Dom aine SNV : Biologie,Agronom ie,Science Alim entaire,Ecologie
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Bioinformatique
Licence L3 (2016 - 2017)
Bioinformatique
Licence « Toxicologie »
Melle DAHMANI C.A
Cours 1
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Dom aine SNV : Biologie,Agronom ie,Science Alim entaire,Ecologie
Introduction générale sur la
bioinformatique
Introduction
Discipline fondée sur des acquis de :
La biologie,
des mathématiques et
de l’informatique.
Introduction
La bioinformatique constitue une branche nouvelle de
la biologie:
• Approche in silico, complète les approches classiques de
la biologie:
in situ (dans le milieu naturel),
in vivo (dans l’organisme vivant) et
in vitro (en éprouvette).
Introduction
Plusieurs domaines d’applications:
La génétique des populations
L’environnement (toxicologie…)
La biologie moléculaire
La biologie évolutive
Historique rapide de la
Bioinformatique
Historique rapide de la bioinformatique
• Années 70 : Premières comparaisons de séquences.
• Années 80 : Premières méthodes de prédiction.
Premières méthodes d’alignement.
Banques de données.
Méthodes de recherche dans les banques
de données (Fasta et Blast).
• Années 90 : Perfectionnement des méthodes.
Approches intégrées.
• Aujourd’hui : Génomique (structurale: séquençage)
Comment séquence-t-on un génome ?
Une réponse rapide : en morceaux !
Lab technician working with sequencing machines
Courtesy of Celera Genomics
Room filled with sequencing machines
Courtesy of Celera Genomics
Le Projet Génome Humain
Entrepris en 1990
Mission :
Séquençage complet de l'ADN du génome humain.
Achèvement annoncé en avril 2003.
Le Projet Génome Humain:
Objectifs
Séquencer l’ensemble du génome humain (3 milliards
de pb)
Identifier tous les gènes dans cette grande quantité de
données (compte préliminaire = ≈25000 gènes)
Le Projet Génome Humain:
Résultats
Chromosomes 22 et 21 avant 2000
Chromosome 20 2001
Chromosome 14 2003 (Publié)
Source de l’ADN séquencé
provient de plusieurs donneurs anonymes, recrutés aux
Etats-Unis.
Fragment d’une séquence d’ADN linéaire
Représentation de génomes bactériens séquencés
Applications de la bioinformatique
à la toxicologie
La démarche de la bioinformatique
Déduction
ADN Protéine
SPRIQAR
Aujourd’hui…
Aujourd’hui…
LES MÉTHODES IN SILICO
• Ces méthodes utilisent la modélisation mathématique de
données toxicologiques obtenues in vitro et in vivo.
• Elles peuvent être purement statistiques et/ou utiliser les
connaissances d’experts toxicologues qui associent les fonctions
et les motifs structuraux des molécules chimiques à des réponses
toxiques spécifiques.
• Par exemple, les QSAR (Quantitative Structure Activity Relationships)
visent à modéliser la structure chimique d’un xénobiotique et son
activité toxicologique.
LES MÉTHODES IN SILICO
• Ces approches pourraient réduire jusqu’à 70 % le recours aux
tests in vitro sur l’animal.
• Les modèles PBPK (Physiologically-based Pharmacocinetic)
sont des modèles toxico-cinétiques fondés sur les connaissances
fondamentales de la physiologie humaine ou animale.
• L’association entre les approches QSAR et PBPK devrait
permettre de prédire une toxicité systémique sans avoir recours à
l’expérimentation animale.
LES MÉTHODES IN SILICO
• L’introduction de ces méthodes dans la démarche toxicologique
moderne, limitera une expérimentation animale lourde, coûteuse,
et qui n’est pas forcément représentative des situations humaines.
• L’intérêt de cette approche serait également d’y introduire des
facteurs de susceptibilité individuelle pour des situations
spécifiques (asthmatiques, cardiaques, obèses, femmes enceintes,
enfants, personnes âgées…).
La bioinformatique, la toxicologie et la
génétique
• Dans de nombreux domaines de la biologie (en pharmacologie,
en nutrition et en toxicologie):
• Programmes scientifiques sont en cours de développement afin de
rechercher si les variations génétiques sont l’explication de
l’hétérogénéité de réponse à:
• un traitement médical,
• à un régime alimentaire ou
• à l’exposition à un toxique environnemental…
• Il est vraisemblable que les données concernant la susceptibilité
individuelle ne se limiteront pas longtemps à un ou quelques
gènes, il sera nécessaire de prendre en compte un nombre
important de gènes.
• Ceci demande la constitution d’équipe pluridisciplinaire en
toxicologie regroupant:
• Les toxicologues
• Il est vraisemblable que les données concernant la susceptibilité
individuelle ne se limiteront pas longtemps à un ou quelques
gènes et il sera nécessaire de prendre en compte un nombre
important de gènes.
• Ceci demande la constitution d’équipe pluridisciplinaire en
toxicologie regroupant:
• Les généticiens
• Il est vraisemblable que les données concernant la susceptibilité
individuelle ne se limiteront pas longtemps à un ou quelques
gènes et il sera nécessaire de prendre en compte un nombre
important de gènes.
• Ceci demande la constitution d’équipe pluridisciplinaire en
toxicologie regroupant:
• Les bio-informaticiens
Merci
