5 - la traduction
5-1. Introduction
5-2. L’appareil de traduction et son fonctionnement
- Les ribosomes
- Les ARNt
- Les ARNt Synthétases
5-3. Les étapes de la synthèse protéiques
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
5-4. Les antibiotiques inhibiteurs de la traduction
La Traduction
• Faible Taux de synthèse (18 acides aminés par
seconde)
• Chez les bactéries la Traduction et la
transcription sont couplées. Dès que l’extrémité 5’
de l’ARNm est synthétisée la traduction
commence.
Couplage Transcription / traduction
chez E. coli
gène 1 gène 2
ADN ARNm
Ribosomes
La Traduction
• Chez les eucaryotes la situation est différente.
• La dépense énergétique: 1 ATP et 3 GTPs sont
hydrolysés / acide aminé incorporé.
Les Ribosomes
• La machine de production
des protéines.
• Le ribosome entier :
70S chez les Procaryotes et
80S chez les Eucaryotes
• Constitué de 2 sous unités
(Bactéries: 30S et 50S,
Eucaryotes: 40S et 60S)
• Chez les bactéries, 20000
ribosomes par cellule, 20%
de la masse de la cellule.
• La masse des ribosomes est
constituée d’environ 2/3
d’ARN
Structure des Ribosomes Procaryotes
• Chez E. coli le ribosome a
25 nm de diamètre, une
masse de 2520 kD et
constitué de 2 sous unités
inégales qui se dissocient à
une [Mg2+] < 1mM
• La sous unité 30S: 930 kD
contenant 21 protéines
(S1…S21) et l’ARNr 16S
• La Sous unité 50S: 1590 kD
contenant 31 protéines (L1
…L31) et 2 ARNr: ARNr
23S et ARNr 5S
Structure des Ribosomes Procaryotes
• La structure Cristalline du
ribosome a été déterminée
• ARNm est associé à la sous
unité 30S
• Il a été localisé 2 sites de liaison
à l’ARNt (sites P et A) au
niveau de la cavité formée par
l’association des 2 sous unités.
• Un “tunnel” est formé à
travers la sous unité 50S
permettant le passage de la
chaîne peptidique en formation
Structure Comparée des Ribosomes
Taille Sous – unités ARNr Nombre de
(S) (S) (S) Protéines
31
50 23 + 5
(L1, L2 .. )
Bactéries 70
21
30 16
(S1,S2...)
28 + 5,8
60 40
+ 5
Eucaryotes 80
40 18 30
35 21 + 3
Mitochondries 55 -
25 12
La Maturation des ARNr
• Un seul transcrit est synthétisé et donne naissance à
plusieurs ARNr par action d’endonucléases
Présence de bases modifiées
• Ribothymidine (T)
• Dihydrouridine (D)
• Pseudouridine (ψ)
• 4 –Thiouridine (S4U)
• 3-methylcytidine (m3C)
• 5-methylcytidine (m5C)
• Inosine (I)
• Wyosine (Y)
• Etc…
Structures des ARN de Transfert
En feuille de trèfle
Structure Secondaire Structure Tertiaire
des ARNt des ARNt
TψC Loop
Anticodon
Stem
V ariable
D Loop
loop
Anticodon Loop
ARNtAla
(lorsqu’il est attaché à l’alanine: Ala-ARNtAla)
La maturation des ARNt
Dans certains cas:
Un seul précurseur génère 2 ARNt après coupure et élimination
de bases:
Exp: ARNt-Serine et ARNt-Thréonine issus de la maturation
d’un seul pré-ARNt
Les ARNt Synthétases Chargent les ARNt
avec les Acides Aminés adéquats
Ces enzymes sont
considérées comme
étant les réels
responsables de
lecture du code
génétique et
assurent donc la Liaison ester
fidélité de la ∆G’˚= -29 kJ/mol
traduction.
Exemple: ARNt-Phénylalanine
Mécanisme de Synthèse des Protéines
• 3 phases: initiation, élongation, terminaison
• Initiation: Association de l’ARNm et de l’aminoacyl-tRNA
initiateur à la petite sous unité ribosomale, suivi par la
fixation de la grande sous unité
• Élongation: synthèse du peptide avec la fixation des ARNt
au site accepteur (A) et du peptidyl au site (P).
• Terminaison a lieu au niveau des " codons stop "
Initiation de la traduction chez les
Procaryotes
Identification du Codon Initiateur
chez les Procaryotes
• La sous unité 30S se fixe au niveau d’une séquence
spécifique sur l’ARNm (Séquence Shine-Dalgarno) située
juste avant le codon initiateur. L’ARNr 16S est impliqué
dans la reconnaissance de la séquence SD.
• Fixation de l’ARNt initiateur (N-formylméthionyl-tRNA) au
codon initiateur (Premier AUG)
Les facteurs de
traduction IF sont
nécessaires à la fixation
de l’ARNt-fmet au
complexe 30S-ARNm.
Ils sont libérés après la
fixation de la sous unité
50S et le GTP est clivé
(GDP + Pi)
Initiation de la Traduction chez les Procaryotes
• Formation du complexe
d’Initiation impliquant les
facteurs d’Initiation
• IF-3 maintient les sous
unités ribosomales
séparées
• IF-2 identifie et fixe
l’ARNt initiateur. IF-2 doit
fixer le GTP pour fixer
l’ARNt.
• IF-1, IF-2, et IF-3 se fixent
à la sous-unité 30S pour
former le complexe
d’initiation
• Après fixation du complexe
d’initiation à la sous-unité
50S, le GTP est hydrolysé,
l’ARNt initiateur occupe le
site-P et les IFs se
dissocient
Initiation de la traduction chez les
Eucaryotes
Initiation de la traduction chez les
Eucaryotes
• Pas de séquence S-D.
• Une protéine de liaison CBP (CAP
binding protein ) se fixe à la Coiffe à
l’extrémité 5’ de l’ARNm
• Un complexe d’initiation est formé avec
CBP, les facteurs d’initiation et la sous-
unité 40S.
• Le complexe analyse l’ARNm à la
recherche du premier AUG le plus proche
de l’extrêmité 5’ de l’ARNm
• eIF-2 analogue de IF-2, transfert l’ARNt
au site - P. Il y a hydrolyse du GTP
Élongation de la Chaîne
Processus en 3 étapes:
1) Positionnement correct aminoacyl-ARNt au site accepteur
2) Formation de liaison peptidique entre le peptidyl-ARNt au
site P avec aminoacyl-ARNt au site A.
3) Déplacement de l’ARNm d’un codon par rapport au
ribosome.
Formation de liaison peptidique
P-Site A-Site
NH2 NH2 P-Site NH2 A-Site NH2
N N
N N N N
N N
5' tRNA 5' tRNA
N N N N 5' tRNA 5' tRNA
N N N
O N
O O
O O
H H O O
H H O
H H H H H H
H+ O OH H H
O OH H H H H
OH OH O OH
O C
O C
CH H O C
CH H
NH3+ CH H
H N H
BASE
H N H
H
O C
CH H
NH3+
Élongation de la Traduction
Terminaison de la Traduction
• Protéines appelées « Facteurs de Terminaison - RF"
reconnaissent le codon stop (UGA, UAG, ou UAA) au site A
• Chez E. coli RF-1 reconnaît UAA et UAG, RF-2 reconnaît
UAA et UGA.
• RF-3 fixe le GTP et stimule les activités de RF-1 et RF –2.
• La fixation des facteurs de terminaison au codon nonsense
au site A transforme la peptidyl transférase en une
hydrolase, qui coupe la chaîne peptidique de l’ARNt auquel
elle est fixée.
• Hydrolyse de GTP est nécessaire pour la dissociation des
facteurs RFs, des sous-unités ribosomales et du nouveau
peptide
Effet Wobble
Première Base de l’Anticodon
Troisième Base du codon
Antibiotiques inhibiteurs de la traduction:
• STREPTOMYCINE
• TETRACYCLINES
• PUROMYCINE
• CHLORAMPHENICOL
• ERYTHROMYCINE
Les Corrections des erreurs de traduction:
Les Suppresseurs
Non Sens
Faux Sens
Les batteries de bactéries suppressives:
de précieux outils génétiques
