Analyse d’images sous ImageJ
Alexandre Leca 2013
Mesure de la surface d’une feuille
Pour que la mesure soit le plus précise possible, il est crucial de positionner
le carton de référence (papier quadrillé plastifié) perpendiculairement à
l’axe de visée, afin d’éviter toute distorsion dans la prise de vue.
Une fois la photo sélectionnée et sa conformité au protocole vérifiée, ouvrir
la photo dans le logiciel ImageJ.
- A l’aide de l’outil "Rectangle", sélectionner la région d'intérêt
uniquement
- Ramener l'image à la région d'intérêt uniquement : Image > Crop;
- A l'aide de l'outil "Ligne" tracer une ligne le long des carreaux du
carton pour déterminer l'échelle. Noter que plus la mesure est
longue, plus on élimine d'erreur, ainsi calibrer l'échelle sur un ou
deux carreaux seulement produit une erreur forte. Noter la mesure
équivalente en cm;
- Ouvrir la fenêtre de calibration de l'échelle (Analyze > Set Scale…);
- Entrer la distance équivalente dans le champ "Known Distance" ainsi
que l'unité (cm) dans le champ "Unit of length";
- Ouvrir la fenêtre de seuillage (Image > Adjust > Thershold…);
- Manipuler les glissières (particulièrement celles de la partie
"Brightness" afin d'obtenir un seuillage net découpant la feuille dans
son intégralité;
- S'il reste des taches parasitant le contour de la feuille, les effacer en
utilisant l'outil "Pinceau" et en dessinant une démarcation de la
couleur du fond (noir) entre le contour de la feuille et les taches. Si
nécessaire, on peut zoomer/dézoomer dans l'image en plaçant le
curseur sur la zone à centrer et en appuyant sur les touches + (zoom)
et – (dézoom), et on peut se déplacer dans l'image en maintenant la
touche Espace tout en glissant la souris sur l'image;
- Créer une version binaire de l'image (100% Noir et Blanc) (Process >
Binary > Make Binary);
- Lancer le processus d'analyse de la surface des objets en ouvrant la
fenêtre d'analyse de particules (Analyze > Analyze Particles…);
- Le champ "Size (cm^2)" permet de déterminer l'intervalle de surface
à analyser et ainsi d’écarter les éventuelles petites taches parasites
sur l’image. Dans le cas d'une mesure de feuilles, une surface
minimale de 2cm² est appropriée;
- Le menu déroulant "Show" affiche une nouvelle fenêtre résultant de
l'analyse. Sélectionner Outlines affichera le contour de chaque
particule avec son numéro de référence, c'est donc un excellent
paramètre de contrôle si l'on a plusieurs objets de taille similaire
analysés;
- Cocher Display results affiche les données mesurées dans une
fenêtre de style tableur, et Clear Results : efface les résultats d'une
analyse précédente dans le tableur;
- Contrôler la surface de la feuille grâce à la fenêtre Outlines et noter la
surface mesurée ("Area") dans le tableur qui s'affiche.
Mesure de l'inclinaison d'une feuille
Pour obtenir des images satisfaisantes, il est primordial d'effectuer une
prise de vue parfaitement horizontale. Pour cela, les réglages du trépied
sont importants : Vérifier l'horizontalité de la base du trépied à l'aide du
niveau à bulle intégré, puis compléter la vérification en s'assurant que
l'appareil est fermement fixé au sabot et que la tête du trépied est bien
horizontale (contrôle possible à l'aide des graduations sur la tête, ou à
l'aide d'une nivelle à bulle).
Une fois la photo sélectionnée et sa conformité au protocole vérifiée, ouvrir
la photo dans le logiciel ImageJ.
- Si nécessaire, réduire l'image à la région d'intérêt (cf. tuto
précédent);
- A l'aide de l'outil "Mesure d'angle", tracer tout d'abord une ligne
parfaitement horizontale (la mesure d'angle affichée sur la fenêtre
principale d'ImageJ doit afficher strictement "angle = 180.00" ou
"angle = 0.00";
- Suivre ensuite l'inclinaison de la feuille en suivant l'axe donné par la
nervure principale, il est possible de déplacer l'angle mesuré en
plaçant le curseur à l'intérieur de l'angle et en le faisant glisser vers la
position souhaitée;
- Ouvrir le tableur de mesure (Analyze > Measure) pour récupérer la
valeur de l'angle.
