L'organisme est composé de matière minérale (eau, ions minéraux)

et de matière organique. Les substances organiques sont constitués

par trois types principaux de molécules : les glucides, les lipides et
les protides.

 Glucides : ce sont les sucres, composés de carbone,

d'hydrogène et d'oxygène. On en distingue trois types :
 les oses, composés de 3 à 7 atomes de carbone ;
ex : pentoses, à 5 carbones (désoxyriboses, ribose),
hexoses, à 6 carbones (glucose, fructose, galactose)
 les diholosides (ou disaccharides), composés par une
association de deux oses ;
ex : maltose, saccharose, lactose.
 les polyholosides (ou polysaccharides), composés d'un
enchaînement de nombreux glucoses, comme l'amidon ou
la cellulose chez les végétaux, et le glycogène chez les
animaux.
 Lipides : composés eux aussi de carbone, d'oxygène et
d'hydrogène, ils sont insolubles dans l'eau. Ils sont constitués
par un alcool et un ou plusieurs acides gras selon la
réaction : alcool + acide gras   lipide + eau.
Certains lipides particuliers, renfermant un groupement
phosphate, et appelés phospholipides, sont les constituants
principaux de la membrane des cellules.
 Protides : ils contiennent du carbone, de l'oxygène, de
l'hydrogène et de l'azote, et éventuellement du soufre ou du
phosphore. On en distingue trois familles :
 les acides aminés : il en existe 20 différents, et tous ont
une structure commune, du type :

 Seul ce radical (R) varie d'un acide aminé à

un autre.
 les peptides sont constitués par un enchaînement de
quelque acides aminés : ils sont reliés par une liaison
 peptidique :

 les protéines sont des peptides constitués par un

enchaînement de nombreux acides aminés (+ de 50). La
nature des acides aminés d'une protéine, leur nombre et
leur ordre confèrent à une protéine des propriétés
particulières.

On considère à l'échelle de l'organisme deux mécanismes de

renouvellement, l'un à l'échelle cellulaire, l'autre à l'échelle
moléculaire :

L'un est le remplacement de cellules mortes par mitose des

cellules vivantes : on le nommera renouvellement cellulaire. Nous
l'avons étudié son processus dans le chapitre sur la transmission de
l'information génétique. Sa caractéristique fondamentale est la
conservation à l'identique de l'information génétique dans les
cellules filles.
L'autre processus concerne le renouvellement moléculaire
proprement dit. On sait par exemple que certaines molécules
synthétisées dans le cytoplasme sont intégrées dans la membrane
plasmique (cf. schéma). De plus, la traduction de l'information
génétique conservée dans les cellules s'exprime dans la synthèse
des nouvelles molécules, soit de manière directe (synthèse des
protéines au niveau des ribosomes), soit indirectement par le biais
des protéines enzymatiques qui aident à la formation de nouveaux
produits. Nous verrons en effet que les enzymes, protéines issues
de la traduction de l'information génétique d'une cellule donnée,
sont indispensables au renouvellement des molécules constitutives
de cette cellule.
L'organisme est le siège de réactions permanentes conduisant à
la dégradation de nombreuses molécules intra- et extracellulaires
(catabolisme) ou, au contraire, à l'édification de nouveaux
matériaux (anabolisme). La permanence des structures, tant à
l'échelle de la cellule qu'à celle de l'organisme, impose donc un
équilibre dynamique entre ces deux processus que l'on regroupe
sous le terme de métabolisme.
Le renouvellement moléculaire est ainsi constant, que les cellules
aient par ailleurs gardé ou non leur capacité à se répliquer. Pour
donner une idée de l'importance du phénomène, on considère que
chez un individu adulte sain, 1 à 2% des protéines sont remplacées
chaque jour.

Nous allons ici compléter nos connaissances développées dans le

premier chapitre. En effet, nous pouvons maintenant identifier
différents types de matériaux moléculaires qui vont entrer en jeu
dans le processus de renouvellement.

Le premier type que nous avons déjà mentionné provient de

l'absorption de nutriments. Une deuxième source peut être
identifiée dans les résidus de la dégradation de macromolécules
cellulaires. Ainsi, lorsqu'une molécule est détruite, ses constituants
de base sont "recyclés" et vont servir à l'édification d'une nouvelle
entité. Enfin, certaines molécules préalablement synthétisées dans
l'organisme constituent des briques fondamentales pour construire
des structures moléculaires plus complexes.
Notons à ce propos que certaines de ces structures fondamentales
ne peuvent être synthétisées par l'organisme et doivent donc
provenir de l'alimentation. Ainsi, sur les 20 acides aminés
nécessaires à la construction des protéines, huit d'entre eux ne
peuvent être synthétisés par les cellules humaines: on les
nomme acides aminés indispensables. Ce sont la leucine, la lysine,
la valine, la méthionine, la phénylalanine, le tryptophane,
l'isoleucine et la thréonine.
Sur le plan de la structure chimique, une enzyme est une
protéine. On peut donc immédiatement déduire qu'elle est le
résultat d'une synthèse ribosomale, c'est à dire qu'elle est
une traduction directe de l'information génétique.

 Sur le plan fonctionnel, une enzyme est un catalyseur

biologique. C'est à dire qu'elle sert à accélérer une
réaction chimique sans y prendre part en tant que réactif.
Comme tous les catalyseurs, elles agissent en faible
quantité et se retrouvent intactes à la fin des réactions
qu'elles activent.
 Toutes les réactions chimiques indispensables au
renouvellement cellulaire et moléculaire sont
conditionnées par des enzymes. Ainsi gèrent-elles les
activités du métabolisme. Si nous rapprochons cette
 remarque de notre premier point, on déduit que toutes ces
opérations organiques fondamentales sont directement ou
indirectement modalisées par l'information génétique.

 
ajouter
une
annotati
on

Comme tout catalyseur, les enzymes agissent sous des

conditions de pH et de température spécifiques,
évidemment compatibles avec la vie. Des études de
cinétique chimique (mesure de la vitesse des réactions)
montrent qu'en faisant varier ces facteurs, la catalyse est
plus ou moins rapide. Ainsi, il existe des conditions
optimales à l'activité enzymatique.

Une réaction enzymatique n'est autre que la formation d'un

complexe entre l'enzyme et la substance sur laquelle elle agit (son
substrat). Lorsque la réaction de catalyse est achevée, le complexe
enzyme-substrat se dissocie naturellement, laissant l'enzyme
disponible pour agir sur une autre molécule de substrat.

Cette liaison est possible de par la complémentarité structurelle

entre une zone particulière de la molécule enzymatique (le site
actif) et une zone correspondante du substrat. C'est donc la
configuration spatiale de la protéine qu'est l'enzyme qui définit le
substrat sur lequel elle agit. Cette configuration, rappelons-le, est
une expression directe de l'information génétique. Chaque enzyme,
caractérisée par un site actif particulier, est donc spécifique d'une
réaction et d'un substrat donné.
On déduit de la description de ce processus l'existence, à
température et pH donnés, d'une vitesse maximale d'activité
enzymatique ne dépendant que de la quantité d'enzyme présente.
En effet, celle-ci est atteinte lorsque toutes les molécules d'enzyme
sont complexées avec leur substrat spécifique: on dit que l'enzyme
est saturée. Pour que ce soit le cas, une condition suffisante est
d'introduire une quantité de substrat supérieure ou égale à celle
d'enzyme présente. Notons que tant que l'enzyme est saturée, la
vitesse de la réaction reste stable.