Soit un gène X dont la séquence d’ADN génomique a été extraite des banques de données :
1 ATGATCCTGT CTAACACCAC AGCGGTGACG ACCTTTCTGA CCAAGCTGTG
51 GCAGGAGACA GTTCAGCAGG GTGGCAACAT GTCGGGCCTG GCCCGCAGGT
101 CCCCCCGCAG CAGTGACGGC AAGCTGGAGG CCCTCTACGT CCTCATGGTA
151 CTGGGATTCT TCGGCTTCTT CACCCTGGGC ATCATGCTGA GCTACATCCG
201 CTCCAAGAAG CTGGAGCACT CGAACGACCC ATTCAACGTC TACATCGAGT
251 CCGATGCCTG GCAAGAGAAG GACAAGGCCT ATGTCCAGGC CCGGGTCCTG
301 GAGAGCTACA GGTCGTGCTA TGTCGTTGAA AACCATCTGG CCATAGAACA
351 ACCCAACACA CACCTTCCTG AGACGAAGCC TTCCCCATGA
Amorce Séquence (5’>3’)
1 AGACGAAGCCTTCCCCATGA
2 ATGATCCTGTCTAACACCACAG
Parmi les amorces proposées dans le tableau, quels couples 3 TACTAGGACAGATTGTCCTG
permettent d’amplifier la totalité du gène X (PCR-1) ? 4 CAGGAAGGTGTGTGTTGGGT
5 TCTGCTTCGGAAGGGGTACT
6 CACCACAATCTGTCCTAGTA
7 TCATG
Parmi les amorces proposées, quel couple permet d’amplifier 8 GTGGTGTTAGACAGGATCAT
la partie encadrée du gène (amorces de 20 nucléotides) ? 9 TCATGGGGA
10 ATGATCCTGTCTAACACC
Quelle sera la taille de l’amplicon ? 11 TGCTTCGGAAGGGGTACT
12 CCACAATCTGTCCTAGTA
13 AGCGGTGACGACCTTTCTGA
14 TACTAGGACAGATTGTGG
15 TCATGGGGAAGGCTTCGT
16 ACGAAGCCTTCCCCATGA
17 ATGATCCT
PCR - Exercice ! 18
19
GTGGTGTTAGACAGGATC
TCATGGGGAAGGCTTCGTCTCA
20 TTCCCCATGA
Sachant que : Tm (amorce) 4 (G+C) + 2 (A+T)
T° hybridation Tm - 5°C
Vitesse d’élongation de la polymérase 1000 nucléotides/min
Compléter le protocole d’amplification de la PCR-2 ci-dessous :
Dénaturation initiale 5 min à ? °C
25x Dénaturation 45 sec à ? °C
Hybridation des amorces 30 sec à ? °C
Elongation ? sec à ? °C
Elongation finale 2 min à ? °C
