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La régulation de l’expression
des gènes chez les procaryotes
 Synthèse des ARNm
2

❖ Ils sont tous synthétisés par l’ARN pol II + FT-II ➔ CI

❖ Cette synthèse se fait dans le nucléoplasme

❖ Les ARNm représentent 2% des ARN totaux

❖ Les ARNm sont des intermédiaires

1 gène ➔ code pour 1 protéine

➔ Transcription ➔ pré-ARNm ➔ MPT ➔ ARNm (mature)

➔ Traduction ➔ Protéine
intermédiaire
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1) Organisation des gènes qui
codent pour des protéines
❖ Le message codé est discontinue, on va avoir deux
séquences :
✓ Exons
✓ Introns
o Exons : séquence d’ADN transcrite et présente à la
fois dans le pré-ARNm et dans l’ARNm mature,
Certains exons codent pour la protéine ➔ exons
codants.

o Introns : situé toujours entre 2 exons ; c’est une

séquence d’ADN transcrite présente dans le pré-
ARNm mais absente dans l’ARNm mature.
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2) Initiation de la transcription
Introduction

Dans l’initiation de la transcription on retrouve 3 partenaires

- ARN pol II - Séquences d’ADN - FIT
2-1 ARN pol II :

➔ Enorme multiprotéines avec un poids moléculaire

>1milliards Da
➔Rôle fondamentale d’une de ses sous unités (200kDa)
avec son domaine carboxy-terminale appelé CTD
➔Ce domaine contient un heptapeptide (7aa) répété 52 fois
52
-NH2 —(—Tyr—Ser—Pro—Thr—Ser—Pro—Ser — ) —COOH
Tyr, Ser, Thr : peuvent être phosphorylés
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2) Initiation de la transcription
Introduction
2-1 ARN pol II
✓ Si CTD est non phosphorylé ➔ le domaine CTD va
s’associer avec un FT-II D ➔ ARN pol II reste immobile
au promoteur

✓ Si CTD est phosphorylé (phosphorylation par un FT-II H

qui possède une activité ser/thr kinase) ➔

1. Dissociation de la liaison CTD et FT-II D : ARN pol II quitte le

promoteur
2. CTD phosphorylé va s’associer à d’autres effecteurs
- avec la CAP : qui additionne la coiffe 5’
- avec le splicéosome : impliqué dans l’épissage
- Avec 2 molécules CPSF et CstF : impliqué dans le clivage du
pré-ARNm
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2) Initiation de la transcription
Introduction
2-2 Séquences d’ADN

1. Promoteur minimal : 2 types de séquences particulières

➔ éléments de base : situés autour du site +1 et sont impliqués
dans l’assemblage du CI (ARN pol II + FT-II)
➔ éléments en amont : du promoteur minimal, situé en amont du
site +1 (~100pb) ; appelé URE (upstream regulatory element)

2. Séquence enhancer et silencer

➔ Enhancer : séquence d’ADN impliquée dans la stimulation de la
transcription
➔ Silencer : impliquée dans la répression de la transcription

Ces séquences modulent +/- l’initiation de la transcription. Elles sont très

éloignées du site +1 (~10000pb en amont ou en aval)
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2) Initiation de la transcription
Introduction
2-2 Séquences d’ADN

➔ URE
➔ Enhancer Ce sont les éléments Cis-régulateurs = séquences
➔ Silencer d’ADN qui régulent l’assemblage du CI

2-3 FIT (facteurs d’initiation à la transcription) : 3 types

➔ FIT généraux : se retrouve toute la famille des FT-II

o Rôle : participe à l’assemblage du CI, ils vont permettre le
recrutement de l’ARN pol II au site +1
o Ils se fixent sur les éléments de base du promoteur minimal
et forment avec l’ARN pol II le CI
o Leur activité est non régulée et ils sont toujours dans un état
actif
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2) Initiation de la transcription

Introduction

2-3 FIT (facteurs d’initiation à la transcription) : 3 types

➔ FIT en amont (FTA) :

o Rôle : stimuler l’assemblage du CI
o Se fixent sur les éléments en amont (URE) du promoteur
minimale
o Couple URE s’associe à un FTA (trans = une protéine qui se
fixe sur une séquence d’ADN spécifique ; Cis/Trans)
o Activité non régulée ; ils sont toujours actifs
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2) Initiation de la transcription
Introduction

2-3 FIT (facteurs d’initiation à la transcription) : 3 types

➔ FIT spécifiques :
o Rôle : stimuler ou inhiber l’assemblage du CI
o Se fixent sur 2 séquences opposées : enhancer ou silencer

Cis (ADN) Trans (protéine) Rôle

Contrôle de la Enhancer Activateur

Initiation de la
transcription
transcription
Silencer Répresseur

o Activité est régulée sous deux formes : un état actif (fixe

ADN) et un état inactif
o Passage état actif ➔ inactif se fait grâce à des signaux
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3) Initiation de la transcription
3-1.) Introduction

L’initiation de la transcription met en jeu 3 niveaux d’interaction :

2ém niveau Couple URE (cis)/FTA (trans)

✓ Ce complexe se forme
sur le promoteur
minimal
+
✓ Transcription
1er niveau Assemblage CI (ARN pol II
+ FT-II

3ém niveau Couple enhancer / activateur ✓ Contrôle de la

Couple silencer / répresseur transcription
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3) Initiation de la transcription
3-2.) Assemblage du CI (1ér niveau)

La séquence d’ADN impliquée dans l’assemblage du CI ➔ élément de

base du promoteur minimal

✓ 2 séquences consensus : TATA-Box (20 à 25pb) et initiateur

+1

Gène
5’--------------------TATAAT---------------Py2CAPy5---------------------------- 3’
boite tata initiateur
Brin codant de
l’ADN

Les FIT généraux sont : TF-II A, B, D, F, E et H

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3) Initiation de la transcription
3-2.) Assemblage du CI (1ér niveau)

❑ Chronologie de l’assemblage du CI
➢ 1ér étape : visite limitante
o Fixation de FT-II D sur la boite TATA
o Torsion de l’ADN de 80°
FT-II D possède 2 composants : TBP=tata binding protein qui se
fixe sur la tata box et la famille des TAFs=TBP associated factors
➢ 2ém étape :
o Recrutement de FT-II A : stabilise la liaison FT-II D-tata box
➢ 3ém étape :
o Recrutement de FT-II B : stabilise le complexe FT-II D-tata box
➢ 4ém étape :
o Recrutement ARN pol II-FT-II F autour de +1
➢ 5ém étape : recrutement de FT-II E (facteur de processivité) qui
maintient l’ARN pol II sur l’ADN
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3) Initiation de la transcription

3-2.) Assemblage du CI (1ér niveau)

❑ Chronologie de l’assemblage du CI
➢ 6ém étape : recrutement de FT-II H (qui possède 3 activités) :
o Activité hélicase : ouvrir la double chaine d’ADN
o Activité ATPasique : apport d’énergie
o Activité ser/thr kinase : qui phosphoryle CTD de l’ARN pol II
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3) Initiation de la transcription

3-3.) (2ém niveau) : stimulation de l’assemblage du CI

❑ Efficacité de la transcription
o Vitesse d’association du CI
o Vitesse d’association FT-II D—tata box
k1
FT-II D + tata box Complexe FT-II D—tata box
k-1
équilibre

Ka=k1/k-1 ➔ constante d’équilibre vers l’association

maintenir FT-II D sur la tata box

❑ 2 couples principales URE/FTA : URE (ADN), FTA (protéine)

Croquis à faire !!!

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3) Initiation de la transcription

3-3.) (2ém niveau) : stimulation de l’assemblage du CI

❑ Mécanisme de stimulation :
o Se déroule lors de la 1ére étape ➔ fixation FT-II D sur tata
o Met en jeu des interactions prot-prot (non convalente)

Prot FTA FT-II D fixée sur tata box

Interaction

Il existe 2 types d’interactions :

✓ Interaction directe : FTA ont 2 domaines de liaison (URE :

domaine de liaison à l’ADN et TA : domaine de liaison aux TAFs)
✓ Interaction indirecte : la seule différence est que la protéine FTA
ne possède pas de domaine TA

Croquis à faire !!!

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4) Elongation de la transcription
4-1.) Facteurs d’élongation
o Vitesse : 20 à 30nt par seconde
o Il y a au moins deux facteurs d’élongation : FT-II E et FT-II F, ils
sont appelés des facteurs de processivité.
- Rôle : est de maintenir l’ARN pol II sur l’ADN
- Exemple : pré-ARNm de la dystrophine (protéine) ; 2,4.10.6 nt ➔ il
faut 22h pour la transcription

4-2.) Présence de nucléosome sur l’ADN

o Les nucléosomes ne quittent pas l’ADN
o L’ARN pol II doit traverser les nucléosomes

4-3.) Addition de la coiffe en 5’

o Consiste à l’addition d’une coiffe sur le nt +1 du pré-ARNm (5’),
cette addition est réalisée par CAP-enzyme associée à CTD-P.
o Addition effectuée au tout début de l’élongation ➔ transcription
o Coiffe : 1nt appelé 7-méthyl-guanosine
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4) Elongation de la transcription

4-3.) Addition de la coiffe en 5’

o Intérêt majeur de cette coiffe est de :
✓ Protéger vis-à-vis des exonucléases 5’➔3’ l’ARN
✓ Initiation de la traduction

5’ 3’

Coiffe
 5) Clivage et polyadénylation du
18
pré-ARNm
Croquis à faire !!!

5-1.) Clivage du pré-ARNm

Le clivage du pré-ARNm nécessite 3 séquences particulières :
o Séquence de polyadénylation (SPA)

5’-------AAUAAA-----3’ ➔ séquence consensus

o Séquence DSE (downstream sequence element)

5’-------(G/U)n-------3’

o Séquence de clivage

5’--------CA----------3’
Clivage pré-ARNm
 5) Clivage et polyadénylation du
19
pré-ARNm
5-1.) Clivage du pré-ARNm

Cette clivage du pré-ARNm nécessite aussi 4 protéines :

o CPSF : facteur de spécificité de polyadénylation et de clivage ;
rôle : reconnait la séquence SPA, il est recruté dès le début de la
transcription via une interaction CTD-P
o CF-I et CF-II : qui sont des facteurs de clivage ; se sont des
endonucléases qui clivent le pré-ARNm après la séquence
5’---CA---3’
o CStF : facteur stimulant le clivage; il reconnait la séquence DSE, il
est recruté via CDT-P depuis le début de la transcription ; rôle :
stimuler l’activité enzymatique CF-I et CF-II et stabilise l’interaction
CPSF-SPA

o PolyA polymérase (PAP) : synthétise la queue poly A qui

s’additionne à l’extrémité 3’ des pré-ARNm
 5) Clivage et polyadénylation du
20
pré-ARNm
5-1.) Clivage du pré-ARNm

Quand l’ARN pol II arrive au site t, alors il quitte l’ADN, Tous les ARN
synthétisé après le clivage sont dégradés

5-2.) Polyadénylation du pré-ARNm

Elle est réalisée par la poly A polymérase (PAP), elle additionne 200 à
250nt A en 3’

Au cours de l’élongation de la queue poly A, il y a fixation sur la queue

poly A d’une protéine PABP (poly A binding protein)

Rôle queue poly A : joue un rôle dans la stabilité de l’ARNm (ARNm

sans queue poly A ➔ dégradation rapide), la queue maintient la
stabilité ; il joue un rôle dans l’initiation de la traduction de l’ARNm.
 6) Terminaison de la transcription
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Elle se déroule au site t (fin de transcription) ➔ ARN pol II quitte l’ADN

Le site t est différent du site poly A (AAAAA) ➔ fin de synthèse du pré-
ARNm

Au site t, il n y a pas de séquence consensus

Le mécanisme par lequel l’ARN pol II quitte l’ADN au site t est

actuellement mal connu.