Expression du génome Eucaryote

cours

- Augmentation de la diversité génétique -

I, Niveau traductionel.
1- Initiation de la traduction.
2- Séquence IRES et initiation.
2,1- Contrôle de l’expression génétique par les séquences IRES.
2,2- Les IRES cellulaires.
2,3- IRES et apoptose.
a). Inhibition de la traduction coiffe dépendante.
b). Mise en évidence de la traduction IRES dépendante.
3- L’Elongation.
3,1- Abandon de codon STOP.
3,2- Saut de ribosome.
3,3- Les Sélénoprotéines.

II, Niveau transcriptionel.

1- L’épissage alternatif.
1,1- épissage alternatif et développement .
1,2- Mise en évidence de l’épissage alternatif.
a). Bioinformatique.
b). RT-PCR.
c). Puces à ADN.
1,3- Détection de l’épissage systématique.
1,4- Mécanisme de l’épissage alternatif.
1,5- reconnaissance des sites d’épissage.
a). Protéine SR et régulation positive.
b). Protéines hnRNPS et régulation négative.

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 - Chapitre 1 : Augmentation de la diversité génétique
- Caractérisation et évolution du concept de gène -
Pb : nombre de protéine bien supérieure aux nombres de gènes → remise en question du
dogme fondamentale de la Bio Mol.
(voir Historique)
1991 : Singer et Berg = un gène eucaryote est une combinaison de segment d’ADN qui constitue
une unité d’expression conduisant à la formation d’un ou xx produits spécifiques fonctionnels.
ATTENTION le modèle « linéaire » du dogme de la Bio Mol n’est pas faux mais incomplet : il
s’applique tres bien au g. de ménages mais ne permet pas de cctR les g. fortement régulés.
Prédiction par Bio-Informatique : recherche des sèq consensus sur l’ADN, ATG-STOP définie
une ORF (pb longueur en fonction du codon initiateur considéré), site Poly A, repérage des introns
de par leur sèq [GU – AG] + A de branchement (définie les zone non codante des gènes …
Prédictions permettent d’estimer le nombre de g. entre 20 et 30 000 alors que le protéome
comprend plus de 150 000p.
Il donc des mécanismes permettant de diversifier l’information génétique.

I. Augmentation de la diversité : niveau traductionel

1. l’initiation de la traduction
Le codon AUG ne garantie la présence d’un site d’initiation de la trad qu’à 90%. Il donc des
codons « non AUG » qui vont être reconnu comme tel et permettre le recrutement du complexe
d’initiation.
(Pb : pour de ce fait, définir une ORF par voie informatique ?).

- Expl 1 : g. c-Myc

- Rmq : des expériences ultérieures ont démontrées que le codon STOP est bien
reconnu : pas d’ambigüité sur interprétation du W-Blot, différence de taille de la prot
est bien du à des sites d’initiations .
Le choix des ribosomes pour le codon initiateur n’est donc pas aussi strict que ce que l’on pensait.
Le gène Myc est surexprimé dans de nombreuses tumeurs ; dans les lymphomes, présence
uniquement de la p. la plus courte alors que les 2 isoformes sont présente dans des cellules
normales.

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 Hypothèse : p. CUG inhibe le cctR tumorale de la p. AUG.
Ces 2 isoformes ont dans des fonctions

- Expl 2 : WT 1
g. WT = g. indispensable au dvlp urogénital. Forme sauvage = anti-oncogène.
Sèq UTR 5’ très longue 400 pb chez Homme.
Hypothèse expérimentale : Site d’initiation avant AUG.

On trouve chez l’Homme comme chez

la souris, 2 codons non AUG successifs, en
amont du codon initiateur.
→ Démarche expérimentale :
raccourcissement progressif de la sèq 5’
UTR.
Analyse par W-Blot.
1, contrôle.
2, WT : 2 protéines.
11, seulement la p. AUG.
12, ф p. car ф de codon initiateur.
8 et 9, 1er CUG responsable de l’initiation.
On a bien 2 site d’initiation à la
traduction .

Les isoformes provenant de sites d’initiations à partir d’un même ARN, ont au moins en commun
leur extrémité N-term.

- Rmq : On ne connait pas d’ARNm n’ayant qu’un codon CUG et pas de AUG pour initier la
traduction ;
De plus pour qu’un codon CUG soit reconnu comme site d’initiation, il doit se trouver en
amont d’un AUG.

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 AUG toujours >> CUG.
Si présence de xx AUG le ribosome peut initier la traduction à partir de plusieurs sites.
Mais un seul AUG ne suffit jamais à initier la traduction en sa seule présence car son « signal » est
trop faible.
D’où l’importance de l’environnement environnant : autres AUG ou CUG, qui vont aider au
recrutement.
Expérimentalement : On démontre cela grâce à des exp. de mutagénèses dirigées.
Contexte d’initiation fort : séquence Kozak GCCACCATGG, la proba de recrutement du ribo.
= initiation à 100%.
Contexte d’initiation faible = initiation < à 100%.
Donc un certains nombres de ribosomes (faible %) peuvent initier la traduction en des sites
d’initiation faibles, en amont d’un site fort.
On peut alors moduler la production d’une protéine en modifiant le contexte de son site
d’initiation.

Pb : On ne sait pas très bien comment l’anti-codon du ribosome censé ne reconnaitre que les ATG, fait
pour reconnaitre aussi les CUG.

Certains ARNm peuvent être très long et

comporter bcp de stct II ce qui va freiner la RT
voir la stopper cDNA incomplet (surtout si
extrémité 5’ UTR très lg = bcp de stct II).

RMQ : La force d’initiation peut aussi être

influencée par les stct II de l’ARNm : si site faible
mais précédé par une stct II stable,
ralentissement du ribosome,
augmentation de la traduction à partir de ce
site.

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 2- IRES et initiation de la traduction

Traduction non coiffe dépendante (sèq IRES) :

Traduction coiffe dépendante :
La sèq IRES est spécifique à chaque g.
Après cyclisation de l’ARN et recrutement du Elle va permettre le recrutement du ribo de
complexe de traduction, mep d’intéractions manière indirecte via des facteurs
faibles entre ces constituants et l’ARNm. d’association (=complexe p.) : ITAF,
recrutement du ribo et des eIF.
ITAF spé à chaque IRES (= FS eIF : FG).

2.1- Contrôle de l’expression génétique par IRES.

Infection par un picornavirus

(abs de coiffe – initiation par IRES)
1. Inhibition de la traduction des ARNm cellulaires.
→ Production de la protéase 2Apro qui va cliver eIF4G
en 2.
→ Plus d’interaction avec 4E, plus d’interaction
ribo/ARN, plus de trad.
2. Sèq IRES de l’ARN reconnu par les ITAF
cellulaires, recrutement du ribo, trad.
Rmq : 4G est toujours fonctionnel même clivé, ce n’est
que sa fonction de reconnaissance par 4E qui est altéré.
3. Lors de l’infection, production de Phosphatases
qui vont dé(P) 4E-BP ce qui va inhiber les
interactions entre 4E et le complexe d’initiation.

Mep de 2 mécanismes pour inhiber la

traduction cellulaire.

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2.2- Les IRES cellulaires.

Présent sur les g impliqués dans des fonctions importantes (= cibles thérapeutiques). Expl :

- Gène de la connexines 32 : p transmbnR formant des canaux au niveau des jonctions

étanches entre les cellules.
Défaut = Maladie de Charcot : amyotrophie neurogénétique (héréditaire). Chez certains individus la
maladie n’est pas causée par une mutation dans la sèq codant pour la p. mais par une substitution
dans la région 5’ non traduite ce qui empêche la traduction IRES dpd et donc ↘ production
protéique.
- [Link] (oncogène) : surexpression dans de nombreux cancers, dérégulation de l’activité de
traduction IRES dépendante.
- FGF-2 (fibroblaste growth factor) facteur angiogénique. Angiogénèse souvent associée à une
cancérisation (vascularition tumorale).

Dans les cellules tumorales (T) l’initiation de la

traduction se fait :
-soit à partir du codon AUG (préférentiellement) ;
-soit à partir d’un des 3 codons CUG (à priori même
proba donc même contexte d’initiation).

Est-ce bien du Leacky Scanning ?

Expérimentalement : remplacement de la sèq du gène

par celle d’un g. rapporteur.
↘ Transfection de la structure dans des cellules
normales.
↘ Choc thermique = induction de la traduction IRES
dpd.
↘ [Link] : ↘ [[Link]] au cours du tps [[Link]].

En cas de choc thermique, changement de

site préférentiel d’initiation de la traduction.

Technique Alternative « in vitro » : Traduction d’ARNm in vitro en présence de 7-MetGTP ce qui va

mimer la coiffe et piéger 4E inhibition de la traduction coiffe dpd.
↘ Si la traduction dépend de l’IRES pas de modification de la vitesse de synthèse.
↘ Si la traduction est « coiffe-dépendante » diminution de la vitesse de synthèse.

2.3- IRES et apoptose.

Contrôle de l’homéostasie

Mort cellulaire nécessité de remplacer la cellule morte (cohésion tissulaire) : sécrétion de facteur
de survie par les cellules voisine qui vont permettre la division d’une cellule
seulement.
permettre l’élimination des cellules surnuméraires.

Mécanisme qui nécessite d’être hautement régulé.

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-Déficit en apoptose = maladies prolifératives tq cancers.
-Apoptose augmenté = disparition d’un grand nombre de cellule sans émission de facteur de survie :
pathologies neurodégénératives.

Après division, la cellule va des facteurs pro-apoptotiques et donc induire sa propre mort
programmée.
Mais si les cellules avoisinantes sécrètent des facteurs de survie, alors il n’y aura pas apoptose de la
cellule en division (si la balance est favorable aux fct de survie).

La voie dans laquelle s’engage une cellule peut donc être réversible en fonction
du ratio entre ces facteurs (jusqu’à un certain point seulement).
La production des facteurs de survie et pro-apoptotique sont sous contrôle
traductionel IRES dpd.

a). Mécanisme d’inhibition de la traduction coiffe dpd.

Enclenchement de l’apoptose :
activation de protéases, les
caspases (dt caspase 3, rôle # 2Apro)
qui va cliver en 3 4G.

inhibition de la traduction.

Apoptose = processus très bien régulé, avec activation de gènes spécifiques alors que la traduction
est inhibée.
Besoin d’un système relais traduction IRES dpd de ces gènes (puis recrutement de ITAF et
complexe ribosomique).
Certains g. ont une traduction coiffe-dpd en tps normal, et une traduction IRES dpd lors de l’initiation
de l’apoptose (peut jouer un role sur la fonction de la p.).

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 P97 va sevir de relais à 4G.
= IRES dpd.
la vitesse de traduction durant l’apoptose.

b). Mise en évidence de la trad IRES dpd : plasmide bi-cistronique

Ex : g. c Myc
= FT oncogénique, rôle de fct de survie lors de l’apoptose.

Northern Blot
TRAIL et Staurosporine : induction de l’apoptose. Après incubation
La quantité d’ARNm n’augmente pas
des cellules ↘ traduction (résultats attendus).
qp l’apoptose
Et le pourcentage de cellules apoptotiques augmente.
Régulation.

Plasmide bi-cistronique 2 g. rapporteurs insérés dans le même sens.

↘ un promoteur eu.C unique,
↘ g. de la luciférase renilla suivie de son codon STOP,
↘ g. de la luciférase firefly.

Production d’un seul ARNm et traduction uniquement

de renilla à cause du codon STOP qui empêche la
traduction de firefly.

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 On insère alors entre les 2 g., le gène (c Myc) dont on
soupçonne d’avoir une traduction IRES dpd.
En parallèle, on fait de même avec la sèq d’un virus dont on
est sure qu’il a une activité IRES.
Puis transfection et induction de l’apoptose.

-pGL3R : plasmide contrôle.

-pGL3RHRV : plasmide avec séquence virale.
-pGL3Rutr : plasmide avec c Myc.

Quand on regarde le ratio de firefly/renilla avec cMyc et

qu’on le compare à celui du plasmide+ , on peut dire que les
taux d’expression sont comparables.

c Myc à bien une traduction IRES dpd.

3- Elongation

Comment peut-on générer un message

génétique une fois la traduction
commencée ?

Décalage du cadre de lecture = frameshifting

3 x 2 possibilités (car 2 brins)

Ex : Gène de l’antizyme-1
Antizyme-1 va inhiber l’ODC qui catalyse la 1er
étape de la des polyamines.
Influe sur le taux de polyamines dispo.
rôle sur la ADN.
Activité trop forte de l’ODC = trop ADN
= tumorisation.
Besoin d’un contrôle très fin : p. avec la durée de
vie la plus courte connue.
g. antizyme continuellement trauduit :
ORF 1 très court p. non fonctionnelle.
ODC active taux de polyamine effet sur la
traduction continue : décalage du cadre de
lecture jusqu’au codon STOP qui sera ignoré.
Lecture de l’ORF 2 qui va donner une p. plus ODC = Ornithine Décarboxylase

grande et fonctionnelle qui va inhiber l’ODC (et donc ↘ des polyamines) ce qui va empêcher le
décalage du cadre de lecture, et donc à nouveau p. antizyme infonctionnelle via ORF1.
Rétrocontrôle.
(le tout du à la présence de stct II pseudonoeuds, tige/boucle, qui vont freiner le ribosome et masquer certains codons, importance de la
taille plus que de la séquence).

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3.1- Abandon de codon stop
Traduction dégénérative = Le ribosome ne reconnait pas le codon STOP
UGA comme tel (ATTENTION ne concerne que lui).
Ceci est causé par une structure particulière de l’ARNm qui va « masquer » ce
codon, qui sera remplacé par un aa par un t-RNA en se basant dur la reco. de 2
bases uniquement :

On a alors allongement de la séq protéique / à la séq que prévoyait le gène.

Très fréquent chez les rétrovirus mais aussi chez les ARN cellulaire ( -globine).

3.2- Saut de ribosome

Le ribosome va s’ouvrir, continuer de se

transloquer et aller se réapparier un peu plus loin.
Il ne reconnait pas le codon STOP à cause de structure
particulière en aval.
Migration de l’ARNt qui va se déplacer sur un autre
codon.
ATTENTION le codon sur lequel se trouvait l’ARNt
avant sa migration sera traduit mais pas forcément
celui sur lequel elle va se réapparier, ce qui explique la
figure suivante.
Le « saut » peut varier de qq 10N de nucléotide à
seulement 3 (le codon STOP) mais ds les 2 cas, csqce
imptt sur la p. qui sera traduite.

Conditions pour la mep de ces méca ?

Fréquence ?
Choix des aa de remplacement aléatoire ? Ces 7 isoformes sont possibles en même temps dans
P sélection sur les p. produites ou aléatoire ? la cellule, et sont issus de 2 méca avec Proba de ½.

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3.3- Les Sélénoprotéines

(21e aa) phénomène fréquent.

Se produit lorsqu’il y a plusieurs
UGA successifs.
Présence d’une structure
particulière complexe juste après
le dernier UGA = SECIS.
Elle va être reconnue par SBP2 SECIS : Sec Insertion Sequence
→ activation du système qui va permettre au t-RNA de placer les aa
sélénocystéines sur les UGA.
Les t-RNA reconnaissent donc la SBP2.
Seul le dernier UGA masqué par la SBP2 ne sera pas reconnu et servira de codon
STOP.

Rmq : comme les sélénocystéines sont issus de la modification de cystéines, il n’

pas de codon les codon.

= > Codon UGA :

- stop
- W R C S → déplacement du cadre de lecture
- sélénocystéine

Dans la diversification du message génétique via régulation de la traduction, la structure secondaire

des ARNm est très importante et ne peut être prédis avec certitude par voie informatique (1 sèq g. →
des 100N stct II).

II- Niveau transcriptionel

Niveau le plus important qui permet d’expliquer en grande partie le biais au dogme de la Bio Mol.

En fonctions des maturations que vont subir les pré-messagers issu d’un même gène, on peut avoir
des protéines, bien qu’isoformes, ayant des fonctions différentes, voir antagonistes :

Epissage alternatif ( constitutif)

Epissage en trans : épissage entre 2 ARN → p. chimère (phénomène très rare ne
concernant que qq gènes).
Edition : à partir d’un pré-messager ou d’un ARNm modification de la sèq nclt (qq bases
uniquement) → modification du message génétique de celui du gène.
(lié au dvlp du SN).
Promoteurs multiples : certains gènes possèdent un 2e promoteur à l’intérieur de leur
séquence codante → ARNm de taille (…)

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 1- L’épissage alternatif

Elimination d’un exon

Aussi dit cassette exons

Délétion d’un morceau d’exon car l’accepteur

(ou le donneur) initial n’est pas reconnu
comme tel.

L’épissage ou non d’un exon va dépendre de

la conservation ou non du précédent.
Extrémité des exons non reconnues, donc pas
Intron rétention d’épissage de l’intron se trouvant au milieu.
Conduit à une p. non fonctionnelle (très rare).

Forme d’exclusion mutuelle sur le dernier

exon contenant la queue poly A.

Bien que connu depuis les années 78 l’épissage alternatif à lgtps été sous estimé. (Dcvt épissage
constitutif en 77). Et ce pour xx raison :

1, découvert sur le g. de l’Ig (pensait que ce n’était relatif qu’à ce gène).

2, phénomène non détectable à l’époque (PCR début des années 90’) : étude des variations de taille
suivant les modifications post transcriptionnelles via Northern Blot ; puis construction d’une banque
de cDNA ; de vecteur ; criblage de la banque via une sonde. Etude des colonies une à une pour savoir
si elles contiennent ou non des ARN ac épissage alt.

Travail très laborieux et long. Parfois de taille trop faible pour avoir 2 bandes sur le gel.

Actuellement : Banque de données EST « Expressed Sequence Tagged » a permis de déterminer que
80% des gènes subissaient un épissage alt.

Raison essentiel qui fait coïncider le nombre de gène avec celui des protéines.

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1,1- Epissage alternatif et développement embryonnaire :

Exemple de l’épissage en cascade chez le gène SLX de la drosophile (implication dans la mise en place
des caractères sexuels).

Le gène SLX comprend 2 promoteurs donc 2

séq de régulations possibles :
PE : Prmt Early et Pl : Prmt Late.

Phase précoce :
: PE actif, production d’un pré-m court et
épissé de manière constitutive.
: prmt non actif – pas de transcription.

Phase tardive :
accumulation de la protéine précoce .
et : activité de PL – production d’un
pré-m long ac nombreux exons en amont de
PE.
: épissage constitutif. Présence d’un codon
STOP au niv de l’exon 3 p. courte et non
fonctionnelle.
: p. précoce va se fixer au niv de l’exon 3 =
épissage alternatif p. plus longue et
fonctionnelle qui va renforcer l’action des p.
précoce sur l’exon 3 (+ efficace et +
abondante).

p. tardive a une autre cible : le g. transformer

tra.
: pas de modification, épissage constitutif
de tra aboutissant à une p. inactive.

: fixation de la p. tardive au début du 2e exon épissage en cassette de l’exon 2 aboutissant à

une p. tra active.
Celle-ci va agir sur le g. dsx :
: épissage alternatif avec excision de l’exon 4 par défaut.
: p. tra va avoir une action positive épissage constitutif jusqu’à l’exon 4.

On obtient 2 p. avec des sites de polyadénylations : détermine les cctR sexuels.

Tous les exons ne sont pas reconnus de la même manière par la machinerie cellulaire.

(par le Spliceosome)

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1,2- Techniques de mise en évidence de l’épissage alternatif :

Est-ce qu’un gène subi ou non un épiss alt ? Comment le démontrer ?

a). Voie Bioinformatique : recherche de cDNA alternatifs pour ce gène dans les banques EST.
Pb : beaucoup de faux négatifs.
Banques : système automatique de séquençage des colonies amorces spécifiques au vct (même
manip pour tous les vct). On ne peut insérer au maximum que 1000 nclt.
La majorité des cDNA des banques EST sont incomplets car la
séquence lue est bien inférieure à la séquence entière de l’insert.
(il faudrait faire d’autres amorces à partir des séq lues et
séquencées travail extrêmement long).
Sous estimation du nombre d’ARNm épissés de
manière alternative.

b). Voie expérimentale : RT-PCR.

Identification du nombre d’ARNm alternatifs sont

possibles grâce à la connaissance de la sèq en exon du
gène.
1, RT cDNA (ici 2 possibilités).
2, Amorces complémentaires aux exons 1 et 3.
↘ cDNA 1 : fragment PCR contenant l’exon 2.
↘ cDNA 2 : fragment PCR ne contenant que E1 et E3
3, Analyse du gel.
4, Séquençage des bandes (apporte une confirmation).
Intérêt qd il y a un nombre important d’exon 1 permet de
déterminer précisément quels exons ont été conservés ou
excisés.
Méthodes fastidieuse qui demande un très grand
nombre de manip si on travail sur une famille de gène (nb
d’éch important) ou sur un g. ayant un gd nb d’exon (il
faut multiplier les amorces nucléotidiques pour avoir
toutes les combinaisons).

c). Voie expérimentale : les puces à ADN.

Les 1er étp sont les mêmes que précédemment, sauf que l’on
obtient des cDNA flo ou radiomarqués.
de sèq oligonucléotidiques correspondant aux limites entre
exons.

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2, fixation des amorces sur mbn / un support solide.
3, mise en contact avec les cDNA*
4, Analyse du signal ® l’intensité relative indique quelle est la forme épissée la plus abondante dans la
cellule.

1,3- Détection de l’épissage systématique :

L’épissage alternatif est associé à plusieurs

pathologies, il y a alors caractérisation
systématique de tous les gènes des cellules
malades.

Exon hit = repérage / traquage d’exons

1, Extraction des ARN cellulaires A et B.

2, RT cDNA.
3, Hybridation croisée entre les cDNAB et les
ARNmA (et inversement).
Les hybridations seront incomplètes lorsqu’il
y aura eu excision d’exons.
4, Action d’une RNase-H : destruction des ARN couplé à de l’ADN.
↘ Elimination de tous les exons constitutifs qui n’ont pas été soumis à un épissage alternatif.
5, Elimination des cDNA
6, RT sur les exons alternatifs restant.
7, PCR et clonage mini-banque contenant tous les exons épissés de manière alternatif dans la
cellule.
8, Séquençage.

1, 4- Epissage alternatif : Mécanismes

Mécanismes hautement régulés (car peut être responsable de nombreuses maladies génétiques).

Le positionnement de U1 et U2AF sur le pré-m va déterminer les régions qui vont être épissées.
Très grande importance des régions
consensus qui vont déterminer les limites
des introns.
De + (comme chez droso) présence
de protéines qui vont interagir ac le pré-m
et réguler l’épissage ( ou ↓).

Définition de l’intron : sèq entre U1 et

U2AF.

Si mutation sur sèq reconnue par U1,

on devrait avoir conservation de l’intron ; or
en pratique, on n’observe jamais cette stct.
A la place on aura : Exon 1 – Exon 3.

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 Donc, ce qui est reconnu par les SNURPS qui permettent la mep du Spiceosome, est
la séquence en exons.
En réalité ce ne sont pas les introns qui sont définis, mais les exons. S’ils ne le sont
pas, ils seront éliminés car considérés comme des introns.
Exon (n) = séq entre U2FA de l’intron (n-1) et U1 de l’intron (n+1).

Il y a mise en place d’un pontage physique qui va

permettre la mise en contact de U2AF et U1 (pour
l’excision des introns).
Exons terminaux :
U2AF en 5’ pontage grâce à la coiffe.
U1 en 3’ pontage grâce à la queue Poly A.

Ces ponts protéiques vont réduire la taille physique

Des exons (95% < 300 nclt).
On distingue des sites d’épissage forts et des sites d’épissage faibles ; du à l’environnement des séq
consensus.
(site faible : pas de reconnaissance par le Spliceosome, besoin « d’aide »).

1,5- Reconnaissance des sites d’épissage :

a). Protéine SR et régulation positive :
SR = Ser-Arg rich protein – spécifique à un gène, une famille de gène, un type cellulaire …
↘ Interaction avec l’ARNm via leur extrémité N-term.
↘ Interaction avec d’autres protéines qui reconnaissent elles même les sites faibles (SR, U1, U2AF)
via leur domaine C-term = domaine RS hautement (P) = régulation.
(1) Pontage : via les p. SR, fixation sur
U1 et U2AF, puis création d’une chaine
jusqu’à effectuer le pontage.
(2) Puis phénomène de basculement :
décrochage de la chaine sur l’extrémité U1
de l’intron (n+1) et fixation sur celui de
l’intron (n-1).
Délimitation de l’intron pour qu’il puisse être excisé par le Spliceosome.

Protéine SR, phosphorilation et distribution cellulaire :

- Phosphorilation des domaines RS :
↘ Recrutement de l’importine- transport nucléaire des SR,
↘ Interaction avec les pré-m,
↘ Définition de l’exon, rend fort un site d’épissage qui était faible épissage alternatif de cet exon.
- Hyper(P) :
↘ Détachement SR/ARNm,
↘ Retour dans le cytosol.
Importance du taux de (P) des SR.
p. SR = Régulation positive, favorise l’épissage alternatif.

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b). Protéines hnRNPS et régulation négative :
hnRNPs = complexe ribonucléo-protéique
d’empaquetage et de remodelage de l’ARN,
ayant une double fonction :
Protéger l’ARN contre les nucléases.
Couvrir les sites U1 et U2AF : défavorise les
liaisons à l’ARNm et donc pas de pontage grâce à
SR.
SR peut faire sauter les p. hnRNPs.
Epissage alternatif demande une balance entre
ces 2 p.

Comment les protéines SR reconnaissent-elles l’ARN ?

1, les séquences ESE :
Exon Splicing Enhancer
(séquence de régulation positive des exons)
Séquences les mieux connues et les plus
fréquentes.
Mutation ESE = absence de pontage, excision des exons p. non fonctionnelle.
Siège de la reconnaissance des SR.
15% des maladies génétiques dues à des modifications dans la séquence ESE : mutations silencieuses
qui donnent des p. normales du point de vue du code génétique mais totalement infonctionnelles.

Séquences se trouvant dans

les introns (rare) :
- Adulte : epissage alternatif
de l’exon 5.
- Fœtus : rétention de
l’exon 5 grâce à xx sèq
MSE présentes dans les
introns.
Elles renforcent les
interactions de U1 et U2AF
pour l’ARNm

3, Les séquences ESS :

Elément produit
uniquement dans
les cellules germi-
nales par un episs
alt.

Cellules somatiques
production d’un
inhibiteur de la
transposase.

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Séquence hrp48 dans l’exon, va piéger U1 sur sa séquence (site de plus grande affinité) ;
Changement de la définition de l’exon l’épissage va se faire au sein de l’exon dont un
morceau sera tronqué.
La protéine obtenue servira d’inhibiteur à la transposase dans les cellules somatiques.

4, Les séquences ISS :

Intron Splicing Silencer
Ex : FGF-R2
Epissage alternatif exclusif avec
une spécificité tissulaire :
Forme IIIb dans les cellules
mesenchymateuses.
Forme IIIc dans les cellules
épithéliales.

Présence de sèq ISS de part et

d’autre de l’E8.
E8 mal reconnu par défaut
excision.

p. PTB contribue à réprimer

l’épissage.

Prce de séq particulière dans

l’intron (n+1) : IAS2 et SAR :
↘ Pas de rôle qd prce de PTB.
↘Dans les cellules mésench. Prce
de p. spécifiques qui vont interagir
avec ces 2 sèq et contribuer à
redéfinir l’E8 qui sera à nouveau
reconnu et non excisé.
↘ Servent aussi à réprimer l’E9 qui
sera à son tour mal reconnu et
donc exciser dans ces cellules.

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