spécifique : * Présence de matériel étranger :
témoin d’une infection , doit significatif. prélever le liquide d’écoulement (urine,
être evaluée. produit de drainage) ou le tissu
utilisation du résultat pour utilisation du résultat pour avoisinant et non le matériel lui-même
documenter le choix de prévenir la dissémination des
l’antibiotique adapté. bactéries résistantes ou seul
multirésistantes. * Sonde urinaire ou redon: inutile
 antibiogramme : oui, tester  antibiogramme : nombre *Devant toute suspicion d’infection
plusieurs antibiotiques d’antibiotiques limité et profonde
appartenant à divers familles. spécifique. – Prélèvements superficiels
– Prélèvements centraux, en particulier
des hémocultures
 ➢ Différentes étapes de l’examen
bactériologique : Cocci à gram positif :
• Macroscopie
• Microscopie 1H
– Examen direct à l’état frais
– Examen direct après coloration de Gram,...
• Cultures >24H
• Identification 24H
• Études de la sensibilité 24H
• Détection d’antigène 1H
• Détection de gène 2H à 24H
 L’examen direct : Bacilles à gram négatif :
L’examen roi de la microbiologie
– État frais type entérobactérie :
• Cellules (hématies, leucocytes)
• Bactéries (forme / mobilité)
– Repose sur la coloration de Gram: frottis
(centrifugation) ou apposition
 Grande valeur d’orientation
 Interprétation correcte : expertise du
microbiologiste (Pseudomonas état frais (mobilité))
 Examen qualitatif : données visuelles
 Validité et utilité, dépend de la bonne qualité du
prélèvement et de l’orientation clinique
La phase analytique

 La présence de PN plaide en faveur de la réalité

de l’infection du site prélevé
 En leur absence, remise en question
de l’opportunité de l’antibiothérapie
 La présence de flore bactérienne:
antibiothérapie adaptée
 L’interprétation des données de Bacilles à gram positif :
l’examen direct
• Morphologie, mobilité :
 Dépend du site prélevé et de la présence ou non
sur ce site d’une flore microbienne physiologique – Listeria : petit bacille avec mobilité en
 S’il existe une flore résidente (prélèvements pirouette à 25°C
de fécès, cutanés ou des voies respiratoires – Bacillus : long BGP parfois sporulé
supérieures) : mobile
– Peu d’utilité de l’examen direct, sauf s’il conduit _ Flore polymorphe : flore anaérobie.
à constater la présence d’une flore mono 
microbienne
 Dans un site normalement stérile:
– La positivité de l’examen direct prend toute sa
valeur
– Même s’il est poly microbien
– Il faut s’assurer de la qualité du prélèvement:
absence de contamination par
la flore cutanée, digestive ou aérodigestive
Les prélèvements de sites stériles réalisés à
travers une flore riche : interprétation?
–Qualité de la décontamination et prélèvement
urinaire.
– Les prélèvements respiratoires pulmonaires
profonds doivent être protégés: LBA ou
prélèvements distaux.
 ➢ Pièges de l’examen direct : . La culture
• Dépôt de colorants, contamination des colorants
• Milieux
• Pneumocoque: diplocoque à Gram positif, qui se décolore
• Klebsiella : coloration bipolaire et forme coccoïde – Systématique
/pneumocoque mal coloré –Orientée
• Haemophilus : bactérie de petite taille, se colore mal par le – Enrichissement
Gram, morphologie variable fonction du site • Incubation :
• Acinetobacter : diplococcobacille à Gram négatif et -Systématique
morphologie variable/confusion avec le staphylocoque -orientée
Toujours confronter les données de l’examen direct avec la . Identification
clinique
• Délai et condition de la culture
 PDP1 : CGP2 évocateur de staphylocoque
• Aspect maroscopique de la
• Malade hospitalisé,opéré il y’a 6 jours; fébrile avec avec
écoulement de pus au niveau du site opératoire colonie
• Prélèvements de pus : cocci à Gram positif en amas • Vérification de la morphologie et
• Dans la même unité un patient porteur de SARM3 l’affinité tinctoriale au gram
• Démarrage du traitement antibiotique suite à l’examen direct • Tests biochimiques d’orientation
avec vancomycine +gentamicine, à adapter en fonction de • Les galeries biochimiques
l’antibiogramme d’identification
LCR4 avec bactéries évoquant pneumocoque • Le typage antigénique
• Enfant : céfotaxime (forte dose) + vancomycine • L’identification moléculaire
• Adulte : céfotaxime (forte dose) . Étude de la sensibilité
LCR avec bactéries à Gram positif : (bacilles ?
• Détection colorimétrique de
cocci ?)
bétalacatamase
• Listeria ? Pneumocoque ?
• Sujet âgé et nouveau né : céfotaxime + amoxicilline • Antibiogramme par méthode de
• Enfant : céfotaxime ( + vancomycine) diffusion et en milieu liquide.
• Étude de la CMI, CMB, PBS, les
courbes de bactéricidie,
associations
– En milieu liquide
– En milieu gélosé
– E-test
• Objectif de l’antibiogramme =
classification des souches en
Sensibles, Intermédiaires ou
Résistantes

L’antibiogramme
• Estimation qualitative qui
apprécie l’activité bactériostatique
de plusieurs ATB sur une espèce
• Norcadia traitement : imipénème + cotrimoxazole bactérienne
• Actinomyces traitement amoxicilline • Ne donne pas le niveau précis
• Clinique : état dentaire catastrophique d’activité d’un ATB
• Espèce retenue: Actinomyces donc traitement débuté, • Mauvaise corrélation pour
amoxicilline. certains ATB entre ATBG et CMI:
glycopeptide..

1
PDP=prélèvement distal protégé : consiste à réaliser un prélèvement des sécrétions pulmonaires «profondes » à visée diagnostique. Cet
examen s’effectue sans support fibroscopique (technique dite à l’aveugle)
2
Cocci à gram positif
3
(parfois appelé «germe résistant aux antibiotiques») signifie staphylococcus aureus résistant à la méthicilline.
4
Recueil du Liquide Céphalo Rachidien par ponction lombaire.
 ➢ Détection d’antigènes : Antibiogramme par diffusion en
gélose
• Différents produits pathologiques: urines, LCR, selles,...
• Principe : mesure des diamètres
• Différents techniques: problème de sensibilité mais rapidité d'inhibition/ diamètres critiques :
• Détection d’antigène soluble: technique d’agglutination.... résultats S.I.R.
– LCR et méningocoque, haemophilus, E. coli k1, pneumocoque – • S.I.R. lecture brute
Urine : Legionella et pneumocoque • S.I.R. lecture interprétative
(intégration dans la lecture des
• Détection d’antigène fixés sur produits pathologiques: IFD,
phénotypes/mécanismes de
immunochromatographie résistances)
– Chlamydiae, legionella, .. 
Catégorisation clinique sensible
– Antigène et toxine de Clostridum difficile au niveau des selles
•S : sensible à posologie
STANDARD. Une bactérie est
➢ Biologie moléculaire catégorisée sensible à posologie
• Intérêt : standard lorsqu’il y a une
probabilité élevée de succès
– Diagnostic thérapeutique à posologie
– Détection de gène de résistance standard de l’antibiotique
– Épidémiologique • CMI basse ≤ c (concentration
critique inférieure)
• Direct sur produit pathologique ou après culture
Catégorisation clinique résistante
• Par hybridation simple ou amplification puis hybridation • R : résistant. Une bactérie est
➢ Les « contradictions » du laboratoire : catégorisée résistante lorsqu’il y a
 Les données bactériologiques obtenues in vitro ne sont pas une forte probabilité d’échec
toujours transposables aux situations in vivo. thérapeutique même en cas de
forte exposition de la bactérie à
 L’association rifampicine et quinolones, antagoniste in vitro,
l’antibiotique.
efficace in vivo
• CMI élevée > C (concentration
 Les aminosides, ATB concentration–dépendants, très actifs critique supérieure)
sur le SAMS in vitro/mauvais antistaphylococciques en clinique
 Les bêtalactamines et les glycopeptides, ATB temps Mesures des CMIs : méthode du
dépendants, vitesse de bactéricidie lente les rend moins E-test
performants in vivo.
 Les tests de sensibilité au laboratoire sont réalisés avec :
– Des bactéries en phase exponentielle de croissance
– Un inoculum standardisé 106 UFC
 Dans le foyer infectieux :
– Les bactéries quiescentes, sont parfois nombreuses
– La taille de l’inoculum peut varier de 106 à 109 UFC
 Les antibiotiques sont en général peu efficaces sur les
bactéries quiescentes.
 ➢ Le diagnostic bactériologique indirect :
les sérologies :  L'antigène
 Prélèvements: minium deux à 10-15 j – L’antigène réactif n'est jamais "pur".
d’intervalle – Réactions "croisées" : résultats faussement
 Différentes méthodes positifs (anticorps antibrucella qui coagglutinent
– Précipitation en milieu liquide ou en milieu avec les Ag des Yersinia ou de Francisella
solide tularensis)
– Agglutination passive  La cinétique d'apparition des anticorps :
– Fixation du complément – Latence puis apparition et élévation rapide des
– Inhibition de l'hémagglutination anticorps puis stabilisation
_Neutralisation (d'une propriété de l'antigène) – Les anticorps de classe IgM apparaissent les
– Compétition premiers lors d'une primo- infection. Ils
– Immunofluorescence indirecte disparaissent assez vite et sont remplacés par des
– Immunoenzymologie (ELISA) IgG.
– Western-blot révèle, dans une même – Comparaison des résultats obtenus sur deux
opération, la présence d‘AC correspondant à sérums prélevés à 10 jours d'intervalle est
différents antigènes autorise une interprétation souhaitable pour reconnaître une infection
analytique des résultats ; actuelle:
– Radioimmunologie ✓ Une séroconversion ou une multiplication
 Interprétation des résultats doit tenir compte par quatre du titre l'affirme.
de plusieurs éléments: La technique, les ✓ Un résultat négatif l'exclut.
antigènes et la cinétique des anticorps ✓ Un titre identique signe une infection
 La technique: ancienne.
– Problème de sensibilité et spécificité – Infection aiguë récente soit :
✓ Les plus sensibles (peu de faux négatifs) ✓ Apparition d'anticorps spécifiques
conviennent mieux pour un dépistage (séroconversion)
✓ Les plus spécifiques (peu de faux positifs) ✓ Augmentation franche et rapide de leur titre
conviennent mieux pour une confirmation.  Les défaillances du sérodiagnostic
– Dans certains cas, nécessité de mise en – Agents pathogènes incapables de stimuler une
œuvre de plusieurs techniques, simultanément réaction immunologique décelable in vitro :
(syphilis) ou successivement . staphylocoques, mycobactéries ...
 Dans les réactions d'agglutination, une – Sujets immunodéficients
concentration d' anticorps trop élevée: – Sujet vacciné ou naturellement immunisé et
saturation des sites antigéniques du réactif et réinfections : pic transitoire et titre des IgG difficile
empêcher l'agglutination : phénomène de zone à interpréter.
 Techniques immuno chromatographiques: des  Interprétation des sérologies:
systèmes unitaires dans lesquels les réactifs – Tenir compte:
sont fixés à l'état déshydraté sur un support ✓ Du contexte clinique et épidémiologique
(bandelette, filtre), bonne sensibilité et une ✓ De l'état immunologique du sujet concerné
spécificité satisfaisante. ✓ Du but de l'examen: diagnostic, suivi ou
• Toujours: sérums témoins positifs et négatifs appréciation de l’état d'immunité,
qui valideront la qualité de la technique mise en – Maîtriser la technique, et l'exécuter avec rigueur
œuvre. et réaliser des contrôles.

Conclusion
 La qualité des réponses du microbiologiste dépend de la qualité des
prélèvements et de la qualité du travail du laboratoire.
 Test de sensibilité aux antibiotiques : pièce centrale pour tous les types
de traitements antibiotiques
 La continuité du dialogue entre laboratoire et clinicien
 Dialogue enrichissant pour l’une et l’autre partie :
meilleure connaissance du travail de chacun.
l’amélioration réciproque des connaissances.
 I. VIROLOGIE GENERALE
1. Structure et classification des virus :
I. Introduction à la virologie ;
Définition d’un virus : * Eléments inconstants:
 Tous les être vivants sont les hôtes d’un ou plusieurs  Enveloppe virale ; membrane lipidique
virus .  Autres : matrice et téguments
 L’homme héberge de nombreux virus  Particule de petite taille:
 On ne connait que les espèces les plus • Différents / bactéries
pathogènes • 20 à 300 nm: Microscope électronique
 Chaque année un nouveau virus est découvert • Non visualisable par le Microscope optique
 Pouvoir pathogène très variable: ▪ non cultivables en milieux gélosés ( ils ont besoin
• La majorité des infections virales sont d’un tapis cellulaire pour se multiplier in vitro)
asymptomatiques ou bénignes ▪ Non retenus par les filtres bactériens.
• Parfois : ( ces caractères ( en vert) définissent ce qu’on apelle :
* Infections graves voir mortelles les caractères négatifs des virus ( par oppositions aux
* Infections chroniques ( persistance dans l’organisme autres agents infectueux : bactéries, champignons et
avec une infection virale) avec des complications au parasites)
long cours  Parasites intracellulaire obligatoire et absolu:
* Latence virale et persistance dans l’organisme à vie • Incapable de se répliquer en dehors d’une cellule hôte
après la primoinfection ( et se réactiver*) ( mais peuvent dans certains cas persister, mais pas
* certains virus ont un pouvoir Oncogene .exemple : pour longtemps) ;car :
l’HPV. * Pas de système enzymatique de production d’énergie
« Un virus est une entité biologique( nucléo-protéique) ni de synthèse protéique.
dont le génome est un élément d’acide nucléique qui se * Absence du système de Lipman
reproduit dans des cellules vivantes (eucaryotes et • Réplication par la cellule hôte à partir du matériel
procaryotes) en utilisant leur appareil de synthèse génétique virale
pour coder et diriger la production de structures * Génome virale assure et contrôle la réplication virale
spécialisées, les [Link] virions renferment le • Détournement du métabolisme cellulaire de la cellule
génome viral et sont capables de le transférer à hôte pour la réplication du virus : (synthèse
d’autres cellules et donc de les infecter à leur tour. Ce ARNm,Synthèse des protéines virales et Réplication du
sont des parasites cellulaires absolus. » génome virale)
• Virus :  Un virus ≈ programme génétique, véhicule d'une
 Simplicité structurale (Par opposition aux cellules cellule à l'autre un message simple
procaryotes et eucaryotes )  Présence à la surface d’une ou plusieurs protéines
 Association: d’attachement essentielles à : ( voir le tropisme viral)
* Eléments constants: Nucléocapside = • Reconnaissance par le récepteur de la cellule cible
 Génome: UN type d’acide nucléique (ADN ou bien • Interaction indispensable pour l’expression du pouvoir
ARN) + pathogène du virus in vivo ;
 Capside protéique (les virus ne sont pas des cellules➔agents infectueux)

Exemples de découvertes virales

 II. Structure des virus : ➔ Polarité négative: ARN –
 Le génome viral :
• Doivent être transcris en ARN + pour que la synthèse
La nature du génome : Première dichotomie de la
protéique se fasse
classification des virus :
• Doivent obligatoirement être accompagné d’une
 Génome de petite taille, très compacte
polymérase virale qui est présente dans la particule
• Génomes à ARN
virale
• Génomes à ADN

• Génome linéaire • Génome circulaire

 Deux brins ou bicaténaire :

• Génome monocaténaire • Génome bicaténaire
• Rares (Birnaviridae et Reoviridae)

 Caractéristiques des génomes à ARN:

• Petite taille: 7 kb pour les Picornaviridae à 30 kb pour
les Coronaviridae
• Génome segmenté ( ARN+++) • Fragilité : surtout monocaténaire
• Fréquence élevée des mutations
• Parfois segmentés (Orthomyxoviridae)
•les génomes des virus à ARN sont plus petits /virus à
ADN et moins complexes.
A. Génomes à ARN+++:
B. Génomes à ADN:
 Simple brin ou monocaténaire +++:
 Bicaténaire +++
➔ Polarité positive: ARN +  VHB: Génome partiellement bicaténaire
 Monocaténaire (rare)
• de même polarité que les ARN messagers( sens 5’ –
 Peuvent être: • Linéaire • Circulaire
3’) :
 Taille très variable, et capacité de codage différente:
• Lus directement dès leur entrée dans la cellule, * 3,2 kb pour le virus de l’hépatite B (4 gènes)
traduit en protéine et sont directement infectieux * 235 kb pour le Cytomégalovirus (>80 gènes pour
l’HSV)
 Présence de protéines basiques liées à certains
génomes viraux

Les différents types d’acides nucléiques viraux

  Capside virale:
▪ Capside : Coque protéique rigide et résistante
▪ Capsomère : Unité morphologique de la capside ,
Constituée de l’assemblage d’unités protéiques identique
ou différentes (polymérisation d’un nombre réduit
d’espèces protéiques)
▪ Rôles de la capside :
 Protection du génome virale du milieu extérieur en
l’enfermant dans une nucléocapside virus de la rougeole. La dégradation partielle de l'enveloppe libère la
 Nucléocapside: Structure résultant de nucléocapside.
l’association des protéines de la capside avec le génome
viral .
 Attachement des virus nus au récepteur cellulaire
▪ Deux principaux type de symétrie (dont La nature est
un élément de classification des virus) :

• Capside tubulaire à symétrie hélicoïdale :

 Modèle: Virus de la mosaïque du tabac TMV

 ARN enroulé en hélice entre 2 rangées d’unités de
virus de la grippe
structure protéique .
 Affinité génome pour les unités de structure protéique:
Responsable de l’assemblage de la capside dans sa
forme définitive:
• Fixation de quelques unités de structure à une
extrémité du génome initie l’empilement en hélice des
unités suivantes
• Le génome sert de charpente, l’empilement cesse
quand tout le génome est couvert
• la capside porte un seul type de sous-unités protéique.
A : Image de microscopie électronique de particules virales de rage
a : Particule virale. b : Nucléocapside virale se déroulant.
c : Nucléocapside libre.
• Capside icosaédrique à symétrie cubique
▪ Icosaèdre : Polyèdre régulier :
• Douze sommets • 30 arrêtes • 20 Faces
• Triangles équilatéraux
▪ Les unités de structure protéique de la
capside se rassemble en capsomères de 5 ou 6
sous -unités :
• Hexons: sur les faces ou les arêtes
• Pentons: sommet icosaèdre
▪ Il s’agit d’une structure résistante;
 Ballon de football : 20 pièces blanches:
hexagonales correspondants aux 20 faces
triangulaires de l’ icosaèdre et 12 pièces
Virus à capside tubulaire: pentagonales noires correspondent aux 12
• sont tous des Virus enveloppés sommets
• Nucléocapside ; tubule souple replié à l’intérieur de Nb : les virus nus ont forcément une capside
l’enveloppe virale icosaédrique à symétrie cubique. L’inverse n’est
• Le plus souvent, virus à ARN de polarité négative: pas vrai
* Présence unités de structure de la capside virale
associées à des protéines virales fonctionnant comme Exemple : Adenoviridae.
des polymérases 252 capsomères : 240 hexons et 12 pentons
( Virus de la grippe, virus de la rougeole, virus de la  les pentons sortent des spicules qui
rage) constituent le site d'attachement du virus à son
récepteur cellulaire.
  Autres :
 présence pour certains virus d’une couche
protéique qui tapisse la face interne de l’enveloppe
virale :
- La Matrice :
Protéine présente chez les virus enveloppés , qui
double l’enveloppe virale et assure la forme de la
virus d'adenoviridae ( non env) particule virale ( HIV, grippe)
- Téguments (herpesviridae)

virus enveloppé à capside icosaédrique

 L’enveloppe virale ou peplos :

Enveloppe virale:
- Membrane cellulaire ( sauf pour les poxvirus)
remaniée par l’insertion de spicules virales ,acquise par
les virus enveloppés au moment de la phase de
libération .
 Constitutive de certains virus :
- Virus enveloppés par opposition aux virus nus
 Critère de classification des virus
 L’enveloppe virale est constituée de:
✓ Bicouche lipidique de la membrane de la cellule hôte
✓ Glycoprotéines virales ou spicules:
 Pouvoir infectieux:
✓ Attachement aux récepteurs cellulaires 
(Hémagglutinine pour les virus grippaux)
✓ Parfois détachement du virus Les protéines virales
(Neuraminidase pour les virus grippaux)
Protéines structurale:
 Pouvoir antigénique:
Elles participent à l’édification de la particule virale:
- Ag de surfaces
Protéines de la capside, glycoprotéines d’enveloppe,
- Cibles des Ac neutralisants1
protéines de la matrice
 Conséquences de la présence de l’enveloppe virale :
- Talon d’ Achille des virus enveloppés : FRAGILITE
Protéines non structurales:
- Sensible aux agressions physiques (UV, chaleur) et  Enzymes virales: Polymérases, protéases …
chimiques (pH acide, sels biliaires, solvants des lipides…)  Protéines de régulation
 Peu ou pas résistants dans le milieu extérieur et le tube NB: Les protéines non structurales peuvent être
digestif ( c du à la composition lipidique de l’env) présente dans le virion ou le plus souvent sont
- Transmission virus enveloppés: Contacts rapprochés synthétisé lors du cycle de réplication et ne sont pas
 Les virus nus sont plus résistants ( composition protéique présente dans la particule virale
de la capside) et peuvent se transmettre directement ou
indirectement
(NB : il y’a des virus complexes ou de structure non
- Respect des conditions de prélèvements, acheminement et
conventielle). ex : l’HIV :
conservation des virus enveloppés .
- perte de l’enveloppe➔ perte des glycoproteines➔le virus  2 molécules d’ARN identiques ( diploide)
n’est plus infectueux  Capside protéique conique tronquée
 Enveloppe classique avec présence de
1 spicules et d’une matrice
Neutralisent l’entrée du virus à l’intérieur de la cellule hote en
masquant Les Ag.
 III. Taxonomie et classification virale :
 Les souches qui constituent une espèce
 La classification des virus est définie depuis 1966 par correspondent à différents isolats de virus très
l’ICTV (international Committee on taxonomy of viruses) proches mais qui peuvent être différenciés par leur
avec une mise à jour régulière. génotype ou sérotypes:
 Différentes classifications s’appuyant essentiellement - Les sérotypes et souches sont définis par leur
sur : propriétés biologiques en culture cellulaire
 Critères phénotypiques: - Les génotypes et sous-génotypes sont définis par
- La nature de l’acide nucléique et la structure du le degrés de similarité de leurs séquences
génome génétiques.
- La morphologie de la capside virale  Critères de classification LHT • Lwoff, Horne et
- La présence ou l’absence d’enveloppe Tournier :
- La taille du virus et de la capside
 Autres critères:  La nature du matériel génétique : Type de l‘acide
- Nature de l’hôte (Mammifère, plante, bactérie …) nucléique (ARN+ ou -, ADN db ou sb...).
- Pouvoir infectieux et pathogène  Le type de symétrie de la capside :
- Cubique - Hélicoïdale
 Virus nu ou enveloppé
 Système hiérarchique des êtres vivants:
 Les caractéristiques morphologiques du virion:
 Ordre: « virales » : - Nombre de capsomères et le diamètre de la
- Regroupement des familles virale en fonction des particule virale pour les virus à symétrie cubique.
caractères fondamentaux - La longueur et l'épaisseur des nucléocapsides
- Présence d’enveloppe, la structure du génome et le pour les virus à symétrie hélicoïdale.
mode de réplication
 Famille: « viridae » : Groupe de virus présentant une  Classification de baltimore ( 1971)
morphologie unique et une même stratégie de  7 groupes de virus en chiffres romains:
réplication - Type acide nucléique
 Sous-famille « virinae » : - Mono ou bicaténaire
- Virus de propriétés biologiques communes - Polarité
- ex Herpesviridae; Alpha, Betha et - Mode de réplication
Gammaherpesvirinae
 Genre: « virus »
- Virus avec des caractères communs
- Affinité pour un type particulier de cellule
- Pouvoir pathogène proche
Ex Simplexvirus
 Espèce:
- Particularités antigéniques particulières
- Niche écologique spécifique
- Ex HSV 1 et 2

( voir la classification de l’ICTV , à titre informatif )

 2. Multiplication intracellulaire des virus :
I. introduction :
 Cycle de multiplication virale dans la cellule hôte:  les conditions de la multiplication virale :
- Complet, production nouvelles particules virales  Cellule susceptible (sensibles):
infectieuses - Présence d’un récepteur cellulaire spécifique
- Cycle incomplet avec infections latente (pas de du virus
production virale)
 Cellule résistante:
- Cycle abortif
 Cycle de multiplication virale; CIBLE des ANTIVIRAUX+++ - Absence de récepteur cellulaire spécifique du
II. Généralités et définitions : virus : Cellules ne pouvant être infectées
 Cellule permissive: Cellule ayant la capacité de
 Cycle de multiplication virale: répliquer le virus
- Ensemble des étapes qui à partir d’une particule virale

aboutissent à la production de nouveaux virions .
NB: Pas de division virale à la différence des cellules Reconnaissance et réplication virale
eucaryotes et procaryotes Cycle de multiplication virale:
- Le virus libère son matériel génétique avec des Cellule susceptible ET permissive
protéines virales dans la cellule hôte
 A partir de ce génome, le virus va détourner à son profit
la machinerie cellulaire et débute les synthèses virales  Tropisme cellulaire et tissulaire:
avec production de nouveaux virions. - Le tropisme d’un virus est défini par :
- Durée: Variable en fonction des virus: Quelques heures
Les tissus et/ ou Les cellules qu’il reconnaît
à quelques jours.
Elles sont porteuses des récepteurs pour fixer ce
virus , Elles permettent la multiplication de ce
3 périodes
virus
Ex: Virus neurotrope
 Autres conditions:
• Génome virale; information génétique,enzymes
de replication virale pour certain virus.
• Eléments cellulaires nécessaires à toute
multiplication:
- Nucléotides, acides aminés, acides gras …
- L’ énergie
- Les enzymes de réplication et de synthèse
protéique
 Différents types de relations virus/cellule: Période d’eclipse : première période au
cours de laquelle aucun virion ne peut etre
recupéré/detécté de la cellule infectée.
Période de latence : les virions sont à peine
décelable en milieu extracellulaire ( libérés
en faible quantité )
III. Etapes précoces de la
multiplication :
A. Attachement :
 PREMIER facteur conditionnant le tropisme
cellulaire
 Interaction très spécifique et affinité entre:
- Surface particule virale
- Cellule hôte

 Types d’infection de la cellule:

 Infection productive:
✓ Expression de tous les gènes viraux
✓ Production de virions  Sites attachement virus:
✓ Lyse de la cellule hôte - Protéines ou glycoprotéines virales :
 infection abortive : expression interrompue des gènes viraux : Surface capside
✓ Virus déféctif ou Surface enveloppe virale
✓ Cellule non permissive  Surface cellule hôte:
✓ Retour à la normale de la cellule hote  Récepteurs cellulaires
✓ Pas de production de virions  ± Corécepteurs cellulaires
 infection persistante ou latente: 
-Persistance du génome virale avec expression de quelques  blocage par les Ac neutralisants.
gènes viraux (pour les virus à ADN et uniquement pour eux,
l’ADN va persister à l’état episomique sans s’integrer au
génome de la cellule hote)
- Survie avec modifications; transformation maligne
- Pas de production de virions.
-ce cycle va etre suivi d’un cycle productif ( reprise de la
replication virale).
Nb: Parfois transformation en cycle lytique (Ex HSV)

Figure : virus enveloppé à glycoprotéines de surface

Figure : virus nu, à capside icosaédrique et glycoprotéines de

2
ADN épisomique : molécule circulaire d’ADN qui peut soit se répliquer surface.
De façon autonome ( forme libre), soit etre intégrée dans un chromosome
Cellulaire ( forme intégrée)
 Virus Protéines ou GP ( Cellule/tissu cible Récepteur cellulaire ( et
glycoprotéines) virale corécepteur)
HIV GP 120 LT CD4 (CXCR4)
macrophages CD4 (CCR5)
EBV GP 350 LB CD21
Virus grippaux Hémagglutinine Epithélium respiratoire Acides scialiques

B. Pénétration :  Pénétration dans le cytoplasme

de la cellule :
- Apport énergétique
-Dépend de la température et du
pH
 Modes de pénétration:
- Endocytose: +++
* virus enveloppés ou nus
* formation de vésicules
d’endocytose avec un Ph acide
lysosome
* fusion enveloppes virale et
membranes cellulaires.
* relargage de la nucléocapside.
- Fusion directe : (+lyse)
*virus enveloppés
*fusion enveloppe virale et
membrane cytoplasmique
*nécessite la présence de
protéines de fusion à la surface
virale.
- Formation de pore
membranaire :
* virus nus
* translocation directe à travers
membrane cytoplasmique.
- Infection de cellule à cellule

C. Décapsidation et libération du génome viral :

 perte de la capside :  Expression des gènes viraux : Synthèse des
*capside partiellement ou totalement décomposée macromolécules . (transcription ARNm/
*libération du matériel génétique du virus traduction)
* Essentiellement au niveau du cytoplasme.  Réplication du génome virale
 plusieurs mécanismes :
 Transport vers les sites de multiplication
*virus enveloppés : perte au cours de la fusion (Ph
virale :
acide)
*fragilisation capside lors de l’attachement VP4  Multiplication cytoplasmique :
(picornavirus)
- Virus à ARN(+) non rétrovirus
IV. Multiplication virale proprement dite : - Virus à ARN(-) (exceptions : grippe)
- Virus à ARNds
 Multiplication nucléaire:
- ont besoin des enzymes du noyau cellulaire
pour transcription et réplication
- Transport nucléocapsides vers pores
nucléaires
- Rôle microtubules
- Translocation des nucléocapsides
- Accès au noyau lors de la mitose de la cellule
hote.
  les modes de réplication virale selon la
classification de Baltimore :
 Classification de Baltimore:
- I : Virus à ADN db
- II : Virus à ADN sb
- III : Virus à ARN db
- IV : Virus à ARN sb polarité +
- V : Virus à ARN sb polarité négative
 Expression des gènes viraux: - VI : Virus à ARN sb polarité + diploide
- Synthèse des macromolécules: protéines virales par la (retroviridae)
machinerie enzymatique cellulaire +
 Evénement clé: Présentation ARNm viraux à la cellule - VII : Virus à ADN circulaire partiellement
- la Stratégie de réplication dépend de la nature du matériel bicaténaire (hépadnaviridae)
génétique: • NB : Le VII a été initialement oublié par
* ADN ou ARN et polarité , Baltimore
* bicaténaire ou monocaténaire,
* segmenté ou non
 Les modes de production de l’ARNm viraux selon la
classification de Baltimore +++:
ARN polymérases cellulaires :
 catalysent la synthèse d’un brin d’ARN à partir
d’une matrice d’ADN . ce sont des ARN polymérase
ADN dependante.
ARN polymérases virale = ARN polymérase ARN
dépendante.
 elle joue plusieurs roles :
*transcription du génome en ARNm
*catalysent la synthèse d’un brin d’ARN à partir
d’une matrice d’ARN.
*réplication du génome

A. Transcription:
Synthèse des ARN m
 Virus à ADN à réplication nucléaire :
- Transcription: ARN polymérase II ADN
dépendante
- Chronologie précise des unités de
transcription:
 Phases très précoces
 Phases précoces: Protéines non
structurales
* Régulent le cycle virale et la réplication
du génome virale
* Produite en faible quantité
 Phases tardives: Protéines structurales
* Edification de la particule virale
* Produites en grandes quantité
 Virus à ARN:
✓ Expression simultanée de la majorité de
l’information génétique
✓ -ARN+ = ARNm (directement lu par les
ribosomes dès qu’ils rentrent dans la
cellule, SAUF les Retroviridae)
✓ - ARN-: Porte avec eux ARN polymérase
ARN dépendante
(schéma : les différentes voies conduisant à
la synthèse des ARNm viraux) ➢ Figure 1fff
NB1 : pour les retroviridaes, l’ARN+ est retrotranscrit en ADN
double brin (par transcriptase inverse virale) pour pouvoir intégrer 1-Assemblage et libération des virions nus
le noyau. Puis transcrit en ARNm .  Capside icosaédrique:
NB2 : cas d’ADN circulaire partiellement bicaténaire. - Modification de la conformation des
capsomères au fur et à mesure de l’assemblage
- Formation procapside / auto - assemblage qui
va donner la forme définitive du virion
- Libération par lyse cellulaire
2-Maturation et sortie des virus enveloppés
 Plus longue
 Virus infectieux: Présence enveloppe virale
avec les Gp (sites attachement)

B. traduction :
A partir des ARNm coiffés et polyadénylés:
- Liaison aux ribosomes
- Traduction ARNm viraux en protéines
- Modifications post-traductionnelles:
• Phosphorylation
• Acétylation
• Glycosylation
• Ajout de résidus oligosaccharidiques (Gp)
• Clivage post-traductionnel par des protéases virales ou  Acquisition de l’enveloppe / bourgeonnement à
cellulaires . travers les membranes cellulaires:
- Transport vers les différents compartiments cellulaires -( essentiellemnt à travers) Membrane
(gp qui se fixent sur la MP,…..) cytoplasmique : Orthomyxoviridae et retrovirus
C. Réplication : - (parfois, une première enveloppe) Membrane
- Réplication de l’ADN viral nécessite plusieurs enzymes nucléaire: étape précoce des Herpesviridae
virales et cellulaires : - Appareil de Golgi ou vacuoles intra - cellulaires
ADN polymérase cellulaire (ex : papillomaviridae ; la (Togaviridae)
réplication de ces virus se fait uniquement au moment  Insertion des Gp virales
de la synthèse de l’ADN cellulaire en phase S)
ADN polymérase virale ( ex : Herpesviridae ; la
réplication de ces virus se fait en dehors de la
réplication de la cellule hote )
 hélicases, ADN ligase….
- Réplication de l’ARN virale: Synthèse brin ARN
complémentaire : matrice de réplication :
Rôle ARN polymérase ARN dépendante (enzyme virale) :
*pour les virus à ARN +: synthèse ARN - puis plusieurs
ARN +
* pour les virus à ARN -: synthèse ARN+ puis plusieurs
ARN –
V. Etapes tardives de la multiplication virale
Assemblage et libération des virus :
 Etapes tardives après:
- Synthèses protéines structurales et non structurales  Altérations cellulaires secondaires à la
- Réplication du génome virale réplication virale:
 Assemblage et libération des virions nus  Détournement de la machinerie cellulaire vers les
 Maturation et sortie des virus enveloppés besoins du virus :
 - Interruption et / ou inhibition de la synthèse des
protéines cellulaires
- Souffrance , mort cellulaire avec : Altération
morphologiques du tapis cellulaire in vitro

 Effet cytopathique ECP 
 Mee par Microscope optique avec ou sans coloration
 Conséquences de l’accumulation des produits viraux:
- Inclusions intra-cytoplasmique
- Inclusions nucléaires …
 Conséquences de la lyse et la fusion des membranes cellulaires:
- Syncytium
- Ballonisation cellulaire
- Plages de lyse …

 exemple d'ECP viraux

VI. Variations du génome viral au cours de la

multiplication virale : ➔création d’une répétition d’un motif nucléotidique
 L’étape de la réplication cellulaire du génome viral est plus ou moins long (insertion) ou suppression d’un
critique et joue un rôle important dans l’évolution des motif (délétion) par rapport à la matrice de départ
virus création d’un décalage du cadre de lecture avec un
 Plusieurs phénomènes différents peuvent être observés: codon stop ou la traduction d’une protéine
- Les mutations ponctuelles : chimérique…
 plus fréquente pour les virus à ARN : les ARN Les chevauchements peuvent etre délétère pour le
polymérases ARN dépendants moins fiables que les ARN virus ou apportent un avantage sélectif.
polymérases ADN dépendant ; pas de fontion - Les échanges de matériel génétique :
d’identification ou de réparation ; génération d’un nombre - Des changements de la séquence génétique des
important de virions différents chez le meme individu : virus peuvent s’observer après un échange de
« quasi-espèce ». fragment génétiques entre 2 virus
 surviennent lors d’un erreur d’incorporation d’un -Surviennent lors d’une double infection d’une
nucléotide par la polymérase. cellule hôte .
 les transitions sont plus fré[Link] : substitution Ces échanges se font par :
Adénine par guanine. ➔ Réassortiment génétique:
- Les insertions , délétions : • uniquement pour les Virus à génome segmenté
 elles résultent d’un défaut des ARN polymérases des ( Ex: Orthomyxoviridae)
virus ; Tendance à se décrocher de la matrice lors de la • Echange de segment génétique lors de
transcription et de se décaler l’assemblage
 ➔ Recombinaison génétique :
Correspond à la formation d’un génome
chimérique composé de plusieurs fragments
génomiques d’origine parentale différente au sein
d’un segment génomique unique .
( coronaviridae)

Exemples de cycles de multiplication virale:

Le cycle de multiplication du poliovirus

ARN+sb, Groupe IV baltimore
 Le cycle de multiplication du VIH
ARN+ retrovirus groupe VI Baltimore.

NB :
 les virus ont besoin de :
-D’abord synthétiser les enzymes virales qui vont etre impliquées
dans les cycles de réplication ( ARNm étape clé)
-et puis se répliquer pour enfin synthétiser les protéines
structurales ( parfois ces 2 étapes se font en meme temps)
 Un virus a 2 formes :
- particule virale complète (=virion) (càd nucléocapside ±
enveloppe)
- Forme génomique ( à l’intérieur de la cellule hote)
 Les ARN bicaténaires (ARN+ et ARN-) ont besoin d’une
transcriptase ARN pour les séparer ; les ribosomes ne peuvent pas
reconnaitre la forme bicatenaire.

(les paragraphes marqués par des barres verticales ont été mentionnés dans la présentation du prof et non pas dans le cours)
 3. Multiplication virale dans l’organisme et réponse de l’hote à l’infection virale.
I. Introduction :
- Environnement :
 Multiplication virale dans l’organisme: Hétérogène,
intervention de plusieurs facteurs: • Hydrique+++, fruits de mers, coquillage …
• Virus nus résistants dans le milieu extérieur à
• Liés au virus: TROPISME et virulence
transmission indirect oro-fécale
• Liés à l’hôte: âge, terrain immunitaire … • Ex: Entérovirus, VHA, VHE, Rotavirus
 Large spectre d’expressions cliniques : • Persistance virale ET réplication ?????
Infection asymptomatique à l’infection fatale .
• Autres; environnement, niveau socioéconomique ➔Notion d’ Hôte intermédiaire: Arthropodes ,
 Modes évolutifs des infections virales: Arbovirus
• Arbovirus: arthropod borne virus
• Aigue
• Réplication du virus dans l’arthropode (tique,
• Chronique phlébotome)
• Persistance virale …  Transmission à l’homme via une piqure de
II. Les bases épidémiologiques : moustiques et tiques
A. Réservoir viral : • Ex: Virus de la fièvre jaune, West Nile virus , ZIKA
virus.
• Différents types de réservoirs viraux :
- Humain +++ :
* Virus spécifiquement humain
* Homme; réservoir unique et permanant.
 Possibilité d’ irradiation de ces virus en cas de
couverture vaccinale systématique mondiale (ex variole)
 Ex de virus strictement humains:
rougeole, VRS, HSV, VZV, CMV, EBV, Oreillons.
-Animal :
• Zoonose ou anthropozoonose B. Transmission virale :
• Animal: Réservoir naturel du virus ( Homme hôte Passage du virus d’un individu à un autre
accidentel) • Transmission directe:
• NB: Les zoonose ne se transmettent pas directement - Contacts rapprochés et étroits
d’homme à homme ou se transmettent très mal - Virus enveloppés fragiles et virus nus
 NB: Virus animaux : source d’émergence virale et • Transmission indirecte:
adaptation chez l’homme avec franchissement des Mise en jeu d’un vecteur inanimé
barrières d’espèce (influenza, coronavirus) - Environnement; eau et aliments , objet, matériel
médical
• Ex: Virus de la rage, Ebola, grippe aviaire, MERS
- Virus nus +++
coronavirus…

principaux modes de transmission virale

 C. Autres aspects épidémiologiques :
1. Contamination et porte d’entrée des virus
✓ Susceptibilité individuelle :age, terrain génétique, état
immunitaire , vaccination. dans l’organisme :
✓ Répartition géographique :  contage ou contamination.
-virus ubiquitaire +++  différentes portes d’entrée
- parfois , influence de certaines conditions sur la  trois grandes surfaces épithéliales en contact
répartition : avec l’environnement :
*conditions écologiques ; ex présence du vecteur pour - L’arbre respiratoire sites de multiplication
les arbovirose (Aedes et dengue) - Tube digestif primaire de la majorité
*conditions socio-économiques , traitement des eaux des virus
✓ Saisonnalité: - Peau et muqueuses
• Pays tempérées: Saisons définies . ex : virus grippaux
et rotavirus essentiellement en hiver .
✓ Catégorie socio-professionnelle.

 Modes des infections virales dans la population:

 Mode sporadique
 Mode épidémique : Apparition d’une maladie infectieuse
qui atteint en même temps et dans le même lieu un nombre
élevée et simultané de cas.
 Mode endémique: Maladie habituellement ou
constamment présente dans une population et dont la
fréquence est habituellement faible.
 Mode pandémique:
- Epidémie mondiale
- > 2 continents.

III. Déroulement de l’infection dans l’organisme :

a. Contamination par voie respiratoire :

+++

 Virus inhalées : Aérosols, fines

gouttelettes de salive
 Contacts rapprochés avec le sujet infecté
 Infection localisée au tractus respiratoire
+++ :
- Virus respiratoires
- Arbre respiratoire supérieure
- Arbre respiratoire inférieur
 Infection systémique à point de départ
respiratoire: (VZV, rubéole, rougeole,
oreillons…)

Schéma général des infections virales

3
atteinte de l'épithélium respiratoire

3
Avant la diffusion du virus, ce dernier se multiplie au niveau de la porte
d’entrée .
 b. contamination par voie buccale et digestive :
 Virus ingérés via l’eau et les aliments contaminés  Modes de contamination des virus des
 Atteinte et multiplication au niveau des cellules hépatites :
intestinales
 Virus nus résistants:
- pH acide de l’estomac
- Sels biliaires
 Infections localisées : gastro-entérites (rotavirus)
 Infection généralisées à point de départ digestif :
entérovirus
 Muqueuse buccale: infections locale HSV
c. Contamination virale par voie cutanée ou
muqueuse :
 Peau : Barrière physique efficace contre la pénétration
des virus;
- Lésions surface épithélium (HPV)
- Effraction cutanée: morsure piqure par des arthropode
ou, injection via aiguilles souillées
 Muqueuse uro-génitale, transmission sexuelle:
- Infection localisée; HSV 2 et HPV
- Infection généralisée CMV, VIH, VHB
 Conjonctive:
- Infections locales; keratoconjonctivite (HSV, adénovirus)
- Infections systémiques; rougeole
2. Incubation, diffusion et atteinte de l’organe
cible :
 Incubation: Période allant du contage à
l’apparition des premiers signes cliniques

 Incubation courte : organe cible= porte d’entrée

 Incubation longue:

- Organe cible distant de la porte d’entrée

- nécessité d’une diffusion sanguine, lymphatique

ou nerveuse
 Organe cible :

 Tropisme virale

 Tissu et cellules cibles:

- Sensible: Présence des

récepteurs spécifiques pour
l’attachement du virus

- Permissive : présence des

facteurs intracellulaires
nécessaires à la réplication
virale

3. Manifestations cliniques ou expression du pouvoir

pathogène virale:
➔ Manifestations cutanées:
Les manifestations cliniques sont variables en fonction :
 Fréquentes
 Facteurs liés au virus:
 Effet direct du virus:
- Nature
- Excrétion virale au niveau de la lésion
- Tropisme, organe cible
- Varicelle, gingivo-stomatite herpétique
- Porte d’entrée
 Effet indirect du virus:
 Facteurs liés à l’hôte:
- Réaction immune au niveau des cellules
- Age
endothéliales des capillaires du derme (absence
- Terrain sous-jacent: Immunodépression, Grossesse ,
de particules virales)
Malnutrition , Immunisation …
- Rubéole, rougeole .
 Large spectre d’expressions cliniques :
- Infection asymptomatique à l’infection fatale
4. Excrétion virale :
- Symptomatologie secondaire au dysfonctionnement
cellulaire, la mort cellulaire secondaire à l’ECP viral et/ou
une réaction inflammatoire excessive et réponse  Libération des particules virales infectieuses
immunitaire de l’hôte.  Indispensable à la propagation du virus dans la
 population
 Le mode de sortie du virus est fonction de la
Beaucoup d’infections virales sont asymptomatiques physiopathologie de l’infection
MAIS : réplication virale ++++ , contamination virale ++++.  Souvent: Voie excrétion est la voie d’entrée.

➔ Manifestations respiratoires:  Infections ouvertes: Virus est libéré dans

-Rhinite, rhino-pharyngite l’environnement à partir des secrétions d’un
- Pneumopathie patient symptomatique ou non
➔ Manifestations digestives:  Infections fermées: Pas d’excrétion virale,
- Gastro-entérite: Sortie du virus nécessite un intermédiaire:
- Rotavirus, calicivirus, virus de Norwalk - Vecteur animé: arthropode
➔ Manifestations neurologiques: virus neurotrope : - Vecteur inerte: ex matériel médical réutilisable
- Méningites (entérovirus)
- Méningo-encéphalite (HSV)
IV. moyens de défense de l’hote :
Moyens de défense antivirale de l’hôte: - Neutralisation du virus : Ac neutralisant:
 Physico-chimique: ▪ Ac empêchant in vitro l’infection des
- Barriere cutanéo-muqueuse intacte cellules sensibles.
- Hyperthermie ▪ Ac neutralisant peuvent être
 Immunité innée ou naturelle : Non spécifique , Rôle protecteurs in vivo : grippe, rubéole, Ac HBs
interféron VHB: Prévention de la réinfection par le virus.
 Immunité adaptative, acquise : 
- Spécifique Rôle des Ac:
- Rôle des Lymphocytes B et T et leur effecteurs : Immunité  Lutte contre les infections et réinfections
cellulaire et humorale. virales
 Aide au diagnostic virologique:
- Témoignent d’un contact avec le virus
 Majorité des infections virales sont contrôlées par le - Mis en évidence par les techniques du
système immunitaire avec élimination virale de diagnostic sérologique
l’organisme. Primo-infection:
 Parfois effet néfaste de la réponse inflammatoire avec  Synthèse des Ig M suivi rapidement de la
une réaction inflammatoire excessive avec une lyse des synthèse des Ig G
cellules infectées / LT cytotoxiques, les manifestations  Concomitante de la guérison dans les
immunopathologiques … infections aigue résolutives
 Applications de la réponse immune spécifique:  Ig M persistent quelques semaines à quelques
Développement des vaccins et de la séroprophylaxie mois
 Ig G persistent des années, ou à vie
• Protection en cas de contact ultérieur avec le
virus.

 Les moyens de défense spécifiques :

 Immunité à médiation cellulaire: evolution des Ac au cours d'une infection aigue résolutive

- LT V. Modes évolutifs des infections virales :

- Reconnaissance et élimination des cellules infectées
- LT sensibilisés par les Ag viraux produisent également Variable en fonction:
des cytokines qui recrutent et activent différentes  Espèce virale
populations cellulaires  Tolérance de l’hôte
 Problème : parfois effet néfaste des LT dans certaines
infections chroniques VHB et VHC ; lésions tissulaires
 Infections transitoires ou infections
hépatiques secondaires à l’effet immunopathologique de la
persistantes ou chroniques
réaction inflammatoire et non à l’action du virus .

 Immunité à médiation humorale: Action selon deux

mécanismes:
- Elimination du virus en conjonction avec d’autres
effecteurs de l’immunité(complément, cellules
phagocytaires, cellules tueuses)
 ✓ Infection aigue résolutive:
 Mode le plus fréquent
 Transitoire et limitée dans le temps
 Symptomatique ou asymptomatique
 Influence de l’âge et du terrain sous -jacent
 Evolution variable:
- Infections mortelle
- Infections bénignes résolutives: avec élimination du
virus par le système immunitaire ; Mémoire immunitaire
avec le plus souvent une protection contre les
réinfections.

✓ Infection aigue suivie d’une persistance

avec latence et réactivation :
 Primo-infection avec une infection aigue
symptomatique ou non
 Virus présent définitivement dans l’organisme
sous forme NON réplicative
✓ Infection aigue suivie d’une infection chronique :  Latence virale inaccessible aux décences
 Persistance du virus dans l’organisme sous forme immunitaires et aux antiviraux
réplicative .  Mécanismes de persistance différents :
 Ex; Virus des hépatite B et C -Herpesvirus: génome virale dans la cellule
 Fréquence de passage vers la chronicité variable en dans une forme non réplicative avec réactivation
fonction des virus épisodique
 Parfois, oncogenèse. Ex: EBV
VI. mécanismes d’échappement des virus aux
défenses de l’hote :
 Variations génétiques et Ag:
- Mutations: HIV HCV
- Recombinaisons génétiques: coronavirus
- Réassortiments génétiques: Grippe
 Latence virale avec expression restreinte à certains
gènes:
HSV dans les neurones
 Infections de sites peu accessible au système
immunitaire:
HPV dans les cellules de l’épiderme
 Autres mécanismes:
- Interférence avec les fonctions des cytokines
- Diminution de l’expression des molécules de
reconnaissance à la surface cellulaire (ex: diminution
molécule HLA C1 )
- Mimétisme moléculaire.

Au sein d’une même espèce virale, certaines mutations ou

recombinaisons modifient le pouvoir pathogène des souches
 4. Les méthodes du diagnostic virologique :

I. Introduction :
 Diagnostic virologique NON systématique: Justifié par le II. Phase pré-analytique en
contexte clinique ou la gravité des symptômes virologie :
 But et indications du diagnostic virologique:
- Dépistage et diagnostic d’une infection virale:  Prescription ou ordonnance médicale:
* Don de sang, d’organes et de tissus, bilan prénatale… - Importance des renseignements cliniques
* Symptomatologie clinique particulière; ictère, méningite … en précisant l’heure, la date , le site et le type
- Suivi des infections virales : Suivi du traitement VIH, VHC , de prélèvement.
VHB…
- Renseignements administratifs: identité du
- Mesures prophylactiques et contrôle des épidémies et
patient et données démographiques, âge+++ ,
identification de nouveaux virus : Virus respiratoires,
coordonnées du prescripteur …
gastro-entérites virales, SRAS- Cov 2 (COVID-19)….

 Diagnostic virologique fiable: Trois phases:  Choix des prélèvements à effectuer:

✓ Pré-analytique: - Plusieurs types d’échantillons cliniques
- Guidée par les renseignements cliniques
- Variables en fonction de la symptomatologie
- Respect des conditions de prélèvement
clinique, indications, âge, état immunitaire,
 Prescription, Prélèvement, Transport,
chronologie de l’infection, mode de
Enregistrement, Prétraitement échantillon
transmission et sécrétion du virus …
✓ Analytique:
- Exécution des analyses, validation techniques des - Prélèvements doivent être riches en
contrôles et vérification analytique des résultats. cellules surtout pour le diagnostic direct;
- Pertinence et performance de la technique du virus intracellulaire.
diagnostic virologique
✓ Post-analytique:
- Interprétation des résultats, Concertation entre
praticien et virologiste
- Transmission des résultats, archivage,
conservation

Exemples de recommandations pré-analytique en virologie:

 III. Techniques virologiques en pratique médicale A. Diagnostic virologique direct :
courante: a. Isolement viral par culture
cellulaire :
❖ Diagnostic direct : détection du virus ou de ses  Virus : parasite intracellulaire [Link]
composants : ce fait, La réplication virale nécessite la
 Isolement du virus: Cultures cellulaires et présence de cellules vivantes Et il faut que le
ECP virus soit VIVANT au sein du prélèvement
Approches complémentaires

 Visualisation du virus: Microscopie  Transport rapide et milieu de transport

électronique virologique .
 Détection des Ag viraux+++: Techniques  Technique de référence : Supplanté par la
immunologique : biologie moléculaire pour certains virus
- Ag soluble: ELISA et apparentés,  Plusieurs sources:
Immunochromatographie; bandelette . - Les animaux vivants
- Ag associé aux cellules; Immunocytodiagnostic. - L’œuf de poule embryonné
 Détection du génome virale+++: Amplification - Les cellules en culture:
génique, PCR et apparenté ; détection et/ou * Plusieurs types de lignées cellulaires pour
quantification du génome viral ; Séquençage. obtenir la réplication du plus grand nombre de
virus pathogènes pour l’homme: Entretien de 2
❖ Diagnostic indirect : détection des Ac anti- ou 3 lignées minimum par laboratoire
viraux : Ig G et Ig M. * Types de lignées cellulaires:
 Diagnostic d’une infection aigue ou chronique ▪ Origine: humaine ou animale (singe, chien...)
 Détermination du statut immunitaire • ▪ Cellules épithéliales ou fibroblastiques,
 Différentes techniques: Ex:
-Techniques immunologiques: immuno- - Lignées diploïdes ; cellules fibroblastiques
enzymatiques; ELISA et apparentés +++, embryonnaires humaines, (MRC5)
autres… - Lignées continues hétéroploïdes ; d’origine
humaine (HeLa), simienne (Véro)…
 rappel : Sensibilité et spécificité d’un test diagnostic: 
Chaque virus possède un tropisme cellulaire
➢ La sensibilité :
propre : pas de système cellulaire universelle
- Mesure la capacité d’un test à bien identifier les malades.
- Elle correspond à la probabilité d’avoir un test positif
 Les différentes étapes du diagnostic par
chez un sujet malade.
culture virale :
- Elle est exprimée par la proportion de vrais positifs chez
 Ensemencement du prélèvement et incubation
les sujets malades :
 Recherche d'un ECP au microscope optique
Se = VP/(VP + FN) inversé: Sans et après coloration des cellules
- Une sensibilité égale à 1 signifie que le test est positif  Diagnostic de certitude : Immuno-marquage
chez 100 % des malades. spécifique du virus sur lame ou biologie
- Une bonne sensibilité est requise lorsqu’il est dangereux moléculaire…
de ne pas diagnostiquer une maladie.
- Un test sensible négatif permet au médecin d’exclure la
maladie.
➢ La spécificité :
- Mesure la capacité d’un test à bien classer les patoents
indemnes de la maladie.
- Elle correspond à la probabilité d’avoir un test négatif
chez un sujet indemne de la maladie.
- Elle est exprimée par la proportion de vrais négatifs chez
les sujets indemnes de la maladie
Sp = VN/(VN + FP)
- Une spécificité égale à 1 signifie que le test est négatif
chez 100 % des patients indemnes de la maladie
- Une bonne spécificité est requise lorsqu’il est dangereux
de diagnostiquer à tort une maladie.
- Les tests spécifiques positifs permettent de confirmer
une hypothèse diagnostique
  Conséquences de l’isolement viral par
c. Détection des antigènes viraux :
culture cellulaire : Plusieurs types de techniques.
 Absence de réplication virale : Cellules non ▪ Actuellement les plus simples, et rapides
permissives; la nappe cellulaire reste intacte sont:
 Réplication virale peu cytolytique, sans modifications  Techniques détectant l’Ag intracellulaire
morphologique des cellules: Mise en évidence de la (ex: secrétions respiratoires) :
réplication virale via divers techniques; Immunocytodiagnostic: Immunofluorescence
Hémagglutination, détection d’Ag ou génome viral… +++, Immunoperoxydase
 Réplication cytolytique avec altération de la  Techniques détectant l’Ag extracellulaire
morphologie de la nappe cellulaire: ECP: effet (libre dans sérum ou libéré; étape préalable de
cytopathique l’extraction de l’Ag ex selles) :
 Aspect ECP évocateur d’un virus, d’un genre ou - ELISA (Enzyme-Linked Immuno Sorbent
d’une famille virale: Assay) et apparentés
- Destruction de la nappe cellulaire, présence des - Tests immunochromatographique rapide
foyers de lyse (TDR)…
- Cellules ballonisées ou rétractées - Autres: agglutination, hémagglutination…
- Inclusions nucléaires et ou cytoplasmiques ▪ Ac monoclonaux : Amélioration de la
- Formation de syncytiums (fusion des cellules entre spécificité et sensibilité (mais reste variable en
elles). fonction des techniques et des réactifs)
Diagnostic de certitude par des techniques 
immunologiques ou moléculaire. Principe de la détection des antigènes:
Techniques immunologiques:
 Les protéines et les Gp virales sont des Ag
b. Détection du virus entier par microscopie
viraux reconnus par des Ac spécifiques
électronique ME:
 Formation d’un complexe Ag-Ac
 Visualisation du virus entier:
 Pour visualiser le complexe Ag-Ac, plusieurs
- Directement au sein du prélèvement
- Nécessite la présence d’un inoculum viral important techniques sont disponibles:
- L’Ac peut être marqué par des molécules
 Utile pour détecter les virus non cultivables des
indicatrices :
gastro-entérites (Rotavirus, Calicivirus, Astrovirus, …)
* Un fluorochrome ; fluorescéine qui
 Immuno-ME:
émet une fluorescence sous UV : IF
-Augmente la sensibilité de la technique
* Une enzyme; ex: peroxydase: ELISA
- Immunomarquage au préalable des virus.
et apparenté
 Actuellement:
ME est remplacé par les techniques sérologiques et les
techniques moléculaires dans les laboratoires de
virologie
- Indiqué pour la recherche et les laboratoires de
référence .
- Matériel onéreux et nécessite un personnel
expérimenté.

- L’ Ac peut être fixé sur un support

immunochromatographique: TDR
marquage avec l’or colloidale :
Immunodiffusion sur bandelette ou
immunofiltration.

des virus respiratoires au ME

 - L’ Ac peut être fixé sur un support [Link] :
particules de latex,GR … : techniques d’ hémagglutination
ou agglutination. ✓ Détection des antigènes viraux :
ELISA et apparentés :

Automatisée ou manuelle
 Principe:
- La réaction Ag-Ac est détectée grâce à un
marqueur enzymatique et son substrat
- Ag viral pris en sandwich entre 2 Ac: ELISA
sandwich
 Premier Ac : Ac de capture
 La réaction se déroule dans des puits en
plastique
 Lavage entre les différentes étapes
 d’incubation
  Lecture: spectrophotomètre : Réaction
colorée: DO ou densité optique
✓ Détection des antigènes viraux: Immunofluorescence:  L’intensité de la coloration est
La recherche d’Ag viral directement dans le prélèvement proportionnelle à la quantité d’Ag dans le
étalé sur lame et fixé. prélèvement.
 L’Ac spécifique de l’Ag est marqué par un fluorochrome ;  Exemples d’applications: Détection des Ag
fluorescéine Hbs du VHB, Ag p24 du VIH
 Lecture: microscope à fluorescence
 La présence d’une fluorescence vert-pomme intracellulaire
sous UV témoigne d’un résultat positif
 L’IF peut être directe ou indirecte
- IFD; directe: La molécule indicatrice est fixée sur
l’Ac
- IFI; Indirecte: Molécule indicatrice fixée sur un
deuxième Ac qui reconnait un premier Ac non
marqué
 ✓ Détection des antigènes viraux: Tests unitaires
immunochromatographique:
✓ Amplification des acides nucléiques :
Recherche ponctuelle d’un Ag viral dans un prélèvement sur
 Plusieurs techniques automatisables
bandelette ou « savonnette »
parmi lesquelles :

PCR: Polymérase Chain Reaction +++

 Amplification génique in vitro de l’ADN :
- Amplification de l’ADN initial
- Un cycle PCR comporte trois étapes:
Dénaturation , hybridation , élongation
- Répétition des cycles 30 à 40 cycle par
PCR ; Amplification exponentielle de l’ADN
cible :
n cycles: Amplicon: 2 n copies ADN initiale.

 Amplification automatisée des acides
nucléiques cibles: ADN+++
 Enzyme: ADN polymérase ADN
dépendante
 Bactérie thermophile; Thermus acquaticus
Taq polymerase+++ : Résiste aux
températures élevées+++
 Deux amorces spécifiques du brin d’ADN:
- Hybridation avec le segment d’ADN
correspondant
- Sens et anti-sens; encadrent le segment à
amplifier
 Une sur le brin positif, l’ autre sur le brin
négatif
d. Détection du génome viral:
 Autres réactifs:
Pourquoi la biologie moléculaire?
- Nucléotides triphosphates; dNTP: A,T,C,G
 Limites de la sérologie et de la culture virale:
- Tampon réactionnel: Mg
-Virus de culture lente, difficile ou non cultivable
 Volume réactionnel final : 20 à 50 µl
- Prélèvement pauci-virologiques . Ex: LCR; manque de
 Thermocycleur:
sensibilité de la culture et des tests sérologiques
- Platine chauffante/refroidissante :
 Quantification de la charge virale pour le pronostic et le
Automate assurant une variation rapide de
suivi des infections chroniques traitées ou non traitées
température
 Découverte de nouveaux virus …
 Méthodes du diagnostic du génome viral :
 Hybridation moléculaire et ses variantes :
- Hybridation avec amplification du signal : ADN branché
- Hybridation sur membrane et puces
 Amplification génique: PCR et variantes
 Séquençage nucléotidique
✓ Première étape : extraction des acides nucléiqes :
ADN, ARN

  Principe, réactifs et étapes PCR conventionnelle; point finale:

 Analyse des résultats dès la fin de la PCR par électrophorèse en gel d'agarose ou hybridation de sondes.
Sondes ?? :
- Petites séquences d’ADN marquée par un composé fluorescent, une enzyme ou autre
- Hybridation et détection des séquences homologues ou complémentaires.
- Elle est encadrée par deux amorces.

 Principe, réactifs et étapes PCR en temps réel:

  Principe PCR temps réel:

- Amplification et détection en temps réel du signal fluorescent

- Courbe d’amplification
- Ct; cycle treashold ou cycle seuil
- Possibilité de quantification en temps réel:
 Utilisation d’une gamme de calibrateur et extrapolation de la quantité d’acide nucléique à partir du Ct
 Charge virale en UI/ml; Log d’UI/ml ou en copies /ml et log copies/ml.
  Comparaison : PCR en temps réel / PCR en point final

 Variantes PCR temps réel:

* RT-PCR (virus à ARN), retrotranscription préalable de L’ARN
en ADNc
* PCR quantitative ✓ Séquençage :
* PCR multiplexe (Amplification simultanée de plusieurs cibles
AN dans un même tube réactionnel) …  Principe:
- Déterminer l’enchaînement des
nucléotides d’un fragment d’ADN grâce à
une réaction de polymérisation de l’ADN
avec une ADN polymérase et des
didésoxyribonucléosides (ddNTP)
- Séquencage par la méthode de Sanger,
séquencage capillaire de haut débit , NGS
 Intérêt:
- Génotypage du VHC; intérêt thérapeutique
- Génotypage de l’HPV; intérêt pronostic,
HPV oncogènes
- Etude génotypique des résistances aux
antiviraux (HIV)
- Découverte de nouveaux virus
- Métagénomique

NGS
 Principe du séquençage Sanger

 Apport de la biologie moléculaire en Virologie :

 La PCR a révolutionné le diagnostic virologique:

- Rapide / détection directe à partir des prélèvements B. Techniques du diagnostic
- Sensibles / Prélèvements pauci -viraux virologique indirect :
- Spécifiques / gène virale recherché
- Détection des virus non ou difficilement cultivables  Diagnostic indirect :
- Automatisation et disponibilité des trousses de diagnostic in - Mise en évidence des Ac synthétisés en
vitro réaction à une infection virale.
 Limites: - Ac : marqueurs indirects de l'infection
- Cout; complexité variable virale:
- Absence de preuve du caractère infectieux du virus * IgM : marqueurs d’une infection aiguë
ou récente
* IgG : marqueurs d'une infection passée
 Principales applications de la biologie moléculaire en ou ancienne (état immunitaire)
virologie :

 Diagnostic précoce avant séroconversion : ex VIH, VHC , VHB

* Primo -infection clinique
*Sécurité transfusionnelle ( Diagnostic génomique viral)
 Virologie moléculaire « multiplexe »
* virus respiratoires
* virus neurotropes
 Suivi thérapeutique:
* Quantification de la charge virale :
* Risque de transmission : VIH, VHC, VHB ...
* Prédiction de l’efficacité thérapeutique VHC,VIH

Cinétique des Ac après une infection virale

 Intérêt du diagnostic indirect:
- Rechercher la preuve d’un état d’immunité ou de contact
ancien avec un virus Substrat :
- Affirmer le diagnostic définitif de certaines infections. fluorogénique  fluorimètre
 Prélèvements: essentiellement du sérum +++ chromogéniquespectrophotomètre
chimioluminescent  luminomètre

 Principe:
Réaction Ag-Ac : formation d’un Complexe ✓ Principe ELISA indirecte (Enzym
Immun; spécificité Ag-Ac • Utilise un Ag de Linked ImmunoSorbent Assay);
référence : Recherche des Ig G
- virus entier purifié
- Protéine virale extraite ou recombinante
- Oligopeptide synthétique
Visualisation du CI :
- Techniques directes ou indirectes+++
- Différents artifices techniques pour la révélation

 Plusieurs techniques qualifiées de sérologie virale, diverses

dans leur principes et leurs performances:
- Dominées actuellement par les techniques
immunoenzymatiques type ELISA et apparentées :
* Rapides, sensibles, spécifiques et automatisables
* Résultats qualitatifs et quantitatifs
* Distinguent les Ig M et les Ig G
- Autres techniques:
* Tests rapides immunochromatographique; TDR +++
* IFI, Séroneutralisation, fixation du complément, inhibition
de l’hemagglutination …
 Actuellement d’utilisation limitées à certains virus
dont les techniques ELISA n’ont pas été développées.

Différentes techniques de sérologie virale :

Le système de révélation du CI définit la technique :

▪ Fluorochrome : technique d’immunofluorescence indirecte
(IFI)
▪ Enzyme : technique immuno -enzymatique :
* EIA = enzyme immuno -assay
* ELISA = enzyme linked immunosorbent assay :
 Plusieurs variantes: ELISA indirecte, sandwisch,
compétition…
▪ Fournisseur de photon : t. immunoluminescente
 CLIA = chemoluminescent immuno -assay
 dépistage combiné : Ac + Ag Ex ELISA HIV 4ème génération

 avidité des Ig G :  principe du western blot :

 Affinité fonctionnelle des Ig G Fractionnement préalable des

 Maturation postinfectieuse de la réponse immunitaire protéines virales à partir d’un lysat de
humorale : cellules infectées (électrophorèse
- Augmentation de l’affinité IgG / Ag correspondant dénaturante sur gel de polyacrylamide)
- Distinguer primo-infection / infection ancienne ➔ transfert sur un support ➔ ELISA
- Exemple : Rubéole et grossesse sur bandelette .
Interprétation du WB HIV:
Limites du diagnostic indirect :
 Faux négatif:
- Immunodépression
- Infection débutante avant la mise en
place de la réponse immunitaire
 Faux positifs:
- Réactions croisées entre virus de la
même famille
- Stimulation polyclonale non spécifiques
des Ig M
- Nourrisson; Ig G maternels transmis
passivement
 Intérêt des Ig M
IV. Conclusion :
 Le diagnostic virologique est orienté par
les données clinic-biologiques: Permet de
définir les prélèvements et les examens
les plus adaptés
 La conformité de la phase pré-
analytique: Prélèvement, transport et
conservation des prélèvements.
Est indispensable pour l’analyse et
Interêt et utilisation des techniques sérologiques: l’interprétation des résultats
 L’ interprétation du diagnostic virologique
repose sur la confrontation entre les
 Diagnostic d’une infection en cours: données cliniques et biologiques
 Collaboration étroite entre cliniciens et
- Séroconversion:
* Présence Ig M spécifiques virologues.
* Augmentation ou apparition des Ig G spécifiques à 15 jours  Le diagnostic virologique comporte deux
d’intervalle volets:
- Diagnostic étiologique d'une infection aiguë ou chronique - Diagnostic direct: détection du virus et ou
• Infection congénitale • Enquêtes de prévalence … un de ses composants
 Intérêt croissant de la PCR (détection,
 Détermination d'un état d'immunité (naturel ou postvaccinal): quantification)
- Recherche d’un état de protection; taux Ac HBs - Diagnostic indirect: détection de la
- Bilan prégreffe du receveur réponse immunitaire humorale; Ig G et IgM
 Dépistage d'une infection occulte: - Approches complémentaires
• Mais indications différentes
- Qualification des donneurs de sang, organes et tissus
- Sujets sources AES - NB: Les techniques du diagnostic direct
et indirect doivent toujours être validées
- Bilan de grossesse
techniquement avec des contrôles positifs
et négatifs ainsi que des contrôles interne
pour la PCR.
Synthèse :
 II. BACTERIOLOGIE SPECIALE : (Pr Mostafa Elouennass)
1. les mycobactéries :
Introduction
I. COMPLEXE MYCOBACTERIUM
 Les bactéries du genre Mycobacterium sont des
TUBERCULOSIS
bacilles « acido-alcoolo-résistants »
 Particulières par : structure et mode évolutif des Historique
infections
 Au début du XIXe siècle, LAENNEC individualise la
 Le genre comprend:
tuberculose.
– Des espèces saprophytes ou commensales:
 1882 : Robert KOCH découvre et cultive le bacille
Mycobactéries atypiques responsable
– Des espèces pathogènes responsables  1908 à 1920: CALMETTE et GUERIN préparent le
essentiellement de maladies respiratoires qui ont B.C.G.
traversé l’histoire:
 1944: WAKSMAN découvre la streptomycine
* Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose
 1952: l'isoniazide , 1967 : la rifampicine.
* Mycobacterium leprae, agent de la lèpre
Taxonomie
Introduction
 Ordre des Actinomycétales
 Tuberculose=maladies infectieuses causées par le
 Famille des Mycobacteriaceae
complexe [Link]
 Genre unique: Mycobacterium
 OMS: 1993, tuberculose problème de santé mondial
 La définition du genre Mycobacterium repose sur:
urgent
* L’acido-alcoolo-résistance des bacilles
 La tuberculose touche tous les pays et toutes les
* L’analyse des constituants pariétaux: acides tranches d’âge, mais c’est une maladie qui peut être
mycoliques prévenue et guérie
* La détermination du contenu en GC% de l’ADN  Estimation mondiale 2019 :
génomique:
– 10 millions de personnes ont contracté la
61 à 71% sauf [Link] (54 à 57%) tuberculose
 Espèces: – 1,4 million de décès (dont 208 000 présentaient
également une infection à VIH)
➢ Complexe Mycobacterium tuberculosis (bacille de – Première cause de décès du à un agent
Koch /BK): infectieux unique
- Pays en voie de développement : 95% des cas
Mycobacterium tuberculosis tuberculosis Espèce
prédominante +++++
 La tuberculose multi-résistante : Menace pour la
 Mycobacterium tuberculosis bovis ou caprae sécurité sanitaire
 Mycobacterium tuberculosis africanum – En 2019, 206 030 cas ont été détectés et notifiés
 Mycobacterium bovis BCG (souche de Calmette et dans le monde, soit une augmentation de 10 % / 2018
de Guérin)  Coût économique considérable
 [Link]  Au Maroc:
– Ancêtre du groupe [Link] – 30.000 cas /an, stable
– Prédomine en Afrique de l’Est, rares cas humains – Incidence 87 / 100 000 habitants
 [Link]: tuberculose des rongeurs, Rares cas – Taux de mortalité: 9,3 pour 100.000 habitants
humains
– Co-infection VIH: 8%
 [Link]
 Diagnostic biologique: grandes avancées
– Réservoir naturel: pinnipèdes (otaries, phoques)
- Techniques dites rapides
– Pathogène humain? - Biologie moléculaire
➢ Mycobacterium leprae

➢ Mycobactéries atypiques: Mycobactéries non

tuberculeuses, plus de 100 espèces
 1. Caractères bactériologiques des mycobactéries :
 Mal coloré par le Gram (Gram positif)  [Link]

physiques et chimiques
 Coloré par la méthode de Ziehl-Neelsen: - Résiste au froid et à la dessiccation

Résistance aux agents

Morphologie

– Acido-Alcoolo-Résistance: BAAR - Résiste aux acides dilués, antiseptiques

 Fuchsine, phéniquée à chaud, et détergents.
 Décoloration par acide-alcool, - Peut survivre longtemps dans produits
 Recoloration par le bleu de méthylène contaminés: expectorations
– Bacilles (1-10μm/ 0,2-0,6μmm) fin, incurvé, - Très sensible à la chaleur, aux UV et
extrémités arrondies, isolé ou groupé en amas, rayons X
cordes et torsades - Détruit par l'alcool à 70 °C en 5 minutes,
 Immobiles, non sporulés, non capsulés - Lyophilisation: moyen de conservation.
 Lipides:
– [Link] : lipides 20 à 45 % de
l'ensemble de la bactérie
Constitution chimique et

– Paroi riche (60 %) en acides mycoliques

(acide gras ramifiés)
antigénique :

 Peu perméable aux substances

hydrophiles, acido-alcoolo-résistance
 Constituants protéiniques : support de
l’activité tuberculinique.
 Polysaccharides: antigéniques rôle dans
formation AC circulants qui n'ont pas de
rôle protecteur, médiocres outils
diagnostiques
 Tuberculose: immunité est à médiation
cellulaire

Schéma : Constitution chimique

 Aérobie stricte: localisation pulmonaire+++ Figure 1Constitution chimique
 Deux types de réaction à support cellulaire
 Ne pousse pas sur milieux usuels, nécessite milieux qui ont pour base expérimentale le
enrichis phénomène de KOH:
 Milieu à l'œuf coagulé (LOEWENSTEIN-JENSEN): – Etat de sensibilisation vis-à-vis des
– M tuberculosis protéines du BK ou allergie tuberculeuse:
Caractères culturaux

 Culture lente: temps de division de hypersensibilité retardée

[Link] = 20 heures  Mise en évidence même les extraits
Immunité

 Colonies apparaissent en 21 jours en moyenne bacillaires ( tuberculine)

 Colonie caractéristiques: teinte crème-beige,  Apparition signifie que le sujet a fait sa
sèches, surface rugueuse,verruqueuses en chou- primo-infection
fleur, – Etat de forte résistance à l’égard du bacille:
– M bovis  Imparfaite
 Culture plus lente  Macrophages activés par les cellules T-
 Colonie lisses, petites ( dysgoniques) et non lymphocytes
pigmentées  Les bacilles vivants et virulents
– M africanum immunisent mieux
 Culture plus lente 4-8 semaines  Rôle de la souche vaccinale: bacille de
 Colonies petites plates de teinte mate Calmette et Guérin (BCG)
 [Link]
- Catalase positive, nitrate positif.
- Au cours de sa croissance il synthétise de l'acide  Aucun plasmide n'a été mis en évidence
Caractères biochimiques

nicotinique ou niacine spécifique de [Link]. chez [Link]

 La résistance aux antituberculeux par
sélection de mutants résistants
Génétique

 Support génétique de la résistance: identifié

pour la plupart des antituberculeux
 Des séquences d'ADN spécifiques et
répétées en plusieurs endroits du
chromosome (IS6110...) : outil de l'étude
épidémiologique de la tuberculose
 2. Caractères épidémiologiques :
➢ Réservoir , transmission  Si multiplication bacillaire limitée, apparition en
 M. tuberculosis ou bacille de Koch (BK): 3- 6 semaines :
– Réservoir: – Petit tubercule : cellule géantes avec une
 Pathogène spécifique stricte de l’homme
couronne de lymphocytes et centrés par une zone
de nécrose (caséum)
 Animaux familiers de l'homme peuvent
occasionnellement être contaminés: chien , chat , – Les bacilles meurent progressivement : primo
infection latente avec :
singe...Homme
– Transmission L'hypersensibilité tuberculinique et l'immunité de
surinfection.
 Interhumaine directe par voie aérienne: lésions
pulmonaire cavitaires riches en bacille Le sujet n'est pas malade, il est simplement infecté
 Contamination par mains, aliments ou objets
 Si la multiplication est importante:
souillés: exceptionnelle
– Envahissement des ganglions voir essaimage par
 Contamination digestive: possible
voie lymphatique et sanguine: lésions nécrotiques :
primo infection patente avec deux éventualités:
 M. africanum: Variant de [Link] en Afrique noire
 Favorable le plus souvent: encapsulation et auto
(20-80% de tuberculose dans ces pays)
stérilisation spontanée
– Réservoir: homme
 Défavorable 10 % : ramollissement du caséum,
– Contamination interhumaine par voie aérienne
caverne et pullulation: Tuberculose maladie
 Mycobacterium bovis
 La maladie tuberculeuse :
– Réservoir animal (zoonose)
– Multiplication des bacilles de la primo-infection
– Tuberculose pulmonaire des bovins, mammite
soit immédiatement ou après un temps de latence,
tuberculeuse avec contamination du lait
– Contamination humaine (réinfection endogène)
– Rarement par de nouveaux bacilles
 Ingestion de lait cru contaminé (non pasteurisé)
inhalés(réinfection exogène).
 Voie aérienne au contact des animaux: Rare
 Deux types de localisation peuvent s'observer.
– Pulmonaires : 90 % des cas environ et les plus
➢ Facteurs de risque
dangereuses
 Immunité naturelle: Absente
– Extra-pulmonaires pauvres en bacilles mais
 Immunité acquise par vaccination: relative pour MTb
invalidantes (ostéo-arthrite) ou gravissimes
 Sujets à risque:
(méningite).
– Immunodéprimé : contamination, réactivation de
 Chez le VIH+, l'infection par le BK:
bacilles quiescents
Mène très fréquemment à la tuberculose, souvent
– Enfants non vaccinés par le BCG, Personnes âgées
généralisée et dans 50 % localisations multiples,
– Dénutris et bas niveau socio-économique
pulmonaires et extrapulmonaires
– Antécédent de tuberculose, Contact avec patient
4. clinique :
tuberculeux
– Socio-économiques: promiscuité, manque d’hygiène,
➢ Circonstances de diagnostic
confinement  Primo-infection
– Profession: Personnel de santé, éleveurs, Vétérinaires – Notion de contage: +++
– Habitudes alimentaires: produits laitiers non – Symptomatique ou Asymptomatique
pasteurisés – Radio pulmonaire
3. Physiopathologie de l’infection: – IDR à la tuberculine ( virage )
– Quantiféron-Gold test
 [Link] est émis dans les gouttelettes de
 Infection tuberculeuse latente ( sans expression
PFLÜGGE,
clinique)
- Inhalé et atteint l'alvéole pulmonaire
– Antécédent de PIT ou de TB-maladie non
- Bacilles sont phagocytés par les macrophages et se
traitée par anti-TB bactéricides
multiplient en leur sein
– Rx pulmonaire (normale, ganglion calcifié,
 La maladie résulte de la multiplication du bacille et Ses
image séquellaire des sommets )
interactions avec l'hôte infecté (immunité à médiation
– IDR à la tuberculine
cellulaire, activation lymphocytes T et macrophages)
– Quantiféron-Gold test ( validé chez l ’adulte )
 Substratum anatomique : granulome et surtout
caséification
 [Link] ne produit pas de toxine
 Tuberculose maladie
– Pneumonie tuberculeuse: 75% des cas  Démarche du DD : phase pré-analytique :
 Asthénie, anorexie , altération de l’état général ➢ Prélèvements :
 Toux et crachat purulent parfois hemoptoîques
 Rx poumon lésions très évocatrices
– Localisations extra-pulmonaires; 25% des cas
✓ Quels prélèvements réaliser?
– Ganglions, os, foie, rein, cerveau,  Respiratoires:
 Tuberculose disséminée (miliaire): immunodéprimé – Expectorations++: matin à jeun, rinçage de la
bouche avec du SS et expectoration des
secrétions pulmonaires dans un flacon stérile à
large ouverture
– Tubage gastrique (Patient à jeun, en décubitus)
– Aspiration bronchique, lavage broncho-
alvéolaire
 Autres prélèvements:
– Urines , Liquides de ponction (LCR)
– Biopsies: ganglions, os....
– Suppuration
– Hémocultures: peu d’indications
 Les crachats doivent être répétés si possible 3
jours de suite+++

X Prélèvements à éviter ou à limiter

 Selles (sauf chez le patient HIV positif)
Eléments d’orientations  Prélèvement sur écouvillon
– Diagnostic de lèpre (Bacilles de Hansen)
 Tuberculose et infection à V.I.H :
– Frottis de fosses nasales
 Tuberculose de réactivation: Précoce
 Pus recueilli sur seringue (sécurité ++)
 Tuberculose transmise
– Transmission nosocomiale
– Transmission communautaire dans les régions
hyperendémiques
 Possibilité de plusieurs épisodes de tuberculose à
bacilles différents

5. Diagnostic bactériologique :
a) Diagnostic direct : (DD)
Le diagnostic de certitude repose sur:
La mise en évidence de [Link] dans les
prélèvements pathologiques

Règles de sécurité :
 Respect scrupuleux des procédures de
prélèvements,d’analyse et d’interprétation
 Laboratoire de niveau de sécurité 2 -3:
– Poste de sécurité microbiologique protégeant Prélèvements

opérateur et échantillon ➢ Transport

– Organisation du laboratoire  Dans les flacons stériles
 Précautions et mesures de protection : – À fermeture étanche
– Gants, lunettes – Correctement étiquetés
 Accompagnés des renseignements administratifs et
– Masques FFP2
cliniques
– Blouses et surblouses
 Acheminés le plus rapidement au laboratoire
 Si traitement différé, mettre à +4°C (sauf
Sang et Moelle osseuse => 37°C ou 22°C)
  Démarche du DD : phase analytique :
PAR  ED: Ziehl-Neelsen, Auramine : PAR  Biologie moléculaire: Détection (Hybridation,
Examen microscopique Amplification) :
 Techniques :
– Fuchsine phéniquée – Coloration fluorescente Recherche directe de M. tuberculosis à partir
* Ziehl-Neelsen * Pas d’immersion des prélèvements par amplification génique
Mise en évidence des Mycobactéries ou de leurs constituants

* Microscope à immersion * Objectif 25 ou 40x  Diagnostic avant les résultats de la culture

* Lecture:10/15 minutes * <5 minutes de lecture  Plus sensible que l’examen microscopique
 Mise en culture des prélèvements positifs
Performances de l ’EM par analyse moléculaire
- Technique rapide  Elimination des prélèvements négatifs
- Pronostic: gravité de la pathologie si ++++
- Prouve la contagiosité : isolement du patient Performances des tests d’amplification :
- Thérapeutique: démarrer traitement
- Peu sensible  Nombreux tests détectent seule MTBC à partir du
* EM +: ≥ 104 bacilles/ml produit pathologique ou la culture
* EM- : 50% des tuberculoses pulmonaires et plus pour la  Différentes techniques: PCR, LCR, TMA, SDA, puces
autres  Echantillons respiratoires
- Peu spécifique – Sensibilité variable: Prélèvements M+: 95%, M-: 72%
* Visualisation de BAAR – Spécificité > 95%
* Diagnostic de genre mycobactérien  Echantillons extra-respiratoires
* Diagnostic de forte présomption de tuberculose – Sensibilité moins de 50%
– Spécificité 98%

Indications de l’amplification génique

pour le diagnostic de la tuberculose

 Prélèvements pulmonaires: indication dans les formes

à examen microscopique positif
Coloration de Ziehl-Neelsen Coloration à l’auramine
– Identification de l’espèce: Tuberculose pulmonaire
OMS: tableau d’interprétation de l’EM,
sans centrif. X1000 oil active ou mycobactériose
 Pas d’indication pour:
– Tuberculoses extrapulmonaires à examen direct
négatif notamment les tuberculoses méningées...
 Si réalisée: Interprétation prudente
– Les primo-infections ou tuberculoses latentes
_ les séquelles de tuberculose
 Elle permet:  Techniques rapides / automatiques : Milieux de
– Le diagnostic de certitude de la tuberculose. culture liquides
– L 'identification et l'antibiogramme.
 Traitement de l’échantillon  Automatisés
Isolement en culture

– Produits pathologiques contenant une flore associée: – BACTEC MGIT960TM

Décontaminés et concentrés avant d'être ensemencés – MB/Bact Alert 3D®
– Décontamination :  Détection par fluorescence
Antiseptiques (soude ou acide) auxquels – Consommation d’O2 ou
le bacille de la tuberculose est moins – Production de CO2
sensible que les autres germes.  Permet
 Milieux de culture classiques : solides – Culture des prélèvements
non automatisés enrichis – Détermination de la sensibilité aux
 À l’œuf Löwenstein Jensen antibiotiques
 Au pyruvate de sodium Coletsos  Temps de détection
 Temps de détection : Moyenne 22 – Moyenne 12 jours (4 à 37 jours) si ED+ : < 7 j
jours (13 à 45 jours) avec ED+ ou ED-

– Classique (biochimique) Typage moléculaire

– Biologie moléculaire: Hybridation, Amplification  Séquençage ou autres techniques
  Différencier les réinfections des récidives
 Phénotypique
 Identifier les cas de transmission
– Délai de croissance
Identification

– Aspect des colonies

nosocomiale de tuberculose: Enquête
– Test de chromogénicité autour d’un cas
– Tests biochimiques classiques : lente et fastidieuse  Surveillance des contaminations
 Catalase, Réaction des nitrates, Production de niacine – Par l’intermédiaire des fibroscopes
 Moléculaire avec ou sans amplification préalable – Au laboratoire
– Sondes nucléiques spécifiques du groupe tuberculeux( ADN
ribosomal 16S)+++
– Amplification et séquençage d’un gène (ADNr16S,gyrB,hsp65,
etc...)
 Techniques en culture Amplification du phénomène
 Classique: Proportions  Prescription inappropriée: « monothérapie »,
 Rapide: MGIT erreur diagnostic
 Antibiogramme: technique des proportions  Mauvaise adhésion thérapeutique
– Milieu solide: lent  Malabsorptions, interactions médicamenteuses
– Milieu liquide: rapide  Médicaments génériques inactifs?
Technique moléculaire :  Diffusion de souches MTBDR du cas « index »
Biologie moléculaire: recherche de gènes et de mutations de vers d’autres personnes aggrave le problème
Résistance à :
 La RIF: Amplification du gène rpoB Type de résistance
– Liée à des mutations dans le gène rpoB > 90 % de résistance  Résistance dans les nouveaux cas ou résistance
– Marqueur de multirésistance primaire ou initiale
– Monorésistance exceptionnelle  Resistance dans les cas de TB traités
 Aux autres antibacillaires antérieurement ou résistance acquise ou
– Biologie moléculaire sur culture ou sur prélèvement résistance secondaire. Elle se réfère à des cas dont le
traitement a duré pendant au moins 1 mois
Résistance acquise du bacille de la tuberculose
 Proportion de mutants résistants pour les souches dites « Quand faut il penser au TBMDR?
sauvages »:  Penser à l’Infection tuberculeuse
– Isoniazide (INH): 1/105 – Epidémiologique: contage ? +++
Étude de la sensibilité aux ATB

– Rifampicine (RIF): 1/108 – Clinique : Symptomatique ou Asymptomatique, IDR à la

 Caverne tuberculeuse: 108 bacilles tuberculine
– 100 à 1000 bacilles résistants à l’isoniazide – Radio pulmonaire
– 1 bacille résistant à la rifampicine – Biologique : Quantiféron-Gold test ( validé chez
 Proportion de double mutant INH+RIF l’adulte ), ....
– 1/105 x 1/108 = 1/1013 très peu probable  Suspicion de MTBDR:
 Accumulation séquentielle de mutations : MDR/XDR – Origine : zone à haut risque de TB et MTBDR
 Éléments génétiques mobiles: pas chez MTB – Contamination: Nosocomiale , Laboratoire, Entourage
 Multirésistance MR de patient MDRTB
– RIF+INH au moins les 2 anti BK les plus efficaces – Echec de traitement de première ligne, Rechute
– +/- STR, PZA, EMB antibacillaire de seconde ligne – Interruption de traitement , Cas chronique
 Ultrarésistance UR – Culture positive sous traitement après plus de 4 mois
– Tub MR (RIF+INH)+ 1 fluoroquinolone et  Terrain HIV positif facteur amplifiant les
Kanamycine ou amikacine ou capréomycine possibilités de mutation
– Augmentation d’incidence du TB
– Passage plus fréquent à la tuberculose maladie
– Diminution de l’adhérence : Nombre de pilules,
toxicité, séparation des lieux des soins
– Diminution de la concentration des antibacillaires:
vomissement, malabsorption

recap : Détection moléculaire de la résistance aux

antibacillaires
 Test actuels : détection du MTC et des résistances
 Recherche la résistance aux anti bacillaires de
la première ligne: Résistance à la RIF et à l’INH
 Recherche la résistance aux anti bacillaires de
deuxième ligne: Fluoroquinlones, aminosides,....
 Biologie moléculaire sur le prélèvement
– Réponse en 2H à 48h selon les techniques

Xpert MTB/RIF
Diagnostic de la tuberculose

 Principe du test Xpert MTB/RIF

– PCR temps réel  Très bonne spécificité
– Test unitaire, sécurisé, automatisé, facile à utiliser,  Sensibilité variable
rapide – Echantillons pulmonaires : différence de
– Détection des mycobactéries du complexe sensibilité en fonction du résultat de l’examen
tuberculosis +
direct
– Détection de la résistance à la Rifampicine (gène
rpoB), synonyme de Multirésistance – Echantillons extrapulmonaires : sensibilité
 Subvention par FIND/ OMS pour secteur non lucratif variable en fonction localisation
– 50 % de l’équipement
– 75 % du prix réactif
 b) Diagnostic indirect :
 Intérêt
– Diagnostic de tuberculose latente
– Diagnostic de tuberculose extra-pulmonaire
– Enquête au tour d’un cas de tuberculose
 Principe commun
– Cellules T-mémoire
– Cytokines inflammatoires: Interféron gamma (IFN-γ)
 Tests
Diagnostic immunologique

– Test in vivo: IDR1

– Test in-vitro : quantiFERON-TB
⬧ Stimulation des lymphocytes
⬧ sanguins dans un tube
⬧ Mesure de l’IFN-γ

Test in-vitro
 Réalisé sur sang total Indications des tests sanguins ( =detection de l’IFN-γ)
 Dosage de la sécrétion d’interferon-gamma par les  Recommandations 2006 HAS (Haute Autorité de Santé)
lymphocytes stimulés en présence d’Ag spécifiques de Possible d’utiliser ces tests de detection en 4 cas :
[Link] cibles majeures de la réponse immune – Enquête autour d’un cas
 Technique – Embauche des professionnels exposés (= IDR)
– ELISA: QuantiFERON-TB Gold (Cellestis) – Avant traitement par anti-TNF
– ELISpot: [Link] test (Oxford Immunotech) –Diagnostic des tuberculoses extrapulmonaires
 Sensibilité bonne, spécificité améliorée/BCG
 Réactions croisées avec certaines mycobactéries non NB : Il n'y a pas actuellement de sérodiagnostic
tuberculeuses+++ fiable de la tuberculose

6. Traitement de la tuberculose :
 Etat des lieux:  Vaccination: BCG (Souche atténuée de [Link])
– Traitement standard long et complexe – 80% protection contre les formes disséminées
– Médicaments utilisés depuis plus de 40 ans – 50% protection contre les formes pulmonaires
– Durée totale au minimum de 6 mois – Programme élargie de vaccination
– Depuis 40 ans, rien n’a été entrepris... – Pas d ’intérêt chez l’adulte
 Mycobacterium bovis incluant le B.C.G  Amélioration du niveau socioéconomique
– Résistance naturelle au pyrazinamide
 Traitement obéit à un programme de santé publique: Conclusion :
CDST
 Tuberculose: problème de santé publique au
 TRAITEMENT STANDARD DE LA TUBERCULOSE :
Maroc et dans les pays sous développés
- Rifampicine *
 Progrès diagnostiques très précieux
- Isoniazide
 Deux urgences absolues
- Pyrazinamide * 2 mois
– Identifier rapidement les sujets bacillifères
- Ethambutol
* Pour interrompre la chaîne de transmission
* Pour prévenir la communauté soignante
- Rifampicine *
– Dépister rapidement les bacilles résistants
4 mois
* Pour adapter au plus vite le traitement
- isoniazide
* Pourvu qu’on trouve vite de nouvelles
molécules...
* actifs sur BK intracellulaires « dormants »

7. Prévention
 Maladie à déclaration obligatoire +++
 Dépistage et traitement précoce des malades
– Stratégie DOSTS
– Isolement des formes contagieuses
 Isolement des malades bacillifères
 Enquête autour du cas

1
Intradermoréaction à la tuberculine : inoculation de la tuberculine par voie intradermique ( face antérieure de l’avant bras)
La positivité de l’IDR témoigne d’un contact avec le bacille tuberculeux ou une vaccination par le BCG
 II. Mycobactéries atypiques
Mycobactéries non tuberculeuses Diagnostic bactériologique
 Nombreux groupes émergents:  Diagnostic direct :
– Meilleure connaissance: apport de la biologie – Prélèvement: fonction du site
moléculaire – Examen direct: Ziehl Neelsen (BAAR)
– Terrains immunodéprimés(sida, transplantés) – Culture en milieu Loewenstein Jensen ou
 Infections nosocomiales Coletsos, croissance variable en milieu liquide+++
 Infections chroniques +++ – Cas particuliers:
 Presque la même structure que [Link] conférant * [Link]: hémine (sang)+++
le caractère AAR * [Link]: croissance à 25-30°C, sur milieu
Taxonomie enrichi, en < 7 jours.
 >100 espèces reconnues actuellement (hybridation - Identification:
ADN/ADN) * Critères biochimiques: long et complexe
 Classer en fonction des critères de Runyon: * Sondes ADN: [Link]-intra-cellulare
- Croissance lente ou rapide * Amplification et séquençage de l’ADNr 16S
- Colonies non pigmentées ou pigmentées - Antibiogramme mal standardisé et souvent
peu prédictif de l’efficacité clinique
 Croissante lente non chromogène - Détection moléculaire s à partir des
– [Link], [Link] prélèvements+++
 Croissance lente, photochromogène
– [Link],[Link] Traitement et prévention
 Croissance lente scotochromogène  Nombreuses résistances naturelles aux
– [Link],[Link] antibiotiques+++
 Croissance rapide non chromogène :  Le BCG ne protège pas des mycobactéries
_ [Link] , [Link] non tuberculeuses
Epidémiologie  Importance de la désinfection du matériel
 Ubiquistes de l’environnement ( réservoir hydrique, eau médical et chirurgical
du robinet....)  Hygiène lors de procédures à risque
– Certaines sont parasites des animaux ([Link], (tatouages, piercing, acupunctures,...)
[Link]...),
– D‘autres sont saprophytes ([Link], [Link], III. Mycobacterium leprae
[Link]...).  Une seule espèce: Mycobacterium leprae
– Elles sont habituellement isolées en tant que  Maladie chronique connue depuis 600 ans avant
contaminant JC (inde)
 Grande résistance aux antiseptiques ex: chlore,  216 108 cas de lèpre ont été enregistrés à
stérilisation à froid du matériel médical thermosensible l’échelle mondiale
 Peuvent contaminer certaines solutions antiseptiques,  Au Maroc : un total de 801 cas ont été notifiés
les liquides de dialyse, certains réactif de laboratoire+++ entre 2000 et 2017
 L’homme peut être colonisé au niveau des Epidémiologie
muqueuses++++  Réservoir: humain+++
Pouvoir pathogène  Transmission interhumaine: difficile, par les
 Toutes sont susceptibles de se multiplier chez l'homme secrétions nasales, oro- pharyngés, ulcères
et de provoquer des maladies simulant la tuberculose que cutanés
l'on appelle mycobactérioses  Maladie exotique: Afrique noire, Antilles,
 Infections communautaires ou de plus en plus souvent Amérique centrale, latine, inde , extrême orient.
nosocomiales Clinique
 Formes pulmonaires  Incubation longue : 2-10 ans
– Chroniques sur terrain à risque: pneumoconiose,  Evolution lente progressive
emphysème, dilatation des bronches, BPCO ([Link],  Tropisme cutané et muqueux (zones froides)
[Link])  4 formes cliniques en fonction de la réponse
 Formes extra pulmonaires immunitaire:
_ Adénites chez l’enfant +++ ( [Link], [Link]) – Lèpre indéterminé: débutante
– Infections cutanées et sous cutanées: [Link] et – Lèpre tuberculoide (T): bactéries+, lésions
piercing, [Link] et Sida nerveuses+++
– Infections osseuses et articulaires post traumatiques ou – Lèpre lépromateuse (L): bactéries++++, lésions
post chiruricales. Ex : [Link] nerveuses+
 Formes générales disséminées chez immunodéprimé – Lèpre intermédiaire (I) ou borderline
– [Link],[Link]
 Diagnostic bactériologique
 Diagnostic direct : le diagnostic de la lèpre est clinique et Traitement et prévention
le rôle du laboratoire est de mettre en évidence le bacille à  Pas d’antibiogramme
l'examen microscopique  Antibiotiques actifs : PCT (polychimiothérapie)
* Prélèvement: frottis rifampicine, dapsone, clofazimine
– Muqueuse nasale  Résistance acquise possibles
– Suc dermique(lobule de l’oreille)  Intérêt de la PCR , séquençage
– Biopsie cutanée ou rarement nerveuses  Absence de vaccination
* Examen direct après coloration de ZN
– Mise en évidence des bacilles sur frottis après coloration
de Ziehl: BARR groupé en amas sous forme de globies
* [Link] est non cultivable
* Isolement chez l’animal: coussinet plantaire
* Amplification génique: Technique de PCR: gène codant
pour l’ARNr16S
 Diagnostic non spécifique:
– Test à la lépromine: IDR à la lépromine ( test de
Mitsuda), permet de définir la forme de la maladie:
⬧ Positif dans la forme T,
⬧ Négatif dans la forme L
 Il n'y a pas de sérodiagnostic fiable de la lèpre

2. Les spirochètes :
 Famille de bactéries comprenant trois genres d’intérêt
A. Treponema :
médical : Borrelia, Leptospira, Treponema
 Elles comprennent diverses espèces saprophytes et
d'autres pathogènes Taxonomie
 L'épidémiologie de ces infections est variable  Ordre des Spirochaetales, famille des
 Diagnostic biologique de difficultés variables Spirochaetaceae
 Habitat très variable  Treponema pallidum : espèce pathogène par
– Multiplicité des réservoirs excellence, qui se divise en 3 sous-espèces:
– Multiplicité des vecteurs possibles, l'homme pouvant – T. pallidum ssp. pallidum agent de la syphilis
être, le plus souvent, un hôte accidentel. vénérienne
 Morphologie caractéristique: – T. pallidum ssp. endemicum agent du bejel
– Flexibles à paroi mince, – T. pallidum ssp. pertenue agent du pian
– Forme hélicoïdale ou spiralée,  T. carateum agent de la pinta ou caraté
– Se déplacent par ondulations,  Les espèces et sous-espèces causant le pian, la
– Mise en évidence selon trois procédures : pinta, et le bejel
* Examen à fonds noir – Morphologiquement et sérologiquement
* Coloration par imprégnation argentique indistinguables du T. pallidum pallidum
* Coloration cytologique , May-Grunewald-Giemsa – Contamination seulement par contact direct à
 La culture est soit impossible (Treponema), soit difficile partir des lésions récentes
et longue (Leptospira, Borrelia).
 Diagnostic souvent sérologique (agglutination, ELISA, IFI,
Western blot....) : recherche des anticorps de type IgM
et/ou IgG.
 La PCR est devenue possible dans quelques cas
 Les traitements efficaces sont à base de: pénicilline G,
amoxicilline, ceftriaxone, tétracyclines ou encore
macrolides

culture de treponema pallidum

 Introduction
 Antigène polyosidique d'enveloppe spécifique de
 La syphilis vénérienne : [Link] (IF)
– Maladie infectieuse strictement humaine sexuellement  Antigènes du corps tréponémiques spécifique de
transmissible, due à un spirochète Treponema pallidum [Link] (Test Nelson) : nature mal connue
subspecies pallidum
– L'incidence a chuté depuis l'introduction de la II. Chaîne épidémiologique
pénicilline et des moyens de surveillance
– La syphilis reste d'actualité, évoluant par vagues de  Réservoir: strictement humain
recrudescence, problème de santé publique  Transmission:
– Gravité : – Sexuelle +++
* Lésions cardiovasculaires et neurologiques – Maternofoetale : vers 4ème mois
* Co-infection VIH, Grossesse – Transplantation, sanguine (exceptionnelle)
– Maladie évoluant en quatre phases  Réceptivité
– Diagnostic est sérologique – Totale , Immunité acquise ne protège pas
 Facteurs favorisants : recrudescence
1. Caractères bactériologiques – Migrations, tourisme exotique, homosexualité,...
– Rapports non protégés
Morphologie :  Aspects épidémiologiques :
– Bacille très fin spiralé, spires régulières serrées de – Endémiques, Groupes à risques
6-12, de 6-15/0.1-0.2 μm, extrémités effilés
– Prenant mal le Gram d'où le nom de T. pallidum III. Physiopathologie :
( MGG, Fontana-Tribondeau)
– Observables au microscope à fond noir  Pénétration muqueuse ou effraction cutanée
– Mobilité: en pas de vis, pendulaire  Multiplication locale et diffusion sanguine et
Culture : lymphatique
– Non cultivable in vitro  Tissus cibles: ganglions, peau, muqueuses,
– Survie quelques heures dans le milieu de Nelson foie, rate......
Resistance aux agents physiques et chimiques :  Multiplication responsable des différentes
Fragile, sensible aux: antiseptiques, chaleur (42°C), froid, phases cliniques
dessiccation  Réponse immunitaire responsable de la
disparition des symptômes

IV. Clinique :
A. Syphilis vénérienne :
évolue en quatre phases successives : grande
simulatrice
1. Syphilis primaire (4-6 semaines) :
– Incubation : 3 semaines
* Dépend de la taille de l’inoculum et immunité
* Silencieuse
– Chancre d’inoculation
* Exulcération unique, indolore à base induré
* Localisation : génitale, anale, buccale...
* Très contagieux
– Adénopathie satellite : Unilatérale, multiple,
indolore, dure
– Évolution : guérison spontanée sans séquelles
en 4 à 6 semaines
Coupe transversale du corps tréponémique

Structure antigénique
 Cardiolipide ou haptène lipidique de Wassermann
– Commun aux tréponèmes
– Présent dans foie, cœur et tissus humains
– Ac correspondants = Réagines
 Antigène protéique spécifique de genre tréponème
– Porté par les fibrilles
– Utilisé en réaction de fixation du complément
 2. Syphilis secondaire :
 Dissémination septicémique Diagnostic direct:
 Début : 2 mois à 2 ans après contage Prélèvements
 Lésions cutanéo-muqueuses contagieuses :  Avant prise ATB ou application antiseptique
* Manifestation générales  Intérêt à la phase précoce pré-sérologique de la
– Asthénie, fébricule, céphalées, alopécie diffuse Syphilis primaire
– Polyadénopathies  Syphilis vénérienne I et II aire:
* Évolution: guérison spontanée 1 à 3 ans – Raclage /vaccinostyle du centre des lésions I et II
aires (sérosités exempte du sang)
* Chancre, ponction du ganglion lymphatique
satellite
* Syphilides cutanées, plaques muqueuses
 Syphilis congénitale: prélèvement des
– Bulles, coryza , sang du cordon, placenta ,
secrétions
– Parfois LCR (SIII aire), liquide amniotique
(grossesse)

Examen direct
3. Syphilis latente ou sérologique :  Seul argument si sérologie non contributive :
 Phase de syphilis latente > 10 ans : Sérologie ++ chancre, syphilis congénitale précoce
 Asymptomatique  Examen à l’état frais
 Non contagieuse – Immédiatement au microscope optique à fond
 Durée : 2 à 20 ans noir
4. Syphilis tertiaire : – Bactérie mobile à spires régulières et
 Début : 2 à 10 ans après début de maladie chez 20 à 30% réfringentes
 Complications viscérales (mécanisme immunitaire): – Méthode rapide et moins coûteuse
– Lésions osseuses ou cutaneo-muqueuses: gommes – Ne différencie pas les tréponèmes pathogènes et
– Lésions viscérales non contagieuses: saprophytes ([Link], T. refringens) risque de
* Cardio-vasculaires : aortite, anévrysme de l'aorte faux positif pour localisations buccales et anales.
* Neurologiques: tabès, paralysie générale.. – Sensibilité variable: jusqu’à 80 %
– Nécessite un lecteur expérimenté
 Examen après coloration peu d’intérêt
B. Syphilis congénitale
 Mère présentant une syphilis active
 Passage transplacentaire dès 2ème trimestre
 3 tableaux si la grossesse est menée à terme :
– Syphilis fœtale
– Syphilis congénitale précoce
– Syphilis congénitale tardive

V. Diagnostic bactériologique
 Immunofluorescence
– Utilise un AC antisyphilitiques marqué par un
 Diagnostic direct
colorant fluorescent
– Examen à l’état frais
– Microscope à UV: tréponèmes fluorescents
– Examen après coloration
– Différencie les tréponèmes pathogènes des
– Immunofluorescence
tréponèmes saprophytes
– Moléculaire
– Meilleure sensibilité
 Diagnostic indirect
– Techniques coûteuses et longues
– Réactions à antigène non tréponémique
– Réactions à antigène tréponémique
 PCR dans LCR
– Neuro-syphilis Fluorescent Treponema Antibody
– Phase de latence  Technique de confirmation d’un dépistage positif
Culture non réalisable ou si des résultats dissociés entre les deux tests
de dépistage
Diagnostic indirect  Sérum dilué
 Prélèvement: sang sur tube sec et LCR si notion de – Déposé sur une lame sur laquelle des
méningite tréponèmes sont fixés.
 Déterminer et titrer la présence des anticorps dans le – L'addition d'une antiglobuline marquée par un
sang ou LCR fluorochrome révéle la présence d’AC spécifiques
 Phase sérologiquement muette en début d'infection  Sérum préalablement absorbés par une
 Deux sérums à 15 jours d’intervalle suspension de tréponèmes saprophytes
 Deux grands groupes de réactions sérologiques selon (FTA-Abs): Élimination des faux positifs
l'antigène utilisé :  La cinétique des AC
 Test à Ag non tréponémiques non spécifique : – Précocité : contemporain au chancre+++++
 Test de dépistage – Superposable à celle du TPHA, mais se
 Détectent les Ac dirigés anti-antigène cardiolipidique négative après traitement
 Réaction d’agglutination passive – Détecte séparément les fractions IgG et IgM
– Veneral Disease Reagent Laboratory: VDRL charbon, (intérêt chez N-né)
latex,...  Spécifique, coûteuse, personnel entraîné
– RPR (Rapide Plasma Reagin)
– Sérum du malade et l’Ag cardiolipidique: présence des ELISA :
anticorps : Formation d’agglutinats – Antigènes purifiés ou recombinants de T.
– Résultats en croix (de 0 à 4) pallidum
– Si Dépistage positif: titrage effectué par dilutions de – Détecte les anticorps plus précocement que les
sérum autres techniques
 Se positive 8 à 20 jours après le début du chancre – Détecte les fractions IgG et IgM.
 Meilleur critère sérologique de guérison – Simple, automatisables, sensibles et spécifiques,
 Peu spécifique mais sensible et simple – Pouvant se substituer au TPHA dans les
– Faux positifs : grossesse, dysprotéinémies, infections réactions de dépistage
virales ...
 Test à Ag tréponémiques spécifique Test de NELSON:
TPHA : T. Pallidum Hemagglutination Assay Test d’immobilisation des tréponèmes :
 Test de dépistage Abandonné
 Hémagglutination sur microplaque
– Lysat de T. pallidum adsorbés sur hématies de Test d'immunotransfert (Western blot)
mouton – Permet la détection séparée des IgG et IgM.
– Mettre en contact: sérum du malade et hématies – La détection des anticorps semble précoce.
 Si le dépistage est positif, en effectue un titrage – Technique spécifique, coûteuse et nécessitant un
 Se positive environ 1 semaine après l'apparition du personnel entraîné.
chancre
 Reste le plus souvent positif chez un malade guéri Recherche des IgM : intérêt
 Faux positifs rares: taux faibles chez la femme – Sont en faveur d’une infection évolutive
enceinte nécessitant une antibiothérapie
ou maladie auto-immune – Détectés à toutes les phases de la maladie
 Faux négatif: phénomène de zone – Diminuent en moins de 6 mois après le début du
traitement pour se négativer en moins de 2 ans
Treponema pallidum particle agglutination assay – Détection essentielle en cas de suspicion de S.
TPPA congénitale : leur présence témoigne de l’atteinte
 Les tests TPHA ou TPPA ont la même utilité au niveau du nouveau-né
du diagnostic sérologique de la syphilis. – Leur absence n’exclue pas une infection
 TPPA donne des titres légèrement plus élevés évolutive
En pratique :
 Le dépistage de la syphilis doit associer une réaction VI. TRAITEMENT
du groupe 1 et une réaction du groupe 2 (TPHA et VDRL  T. pallidum est toujours sensible à la pénicilline G
par exemple, dont le second doit impérativement être  La benzathine pénicilline G ou la procaïne
quantifié). pénicilline G sont les molécules les plus
 Un traitement s’impose d’emblée en cas de TPHA et recommandés.
VDRL fortement positifs.  Allergie à la pénicilline : cyclines, macrolides

Évolution du titre des AC . Syphilis non traitée

VII. PREVENTION
Cas particuliers :  Action sur le réservoir:
- Africain / Antillais : pian – bejel – Dépistage systématique: examen prénuptial,
- Nouveau-né (Ac maternels) prénatal, conduite à risque, groupe à risque,
- Sida donneurs de sang...)
– Traitement précoce et enquête autour du sujet
Interprétation de la sérologie (dépistage qualitatif + ou-) contaminateur.
 VDRL- et TPHA-  Port du préservatif
– Absence de Syphilis  Éducation sanitaire
– Syphilis guérie
VIII. Conclusion :
– Dix 1ers jours du chancre
 Infection sexuellement transmissible
 VDRL+ et TPHA-
toujours d’actualité
– Faux positif
 Le diagnostic est avant tout sérologique
 VDRL+ et TPHA+
 La prévention: le préservatif
– Syphilis
– Lyme, Paludisme
 VDRL- et TPHA+
– Séquelle sérologique
– Syphilis tertiaire

 TT + /TNT + (TPHA ou EIA/VDRL ou RPR) :

– tréponématose, selon le contexte et les taux du
VDRL, évolutive ou guérie ;
– ou faux positif double, très rare ;
 TT + / TNT - :
– Tréponématose guérie ou possible syphilis primaire
(demander un 2ème sérum)
– ou faux positif TT
– ou phénomène de zone TNT ;
 TT - / TNT + :
– Faux positif
– ou syphilis primaire possible (demander un 2ème
sérum) ;
 TT - / TNT - :
– Mais syphilis primaire possible (très précoce),
– syphilis guérie possible
– ou syphilis maligne (rarissime).
 B. Les leptospires : Caractéristiques antigéniques
Introduction :  Antigène du genre
 Antigène de groupe
 Les leptospires sont des bactéries spirochètes qui  Antigène des sérovars différencie les
peuvent être: différents leptospires pathogènes
– Des pathogènes chez l’homme et l’animal
– Des saprophytes de l’environnement humide (non Résistance dans milieu extérieur
pathogènes) – Survivent des mois dans des milieux aqueux à
 La leptospirose: l’ombre (mines, égouts, ...) et à pH alcalin
– Zoonose du à une bactérie pathogène spécifique – La dessiccation tue rapidement les leptospires
appelée leptospire transmise directement ou
indirectement de l’animal à l’homme II. Chaîne épidémiologique
– Potentiellement mortelle mais traitable Réservoir
– Polymorphisme clinique – Animaux mammifères : hôtes habituels
 Problème de santé publique mondiale  Les Rongeurs : réservoir principal
– Surtout au niveau des zones humides tropicales et * Souvent porteurs de L. icterohaemorrhagiae
subtropicales * Excrétion urinaire persistante
– Incidence en augmentation Ex : Rattus norvegicus
 Objectif du diagnostic microbiologique  Autres animaux, domestiques ou sauvages:
– Confirmer le diagnostic et éliminer d’autres diagnostics chien, bovins...
différentiels – Homme : hôte accidentel
– Détermination du sérovars: guide la stratégie – Milieu extérieur humide: contaminé par les
prophylactique urines des animaux
– Avec le développement technique, le diagnostic est
accessible en dehors des laboratoires spécialisés Transmission:
 Chez l’homme
Taxonomie : – Directement par exposition à l'urine d'animaux
 Bactérie spiralée infectés
– Ordre : Spirochaetales – Indirectement: eau souillée par ces mêmes
– Famille: Leptospiraceae urines.
– Genre: Leptospira – Les leptospires peuvent pénétrer à travers les
* L. biflexa : saprophyte muqueuses intactes (oculaires, buccales, nasales,
* L. interrogans: espèce pathogène pour l’Homme pulmonaires...) et la peau lésée
et les animaux  Chez l'animal
– L. interrogans : – Mêmes modalités de transmission
* Plus de 25 sérogroupes et 200 sérovars – Contamination néonatale voire congénitale
* Les sérogroupes les plus fréquemment
rencontrés : Icterohaemorrhagiae, Grippotyphosa, Sujet réceptif
Australis, Sejroe, Panama, Canicola  Absence d’immunité naturelle
 L’immunité est acquise
I. Caractéristiques bactériologiques : – Soit par la maladie:
Morphologie * La réponse humorale spécifique aux sérovars
– Bactéries spiralées en forme de tire-bouchon est protectrice contre les réinfections du même
– Diffèrent des autres spirochètes par la présence de sérovar
crochets fins * Ne protège pas contre d’autres sérovars
– Trop fins pour être visibles au microscope ordinaire – Soit par vaccination
– Visible au microscopie à fond noir
– Tous les leptospires semblent pareils Facteurs favorisants
 Chaleur estivale avec de fortes précipitations,
réseau hydrographique important
 Loisirs:
– Baignade, pêche, loisirs nautiques
– Activités de jardinage, de nettoyage de caves
 Contacts avec l'eau douce, avec des
animaux(rats+++) :
– Élevage ou soins
– Professions exposées : égoutiers, agriculteurs
Coloration de Fontana -tribondeau Microscope à fond noir
 En conclusion
V. Diagnostic biologique :
 La difficulté de prévision et de contrôle des épidémies
vient de : Prélèvements :
– La diversité des réservoirs animaux et de leur pouvoir  Précautions :
disséminateur (lié au portage rénal de la bactérie) – Prélèvements avant toute antibiothérapie
– La pullulation du réservoir animal, notamment "Rattus – Leptospira interrogans appartiennent au groupe
norvegicus " de risque 2 : hottes, port de gants imperméables,
 L'extrême diversité des situations pouvant conduire à lunettes protectrices, ....
l'infection par des leptospires au Maroc – Prélèvements ne doivent pas être congelés
 Prélèvements fonction de la phase de la
III. Physiopathologie Maladie
 Après contamination, survient une bactériémie avec
dissémination à de nombreux organes ( foie, rein, LCR...)  Sang pour la culture: jusqu’à 10 jours après la
 La taille de l’inoculum détermine la durée d’incubation maladie
et la gravité de l’infection – Tube hépariné pour la culture dans les 10
 Lésion initiale : endothélite des petits vaisseaux premiers jours
compliquées de phénomènes hémorragiques – Transporter et stoker à température ambiante
multiviscérales  Urine, LCR: quelques jours après le début de la
 La réponse humorale peut éliminer la bactérie maladie
 La bactérie peut persister au niveau des reins de – Sur flacon stérile
quelques semaines à plusieurs mois, plus longtemps au – Intérêt si échantillon propre et inoculé en moins
niveau des yeux. de 2 heures
– La survie des leptospires en urine, augmente en
IV. Clinique alcalinisant l’urine
 Sang pour la sérologie
 Incubation : 5 à 20 j – Tube sec pour la sérologie après 10 jours
 Début brutale pseudo-grippal marquée par: – Deux prélèvements à un intervalle de plusieurs
– Fièvre élevée s'installant en quelques heures jours basés sur la date du début de la maladie
– Syndrome douloureux :myalgies, arthralgies, et de la période probable de la séroconversion
céphalées – Anticorps apparaissent au 5 - 10 jours après le
– Syndrome méningé début de la maladie parfois plus tard en cas de
– Troubles digestifs traitement
– Parfois : conjonctivite, éruption cutanée  Prélèvements post-mortem: organes, sang de
 Leptospirose ictéro-hémorragique: cœur, sérologie
– Manifestation la plus sévère mais la moins fréquente
– Incubation : 10 jours en moyenne
– État: Syndrome infectieux à début brutal
* Syndromes rénaux, hépatiques et neurologiques
* Syndromes hémorragiques ou pulmonaires
* Complications oculaires tardives: uvéite,
iridocyclite...
– Résolution spontanée à 10 jours + rechute fébrile
transitoire
– Décès : 2 à 10%
 Formes anictériques :
– Les plus fréquentes mais méconnues
– Épisode fébrile +/- méningite lymphocytaire
– Amélioration en quelques jours + rechute fébrile
Transitoire
 Diagnostic non spécifique :
– Gold standard, sensible, spécifique du
 CRP >100 mg/l sérogroupe et du sérovar
 Thrombopénie parfois profonde – Ne différencie pas infection ancienne ou
 Augmentation modérée des transaminases, évolutive
phosphatases alcalines, créatinine et TG – Habituellement négative avant 10 jour de maladie
 Hématurie microscopique – Lourde, difficile
 LCR: quelques dizaines d’éléments blancs/mm3 , En pratique
formule lymphocytaire ou panachée  Dépistage : Ag de groupe (souche Patoc)
– ELISA: se négative en 2 mois
Diagnostic spécifique  Confirmation :
– Micro-agglutination-lyse de Martin et Pettit:
➢ Diagnostic direct : * Emploi de 20 souches (titre > 1/100): Faux
 Examen direct: positifs
– État frais après concentration : microscope à fond * CNR à l’Institut Pasteur
noir
* Sang, urine
* Utilisé surtout après culture ou en MAT
* Examen difficile: artefact, faux positifs et faux
négatifs

– Après coloration : imprégnation argentique, acridine

orange mieux, intérêt limité
– IFD

 Culture :
– Isolement de l’agent pathogène : examen de référence
+ centre spécialisé
– Milieu de culture: EMJH, Milieu tween albumine + 5FU,
fosfomycine...
– Inoculation
* Incubation : 30°C, obscurité, agitation, 4 mois, MAT : Titre is 1:5120.
observation fond noir une fois par semaine
Interprétation :
* Risque de souillures par les leptospires saprophytes
 Les AC détectés sont
 PCR : sang, LCR et urines
– Soit dirigés contre les antigènes communs
– ADN ribosomal
spécifiques du genre, portés par tous les
– Seul examen positif dès l’apparition des signes
leptospires pathogènes ou saprophytes
cliniques
– Soit contre les sérogroupes
– Diagnostic ≤ 24h
– Soit contre les sérovars
 Immunohistologie
 La séroconversion apparaît en 5 à 7 jours après
 Inoculation à l’animal
le début de la maladie parfois plus
➢ Diagnostic indirect :
 Les IgM apparaissent en premier puis les IgG
Techniques
qui restent détectable pendant un an à un faible
 ELISA:
titre
– Utilise un antigène du genre
– Sur sérum et LCR
– Moins spécifique , permettent seulement le screening
– ELISA détecte les IgM au 8ème jours
– Se négative en 2 mois
 Test d’Agglutination Microscopique (MAT): 1918
– Réaction d’agglutination lyse de martin et petit
 Sérologie significative si:
– Séroconversion C. Borrelia :
– Multiplication du titre 4 fois entre deux prélèvements
successifs à 6-10 jours Introduction :
– Haut titre d’IgM détecté par ELISA ou autres:  Les Borrelia sont des bactéries de morphologie
* Compatible avec une infection évolutive ou récente hélicoïdale de la famille des Spirochaetaceae.
* Les IgM peuvent être détectés des mois après la  Partagent des caractéristiques phénotypiques
maladie  Anthropozoonoses
 Toujours interpréter la sérologie fonction de la clinique  Se distinguent par leur distribution géographique
et du contexte épidémiologique et leur pathogénicité
 2 maladies :
VI. Traitement et Prévention : – Maladie de Lyme,
 Traitement curatif : – Fièvre récurrentes
Doxycycline 200mg/j ou pénicillines, au minimum 10 jours  Les infections sont toutes transmises par des
 Traitement prophylactique : arthropodes hématophages: maladies fermées
Doxycycline 200mg/semaine.
 Prévention Taxonomie :
–Information et formation: population générale et  Famille des Spirochaetaceae
professionnels  Genre Borrelia
–Recommandations en milieu professionnel  Deux grands groupes d’espèces :
–Vaccin : Vaccin inactivé, contient «Leptospira – Borrelia associées aux fièvres récurrentes
Icterohaemorrhagiae » – Borrelia du complexe B. burgdorferi sensu lato,
–Dératisation associées à la borréliose de Lyme
–Diminuer le contact potentiel entre l'homme et les ( ville aux USA) : 11 espèces dont B. burgdorferi
rongeurs. sensu stricto, B. garinii et B. afzelii

VII. Conclusion I. Caractères bactériologiques :

• Gravité essentielle  Morphologie :
 Polymorphisme clinique – Taille : 0,20 à 0,50 μm / 10 à 30 μm
 Diagnostic microbiologique obligatoire – Hélicoïdale à spires lâches, mobiles, non
 Biologie moléculaire: « démocratisation » du diagnostic colorés au Gram
Biologique.  Cultivables dans des milieux liquides spécifiques
uniquement ( chimiorganotrophe, microaerophile)
 Facteurs de pathogénicité : mal connus
 Caractères antigéniques:
– Flagelline: Ag immunodominant
– Protéine de surface OspC: facteur de
virulence (IgM)
– Protéine immunogène de surface

II. Chaine épidémiologique :

 Réservoir : vaste, rongeurs sauvages,
mammifères, oiseaux.....sauf [Link] ( homme)
et [Link] (homme)
 Transmission:
– Piqures de tiques (ixodes) : B. burgdorferi
– Piqûres de poux du corps : B. recurrentis
 Réceptivité : totale
 Facteurs favorisants :
– Régions chaudes, humides et boisées
– Contact animaux sauvages
 Épidémiologie : liée à la biologie et à la
répartition géographique des vecteurs: gradient
sud-nord ouest-est
  Examen direct:
– Etat frais : microscope à fond noir
– Coloration
* Giemsa : mise en évidence des Borrelia des
fièvres récurrentes sur les frottis sanguins (peu
d'intérêt dans la borréliose de Lyme)
* Imprégnation argentique rarement utilisée

III. Clinique :  IF (directe ou indirecte) : liquides biologiques ou

coupes histologiques:
 Maladie de Lyme : – Forme hélicoïdale, avec des spires peu
– Assez polymorphe nombreuses (5 à 10) irrégulièrement enroulées
– Phase primaire: débute quelques jours après la  Culture:
piqûre: 3 à 30j – Milieu spécifique liquide BSK : très riche
* Erythème migrant très caractéristique s’étendant – Observation hebdomadaire pendant 2 mois
de manière centrifuge (en cible)  Biologie moléculaire (PCR): identification
– Phase secondaire septicémique: manifestations d’espèce
cutanées, neuro-méningées, articulaires, cardiaques ➢ Indirect :
et générales  Diagnostic sérologique : sérum , LCR
– Phase tertiaire: rappelle les manifestations de la – Borréliose de Lyme :
phase secondaire mais sont plus graves * Dépistage: ELISA, IFI, immunochromatographie
* Confirmation: Western-blot sur même sérum
* Réactions croisées avec les autres spirochètes
– Pas de sérologie pour les Borrelia associées aux
fièvres récurrentes : variation antigénique
fréquente

V. Traitement et prévention :
 Borréliose de Lyme :
 Fièvres récurrentes – Phase précoce, empêcher le progression de la
– Première phase fébrile associée à des algies diffuses, maladie : cyclines, amoxicilline, pénicilline G
des signes méningés, une hépatosplénomégalie et – Stades secondaires et tertiaires : Ceftriaxone
souvent un ictère  Fièvres récurrentes : cyclines, erythromycine,
– Phase apyrétique chloramphénicol, pénicillines
– Récurrences (1 à 5) régulièrement tous les 14 jours,
avec réapparition de tous les symptômes cliniques  Prévention individuelle +++
– Complications mortelles  Lutte contre les vecteurs

IV. Diagnostic bactériologique VI. Conclusion :

➢ Direct :
 Prélèvements  Maladies vectoriels
– Biopsie cutané (périphérie de la lésion)  Taxonomie en évolution
– LCR (manifestations neurologiques)  Diagnostic différentiel avec les autres
– Liquide synovial et/ou biopsie synoviale
spirochètes
– Sang total (lors de l'accès fébrile, les bactéries n'étant
plus présentes dans le sang lors des rémissions)
– Sérum
 3. Les bacilles Gram positifs cultivant en atmosphère aérobie

Introduction Taxonomie :
 Différents genre différenciés par Ordre : Actinomycetales
– L’aspect morphologique au Gram Famille : Corynebacteriaceae
– Le résultat du test catalase Genre : Corynebacterium
– La présence ou non de spores
– Bacilles en forme de massue ou haltères:
Corynebacterium
 Cocco bacilles ou petits bacilles
– Listeria
– Erysipelothrix
 Gros bacilles
– Bacillus
– Lactobacillus

I. Corynebacterium diphteriae :
 Agent de la diphtérie:
– Souches toxinogènes de Corynebacterium
diphtheriae
– Maladie
* Pratiquement disparu en pays développé
* Encore endémique dans certains continents
* Réémergence dans certains pays
 Urgence clinique, biologique et prophylactique
A. Les Corynébactéries  Sérothérapie et antibiothérapie dès le diagnostic
 Maladie à déclaration obligatoire
1. Caractéristiques bactériologiques :
Introduction Morphologie :
 Les corynébactéries sont des bacilles à Gram positif  Bacille à Gram positif immobile, non ramifié, non
dont le point commun est une morphologie irrégulière sporulé, non capsulé
avec des renflements aux extrémités qui compose le  Forme de massue groupées en amas : images
genre Corynebacterium en palissade, en paquets d'épingles ou en
 En opposition aux genres « réguliers » : lettres de l'alphabet
Bacillus, Lactobacillus et Listeria  Granulations méta- chromatiques à l'intérieur
 « Coryne » signifiant en grec massue des corps bactériens
 Recouvrent des bactéries très différentes sur le plan
Bactériologique et écologique:
* Des pathogènes spécifiques pour l’homme et animaux
* Des saprophytes ou commensales qui se comportent de
plus en plus comme des pathogènes opportunistes
 Regain intérêts : plusieurs raisons
– Meilleur identification et connaissance du pouvoir
pathogène
– Augmentation: immunodéprimés et patients en Culture :
réanimation  Aéro anaérobie facultatif
– Recrudescence de la diphtérie dans certains pays  Exige des facteurs de croissance (fer) :
– Diverses espèces sont décrites chez l'homme et sérophile
l'animal  Nécessite des milieux riches:
* Pathogène spécifique : C. diphtheriae ou bacille de Klebs – Milieu de Loeffler au sérum coagulé
et Loeffler, – Milieux sélectifs
* Pathogènes opportunistes : C. urealyticum etC. jeikeium. * GHT (gélose, hémoglobine, tellurite)
* Milieu de Tinsdale: (sang laqué, cystéine,
tellurite)
 Caractères biochimiques  Autres localisations :
_ Distinguent le bacille diphtérique des autres
– Diphtérie laryngée ou croup avec risque
Corynébactéries.
d'asphyxie par obstruction des voies respiratoires
– Catalase +, nitrate réductase + ...
– Diphtérie nasale (plus fréquentes chez le
Caractères antigéniques
nourrisson), oculaires, auriculaires ou cutanées
– Antigènes O polyosidiques, communs à toutes les
sont généralement moins sévères
souches
– Extra respiratoires: cutanées, oculaires,
– Antigènes protéiques de surface K : types sérologiques
auriculaires ou génitales
(mais peu utilisé car non standardisé)
Facteurs de virulence
5. Diagnostic biologique :
 Toxine :
➢ Diagnostic direct :
– Exotoxine protéique très puissante
 Le diagnostic= mise en évidence d'une souche
– Produite par les souches possédant le gène "tox+",
toxinogène de Corynebacterium diphteriae.
fourni par un bactériophage ß
 Le prélèvement
– Ce gène est inhibé par un répresseur chromosomique
– Pharyngé, nasal, cutané ou autre
qui est actif en présence de fer
– Par écouvillonnage des lésions
– La toxine n'est produite que si la concentration du
– Le laboratoire doit être prévenue préalablement
milieu en fer est inférieure à 100 μg/l
 L'examen microscopique après coloration de
 Produit des bactériocines : permettent le typage des
Gram:
souches
– Rarement concluant
2. Chaîne épidémiologique
– Suspicion en cas de présence de bacilles à
 Réservoir: strictement humain
Gram positif dont la morphologie et la disposition
 Transmission aérienne interhumaine
sont évocatrices
 Réceptivité : la maladie immunise mal (vacciner les
 PCR direct sur prélèvement
convalescents)
 Culture :
* Anticorps antibactériens: Spécifiques de la souche
_ Milieu specifique de Loeffler
incriminée: immunité partielle (variants sérotypiques)
* Examiner les cultures à 6, 12 et 18 h d'étuve:
* Immunité antitoxique : protectrice  Suffisante si le titre
bacilles "diphtérimorphes": forte présomption de
des AC atteint 1/30 d'unité antitoxique/ml
diphtérie
 Aspects épidémiologiques : sévit encore dans les
_ Produits biologiques non stériles :
pays du tiers monde (mortalité de 5-10%)
* Isolement sur milieu de Tinsdale ou milieu GHT
* C. diphtheriæ : colonies noires entourées d'un
3. Physiopathologie
halo brunâtre bien visible en 48 heures
 L'infection se manifeste par des:
_ Gélose au sang: la majorité des souches, donne
– Lésions locales : multiplication de colonisation des
un petit halo hémolyse beta
tissus par la bactérie
 Identification : biochimique, Spectro de masse,
– Manifestations générales dues à l'action de la toxine
biologie moléculaire
 Toxine : blocage des synthèses protéiques de la cellule.
 Déterminer CMI voir CMB: souches tolérantes
4. Clinique
Détection de la toxine
 Incubation: moins de 7 jours
 Recherche directe du gène tox par amplification
 La forme typique:
génique
– Angine pseudomembraneuse : enduit blanchâtre
 Dosage immunoenzymatique de la toxine
adhérant et extensif (larynx...) avec adénopathies
 Test d'immunoprécipitation en milieu gélosé
satellites
(test d'Elek)
– Signes d'intoxination dans les formes sévères :
 Inoculation au cobaye avec une suspension de la
 Paralysies vélo-palatines, troubles de la phonation
souche isolée
 Polynévrites des membres, myocardite, troubles de
➢ Diagnostic indirect :
rythme, collapsus
 N’est pas utilisé en routine
 Troubles rénaux et digestifs, hémorragies
 Réservé à définir un statut vaccinal ou à établir
un diagnostic rétrospectif dans le cas de
patients non préalablement vaccinés.
 Techniques Elisa, d’hémagglutination passive
ou de neutralisation en culture cellulaire.
 Un titre supérieur à 0,1 IU/ml d’anticorps
antitoxine est nécessaire pour une protection
individuelle.
 6. Traitement  C. jeikeium et C. urealyticum
 Urgence thérapeutique – Espèces lipophiles
 Sérothérapie antidiphtérique – Responsables de bactériémies et d′infections
– L'antitoxine n'a plus d'effets quand la toxine s'est fixée urinaires, respectivement
sur les cellules – Majoritairement résistantes aux principaux
– Sérum anti diphtérique équin: 40.000 à 100.000 UI antibiotiques sauf aux glycopeptides
injectées selon le protocole de Besredka.
 Pénicilline G ou érythromycine pour détruire la source III. Conclusion
de toxine  Diphtérie maladie à déclaration obligatoire
7. Prévention  Risque de de réémergence nécessite de
 Vaccination par l'anatoxine, – Connaître l’agent pathogène et la maladie
– Anatoxine= la toxine formolée et chauffée perd son – Maintenir et consolider la vaccination
pouvoir toxique mais conserve son pouvoir antigénique,  Place des autres corynébactéries en
purifiée augmentation
– Obligatoire au Maroc dans le courant de la première  Problème de résistance aux antibiotiques de ces
année dernières .
– 3 injections sous cutanées avec rappel à un an puis tous
les cinq ans
B. Le genre Bacillus :
– Presque toujours associée (vaccinations antitétanique,
antipoliomyélitique, anticoquelucheuse...).
 Grands bacilles à Gram positif sporulés, parfois
 Surveillance épidémiologique : maladie à déclaration
à bouts carrés, en chaînettes
Obligatoire
II. Autres corynébactéries  Culture facile: aérobie stricte ou aéroanaérobie
 Sont de plus en plus souvent impliquées dans des  Epidémiologie:
infections nosocomiales ou iatrogènes chez des – Germes ubiquitaires de l'environnement, en
immunodéprimés ou perfusés, sondés ou cathétérisés particulier du sol
 Généralement considérées comme contaminant – Ils sont fréquemment isolés comme
le prélèvement contaminants
 Actuellement, d'importants progrès pour leur classification – Certains sont thermophiles : leur optimum de
et leur identification température de développement est situé vers
 Augmentation de l′isolement C. ulcerans 55 °C (B. stearothermophilus )
– Espèce proche de C. diphteriae , qui produit une  Pouvoir pathogène:
toxine similaire à la toxine diphtérique – La plupart sont des saprophytes du sol, de l'eau,
– Peut être transmise via un contact avec un animal (chats de l'air et des plantes, :
et chiens) * Bacillus cereus et Bacillus subtilis......
 C. jeikeium et C. urealyticum * Bacillus cereus: peut se multiplier dans les
– Espèces lipophiles aliments et y produire une entérotoxine .
– Responsables de bactériémies et d′infections urinaires, * Pathogènes opportunistes
respectivement – Bacillus anthracis : le seul pathogène du genre
– Majoritairement résistantes aux principaux antibiotiques
Bacillus.
sauf aux glycopeptides
 C. Listeria :
Antigéniques
– AG somatiques O : au nombre de 15 de I à XI
Introduction
– AG flagellaires H : au nombre de 5 de A à E
 Les Listeria: bactéries à Gram positif ubiquitaires – 17 sérovars pour L. monocytogenes
 Une seule espèce est pathogène pour l’homme et – Sérotypes 1/2a, 12b et 4b 95% des listérioses
l’animal : Listeria monocytogenes, responsable de la humaines
listériose – Sérotypage utile dans les enquêtes
– TIAC très médiatisée mortelle notamment chez ID, NNé , épidémiologiques
femme enceinte Facteurs de virulence
– Létalité : 20 à 30 % des cas, 40% de séquelles – Internaline ; Listeriolysine O , Actine A ,
neurologiques Phospholipases
 Répartition : mondiale en augmentation avec le Résistance dans le milieu extérieur
développement de la restauration collective - résistants
– Capacité à survivre longtemps dans
Taxonomie l'environnement
 Genre Listeria – 6 mois à 5 ans dans l’ensilages 5 à10000
 Espèces Listeria /g,
– L. monocytogenes
– L. innocua II. Chaîne épidémiologique :
– L. welshimeri Réservoir
– L. seeligeri – Animaux: 15 espèces
– L. ivanovii  Portage sain 10-30% des ovins, bovins, porcins,
– L. grayi poulets et 80 si élevage industriel
– L. murrayi  Poisson, insectes, crustacés, ....
 L. monocytogenes est pathogène pour l’homme et – Les aliments:
l’animal  Charcuteries ; produits laitiers (fromages au
 L. ivanovii pathogène pour l’animal lait cru ...)
 Conserves : poissons fumés et conserves
végétaux
I. Caractères bactériologiques
– Homme :
 5 à 10 % des humains hébergent
MORPHOLOGIE: [Link] dans leur TD
– Petits coccobacille à gram + de 0,4-0,5 μm / 0,5-2,5 μm  Parfois hébergées au niveau du rhino-pharynx.
– Extrémités arrondies – Milieu extérieur : sol, eau, plantes .
– Isolée ou groupées en V ou en L ou en palissades,
parfois, en chaînes courtes ou petits amas Transmission
– Non capsulé, non sporulé, – Indirecte associée à l’alimentation+++++
– Mobile à 20-25 °C, immobile 37°C  Lait(mammite), fromages, viande crue
contaminée lors de l’abattage
CULTURE  Végétaux: sols engrais
– Microaérophile – Direct :transmission foeto-maternelle
– T° optimale 30 à 37°C, possible entre -2°C et +45°C Réceptivité
– Multiplication à + 4°C: T° de réfrigération des aliments – Totale
– Milieux usuels, gélose au sang – Terrain particulier: NNé, enfants en bas âge,
diabétiques, personnes âgées, Immunodéprimés
etc...

Aspects épidémiologiques
– Cas sporadiques :+++ surtout en automne et au
printemps
– Épidémies
– Formes materno-fœtales: 26 %,
– Sujets ID 59%,
– Sujets sans facteur de risque 17%
 III. Physiopathologie
 L. monocytogenes: bactérie invasive intracelllulaire V. Diagnostic biologique:
facultative 1. Diagnostic Direct :
 Porte d’entrée : digestive ou rhino-pharyngé ➢ les prélèvements :
 Gagnent les ganglions lymphatiques puis la circulation  Femme enceinte:
sanguine – Hémoculture devant tout épisode fébrile
 Elles se multiplient dans le foie et la rate organes cibles: inexpliquée
– La plupart sont phagocytées (internaline) – Amniocentèse par voie trans-abdominale en
– Dans certaines circonstances ( inoculum massif, sujets l’absence de rupture des membranes
fragiles) , elles échappent aux phagososmes et gagnent le – Placenta, lochies
cytoplasme  NNé :
 Dissémination aux cellules adjacentes – Hémoculture, LCR
  Bactériémie  SNC , placenta – Secrétions nasales, pharyngées, conjonctivales,
méconium et liquide gastrique
 Adulte et grand enfant
– Hémoculture , LCR
– Lésions cutanées
 Une enquête environnementale: aliments
suspects, surtout en cas de suspicion d'épidémie

➢ Examen direct
 Coloration au Gram de produits pathologiques :
– Petit bacille gram positif non sporulé intra ou
extracellulaire
– Risque de confusion : Corynébactéries,
streptocoques, pneumocoque voir Haemophilus
IV. Clinique:  LCR :
Forme de l’adulte : – Aspect : trouble avec formule panachée ou
 Septicémie d'origine digestive liquide clair
 Les infections du système nerveux central : – Bactéries peu abondantes surtout
Méningites, méningo-encéphalites, encéphalites pure intracellulaires
 Rarement: endocardite, abcès de localisations diverses, – Protéinorachies peu élevée voir normale
hépatites, pleurésies, formes cutanées, pneumonie, – Glycorachie diminuée voir normale
arthrite, péritonite, ostéomyélite, abcès cérébral – Lactacidorachie /lactacidémie élevé

listériose fœto-maternelle
 L'infection materno-infantile souvent inapparente :
– Syndrome pseudo-grippal 2 à 14 jours avant
l'accouchement
– Rechute fébrile, avec bactériémie
– Après le 5ème mois : accouchement prématuré/
avortements

 Le nouveau-né
– Infecté in utero: tableau évident à la naissance
* Souffrance néo-natale, éruption cutanée, Méningite
* La mortalité est élevée (parfois supérieur à 50%). Listeria monocytogenes
– Contaminé dans la période périnatale ou au cours de ➢ Culture
l'accouchement, sans infection placentaire : méningite  Milieux non sélectifs: usuels
purulente fébrile 8 à 60 jours après accouchement – Gélose au sang de mouton ou cheval:
– Bouillon nutritif glucose 0.5% pour le LCR
 Milieux sélectifs : prélèvement polycontaminé :
– Techniques d’enrichissement sélectif ( +4°C )
– Isolement sur des milieux sélectifs
* Milieux ordinaires+ d’acide nalidixique,
colimycine, ou trypaflavine
* Milieu PLACAM, OXFORD, Gélose Mac conkey
 ➢ Identification
 Caractères morphologiques: bacille à Gram positif VI. Traitement et prévention
allongé en palissade
 La mobilité à 25 °C:  Le traitement de choix est l’association :
 Caractères biochimiques – Ampicilline + aminoside
– L'hydrolyse de l'esculine: rapide en 2 à 3h – La durée : 3-4 semaines
– Camp test: βhémolysine de S. aureus accentue  En cas d'allergie
l’hémolyse – Triméthoprime- sulfaméthoxazole +
– Mini galerie Listeria gentamicine
 Biologie moléculaire  Femme enceinte: ampicilline pendant 3
 Sérogroupage, Lysotypie et typage moléculaire semaines
 Prévention
➢ ANTIBIOGRAMME – Hygiène alimentaire, réglementation
 Résistance naturelle au : – Éducation des groupes à risques
– Céphalosporines 3ème G, Aztréonam – Absence de vaccin contre la listériose
– Acide nalidixique, ofloxacine, fluoroquinolones
récentes VII. Conclusion :
– Fosfomycine  Listeria monocytogenes responsable d’une
 Sensibilité intermédiaire pour : maladie redoutable : la listériose
– Céfalotine, clindamycine , chloramphénicol  Savoir y penser devant un contexte
– Ciprofloxacine épidémiologique, clinique ou biologique
 Sensibilité constante: amino-pénicillines, aminosides évocateur
 Résistance acquise à la tétracycline est la plus  Résistance naturelle au céphalosporines de
fréquente troisième génération

2. Diagnostic indirect :
 Techniques
– Détection d’AC dirigés contre la bactérie :
– Détection des AC anti-listériolysine O (LLO)
 Sans intérêt si germe isolé
 Peu sensible et peu spécifique +++++

4. Chlamydiae
Introduction
 Bactéries intracellulaires obligatoires regroupant I. Caractères bactériologiques
plusieurs espèces, certaines sont pathogènes pour Morphologie
l’homme – Gram (négatif)
 Responsables d’affections polymorphes souvent – Absence de peptidoglycane
chronique : problèmes de santé publique: – Membrane externe, avec LPS
– IST la plus fréquente, problème de santé publique, – Se présente sous trois formes antigéniquement
principales causes de stérilité distinctes :
– Plus de 10% des pneumonies communautaires  Les corps élémentaires CE :
– Trachome: 500 millions (Asie et en Afrique), cause * Extracellulaire
majeur de cécité * De petite taille (0.3μm)
– Probablement : maladies coronariennes * Particules infectieuses
 Méthodes de diagnostic varient fonction de espèce * Sans aucune activité métabolique
Taxonomie * Incapable de multiplication
– Ordre: Chlamydiales  Les corps réticulés CR
– Famille : Chlamydiaceae * Intracellulaire
– Genre : * Taille 1μm
* Chlamydia : C. trachomatis +++ * Non infectieux
– 3 biovars : trachoma, lymphogranuluma venereum * Métaboliquement actifs
(LGV) et pneumonia de la souris * Se multipliant par division
– 19 sérovars dont 15 pour le biovar trachoma et 4 pour  Corps aberrant : forme de persistance
LGV responsable d’infection chronique,
* Chlamydophila : comprend actuellement 6 espèces : morphologiquement anormale, viable mais non
deux rencontrées chez l’homme C. pneumoniae, C. psittaci cultivable.
 Structure antigénique:
La paroi contient plusieurs structures antigéniques IV. Clinique
– Antigène de genre: LPS, présent à tous les stades ➢ Chlamydia trachomatis: Les infections à
– Antigène spécifique d’espèces: protéique, présent à tous C. trachomatis sont sérovars-spécifiques :
les stades
– Antigène spécifiques de type: protéine majeure de la – Le trachome: Sérovar A-C
Membrane externe MOMP * Kératoconjonctivite multiple et
surinfections  trachome cicatriciel
II. Chaîne épidémiologique – Les IST: Sérovar D-K, incubation: 2 jours-2mois
* Urétrite: subaiguë, parfois asymptomatique,
parfois aigue
* Epididymite, prostatites
* Vaginites, cervicite latente et persistante,
salpingites, endométrite, GEU, infertilité
* Sd Fiessenger- Leroy-Reiter:
conjonctivite+urétrite+polyarthrite .fréquent
chez HLA B 27
* Infections néonatales: ophtalmie, pneumonie
– Lymphogranulomatose vénérienne:
sérovar L1-L3,
* Petit chancre 1à 3 semaines après le contage,
indolore, génital ou anal spontanément résolutif
* Adénite avec fistulisation en pomme
d’arrosoir, rectite

➢ C. pneumoniae:
III. Physiopathologie
incubation plusieurs semaines
 Cycle de développement: identique pour toutes les
– Infections broncho-pulmonaires
espèces
* Pharyngite, sinusite, bronchite, pneumonie
 Intracellulaires obligatoires, comprend plusieurs étapes:
* Graves chez immunodéprimé
– Attachement initial du CE à la cellule hôte et entrée par
– Maladie coronarienne, asthme
phagocytose
– Différenciation du CE en CR puis multiplication dans
➢ C. psittaci: ornithose-psittacose
inclusion cytoplasmique
– Début brutal après 1-2 semaines d’incubations
– Différenciation des CR en CE
– Syndrome pseudo grippale évoluant vers une
– Sortie des CE par éclatement de la cellule, infectant les
pneumopathie atypique
cellules voisines
– Compliquée de manifestations neurologiques,
– Le cycle dure 48 à 72 heures
cardiaques, hépatiques, rénales,
– Parfois altération du cycle et persistance du CR :
hématologiques...
infection chronique
 Ce cycle a pour conséquence:
V. Diagnostic bactériologique :
– Des prélèvements cellulaires et l’utilisation des cultures
cellulaires pour le diagnostic 1. Diagnostic direct:
– Traitement par des ATB à pénétration cellulaire ➢ Prélèvements :
 La qualité du prélèvement : il doit
– Ramener les cellules qui contiennent le corps
bactérien
– Eliminer les écouvillons ayant une tige en bois
– Le coton, l’alginate ou le dacron peuvent être
utilisés
– La cytobrosse est le meilleur moyen
– Le siège est fonction de la localisation de
l’infection
 IST
– Chez la femme ➢ détection du génome (laboratoire
* Essuyer l'exocol et écouvillonner le canal endocervical spécialisé) :
* Biopsies (endomètre, trompes) liquide du douglas
 Hybridation ADN/ARN: non recommandée
* Prélèvement urétral, 1er jet d’urine
– Seulement C. trachomatis
– Chez l’homme :
– Sensibilité variable: 60 à 90%
* Ne pas avoir uriné dans l'heure précédente
– Bonne spécificité
* Écouvillonner 2 à 4 cm dans l'urètre
 Amplification
 LGV : Ponction ganglion infecté non fistilusé, si non,
– Trousses commercialisées pour C. trachomatis
prélèvement de pus
* Plus sensible que la culture, IF et EIA,
 Conjonctivite : grattage de conjonctive inférieure après
* Pouvant être réalisée sur l’urine
élimination des exsudats purulents
* Sensibilité 98 %, spécificité 99 %
 Trachome : Grattage de la conjonctive supérieure
– PCR «maison» pour C. pneumoniae et C. psittaci
 Infection pulmonaires
– Prélèvement pharyngé ou aspiration endotrachéale
2. Diagnostic indirect :
– Le Crachats est possible pour C. psittaci
Techniques :
 Transport
 Prélèvement: sanguin sur tube sec
– Transporté dans des milieux spécifiques (2 SP ou SPG)
 Micro immunofluorescence (MIF) : IgA, IgG, IgM
– Conservation quelques heures à +4°C si non -70°C
– Différencie et titre toutes les classes
 Traitement de l’échantillon
– Distingue l’espèce: C. pneumoniae,
– Faire des frottis pas trop épais fixé au méthanol
C. trachomatis
– Déposer le prélèvement dans milieu transport pour la
– Méthode sensible mais d’interprétation difficile
culture
– Réactions croisées: nombreuses
➢ culture cellulaire  Tests immunoenzymatiques :Diagnostic
 Inoculation des cellules, incubation 2 à 3 jours d’espèce :
 Révélation coloration MGG ou iodo-iodure, mieux IF, ELISA utilise peptides spécifiques de la « protéine de Mb
 Performance fonction de l'espèce: externe
– C. trachomatis  Réaction de fixation de complément : limitée
* Technique de référence : Spécificité 100%,Sensibilité 80- LGV/ornithose
90%,  Western Blot
* Typage: intérêt épidémiologique
* Inadéquat: urines, sperme, liquide articulaire, péritonéal Interprétation :
- [Link] : moins sensible , non utilisé en routine  Indications
- [Link] : rarement réalisé – Deux prélèvements à 15 jours
– Utilisation des antigènes des trois espèces
➢ détection des Ag :  Infections à C. trachomatis
 C. trachomatis (pour les infections basses): – Pas d’intérêt : infections urogénitales basses
– Immuno enzymatique EIA: (faux négatif et IgM fugaces) +++++
* Tests sur membrane – Intérêt: infections profondes ou hautes
* Rapide, faible sensibilité et spécificité, * IgM, indication limitée à la pneumopathie du
* Un résultat positif doit être confirmée nouveau-né
– Immunofluorescence directe * IgG en utilisant peptide recombinant MOMP,
* Utilise anticorps monoclonaux spécifiques d’espèce spécifique d’espèce.
* Détecte corps élémentaires extracellulaires * IgA, pas de valeur diagnostique additionnelle
* Rapide, sensibilité: 80 à 90%, opérateur et après le dosage des IgG
prélèvement dépendant * Séroconversion ou augmentation significative :
infection en évolution
* Ig totaux ou IgG ≥ 1/64 : infection passée ou en
cours
 C. pneumoniae
– Le diagnostic de certitude repose sur la
sérologie (méthode de référence MIF)
– Seuil 1/512
– Séroprévalence très élevée
 C. psittaci
– Seuil 1/256
 L’essentiel
Infections à C. trachomatis VII. Conclusion
 La détection du génome bactérien par biologie
moléculaire avec amplification génique est adaptée  Principale IST
dans toute situation clinique et pour tout prélèvement.  Le diagnostic des infections à Chlamydiae
 La culture et la sérologie, moins performantes, repose sur un faisceau d’arguments
conservent un intérêt dans des cas particuliers biologiques.
 La biologie moléculaire sans amplification génique et la  Seule leur utilisation appropriée permettra
détection directe de la bactérie par méthode une meilleure connaissance du pouvoir
immunologique, ne sont pas recommandées pathogène de Chlamydiae

VI. Traitement

 Résistance naturelle:
– Aminosides, vancomycine, quinolones, métronidazole,
colimycine
 Résistance acquise: exceptionnelle
 Curatif
– Tétracyclines, macrolides ou fluoroquinolones.
 Préventif
– Prévention des IST
– Trachome: amélioration des conditions de vie

5. Les Mycoplasmes
Introduction
 Petites bactéries dépourvues de paroi, ce n’est pas une I. Caractères bactériologiques :
bactérie intracellulaire obligatoire mais elle a besoin d’une  Morphologie
cellule eucaryote pour son développement – Dépourvues de paroi, petite taille (300 nm) non
 Répandues dans la nature: animal, insectes et plantes observable au microscope optique
 Chez l'homme: – Polymorphes, coccoides ou filamenteux non
– Commensales ou pathogènes colorables par le Gram
– Infections ORL et pulmonaires – Extrémité effilée, adhérent aux cellules
– Infections génitales eucaryotes
* 30 % des infections génitales chez la femme  AG spécifiques de groupes et d'espèces
* 15 % des urétrites chez l'homme  Sensibles à l'environnement: pH, température,
 Diagnostic microbiologique difficile : agents tensioactifs, pression osmotique
– Caractères fastidieux de certaines espèces
– Problèmes d’interprétation

Taxonomie
 Classe: Mollicutes (Mollis cutis : « peau molle »)
 Ordre : Mycoplasmatales
 Famille : Mycoplasmataceae
 Genre:
– Mycoplasma: 100 espèces dont 13 rencontrées chez
l’Homme
* M. pneumoniae, M. hominis, M. genitalium Le caractère polymorphe des mycoplasmes
* M. fermentans et M. penetrans
 Anaérobies facultatifs
– Ureaplama: 6 espèces dont une U. urealyticum
 Culture longue nécessite des milieux
rencontrée chez l’homme
complexes
– Enrichis en sérum
– Sources d’énergies
 Arginine : genre Mycoplasma
 Urée : genre Ureaplasma
– Les colonies, très petites: observées au
microscope inversé ou à la loupe
 II. Chaîne épidémiologique
Réservoir:
– Largement répandu dans la nature
– Colonisent les muqueuses
* Respiratoires: plus de 100 mycoplasmes respiratoires
dont seul M. pneumoniae est pathogène
* Génitales : U. urealyticum et M. hominis sont les plus
fréquentes et M .genitalium cez le VIH +
Transmission
– Inter-humaine
– Lors de l'accouchement
– Contagiosité modérée

Réceptivité : totale
Facteurs favorisants: terrain particulier V. DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
Aspects épidémiologiques : 1. Diagnostic direct:
– Endémique avec des petites poussées épidémiques ➢ Prélèvements :
tous les 4 à 7 ans pour M. pneumoniae
 Prélèvements doivent ramener des cellules
– La frontière entre portage et pathogénicité est difficile à
auxquelles le mycoplasme adhère
établir pour M. hominis et U. urealyticum : colonisation à
 Usage de milieux de transport spécifiques
10-50 % de la flore vaginale des femmes sexuellement
– Si les prélèvements ne peuvent parvenir
actives
rapidement au laboratoire
– Milieu saccharose-phosphate (2SP) enrichi de 5%
III. Physiopathologie
de sérum de veau fœtale; sans antibiotique
 Stockage à 4°C pendant 48h et au delà à
 [Link]
-70°C
– Vit attachée aux cellules
 Respiratoires
– Pénètre dans l'organisme par voie aérienne
– Prélèvements de gorge, aspirations
– Adhère aux cellules épithéliales respiratoires, résiste
nasopharyngés
aux flux
– Brossage bronchique et lavages broncho
– Produit à leur contact des peroxydes qui:
alvéolaires
* Altèrent le mouvement ciliaire et produisent des
– Expectoration: peu adaptée (mais +d’inhibiteurs
lésions cellulaires
de PCR)
* Pas d’envahissement tissulaire mais réaction
– Brosse bronchique
inflammatoire locale
– LBA
– Apparition parfois d'auto-anticorps: lésions parfois à
– Milieux de transport
distance
* 2SP ou milieu de transport pour bactérie
 Mycoplasmes génitaux
fragile
– Processus d’adhésion
* Conservation maximum 48H à +4° et au-delà
– Diverses activités enzymatiques: uréase, phospholipase
à – 70°
– Infections gynécologiques souvent association avec
 Génitaux
d'autres bactéries
– Chez les hommes
* Prélèvements uréthraux, premier jet d’urine,
IV. Clinique
spermes
 Atteinte respiratoire: [Link]
* Secrétions prostatiques
– Tout âge mais surtout chez l'enfant et l'adulte jeune
– Chez les femmes
– Incubation: trois semaines
* Prélèvements cervico-vaginaux, endométriaux
– Trachéobronchite fréquente
* Biopsies , brossages tubaires, liquides
– Pneumonie atypique primitive (rarement) :
amniotiques, placenta,
* Début progressif
– Écouvillon à olive terminale strié de type
* Fièvre, malaise, céphalées, myalgies et rachialgies,
Bactopick ou cytobrosse
l'état général est peu altéré, Toux sèche, signes ORL
– Transport
* Images radiologiques impressionnantes: infiltrats diffus
* Milieu type A3 ou 2SP
* Complications et localisations extra-pulmonaires :
* Conservation maximum 48H à +4° et au delà à
pleurésie, myocardites, péricardites, arthrite, anémie
– 70°
hémolytique...
 Autres prélèvements: LCR, biopsie, liquide
* Évolution lentement régressive et toux persistante
articulaire, cutanéomuqueux, ...
_ Role dans l’asthme
• Autres prélèvements: LCR, biopsie, liquide
 ➢ Diagnostic microscopique direct:
 Il existe des galeries pour la détection,
impossible, bactérie trop polymorphe
quantification et étude de la résistance des
➢ Culture :
Mycoplasmes génitaux
– Simple pour U. urealyticum , Délicate pour
 Méthode semi-quantitative utilisant le seuil de
[Link], impossible pour M. genitalium et autres 104 UFC/ml
– Ensemencer des milieux complexes enrichis
 PCR :
– Toujours associé au milieu gélosé un milieu liquide
– Intéressante pour les mycoplasmes fastidieux
ensemencé par différentes dilution 10-1 à 10-4 – Approche syndromique pour [Link]
(quantification) (pneumopathie atypique) :
 Incubation à 37 C sous CO2 * Infections aiguës :
➢ Détection de la croissance et identification * PCR multiplexes
– Virage de l’indicateur coloré pour le milieu liquide * Détection simultanée de Bactéries atypiques
– Très petites colonies, visibles à la loupe binoculaire respiratoires : M. pneumoniae, Chlamydophila
pour le milieu solide: pneumoniae, Legionella pneumophila et Virus
* Granulaire pour M. pneumonia respiratoires
* En œuf sur le plat pour M. hominis  Se ≥ culture et sérologie, Spécificité ?: PCR +
* En oursin pour U. urealyticum chez patients asymptomatiques
– Caractères biochimique  Techniques immunologiques :
Immunofluorescence directe non commercialisé

Interprétation
 Toujours interpréter les résultats
microbiologiques fonction de la clinique
 L’isolement de M. pneumoniae à partir du
tractus respiratoire est très significatif
 L’isolement d’U. urealyticum et [Link]
– A partir des sites stériles est significatif
– A partir des muqueuses un seuil est admis
* 103 UFC/ml pour un premier jet d’urine
Aspect des colonies * 104 pour les urétrites non gonococciques
* 104 pour M. hominis et vaginose et infection
haute
* U. urealyticum et prélèvements
gynécologiques: difficiles à interpréter en
raison de la fréquence du portage

2. Diagnostic indirect :
 Prélèvements: sanguin sur tube sec
 Essentiel dans les infections à Mycoplasma
pneumoniae:
– Diagnostic rétrospectif
Principaux caractères d'identification
– Techniques : RFC, ELISA
– Ascension des anticorps entre deux sérums
prélevés à 15 jours, ou un taux unique très élevé
tardif ou la détection d’IgM est très significatif
– La présence d'agglutinines n'est ni constante
ni caractéristique
 Sans intérêt pour les mycoplasmes génitaux

Principaux caractères d'identification

 VI. Sensibilité aux antibiotiques
 Résistance naturelle des mycoplasmes
– Antibiotiques actifs sur la paroi, au polypeptide et
rifampicine
– Macrolides et kétolides: M. hominis,
– Lincosamides: Ureaplasma
 Résistances acquises
– Exceptionnels de M pneumoniae aux macrolides
– Ureaplasma et M. hominis : 5% de résistance à la
Tétracyclines, Macrolides, fluoroquinolones
 Traitement:
– M. pneumoniae: les macrolides ou fluoroquinolones
– M génitaux, traitement fonction de l’espèce isolée,
des associations et du terrain : cyclines, macrolides ou
Fluoroquinolones
 Résistance naturelles au bêtalactamines et
autres à action sur la paroi

VII. CONCLUSION :
 Fréquence des atteintes respiratoires à [Link]
 Difficultés interprétation des résultats microbiologiques
 Intérêt d’un « prélèvement cellulaire »
 La recherche doit être associée à celle d'autres agents
pathogènes
 Le traitement doit prendre en considération la
résistance naturelle
 II. BACTERIOLOGIE SPECIALE : (pr. Chadli)
1. Acinetobacter :
I. Introduction :
✓ Caractères biochimiques :
- Coccobacille Gram négatif
- Bactéries aérobies strict
- Résistance extrême dans l’environnement : jusqu’à 40
- Oxydase négative
jours , même sur des surfaces sèches (boutons des
- Absence de nitrate réductase
scopes , téléphones , claviers, matériels médicaux …)
✓ Caractères culturaux :
- Bactérie opportuniste responsable d’infections
- Isolement facile sur milieu de culture des
nosocomiales impliquées dans de grandes épidémies
bacilles Gram- .
- Homme = principal réservoir à l’hôpital
- Milieux usuels : gélose au sang frais et cuit,
- Bactérie multi résistante
gélose BCP, gélose trypticase soja …
II. Classification :
- Incubation en aérobiose à 37°C. Une incubation à
- Le genre Acinetobacter appartient à la famille des
41°C peut améliorer l'isolement sélectif de A.
Moraxellacae
baumannii principalement
- 32 espèces sont décrites
- Les colonies obtenues sont bombées, de couleur
- L’espèce Acinetobacter baumannii = bactérie
blanc jaunâtre, lisses.
nosocomiale par excellence (70% des souches)
V. Clinique :
- Acinetobacter baumanii est une bactérie qui
peut infecter n’importe quel organe.
- Infections nosocomiales : arbre respiratoire,
appareil urinaire, plaies, cathéter pouvant évoluer
vers une bactériémie
- Autres manifestations : pleurésies, péritonites
chez les dialysés, méningites
- Ces infections se manifestent par bouffées
épidémiques et sont dues à des souches
multiresistantes .
VI. Diagnostic bactériologique :
Bactérie Acinetobacter baumannii
✓ Prélèvement :
III. Epidémiologie : Prélèvements les plus fréquents : urines,
cathéters, aspirations bronchiques,
✓ Réservoir : hémocultures
- Bactérie ubiquiste de l’environnement naturel et ✓ Examen direct :
hospitalier (sol, eau, milieux aquatiques, eaux d’égouts, - Coccobacilles Gram- .
surfaces humides ou sèches) - Immobiles
- Fait partie de la flore commensale cutanée (25% des ✓ Culture – identification :
individus), du tube digestif et du pharynx. - Aspect des colonies
- Acinetobacter baumanii = agent fréquent de - Coloration de Gram
colonisation cutanée et muqueuse chez les patients - Oxydase négative
hospitalisés en unités de soins intensifs. - Galeries : Api 20E, 20 NE
✓ Transmission : ✓ Antibiogramme :
- Croisée de patient à patient par l’intermédiaire du multiresistance à de nombreux antibiotiques
personnel (transmission manuportée) VII. Traitement :
- Par aérosols : respirateurs, humidificateurs, matériel - Carbapenemes
de ventilation … - Tigecycline
✓ Facteurs de risque : - Polymyxines (colistine)
- Gestes invasifs . VIII. Prévention
- Fragilité du patient - Gestion de l’antibiothérapie
IV. Caractères bactériologiques : - Mesures d’hygiène :
✓ Morphologie : * Utilisation de matériel à usage unique
- Bacille à Gram – d’aspect coccoide * Antiseptiques puissants (eau de javel)
- Diamètre 0,9 à 1,6 µm/1,5 à 2,5µm * Hygiène des mains
- Caractère polymorphe, non sporulés et immobiles * Isolement géographique et technique du patient
infecté
 2. Brucella : (BGN de culture difficile)
I. Introduction :
 Facteurs favorisants : professions à risque
 Genre Brucella = petits bacilles à Gram négatif, cultivant (éleveurs, vétérinaires, techniciens)
lentement sur des milieux enrichis  Caractères épidémiques : Forte régression dans
 Pathogènes potentiellement utilisables à des fins de les pays développés, endémique dans les pays en
bioterrorisme voie de développement.
 Brucellose (fièvre de Malte) : V. Physiopathologie :
- Zoonose : maladie animale, plus rarement humaine  Contamination digestive +++
- Sévère et invalidante, rarement fatale  Brucella ne produit pas de toxines protéiques
 L'identification précise doit être réalisée par un  Mal connue
laboratoire spécialisé VI. Clinique :
II. Taxonomie :  Période d’incubation variable : 1 à 3 semaines
 Hybridation ADN/ADN et séquençage du gène codant  Phase aiguë : septicémie d’origine lymphatique +
pour l’ARN 16S. fièvre ondulante
 Famille : Rhizobiaceae  Phase subaiguë : localisations secondaires
 Genre : Brucella (neuroméningées, cardiaques, ostéoarticulaires...)
 Espèce unique : B. melitensis  Phase chroniques : asthénie (physique, psychique
 Plusieurs sous-espèces et biovars et sexuelle)
III. Caractères bactériologiques :  Femme enceinte : avortements, accouchements
 Morphologie : petits coccobacilles, à Gram négatif, prématurés, mort in utero
mesurant 0,6–1,5 μm de long et 0,5–0,7 μm de diamètre
 Culture :
- Aérobies strictes
- Culture lente sur milieux enrichis au sang
(température optimale : 34 °C)
 Caractère antigénique : lipopolysaccharide est le plus
immunogène
 Facteurs de virulence : bactéries intracellulaires
facultatives du monocyte-macrophage.
IV. Chaine épidémiologique :
 Réservoir : mammifères terrestres et marins
 Transmission : Directe au contact d’animaux infectés
(cutanée, conjonctivale ou aérienne) ; Indirecte (ingestion
de lait contaminé); Interhumaine exceptionnelle (sexuelle,
transcutanée) clinique
 Réceptivité : totale
 VII. Diagnostic bactériologique : - Formes focalisées (suppurations ou biopsies) :
✓ Diagnostic bactériologique direct : sensibilité bien supérieure à la culture
 À la demande - Utile dans le cas où l’administration d’une
 Prélèvement : antibiothérapie empirique empêche l’isolement des
- Groupe de risque : 3 (extrême contagiosité) Brucella
- Hémoculture +++ ✓ Diagnostic indirect : Sérologie :
- Autres prélèvements en fonction du contexte clinique : - N’est utile que lorsque la culture est négative
biopsie, pus, sérum -Technique d’agglutination en tube ou
- Transporter rapidement les prélèvements au laboratoire, séroagglutination de Wright : référence
sinon, congeler préconisée par l’OMS du fait de sa standardisation
➢ examen direct : - Autres techniques : agglutination sur lame ou
- Microscope otique après coloration de Gram épreuve de l’antigène tamponné (dont le test au Rose
- Peu d'utilité, du fait du matériel clinique (sang le plus Bengale), la réaction de fixation du complément,
souvent), de la très petite taille et de la faible coloration de technique d’immunofluorescence indirecte (IFA) et les
la bactérie par la coloration de Gram tests ELISA .
- Détection des anticorps spécifiques : en moyenne 2 à
3 semaines après infection.
- Détectent principalement les anticorps anti-LPS
- IF et ELISA sont mieux adaptées au titrage
spécifique des IgG et des IgM anti-Brucella
- On recherche une séroconversion ou une
multiplication par 4 au moins des titres sérologiques
entre deux sérums, l’un prélevé en phase aiguë et
l’autre en phase de convalescence
➢ culture : - Fréquence des réactions croisées
- Technique de référence
- Laboratoire spécialisé
- Plusieurs semaines d’incubation
- Moins de 5 jours dans les systèmes d’hémoculture
automatisés
- Sensibilité des hémocultures supérieure à 80 % en
phase aiguë de la maladie

**voir tableau en dessous

VIII. Traitement et prévention :
 Les antibiotiques les plus actifs sont les aminosides
(streptomycine et gentamicine), les tétracyclines, la
➢ identification : rifampicine, et les fluoroquinolones
- Colonies non hémolytiques, de coccobacilles à Gram  Un traitement chirurgical du foyer infectieux est
parfois nécessaire
négatif.
- Uréase rapide et intense, catalase + et oxydase +  Contrôle de l’infection chez les animaux d’élevage :
- Galeries d’identification de type API-20 NE peut conduire médical (vaccination) et sanitaire (dépistage et
à une fausse identification de Moraxella phenylpyruvica abattage des animaux infectés)
 Antibioprophylaxie si exposition à la culture ou au
- Identification phénotypique de sous-espèce et de biovar :
étude de la sensibilité à certains colorants, technique de vaccin
lysotypie, utilisation de sérums agglutinants  Pas de vaccin anti-Brucella efficace et bien toléré
monospécifiques. chez l’homme.
➢ Biologie moléculaire : IX. Conclusion :
- Zoonose
- Amplification génique (PCR)
- Extrêmement dangereuse
- Laboratoires de référence
- Diagnostic difficile
- Phase aiguë bactériémique (sang ou sérum) : diagnostic
- Traitement et prévention faciles
plus précoce (en 24 heures) que l’hémoculture.
 3. Campylobacter
I. Introduction : III. Caractères bactériologiques :
• Les Campylobacter sont des bacilles à Gram négatif - Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles
incurvés, spiralés ou sous forme hélicoïdale (flagelles polaires)
• Considérés comme étant la principale cause bactérienne - Absence de spores et de capsule
de gastroentérites dans le monde avec une incidence - Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 48
croissante dans les pays développés. Heures.
• Les espèces du genre Campylobacter sont principalement ✓ Facteurs de virulence :
responsables de zoonoses avec de nombreuses espèces - Capacité d’envahir la muqueuse intestinale :
animales impliquées comme réservoir infectieux  Mobilité
 Adhérence aux cellules épithéliales
II. Taxonomie :  Invasion par internalisation dans vacuoles
- Le genre Campylobacter appartient à la subdivision des intracellulaires
proteobacteria  Affinité pour cellules endothéliales
- Ordre des Campylobactérales - Toxine qui distend le cytosquelette
- Famille des Campylobacteraceae - [Link] responsable d’infections systémiques :
- Dans le genre Campylobacter on a décrit une espèce type résistance à la phagocytose
[Link] et seize autres espèces et plusieurs sous-espèces - Le mimétisme moléculaire entre le
lipopolysaccharide de certains serogroupes de
[Link] et les terminaisons de la myéline est à
l’origine du syndrome de Guillain-Barré
IV. Epidémiologie :
 Les Campylobacter sont des bactéries
commensales du tube digestif de nombreux
oiseaux (poulet) et mammifères . Elles sont
présentes à de fortes concentrations (106 UFC/g de
3 grands groupes d’intérêt médical :
matière fécale)
- Groupe thérmotolerant : [Link] et [Link]
 Prévalence de Campylobacter dans le tube
- Groupe « fetus » : avec [Link]
digestif des volailles est de 8 à 20 fois plus élevée
- Groupe « anaérobie » avec par exemple C. sputorum
que celle de Salmonella
 [Link] est rencontré chez le porc, C. upsaliensis
(chien), [Link] (mouette)
 Survie dans l’environnement plusieurs semaines
à 4°C particulièrement l’eau et le Lait. La
transmission est essentiellement d’origine
alimentaire
 Source principale : volaille crue
 Contamination croisée des aliments crus en
cuisine
 Rares épidémies, mais surtout cas sporadiques
 Les épidémies qui surviennent sont dues à la
consommation de lait cru ou à une origine hydrique.
 V. Physiopathologie :
- Seules les bases moléculaires du pouvoir pathogène de ➢ Examen direct :
[Link] ont fait l’objet de travaux. Les autres espèces ont - Etat frais ou microscopie à contraste de phase :
été peu étudiées. Mise en évidence des Campylobacter grâce à leur
- [Link] est capable d’adhérer et de pénétrer les cellules mobilité caractéristique en « vol de moucherons »
épithéliales grâce aux facteurs d’adhérence (pili, protéines (proche de celle observée avec Vibrio cholerae)
membranaires, LPS) - Coloration de Gram :
- Il peut survivre à l’intérieur des vacuoles et produire l’IL8 Présence de petits bacilles Gram -, incurvés
médiateur de l’inflammation souvent associés aux hématies et au leucocyte
- Enfin il sécrète une toxine distendant le cytosquelette
- C. fetus possède une microcapsule qui le rend résistant à
la phagocytose
VI. Clinique :
1. Entérite :
 Liée le plus souvent à Campylobacter jejuni
 Symptomatologie digestive : diarrhée, douleurs
abdominales avec présence de sang dans les selles
 Signes généraux : fièvre, asthénie et anorexie ne
permettant pas de l'individualiser des autres infections
intestinales
 Pas de signes de gravité. Guérison spontanée possible
2. Bactériémie : ➢ Culture :
Les Campylobacter peuvent se retrouver dans le torrent
circulatoire *Sur milieux contenant du sang ( Skirrow, Blaser,
 Campylosel)
Bactériémies et survenues de localisations secondaires *Milieux avec charbon (Karmali)
( Tissu vasculaire, méninges, tissu osteoarticulaire) *Mil1ieux selectifs par addition d’antibiotiques
inhibant la croissance desautres bactéries (2 à 3
3. Complications non infectieuses :
antibiotiques parmi les suivants sont utilisés :
 Le syndrome de Guillain –Barré :
trimethoprime, polymyxine, vancomycine,
Polyradiculonévrite réversible mais pouvant laisser des
colistine, bacitracine,céfalotine)
sé[Link] en général 3 semaines après l’entérite.
- Incubation en microaerobie à 37°C pendant 48
 Autres complications :
heures.
- Arthrite réactionnelle
- Une incubation prolongée de 5 à 8 jours est
- Erythème noueux
parfois nécessaire.
- Urticaire
- Les colonies sont de petites taille avec des
VII. Diagnostic bactériologique : reflets metalliques.
✓ Diagnostic bactériologique direct : ➢ Identification :
➢ Prélèvement : Identification du genre : repose sur des critères
La recherche de Campylobacter doit faire partie simples.
intégrante des coprocultures devant une diarrhée - Les exigences culturales
infectieuse aigue. - La microaerobiose
- Echantillon de selles qui pourra être conservé 24 - La morphologie incurvée
heures à +4°C. - La coloration Gram négatif
- Ecouvillonnage rectal : l’écouvillon doit être - La présence d’une oxydase
ensemencé immédiatement ou stocké en milieu de
transport car les Campylobacter sont sensibles à la
dessiccation
- Hémocultures : rares
Identification de l’espèce : repose sur des tests
complémentaires.
- Température de croissance
- Sensibilité à certains antibiotiques (acide
nalidixique,
cefalotine)
- Test de la catalase
- Hydrolyse de l’hippurate
 ➢ Sensibilité aux antibiotiques :
L’antibiogramme est toujours indiqué. On testera :
- Les fluoroquinolones (ciprofloxacine)
- Les macrolides (érythromycine)
- Aminoglycosides gentamicine)
- Betalactamines (ampicilline et amoxicilline/
[Link])
 La fréquence des résistances est en nette
augmentation
 Les infections systémiques à [Link] seront traitées
par une association de gentamicine et betalactamine ou
macrolide.
✓ Diagnostic bactériologique indirect :
- La sérologie n’a pas d’intérêt dans les épisodes
diarrhéiques aigus
- Intérêt en cas de :
 Arthrite réactionnelle
 Syndrome de Guillain-Barré
- Les tests utilisés :
 Réaction de fixation du complément
 Méthode ELISA
VIII. Prophylaxie :
Caractères d’identification de certaines espèces de Campylobacter  La prophylaxie des infections à Campylobacter est
celle de toute infection intestinale.
 Nettoyage des mains et des paillasses où a été
manipulé la volaille.
 Pasteurisation du lait
 Chloration de l’eau de boisson

4. Entérobactéries :
I. Introduction :
 Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif et d'autres considérées comme opportunistes ou
entériques qui constituent l'une des plus importantes familles pathogènes occasionnels comme Proteus, Klebsiella,
de bactéries; Enterobacter.
 Groupe hétérogène de genres et d’espèces bactériennes  Ces bactéries sont retrouvées dans la plupart des
rassemblés en raison de leurs caractères biologiques prélèvements
communs..  Emergence de résistance de certaines souches.
 Localisées dans le tube digestif des animaux et de l'homme II. Taxonomie- classification :
mais aussi sur des plantes , elles sont indicatrices de la  La famille des entérobactéries compte plus de 30
contamination fécale des sols et des eaux. genres et + de 130 espèces.
 Dans ce groupe de bactéries entériques figurent des  Seules certaines espèces ont un intérêt médical
bactéries pathogènes strictes comme Salmonella, Shigella et (voir tableau)
Yersinia,
 III. Caractères Bactériologiques :
1. Caractères morphologiques :
- Bacilles Gram- aux extrémités arrondies
- Mobiles (ciliature péritriche) ou immobiles (Klebsiella).
- Non sporulés.
- Peuvent être capsulés ( Klebsiella).
- La plupart des espèces pathogènes pour l'homme
possèdent des fimbriae ou pili communs qui sont des
facteurs d'adhésion.

3. Caractères biochimiques:
Communs:
- Aéro-anaérobies, ( pousse en présence et
absence d’O2)
- Fermentent le glucose
- Oxydase -
- Nitrate réductase + ( réduction de nitrate en
nitrite).
- Catalase + (Sauf shigella)

Caratères de différenciation:
- Le matériel enzymatique( TDA, UREASE,
TRYPTOPHANASE,ADH,LDC, ODC)
- La fermentation des sucres ( lactose,
saccharose , autres ).

4. Caractères antigéniques:
- Présentent 3 types d’antigènes O ( paroi),
H (flagelle), et K ( capsule).
- Permettent de classer en sérotypes les souches
de même espèce ou genre.
2. Caractères culturaux: - Grand intérêt épidémiologique.
- Poussent sur milieu ordinaire (bouillon ou gélose) en 24h
à 37°C.
- En milieu liquide, les colonies d’entérobactéries
occasionnent un trouble uniforme du bouillon.
- Les colonies sont bombées, lisses, luisantes (Ø > 1 mm)
- 3 types de colonies :
 Colonies S (smooth) : arrondies, lisses, humides, blanches
voir translucides.
 Colonies R (rugeux) : ( bactéries vieillies ou anormales):
rugueuses, sèches à contours irréguliers et mates.
 Colonies M (muqueuses) : grosses colonies ± confluentes
(klebsiella).
 ✓ Aspects épidémiologiques
- Endémique: shigella
- Épidémique: salmonelles mineurs

V. Physiopathologie
✓ Contamination :
Ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par des
déjections de malades ou de porteurs sains
✓ Types de pathogènes :
- Pathogènes spécifiques:
Responsables des diarrhées cholériformes ou
dysentériques
- Pathogènes opportunistes
Dus à un déséquilibre de la flore
5. Facteurs de virulence : Ou une défaillance du système immunitaire
Reconnaissance de l’hôte - fixation aux tissus ou aux ✓ Mécanisme : Soit par
cellules: - Invasion et altération de la muqueuse
Facteurs d’adhésion bactériens aux épithéliums (facteurs K intestinale
des [Link] sur les pilis et les fimbriaes). - Sécrétion de toxine
Invasion et destruction tissulaire : VI. Clinique :
Enzymes détruisant les cellules et les tissus 1. Pathologies liées aux pathogènes
Exotoxines : spécifiques :
Toxines ayant un mode d’action spécifique( enterotoxines, • Syndrome dysentérique :
cytotx, neurotx). Diarrhée glairosanglante, douleurs abdominales,
Destruction et désorganisation du système immunitaire: fièvre
Endotoxines =>choc endotoxinique: LPS des BGN • Syndrome cholériforme
Presence de capsule: Diarrhée, aqueuse, liquidienne sans fièvre
protection contre la phagocytose par les macrophages, EX:
klebsielle. 2. Pathologies liées aux pathogènes
IV. Epidémiologie : opportunistes :
✓ Habitat : - Infections urinaires
Les entérobactéries : tests de contamination fécale - Infections neurologiques (méningite)
- Ce sont des hôtes constants du tube digestif de l'homme et - Infection osteoarticulaire
de l'animal. - Infection nosocomiales
- De leur présence va dépendre la qualité sanitaire d'une .......
eau ou d'un produit alimentaire. Une eau n'est potable, un VII. Diagnostic bactériologique
aliment n'est consommable que s'ils sont exempts de 1. Prélèvements :
contamination fécale. - Selon le site infecté
- Présents également sur les plantes et dans le sol - Différents types de prélèvements: Urines, sang,
✓ Transmission : LCR, épanchements, Pus...
- Directe: Manuportée... - Le prélèvement doit être de bonne qualité , ce
- Indirecte: Eau, aliments souillés, Cathéter, sondes, qui conditionne l’exactitude du diagnostic:
Vecteurs ( puces « Yersinia ») - Les conditions de transport et de conservation
- Porteurs sains:( ex: salmonelles mineurs). sont variables selon le prélèvement.
✓ Réceptivité: Totale ex: yersinia ( triple emballage pour la protection
- Sujets prédisposés: personnes âgées, ID, NN( méningites à du manipulateur, prélèvement)
[Link]) 2. Ensemencement
- Il existe une immunité acquise aux entérobactéries ( vaccin Premier pas, pour éviter la contamination du
à renouveler /3 ans pour salmonelle) prélèvement.
✓ Facteurs favorisants : ►Choix des milieux de culture:
Extrinsèques : - Selon le type de prélèvement ( SS pour
-Mauvaise Hygiène: Péril fécal ( mains, eau, aliments) coproculture, sang / chocolat pour LCR)
-Mauvaises conditions d’ élevage des animaux( poulets/ - Selon les habitudes de chaque labo: existence
salmonelles mineurs) de gde panoplies de milieux de culture.
Intrinsèques : ► Types de milieux:
- Déséquilibre de la flore normale/ ATB sur gélose ou bouillon
- Défaillance immunitaire: infection nosocomiale (Cathéter,
sondes, chirurgie...)
Ordinaires : CLED, BCP, chocolat, sang
Test de la catalase
Sélectifs :
 Critères biochimiques ( lactose pour BCP,)  But : mettre en évidence la catalase :enzyme
 Présence d’inhibiteurs: sels biliaires, vert brillant qui détruit le peroxyde d’hydrogène( H2 O2) et
( Mac conkey) libère l’oxygène gazeux qui se traduit par
 ATB ( CIN pour yersinia) l’apparition de bulle.
D’enrichissement: CC  Toutes les Entérobactéries sont catalase +
3. Aspect macroscopique : (sauf Shigella dysenteriae type 1)
- Hématique
- Purulent
- Trouble
- Salivaire (crachat)
4. Examen microscopique
- Examen direct entre lame et lamelle : mobilité
caractéristique
- Coloration : Gram
5. Identification :
➢ Caractères culturaux : Mode respiratoire
- Aspect des colonies (taille, forme, aspect ...)  L’ensemencement est effectué sur une gélose
- Présence d’un pigment (serratia) viande foie préalablement régénérée au bain-
- Odeur caractéristique (proteus) marie bouillant pendant 20 minutes et lorsque la
 Gram à partir des colonies : bacilles Gram- température est redescendu à 40- 45°C.
➢ Tests biochimiques :
- Permettent de différencier entre différentes espèces
d’entérobactéries selon le principe d’élimination.
- Détection de la fermentation de différents sucres : glucose,
lactose,saccharose, mannitol.
- Détection de certaines enzymes : oxydase, catalase,
urease, beta galactosidase, décarboxylases (LDC, ODC, ADH)
- Nous allons étudier les principaux caractères
biochimiques :
* Tests d’orientation
* Etude des métabolismes glucidique et protidique
* Puis comment identifier une entérobactérie (galeries)
a. Tests d’orientation :
Test de l’oxydase

 But : mettre en évidence la cytochrome oxydase: enzyme

qui permet le transfert d’électrons vers une molécule
d’oxygène.
 Principe: N diméthyl paraphénylène diamine ( incolore)

Produit (violet)
 Technique:
-en milieu liquide
- sur papier buvard
- sur disque

Cet ensemencement est effectué à l’aide d’une

pipette pasteur de bas en haut,en spirale, le tube
étant maintenu verticalement, il est ensuite
refroidis.
 Milieu Mannitol Mobilité

But : permet la lecture de 3 caractères :

- Utilisation du mannitol (virage au jaune)
-Mise en évidence de la mobilité ( milieu trouble)
-Présence de nitrate réductase (verser à la
surface de la gélose 3 gouttes du réactif de
Griess 1et 2.)

Incuber 24h à 37°C, bouchon bien vissé pour éviter l'aération du milieu

Après 24 h à 37°c, la lecture consiste à étudier le niveau du

tube ou une croissance bactérienne est visible.
➔Toutes les entérobactéries sont aéro-anaérobies facultatif.

A .culture sur toute la

hauteur : aéro-anaérobie
facultatif (AAF)
B .culture seulement en
haut: aérobie stricte (AS)
C .culture limitée entre 0,5
et 1,5 cm du haut : micro-
aérophile
D .culture seulement 1 cm
au-dessous du haut :
anaérobie stricte (AnS)

Etude de la dégradation du lactose : recherche

b. Etude du métabolisme glucidique : de la Bêta-galactosidase ( test ONPG )
Le Milieu de Kligler-Hajna: - Il explore la présence d’une enzyme utile au
révèle la présence de 4 caractères métabolisme du lactose (la beta- galactosidase) qui
-Utilisation du glucose: Virage du culot au jaune (Toutes les dégrade le lactose en galactose et glucose, et ceci
entérobactéries) pour distinguer les bactéries lactoses – de celles
-Utilisation du lactose : Virage de la pente au jaune (Ex: qui sont lactose+ .
[Link]) - On remplace donc le lactose par l’ONPG qui est
-Production d’H2S : la réduction du thiosulfate en présence une molécule dont la structure est proche de celle
de citrate ferrique donne un précipité noir (ex: salmonellat du lactose et qui est elle aussi hydrolysée par la
yphi) B-galactosidase
-Production de gaz: m.e.e de bulles ou soulèvement de la selon la réaction :
gélose
Beta galactosidase
ONPG galactose + ONP

Exemple : entérobactéries
-ONPG négative: Proteus, shigella
-ONPG positive: [Link], Enterobacter

Recherche de métabolites formés à partir de

l’acide pyruvique : réaction de VP
- A partir du milieu Clark-Lubs contenant de
l’acide pyruvique, la formation d’acétoïne (
réaction de Voges-Proskauer VP) est étudiée par
l’addition d’alpha-naphtol et de soude .
-Si le milieu est coloré en rouge ➔VP+
Exemple: Klebsiella, Enterobacter, Serratia sont
VP+
 c. Etude du métabolisme protéique :
- L’indole produit donne une coloration rouge en
Recherche de décarboxylases ( ADH, LDC, ODC) :
présence du réactif de Kovax ou de James
- Trois décarboxylases sont fréquemment ( E coli: indole +)
recherchées: La lysine décarboxylase
(LDC); L’ornithine décarboxylase (ODC), et
l’arginine décarboxylase (ADH).
- Le test individuel peut être effectué sur le
milieu de Taylor contenant l’acide aminé
étudié, du glucose et un indicateur coloré le
bromocrésol pourpre (BCP)

La réaction s’effectue en 2 temps:

Dans un premier temps les bactéries en
anaérobiose*,
fermentent le glucose et donc les milieux
s’acidifient (virage
du violet au jaune de l’indicateur de pH).
Production de H2S :
- Cette recherche est réalisée sur milieu de
Kligler-Hajna ou fait partie des tests des galeries.
- La dégradation des acides aminés soufrés conduit
Fermentation du glucose en anaérobiose à la formation de groupements SH ou H 2 S qui se
 combinent avec le citrate de fer ammoniacal du
Libération d’acides organiques milieu pour former du sulfure de fer noir.
 Exemple :Salmonella Typhimurium est H 2 S positif.
Acidification du milieu d. Autres tests :
 Recherche d’une uréase :
Virage du BCP au jaune - Se fait sur milieu urée tryptophane qui contient
l’urée, le tryptophane et le rouge de phénol
Recherche de TDA: tryptophane désaminase comme indicateur de pH;
- Se fait sur milieu urée tryptophane, - L’urée sous l’action d’une uréase bactérienne
- On met en évidence la tryptophane désaminase (TDA) par va être transformée en carbonate d’ammonium
rajout du fer ferrique. alcalin entrainant une coloration rouge du
milieu.

Recherche de tryptophanase : production d’Indole

- La production d’indole par hydrolyse du tryptophane peut

être recherché dans le milieu urée tryptophane ou en eau
peptonée dépourvue d’indole.
Utilisation du citrate comme unique source de
carbone :
- Mise en évidence de l’utilisation du citrate
comme seule source de carbone et d’énergie.
- Une utilisation de citrate se traduit par culture
sur gelose et virage de l’indicateur de ph du vert
au bleu
 Les 10 premiers tests :
Tests négatifs :

Tests positifs :

e. Identification biochimique d’une entérobactérie :

Les différents caractères étudiés sont rassemblés en
différentes galeries
● La Galerie classique:
- Les milieux sont coulés dans des tubes
- L’ensemencement se fait par piqure , soit par striation,
Les 10 derniers tests :
● La Galerie API 20E:
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de Tests négatifs :
réaliser 23 tests biochimiques.

Tests positifs :

Caractères biochimiques
► Sérotypage :
L’identification biochimique doit être complétée pour certains
genres: Salmonella , Shigella , [Link] par le Sérotypage
Agglutination:
But :
Différencier les souches de microorganismes en fonction de
leur composition antigénique (sérotypes ou sérovars) .
Principe:
Les antigènes solubles sont libérés au préalable par
chauffage à 100° C pendant 15 min ( spécialement chez
salmonella et shigella pour démasquer l’Ag O situé sous la
capsule) qu’on met en contact avec les anticorps spécifiques.

Antibiogramme en milieu solide

► Techniques en milieu liquide:

Permettent d’étudier les antibiotiques à l’aide de
deux concentrations critiques (c, C) et ainsi de
catégoriser les bactéries en S, I ou R vis-à-vis
des divers ATB examinées.
► Le [Link] :
- Permet de déterminer la CMI grâce à
l'utilisation de bandelettes imprégnées d'un
gradient exponentiel continu de l'antibiotique à
tester. Ce gradient couvre une zone qui, en
fonction des molécules, va de 0,016 à 256 mg/L
ou de 0,002 à 32 mg/L.
- Le E test associe les caractéristiques des
► Recherche de toxines : méthodes de diffusion et de dilution en milieu
- Techniques immun enzymatiques: solide.
- Techniques immun chromatographiques:
- Biologie moléculaire: ( EHEC): PCR
► Identification par biologie moléculaire
Peu utilisée en pratique
6. Antibiogramme :
 But:
- Détermination de la sensibilité d’une souche à un
antibiotique donné
- Surveillance épidémiologique
- Aide à l’identification ( Serratia)
 Principe:
Permet de mesurer la capacité d’un ATB à inhiber la
croissance bactérienne.

2 méthodes :
► Antibiogramme standard: Méthode de diffusion en
milieu solide  Grande résistance naturelle à certaines
- Le plus utilisé dans les laboratoires de diagnostic. familles d'antibiotiques hydrophobes
- Lecture des diamètres des zones d’inhibitions ( en
fonctions des D critiques figurant dans des tableaux
d’interprétation fournis par les fabricants des disque/
CA-SFM )
 Nombreux antibiotiques actifs :
-ß-LACTAMINES : 7. Diagnostic indirect : Sérodiagnostic
Aminopenicillines( ampicilline, amoxicilline...),  but:
Carboxypenicillines (ticarcilline), Ureidopenicillines Détecter la production d’anticorps par
( piperacilline), Inhibiteurs de beta lactamases( augmentin..), l’organisme
Carbapenemes( imipeneme), Cephalosporines:  Principe :
- La Recherche d'anticorps s’effectue par
1er G ( cefalotine, cefazoline...), 2 eme G ( cefuroxime), 3eme (
ELISA ou par immunofluorescence
cefotaxime,ceftriaxone), Monobactam ( aztreonam).
- 2 sérologies à 15 jours d’intervalles
- AMINOGLYCOSIDES(Gentamicine, Tobramycine, Nétilmicine,
- Augmentation des anticorps 4x le premier
Amikacine,...)
titre
- TETRACYCLINES (Tétracycline, Doxycycline,Minocycline)
= Séroconversion
- PHENICOLES(Chloramphénicol, Thiamphénicol)
= diagnostic indirect +
- QUINOLONES ( ac nalidixique, ciprofloxacine,)
- SULFAMIDES : Sulfaméthoxazole
- AUTRES : Triméthoprime, Co-trimoxazole, Nitrofurane,
Fosfomy.

les principlaes entérobactéries :

A. Escherichia coli

I. Taxonomie :
E. coli = bactérie isolée en 1885 est le genre d’entérobactérie
le plus souvent responsable d’infections humaines.
- Famille d’enterobactériacae
- Genre : Escherichia
- Espèce : Escherichia coli
II. Facteurs de pathogenicité
- Une capsule qui s'oppose à la phagocytose.
- Des protéines de la membrane externe et le LPS
- Des systèmes de captation du fer - les sidérophores -
fournissant aux bactéries le fer indispensable à leur
**Pathovars d’[Link]
multiplication
IV. Diagnostic bactériologique :
- Des adhésines : conférant la propriété de se fixer aux
 A partir de prélèvements divers, urines,
cellules épithéliales. L'adhérence constitue une étape
selles, sang, LCR, pus, liquide d'ascite, on
essentielle de la pathogenèse des infections dues aux
recherche le colibacille par des techniques
bactéries entériques.
bactériologiques :
- Des toxines : - Examen microscopique : présence de bacilles
l'endotoxine, commune aux entérobactéries, à Gram-
les entérotoxines ST (thermostables) et LT (thermolabiles). - Culture : milieux ordinaires ou lactosés
- Un sérotypage n'est pratiqué couramment que
les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin). Ce sont des
pour les souches-entéropathogènes (EPEC) et
toxines qui altèrent l'intégrité des anthérocytes. pour les sérotypes O157 (EHEC)
III. Habitat- pouvoir pathogène - La mise en évidence des entérotoxines n'est
 Hôte normal du tube digestif pas facile.
 [Link] est responsable de : - La recherche de l'antigène K1 dans le sérum,
le LCR ou les urines par agglutination de
- Infections de l’arbre urinaire
particules de latex sensibilisées permet un
- Infections abdominales diagnostic rapide en particulier chez le
- Bactériémies nourrisson ou le nouveau-né infectés
- Choc endotoxinique (fièvre, collapsus et hémorragies) - Le sérodiagnostic des infections à colibacilles
- Méningites et bactériémies du nouveau-né et du nourrisson n'est utile qu’en cas
« d’infection haute ».
- Syndromes diarrhéiques (dus aux pathovars** d’[Link])
 V. Sensibilité aux antibiotiques :
- Escherichia coli est généralement sensible aux - Les aminosides et les polypeptides sont
antibiotiques. également actifs de même que les quinolones
- Parmi les bêtalactamines, sont actives les pénicillines du de première génération, les fluoroquinolones et
groupe A (aminopénicillines), les carboxypénicillines, les le cotrimoxazole.
- Cette sensibilité peut être modifiée par la
ureidopenicillines, les céphalosporines, les carbapénems et
production d'enzymes hydrolysant les
les monobactams. bêtalactamines (pénicillinase,
céphalosporinase) ou les aminosides ou par
une mutation affectant les porines.

B. Salmonella
I. Nomenclature et taxonomie :
► Classification de Kaufman (ancienne) IV. Diagnostic bactériologique :
- Chaque serotype est considéré comme une espèce 1. Diagnostic direct :
- Des noms latins sont donnés : Salmonella typhi, Salmonella ► Prélèvement :
typhimurium ....  Cas des fièvres typhoïdes :
- Présence dans le genre de sous-genres numérotés de I à IV : - Hémoculture : positive chez 75 % des malades à
 Sous-genre I : Samonella de l’homme et des animaux à sang la 1ere semaine (3 hemoc à 1 ou 2 jours
Chaud. d’intervalle)
 Autres sous-genres : Salmonella des animaux à sang froid - Coprocultures (selles) : souvent négatives à la
► Nomenclature récente : 1ere semaine mais restent longtemps positives.
2 espèces du genre Salmonella : La règle : il faut faire hémoculture + coproculture
 Salmonella enterica subdivisée en six sous-espèces : pour avoir un diagnostic dans 90% des cas
enterica (I), salamae (II), arizonae (IIIa), diarizonae (IIIb),  Cas des toxi-infections alimentaires :
houtenae (IV) et indica (VI). - Coproculture
 Salmonella bongori (rare) - Produits alimentaires
► Culture
- Toutes les espèces du genre Salmonella peuvent infecter les  Milieu selectif :
humains. - Nécessaire pour les prélèvements
- La sous-espèce enterica de Salmonella enterica comprend polymicrobiens coproculture)
2 610 sérotypes différents, les plus connus étant Typhi, - On utilise des milieux riches en sels biliaires:SS
Paratyphi, Enteritidis, Typhimurium et Choleraesuis(1). (Milieu Salmonelle Shigelle) ou milieu Hektoen.
- Les sérotypes sont caractérisés par trois antigènes de  Milieu liquide d’enrichissement :
surface : - Nécessaire car le nombre de Salmonelle est
l’antigène flagellaire « H », l’antigène oligosaccharidique faible dans les prélèvements (selles, aliments)
« O » et l’antigène polysaccharidique « Vi » (découvert dans - On utilise des milieux à base de selenite ou de
les sérotypes Typhi et Paratyphi)(4) tetrathionate
II. Habitat :
 L’habitat commun de la sous-espèce enterica (I) sont
les animaux à sang chaud.
 Tandis que l’habitat commun des sous-espèces II, IIIa, IIIb, IV
et VI sont les animaux à sang froid et l’environnement.

III. Pouvoir pathogène :

Salmonella enterica peut causer quatre manifestations
cliniques différentes :
- La gastro-entérite ou « intoxication alimentaire » :
caractérisée
par des nausées soudaines, des vomissements, crampes
abdominales et diarrhée (serotype typhimurium)
- La bactériémie
- La fièvre entérique également connue sous le nom « fièvre
typhoïde », causée par les sérotypes Typhi et Paratyphi. La milieu Hektoen
fièvre entérique est caractérisée par une fièvre, maux de tête,
une bradycardie, une éruption cutanée, des douleurs
abdominales, diarrhée ou constipation
- L’état de portage asymptomatique
 V. Sensibilité aux antibiotiques :
- Les Salmonelles sont généralement sensibles
aux antibiotiques actifs contre les bacilles à
Gram négatif. Certaines résistances
sont possibles et impliquent la pratique d'un
antibiogramme.
- Les fièvres typhoïdes sont actuellement
traitées par une céphalosporine de troisième
génération et en particulier par la ceftriaxone
(traitement de référence).
Les fluoroquinolones sont également utilisées
chez l'adulte.
milieu SS - Les gastro-entérites relèvent d'un traitement
symptomatique (régime et réhydratation). Une
► Identification : antibiothérapie (sulfaméthoxazole-
- Aspect des colonies sur milieux sélectifs : colonies lactose – triméthoprime, fluoroquinolones) n'est utile que
avec un centre noir (H2S +) dans les cas graves.
- Coloration de Gram
- Identification biochimique : galerie classique, galerie API
- Identification antigénique : VI. Prophylaxie
*Par test d’agglutination sur lame à l'aide - Hygiène de l’eau et des aliments
d'immuns sérums.
- Surveillance épidémiologique
* Sur des colonies isolées, on recherche d'abord
l'antigène O de groupe puis à l'aide du tableau de Kauffmann - Vaccination des personnes à risque : pélerins,
White, on étudie les spécificités H voyages en pays d’endémie, militaires ... : 2 types
de vaccin.
 Un vaccin injectable, constitué d'un extrait du
2. diagnostic indirect :
 Le sérodiagnostic d'une fièvre typhoïde ou sérodiagnostic de polyoside capsulaire Vi purifié de Salmonella
Félix Typhi (Typhim Vi ).
- Consiste à rechercher les anticorps du malade en présence - 1 seule injection.
de suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C. - Protection pour une durée de trois à cinq ans (
- Les anticorps anti O apparaissent les premiers mais elle se limite à la fièvre typhoïde à l'exclusion des
disparaissent plus vite, les anticorps anti H persistent plus paratyphoïdes et des autres salmonelloses.
longtemps. L'analyse des résultats permet de suspecter  Des vaccins vivants administrés par voie orale.
l'agent causal et de fixer la date de l'infection.

cinétique des anticorps O et H au cours de la typhoide

 C. shigella
I. Introduction-taxonomie :
 Les Shigella sont des entérobactéries à faible pouvoir IV. Diagnostic bactériologique
métabolique, toujours immobiles. Elles sont génotypiquement  Prélèvement : coproculture à la phase aigue
très voisines des Escherichiae. de la maladie
 Les caractères biochimiques et antigéniques permettent de  Culture :
distinguer 4 espèces ou groupes antigéniques dans le genre : - Milieu sélectif (SS ou Hektoen)
- Sh dysenreriae - Incubation pendant 24 h à 37°C
- Sh flexneri  Identification :
- Sh boydii - Colonie lactose -, H2S –
- Sh sonnei - Etat frais : bactéries immobiles
- Identification biochimique :
II. Habitat- Epidémiologie- Pouvoir pathogène Caractères des entérobactéries,
► Les shigelles sont des bactéries strictement humaines. galeries muettes
- Elles ne font pas partie de la flore intestinale normale ; on ne  Agglutination à l’aide de sérums spécifiques
les trouve que chez les malades et les convalescents.
► Elles sont responsables de l'historique "dysenterie V. Sensibilité aux antibiotiques
bacillaire" (Shigella dysenteriae) .  Shigella reste sensible aux antibiotiques
Actuellement, elles sont la cause, chez l'adulte, de colites actifs sur les entérobactéries. Mais des
infectieuses et chez l'enfant, de gastro-entérites sévères avec souches multi résistantes sont apparues.
diarrhée mucopurulente et sanglante, fièvre et déshydratation.  Le traitement repose sur : Trimetoprime-
Ces infections surviennent par petites épidémies familiales ou sulfamethoxazole, une fluoroquinolone ou une
"de cantine". betalactamine
VI. Prophylaxie
III. Physiopathologie  Hygiène de l’eau et des aliments
 Les Shigelle envahissent la muqueuse intestinale (pouvoir  Etude épidémiologique des souches
invasif).  Absence de vaccin à ce jour
 Pénètrent dans les entérocytes et les détruisent par action
d'une toxine.
 Il s'en suit une importante réaction inflammatoire de la
muqueuse qui explique la symptomatologie clinique

5. Helicobacter pylori :
I. Introduction :
- Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 4
 Bacille à Gram négatif de forme spiralée
à 12 jours.
 Hélicobacter pylori (HP) colonise l’estomac de la moitié de
- Facteurs de virulence :
l’humanité.
* Cytokine vacuolisante → vacuoles acides dans
 Il est responsable de nombreuses pathologies gastro-
les cellules.
intestinales : allant de la gastrite chronique aux ulcères
* Urease très active : libération des ions
gastriques et duodénaux jusqu’au cancer gastrique et le
ammonium qui pourraient neutraliser l’acidité
lymphome de Malt
gastrique autour de la bactérie.
 Culture délicate
IV. Epidémiologie :
 Actuellement se pose le problème de résistance aux
- L’homme est le principal réservoir de HP
Antibiotiques
- HP isolé chez des animaux vivant proche de
II. Taxonomie :
l’homme et contaminés à son contact ( porcs,
- Le genre HP appartient à la subdivision des proteobacteria
moutons, singes en captivité, cafards )
- Ordre des Campylobactérales
- La transmission est strictement interhumaine
- Famille des Helicobacteraceae
précoce dans l’enfance et intrafamiliale
- Le genre Helicobacter regroupe plus de 20 espèces
- Trois voies de transmission sont suspectées :
reconnues avec de nombreuses espèces en attente de
gastro-orale, oro-orale et feco-orale
reconnaissance.
- La prévalence s’élève progressivement avec
- Elles colonisent la muqueuse digestive de l’homme et l’animal
l’âge dans les pays industrialisés. Le taux
III. Caractères bactériologiques
d’infection est de 5 à 10% chez l’enfant et atteint
- Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles (flagelles
25 à 50% chez l’adulte
polaires)
- Absence de spores et de capsule
 V. Physiopathologie :
VI. Clinique :
- La bactérie traverse, au niveau de la muqueuse gastrique, la
 L’infection à HP provoque constamment une
couche de mucus et vient se fixer sur les cellules épithéliales.
gastrite le plus souvent asymptomatique qui
- Ce contact va induire des chémokines, notamment
persiste toute la vie en absence d’éradication
l'interleukine 8 (IL-8), attirant et activant les polynucléaires et
 Elle peut évoluer vers des pathologies plus
les macrophages.
sévères :
- Des cytokines pro-inflammatoires (TNFa, IFN-g) sont alors
- Ulcère gastrique ou duodénal (10% des cas)
libérées.
- Cancer gastrique (1% des cas)
- L'inflammation (gastrite chronique) va persister toute la vie
- Lymphome de Malt rarement
du sujet, sauf éradication. L'évolution de cette gastrite vers
l’atrophie a été décrite voir vers la métaplasie et le carcinome
VII. Diagnostic bactériologique :
• Les 3 méthodes actuelles sont
intestinal .
1: la sérologie, 2: le test respiratoire,
3: la recherche d'antigènes dans les selles
(méthodes non invasives)
et 4: biopsies au nombre de 3 (méthodes
invasives).
- examen anatomo- pathologique
- test à l'urée
- cultures
. amplification génique
1. Méthodes non invasives :
a. La sérologie :
méthode non invasive ,est utile en dépistage mais
elle est réservée à des laboratoires
spécialisé[Link] reste toutefois positive de
nombreux mois après l'éradication.
- La technique la plus utilisée est de type ELISA.
La sensibilité et la spécificité varient selon les kits
 Pathogénie de Helicobacter pylori commercialisés.
- L'autre technique, peu utilisée en dehors de
laboratoires spécialisés, est dénommée
immunoblotting ou western-blot qui permet de
préciser le diagnostic dans les « zones douteuses
» de l'ELISA.
b. Le test respiratoire:
ou analyse de l'air expiré . consiste à faire
absorber au patient de l'urée marquée au carbone
13 ou 12, puis à rechercher la présence ou
l'absence de l'isotope dans le gaz carbonique
expiré.
 Si la bactérie est présente dans l'estomac, l'urée
se scinde et libère le carbone 13 (ou 12) qui passe
dans le sang puis les poumons et se retrouve
dans l'air expiré. Ce test, fiable à plus de 98 %,
présente l'avantage de rechercher la présence de
la bactérie dans la totalité de l'estomac.
 c. Recherche d’antigènes dans les selles :
Principaux caractères bactériologiques :
Cette méthode présente un intérêt indéniable chez des sujets - H. pylori est un petit bacille à Gram négatif,
dont l’infection était prouvée par fibroscopie/biopsie légèrement incurvé
- C'est une bactérie micro-aérophile (mais
capable de croître en anaérobiose en
présence de C02 )
- Catalase +, oxydase +, nitrate réductase +,
uréase ++++, n'acidifiant pas les sucres.

2. Méthode invasive
- Elle fait appel à des biopsies (surtout au niveau de l'antre et
du fundus) lors d'une endoscopie, par exemple pour un malade
qui réagit peu au traitement.
- 3 biopsies doivent être réalisées :
1 pour l’examen anatomopathologique
1 pour le test à l’uréase
1 pour la culture Coloration de Gram

➢ Culture :
 La dernière biopsie est broyée avec du bouillon nutritif et
ensemencée:
- sur une gélose sélective Helicobacter pylori (PYL)
- sur une gélose Columbia/Brucella/Wilkins Chalgren à 10%
de sang de cheval. Galerie d’identification

 Les boites sont placées en atmosphère microaérophile (10% VIII. Traitement :

de C02) et examinées après 4 jours, puis tous les 3-4 jours Sensibilité aux antibiotiques :
pendant 15 jours.  Le traitement est actuellement recommandé :
- Apparition de colonies translucides, non pigmentées et d'un chez
diamètre de 1 mm. - Les malades ayant un ulcère prouvé
- Ceux ayant un lymphome du MALT
- Voire lors d'atrophie gastrique identifié
simplement par recherche d'antigène dans les
selles.
Si diagnostic réalisé culture + antibiogramme :
- Inhibiteur de la pompe à protons (anti –acide) +
2 antibiotiques.
Sinon :
- Quadrithérapie bismuthéé (IPP + Citrate de
bismuth, métronidazole, tetracycline)
- Traitement concomitant : Amoxicilline,
Métronidazole, Clarithromycie + IPP
IX. Prophylaxie :
L'incidence élevée de cette infection dans la
population et les conséquences qu'elle implique,
notamment le risque de développer un cancer de
l'estomac, justifient la recherche soit d'un vaccin
contre cette bactérie soit de nouvelles molécules
capables de l'éradiquer tels les gènes de l'uréase
dont les deux sous-unités, UreA et UreB
administrées à des souris, ont permis de
protéger 70% d'entre elles contre l'infection.
 6. Haemophilus (BGN de culture difficile)
I. Introduction :
 Le genre Haemophilus comporte une vingtaine d’espèces ✓ Caractères antigéniques :
dont quelques unes seulement sont pathogènes pour – Certaines souches d’[Link] possèdent
l’homme. une capsule polysaccharidique permettant de
 Haemophilus influenzae est responsable de la majeure définir 6 différents sérotypes, de a à f
partie des infections humaines liées à ce genre – Chaque type capsulaire à sa spécificité
 Haemophilus ducreyi, est responsable du chancre mou. antigénique sans réactions croisées.
 Elles exigent pour leur culture des facteurs de croissance – Le type b est le plus fréquent dont le
apportés par le sang (hémine et/ou NAD). polysaccharide capsulaire est le polyribosyl-
II. Haemophilus influenzae ribitol phosphate (PRP)
✓ Taxonomie:
-Ordre: Pasteurellales ✓ Facteurs de virulence :
- Famille des Pasteurellaceae - Polysaccharide capsulaire : Résistance à la
- Genre : Haemophilus phagocytose
- Espèce: H. influenzae - Pili : adhésion
- [Link] comporte 6 sérotypes a,b,c,d,e,f. le plus - IgA protéase
important étant le sérotype b.
✓ Caractères bactériologiques:: ✓ Epidémiologie :
 petits bacilles ou coccobacilles à Gram négatif avec un - Réservoir:
polymorphisme important (formes longues).( 0,3 - 1 à 1,5 µm) Portage : oropharyngée+ muqueuses.
 immobiles, non sporulées, parfois capsulées, aérobies et [Link] : présent au niveau plaque dentaire
anaérobies facultatifs. - Transmission: interhumaine par voie aérienne.
 Leur croissance exige des milieux de culture enrichis N.né : au moment de l'accouchement.
contenant des facteurs de croissance: les facteurs X et V, et - Réceptivité: Sujets fragiles: enfant, sujet âgé,
une température optimale de 34-37 °C. immunodéprimé.
 les souches capsulées donnent des colonies volumineuses, - Facteurs favorisants: Co-infection bactérienne
muqueuses ayant tendance à s'étaler ou des colonies lisses, ou virale, tabagisme, pollution, Bronchite
rondes à bords réguliers, bombées, facilement dissociables chronique.
Les souches non capsulées donnent des colonies lisses, Facteurs liés au germe: Facteurs de virulence
plus petites que les précédentes, difficile à prélever.
✓ Physiopathologie :
(voir schéma en dessous)

Haemophilus influenzae
 ✓ Clinique :
- Infections invasives Hib chez l’enfant
- Méningites: syndrome méningé fébrile (céphalée,
vomissement, photophobie, raideur de la nuque).
2 à 6 % de mortalité avec des séquelles neurologiques
malgré le traitement
- Infections ORL
Epiglottite: grave (difficultés respiratoires).
otite moyenne aigue, sinusites.
Conjonctivites, pneumonies, autres états septicémiques:
arthrite, péricardite…

✓ Diagnostic bactériologique direct : Technique 3: satellitisme

- Utiliser la culture sur gélose au sang frais
Prélèvement : (source d’hémine) en association avec une
* Produits mono-microbiens obtenus par ponctions : LCR, souche productrice de NAD dans le milieu :
liquides articulaires, pleural, hémoculture Staphylococcus aureus
* Produits poly-microbiens : secrétions bronchiques, - On observe la pousse :
prélèvement ORL (éviter la contamination par la flore d’H. influenzae autour de la souche
saprophyte)

Acheminement
* Bactérie fragile ➔ transport rapide au laboratoire
Examen microscopique à partir du produit pathologique :
* Petit bacilles à gram négatif
* Souvent cocco-bacillaire
* Aspect plus long, parfois filamenteux
* Immobile
* Non sporulés
* Parfois encapsulés

Culture :
* Bactérie exigeante en facteurs de croissance V et X
présents dans les globules rouges :
V = NAD (nicotinamide adénine dinucléotide)
X = hémine ➢ Utilisation d’une galerie Api NH
* Les milieux de culture doivent contenir ces facteurs =
gélose au sang cuit (= gélose chocolat)
* Pour les prélèvements poly microbiens on utilise, en plus,
des milieux sélectifs additionnés d’ATB (bacitracine,
vancomycine)
* Incubation à 35-37°C dans un atmosphère riche en CO2
* On obtient différents types de colonies : fonction de
l’existence ou non d’une capsule.
➢ Souches encapsulées : colonies muqueuses,
volumineuses et bombées
➢ Souches non encapsulées : lisses, plus petites

Identification :
Identification par Caractères biochimiques :
➢ Mise en évidence de l’exigence en facteurs X et V
Technique 1: disques
- Culture par inondation sur gélose ordinaire riche (M-H)
- Dépôt de disques d'hémine et de NAD
Technique 2: cultures comparées
Culture 4 milieux à composition variable en facteurs V et X
 2. Résistances acquises :
 Habituellement sensible aux
aminopenicillines,C2G, C3G, aminoside,
fluoroquinolones, trimethoprime, tetracycline ,
chloramphénicol.
 Certaines souches peuvent être résistantes à
l’ampicilline par:
- Production de bétalactamases plasmidiques de
type TEM1
- D’autres sont résistantes à l’ampicilline sans
production de bétalactamases par diminution des
affinités des PLP3 ou imperméabilité

Techniques immunologiques :
- Diagnostic rapide
- Repose sur la recherche d’Ag solubles,polysaccharidiques
- Directement dans le LCR, le sérum ou dans les urines en
cas de méningite, de septicémie ou d’infection pulmonaire
- A partir de la culture : détermination du serotype des
souches capsulées
Serotype b est le plus virulent
Sensibilité aux antibiotiques :

I. Résistances naturelles:
– macrolides à 16 atomes: spiramycine, josamycine
– bacitracine
– mécillinam
– oxacilline
– glycopeptides.
– C'est une espèce modérément sensible aux
 macrolides (cycle 14 et 15 atomes)
 érythromycine
 céphalosporines de 1ere G (céfalotine ou KF)
 ✓ Diagnostic biologique indirect :
– Il n'existe pas de test de diagnostic indirect à réaliser en ✓ Diagnostic bactériologique direct:
pratique courante pour le diagnostic d'une infection à H.  Prélèvement :
influenzae. - Grattage du chancre
– Seule peut être envisagée la recherche d'anticorps - Ponction de l’adénopathie avant fistulisation
antipolysaccharides de capsule de type b (anti PRP) dans un  Transport :
contexte de contrôle de réponse à la vaccination anti-Hib. – Germe fragile
✓ Traitement : – Le transport au laboratoire doit être rapide
En raison de la forte prévalence des souches productrices  Examen microscopique :
de bétalactamases, le traitement de première intention des – Petit BGN,
infections à H influenzae fait appel à : – en courte ou longue chaînette parallèle ( aspect
 L’association amoxicilline + acide clavulanique ou à une en chaîne de vélo)
 céphalosporine de deuxième ou troisième génération ++,  Culture :
en fonction de la localisation de l’infection. - Culture difficile
✓ Prophylaxie : - Exigeant en hémine= facteur X.
Vaccination : - Des milieux riches en sang incubés à 35 °C en
atmosphère humide à 10 % de CO2.
- Concerne les infections à Hib - Sur ces milieux les colonies sont petites, blanc
- La vaccination repose sur l’utilisation du polysaccharide grisâtre, avec une collerette transparente à bords
de type b ou le polyribosyl-ribitol-phosphate (PRP) rugueux, se développant en 2 à 5 jours
- Vaccination administrée avant l’âge de 6 mois avec rappel
à 18 mois. ✓ Caractères biochimiques :
- ➔ une immunité à long terme chez plus de 90% des  L’identification biochimique de H. ducreyi qui
enfants vaccinés pousse sur une culture est difficile, car H. ducreyi
- Vaccin actuellement obligatoire au Maroc. ne pousse pas sur les milieux utilisés en routine
pour les test biochimiques,
III. Haemophilus ducreyi  en plus il ne fermente pas les sucres.
 Quelques caractères qui pourraient être pris en
✓ Introduction: considération:
Bactérie pathogène spécifique, responsable du chancre » Oxydase +
mou, infection à transmission sexuelle. » Catalase —
» exige le facteur X pour sa croissance
✓ Taxonomie:  Mais pratiquement l’identification réside
Ordre: Pasteurellales, essentiellement sur l’examen direct et sur
Famille des Pasteurellaceae l’aspect des colonies.
Genre : Haemophilus
Espèce: H. ducreyi ✓ Traitement:
– Le traitement minute repose sur la
✓ Épidémiologie: ciprofloxacine , la ceftriaxone ou l’azithromycine
 De distribution mondiale, le chancre mou est une maladie – L’association amoxicilline + acide clavulanique
en actuelle recrudescence. ou le cotrimoxazole nécessite un traitement de 7
 On note une nette prédominance masculine de l’affection à 14 jours.
qui touche neuf hommes pour une femme.
 Cette répartition est peut-être faussée par l’existence de
formes inapparentes ou de diagnostic difficile chez la
femme .

✓ Caractères bactériologiques:
– Petit bacille à gram négatif
– Exigeant en hémine= facteur X.
– Culture difficile

✓ Clinique :
 H. ducreyi est responsable du chancre mou,
 ulcération génitale douloureuse recouverte d’un enduit
purulent .
 accompagnée ou non d’une adénopathie
 7. Les Cocci à Gram négatif
Importance :
 Genre Eikenella
 Bactéries strictement humaines
– Eikenella corrodens du groupe AACCEK
 Impliquées dans infections graves:
 Genre Veillonella: anaérobie de la flore de
– Méningites,
Veillon (voir cours / anaérobies)
– IST,
III. Neisseria meningitidis
– Endocardites,
Ou Méningocoque
– Infections des VAS,
Agent des méningites cérébrospinales et des
– infection des parties molles (dermohypodermites et
méningococcémies: septicémies éruptives
fasciites nécrosantes)
gravissimes (purpura fulminans)
 Maroc: concerné
URGENCE ABOSLUE
 ➔ Problème de santé publique
Diagnostique, Thérapeutique et Prophylactique
– Morbidité, Mortalité, Séquelles
MADO
– Contagiosité et infections associées aux soins
– Difficulté diagnostique 1. Introduction :
– Résistance aux ATB de + en + constatée  Le Méningocoque = DCGN3 fragile et exigeant
– Prophylaxie souvent difficile – des milieux enrichis sang d en primoculture
I. Introduction- définitions: – et une atmosphère enrichie en CO2, et H2O
 Les cocci à Gram négatif sont des bactéries groupées par – 36+/-1°C,
paires (DCGN) :  Possède une capsule polysaccharidique
=> aspect en « grain de café ». => plusieurs sérogroupes dont A, B, C, Y et W135
=> aspect en 8 sont les plus fréquents (=> épidémies)
 De nombreux genres et espèces existent dont deux sont  Des Ag protéiques de paroi
particulièrement pathogènes pour l’humain: => types et sous-types => marqueurs
– N. meningitidis agent de MCS1 épidémiologiques
– N. gonorrhoeae agent d’IST
2. Épidémiologie
✓ Réservoir:
– N. meningitidis = est une bactérie strictement
humaine.
– il colonise le rhino-pharynx
– Portage selon l’âge, les populations et les
saisons.

✓ Expression de la maladie:
– maladie endémique dans les PEVD
– Cas sporadiques (surtout le groupe B) dans les
II. Classification et Taxonomie PI
 Genre Neisseria: – Épidémies (groupes A, C, Y, W) dans les zones
– Neisseria pathogènes: (colonies grises) intertropicales et les collectivités.
* Neisseria gonorrhoeae (Gonocoque ) ✓ Transmission:
* Neisseria meningitidis (Méningocoque) – Nm = bactérie extrêmement fragile
* ... – transmission = interhumaine directe
– Neisseria « non pathogènes » (colonies pigmentées – par voie aérienne (gouttelettes de Pflügge)
dans le jaune)
* Neisseria flava, N subflava, N perflava, ... ✓ Réceptivité:
 Genre Branhamella: – l’enfant et l’adulte jeune non immunisés
– Branhamella catarrhalis
 Genre Moraxella: ✓ Immunité:
– Moraxella lacunata – Ig G anti-capsulaires sériques bactéricides.
– Moraxella nonliquefasciens – IgA S spécifiques sur les muqueuses
– ...
 Genre Kingella:
– Kingella kingae du groupe AACCEK2

1
MCS= méningite cérébrospinale . IST= infection sexuellement transmise
2
AACCEK = agents d’endocardites à hémocultures « négatives »
3
DCGN: diplocoque Gram négatif
 ✓ Répartition géographique:
– le monde entier est concerné, ✓ Facteurs de virulence
– notamment en zone intertropicale (ceinture de  Pili ou fimbriae de surface => adhésion aux
pauvreté en Afrique) cellules oropharyngées.
– Sérogroupe B (et A) en Europe (Fr, ...) et au Maroc  IgA protéase dégradant IgAS => échapper à
– Sérogroupe A est prévalent en Afrique l’immunité locale.
– Les voyages favorisent la diffusion de tous  L’endotoxine = lipo-oligosaccharide (LOS)
Sérogroupes ( Ag O des BGN) => choc septique.
 ...
 La capsule polysaccharidique => anti -
phagocytose.
– A, B, C, Y, W135 = immunogènes => vaccin +
(mono, di ou tétravalent)
– Le polysaccharide B est très peu immunogène
– => pas de vaccin.
NB: Réaction croisée avec l’Ag K1 de Escherichia
coli.
 Ag protéiques de surface: favorisent l’adhésion
et l’invasion des cellules

4. Diagnostic biologique
Direct:
Meév de la Bactérie (ED et culture), de ses
Antigènes et de ses Acides nucléiques
meningitis: les pays les plus touchés.
1) Prélèvements bactériologiques
3. Pouvoir pathogène  le LCR (ponction lombaire L4/L5 ou L5/S1) :
✓ Physiopathologie geste médical
 Début : rhino-pharyngite souvent inaperçue.  le sang chez le malade (10 à 20 mL de sang dans
 Phase d’invasion: dissémination vers les méninges bouillon d’hémoculture aérobie)
par voie hématogène  L’écouvillonnage des lésions purpuriques
 Phase d’état:
– + inflammation: Le méningocoque étant très fragile
• Hyperleucocytose neutrophile le transport rapide des prélèvements au
• CRP et pCT très élevées laboratoire en évitant leur exposition au froid.
• LCR trouble (riche en leucocytes) +/- milieu de transport
– septicémie (méningococcémie) +/- grave 2) Examen cytobactériologique du LCR
– méningite (bien définie cliniquement) a) Examen macroscopique
✓ Clinique:  Le LCR dans les MCS typiques apparaît:
 La méningite cérébrospinale typique comporte: – trouble à purulent => aspect en « eau de riz »
– Fièvre: 39 voire 40°C b) Examen cytologique
– Céphalées et photophobie  Numération leucocytaire:
– Vomissements en jet en général >1000GB/mm^3 de LCR,
– Raideur de la nuque  Formule leucocytaire: prédominance de
– Etc. granulocytes neutrophiles.
 La septicémie à méningocoque:
– Syndrome infectieux sévère (Sepsis)  Examen bactériologique:
– Altération de l’état général (AEG)  Gram: Obligatoire
– Purpura vasculaire (riche en microbes) – Meév les polynucléaires et les diplocoques
gram (-), en "grains de café" en position
➔ Mise en jeu du pronostic vital intra- ou extracellulaire.
 MGG ou Bleu de méthylène Très intéressants
– Aspect en grain de café
  L’identification fait appel:
– aux caractères biochimiques :
* Ex: galerie Api NH (Neisseria et Haemophilus)
* N gonorrhae 

galerie API NH (exemple d'une souche de N. gonorrhoeae)

* Nm est: Glucose +, Maltose +, γGT +

3) Diagnostic immunologique = recherche d'antigènes
– identification immunologique:
solubles:
sérogroupe capsulaires par agglutination sur lame.
 Technique la plus utilisée:
A, B, C, Y, W135.
– agglutination latex
 Indications:
5. Sensibilité aux antibiotiques :
– Méningite décapitée par ATBth
 L’antibiogramme est inutile en routine car
– Sérogroupage
traitement standardisé:
– Examen direct négatif.
– C3G (Ex: céfotaxime ou bien ceftriaxone)
– Phénicolés ou Cotrimoxazole si contre indication
 Le méningocoque est sensible à la pénicilline G
sauf:
– souches de sensibilité diminuée à l’ampicilline
– Souches bêta-lactamase + => à détecter par le test
de céphalosporine chromogène
 La spiramycine est également active.
6. Prévention :
1) Mesures générales:
 Lutte contre la promiscuité et la précarité
 Lutte contre le stress et le froid
 Comportement responsable (lors de toux et
d’éternuement) pour éviter la transmission
4) Culture et Identification
respiratoire
 L’isolement est réalisé sur milieu enrichi:
– Sur gélose au sang cuit (chocolat) +/- additionnée de 2) Chimio prophylaxie
polyvitamines  Les antibiotiques actuellement recommandés
– Atmosphère humide et riche en CO2 sont la Ceftriaxone et la Ciprofloxacine.
– À 36 +/- 1°C – Ceftriaxone: 1 inj IM de 250mg
 Colonies: en 24 à 48 h – Ciprofloxacine: 1 cpr de 5OOmg
– Lisses, bombées, grises à transparentes – Pour l’entourage très proche du malade
– Elles sont: Oxydase + et Catalase + (famille, soignants, camarades) SCHEMA
PRECIS
– Le personnel hospitalier et des laboratoires
 3) Vaccination Nature des prélèvements en fonction de la
 Les vaccins sont à base de polysaccharides capsulaires clinique:
purifiés.  Pus et sécrétions au niveau :
 Les vaccins actuellement commercialisés sont: – Endocervical (F), urétral (H),
– Monovalents: groupe A, groupe C – Rectal et pharyngé (F et H),
– Bivalent: Groupes A + C, – Oculaire et cutané (NN)
– Tétravalent: Groupes A+ C+ Y+ W135 – Urines 1er jet (H)
 Ces vaccins sont efficaces et bien tolérés mais peu  Épanchements:
immunogènes avant l’âge de 2 ans. – liquide articulaire (formes invasives)
 Sepsis ou Sd infectieux sévère:
Indications: – Sang →hémoculture (formes invasives)
Contexte d’épidémie de MCS.  Le gonocoque est un germe fragile
Voyage en zone à risque (Ex: Hajj/Omra et Afrique IT) – le prélèvement doit être réalisé au laboratoire
– sinon utiliser un milieu de transport approprié.
IV. Neisseria gonorrhoeae :
I. Épidémiologie :
 Gonocoque = agent d’une IST:
– Il est souvent co-transmis avec Chlamydia trachomatis
 Réservoir:
– Bactérie hôte strict des muqueuses des voies génitales de
l'humain.
– pas de portage sain mais l’existence de formes
asymptomatiques notamment chez la femme favorise la
dissémination de l’infection.
 Transmission:
2) Examen direct
– essentiellement directe par voie vénérienne (sexuelle).
 L’examen direct du prélèvement après
– Pernatale: NN contaminé au cours de l'accouchement =>
coloration de Gram:
ophtalmie purulente
– diplocoques gram négatifs en "grain de
 Immunité:
café", intra et extracellulaires :
– Maladie non immunisante, les réinfections sont possibles.
– Sensibilité du Gram chez l’homme = 98 %.
– Vaccin difficile à mettre en œuvre: grande variabilité
– Sensibilité chez la femme: au mieux = 50 %.
II. Rôle pathogène
1) Pouvoir pathogène
✓ Chez l'homme: blennorragie
– urétrite antérieure le plus souvent aiguë avec écoulement
purulent et brûlures mictionnelles +/- compliquée.
✓ Chez la femme:
– infection souvent inaperçue:
– Parfois: cervicite + leucorrhées.
– Les formes non traitées sont source de complications.
2) Facteurs de pathogénicité
 fimbriae et protéines de la membrane externe qui
interviennent dans l’adhésion et l’invasion des cellules
épithéliales.
– Ces protéines subissent des variations antigéniques qui
compliquent la mise au point d’un vaccin.
 IgA-protéase clivant les IgA-S
– => échapper à l’immunité spécifique locale.

I. Diagnostic biologique :
C’est essentiellement un diagnostic direct
1) Prélèvements
 Écouvillonnage local.
– 2 écouvillons séparés :
* l'un pour l'examen direct,
* l'autre pour la culture,
 1er jet d’urine chez l’homme
 Au minimum: une lame pour le Gram
3) Culture et identification
 Germe fragile et exigeant,  Le gonocoque est sensible à la pénicilline G,
– => l’isolement du gonocoque nécessite: sauf si souche BLNAR ou bien bêta-lactamase (+)
- Des conditions de prélèvement idéales (BLNAR: bêta-lactamase négative ampicilline
- des milieux enrichis (Gélose sang cuit + polyvitamines) resistant)
- une incubation dans à température, humidité et CO2 – BLNAR: modification des PLP (disque KF ou CF)
adéquats. – Β-lactamase + => plasmide codant pour la
- pendant 24 à 48 heures production de Pénicillinase => test Céfinase.
 L’identification spécifique fait appel aux caractères  D'autres antibiotiques sont très actifs : cyclines,
biochimiques spectinomycine.
 Le traitement des infections gonococciques est
standardisé par l'OMS:
1. C3G
2. Spectinomycine 2g en IM
3. Fluoroquinolones (! Rce en )
4. Phénicolés (! Toxicité)

4) Autres méthodes de diagnostic

 Mise en évidence des antigènes du gonocoque par
technique ELISA dans le prélèvement pathologique
– Technique performante
– Rapide: en 2 heures.
 Biologie moléculaire (PCR et sondes d’hybridation) ont été
développées.
– Souvent associée la recherche de Gonocoque et de
Chlamydia
5) Sensibilité aux antibiotiques
 Méthode de diffusion en gélose (antibiogramme classique)
= ininterprétables.
 La surveillance de la sensibilité est assurée par des
laboratoires spécialisés qui utilisent:
– des techniques en dilution
– Des bandelettes CMI E-Test
– Des tests de BioMol

4. Prévention :
 = Lutte contre les IST
 Éducation, information et sensibilisation / IST.
 Usage de préservatifs
 Limitation des partenaires
 Dépistage et traitement patients/partenaires

V. Autres Neisseria
 Non exigeantes
 Commensales du rhinopharynx humain
 Nombreuses espèces dont colonies souvent
pigmentées en jaune +/- fort
 Peuvent donner des infections respiratoires
ou génitales, voire méningites
 L’espèce la plus impliquée est:
– Neisseria lactamica
 => diagnostic différentiel (Api NH)
 VI. Branhamella catarrhalis :
 Diplocoques vrais (en 8), Gram (-), appelé aussi Objectifs (=questions d’examen):
Moraxella, famille Branhamaceae ou Moraxellaceae mais
plus proche des Neisseriae . 1. Définir et classer le méningocoque et le
 Habitat : fosses nasales de l’humain gonocoque
 PP : 2. Citer les facteurs de virulence du
* Sinusites et Otites moyennes aiguës méningocoque.
* Infections ou surinfections respiratoires (BPCO ++) 3. Donner les éléments de l’épidémiologie de
- Complication possible = Septicémie cette espèce
- Arthrite, méningite, endocardite 4. Décrire la physiopathologie de la méningite
 Sensibilité aux ATB: cérébrospinale.
* Résistent aux pénicillines/β-lactamase (90%) 5. Identifier les prélèvements à effectuer en dans
* C3G régulièrement actives les infections à Nm et à Ng
6. Développer les méthodes et les principes des
VII. Moraxella spp méthodes diagnostiques de la MCS et de la
 Bactéries asaccharolytiques où cohabitent les CG(-) et gonococcie.
les coccobacilles G(-) . 7. Donner les propriétés métaboliques et
 Taxonomie confuse : Haemophilae? Brucelleae? antigéniques de base qui permettent d’identifier
Neisseriae? => genre Moraxella, famille Moraxellaceae. Nm.
 Commensales des animaux à sang chaud 8. Citer les traitements habituels et les
 M lacunata, M liquifaciens, M nonliquifaciens agents de alternatives en cas de résistance de la bactérie
conjonctivites, sinusites, trachéites, otites, ... ou de contre-indication chez le patient
 M bivis: kératoconjonctivite bovine 9. Expliquer les règles de prévention et citer les
 Dgc bio: idem Neisseria (Api NH). moyens utilisables.

VIII. Eikenella et Kingella:

 Diplocoques Gram (-) très fastidieux .
 Commensaux des VAS .
 Impliquées dans les endocardites à hémocultures
faussement négatives = groupe AACCEK .
=> repiquage systématique sur milieux riches +
vitamines .
=> utiliser automates d’hémoculture
=> diag / biologie moléculaire

IX. Conclusion :
 Cocci Gram (-): groupe de bactéries fragiles, portées par
l’homme au niveau des muqueuses
 Virulence particulière du méningocoque
– Urgence diagnostique/thérapeutique et prophylactique
 Le gonocoque = Indicateur des IST (partie visible de
l’iceberg) => craindre les agents invisibles (VIH, ...)
– Nécessité d’éducation sexuelle et dépistage autres IST
 L’opportunisme d’autres Neisseria, Moraxella,
Branhamella et AACCEK
 L’émergence de souches résistantes (Pénicilline,
Fluoroquinolones, Macrolides, ...).
 Intérêt des C3G injectables en thérapeutique
 8. Les cocci à gram positif :
A. Le genre Staphylococcus

I. Taxonomie et classification
 Le genre Staphylococcus appartient à la famille des  Septicémies, endocardites
Micrococcacae  Pneumopathies secondaires ou nosocomiales
 43 espèces et sous-espèces  Intoxications alimentaires dues aux
 La présence ou l’absence d’une coagulase permet de enterotoxines
distinguer:  Syndrome toxique (toxic shock syndrome)
- Les staphylocoque coagulase + : S. aureus pathogène
spécifique
- Les staphylocoque coagulase – (SCN) : S. non aureus qui
sont des bactéries opportunistes responsables d’infections
nosocomiales
II. Habitat
Différents types d’habitats :
 Muqueuses et peau :
- Hôtes normaux ou pathologiques de l’homme
- Hôtes normaux ou pathologiques de l’animal
 Environnement : Eau, sol, aliments
Staphylococcus aureus
1. Epidémiologie
 Réservoir essentiel des staphylocoques est l’homme
 Habitat préférentiel : fosses nasales, peau du visage et des
mains, périnée
 S. aureus est aussi largement répandu dans
l’environnement
 Transmission :
- Directe : manuportage
- Indirecte : matériel hospitalier, stéthoscopes
– Alimentaire
2. Pouvoir pathogène
 Lésions suppuratives et nécrotiques :
- Peau et muqueuse (furoncle)
- Os (ostéomyélite)
- Arthrites
- Tissu
 3. Facteurs de virulence
 Coagulases libre et liée permet l’attachement aux cellules
et la thrombose des vaisseaux. (coagulase libre = facteur
d’identification de S. Aureus)
 Hémolysines :
- Bêta
- Alpha ( antigénique : apparition d’anticorps spécifiques lors
d’infections chroniques)
 Fibrinolysine détruit la fibrine, disloque le caillot de fibrine
avec essaimage à distance de foyers secondaires
(pulmonaires, métastases septiques) 3). Culture :
 Hyaluronidase détruit le tissu conjonctif - Culture facile sur milieux ordinaires
 DNAse - Utilisation de milieux sélectifs :
 Leucocidine de Panton et Valentine détruit les  Milieu de Chapman à 7,5 % de NaCl + mannitol :
polynucléaires. Observée chez les souches retrouvées chez S. Aureus est repéré par ses colonies
les jeunes et responsables de pneumopathies primitives pigmentées et par la fermentation du mannitol
foudroyantes  Milieu Baird-Parker :
 Enterotoxines responsables d’intoxications alimentaires Les colonies sont noires entourées d’un halo
 Toxine du choc toxique staphylococcique ( TCTS ou TSST) clair
 Gélose au sang +ANC :
Les colonies sont entourées d’une zone
d’hémolyse

Milieu chapman
4. Diagnostic bactériologique
1). Prélèvement :
- Les prélèvements sont variés et concernent le site de
l’infection (pus, sang, urine, liquide de ponction)
- Une asepsie rigoureuse est exigée pour la bonne
interprétation des résultats
2). Examen direct : (observation au microscope )
- Etat frais : bactérie immobile non sporulée
- Coloration de Gram : cocci à Gram + disposés
généralement en amas
Gélose au sang

Milieu Baird -Parker

 4). Identification : Coloration de Gram à partir des colonies :
Cocci Gram + - Identification par galerie biochimique : (Api
► Caractères du genre Staphylococcus : Staph, ID 32 Staph …)
- Catalase : 5. Traitement-prophyaxie :
Quelques gouttes de peroxyde d’hydrogène sur des colonies  Traitement :
de Staph. Formation de bulles d’oxygène = catalase +. - Infections de ville ou communautaires : le
Ce test permet de faire la différence entre Staphylococcus S. aureus reste sensible à la meticilline, à l’acide
(+) et Streptococcus (-) fucidique, aux macrolides …
- Oxydase : permet de faire la différence entre - Infections hospitalières : S. aureus est
Staphylococcus (oxydase -) et Micrococcus (oxydase +) généralement multi résistant. Il résiste à de
► Caractères d’espèce Aureus : nombreux antibiotiques (aminosides, macrolides,
- Coagulase : principal test qui caractérise S. aureus cyclines …) mais reste sensible à la vancomycine
Aptitude de la bactérie à coaguler le plasma  Prévention :
(Dans un tube : 0,5 ml d’un inoculum bactérien + 0,5 ml de -Traitement efficace des lésions
plasma de lapin. Incubation 3 à 4 h à 37°C. Test + quand on staphylococciques.
obtient un caillot) Hygiène des mains
- Désoxyribonucléase thermostable : - A hôpital : hygiène hospitalière, rationalisation
Culture par strie sur un milieu contenant ADN. Incubation à de l’antibiothérapie et dépistage des porteurs
37°C pendant 24 h. Test + = zone claire autour de la strie . sains

B. Les genres Streptococcus et Enterococcus

I. Généralités
 Streptococcus : genre bactérien qui regroupe de
nombreuses espèces :
- Cocci à Gram +
- Groupés en diplocoques et en chainettes
- Bactéries anaérobies aerotolérantes
- Catalase négatif
- Exigence en culture : milieux enrichis en sang ± facteurs
de croissance ( à l’exception de l’enterocoque qui est un
genre à part)

Hémolyse totale

II. Classification
Elle fait appel à 3 caractères :
1. Hémolyse sur gélose au sang frais (GS) :
On distingue :
- Streptocoques Beta hémolytiques :
Hémolyse totale = halo clair autour des colonies
- Streptocoques alpha-hémolytiques
Hémolyse partielle
Hémolyse partielle (verdâtre)
Streptocoques viridans (oraux), pneumocoque 2. Caractères antigéniques :
- Streptocoques non hémolytiques :  Liés à la présence de l’antigène de groupe
Absence d’hémolyse (ancienne appellation : streptocoques pariétal = Polysaccharide C de Lancefield
gamma- hémolytiques)  Présent chez les Beta hémolytiques
 Permet de distinguer ≈ 20 groupes de
Streptocoques notés A, B, C, D, F, G ….V
 Les groupes ABCDFG impliqués en pathologie
3. Caractères biochimiques
 Streptocoque B
- Infections néonatales : contamination par voie
trans-placentaire ou lors de l'accouchement
- Infections chez les sujets à risque (âgé,
diabète) : infections urinaires, septicémies,
arthrites, endocardites
Autres streptocoques
- Pharyngites, infections cutanées (C, G),
endocardites (D), infections urinaires (D)
Streptocoques oraux
- Endocardites, septicémies (neutropéniques)
Entérocoques
- Infections urinaires, infections nosocomiales
(bactériémies, endocardites, surinfections
d'escarres, de plaies ...)
V. Facteurs de virulence
 Streptocoque A :
- Capsule (ac. hyaluronique), immunogène,
pouvoir invasif
- Protéine M, immunogène, adhérence, pouvoir
invasif
- Enzymes et toxines
* Toxines érythrogènes
* Streptolysine O, hémolysine, immunogène
-> ASLO
III. Habitat
* Streptokinase est une fibrinolysine
 Réservoir :
(dissémination), -> ASK
- Commensaux des muqueuses de l'homme et des
* Hyaluronidase permet la diffusion dans les
animaux - Cavité oropharyngée : groupes A,B,C,G, E, F....,
tissus, -> ASH
non groupables
* DNAse ou streptodornase dépolymérise
- Tube digestif et vagin : groupes B, D, entérocoques...
l'ADN, -> ASD
 Vitalité :
 Streptocoque B
- Faible pour les espèces oropharyngées
- Capsule (ac. sialique), pouvoir invasif
- Importante pour les espèces intestinales
 Entérocoques
 - persistence dans les selles : témoin de contamination
- Adhésines : attachement aux épithéliums et
fécale de l'eau
valves cardiaques
 Transmission
- Directe (salive, per-partum, mains...)
VI. Diagnostic bactériologique :
- Indirecte (objets, eau...)
1. Prélèvement :
IV. Pouvoir pathogène
Selon le site de l’infection :
Streptocoque A
- Gorge : écouvillonnage amygdales et pharynx
► Manifestations locales et régionales
- Peau : ponction ou écouvillonnage de vésicules
- ORL : angines érythémateuses +++ (enfants), abcès
- Plaie : écouvillonnage
amygdaliens, otites…, complications : RAA (0,15/100.000),
- Méningite : LCR
GNA, érythème noueux
- Autres : urine, placenta, Hémocultures …
- Cutanées et sous-cutanées : érysipèle, impétigo,
2. Examen direct après coloration de Gram :
surinfections de plaies, cellulites gangréneuses,
Cocci à Gram + groupés par paires ou en
complications : GNA
chainettes
► Manifestations générales
3. Recherche direct d’Ag ou d’Enzymes à partir
- Scarlatine (phage) : fièvre + pharyngite + exanthème +
du prélèvement :
énanthème
Home tests
- Localisations septiques diverses : pleuro-pulmonaires,
- Diagnostic rapide des angines à strepto A ou du
ostéo-articulaires
portage vaginal de strepto B (recherche d'Ag ou
- Syndrome de choc toxique
d'enzymes bactériennes)
► Porteurs asymptomatiques (naso-pharynx, peau...)
- Bonnes sensibilité/spécificité si le protocole
est suivi rigoureusement
4. Culture :
- Gélose à 5% de sang défibriné (mouton, cheval ) II. Facteurs de virulence
- Milieu d’enrichissement (Brain Heart infusion = BHI)  Pneumolysine qui permet l’envahissement
- Incubation : à 5% de CO2 à 37°C tissulaire et vasculaire
5. Identification :  La capsule polyosidique qui le protège de la
- Aspect des colonies et type d’hémolyse phagocytose. Les souches encapsulées sont très
- Coloration de Gram à partir des colonies virulentes
- Recherche de la Catalase (enzyme respiratoire) : négative  Proteine de surface : permet l’adhésion aux
- Détermination des groupes de Lancefield : cellules cibles
 Basée sur la présence dans la paroi des Streptocoques  Acides teichoiques et peptidoglycane :
d’un polyoside C spécifiques. Il existe 17 groupes inflammation et choc
sérologiques : A, B, C, E, F, G, H, K, L, M, O, P, R, S, T, U et V  Autre: neuraminidase, hyaluronidase …
Chez le streptocoque du groupe A de Lancefield, la protéine III. Pouvoir pathogène
M est le principal antigène de la paroi (60 types différents)  A l’occasion d’une baisse de l’immunité, anomalies
du tractus respiratoire, affections générales,
- Recherche des caractères biochimiques : asplenie (splénectomie, fonctionnelle =
 Galeries d’identification ( Api 20 strepto, Id 32 strepto ) drépanocytose), malnutrition …le pneumocoque va
 Pour les Entérocoques : hydrolyse de l’esculine entrainer :
( ensemencement milieu BEA : colonies noirâtres après 24 h - Des affections loco-régionales : bronchites,
d’incubation) trachéobronchites, sinusites, otites, conjonctivites,
6. Diagnostic indirect sérologique (Streptocoque A) : pneumonies franches lobaires aiguës
Les Ac spécifiques contre les enzymes du strepto A sont (accompagnées dans 15 pleurésies
recherchés dans les syndromes post streptococciques - Des affections à distance : péricardites,
(RAA, GNA …) . On recherche ainsi : méningites, péritonites, arthrites. Un caractère
- ASLO (antistreptolysine O important des infections à pneumocoque est à
- ASK (antistreptokinase) retenir : la fréquence des réactions fibrineuses
- ASD (antistreptodornase) génératrices de cloisonnements aggravant le
VII. Sensibilité aux antibiotiques pronostic
► Streptocoques IV. Diagnostic bactériologique
- Bactéries sensibles à de nombreux antibiotiques anti- 1. Prélèvement :
Gram+, sauf aminosides (bas niveau) et fluoroquinolones  Selon le site de l’infection : crachat, LCR, pus
(G1, G2) d’oreilles, hémocultures si méningite ou pneumonie
- Peu d'acquisition de résistances (macrolides,  Germe fragile : prélèvement avant toute
tétracyclines) antibiothérapie et transport rapide au laboratoire
- Sensibles aux aminopénicillines, C1G, MLS, glycopeptides 2. Examen microscopique :
- Synergie bactéricide ß-lactamines / aminosides utile dans  Etat frais : recherche de la capsule par le test à
les infections graves (sauf si résistance enzymatique aux l’encre de chine
aminosides)  Coloration de Gram :
► Entérocoques - Cocci ovoïdes ou lancéolés en « flamme de
- Sensibilité plus faible que streptocoques bougie »
- Résistance naturelle aux aminosides (bas niveau), - Ou appariés par leur extrémités pointues
céphalosporines, fluoroquinolones, nombreuses MLS... - Gram+
- Sensibles aux aminopénicillines, glycopeptides
- Souches épidémiques multirésistantes de E. faecium aux
USA.
Streptococcus pneumoniae : Pneumocoque
I. Taxonomie et habitat
►Taxonomie :
- Famille des streptcocaccae
- Groupe Streptococaccae oralis
- Espèce : Streptococcus pneumoniae
► Habitat :
Le pneumocoque est un hôte normal (commensal) de l'arbre
respiratoire supérieur (rhino-pharynx) de l'homme.
Souvent retrouvé chez le sujet jeune (40 % de portage chez
les enfants fréquentant les crèches)
3. Diagnostic rapide par recherche directe des Ag solubles :
- Les Ag capsulaires sont libérés dans : V. Sensibilité aux antibiotiques :
* Les produits pathologiques : LCR, urine  Le pneumocoque était sensible à la
* Dans les milieux de culture pénicilline G
- Détection par agglutination de particules de latex  Depuis 1980 : apparition de souches de sensibilité
sensibilisées diminuée à la pénicilline G (PSD)
 Détection des souches PSD :
- Intérêt dans les infections décapitées (patient ayant déjà
- Antibiogramme : Un disque d’oxacilline à 1µg sur GS.
reçu une antibiothérapie)
La souche est PSD si le diamètre d’inhibition est > 19
4. Culture :
mm
- Gélose à 5% de sang défibriné ( disque d’optochine sur un
- Confirmation de l’antibiogramme par CMI
quadrant) (E test)
- Gélose chocolat polyvitex * Une souche est PSD si
- Incubation à 37°C avec 5% de CO 0,006 µg / ml < CMI < 1 µg / ml
5. Identification : * La souche est résistante si : CMI > 1 µg / ml
 Cause : il s’agit d’une diminution de l’affinité des PLP
 Aspect des colonies : (protéine liant pénicilline ) pour cet ATB
plates et ombiliquées  La sensibilité aux autre betalactamines est modifiée
 Hémolyse Alpha à des proportions variables en fonction des molécules
 Sensibilité à l’optochine : d’où l’intérêt de l’étude des CMI de chacune
 La résistance aux macrolides, cyclines,
 Coloration de Gram: Cocci
fluoroquinolones, chloramphénicol est en
à Gram +
augmentation
 Catalase négative
VI. Prévention
 Agglutination avec les
 Vaccin à base d’antigènes capsulaires les plus
particules sensibilisées aux
fréquents en pathologie
Ac capsulaires
- Vaccin à 23 valences (pour enfants de plus de 2 ans,
 Caractères biochimiques : pesonnes à fort risque. Vaccination tous les 3 à 5 ans)
Test à l’optochine galerie Api 20 Strept - Vaccin à 7 valences (pour enfants de moins de 2
ans)

9. Pseudomonas
I. Généralités et taxonomie :
- Le genre Pseudomonas appartient à la famille des - Bactérie présente chez le patient lui-même :
pseudomonacae  Portage transitoire dans le tube digestif, voies
- Les bactéries genre Pseudomonas sont aérobie strict, respiratoires, peau
mobiles et oxydase (+)  Colonise les zones corporelles humides :
- C’est un genre qui contient une quarantaine d’espèces aisselles, pli de l’aine, conduit auditif
- L’espèce type est Psudomonas aeruginosa = espèce le plus ► Transmission :
fréquemment isolée en pathologie infectieuse - Sources environnementales :
II. Pseudomonas aeruginosa  Directe
- Bactérie Gram négatif, ubiquitaire:  Indirecte (matériel lavé à l’eau du réseau)
- Présente dans l’environnement (eau, sol, plantes) et aussi - Interhumaine (sujet colonisé)
dans l’environnement hospitalier humide (matériel de - Pression de sélection des antibiotiques :
dialyse, robinets, éviers, siphons, solutions désinfectantes…). augmente le risque de colonisation
- Possède naturellement des résistances à des ► Facteurs de pathogenicité :
antibiotiques, problème des souches multi-résistantes.  Facteurs liés à l’hôte :
- Peut former des biofilms. Pseudomonas aeruginosa = pathogène
- Cause d’infections pulmonaires nosocomiales opportuniste
Première cause d’infection pulmonaire des patients atteints - Infections chez les patients à immunité
de mucoviscidose. affaiblie locale ou générale ( grands brulés,
A. Epidémiologie : chimiothérapie, transplantés, hémodialysés
► Habitat : chroniques …)
- Bactérie saprophyte. - Malades d’unité de soins intensifs avec
- Présente dans l’environnement naturel : eau, milieux manœuvres invasives (respirateurs,
humides cathétérisme, sonde …)
- Environnement du patient : douches, lavabos, éponges,
bocaux d’urine, solutions désinfectantes, endoscopes,
respirateurs
 Facteurs liés à la bactérie : les plus importants
- Présence de pigments diffusibles : pyocyanine (pigment 3). Culture : Pas d’exigences particulières pour la
bleu) et pyoverdine (pigment jaune vert) = produits culture
siderophores - Culture sur milieux ordinaires ou spécial
- Pili et autres protéines de la membrane externe = (milieu Cetrimide)
adhésion bactériennes aux sites d’infection - Incubation : 30 à 41°C en atmosphère humide
- Sécrétion d’enzymes = fixation de la bactérie aux - Les colonies = plates et extensives à bord
glycosphingolipides = rôle dans la résistance à la irrégulier ou muqueuses
phagocytose - Odeur caractéristique (fleur de Seringa)
- Protéase = action nécrotique et hémorragique - Production de 2 pigments : bleu (pyocyanine) ou
B. Pouvoir pathogène : jaune-vert (pyoverdine)
2 types d’infections
► Infections nosocomiales : Elles sont fréquentes et graves
- Infections broncho-pulmonaires
- Infections urinaires
- Surinfections des plaies opératoires
- Infection sur matériel prothétique
- Infection du liquide péritonéal chez les dialysés, infection
cutanées chez les brulés ….
► Infections communautaires : Elles sont généralement
localisées
- Infections oculaires (abcès de cornée chez les porteurs de
lentilles, kératites, endophtalmies)
- Infections cutanées ( intertrigo) 4). Identification biochimique :
- Infections respiratoires (mucoviscidose) - Oxydase +
- Otites :  Externes aigues (chez l’immunodéprimé) - Les autres caractères biochimiques (utilisation
 Moyennes chroniques (chez les nageurs) de glucides, présence de certaines enzymes)
sont étudiés par des galeries d’identification
- Serotypage dans un but épidémiologique
5). Antibiogramme :
Très grande résistance.
Très nombreux mécanismes de résistance
4. Traitement-Prophylaxie :
► Infections superficielles communautaires :
Infection nosocomiale (respirateur)
Traitement antibiotique local
► Infections nosocomiales :
Traitement par association bactéricide
aminosides + betalactamines ou
fluoroquinolones
Prophylaxie : Hygiène autour des malades
– Lutte contre les zones humides : dépistage et
désinfection de l’environnement hospitalier
– Lavage des mains
Infections communautaires – Recherche de colonisation chez tout malade
C. Diagnostic bactériologique : hospitalisé, environnement et antiseptiques
1). Prélèvements : Ils sont variés et dépendent de la nature
III. Autres Pseudomonas :
de l’infection : Urine, crachat, LCR, pus, matériel
- 20% à 40% des isolats cliniques du genre
médicochirurgical, environnement humide du malade ….
Pseudomonas (même écologie = bactéries
2). Examen microscopique :
pathogènes opportunistes)
 Etat frais : bacille mobile (mobilité polaire)
- Espèces de diagnostic différentiel :
 Après coloration : bacille Gram - , fins
P. studzeri, [Link], [Link],
[Link], …
- Diagnostic bactériologique similaire
 10. Vibrions
III. Introduction
- Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif incurvés 2. Habitat et épidémiologie :
- Bactéries très mobiles (ciliature polaire) ► Réservoir du germe :
- Hôtes naturels du milieu marin (supportent de fortes - Homme malade (le vibrio se trouve dans les
concentrations en sel) selles)
- Convalescents
- Porteurs sains . Dans les zones d’endémie, le
nombre de porteurs sains est plus important que
celui des malades
► Transmission :
- Directe : interhumaine (mains sales)
- Indirecte : eau, aliments souillés par les
matières fécales
3. Aspects épidémiologiques :
On distingue : - Avant: grandes pandémies
- Les Vibrions cholériques qui comprennent les isolats - Actuellement: épidémies et endémie dans
appartenant aux serogroupes O1 et O139 de l’espèce vibrio différentes régions (Amérique centrale, Asie du
cholerae Sud-est, Extrême-Orient, Afrique).
- Les « vibrions non cholériques », qui comprennent, d'une part
les isolats des serogroupes autres que O1 et O139 de l'espèce
Vibrio cholerae, appelés Vibrio cholerae
non-O1/non-O139, et d'autre part, les isolats appartenant aux
autres espèces du genre Vibrio.
- Parmi les 51 espèces connues dans le genre Vibrio, 12 sont
considérées comme pathogènes pour l'homme.
- Quatre espèces sont fréquemment isolées dans les
laboratoires de microbiologie clinique : Vibrio cholerae, Vibrio
parahaemolyticus, Vibrio vulnificus et Vibrio alginolyticus.
IV. Vibrio cholerae
Agent du Choléra (sérotypes O1 et O139)
- Agent du cholera = maladie infectieuse diarrhéique
- Caractère le plus souvent épidémique par sa grande
contagiosité - En 2008: épidémie au Zimbabwe
- Maladie strictement humaine à déclaration obligatoire - En 2010: épidémie en Haïti après le terrible séisme
- Problème de santé mondial de Port-au-Prince
- Souches pathogènes appartiennent aux serovars O1 et O139
- Les autres serovars entrainent des cas sporadiques
1. Caractères bactériologiques :
- Bacilles gram négatif, non sporulés, à la forme de bâtonnets
droits et incurvés
- Très mobiles grâce à un cil polaire
- Les vibrio possèdent une oxydase
- Fermentent le glucose sans production de gaz
- Aero anaerobies
- Le germe cultive facilement sur milieu ordinaire, supporte un
pH de 9 et une concentration de 3% de NaCl.
Le vibrio cholerae possède :
- Ag flagellaire H : thermolabile
- Ag somatique O : thermostable
- Seuls les groupes O1 et O139 entraînent le cholera épidémique
 4. Physiopathologie :
- Après ingestion, le vibrion cholérique s'implante plus
facilement chez les sujets dénutris ayant une hypoacidité
gastrique
- Il se multiplie dans l'intestin grêle.
- Il produit une exotoxine protéique qui est responsable de
la maladie en activant l'adénylcyclase cellulaire
- Accroissement de l'AMP cyclique des entérocytes. Il
s'ensuit une fuite d'eau, de chlorures, de sodium, de ► Culture :
potassium et de bicarbonates. - Sans enrichissement : Culture facile en 24 h à
37°C sur milieux usuels avec aspect
caractéristique des colonies en bris de verre

- Avec enrichissement : l’ensemencement doit

être réalisé à la fois dans :
 Bouillon d’enrichissement : eau peptonée saline
alcaline
5. Aspects cliniques :  Milieu sélectif : TCBS ( gélose nutritive alcaline).
► Formes majeures : Incubation à 37°C. Aspect jaune des colonies.
- Incubation rapide dure quelques heures à 5 jours GNA : colonies bleutées à bord régulier
- Diarrhée profuse avec aspect riziforme des selles  Repiquages ultérieurs à partir du bouillon
- Vomissements et déshydratation importante d’enrichissement (voile en surface)
- Température normale ou basse
- L’évolution dépend de la rapidité et de la qualité de la
réhydratation
- Evolution spontanée est à l’origine de 50% de mortalité
► Formes bénignes :
Plus fréquentes. Elles se traduisent par un tableau de
diarrhée banale
6. Diagnostic bactériologique :
► Prélèvement :
- Selles recueillies rapidement au cours des 24 h qui suivent
la symptomatologie
- Vomissements
- Autres : aliments, eau
► Transport : Enrichissement
- Il existe des milieux de transport à température ambiante
Cary-Blair, eau peptonée alcaline
- Soit papier buvard imbibé par la selle et placé dans un
flacon hermétique contenant quelques gouttes d’eau
physiologique pour éviter la dessiccation
Ce moyen de transport permet de garder les bactéries
viables pendant 4 semaines
► Examen direct : rapide et facile. Intérêt certain pour
diagnostic présomptif
- Etat frais : bacilles très mobiles et incurvés
- Coloration de Gram : Flore monomorphe constituée de Milieu TCBS
bacilles Gram négatif en virgules ou en bâtonnets
► Identification :
► Antibiogramme :
 Caractères biochimiques : (Api 20E, Api NH) Réalisé sur gélose Muller Hinton
Glucose +, saccharose +, Nitrate réductase +, Indole + Les antibiotiques à tester sont :
 Caractères antigéniques : - Tetracyclines
L’identification biochimique doit être poursuivie par l’étude - Aminosides
antigénique : sérums agglutinants anti vibrion cholérique - Trimethoprime-sulfaméthoxazole
( V. cholerae O1, O139) - Chloramphenicol
- Erythromycine
– Fluoroquinolones
7. Traitement :
- Réhydratation précoce.
- Antibiothérapie secondaire à base de
tétracycline ou cotrimoxazole
8. Prophylaxie :
- Lutte contre le péril fécal
- Hygiène individuelle et alimentaire
- Vaccination :
* Efficace dans 50 à 60 % des cas
* Protection de courte durée
* Supprimée du règlement sanitaire

III. Autres Vibrions

Vibrio cholerae non O1 et non O139
– Agents de syndromes diarrhéiques moins
Agglutination avec les sérums antiO1 et anti O139
sévères que le Choléra
– Diagnostic différentiel avec VcO1/O139
► Autres méthodes de diagnostic : Vibrions halophiles
- Technique rapide par bandelette réactive : – Agents de TIAC liées aux fruits de mer
Prélèvement de selle ou écouvillonnage rectal – [Link] résponsable d’infections
Résultat en 2 à 15 min sous forme d’une bande colorée. externes: otites, conjonctivites, atteintes
- Biologie moléculaire (PCR) cutanées, …
- IFD : – [Link] responsable d’infections
Dénombrement ainsi que la mise en évidence de la forme septicémiques, surinfections de plaies et
non viable de la bactérie (analyse des eaux) possibilité d’abcès métastatiques nécrosants
– NB: V metschnikovii est Ox (-)
 11. Les anaérobies :

Introduction
 Bactéries incapables d’utiliser et de se multiplier en
présence de 20% d’O2
 Elles sont responsables d'une grande variété d'infections
localisées ou généralisées.
 Difficulté d’isolement et d’identification
 Urgence du traitement

Classification
 Elle se fait selon leur habitat, leurs caractères
morphologiques et culturaux et leur pouvoir pathogène.
On distingue:
– la flore tellurique: bactéries saprophytes du sol et II. Physiopathologie :
commensales des cavités naturelles de l'homme et
des animaux.  Flore de Veillon
– la flore de Veillon: bactéries commensales des voies - Multiplication très importante dans le site
respiratoires, digestives et génitales de l'homme et des naturel
animaux et qui ne peuvent survivre dans le sol, non - Colonisation de cavités et d’organes
sporulées. normalement stériles
- Facteurs favorisants : nécrose tissulaire,
I. Caractères bactériologiques hypoxie
- Caractère polymorphe
 Métabolisme en l’absence d’oxygène  Flore tellurique
 Absence d’enzymes qui inactivent les dérivés toxiques - Contamination; multiplication puis élaboration
de l’oxygène moléculaire de toxine
 On distingue selon leur sensibilité à l’oxygène : - Facteurs favorisants : nécrose tissulaire
- Anaérobies strictes : 0.5% de O2 favorisant l’hypoxie, déséquilibre de la flore
- Anaérobies modérés : 2-8% de O2 commensale.
- Aérobies tolérants : croissent en aérobiose mais
préfèrent les conditions anaérobies III. Aspects cliniques :
 Morphologie :  Intoxination :
Cocci ou bacilles Gram positif ou négatif - Botulisme (Clostridium botulinum)
 La sporulation ne concerne que la flore tellurique  Les toxi-infections
 Facteurs de virulence : - TIAC (Clostridium perfringens)
Phénomènes d'adhésion : fimbriae et pili - Tétanos (Clostridium tetani)
Capsule polysaccharidique - Colite pseudomembraneuse (Cl. difficilé)
Enzymes : protéases détruisant les Ig, collagénases  Infections mixtes
Toxines : exotoxine, endotoxine - Péritonite, pleurésie, abcès
- Gangrène gazeuse

Bactéries anaérobies
 IV. Diagnostic biologique direct
Nature Moyen Transport
- Hémocultures - Aspiration : seringue purgée d’air et
1 -Prélèvement

- Suppurations et abcès profonds bouchée stérilement - Transport doit s’effectuer à

- Liquides de ponction - Ecouvillon (alginate ou dacron) placé T° ambiante et sans délai (< 2
- Biopsies de tissu nécrotique ou dans un milieu de transport et heures, 20°C)
gangrené contenant des substances réductrices - Sinon utiliser un milieu de
- Biopsie placée dans un sachet anaérobie transport (Portagerm ou TGV)

Aspect macroscopique :
Il est souvent évocateur
- Pus abondant, odeur fétide
- Présence de gaz, parfois de granulations sulfureuses
Examen microscopique après coloration de Gram
- Flore bactérienne abondante et polymorphe.
2. Examen direct

- Il existe cependant des infections à bactéries anaérobies

monomicrobiennes (10 à 15 % des cas).

- Milieux usuels incubés en aérobiose : infection mixte Incubation

- Milieux gélosés désoxygénés contenant des - Jarres ou des sacs en plastique fermés
substances réductices: hermétiquement.
3. Mise en culture

 Non sélectifs : Wilkins, Shaedler - Sachets générateurs permettant de créer une

 Sélectifs : anaérobiose en moins d'une 1/2h en présence de
* Schaedler néomycine-vancomycine catalyseur (chlorure de palladium)
* Columbia additionné d’acide nalidixique et de sont recommandés.+++
colistine (ANC)
* Bacteroïdes bile esculine (BBE)
- Milieux liquides régénérés et repiqués après 48 à
72 h sur géloses sélectives

- Elle n’est pas systématique

- Identification présomptive : détermination du genre - Recherche de toxine (immunologique ou
bactérien inoculation à l’animal )
* Aspect des colonies - Identification précise de certaines espèces :
▪ Biologie moléculaire
4. Identification

* Mobilité, aspect au Gram

* Recherche d’une oxydase et d’une catalase ▪ Chromatographie en phase gazeuse
* Croissance en présence d’inhibiteurs ( bile, vert (Techniques lourdes utilisées uniquement lorsque
brillant) l’intérêt clinique et épidémiologique est établi)
* Croissance en présence d’antibiotiques
(kanamycine, vancomycine, colistine)
* Fermentation des sucres, caractères enzymatiques
( galeries d’identification)

- Antibiotiques à tester : amoxicilline, amox-acide clavlulanique, imipenème; clindamycine, vancomycine,

5. Sensibilité aux antibiotiques

chloramphénicol, metronidazol
- Sauf exception, toutes les bactéries anaérobies sont sensibles aux
▪ Nitro-imidazolés SAUF Actinomyces spp , Propionibacterium spp
▪ B-lactamines + inhibiteurs de b-lactamases,
▪ Carbapénèmes
▪ Chloramphénicol
- et toutes sont résistantes aux aminosides
 V. Principales bactéries anaérobies strictes
2) C. difficile :
Flore tellurique
Genre Clostridium ► Clinique :
- Portage asymptomatique de la bactérie
- Antibiothérapie au long cours et à large spectre
responsable de colite pseudomembraneuse
► Diagnostic bactériologique :
- Prélèvement de selles
- Culture sur GS : colonies circulaires en verre
dépoli sans zone d’hémolyse
- Recherche de toxine dans les selles ou liquides
intestinaux :
- Tests immunoenzymatiques ou
immunochromatographiques
- PCR
► Traitement
Arrêt de l’antibiothérapie. Vancomycine ou
Metronidazole

Genre Clostridium

1) [Link]
► Epidémiologie :
Bactérie tellurique. Présente aussi dans l’intestin de
plusieurs animaux et de l’homme.
► Clinique :
Intoxination :
- Toxine préformée dans l’aliment 3) C. Perfringens :
- Incubation de 18 à 96 h (selon quantité de toxine) ► Epidémiologie :
- Invasion :Troubles digestifs non spécifiques ( nausées, Bactérie tellurique, présente aussi dans l’intestin
vomissements) de l’animal et de l’homme .
- Etat : paralysies bilatérales et symétriques ( oculaires, Contamination endogène ou exogène (plaie
bucco pharyngée et respiratoires) souillée de spores de Clostridium)
- Absence de fièvre et d’atteinte du SNC ► Clinique :
Toxi-infection : - Infections tissulaires des tissus mous (fasciite
plaies souillées avec gangrène diffuse; cellulite; ulcère de pieds).
- Myonecrose et gangrène gazeuse post -
traumatique entre 8h-20h
- Entérites nécrosantes
► Diagnostic bactériologique :
- Examen direct :
grands bacilles Gram + encapsulés
Présence de leucocytes en faible quantité
- Culture sur GS : présence de colonies bombées
avec double zone d’hémolyse
Plaie souillée avec gangrène
- Recherche de l’enterotoxine (selles, aliment)
► Traitement :
► Diagnostic bactériologique : - Parage chirurgicale de la plaie en urgence
Recherche de toxine dans l’aliment (inoculation à l’animal), - Antibiothérapie (Peni G), oxygène hyperbare,
ou sérum (ELISA) . Culture sur GS . Pas d’antibiogramme réanimation
► Traitement : - Prévention : soin de toute plaie, hygiène
- Réanimation alimentaire
- Séro-anatoxino-thérapie
- Maladie à déclaration obligatoire
 4) C. tetani
► Diagnostic
► Clinique : Tétanos Il est d’abord clinique, parfois bactériologique
- PE : plaie, blessure  Le prélèvement selon le type d'infection peut
- Incubation : 6 -15j présenter une odeur fétide caractéristique
- Trismus puis contractions généralisées douloureuses,  Coloration de Gram : aspect protéiforme à
permanentes avec paroxysmes. Gram positif et à Gram négatif
► Diagnostic :  La culture en anaérobiose est positive après
- Clinique plusieurs jours d'incubation à 37°C. Elle est d'un
- Bactériologie : sans intérêt intérêt limité, car ne seront isolées que les
- Recherche du germe dans la blessure espèces de culture facile
- Colonies translucides ayant tendance a essaimer et  Les espèce le plus souvent isolées sont :
envahir toute la boite car les bacilles sont mobiles Bactéroides du groupe fragilis, Fusobactérium,
- Pas d’antibiogramme Prevotella, Peptostreptococcus
► Traitement : ATB, réanimation, sérothérapie. DO  Traitement : sera débuté sans attendre en
ayant recours aux antibiotiques des familles
Flore de Veillon suivantes :
Betalactamines, imidazolés, Glycopeptides,
Lincosamides, Cotrimoxazole
- Les bactéries anaérobies non sporulées qui constituent la
flore de Veillon ont pour habitat les muqueuses et le tube
► Prophylaxie
digestif.
- Elles développent leur pouvoir pathogène en se
 Vaccination
multipliant dans un compartiment de l’organisme
 Antibioprophylaxie en préopératoire surtout en
normalement stérile.
cas de chirurgie digestive ou gynécologique
 Parage de toute plaie infectée
 Corriger les tares prouvant favoriser ces
infections ( diabète ...)
 Pour C. Botulinum : bonne stérilisation des
conserves industrielles et familiales

VI. Conclusion :

 Les infections à anaérobies constituent une

urgence diagnostique et thérapeutique
 Le contexte clinique et épidémiologique
orientent le diagnostic bactériologique
 Il faut veiller à un prélèvement de qualité
 Et enfin retenir la résistance naturelle à
certains antibiotiques dont les aminoglycosides
ou encore les céphalosporines (C. difficile).
La sensibilité aux antibiotiques varie beaucoup
selon l'espèce ou le groupe bactérien
►Clinique
Les circonstances favorisantes sont liées à un traumatisme,
un trouble nutritionnel, un déficit immunitaire ou une
infection [Link] d'infections sont ainsi
individualisées:
 Angine fusospirochetienne ou angine ulcéronecrotique :
accompagnée d’une fièvre élevée et d’une réaction
ganglionnaire de voisinage
 Suppurations diverses :
* Buccodentaires : abcès dentaires
* Suppurations pulmonaires: consécutives à l'inondation du
poumon, suite à des régurgitations gastriques
* Suppurations digestives: consécutives à des perforations
spontanées ou à des traumatismes accidentels ou
chirurgicaux ‘
 II. VIROLOGIE SPECIALE
1. Orthomyxoviridae : virus de la grippe
I. Introduction
1) Définition : II. Caractères virologiques :
 Orthomyxoviridae: 1) Classification :
– Ortho: vrai Famille- Orthomyxoviridae
– Myxo: mucus (capacité à se lier aux mucoprotéines de Genre- Influenza virus
la surface cellulaire). Espéces : virus de la grippe A, B, C
 Famille de virus responsables d’infection respiratoire Virus A: divisé en sous types selon la nature de 2
 Grippe mot latin « greifen » saisir protéines de surface:
2) Généralités sur la grippe Hémaglutinine HA : H1-H16
 Maladie → homme et animal Neuraminidase NA : N1-N9 exp H5N1
 Maladie sous l’influence du froid et des saisons 2) Structure :
«Influenza di freddo»  Virus à ARN enveloppés
 Caractère paradoxal:  particule sphérique 80 à 120 nm de diamètre
- Le plus souvent bénigne au niveau individuel  capside à symétrie Hélicoïdale
- Fléau au niveau de la collectivité
- Grave chez sujets fragilisés: ImmunoD, insuffisants
respiratoires, sujets âgés, Nnés, femmes enceintes
 Caractère émergent:
- Grande variabilité génétique du virus→ Risque
d’émergence de nouveaux virus grippaux
- Grippe aviaire : virus A H5N1
* 1°cas décrits en 1997 à Hong Kong
* Transmission /contact direct avec volaille
- Grippe A H1N1 2009: 1ère pandémie du 21° siècle
 Prévention: vaccin annuel
3) Historique :
La grippe maladie Ubiquitaire; Connue depuis l’antiquité
nombreuses épidémies et pandémies parfois graves et
mortelles

a. Enveloppe virale :
 Bicouche lipidique, dérive membrane plasmique
cellules Infectées solubilisé par les Solvants
organique
 Hérissée de spicules ou glycoprotéines virales
membranaires
- hémagglutinine HA( fixation du virus sur cellules)
- neuraminidase NA (libération des virions hors de
la cellule / bourgeonnement)
 Virus A et B: 2 types de spicules HA,NA
Evolution antigénique des virus influenza  Virus C: 1 seul type de spicules HA
 1918-1919 : pandémie « grippe espagnole » H1N1 avec
20 millions de morts
 1933-1934 : isolement de la souche H1N1
 1958-1959 : grippe asiatique H2N2
 1968-1970 : grippe de Hong Kong H3N3
 1997 : grippe de poulet H5N1 avec 1,5 millions de
poules abattues et 18 cas humains dont 5 morts
 1999 : H9N1
 2003-2004 : H5N1 et H7N7
 2009 : H1N1
 après H?N?.......
 b. Génome 5) Variabilité génétique et antigénique HA
 ARN monocaténaire (simple brin), de polarité négative, et ou NA
ségmenté (grande variabilité génétique)  Les deux types de variations :
 Virus A et B 8 segments – Les variations progressives ou mineures :
 Le Virus C 7segments glissement antigénique (“antigenic drifts”) .
 Chaque segment est recouvert de molécules de * Elles s’observent dans les types A et B
nucléoprotéine: ribonucléoprotéine RNP de structure * Nouveau variant (protection partielle par vaccin)
hélicoïdale * Responsables des épidémies annuelles
interpandémiques
– Les variations majeures, brutales : saut
antigénique (“ antigenic shifts”).
* rare tous les 10 à 30 ans
* Émergence d’un virus nouveau (immunité
inexistante)
* Responsables des pandémies
 Trois mécanismes:
– Mutations
– Transmission directe de souches animales
– Réassortiment génétique entre souches
humaines et souches Animales

Particule de virus Influenza

3) Caractère physico-chimique

Mécanismes des réassortiments . Exemple du virus influenza H3N2

(1968)***

Réassortiment entre une souche aviaire H3Nx et le

virus humain H2N2 en circulation.
4) Nomenclature Le porc servant de creuset au mélange pour le
Nucléoprotéine: détermine le type viral A, B ou C réassortiment entre ces deux virus.
Ag de surface (HA et NA): détermine le sous-type
viral
HA : H1-H16 exp H5N1
NA : N1-N9

Nouveau virus A H1N1

 2) Transmission
 Voie respiratoire / toux, éternuements (aérosol)
 Contact direct : intime
  dans les lieux clos et confinés: transports en
commun, collectivités (écoles, casernes....)
Grippe aviaire
 « grippe du poulet » Virus A H5N1
 Réservoir: oiseaux sauvages et domestiques
 Transmission à l’homme / voie respiratoire lors
d’un contact direct avec un oiseau malade
 xxx cas Asie, Monde, certains mortels
 Non transmise d’homme à homme

III. Epidémiologie

1) Réservoir:
Virus A: homme animal (aviaire)
Virus B: homme (en majorité)
Virus C : animal
Spectre d’hôte des virus influenza A
Origine des virus H5N1

Grippe A H1N1 v2009

- Porc à homme / voie respiratoire
- Manger du porc ne présente pas de risque car la
cuisson détruit le virus
- Homme à homme / voie respiratoire: gouttelettes
de salive sur mains, surfaces ou dispersées dans
l’air

Au moins 16 sous-types HA et 9 sous-types NA sont

dans la nature.
Jusqu’en 1997, seuls les virus H1, H2 et H3 sont connus
pour infecter et causer des maladies chez l’homme.

Mécanismes des réassortiments . Exemple du virus

influenza H3N2 (1968)…..***

Tropisme des virus grippaux

 3) Formes épidémiques:
La grippe est une maladie ubiquitaire évoluant sous 3
formes épidémiques
- Cas sporadiques:
 Virus B et C
 toute l’année
- Epidémies:
 Virus A et B
 Hiver durant les périodes inter-pandémiques
- Pandémies: épidémie qui atteint la totalité du globe en
un temps court avec une forte mortalité
 Virus A 10-30 ans
IV. Manifestations cliniques:
 Incubation 1 à 4 jours
 début brutal
 Phase d’état :Signes généraux :
- fièvre 38-40°c (aspect diphasique: V grippal)
- malaise, dépression céphalées,
- douleurs diffuses (courbatures, myalgies,
arthralgies)
- regard vitreux
- Légère pharyngite à pneumonie sévère
 Evolution bénigne avec guérison dans 95% des cas
 Complications : sujet à risque enfant et vieillard
- Otite chez les enfants
- Surinfections bactériennes

 Procéder au prélèvement grace à l’écouvillon

nasopharyngé :
 maintenir la tete du patient inclinée an arrière
 Insérer l’écouvillon dans la narine , et le pousser
délicatement le plus loin possible , parallèlement
au palais ( cf. schéma 1)
 le laisser en place quelques secondes puis le
retirer lentement en lui imprimant un léger
mouvement rotatif
 procéder de meme pour l’autre narine avec le
V. Diagnostic virologique :
meme ecouvillon.
1) Indications du diagnostic virologique  L’écouvillon est ensuite plongé dans le milieu de
- Surveillance épidémiologique transport ( cf .schéma 2)
- Atteintes respiratoires sévères ou compliquées en  casser la tige manuellement pour permettre la
milieu hospitalier fermeture étanche du bouchon.
2) Diagnostic direct
✓ Prélèvement : doit être précoce*
 Aspiration nasopharyngée
 Ecouvillonnage nasopharyngée
 LBA (lavage broncho-alvéolaire)
[Link] : (liquide transport + glaçons <2h)
[Link] des souches : -80°c, lyophilisé et
acheminer vers centre national de référence
 a. culture technique de référence
VI. Traitement :
➢ Œuf embryonné de poulet de 2 semaines : abandonnée
1) Symptomatique
vaccin
Antipyrétiques
 Cavité allontoïque et amniotique pour les virus A, B, C
Antalgiques
 La x virale est détectée par un test d’hémagglutination
Antibiotique si surinfection
avec des GR de différentes espèces (coq, cobaye,
bactérienne
homme)
Antitussifs
 L’identification est faite par un test d’inhibition de
l’hémagglutination utilisant des sérums de référence 2) Etiologique
spécifiques des différents types, sous-types et variants Amantadine, Rimantadine: type A, bloque la
➢ Culture cellulaire : en recherche (antiviraux) pénétration des virus Ribavirine
 MDCK (cellules de rein de chien), PGMK (cellules de Zanamivir (Relenza*) Oseltamivir (Tamiflu*):
rein de singe) inhibiteurs de la NA
 ECP (effet cytopathogène) jusqu’à 2 semaines Traitement Grippe A H1N1
 HAI tous les 2 à 3 jours - Sensible à l’oseltamivir (Tamiflu*) et
 RCA (rapid culture assay) : 24h puis centrifugation et au zanamivir (Relenza*).
IP, FA - Résistant à l’amantadine et rimantadine
b. recherche d’Ag viraux
• IFA (Immunofluorescence assay) et IP (immuno
peroxydase) :
 Simple et rapide
 Par des cellules épithéliales fixées et lavées
 Lecture simple
Résistance aux antiviraux
c. recherche du génome

 RT-PCR, PCR multiplex : d’avenir, de routine

 Sensibilité > à IFA, spécifique de sous types de
plusieurs souches et des gènes de résistance.

VII. Prévention
Vaccination +++
 Vaccin inactivé et purifié
 Contient 2 souches de type A H1N1 et H3N2 et une
souche de type B
 Immunité: apparaît en 2 à 3 semaines et dure 9 à
12 mois
 Revu annuellement en fonction de la situation
épidémiologique . Réalisé entre début Septembre
Comparaison des différentes techniques de diagnostic direct de la grippe et mi-Novembre
 S/C ou IM
3) Diagnostic indirectes : détection Ac
 Sujets à risque, personnel de santé
➢ Prélèvement:
Objectifs de la vaccination
sang total sur tube sec 2 prélèvements à 10-15 jours
- Préserver l’intégrité du système de soins et des
d’intervalle
infrastructures essentielles → → vaccination du
Diagnostic tardif, rétrospectif Peu d’intérêt dans le
personnel stratégique: professionnels de santé,
diagnostic
personnel de sécurité, personnel devant assurer
➢ techniques
la continuité des services vitaux.
 Fixation du complément : abandonnée
- Réduire la mortalité et la morbidité → →
 HAI (hémagglutination indirecte) :
population vulnérable: pèlerins, femmes enceintes,
 techniques Immunoenzymatique (ELISA)
enfants < 5ans et > 6mois, malades atteints de
pathologies chroniques, adultes en bonne santé.
 Mesures Prévention VIII. Conclusion
 Isolement des malades  Maladie bénigne qu’on ne peut jamais éradiquer
 Lavage des mains  Mouvements des souches virales animales
 Port de masques, gants
 Caractérisation et compréhension moléculaire
 Désinfection des surfaces et locaux des multiplications, glissements et résistances aux
 Gestion des déchets drogues
 Surveillance active des sujets contacts

A RETENIR
 le schéma général de la structure des virus
influenza.
 l'organisation génomique, les caractères
antigéniques et les variations génétiques du virus
de la grippe.
 l’épidémiologie et la physiopathologie de
l’infection grippale.
 les indications et les moyens de mise en œuvre
du diagnostic virologique.

rak ghatvalidi S3 al patal

Recommandations du CDC
 Rester informé
 La grippe est transmise de personne à personne par la
toux ou les éternuements ➔ prendre des précautions
quotidiennes pour rester en bonne santé:
- Se couvrir la bouche par un mouchoir en papier
lorsqu’on tousse ou on éternue. Ensuite, jeter le
mouchoir dans une poubelle de préférence avec
couvercle.
- Se laver fréquemment les mains avec de l’eau et du
savon surtout après toux ou éternuement. Il est
également possible d’utiliser des solutions hydro-
alcooliques.
- Nettoyer et désinfecter les objets utilisés par le malade
- Eviter de se toucher les yeux, le nez ou la bouche.
- Rester chez soit lorsqu’on est malade.
Eviter le contact avec d’autres personnes.
- Eviter le stress et l’anxiété
 2. Paramyxoviridae
Introduction:
 Protéines de matrices appelées M,
 La famille des Paramyxoviridae appartient au Groupe V
 HN Spicule ornant l’enveloppe
des virus à ARN à simple brin et à polarité négative
 la protéine F proteine de fusion
(classification de Baltimore).
 une ARN polymérase ARN dépendante de
 Elle fait partie de l’ordre des Mononegavirales.
structure : L
 Certains sont bénins Virus Parainfluenza (VPI) et
métapneumovirus MPV →atteintes respiratoires bénignes.
 D’autres plus virulent rougeole et oreillon (maladie de
l’enfance évitable par vaccination)
 Le + dangereux est le Virus réspiratoire Syncitial (VRS)qui
est une urgence médicale chez le nouveau née.
I. Caractères virologiques
1) Classification
Ordre: Mononégavirale
Famille: Paramyxoviridae

3) caractère physico-chimique
 Virus très fragile (enveloppe): chaleur,
dessiccation, pH extrêmes, solvants organiques
(éther, chloroforme, formol)
2) Structure  S’inactive rapidement dans milieu extérieur
 Particule sphérique, volumineuse θ: 150-400 nm
 Virus enveloppé : enveloppe lipidique couverte de II. Épidémiologie :
projections glycoproteiques  Virus ubiquitaires
 Génome: ARN sb, linéaire de polarité négative non  A tous les âges de la vie
segmenté, relativement stable (≠ Orthomyxoviridae )  Réservoir: Homme malade
 Nucléocapside hélicoïdale  Transmission
- directe interhumaine (d’un individu à un autre)
par voie aérienne avec les secrétions respiratoires
(toux, éternuements)
- Indirecte / mains, vêtements du personnel
soignant.

 Infections virale évoluant selon un mode :

 Endémique avec éclosion d’épidémies hivernales
(Virus ourlien, rougeole)
 Epidémies hiverno-automnales (VRS et
parainfluenzae)
 3) Diagnostic virologique
a. Phase pré-analytique:

 Transmis au laboratoire rapidement (délai ! 2

heures)

Virus Nature du prélèvement

VRS Aspiration bronchique
[Link] PIvts conjonctivaux ,
nasopharyngés, du sang , des
urines
[Link] Salive , les urines et le LCR
VPI Sécrétions nasopharyngées
Variations saisonnières:Forte influence des conditions météorologiques, froid
Metapneumovirus PIvt respiratoire
et humidité.

III. Pathogénie b. Diagnostic direct

VRS IF sur frottis cellulaire ou ELISA (AC
monoclonaux)
Isolement sur HELA ➔syncytia non
hémadsorbant
Identification par déviation du complément
à partir du surnageant de culture

V de la IF dans des cellules nasopharyngées

rougeole Isolement sur HEK , Vero ou MRC5
➔syncytia
Coloration : inclusions éosinophiles
intracytoplasmiques et intranucléaires
Identification par IHAD
VPI IFD avec des antisérums anti PI1 et anti PI3
Isolement sur cellules RS ou HEK, l’ECP
est sous forme de syncitia
L’identification se fait par IHA ou IHAD

[Link] Inoculation sur HEK ➔ syncitia

Identification par IHAD ou HAD
Inoculation amniotique à l’œuf de poule
embryonné➔ pouvoir hémagglutinant du
liquide amniotique

Metapneu RT-PCR
movirus

c. Diagnostic indirect:

VRS recherche des AC par déviation du

complément sur 2 sérums à 10j
IV. Diagnostic d’intervalle.
 ELISA
1) Indications:
 VPI : Formes sévères hospitalisées V de la Recherche des IgM spécifiques par
 VRS : Patients hospitalisés pour broncho-pneumopathie rougeole ELISA immunocapture
en période épidémique: nourrissons, sujets âgés,
VPI Technique de déviation du
Immuno- Déprimé
complément sur 2 sérums à 10j
 recherche en simultanée des autres virus respiratoires d’intervalle.
(grippe
2) Diagnostic biologique non spécifique: [Link]  Recherche des AC par fixation du
 ↑ amylasémie: 80- 90% des parotidites ourliennes complément sur 2 sérums prélevés à
 ± lymphocytose sanguine 10j d’intervalle.
 ELISA pour la détection des IgM
 V. Prévention et Traitement VI. conclusion
VRS: Hospitalisation pour désobstruction des voies Paramyxoviridae:
aériennes: Oxygénothérapie,  Virus à ARN monocaténaire enveloppé avec 2
 kinésithérapie respiratoire, réhydratation... glycoproteines.
 Bronchiolite sévère du nourrisson:  Divisé en 2 familles et 4 genres
– Ribavirine* aérosol  Introduction soit par rhinopharynx puis diffusion
– IFNα intranasal
 Antibiothérapie: si surinfection bactérienne ➢ soit par voie aérienne (VRS ou VPI)
 Plusieurs types de vaccins: à l’essai ➢ soit par voie sanguine (oreillons,
 Mesures d’hygiène (lavage des mains) et d’isolement en rougeole)
milieu hospitalier (ÉVITER INFECTIONS NOSOCOMIALE A  VRS responsable d’ une bronchiolite chez
VRS) nourisson
 Le diagnostic biologique n’est pas de pratique
VPI: Pas de TRT spécifique courante
 TRT symptomatique  La vaccination a réduit considérablement
 Vaccins à l’essai l’incidence de ces infections avec l’objectif
optimal de les éradiquer
V. ourlien
 TRT symptomatique
A RETENIR
 Vaccination: a réduit considérablement l’incidence de
ces infections mais taux de couverture vaccinale encore
 Décrire le shéma général de la structure des
insuffisant.
virus de la famille des Paramyxoviridae
 Vaccin vivant atténué souvent associé à celui de la
rougeole et rubéole: ROR 1ère dose à 1 an, 2ème dose
 Décrire l’organisation génomique et les
entre 3 et 6 ans
caractères antigéniques des Paramyxoviridae.
voie s/c
 Décrire l’épidémiologie des infections à
Virus de la rougeole :
Paramyxoviridae
 Ribavirine* aérosol: pneumopathies interstitielles
 Injection de gammaglobulines standards dans les 4- 5 j
 Identifier les indications et les moyens du
qui suivent la contamination
diagnostic virologique des infections à
 Vaccination : essentielle pour diminuer l’incidence de la
Paramyxoviridae .
maladie et l’éradiquer
 Vaccin vivant atténué,en association avec rubéole ou
rubéole et oreillons: ROR
 ROR : 1ère dose entre 12 et 15 mois, 2ème dose avant 6
ans voie S/C

3. Les Picornaviridaes : genre entérovirus

Classification Picornaviridae
I. Introduction :
Picornaviridae Famille sujet à nombreux
Picornaviridae:
remaniement taxonomique : 9 genres dont 6
contiennent des virus pathogènes pour l’homme
 Parmi les plus petits virus pathogènes (pico = petit)
 Genre Enterovirus: virus poliomyélitique et
 9 genres dont 6 pathogènes pour l’homme
virus non poliomyélitiques
 Virus nu = génome + capside
 Genre Cardiovirus
 connue depuis les temps des pharaons
 Genre Hepatovirus: VHA
 Infections à entérovirus: pléiomorphes (diagnostic#)
 Genre Parechovirus
 Genre Kobuvirus
 Poliomyélite: modèle maladie en voie d’éradication
 Genre Cosavirus
nécessite le maintien de la vaccination et des rappels
 Classification Picornaviridae

Enterovirus

Poliovirus Entérovirus non

Poliomyélitiques
Poliovirus 1, 2, 3
- coxsackievirus A
- coxsackievirus B
(pathogènes pour
souriceau nn)
- échovirus
(non pathogènes chez
animal)
- entérovirus
- rhinovirus

II. Caractères virologiques

1) Structure
 Virus non enveloppés (résistance en milieu extérieur).
 Capside icosaédrique. 2) Caractères physico-chimique
 Taille : 27-30 nm.  Très résistant : pH acides, l'alcool à 70°, éther,
 Proteines capside VP1, VP2, VP3 + VP4 désoxycholate de sodium et détergents.
 Génome ARN simple brin linéaire de polarité positive  Se conservent quelques semaines dans
l’environnement et des années à -20°C.
 Détruits par : oxydants (hypochlorite de soude),
formol, b-propionolactone et rayons UV.
Rhinovirus rapidement inactivés à pH 6
 3) Cycle de multiplication des Picornaviridae ➢ Entérovirus poliomyélitiques
 Selon OMS Les cas de poliomyélite ont diminué
de plus 99% entre 1998 (350 000 cas, selon les
estimations) , 2006 (1997 cas déclarés) et
seulement 74 cas en 2015
 Cette réduction est le résultat de l’effort
mondial d’éradication de la maladie grâce à une
stratégie vaccinale mondiale depuis 1975.
 maladie éradiquée de la majorité des pays
- Dernier cas, continent américain: 1991 Dernier
cas, Europe: 1998
- Réémergence récente dans pays d’Afrique et
d’Asie
 Le polio1 est le sérotype le plus répandu (3
cas/4) suivi par le polio3.
 Le polio 2 n’a plus été déclaré dans le monde
depuis septembre 1999.
III. Epidémiologie
1) Réservoir:
 humain, enfants infectés +++, malades ou non
 Environnement : virus non enveloppé résistant excrété
dans selles, parfois de façon prolongée, persiste dans le
milieu exterieur
2) Transmission
 Fécale-orale:
- Directe (personne à personne par mains sales)
- Indirecte (alimentation, eau contaminée)
Maladies liées au péril fécale
 Aérienne (gouttelettes liquidiennes),
 Contact direct lésions cutanées infectées, muqueuse
Entérovirus poliomyélitiques
 nosocomiale non respect des règles d’hygiène
universelle, désinfection et lavage des mains )

Entérovirus poliomyélitiques. Vaccination : éradication des

poliovirus

 Encore 2 pays d’endémie dans le monde:

Afghanistan et le Pakistan
 Au Maroc, aucun cas de poliomyélite n’a été
enregistré depuis 1989.
3) Mode de répartition  Aujourd’hui, notre pays est dans la phase de
➢ Entérovirus non poliomyélitique certification de l’éradication de la poliomyélite
– Dans les pays tempérés: épidémies estivo-automnales grâce a un système de surveillance et de suivi et
annuelle à échovirus et coxsackievirus + cas sporadiques déclaration obligatoire des patients présentant
inter-épidémique des paralysies flasques aiguës (PFA).
– Dans les pays à bas niveau sanitaire, pays tropicaux et
subtropicaux : infections endémiques toute l’année.
IV. Physiopathologie
 Multiplication dans tube digestif  infections aiguës non spécifiques plus graves
 Tropisme varié selon le sérotypes: – méningites lymphocytaires de l'enfant et de
- Neurones moteurs: poliovirus l’adulte.
- Cœur: coxsackievirus B – encéphalites (plus rares).
 Infections asymptomatiques +++ – Paralysie flasque isolée.
– infections sévères non spécifiques chez les
immunodéprimés et les nouveau-nés.

Autres entérovirus : Infections aiguës spécifiques

 Coxsackievirus A (ou Enterovirus A et C) :
– Eruptions cutanées
– Herpangine
– Syndrome main-pied-bouche (A10, A16)
– Conjonctivites hémorragiques (A24)
 Coxsackievirus B (ou Enterovirus B) :
– Myocardites (B1-B5)
– Péricardites (B1-B5)
– Pleurodynie ou maladie de Bornholm (B1-B5)
Hépatite
– Diabète juvénile ? (B4)
 Echovirus (ou Enterovirus B) :
– Exanthème de Boston (E16)
– Myalgies
– Myocardites et péricardites
 Entéro 68-71 (ou Enterovirus A et D) :
– Conjonctivites hémorragiques (70)
– Bronchiolites (68)
– Paralysie (70, 71)
– Syndrome pieds-mains-bouche (71)

 Syndrome main-pied-bouche
Coxsackievirus A : Vésicules typiques au cours de
ce syndrome

physiopathologie poliomyélite antérieure aigue

V. Pouvoir pathogène
Infections aiguës non spécifiques due aux entérovirus
 infections aiguës non spécifiques bénignes
– syndromes fébriles isolés,
– infections ORL,
– infections respiratoires,
– gastroentérites,
– éruptions maculeuses ou vésiculaires.
 Herpangine (Coxsackievirus A)
 Lésions vésiculaires,
 fièvre et dysphagie
 due au coxsackievirus A
 peut faire évoquer de façon trompeuse une infection
herpétique.
Les poliovirus : la poliomyélite antérieure aiguë
 Les infections à poliovirus sont le plus souvent limitées
(« poliomyélite abortive ») : fièvre avec symptomatologie
intestinale, plus rarement méningite (90 a 95%)
 La forme paralytique est l’expression la plus rare mais
la plus grave de l'infection. (moins de 1 %)

Polyomyélite

aspects cliniques de la polyomyélite VI. Diagnostic virologique

1) Indication du diagnostic virologique
Poliomyélite  affection neuro-méningée aiguë
Destruction massive et définitive des neurones de la  myocardite/péricardite aiguë
corne antérieure de la moelle et des noyaux moteurs.  infection materno-foetale ou néonatale
 Incubation 10-15 jours  fièvre éruptive chez la femme enceinte
 Début (prodromes) fièvre ,infection rhino-pharyngée (diagnostic différentiel avec la rubéole)
troubles sensitifs, douleurs musculaire.  paralysie flasque aiguë (voir supra).
 installation brutale de paralysies flasques asymétrique  Infection chez l’immunodéprimé (prélèvements
dont L’importance est variable. multiples).
 Atteinte muscle respiratoire peut engager le Pronostic  Surveillance des poliovirus et distinction entre
vital souche sauvages et souches vaccinales
 L’évolution est partiellement régressive. 2) Prélèvement :
 Les séquelles fonctionnelles importantes : amyotrophie Diagnostic direct
d’un membre, boiterie , trouble de croissance  Précoce: début des signes cliniques
 Plusieurs sites à la fois : Gorge, LCR, selles, LA,
lésions cutanéo- muqueuses, conjonctives
Diagnostic indirect sérologie(Ac) – sérum
3) Diagnostic direct
2 Techniques
1. isolement du virus/ culture virale
2. Détection du génome viral
✓ Culture virale:
Technique de référence mais sensibilité faible
pour: certains prélèvements, LCR et certains
sérotypes:
coxsackievirus A et entérovirus 68-71

ECP Enterovirus ;ECP à l’état frais : cellules arrondies se détachant

du tapis cellulaire
 Confirmation de l’appartenance au genre Enterovirus
2) Cas où la présence d’un entérovirus n’est pas
puis détermination du sérotype / séroneutralisation de
interprétable
l’ECP (pools de sérums anti- entérovirus puis sérums
- Dans une selle isolée: portage possible,
monovalents )
excrétion prolongée
- Dans un prélèvement de gorge isolé: porte
d’entrée du virus
→ associer ces 2 prélèvements
3) Une sérologie isolée (Ac anti-coxsackievirus,
anti-échovirus) n’a aucun intérêt: examen inutile,
ininterprétable, coûteux
cas particulier: recherche spécifique des Ac
antipoliovirus.
VII. Traitement :
 Aucun TRT antiviral efficace
 TRT symptomatique
VIII. Prévention
 Prévention non spécifique:
Respect des règles d’hygiène universelle
 Prévention spécifique: poliovirus
- Vaccination et Maintien à un niveau élevé de la
couverture vaccinale (rappels)
technique de séroneutralisation
- Notification immédiate des cas de paralysie
✓ Détection du génome/ RT-PCR: flasque aiguë
diagnostic de genre Enterovirus, - Déclaration obligatoire de toute infection à
Affections neuroméningées +++ poliovirus
- Enquête dansl’entourage
la vaccination antipoliomyélitique et différents
types de vaccin
 Vaccin inactivé (vaccin Salk/Lépine) 1955,
– préparer sur culture cellulaire inactivé par la
bêta-propiolactone.
– Contient les trois sérotypes de poliovirus1,2,et
3, Innocuité absolue.
– N’empêche pas l’implantation d’un virus
sauvage.
– Voie injectable
 Vaccin vivant atténué (vaccin Sabin) 1963
– Contient des souches de poliovirus type 1, 2, 3
ayant perdu leur neurovirulence. Par atténuation
par passage successif sur culture cellulaire
– Voie orale
– N’est plus utilisé sauf en cas d’épidémie.
 Recommandations du calendrier vaccinal pour
le poliovirus
– A l'âge de deux mois, trois mois, quatre mois :
le vaccin polio injectable est recommandé pour
 Isolement sur culture cellulaire les primo vaccinations.
 RT-PCR: – Rappel à 18 mois, 6 ans, 11 ans, 18 ans.
région 5’ non codante – Rappel de vaccin polio injectable tous les 10
 Sérologie ans, associé à la vaccination antitétanique.
Interprétation des résultats virologiques en matière – Le vaccin polio oral est réservé aux situations
d’entérovirus épidémiques.
1) Valeur diagnostique indiscutable:
- Isolement en culture d’un entérovirus à partir d’un seul
des prélèvements suivants: LCR, lx cutanéo-muqueuse,
LA, conjonctive, urine du nn
- Détection du génome d’un entérovirus dans un LCR ou
LA
 IX. Conclusion
- Infections à entérovirus: pléiomorphes,
diagnostic différentiel
- Poliomyélite: maladie éradicable, à déclaration
obligatoire
- Maintenir la vaccination
- Diagnostic: direct, culture virale, biomol

A RETENIR
 les caractères virologiques du genre
Enterovirus
 l’épidémiologie et physiopathologie des
entérovirus
 les indications et la mise en œuvre du diagnostic
virologique
 Connaître les moyens de prévention des
La poliomyélite en 1960 infections à entérovirus

4. Virus des hépatites à transmission enterale :

I. Introduction
 Hépatite: atteinte inflammatoire du foie = ensemble de
signes cliniques et biologiques
 Hépatite virale : Inflammation du foie liée à la réponse
immune secondaire à l’agression virale
 HEPATITE Virale: 95%
 Médicamenteuse ou toxique: 4%
 Bactérienne: 1%
 Hépatites virales : plusieurs virus #

 Expression clinique voisine

 Marqueurs biologiques #
 20 % des hépatites ne sont dues à aucun des virus connus.  Virus à transmission entérale: virus A et E
 Nouveaux virus mais physiopathogénie discutée: virus G, ➔ hépatites aiguës
TTV  Virus à transmission parentérale et/ou
 Hépatites secondaires à d’autres virus (Herpès...VZV, EBV, sexuelle et/ou materno-fœtale : virus B C D
CMV, HHV6, virus fièvre jaune, virus lassa, marburg, Ebola.....) ➔ hépatites aiguës et chroniques
 Associations virales: BD, BC, CG, BG... ➢ cirrhose
➢ carcinome hépato cellulaire( CHC)
 Physiopathologie

2) épidémiologie
➢ Réservoir
 HAV : sujet infecté, malade ou non
 HAV: strictement humain
➢ Transmission
 Féco-orale = entérale +++maladie péril fécal
- indirecte: aliments contaminés: coquillages,
fruits de mer, fruits, légumes, eau souillée .
- interhumaine directe: mains sales ou contact
avec les selles (HAV> HEV)
 Parentérale : rare, en période de virémie /
Transfusion

HAV  Hépatites aiguës qui n’évoluent jamais vers la

chronicité.

HEV: ∃ formes prolongées voire chroniques (patients ID

principalement malades greffés, VIH+ avec risque de
cirrhose) ➢ Répartition géographique
 En zone tempérée : cas sporadiques, grande
II- Virus de l’Hépatite A contagiosité.
1) caractère virologique  Dans les zones tropicales et subtropicales :
Celles des entérovirus, mais faible homologie génétique enfants très précocement infectés.
 Classification  HAV endémique dans PEVD épidémies dans
– Famille: Picornaviridae les collectivités
– Genre : Hépatovirus MAROC zone de forte endémicité pour HAV
 Structure et composition + 95% Des enfant de – 15ans sont immunisés
– Virus non enveloppés.
– Capside icosaédrique.
– Taille : 27 nm.
– Génome : ARN+ simple brin linéaire
 Résistance physico-chimique
– Très résistant (>entérovirus) à la chaleur, à l'éther à 10%
et aux doses de chlore utilisées pour la chloration
habituelle des eaux de boissons
 Multiplication sur cellules : non
 3) clinique  Diagnostic Indirect : détection Sérologique
ELISA : IgM +++++

Evolution des marqueurs sérologiques et biologiques

✓ forme ictérique • Diagnostic Indirect : Sérologie : interprétation

 Période d’incubation : en moyenne 30 jours (extrêmes
15-50 j)
 Phase préictérique:
- Manifestations pseudo-grippales: fièvre, frissons,
céphalées, asthénie, anorexie, myalgies, arthralgies.
- troubles digestifs: douleur épigastriques, douleurs HCD,
vomissements, diarrhée.
- éruption cutanée: érythème maculo-papuleux ou
urticaire.
 Phase ictérique: ictère + urines foncées +/- selles
décolorées +/- HSMG (Hépato-Splénomégalie) III- Virus de l’Hépatite E
 Évolution: favorable mais convalescence prolongée chez 1) caractère virologique
l’adulte  Classification
✓ forme anictérique – Famille: Hepeviridae
Appelé forme pseudogrippale résolutive – Genre : Hepevirus
✓ forme fulminantes  Structure et composition
sujet âgé: l’infection / HAV est d’autant plus – virus non enveloppés.
symptomatique que l’âge est avancé. – Capside icosaédrique.
– Taille : 27-34 nm.
 Expression clinique influencée par l'âge du sujet : – Génome : ARN + simple brin linéaire
– Enfants : formes anictérique ou pseudo-grippales  Résistance physico-chimique
– Adultes : formes ictériques plus fréquentes, Résistant, mais supporte mal les cycles de
asthéniantes congélation-décongélation
 Multiplication sur cellules : non

4) Diagnostic virologique
 Prélèvement:
– Biopsie Hépatique
– Selles
– Sang total:
* Tube Sec pour le diagnostic indirect (Sérologie)
* Tube EDTA biologie moléculaire
 Diagnostic direct
– Détection des antigènes (ELISA)
– du génome (PCR).
Mais en pratique courante cette recherche est sans
intérêt
 2) épidémiologie
➢ Réservoir 3) Clinique
 Forme classique ictérique
 HEV 4 génotype
– Incubation : 40 jours.
- 1 et 2 strictement humain
– Ictère fréquemment associé à malaise,
- 3 et 4 humain et animal
anorexie, nausées et vomissements avec urine
 HEV : sujet infecté, malade ou non
foncée et selles+/- décolorées
 HEV: seul virus hépatotrope pour lequel il existe un risque
– Biologie : cholestase et une cytolyse.
de transmission directe de l’animal à l’homme (réservoir
 Forme anictérique
animal)
Appelé forme pseudogrippale résolutive
Réservoir naturel: sanglier et porc
 Forme fulminantes
Autres animaux: hôtes occasionnels
– sujet âgé: l’infection / HEV est d’autant plus
➢ Transmission symptomatique que l’âge est avancé.
 Féco-orale = entérale +++maladie péril fécal – chez la femme enceinte Particulièrement
- indirecte: aliments contaminés: coquillages, fruits de mer, grave au 3ème trimestre, formes mortelles dans
fruits, légumes, eau souillée . 20-50% des cas
- interhumaine directe: mains sales ou contact 4) Diagnostic virologique
avec les selles(peu importante)  Prélèvement:
 Parentérale rare, en période de virémie / transfusion – Biopsie Hépatique
 Verticale+/- – Selles
 Transmission féco-orale : – Sang total:
* Tube Sec pour le diagnostic indirect (Sérologie)
* Tube EDTA biologie moléculaire
 Diagnostic direct
– Recherche de Ag HEV sur biopsie hépatique /
IF ou ELISA
– Recherche du génome (RT PCR). Sur sang
total, sérum,selles
– Détection du virus dans les selles par ME ou
IME
 Diagnostic indirect
Transmission inter-humaine peu importante - Sérologie / IF, Immunochromatographie, EIA
Possibilité de transmission de virus animaux (porc) à l’homme (ELISA ou apparentés), Western Blot: IgG, IgM
- Test d’avidité des IgG
➢ Répartition géographique

 Seule la détection du virus par RT-PCR dans le

sang et/ou dans les selles associée à une élévation
significative des Transaminases permet de poser
avec certitude le diagnostic d’hépatite E aiguë.

L’absence de détection virale ne permet pas

d’exclure le diagnostic d’infection virale en
cas de prélèvements tardifs effectués après la
 HEV est moins fréquent négativation de la virémie.
 HEV est endémique dans certaines régions d’Asie
(chine,Inde) Afrique , Amérique centrale et du sud Dalton et al. : Définition biologique de l’hépatite
 1/3 de la population mondiale contaminée par VHE E aiguë: Présence de l’un au moins des 2
paramètres suivants associé à une ↑
Transaminase, ARN du HEV positif ou IgM +
 IV- Traitement
3) Vaccination des sujets à risque
 Pas de TRT spécifique  Professionnels exposés ou exposant à HAV
 Interdiction de la consommation d’alcool (personnel de crèches ..)
 Eviction des médicaments hépatotoxiques  Voyageurs en zone d’endémie
 Contre Indication des corticoïdes  Jeunes des internats, services pour l’enfance,
 Transplantation hépatique: hépatite fulminante handicapés, Sujets atteints d’hépatopathie
 Hépatite E chronique: interféron-α pégylé ou ribavirine chronique
V- Prophylaxie  HAV: vaccin inactivé bien toléré et très efficace
– 2 administrations à 6 mois d’intervalle +
1) Mesures d'hygiène universelle rappel tous les 10 ans
- Bien se laver les mains.  HEV: vaccin en cours d’étude (vaccin
- Bouillir l’eau dans régions où le risque est important. recombinant utilisant l’Ag de capside)
- Bien cuire les aliments (crustacés, fruits de mer) VI. Conclusion
- Eplucher les fruits.  Hépatites à transmission entérale: HAV, HEV
- Traiter les eaux usées et surveiller les réseaux de  Formes aiguës, passage chronicité pour HEV
distribution des eaux  Transmission féco-orale
- Efficace mais insuffisantes seule  Diagnostic: Ac anti HAVIgM
Ac anti HEV IgM et/ou ARN viral
2) Immunisation passive / Injection d‘Immuno-  Prévention: mesures d’hygiène, vaccinHAV
globulines standards A RETENIR
HAV  la structure des virus responsables des
en IM  protection immédiate (3-5 j) mais de courte durée hépatites entérales.
(≈ 3mois)  l'épidémiologie des infections à virus de
 Personnes voyageant en zone de forte endémie l’hépatite A et E
HEV  les indications et la mise en œuvre du
L’immunisation passive par administration diagnostic virologique des infections à virus de
d’immunoglobulines spécifiques s’est révélée inefficace l’hépatite A et E.
 Moyen de traitement et de prévention

5. Virus des hépatites à transmission parenterale

I. Généralités
 Inflammation du foie liée à la réponse immune II. HCV
secondaire à l’agression virale. 1. Caractère virologique
 Nécrose hépatocytaire souvent associés, parfois  Classification et structure
expliqués par le rôle cytopathogène direct du virus – Famille : Flaviviridae.
 Hépatites transmise: – Genre : Hepacivirus.
– Voie entérale ou féco-orale : HAV et HEV – 7 génotype 1b le plus fréquent au Maroc
– Génome : ARN + simple brin
– Voie parentérale : HCV, HBV et le HDV.
– Capside de symétrie indéterminée.
+ hépatite G, TTV, autres ...
– Enveloppe lipidique avec deux protéines E1 et
 Virus B: E2.
- 240M personnes infectées chroniquement et > 780 000 – Diamètre : 55 à 65 nm.
décès/an
- 10 génotypes: A à J et de nombreux variants,
- vaccin disponible (IST ET CANCER EVITABLE)
 Virus C:
– 130-150M personnes infectées/HCV (porteurs
chroniques)
– 7 génotypes de 1 à 7 et nombreux sous types
 VHB et VHC Problème de santé publique Mondial
 Notion de groupes à risques
 10 % des hépatites B et 50% des C: chronicité.
 VHB et VHC risque d’hépato-carcinome
  le génome
➢ groupes à risque
 Les Transfusés et les hémophiles ont été très
exposés.
 Les hémodialysés:
– les multiples transfusions
– la transmission "nosocomiale" au cours des
séances d'hémodialyse.
 Les transplantés d'organes.
 Les toxicomanes intraveineux : prévalence très
élevée, souvent en plus multi-infectés.

PREVALENCE

MAROC : Zone d’endémicité moyenne pour HCV: environ 1% de la

population présente une hépatite virale C

3. Clinique
2. Épidémiologie  Incubation:
TRANSMISSION 15-150 jours avec moyenne 90 jours
 Transmission parentérale +++ sang et ses dérivés  Infection aiguë
– Transfusion sanguine : contrôles des dons – Souvent asymptomatique ou symptomatologie
atypique
– Toxicomanie intraveineuse (génotype 3a).
– Même symptôme que les autres hépatites : fatigue
– Accidentelle / AES du personnel médical et
et ictère
paramédical – Elévation des transaminases.
– Hémodialyse, soins dentaires, investigations  Infection chronique
invasives, acupuncture – Asthénie, une élévation des ALAT des anticorps
– Tatouages, piercing anti-HCV.
 Transmission mère-enfant – Parfois ALAT normales alors que la biopsie montre
– Mères infectées par le HIV, la transmission du des lésions hépatiques.
HCV est fréquente (20%), indépendante de celle du – Très souvent, examen clinique normal.
HIV. – Le risque de développer une cirrhose est important
– Mères non infectées par le HIV, le risque de – Augmenté avec l’intoxication alcoolique ou
l’infection par HBV
transmission mère-enfant du HCV apparaît faible, de
– Cette cirrhose est souvent asymptomatique.
l'ordre de 3%
 Manifestations extra-hépatiques
– Le risque de transmission est d'autant plus élevé – Les anomalies immunologiques extra-hépatiques :
que la charge virale est élevée chez la mère. cryoglobulinémie
 Autres modes de transmission – maladies auto-immunes
– Transmission sexuelle : peu probable sauf rapport – Porphyrie cutanée tardive.
traumatique
– Transmission « intra-familiale » objet de toilettes
en communs , rasoirs, ciseaux , brosse à dents
  Les tests sérologiques ne permettent que la
mise en évidence d'anticorps et ne sont donc pas
le reflet direct de l'infection.
 Certaines situations rendent compte de ce
problème :
– une infection aiguë avec apparition d'anticorps
retardée (fenêtre sérologique)
– une infection guérie peut s'accompagner
d'anticorps.
– La détection de l'ARN viral est le seul moyen de
faire le diagnostic direct d'une infection active.

b) diagnostic direct
 Ces techniques permettent de savoir :
– si un patient (anti-HCV + , transaminases
normales) est virémique;
– si les thérapeutiques antivirales sont efficaces
4. Diagnostic biologique  Techniques :
 Indications – Détection qualitative de l’ARN HCV (signe de
bilan de grossesse réplication virale)
recrutement (armée-police..... • ADN branchés
Transaminase élevé..... • RT-PCR
 Prélèvement • PCR temps réel
Sang: sérum ou plasma +++ – PCR quantitative de l'ARN viral ou charge virale
Biopsie hépatique ± – Techniques de génotypage: 7 génotype s 1a,1b,
 diagnostic non spécifique 2a,2b
↑ transaminases – Détection et quantification des antigène HVC
↑ bilirubine (ictère) – Polymorphysme du gène DE L’IL-28B
– PBF: lésion hépatique degré de fibrose
a) diagnostic indirect
Diagnostic en deux temps indications du diagnostic direct
 Dépistage
TEST immuno-enzymatique type ELISA ou apparenté 1. anticorps anti-HCV + en dépistage et validation
 Confirmation avec transaminases normales, comme examen
Si Ac anti HCV positifs , confirmation par 2° test préalable à biopsie hépatique.
ELISA (réactif différent) sur un 2° prélèvement
2. tests de dépistage douteux (DO limite ou
discordance entre 2 tests)

3. Diagnostic des hépatites aiguës et chroniques

non A non B sans anticorps anti-HCV détectable
surtout chez les patients immunodéprimés.

4. Bilan pré thérapeutique et suivi des traitements

par l'IFN𝛼. Elément pronostic.

5. Recherche de l'ARN viral chez des patients

ayant des manifestations dysimmunitaires pouvant
être liées à une infection par le HCV ou
ayant d’autres causes d’élévation des ALAT (alcool
etc..)

6. Chez la femme enceinte trouvée anti-HCV

positive (quantification) lors d’un examen
systématique, afin d’évaluer le risque de
transmission à l’enfant (en théorie nul s’il n’existe
pas de réplication chez la mère)
 5. Traitement
 Bithérapie interféron alpha pégylé+ribavirine TTT  Structure
de 6 à 12 mois selon génotype et charge virale – Virus de 42 nm
 Réponse au traitement – Enveloppé
– Réponse au traitement : environ 50% – capside icosaedrique
– 35% non répondeurs – Génome : ADN circulaire partiellement double
– 15% partiellement répondeurs brin
 Facteurs prédictifs de réponse au traitement:
– Charge virale élevée  non ou mauvaise réponse
– Certains génotypes: 1  non ou mauvaise réponse
– Génotypes 2 et 3 : meilleure réponse
 Nouveau traitement: Sofosbuvir (analogue
nucléotidique)
+ riba+/-INFpég

Algoritme de prise en charge

 Morphologie
 Particule non infectieuse
- Sphérules : de 20nm
- Batonnets de 20nm
 Particules infectieuses de DANE : denses de 40
à 45nm

6. prévention
 Mesure d’hygiène universelle
 Dépistage systématique sang, tissus ou organes pour
transplantation
 Dépistage systématique dans la population
 Prévention chez les personnes à risque  Structure antigénique :
 Pas de vaccin a) Ag de surface = Ag HBs :
III. HBV - Retrouvé à la surface des sphérules et des
1. Caractère virologique particules de DANE.
 Classification - sa persistance au-delà de 6 mois marque la
– Famille : Hepadnaviridae. chronicité
– Genre : Orthohepadnavirus b) Ag HBc :
– Les sérotypes :adr, ayr, - Retrouvé à l’intérieur de la capside au niveau du
adw,ayw « core » du virus et au niveau du noyau des
– 10 génotypes : A,B,C,D,E,F, hépatocytes atteintes par ce virus.
G,H,I,J - marqueurs précoces et durables de l’infection.
 Résistance physico-chimique - non dosé en routine
Il est résistant à la chaleur c) Ag HBe :
(30min à 56°c) et au chlore à de - Marqueur de la multiplication active du virus.
faibles concentrations.
 Ces trois Ag sont les Ag principaux du HBV
donnant des Ac
 2. Epidémiologie
MODE DE TRANSMISSION
– Sexuel ++++ (IST)
– Parentérale Idem HCV
– Materno-fœtale en Périnatale :
• Mères Ag HBs +
• Mode de transmission le plus fréquent dans les 4. Diagnostic biologique
zones d’endémie élevée  Indications
REPARTITION bilan de grossesse
- L’HBV est une maladie à évolution endémique mais recrutement (armée-police.....
peut survenir également sous forme de petites Transaminase élevé.....
épidémies.  Prélèvement
- cosmopolite, avec des régions de haute endémicité, Sang: sérum ou plasma +++
des régions de moyenne et basse endémicité en Biopsie hépatique ±
fonction du développement du pays (plus le pays est  diagnostic non spécifique
développé plus l’endémicité est faible) ↑ transaminases
- le MAROC est dans la zone de moyenne endémicité ↑ bilirubine (ictère)
avec prévalence de 2 -7% a) Diagnostic direct
- Ponction biopsie foie(PBF): lésions hépatiques
(nécrose, inflammation, fibrose), ou tests sanguins
(Actitest /fibrotest)
- Culture du virus in vitro: impossible.
- Microscopie électronique: sérum/biopsie
- Détection du génome = Témoins de réplication
virale :
 PCR : sensible, recherche ADN et permet de
caractériser les variants du VHB.
 ADN polymérase: labo. Spécialisés.

b) Diagnostic indirect sérologique ++++

 Système Ag HBs/Anti-HBs

3. Clinique

 Formes classiques
– incubation (1 à 6 mois)
– phase préictérique
– phase ictérique
– convalescence
 Formes cliniques (Fulminante, aigue et chronique)
– selon le terrain (âge, VIH, ...)
– selon l'évolution (chronique, auto-immune,...)
 Système Ag HBc/Anti-HBc

 Système Ag HBe/Anti Hbe

HEPATITE B : A : Evolution vers la guérison.

B: Evolution vers la chronicité

INTERPRETATION DES MARQUEURS SEROLOGIQUES DE L ’HEPATITE B

Profils sérologiques dans différents tableaux

cliniques

 Hépatites fulminantes
– survenant au stade aigu : présence d’IgM anti-HBc
quasi constante. Ag HBs, Anti-HBs, ADN virale
Cinétique des marqueurs cliniques et biologiques de l ’HEPATITE B
inconstamment retrouvés .
– survenant chez les porteurs chroniques:
détection IgM anti-HBc rare: Eliminer
systématiquement la participation du virus VHD (Ag
delta,IgM anti-delta,IgG anti-delta)
 Profils sérologiques dans des
 Contrôl immunité
circonstances précises
Immunité vaccinale peut être vérifiée et quantifiée/
 Cas des nouveau-nés des mères AgHBs +
dosage des Ac anti HBs: un titre > 10 UI/l est
- Contamination in utero rare : essentiellement
protecteur Efficace à 95%
périnatal
Vaccin anti HBV protége également contre HDV
- Risque de transmission verticale étroitement lié au
 Indication de la vaccination VHB
profil sérologique de la mère
- Professionnels de santé
- Passage trans-placentaire des IgG:naissance avec le
- Familles des porteurs du VHB
même profil IgG que la mè[Link] de passage des IgM
- Toxicomanes IV
 Sujets immunodéprimés
- Nouveau né de mère AgHBs+
- sujet VIH+ ayant présenté antérieurement hépatite B
- Extension à tous les nourrissons et adolescents à
guérie (AgHBs - ,anti HBs +,anti HBc +) :
travers le programme National d’immunisation
on peut observer: Disparition des anti-HBs et apparition
depuis 2010
Ag HBs :
* réactivation souche initiale
b. Gammaglobulines spécifiques
* réinfection par autre souche Anti HBs  immunité immédiate mais transitoire
ou (également contre le HDV )
- Hémodialysés, greffés: Analyse des profils
sérologiques délicates (titre d’AC bas...) Indication
Nouveaux marqueurs HBV  Contamination accidentelle (piqûre, blessure) /
- Quantification du cccDNA (covalently-closed-circular sang ou produits
DNA) intra-hépatocyte (ADN viral superenroulé dans  sanguins positifs pour AgHBs chez un sujet non
noyau des hépatocytes, PCR, technique lourde, PBH vacciné
itératives, non standardisée)  Nouveau née de mère positive pour l’AgHBs
La décroissance de la quantité de cccDNA dans le foie  Exposition sexuelle
semble être un marqueur prédictif des séroconversions  Transplantation hépatique
HBe et HBs c. Mesures générales de prophylaxie:
- Quantification AgHBs dans sérum: mesure indirecte du - Matériel d’injection à usage unique
contenu en cccDNA des cellules hépatiques - Rigueur dans examens médico- techniques et
- Quantification AgHBe dans sérum soins dentaires: usage de matériel parfaitement
- Génotype du VHB nettoyé et stérilisé.
- Profil des substitutions amino-acidiques associées à Idem pour séances d’acupuncture, soins de beauté,
la résistance du VHB aux analogues nucléos(t)idiques/ tatouages, percements d’oreilles.
techniques de séquençage et hybridation inverse - Port de gants en cas de manipulation de sang
5. Traitement : ou de produits biologiques.
– Hépatite aiguë fulminante: TRT idem hépatites à - Port du préservatif devant toute situation à
transmission entérale risque.
– Hépatite chronique à HBV +/- HDV: - Limitation du nombre de partenaires
 Interféronα standard ou interféron pégylé - Usage personnel de brosses à dents et rasoirs
 analogues nucléos(t)idiques (lamivudine, adéfovir...) - Si grossesse ou groupe à risque: demander un
 Inhibiteur de la reverse transcriptase dépistage.
6. Prévention : - Lutter contre le partage des seringues chez
toxicomanes IV.
a. Vaccination: - Restreindre la transfusion aux seules indications
 Vaccin : indispensables.
Vaccins obtenus / génie génétique: - Exclure du don de sang, de tissus ou d’organes
- vaccins monovalents : ENGERIX B (SKF ) les sujets porteurs de l’AgHBs et/ou de l’Ac anti-
GENHEVAC B (Pasteur) HBc
 vaccins bivalents  HAV et HBV IV. HDV :virus de l’hépatite delta
 vaccins héxavalents  D T Coq Polio Hib HBV Généralité
 Schéma vaccinal : 2 schémas:  Virus défectif à ARN
- 4 injections: 0 1 2 12 mois  Ne se réplique qu’en présence du VHB
- 3 injections: 0 1 6 mois  Évolution sous deux forme
– Coinfection: 2 à 7% de chronicité
– Surinfection: 70 à 90% de chronicité
 Epidémiologie, clinique traitement et prévention
sont identique au VHB
 1. Caractère virologique 3. Physiopathologie
 Classification
– Famille : ?. Infection / HDV: 2 formes
– Genre : Deltavirus
 Structure  Coinfection: infection simultanée / HDV et HBV 
– Virus de 37 nm hépatite aiguë plus grave que l’infection B seule
– Enveloppe dérive de l’HBV (AgHBs)  Surinfection: infection / HDV chez un porteur
– capside sphérique chronique du HBV
– Génome : ARN- circulaire Simple brin 4. Diagnostic biologique
 Sérum :
- Ag delta
techniques immuno-enzymatiques type ELISA ou IF
- Ac anti HDV (ELISA): IgG IgM
- ARN HDV / RT-PCR
 Foie : Ag delta / ELISA ou IF

* Virus défectif = nécessite la présence de HBV: env

dérivée de HBV, porte Ag HBs

Cinétique des marqueurs cliniques et biologiques de l ’HEPATITE D

[Link] :
 Virus des hépatites: tropisme pour le foie
 Diversité biologique  appartenance à familles #
Virus A B C D E: les plus fréquents
 Virus A E: transmission entérale
 hépatites aiguës
2. Épidémiologie  Virus B C et D: transmission parentérale, sexuelle
TRANSMISSION et materno-foetale
Idem que l’HBV  hépatites aiguës et chroniques  cirrhose, CHC
REPARTITION GEOGRAPHIQUE  Diagnostic:
 Endémique en Italie, Amérique du sud, Afrique. sérologie, biologie moléculaire +++
 TOUJOURS ASSOCIE AU VHB  TRT: IFN𝛼, ribavirine ...encore insuffisants!!
 5% des porteurs d’AgHBs sont infectés par HDV Nouveau TRT +++
PREVALENCE  Vaccination: HAV HBV

A RETENIR

 la structure des virus HBV, HCV et HDV

 l’épidémiologie et la physiopathologie des virus

HBV, HCV et HDV

 les différents marqueurs des virus responsables

d’hépatites à transmission parentérale

 les modalités du diagnostic d’une hépatite à

transmission parentérale
 6. VIH : Virus de l’Immuno-déficience Humaine
Généralités :
 Fléau du XXème siècle = Problème de santé Mondiale
 Maladie émergente et réemergente 2- Structure
 Le sida (Syndrome d’Immunodéfiscience Acquise)
correspond à un ensemble de manifestations cliniques
qui traduisent un déficit de l’immunité à médiation
cellulaire.
 découverte en 1981 du virus s’est fait presque en même
temps par deux équipes « américaine et française » et
qui ont nommé ce virus VIH.
 C’est une maladie à déclaration obligatoire,
 IST qui peut être le lit des autres IST (syphilis, HBV....)
Historique
 1959: Première infection à HIV-1 documentée
 1981: identification du Syndrome d’Immunodéficience
Acquis (SIDA) dans la communauté homosexuelle de
Californie .
 1983: isolement du HIV-1
 1986: identification d’un deuxième virus, HIV2  Particule virale Sphérique de 90 à 120nm de
 1990 : première thérapeutique anti rétrovirale diamètre
 1994: identification d’une nouvelle souche:  Enveloppe
VIH-1 « sous-type O ». - Double couche phospho-lipidique (cellulaire)
 1998: identification d’un troisième groupe: - Glycoprotéines virales, spicules:
VIH-1 groupe N (pour non-M non-O). * Glycoprotéine transmembranaire TM gp 41
(traverse la double couche lipidique)
I. Caractères virologiques
* Glycoprotéine d’enveloppe externe, SU gp 120
1. taxonomie
liée à la gp 41 par des liaisons faibles)
- Famille : Rétroviridae
 Core tranculaire
- sous famille: Orthoretrovirinae
- 2 molécule identique d’ ARN monocaténaire
- Genre: Lentivirus
polarité +
- Espèces: Virus de l’immunodéficience humaine
- 3 proteines
type 1 : HIV1, 4 groupe (M, N, O, P)
 P17 MA matrice la +externe associée protéase
type 2 : HIV2
virale
 P24CA Capside Majeur
Classification et diversité génétique des souches du
 P7 NC Nucléocapside associé aux molécule
groupe M
d’ARN
 Type VIH1
- 3 enzymes Rétrotranscriptase , Intégrase
– Goupe M: majeur
Protéase
• Les sous-types du groupe M (11)
- 3 gènes de structures ou majeurs
A1, A2, B, C, D, F1, F2, G, H, J, K
 GAG : code pour la capside
• Les virus recombinants ou CRF
 POL : code pour la RT et l’intégrase.
(48) Les plus fréquents :
 ENV : code pour l’enveloppe.
* CRF01 (ex sous-type E),
- genes mineurs interviennent dans la
* CRF02, CRF03
multiplication du virus (Tat, Rev, Vif)
* CRF07, CRF08, CRF12
- Groupe 0: Outleir
- Groupe N : non O non M
- Groupe P

L’homologue génomique entre le VIH-1 et VIH–2 est de 50%

 3. Cycle de multiplication
4. origine du VIH
2 étapes :
- La 1ère s’effectue uniquement par les enzymes virales
et se termine par l’intégration du virus dans le génome
cellulaire.
- La 2ème, qui comprend la synthèse de nouveaux
virions, est régulée par des mécanismes cellulaires et
viraux.
NB = chaque étape peut être la cible d’intervention
thérapeutique

 Attachement par la GP 120 au récepteur membranaire
CD4 et aux corécepteurs (CXCR4 et CCR5 )
CD4 essentiellement à la surface des lymphocytesCD4,
monocytes et macrophages.
 Fusion grâce à la Gp 41)

 Rétrotranscription : la transcription « rétrograde » de l

’ARN en ADN par la RT.
 Intégration : intégration ADN proviral dans l’ADN
cellulaire/ Integrase
 Transcription et synthèse des protéines virales :
- La transcription du génome viral en ARNm s’effectue
grâce à l’ARN polymérase II cellulaire .
- Les ARNm viraux sont traduit en protéines de structure.
 Assemblage, bourgeonnement extra-cellulaire et
maturation des protéines virales (protéase

Cycle de multiplication du VIH

 5. Variabilité génétique  Sanguine :
 Faible fidélité de la RT: - Toxicomanes IV
Pas d’activité correctrice - Iatrogène accidentelle:
 Production de 1010 virions par jour * AES: risque de transmission 0,3%
Quasi-espèce: population virale hétérogène * Instruments médico-chirurgicaux mal
 Recombinaison génétique entre les ARN: stérilisés ou tout autre matériel réutilisable
- Echanges de matériel génétique entre deux tranchants ou piquant non désinfectés.
virions de même sous-type ou de sous-types  Mère-enfant:
(diff) lors de la rétrotranscription, - Grossesse, accouchement, allaitement.
- Mosaïques virales - La fréquence de la transmission est variable
 De ce fait, la génétique du VIH est extrêmement selon :
complexe et très difficile à étudier. * stade de la maladie
 En particulier, ces gènes peuvent subir des variations * terme (surtout derniers mois)
qui touchent aussi bien les gènes majeurs que les *traitement antirétroviral
mineurs, ces variations donnent naissance à des 3. Facteurs de risque
variants ce qui fait toute la complexité de trouver un  Liés à la sexualité :
vaccin contre le VIH. - Vagabondage sexuel
 Conséquence de la variabilité génétique : - Homosexualité
- Résistance au traitement. - Prostitution
- Difficultés diagnostiques  Liés aux fléaux sociaux :
- Difficulté d’élaborer un vaccin. Toxicomanies IV
6. Stabilité physico-chimique  Liés à l’état de santé :
- Virus enveloppé = fragile Ex; IST ulcérantes
- MAIS peut rester viable:  Liés à la profession :
2 semaines environ à température ambiante, en solution  Liés au contexte social et culturel :scarification,
aqueuse. tatouage traditionnel
- Inactivation virale:  Liés au type de virus :Le risque de
* Chaleur à 56 °C pendant 30 minutes séroconversion lié au VIH-1 est 5 X + élevé/VIH-2.
* Désinfectants et antiseptiques :
Hypochlorite de sodium, alcool à 70°, dérivés iodés,
autres.
II. Epidémiologie
1. Réservoir
- L’homme seul réservoir du virus.
- Diffusion:
Porteurs asymptomatiques+++.
2. Transmission
 Source de contamination:
- Sang; sécrétions vaginales; sperme, lait maternel.
- Virus présent également dans d'autres liquides
biologiques
Distribution des cas VIH/sida par mode de transmission.
▪ LCR, LBA, LA, LP Maroc, 2009-2014.
▪ Salive, larmes en trop faible concentration pour 4. Situation épidémiologique
être source de contamination.  19,5 millions de personnes avaient accès au
Infectiosité : Dépend de la charge virale dans le liquide traitement antirétroviral en 2016,
exposant.  36,7 millions [30,8 millions - 42,9 millions] de
Pas de transmission lors des contacts usuels familiaux, personnes dans le monde vivant avec le VIH en
professionnels ou scolaires. 2016
 Sexuelle : +++  1,8 million [1,6 million - 2,1 millions] de
Infection sexuellement transmissible (IST) personnes ont été nouvellement infectées par le
 Sanguine : VIH en 2016
- Toxicomanes IV  1 million [830 000 - 1,2 million] de personnes
- Iatrogène accidentelle: sont mortes de maladies liées au sida en 2016
* AES: risque de transmission 0,3%  76,1 millions [65,2 millions - 88,0 millions] de
* Instruments médico-chirurgicaux mal stérilisés ou personnes ont été infectées par le VIH depuis le
tout autre matériel réutilisable tranchants ou piquant début de la pandémie
non désinfectés.
 35,0 millions [28,9 millions - 41,5 millions] de III. Physiopathologie :
personnes décédées de suite de maladies liées au sida  Le VIH cible les LT CD4 car ils possèdent un
depuis le début de la pandémie récepteur (glycoprotéine) spécifique d’une autre
 région la plus touchée : Afrique subsaharienne Gp 120.
25,6 millions de personnes vivaient avec le VIH en 2015  Le VIH infecte d’autres cellules en particulier les
 De 2000 à 2015, Baisse des nouvelles infections à VIH monocytes, les macrophages et également une
de 35 % certaine catégorie de LB
 Ces cellules infectées sont détruites ce qui
conduit à une atteinte du système immunitaire.
d’où :
Neutropénie avec :
- Diminution du Taux LTCD4
- Diminution du rapport TCD4 / TCD8 qui est un
élément très important dans le diagnostic mais
également dans la surveillance de l’évolution de la
maladie.
- Diminution de la réponse à médiation cellulaire
vis à vis d’un certain nombre d’Ag qui explorent
cette immunité (tuberculine, candidine...)
 Le VIH peut rester longtemps à l’état latent dans
Distribution géographique des infections à HIV-1
les cellules lymphoïdes puis ultérieurement
réactiver (grâce à une reverse transcriptase le
virus va faire synthétiser, par la cellule infectée,
un ADN complémentaire de l’ARN viral qui va
s’intégrer dans l’ADN cellulaire et se multiplier en
même temps que la cellule ► virus latent dans
la cellule)
 Le VIH induit la formation d’Ac chez le sujet
infecté, ces Ac peuvent être recherchés et dosés
par des tests de dépistage et de confirmation.
IV. Pouvoir pathogène :
Histoire naturelle de l’infection à VIH :
triphasique

PREVALENCE

AU MAROC
 Nombre de cas VIH/SIDA déclarés du 1er Janvier au 30
Juin 2015: 584
 VIH : 198
 Sida : 386
 Nombre de cas VIH/Sida cumulés au 30 juin 2015: 10633

Tropisme : Lymphocytaire T, Association d’un déficit quantitatif et

qualitatif des CD4

DELM, ministère de la santé, Maroc

 2. Évolution des marqueurs biologiques

Evolution et conséquences de la lymphopénie CD4

➢ La primo-infection : (1ère phase)

 Symptomatique ou non
 Symptômes non spécifiques:
- Syndrome pseudo-grippal,
- Rash cutané,
Evolution des marqueurs biologiques et délais d'apparition en
- Manifestations neurologiques fonction des différentes techniques
- Syndrome mononucléosique
Disparition spontanée  L’ARNVIH plasmatique :
➢ Phase asymptomatique: 2ème phase - Le plus précoce, détectable à partir de ≈ j10
 Phase d’infection chronique « cliniquement latente mais - Pic variable puis le taux se stabilise entre le
biologiquement active » avec réplication virale constante. 4ème et le 6ème mois.
 50% des cas : « lymphadénopathie généralisée - Marqueur direct réplication virale
persistante"  L’ antigénémie p24 : VIH 1
 La ↓ des LCD4 est de 30 à 100 cellules/mm3/an en - Concomitante à la primo-infection J15,et
moyenne → SIDA maladie entre 2 et 10 ans. disparaît rapidement après la séroconversion.
➢ SIDA maladie : - !!! De nouveau détectée dans le sérum au cours
Le syndrome d’immunodéficience acquise est le stade du stade SIDA maladie.
évolué de l’infection à VIH.(3ème phase) liées à la déplétion - Elle traduit un phénomène de réplication virale
profonde de l’immunité cellulaire: accrue témoin d’une évolution péjorative de la
Taux des LCD4 < 200/mm3: maladie.
 Manifestations infectieuses opportunistes : Candidose  c- Les Ac anti-VIH:
œsophagienne, toxoplasmose cérébrale, cryptococcose - Dirigés contre l’ensemble des protéines virales.
méningée, mycobactéries atypiques, CMV... - Ils apparaissent dans un délai de 3 à 8 semaines
 Manifestations tumorales: Sarcome de Kaposi, / infection.
lymphomes. 3. Diagnostic spécifique
V. Diagnostic biologique
I. Circonstance de Diagnostic : A- DIAGNOSTIC INDIRECT
 Mee des Ac anti-VIH
 Dépistage puis Confirmation

B- DIAGNOSTIC DIRECT
 Ag p24
 ARN, ADN proviral
 Isolement virale par culture

Adulte : SEROLOGIE
Sauf dans le cas d’une primo-infection ou de
certains variants
Nouveau-né : PCR (ou culture)
 A- Diagnostic indirect :
 TROD de 3ème génération ( Ac anti-VIH-1 et anti-
Le diagnostic indirect est celui qui est le plus VIH-2)
couramment utilisé. La détection des Ac est possible par - Disponibilité des TROD de 4ème génération
des réactions simples, pour cela il y a des tests de - Autotests de dépistage (ADVIH)
dépistage et de confirmation. Prélèvement et l’interprétation sont effectués
directement par l’intéressé
 TESTS DE DEPISTAGE :
 Prélèvements: Sang total veineux ou capillaire,
a) Tests immuno-assay type ELISA et apparentés sérum, plasma, fluide gingival, Salive

 ELISA, technique sensible, reproductible et peut  Intérêt:

détecter des Ac dirigés contre le VIH1,VIH2. et le sous  Campagnes de dépistage
groupe O  Situations d’urgence pour permettre une prise
en charge rapide :
- Sujet source en cas d’AES
- Urgence diagnostiquée devant un tableau
évoquant un SIDA
- Accouchement de statut sérologique non
documenté ...
 Un résultat négatif ne peut être interprété en
cas de prise de risque datant de moins de 3 mois
 Un résultat positif doit être confirmé par un test
conventionnel de type Elisa de 4ème génération puis
par WB ou IB

> 2010:
Dépistage par un seul test 4ème Génération
sensible et spécifique

 TEST DE CONFIRMATION

- Si dépistage positif.
b) TROD (tests rapides d’ orientation diagnostique) - La réaction D’Immunoblot ou Western-blot :
* Identifie des Ac différents des Ac mis en
 Détection des Anticorps anti VIH (technique
évidence par ELISA.
imunochromatographique)
* Elle est indispensable pour confirmer un test
 Réalisation auprès du patient ELISA(+)
Laboratoire et automate NON indispensable * Test ELISA sur bandelette
 Tests unitaires, rapides (<30mn), réalisation simple,
lecture subjective.
 Principe du western blot

- Les Ag viraux dénaturés puis séparés par

électrophorèse en Fonction du poid moléculaire
- Transfert sur une membrane de nitrocellulose
- Ajout du sérum du malade
- Test ELISA sur bandelette

 Critères de positivité :
- OMS: Au minimum présence de 2 bandes env
- France (Anaes):
Positivité certaine; présence au minimum 2 Ac
anti-env ET 1 Ac anti- gag ou anti-pol
 Séronégativité WB: Aucune bande
 Profil indéterminé: profil ne remplissant pas les
critères de positivité ni de négativité

Diagnostic sérologique de l’infection à VIH

La confirmation sur un second tube diminue les

Interpretation western blot : erreures de diagnostic
 B. Diagnostic direct : Suivi du patient VIH posifitf :
 coculture avec les lymphocytes est difficile (LCR, urines, Patients non traités  -Charge virale
sang...) -Taux LCD4
 Ag P24 -Autres
 PCR qualitatifs pour le diagnostic : ARN ou ADN proviral Patients traités  -Charge virale
 PCR temps réelle charge virale pour le suivi -Taux LCD4
 séquençage recherche du génotype de résistance aux -Tests de résistance aux
Antirétroviraux anti-rétroviraux
- Autres

Démarche du diagnostic virologique de l’infection par le VIH Recommandations HAS

VI. Traitement
 Traitement non spécifique :  Traitement spécifique: antirétroviral
- Traitement des infections opportunistes : TTT Arsenal thérapeutique avec SIX classes :
spécifiques selon infection - Antagonistes des corécepteurs CCR5
- Traitement du Kaposi : - Inhibiteurs de fusion
* Chirurgie - Inhibiteur de la transcriptase inverse virale
* Radiothérapie • Inhibiteurs nucléotidiques/nucléosidiques: INTI
* Chimiothérapie • Inhibiteurs non nucléosidiques: INNTI
- Inhibiteur de l’intégrase :
- Inhibiteur de la protéase

Cibles
thérapeutiques
NB Le traitement HIV se fait toujours en association pour  traitement post exposition VIH :
ne pas sélectionner les mutants résistants  Le traitement devra être débuté le plus
 Trithérapie: 2 INTI + 1 INNTI ou 1 IP/r : rapidement possible
 Trithérapie avec INNTI : - Idéalement dans les quatre heures suivant
- ténofovir/emtricitabine + efavirenz ou rilpivirine ou l'exposition
- Au plus tard dans les 48 heures (sauf avis
- abacavir/lamivudine + efavirenz
d'expert)
 Trithérapie avec IP/r :
La première prise de comprimés devra donc se
- ténofovir/emtricitabine + atazanavir/r ou darunavir/r ou
faire le plus rapidement possible à l'issue de la
- abacavir/lamivudine + atazanavir/r consultation initiale.
La tri-thérapie est arrivée à stabiliser l’état infectieux du  Durée totale 4 semaines
sujet et à faire reculer le nombre de cas de SIDA dans un  Le schéma de traitement sera choisi selon les
certain nombre de pays. critères suivants :
VII. Prophylaxie - Trithérapie prophylactique: Association de 2 INTI
Les axes de prévention découlent des modes de (inhibiteur nucléosidique de la transcriptase
transmission et des facteurs de risque inverse) et d’un IP (inhibiteur de la protéase)
 Dépistage anonyme et gratuit.
 Compagnes d’informations d’éducation et de VIII. CONCLUSION
sensibilisation  HIV Fléau par excellence du XXème siècle
 Pour les toxicomanes IV ;sevrage, accès seringue à  + de 40 millions de mort
usage unique.  Virus très variable génétiquement
 Pour les transmissions sexuelles :usage de  Diagnostic en deux temps dépistage et
préservatifs, lutte contre le vagabondage sexuel et la confirmation
prostitution.  VIH IST qui peut être le lit d’autre IST
 Dépistage systématique des dons de sang et  TTT ne guérie pas mais stabilise le stade de la
d’organes. maladie
 Utilisation de matériel à usage unique.  En absence d’une thérapeutique éfficace reste le
 Stérilisation adaptée. meilleur moyen est la prévention
 Césarienne A RETENIR
 Mesure de précautions vis à vis des accidents
d’exposition sexuelle et sanguine... TPE; traitement post  la structure et classification du VIH.
exposition  l’épidémiologie et la physiopathologie de
l’infection par le VIH
 la cinétique des marqueurs biologiques de
l’infection par le VIH.
 La démarche du diagnostic virologique du VIH.

7. Togaviridae : virus de la rubéole

Généralités
Historique
 Le virus de la rubéole est responsable d’une maladie  1881 : La rubéole est définie comme entité
éruptive, contagieuse, immunisante, le plus souvent nosologique
bénigne, voire inapparente dans sa forme acquise chez
l’enfant et l’adulte appelé rubéole.  1941 : associée aux malformations congénitales
 La gravité de l’affection est due aux risques de (Gregg)
malformation congénitales sévères du virus : si
 1961 : Le virus de la rubéole est isolé
l’infection survient chez la femme enceinte (surtout lors
du 1er trimestre de la grossesse), elle peut être  1967 : des tests sérologiques sont disponibles
responsable d’un
syndrome polymalformatif chez le foetus.  1969 : un vaccin est disponible
 Même si des progrès sont régulièrement effectués, le
diagnostic n’est pas toujours facile.
 De plus, malgré les campagnes de vaccination,
l’infection rubéolique n’est pas rare au Maroc et est une
source non négligeable d’handicaps.
 I. Caractères virologiques: III. Clinique:
1. Taxonomie :  Primo infection
 Famille : Togaviridae - Incubation : 14 à 20 jours
 Genre : Rubivirus - Invasion brève (moins de 2 jours) et discrète :
2. Structure : syndrome infectieux banal
 Virus de 50nm < diamètre < 70nm - Phase d’état : Eruption ,Fièvre ,Adénopathies,
 Capside à Symétrie cubique icosaédrique Plasmocytose.
 Acide nucléique = ARN monocaténaire polarité + L’Aspect de l’éruption évolue dans le temps :
 Enveloppé et porteur de spicule d’hémaglutinine - 1er jour : éruption maculeuse (aspect
morbiliforme) ;
- 2ème jour : confluence des lésions (aspect
scarlatiniforme) ;
- 3ème jour : disparition sans séquelles elle ne
s’accompagne ni d’un prurit, ni d’un énanthème .
Il existe des formes inapparentes sans éruption
et des fausses rubéoles .
✓ Evolution : se fait habituellement vers une
guérison sans séquelles en quelques jours.
3. Propriétés physico-chimiques : Les complications sont rares : arthralgies,
 virus fragile, encéphalite, purpura
 Inactivé par l’éther, le chloroforme, l’alcool à 70° , la ✓ Immunité : L’infection rubéolique provoque
chaleur et les U.V. une immunité définitive, mais
 Sa conservation est possible par congélation ou une réinfection est possible.
lyophilisation.  Réinfection: 2ème contact avec le virus
4. Caractères antigéniques : même présentation qu’une primo-infection sauf
qu’il y’a absence de virémie en raison des Ac
a) Ag soluble : précipitant et agrégant les plaquettes résiduels de la primo-infection le virus
 Lié à la nucléocapside, également appelé protéine C reste à porte d’entrée. Absence d’IgM. Pas de
 Ag à l’origine d’Ac mises en évidence par RFC contamination fœtus .
b) Ag supporté par l’hémagglutinine :
 Protéine antigénique 2 formes cliniques
 Propriété d’agglutiner les Globules rouges  Rubéole acquise: Rubéole de l’enfant et de
 Supporté par des spicules (projections) portés par l’adulte : benigne
l’enveloppe, donne naissance à des Ac protecteurs  Rubéole congénitale :
qu’on peut mettre en évidence par réaction d’IHA - Atteinte primaire au cours du 1er trimestre :
Il existe un seul type de virus (pas de sous type ni  Consécutive à Primo-infection (non une
variant) réinfection) chez la femme enceinte au
II. Epidémiologie cours de son 1er trimestre de grossesse.
1. Réservoirs :  Liée au passage du virus vers le fœtus où il va
 strictement humain. se fixer, se multiplier et créer une infection
 source de contagion : persistante.
* les rubéoleux, pendant une semaine avant et  Les caractères de cette Rubéole sont au
après l’éruption, nombre de quatre (tétrade de Gregg) :
* les nouveau-nés infectés, pendant 6 mois - Cataracte bilatérale
2. Transmission - Surdité bilatérale
La transmission est directe : - Retard mental
 par voie aérienne (rubéole acquise) - Malformations cardiaques
 par voie transplacentaire (rubéole congénitale) - Au-delà du 1er trimestre de grossesse :
3. Répartition  On peut avoir une infection du nouveau-né
 la rubéole est une maladie cosmopolite intra-utérine
 Elle évolue sous forme:  On peut avoir des avortements spontanés,
- Cas sporadiques pendant toute l’année, naissances prématurées (ces enfants « NN ou
- poussées épidémiques d’importance variable. prématurés » sont atteints d’hépatite, pneumonie,
en fin d’hiver et surtout au PRINTEMPS
  Risques de rubéole congénitale 3. Outils du diagnostic virologique
durant la grossesse

IV. Diagnostic biologique : 4. Diagnostic indirect

1. Circonstance de diagnostic
Symptomatologie clinique :  Plus aisé et plus courant et donne une sérologie
 primo-infection éruption de loin meilleure.
 contage  Il est basé sur la recherche et le dosage des Ac,
Bilan systématique de dépistage : et n’est réalisé que chez l’enfant et l’adulte pour
 femme en age de procrée savoir s’ils sont déjà immunisés.
 bilan grossesse  Le diagnostic indirect se fait par différentes
2. Évolution des marqueurs cliniques et biologiques techniques :
- Réaction de fixation du complément
- Réaction de neutralisation
- Réaction d’inhibition d’hémagglutination :
- ELISA +++
On peut chercher :
 Des Ac type IgM pour le diagnostic d’infection
primaire = signes d’infection primaire.
 Des Ac type IgG pour connaître l’état
immunitaire du sujet = signes d’immunité
beaucoup plus tardives
Après une vaccination, le corps synthétise
directement les IgG (phénomène de Rebond)
 IgA sécrétoire
 Avidité IgG pour datation de l’infection

Arbre décisionnel. Dépistage systématique des Ac chez la femme enceinte : anticorps.(Ig) G rubéoliques.
 5. Diagnostic direct
 Inconvénients :
➢ Prélèvement :
 Rubéole d’enfant ou de l’adulte : rarement utilisé – Eruption discrète, sans gravité
- Les prélèvements se font au niveau du rhinopharynx – Arthralgies, surtout chez les adultes
par un écouvillon stérile.  A éviter chez une femme enceinte
- Le virus est extrêmement fragile et le transport doit se – Contraception 1 mois avant et 2 mois après la
faire très rapidement pour faire la culture vaccination
 Rubéole congénitale :
- Dans ce cas tous les prélèvements sont possibles à
tous les niveaux (urines, LCR, œil, tissu embryonnaire, VI. Conclusion
liquide amniotique)  La rubéole congénitale est une affection grave
- Un nouveau-né ou un embryon atteint de Rubéole qui devrait être éradiquée car il existe un vaccin
congénitale est une véritable éponge de virus (source vivant atténué efficace.
inépuisable)  Toute femme en âge de procréer doit être
➢ Identification : immunisée.
–Isolement viral fastidieux : les cellules primaires de  La recherche d’Ac antivirus de la rubéole est
rein de singe, de lapins (RK13) et des cellules obligatoire en début de grossesse, en l’absence de
fibroblastiques humaines (MRC5)
résultats écrits prouvant que la patiente est
– PCR sur liquide amniotique possible (labo spécialisé)
immunisée.
V. Prévention
Dépistage prénatal (sérologie)  La mesure de l’avidité des IgG permet d’infirmer
 Chez toutes les femmes en consultation prénatale ou de confirmer une primo-infection récente.
 La vaccination est conseillée en post partum pour
toutes les femmes séronégatives avant de quitter la A RETENIR
maternité
 le schéma général de la structure du virus de

 Depuis 1968, un vaccin atténué efficace est disponible la rubéole.

 Politique vaccinale :  l'épidémiologie et la clinique de l'infection à
– Vacciner tous les enfants avant l’âge de un an, seul virus de la rubéole
moyen de les protéger avant qu’ils rencontrent le virus  les indications et le diagnostic de la rubéole.
sauvage et donc de supprimer les épidémies et les cas
de primo-infection chez les adultes
– ROR (MMR) : à partir de 1 an, rappel entre 3-6 ans
– Vaccination tardive (12-13 ans ou femmes avant
grossesse) pour les enfants non vaccinés

8. Rhabdoviridae : virus de la rage

Introduction
 La rage est connue depuis l’Antiquité.
Les zoonoses virales – définition
 On doit à Aristote (322 avant J.-C.) et Celsus (100 avant
 Les zoonoses sont des maladies animales
J.-C.) les premières descriptions cliniques de la rage
(animaux vertébrés) qui peuvent être transmises
humaine.
à l’homme soit directement soit indirectement par
 l’origine infectieuse de la rage a été établie en 1808
l’intermédiaire d’un vecteur (arboviroses)
 son étiologie virale à été démontrée par pasteur en
1880
 Les exemples de zoonoses virales pouvant être
 La rage est une zoonose qui atteint l’homme
directement transmises:
accidentellement
– La rage
 Provoque une méningo-encéphalomyélite mortelle
– les hantavirus
lorsqu’elle est déclarée
– Les fièvre de Lassa (Arenavirus) et Ebola
 Maladie à déclaration obligatoire
(Filovirus)
 Le Maroc est un pays endémique
I- Caractères virologiques
1. Taxonomie : 3. Propriétés physico-chimiques et
 ordre des Mononegavirales résistance :
 Famille : Rhabdoviridae  Virus est détruit par:
 Genre : Lyssavirus (lyssa = rage en grec) – Chaleur, lumière, UV
– sérotype 1- génotype 1 : virus de la rage (comprenant – Dessiccation lente
toutes les souches de virus rabiques). – Il est aussi inactivé par les solutions
– Virus apparentés à la rage savonneuses, les solvants des lipides, les
– sérotype 2- génotype 2 : virus lagos bat ammoniums quaternaires, l’eau de Javel, l’acide
– sérotype 3- génotype 3 : virus mokola phénique, le formol, la bêta-propiolactone,
– sérotype 4- génotype 4 : virus duvenhage l’acétyléthylènimine.
– Virus non classés  Il résiste à la putréfaction
– sérotype 5- génotype 5 : virus European Bat  Il est conservé par le froid, la lyophilisation et la
Lyssavirus 1 glycérine à 50%.
– sérotype 5- génotype 6 : virus European Bat II. Epidémiologie
Lyssavirus 2 1. Reservoir et vecteur (distributeur)

 Autres genres :
– Vésiculovirus (modèle : virus de la stomatite
vésiculeuse VSV)
- Ephémérovirus ( modèle : virus de la fièvre ephémère
bovine)
2. Structure :
 Morphologie cylindrique avec une extrémité arrondie
et l’autre aplatie en balle de révolver
 Diamètre : 75 nm. Longueur : 100 à 300 nm
 Enveloppé
 Capside hélicoïdale
La rage est une zoonose dont le réservoir est constitué par des
vertébrés à sang chaud

3 types de rage selon le réservoir

 La Rage canine ou rage des rue (urbaine) ; le
chien est le principal réservoir rarement le chat
 La rage selvatique (sauvage): réservoir la faune
sauvage
 La rage des chiroptères: réservoir les chauve
souris
 Génome : ARN monocaténaire polarité négative non
segmenté Europe : renards, chauve-souris
Moyen Orient : renard, chien
 Les protéines : Asie : chiens, mangoustes, loups, renards
Afrique: chiens, chacals, mangoustes
Amerique du Nord : renards, chauves-souris
insectivores
Amerique du Sud : chiens, chauves-souris
hématophages
 III. Physiopathologie
 Pénétration du virus par morsure ou blessure,
transplantation cornéenne, inhalation de l’infection
évoluera en deux temps:
- Invasion centripète du SNC, d’autant plus rapide
que proche des centres nerveux ou innervation
+++
- Diffusion centrifuge à partir du cerveau ➔
glandes salivaires, pancréas et reins.
➢ Contamination par morsure ou blessure
2. Transmission
 Voie Cutanée
- morsure+++
- Griffure
- Léchage
- Manipulation animaux mort
- Voie aérienne (rare) : aérosol
 Greffe de rétine
(8cas dans le monde)
 Soins à un homme enragé

➢ Contamination par voie aérienne ou par

inhalation

Les modes de contamination de l’Homme

3. Distribution géographique et risques

IV. Manifestations cliniques

chez l’homme : Méningo-encéphalite d’évolution
mortelle.
 Incubation : durée variable (silencieuse) puis 3
phases :
 Prodromes : syndrome pseudo-grippal.
 Phase d’Etat : phase encéphalitique : spasme des
muscles pharyngés lors de la déglutition, puis
hydrophobie et aérophobie. Signes encéphalitiques
OMS : + 55000 Mort /an
avec hallucinations et convulsions
Maroc : DELM
 Coma et mort
 Endémique
 De 2000 à 2014
3300 rage animal
320 rage humaine
 temps

VI. Prévention
 Surveillance active des animaux sauvages et
domestiques
 Information des voyageurs (ne pas approcher
animaux inconnue (chiot) et
 Vaccination préventive chez l’Homme
- Recommandée pour personnes exposées
* professionnels (vétérinaire, personnels (labo-
abattoirs-zoo- des fourière) garde chasse-
taxidermiste
* voyageurs en zone endémique (Afrique, Asie ,
Amérique du Sud) surtout les jeunes enfants dés
l’age de la marche
 Vaccins et protocoles vaccinaux: vaccin inactivé
- Le vaccin rabique PASTEUR® est préparé sur
cellules VERO (virus inactivé) identique au
vaccin traitement mais moins concentré (1,5UI
Rage animale: on distingue
contre 2,5UI)
 une rage spastique survenant surtout chez le chat et le
- Ne dispense pas d’un traitement curatif si
chien (le chien présente un aboiement particulier bitonal)
morsure suspecte, mais le simplifie :
 une rage paralytique plus fréquemment retrouvée chez
- la sérothérapie n’est pas indiquée
les ovins et les bovins.
- Protocole: 2 injections à un mois d’intervalle,
Les animaux sauvages perdent leur prudence vis-à-vis de
rappel après 1 an puis un rappel tous les 3 ans
l’homme.
 Prévention de la rage urbaine
 Agressivité très souvent présente
- Vaccination des animaux de compagnie (chien,
 Les animaux meurent très peu de temps aux
chat)
manifestations cliniques (< 10j)
- Élimination des animaux érrant
 Seules les chauves-souris semblent pouvoir être
 Prévention de la rage dans la faune sauvage
porteuses asymptomatiques.
- Vaccination orale des renards.
V. Diagnostic virologique
- Elimination des animaux sauvages réservoirs
 Les prélèvements :
(mais faune sauvage protégée ou peu accessible).
– Recueil chez le malade : LCR, salive, biopsie cutanée :
Les chauves-souris hématophages en Amérique
recherche de virus, d’antigènes rabiques et d’anticorps
latine  pertes importantes dans le cheptel
spécifiques.
bovin.
– Recueil chez l’animal : ne pas sacrifier un animal suspect
VII. Traitement en post-exposition
 Pas de substance antivirale spécifique
 Techniques diagnostiques (Centres de références)
 Prévention indispensable.
– Diagnostic direct
 Selon OMS : 55 000 personnes meurent chaque
* Techniques d’immunofluorescence (IF) ou IEA 2heures
année de rage car elles ne sont pas traitées.
* Isolement viral (inoculation au souriceau) 24 heures
 Le traitement de la blessure
* RT-PCR
Traitement non spécifique avec lavage abondant
* Analyse histologique : ni la sensibilité ni la spécificité
de la plaie, antibiothérapie et prophylaxie
de l’IF
antitétanique.
– Diagnostic indirect
 Le traitement antirabique seul vaccin traitement
* Diagnostic sérologique : ELISA (anticorps dans le LCR)
– Prescrit et effectué obligatoirement dans un
peu d’interet car difficile à interpréter
Centre Antirabique.
- Il comprend la vaccination et la sérothérapie
antirabiques
 Le traitement antirabique
VIII. Conclusion
– Prescrit et effectué obligatoirement dans un Centre
Antirabique.  La rage est une maladie endémique au Maroc
- Il comprend la vaccination et la sérothérapie avec 20 à 30 mort /an
antirabiques  Le contrôle de la rage reste une des priorités de
( li 3rf lfr9 bin had joj lkhrin icontactini hh )
l’OMS.
Protocole classique de l'OMS  Bien que son observation soit rare (mais reste
5 injections IM (dans le deltoïde) d'une dose de vaccin : un événement dramatique porteur d'une très forte
charge émotionnelle),
 Il faut garder à l’esprit que la rage est une
maladie toujours mortelle est qu’elle est encore
classée parmi les grandes causes de décès dans
de nombreux pays du monde, alors qu'il est
possible de la prévenir par une vaccination
Protocole réduit de l'Institut Pasteur (dit "2-1-1") efficace et bien tolérée grâce au vaccin sur
4 injections IM (dans le deltoïde) - le premier jour, on cultures cellulaires.
injecte 2 doses en 2 points différents :  La prévention repose sur des mesures de
surveillance (carnassiers aux frontières,
chauves-souris) ainsi que sur l’information des
voyageurs, surtout vers l'Afrique, pays de
destination traditionnelle.
 Cette information doit porter tant sur le danger
d'approcher un animal inconnu (très souvent un
on observe un pic d'anticorps au 14° jour, plus précoce chiot), l'interdiction absolue de l'importer, que sur
qu'avec le schéma de l'OMS (pic au 30° jour). l'importance de respecter les recommandations
vaccinales préventives, à commencer par la
vaccination des enfants à l'âge de la marche.
 Il faut évoquer cette possibilité après toute
morsure ou griffade par un animal suspect et ne
pas hésiter (après avoir assuré la désinfection
locale) à adresser le patient exposé au centre
antirabique agréé le plus proche afin que soit
évalué le risque et éventuellement initié un
traitement prophylactique postexposition.

A RETENIR

 le schéma général de la structure des

Lyssavirus.
 l'épidémiologie et la physiopathologie de la rage
humaine.
 les indications et la mise en œuvre des examens
virologiques utiles pour le diagnostic de la rage.
 La prévention et traitement post exposition

sir 3ellah rak ghadi(a)

 LES HERPESVIRIDAE
I. Introduction :
 > 100 herpesvirus isolés de différents hôtes:
mammifères, oiseaux…
2. Structure virale commune:
 Neuf herpesvirus strictement humains.  Taille: 120 à 200 nm.
 Communauté structurale:  Enveloppe:
- Enveloppe - Enveloppe dérivée de la membrane nucléaire de
- Tégument la cellule hôte
- Capside icosaédrique - Elle porte les Glycoprotéines virales :
- Génome: ADN bicaténaire Ex: Ag de surface HSV: 11 glycoprotéines :
 Etymologie greque: (gB, gC, gD, gE, gG, gH, gI, gL. gM, gJ, gN,
« herpien »: ramper comme un serpent UL20,Us9…)
 primo-infection infection latente  réactivation   Tégument:
reinfection : infection à vie , éradication impossible. Structure fibrillaire entre l’enveloppe et la capside
 Symptomatologie clinique variable: virale.
- Age, statut immunitaire, type infection… Ex: 20 protéines /HSV
- Infections bénignes peu symptomatiques (IC) +++  Capside: Icosaédrique : 125 nm de diamètre et
- Graves: IMMUNODEPRESSION 162 capsomères
- Méningo-encéphalite, Infections congénitales, tumeurs  Génome: ADN double brin , linéaire.
 Diagnostic virologique:  Poids moléculaire élevé : 125 000 pb/VZV et
- DIRECT: présence du virus 250 000 pb / CMV
- Indirect: statut immunitaire
 Traitement:
- Efficace sur la symptomatologie clinique
- Sans éradiquer le virus latent

II- Caractères virologiques communs:

1. Classification et taxonomie virale:

3. Cycle de multiplication des Herpesviridae

1) Attachement GP enveloppe au récepteur

cellulaire. Puis fusion de l’enveloppe virale à la
membrane cellulaire.

2) Pénétration de la nucléocapside et libération

des protéines du tégument dans le cytoplasme de
la cellule hôte.

3) Migration de la nucléocapside vers le noyau et

+ Herpès B du singe libération de l’ADN viral.

4) Circularisation de l’ADN viral puis :

 3 phases de transcription et traduction
successives régulées en cascades . La réplication
de l’ADN viral sépare les phases précoces et
tardives •
*5) α (protéines très précoces) puis III. Epidémiologie des Herpesviridae:
* 6 et 7) β (protéines précoces (enzymes virales: ➢ Réservoir : HUMAIN
thymidine-kinase et ADN polymérase)) puis  Virus ubiquitaire (sauf HHV-8)
* 8) Réplication de l’ADN viral par l’ADN polymérase,  Contact avec le virus:
selon le mécanisme du cercle roulant (après synthèse - Enfance+++ (sauf HSV-2; après contact sexuel)
enzymes virales). - Séroprévalence:
* 8 et 9) γ (protéines tardives: composants protéiques de * Les herpèsvirus sont largement répandus
la capside et des glycoprotéines d’enveloppe) dans la population générale
10) Assemblage protéines structurales et encapsidation * Ac anti-HSV-1: 70 à 95% des adultes
11) Enveloppement des nucléocapsides par (fonction niveau socio-économique)
bourgeonnement à partir de la membrane nucléaire * Ac anti-VZV: >90 % des adultes.
12) Libération des virions néo-formés par exocytose .

Exemple du cycle lytique de l’HSV: Nucléaire, 3 cascades

➢ Transmission :
Contacts interhumains intimes: ➢ LATENCE à vie :
- Oraux /salive ( EBV, HSV-1,HHV-6,7, CMV )  Migration du virus vers son site de latence
- Vésicules (HSV, VZV) (variable fonction des virus)
- Sexuels (HSV-2 (IST), CMV)  Persistance sous forme "dormante" :
- Materno-fœtale (CMV,HSV, VZV) "infection latente" :
- Transfusion sanguine, greffe et transplantation - Présence: ADN viral épisomal, circulaire et
d’organes (CMV, EBV , HHV-6, HHV-8) ARN LAT
 !!! VZV: transmission aérienne - Absence: ARN m, particules virales,
 très contagieux: EPIDEMIES protéines
IV. Pouvoir pathogène des Hepesviridae:  Soustraction au système immunitaire
1. Physiopathologie de l’infection: comme aux antiviraux par plusieurs
➢ Primo-infection : mécanismes:
 Premier contact avec le virus : - Actif: Sabotage
- Réplication virale très intense - Passif: camouflage grâce aux gènes de
- Contagiosité +++ latence (LAT; latencyassociated transcript)
- Expression clinique variable en fonction:  Eradication infection latente impossible
* Virus et
* Terrain sous-jacent: Age , Etat des défenses
immunitaires.
 Mise en place réponse immunitaire cellulaire et
humorale: maîtrise de l’infection.
 Sites cellulaires de l’infection latente

➢ Récurrence
Réactivation/Réinfection
 L'infection latente persiste à
vie et peut se réactiver
 Réplication et expression
clinique moindre par rapport
primo -infection.
- Excrétion virale souvent
asymptomatique: Source
contamination
 secondaire différents stimuli:
- fièvre,
- maladies infectieuse
- Stress
- Immunodépression
++++

2. Principaux tableaux cliniques:

 Primo-infection :
 Dépend de différents facteurs: - Expression clinique plus importante /
- Type de l’Herpèsvirus réactivation
- Stade de l’infection : Primo-infection / réactivation, - Réactivations souvent asymptomatiques
réinfection  Immunodépression: Symptomatologie plus
- Age bruyante et grave
- Etat des défenses immunitaires  EBV et HHV8: Oncogenèse virale : Expression
gènes viraux anti-apoptotiques.
 Manifestations cliniques des infections par
l’ HSV-1:  MNI / EBV:
 Primo-infection HSV-1: Gingivostomatite: Maladie bénigne de l'adulte jeune associant 3
- Symptomatique chez 10% des individus éléments cliniques et 3 éléments biologiques.
 Vésicules multiples sur la muqueuse buccale et sur  Les signes cliniques :
les lèvres qui s’ulcèrent ; Ulcérations douloureuses et - la fèvre et l’asthénie
refus de s’alimenter - l'angine le plus souvant simple et exsudative,
 Habituellement fièvre, adénopathies cervicales, parfois à fausses membranes
parfois virémie. - les adénopathies, en particulier cervicales
- Réponse immunitaire locale et générale avec postérieures, quasi constantes et fréquemment
l'apparition d'anticorps (séroconversion) et guérison. associées à une splénomégalie.
 Récurrences:  Les signes biologiques sont :
- Infection plus limitée : - Le syndrome mononucléosique :
- Herpès labial récidivant: Bouquet de vésicules à la NFS: Hyperleucocytose avec hyperlymphocytose
jonction de la peau et de la muqueuse buccale, sur le et monocytose
bord des lèvres.  Lymphocytes normaux et lymphocytes
- Récurrences inapparentes cliniquement (excrétions anormaux, de grande taille et hyperbasophiles, qui
salivaires asymptomatiques) représentent au moins 10% des leucocytes.
- Cytolyse hépatique : une augmentation des
transaminases
- Présence transitoire d'anticorps hétérophiles,
dirigés vers d'autres espèces que l'homme : Ac
antiGR de mouton, de bœuf, de cheval.
 MEE: Réactions d’ agglutination dont le MNI test
(agglutination sur lame de globules rouges
formolés de cheval) ou la réaction de Paul- Bunel-
Davidson.
 Manque de sensibilité, remplacées par les
sérologies EBV spécifiques
 V. Diagnostic virologique des Herpesviridae:
1. Indications:
 Formes graves: méningo-encéphalite+++
 Détermination du statut immunitaire
 Suivi des greffés et transplantés
 Embryo-foetopathie ou contexte évocateur chez le NNé.
 Syndrome mononucléosique
 Formes récidivantes d’herpès génital (HSV-2)
 Exploration d’un processus tumoral (EBV)
 Formes résistantes aux antiviraux

Problématiques:
 Fréquence des réactivations peut rendre difficile
l’interprétation des résultats des analyses virologiques.  Biologie moléculaire :
 Diagnostic sérologique (Ig M) est pris à défaut en dehors
d’une primoinfection  Recherche de l’ADN viral par PCR
 Présence des Ig M et d’une réplication virale même dans  Plus sensible que la culture
les réactivations  Indications: LCS +++
 Les réactivations peuvent être symptomatiques ou pas 
 Incrimination dans la pathologie?

2. Prélèvements:

➢ Diagnostic Indirect:
 Intérêt:
- Primo-infection
- Détermination du statut immunitaire:
 Exploration Syndrome mononucléosique ou
tumorale (EBV)
 Couple donneur/receveur (don d’organes et de
tissus)
3. Techniques de diagnostic:  Femme enceinte
 Avant la mise en place d’un traitement
immunosuppresseur
 Synthèse intra-thécale ou intra-occulaire Ac
spécifique
 Etude épidémiologique (prévalence)
 CMV, EBV, VZV, HSV
 Technique immunologiques:  Antiviraux:
- ELISA et apparentés, IF, immunochromatographie - Formes graves PI et/ ou récidivantes
- EBV: MNI test / agglutination: - Principales molécules: Inhibiteur ADN polymérase
 mee Ac hétérophiles dirigés contre les hématies de  Analogue nucléosidique (guanosine):
cheval fixées au formol. non spécifiques EBV. - HSV et VZV
 Présence des Ig M: - Cible: Thymidine Kinase et ADN polymérase virale
- Primo-infection OU  Valaciclovir: (pro médicament de l’ aciclovir: ester
- Réactivation endogène? Réinfections? Réactivité d’aciclovir et de valine Administré par voie orale ).
croisée?  Présence des Ig G: Contact ancien avec le meilleur disponibilité orale / aciclovir
virus  1ère étape: nécessite action thymidine kinase
Détection Indirect: virale ; Haute spécificité anti-virale (peu d’effets
 Primo-infection: secondaires)
- Présence des Ig M et  !!!! Mutation: problèmes de résistance ( Moins
- Séroconversion ou ascension du taux des Ig G fréquents / virus à ARN mais possible)
 Limites:  Suspicion de résistance si:
- Diagnostic rétrospectif * Absence d’amélioration clinique
- Interprétation Ig M??? * L’absence de diminution de la CV
 Problématique primo-infection? Réactivation  Foscarnet, Cidofovir: si résistance à Aciclovir
endogène? Réinfections? Réactivité croisée? (actifs sur HSV, VZV, CMV)
• INTERET AVIDITE Ig G: dater infection.  Gancyclovir:
 Traitement du CMV même s’il est actif sur l’HSV •
Toxique pour les cellules de la MO et la lignée
spermatique
 Le valganciclovir, ester de valine du ganciclovir,
est prescrit sous VO
 Aciclovir :
 Introduit en 1980
 Traitement IV de l’HSV 1 et 2, VZV et à moindre
degrès l’EBV
 Analogue de la désoxyguanosine dont le
désoxyribose est remplacé par une courte chaîne
oxycarbonnée portant un seul groupement
hydroxyle.
Cinétique des Ac EBV
 Mode d’action:
- L’ aciclovir est transformé spécifiquement en
aciclovir monophosphate par la thymidine kinase
virale.
- Puis il est phosphorylé en aciclovir bi-puis
tri-phosphate par les kinases cellulaires.
- Reconnaissance préférentielle par l’ADN
polymérase virale et intégré dans la chaîne en
extension à la place d’une désoxyguanidine
- Arrêt de l’élongation de l’ADN entraîne celui de la
réplication virale
 Nucléoside sans main!!! .Une fois inséré dans la
molécule d’ADN, les exonucléases sont incapable
d’en faire l’exision.
 Peu toxique pour la cellule hôte:
- Forte affinité de la TK virale et faible affinité des
VI. Traitement et prévention: kinases cellulaires pour l’aciclovir
 Symptomatique, fonction de la symptomatologie: - Faible affinité des ADN polymérases cellulaires
- Antalgiques pour l’aciclovir tri-phosphate
- Antipyrétiques  Pratiquement dénué de toxicité pour la cellule
- Antihistaminiques infectée. Il est donc possible de l’administrer à dose
- Antiseptiques locaux élevée dans les infections graves ou pendant de
- Antibiotiques (surinfection bactérienne) longues périodes.
 Vaccin: Disponible uniquement pour le VZV.
 Principaux messages:
 Co-évolution herpesvirus – homme
- Adaptation virus-hôte
- Bloquent et modulent la réponse immunitaire de l’hôte grace à de nombreux gènes codant pour des protéines
impliquées dans l’immuno -évasion
 Infections le plus souvent bénignes parfois graves (encéphalites herpétiques)
 Persistance à vie chez l’hôte infecté avec :
- Latence (inaccessible au traitement et aux antiviraux)
- et réactivations périodiques asymptomatiques ou peu symptomatiques en fonction de l’état immunitaire

 Deux espèces diférentes : HSV-1 et HSV-2

 Dermo-neurotropes
 Latence :
HSV -1 et HSV-2

- ganglion de Gasser (HSV-1) et ganglions sacrés (HSV-2)

- Inaccessible au système immunitaire et aux antiviraux
 Formes cliniques habituelles : herpès labial et herpès génital
 Excrétion virale asymptomatique
 Formes cliniques graves : encéphalite herpétique, kératite herpétique, herpès néonatal, herpès
progressif de l’immunodéprimé
 Antiviral de 1ère intention : aciclovir  Actif sur les virus en réplication
 Diagnostic direct: PCR

 Virus Varicelle-Zona (VZV) dermo-neurotrope

- Primo-infection par le VZV : varicelle (virémie)
- Réactivation du VZV : zona (pas de virémie : infection limitée à un dermatome)
- Varicelle : presque toujours symptomatique
- maladie très contagieuse (respiratoire) : Gravité de la varicelle chez la femme enceinte (varicelle
VZV:

congénitale et périnatale) et ID
- Zona : pathologie de la personne de plus de 50 ans : Risque algies post-zostériennes (APZ)
- Diagnostic direct PCR : Formes graves, atypiques, terrains à risque
- Antiviral de première intention : (val)aciclovir
- Existence de vaccins anti-varicelle et anti-zona (vaccins vivants aténués : souche Oka)

 Infection CMV / adulte immunocompétent :

- Presque toujours asymptomatique
- Parfois, la PI peut entrainer, rarement, une fièvre prolongée, un syndrome mononucléosique, une
hépatite aigue.
CMV

 Le CMV est le principal agent responsable d’infection virale congénitale.

 Virus opportuniste chez les sujets immunodéprimés :
 Diagnostic : La détection /quantification de l’ADN par PCR quantitative a transformé le diagnostic et le
suivi des infections à CMV chez les ID (greffés / transplantés).

 L' EBV est un Herpesviridae lymphotrope.

 Dans la majorité des cas, la primo-infection survient dans l'enfance et est asymptomatique.
 La mononucléose infectieuse.
 L’ EBV, virus oncogène transformant
EBV

- Immortalise les LB
- L'EBV est associé au lymphome de Burkitt , Lymphome H et LNH et au carcinome nasopharynge .
 En cas d'immunodépression T, la lymphoprolifération B induite par l'EBV se trouve incontrôlée et peut
aboutir à un lymphome B non-hodgkinien.
 Lors de la latence, il existe 4 profils d’expression qui sont retrouvés dans les cancers liés à l’EBV