BG 3 - Exercices

Exercice 1 :

Expliquez quel est le rôle de l’ARNr 16S lors de la synthèse des protéines, chez les procaryotes.

Exercice 2 :

Le gène CFTR codant pour un canal Cl- au niveau de l'épithélium pulmonaire se retrouve sur le
chromosome 7. De part et d'autre de la partie codante de ce gène (50 kB) on retrouve deux sites de
restriction EcoR I. Une mutation au niveau de la partie codante est à l'origine d'un canal Cl- défectueux,
responsable de la mucoviscidose. Cette mutation entraîne l'apparition d'un site de restriction
supplémentaire BamH I. Ce site de restriction sépare la partie codante en deux fragments de 30 kB et
20 kB.
Un couple avec des antécédents familiaux de mucoviscidose attend un enfant.
Comment détecter si le futur bébé est atteint de la maladie ?
(Donnez le nom de la technique utilisée et décrivez la procédure).

Exercice 3 :

L'obtention d'un vecteur d'expression codant pour l'insuline est obtenu par transformation d'un plasmide.
• Quel type d'ADN doit-on utiliser pour cette construction? Pourquoi ?
• Quel est le mécanisme qui y correspond chez les eucaryotes ? Comment se fait-il ?

Exercice 4 :

Vous souhaitez synthétiser in vivo de l’insuline humaine en utilisant un vecteur d’expression. Pour ce
faire, vous disposez de :
• un plasmide
• de tout le panel d’enzymes de restrictions existantes (notées ER)
• de transcriptase reverse
• de ligase
• et bien évidemment d’une colonie bactérienne !
a. Faite un schéma de la construction que vous effectuez pour transfecter votre colonie
bactérienne.
b. Quel type d’ADN utilisez-vous pour faire cette construction ? Pourquoi ?
c. Une fois votre ADN bicaténaire obtenue, vous souhaitez déterminer la quantité que vous
possédez, par spectrophotométrie UV.
Le coefficient d’extinction massique de l’ADN bicaténaire est : ε = 0,02 mL / µg.

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 Vous mesurez la DO (ou Absorbance) de votre ADN dans une cuve de spectrophotomètre de
largeur l = 1 cm, à 260 nm.
a. Pourquoi mesurer la DO à 260 nm ? Qu’est ce qui absorbe la lumière UV dans l’ADN ?
b. Après mesure, vous obtenez une DO = 0,01. Quelle est votre concentration d’ADN ?
d. La valeur trouvée étant considérablement faible, vous effectuez une PCR. Après 15 cycles de
PCR, quelle sera la concentration de votre ADN ?
e. Quel type d’enzyme utilisez-vous pour effectuer votre PCR ? Quelle est sa particularité ?
f. Pourquoi utiliser de l’insuline issue de vecteurs d’expressions chez les diabétiques plutôt que de
l’insuline humaine ?

Exercice 5 : (examen 2008)

A propos de ce schéma :

En 1, quel type d'enzyme est utilisé pour préparer ces fragments ?

Donner les caractéristiques de l'enzyme et du site de reconnaissance.
Quelles sont les caractéristiques des fragments générés ?

En 2, quel type d'enzyme est utilisé pour obtenir des ADNc à partir des ARN ? Nommer les substrats et
préciser la structure des produits.

En 3, énumérer les étapes et les facteurs impliqués dans l'obtention de ces clones.

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Exercice 6 : (examen 2009)

Ci-dessous la séquence du cDNA du gène RXRA. La séquence codante est comprise entre les
positions 233 et 1636.
• Donner les séquences, orientées de 5' à 3', d'amorces de 20 nucléotides nécessaires pour
amplifier précisément par PCR la séquence codante.
• Vous disposez d'ADN génomique et d'ARN d'un tissu ou le gène est exprimé. Comment
procédez-vous pour amplifier cette séquence codante avec les amorces définies ci-dessus?

Exercice 7 :

Dans le but de séquencer le génome humain, après extraction d’ADN humain, un généticien utilise des
enzymes de restrictions spécifiques pour le couper en petits fragments chevauchants. Il obtient trois
fragments qu’il séquence selon la méthode de Sanger. Il obtient les trois profils éléctrophorétiques
suivants :

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 A T C G A T C G A T C G

Fragment 1 Fragment 2 Fragment 3

D’après vos connaissances sur la méthode de séquençage de Sanger, essayez de retrouver la

séquence génétique complète que le généticien à séquencé.

QCM :

Q1. QUELLES SONT LES PROPOSITIONS FAUSSES ?

1) Le code génétique est dit dégénéré car un amino acide peut être représenté par plusieurs codons.
2) A chaque ARNt iso accepteur d’un amino acide correspond une amiono acyl ARNt synthétase.
3) La synthèse de toute chaîne polypeptidique débute par la liaison au site A du ribosome, d’un fMet
ARNt.
4) Grâce à la règle dite du « Wobble », la cellule n’a pas besoin de 61 ARNt différents pour reconnaître
61 codons différents.
5) La fonction première de la petite sous unité du ribosome est de fixer l’ARNm et l’ARNt alors que la
grande sous-unité catalyse la formation de la liaison peptidique.
6) De nombreux antibiotiques utilisés en médecine moderne inhibent la synthèse protéique chez les
bactéries en exploitant les différences fonctionnelles et structurales qui existent entre les ribosomes
procaryotes et eucaryotes.
7) Lors de l’initiation de la synthèse protéique, l’aminoacyl ARNt initiateur reconnaît le premier triplet de
l’extrémité 5’ de l’ARNm.

A=1+2+4 B=3+7 C=2+3+4+7 D = 3 + 5 + 6 E = 1 + 3 +7

Q2. Les étapes de la synthèse des protéines qui nécessitent du GTP sont :
A) activation des acides aminés.
B) fixation du formyl méthionyl ARNt initiateur au niveau du codon AUG.
C) Activation du complexe Tu-Ts pour l’élongation.
D) Entrée de l’aminoacyl ARNt dans le site A.
E) Synthèse de la liaison peptidique.
F) Transfert du peptidyl ARNt du site P au site A.
G) Terminaison de la synthèse protéique et libération de la protéine formée ainsi que le détachement du
ribosome de l’ARNm.
A=2+3+5+6 B = 2 + 3 + 4 +6 + 7 C = 1 + 2 + 4 + 6 D=1+5 E=2+4+6

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Q3. DEUX PROPOSITIONS SONT FAUSSES, LESQUELLES ?
Soit un ARN dont la séquence contient en particulier les codons correspondant à des signaux
spécifiques et/ou à des acides aminés :
site d’initiation de la traduction, Valine Asparagine, Acide glutamique, Alanine, Codon stop, Lysine,
Leucine, Acide glutamique, Codon stop et extension 3’ d’acide polyadénylique.
(BBB)x et (BBB)y correspondent à des séquences de codons non spécifiques.
5’ AUG GUG AAU (BBB)x GAA GCU UAA (BBB)y AAA UUA GAA UGA AAAAAAA 5’
Val Asn Glu Ala Stop Lys Leu Glu Stop
La délétion des 2 premières bases du codon GUG va entraîner :
A) L’absence de synthèse protéique.
B) Une mutation avec décalage du cadre de lecture
C) La formation d’une protéine très différente de la protéine normale.
D) Si aucun codon stop n’apparaît, la transformation de l’extension poly-A en plusieurs codons AAA qui
codent la lysine.
E) L’apparition d’un codon de l’acide glutamique situé juste avant la séquence polyadénylique.

Q4. Quelle est la proposition fausse concernant la traduction chez les procaryotes ?
A. Plusieurs ribosomes peuvent traduire simultanément la même molécule d’ARNm.
B. La masse de la molécule d’ARNm est petite comparée à la masse d’un seul ribosome.
C. La traduction de l’ARNm commence du côté 5’ avec la formation de l’extrémité aminée de la
protéine correspondante.
D. La synthèse d’une chaîne polypeptidique débute par la liaison au site P du ribosome d’un fMet-
ARNt.
E. La reconnaissance du codon par une molécule d’ARNt dépend de l’acide aminé qui est attaché à
son extrémité 3’-OH.

Q5. Lors de la synthèse protéique QUELLES SONT LES ETAPES qui nécessitent une hydrolyse
de GTP ou d’ATP ?
1. réaction d’activation d’un acide aminé.
2. réaction de transfert de l’acide aminé activé sur l’ARNt.
3. mise en place du formylmethionyl-ARNt sur le codon initiateur.
4. formation du complexe d’initiation 70S.
5. formation de la liaison peptidique.
A = 1+2 B = 3+4 C = 3+5 D = 1+3+4 E = 1+4

Q6. Quelle est la proposition juste ?

A) Au cours de la phase d’activation, l’acide aminé réagit avec une molécule de GTP pour former un
anhydride mixte riche en énergie.
B) A chaque tRNA isoaccepteur d’un acide aminé correspond une aminoacyl ARN synthétase.
C) Les aminoacyl tRNA synthétases sont en solution dans le cytosol.
D) Une fois mixé sur le tRNA, l’amino acide participe à la spécificité de reconnaissance du codon qui le
code.
E) Au cours de la réaction de charge, l’aminoacide se fixe à l’extrémité 5’ du tARN.

Q7. Parmi les affirmations concernant les « outils biotechnologiques », la(les)quelle(s) est (sont)
fausse(s) ?
A) Le produit de la réaction catalysée par la reverse transcriptase est un ADN complémentaire
bicaténaire.
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B) La ligase établit des liaisons covalentes.
C) Les transcrits primaires peuvent être utilisés pour réaliser une banque génomique.
D) Les enzymes de restriction ont pour substrat l’ADN bicanétaire.
E) La reverse transcriptase peut utiliser pour matrice un transcript primaire (pré-messager).

Q8. Une enzyme de restriction :

A) est une exonucléase spécifique
B) rompt les liaisons hydrogène du site de restriction
C) utilise l’ATP (donneur d’énergie de liaison) comme cofacteur
D) utilise l’ADN bicaténaire comme substrat (ou matrice)
E) diminue la taille de l’ARN en excisant spécifiquement les séquences introniques.

Q9. QUELLE EST LA PROPOSITION JUSTE ?

Les enzymes de restriction :
A. sont des exonucléases spécifiques
B. sont des enzymes bactériens, qui ne peuvent pas couper des ADN eucaryotes
C. répriment l’activité catalytique 3’-5’ des polymérases bactériennes
D. reconnaissent des sites souvent palindromiques, de 4, 5 ou 6 nucléotides
E. sont souvent associés au facteur Sigma, pour restreindre l’activité de l’ADN-polymérase.

Q10. Quelles sont les propositions justes ?

A) La technique de Southern sert à analyser l’ADN et à détecter des fragments d’ADN.
B) La technique de Northern utilise l’hybridation moléculaire pour détecter la taille et la quantité d’ARN
s’hybridant à la sonde moléculaire.
C) La détection des protéines codées par un gène se fait par hybridation moléculaire de la sonde
nucléotidique radioactive correspondant au gène.
D) L’identification moléculaire des individus se fait par la mesure de la taille des protéines détectées par
la technique de Southern.
E) Le diagnostic prénatal se fait par l’analyse de l’ADN extrait de quelques cellules de l’embryon, en
utilisant la technique de Southern ou la technique de PCR.
A = 1+2+3 B = 1+4+5 C = 1+3+5 D = 1+2+5 E = 3+4

Q11. QUELLES SONT LES PROPOSITIONS JUSTES ?

La technique de Nothern
A) permet l’analyse de l’ADN génomique.
B) permet l’analyse de l’ADN de plasmides recombinants
C) permet l’analyse de l’ARN extrait de différents organes
D) permet de comparer le génome de deux ou plusieurs individus.
E) permet de définir la taille et l’abondance de l’ARN messager du gène étudié.
A = 3+4+5 B = 1+3+5 C = 2+3+4 D = 3+5 E = 1+2+4

Q12.
L’ARN extrait de muscle, de foie et de cerveau, est analysé par la technique de Nothern, et testé
avec une sonde moléculaire correspondant au gène X.
L’autoradiogramme obtenu est représenté ci-dessous :

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 ARN ARN ARN
muscle foie cerveau

DONNER LES DEUX PROPOSITIONS JUSTES :

A. il n’y a pas de gène X dans le muscle
B. le gène X est fortement exprimé dans le cerveau
C. le gène X est plus grand dans le foie
D. l’ARN du gène X est méthylé dans le foie
E. l’ARN du gène X n’est pas exprimé dans le muscle

Q13. Parmi les différentes molécules citées, QUELLE EST CELLE qui ne pourra pas servir de
sonde moléculaire pour détecter l’expression, au niveau ARN ou protéine, du gène « ZUT » ? Ce
gène est composé de 4 exons, 3 introns et code pour une protéine de 409 acides aminés.
A. ADN radioactif correspondant à l’exon 2
B. ADN radioactif correspondant à la totalité du clone génomique
C. Anticorps radioactif dirigé contre la protéine « ZUT »
D. ADN radioactif correspondant à l’intron 3
E. ADN radioactif correspondant à la totalité du clone de l’ADNc double brin.

Q14.
L’ARN extrait de muscles, de foie et de cerveau, est analysé par la technique de Northern, et testé avec
une sonde moléculaire correspondant au gène X.
L’autoradiogramme obtenu est représenté ci - dessous :
ARN ARN ARN
muscles foie cerveau

Donner l’interprétation juste :

A) il n’y a pas de gène X dans le cerveau
B) le gène X est fortement exprimé dans le muscle
C) le gène X est plus grand dans le foie
D) l’ARN du gène X est glycosylé dans le foie
E) l’ARN du gène X est dégradé dans le muscle.

Q15. QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE ?

L’ADN-vecteur :
A) doit porter un marqueur de sélection
B) porte à une de ses extrémités un site de ligation permettant d’y fixer le fragment transporté
C) ne doit pas être difficile à purifier
D) contient toujours une origine de réplication
E) ne doit pas être difficile à introduire dans les cellules -hôtes.
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Q16.
L’électrophorèse des produits de digestion par les enzymes de restriction d’un clone d’AN génomique et
du clone d’ADNc double brin correspondant donne la photographie suivante :

Clone d’ADNc double brin Clone d’ADN génomique

Eco R1 Hind III Bam H1 Eco R1 Hind III Bam H1

Donner les réponses justes :

1) il n’y a pas de site EcoR1 à l’intérieur des séquences transcrites du gène.
2) il n’y a pas de site Hind III à l’intérieur des séquences transcrites du gène
3) les séquences contenues dans le clone d’ADNc double brin ne contiennent ni site EcoR1 ni site
Hind III.
4) les séquences contenues dans le clone génomique ne contiennent ni site EcoR1, ni site Hind III.
5) il y a au moins un site Hind III dans une séquence intronique.
6) il y a au moins un site Bam H1 dans une séquence exonique.
A = 1+2+3 B = 1+3+5+6 C = 1+2+3+4 D = 3+4+5+6 E = 1+5+6

Q17. QUELLE EST LA PROPOSITION JUSTE ?

Une « banque de cDNA » :
A) représente l’ensemble du génome de l’individu : séquence transcrites, séquences de régulation et
séquences intergéniques.
B) contient toutes les séquences transcrites du génome d’un individu, mais non les séquences de
régulation ou les séquences intergéniques.
C) contient toutes les séquences transcrites génomiques d’un organe (ou tissu), mais non les
séquences de régulation ou les séquences intergéniques.
D) représente toutes les séquences correspondant aux ARN messagers présents dans l’organe (ou le
tissu) au moment du prélèvement.
E) contient deux exemplaires de toutes les séquences génomiques d’un organe (les cellules sont
diploïdes).

Q18. DONNEZ LA PROPOSITION JUSTE :

Chez les eucaryotes : le cDNA (synthétisé par la reverse transcriptase) est :
A. le gène cloné
B. la séquence protéique du gène
C. la séquence nucléotidique de l’unité de transcription
D. la séquence nucléotidique de l’ARN messager
E. la séquence nucléotidique complémentaire à celle de l’ARN messager.

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Q19. On constitue 4 banques différentes à partir des 4 échantillons suivants :
Banque 1 : ADN extrait de glandes mammaires normales.
Banque 2 : ADN extrait de tumeurs mammaires.
Banque 3 : ARN extrait d’une glande mammaire normale.
Banque 4 : ARN extrait d’une tumeur mammaire.

Pour étudier les gènes réprimés lors d’une transformation tumorale, il faut sélectionner les séquences :
(UNE REPONSE JUSTE)
A. communes aux banques 1 et 2
B. communes aux banques 3 et 4
C. présentes dans la banque 3 et absentes de la banque 4
D. présentes dans la banque 4 et absentes de la banque 3
E. présentes dans la banque 2 et absentes de la banque 3.

Q20. DONNEZ LES REPONSES JUSTES :

Pour exprimer une séquence eucaryote dans un vecteur d’expression procaryote :
1) Les séquences d’initiation (promoteur) et de terminaison de transcription sont bactériennes.
2) La séquence traduite est la partie codante du cDNA.
3) La séquence clonée est le gène eucaryote.
4) Il faut fournir de l’ARN polymérase II eucaryote (pour transcrire des séquences eucaryotes).
5) Il faut induire le promoteur bactérien par de l’α-amanitine.
A = 3+4 B = 1+2 C = 1+2+5 D = 3+5 E = 1+3+4

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 BG 3 – Exercices CORRECTION
Exercice 1 :
L’ARNr 16S est situé dans la petite sous-unité ribosomique des ribosomes procaryotes. Il a une
séquence complémentaire à la séquence Shine - Dalgarno présente sur la région 5’-UTR de l’ARNm.
La petite sous-unité ribosomique marche sur l’ARNm en partant de son extrémité 5’. Une fois la
séquence Shine - Dalgarno reconnue (par hybridation entre l’ARNm et l’ARNr 16S), le premier codon
AUG que le ribosome va rencontrer durant sa marche est le codon initiateur ! La séquence Shine –
Dalgarno permet donc au ribosome de repérer le codon initiateur facilement.
NB : N’oubliez pas que le codon initiateur chez les procaryotes n’est pas une méthionine mais une
formyl-méthionine !

Exercice 2 :
La séquence codante du gène CFTR est délimitée par deux sites de restriction EcoRI. Une digestion
par l’enzyme de restriction adéquate (ici EcoRI) va générer un fragment d’ADN de 50 kB, détectable sur
un Southern Blot.
La mutation décrite génère sur la séquence codante un site de restriction supplémentaire BamH I. La
digestion par les deux enzymes de restriction (EcoRI + BamHI) va générer deux fragments distincts ; un
de 30 kB et un de 20 kB, tous les deux détectables sur un Southern Blot.
EcoRI Gène CFTR EcoRI

50 kB

Mutation

EcoRI BamH I EcoRI

30 kB 20 kB

Si l’enfant du couple est malade, la digestion par les deux ER va générer deux fragments. S’il n’est pas
porteur de la maladie, on ne verra qu’un seul fragment sur le Southern Blot.
Procédure :
A B
a. digestion du génome de l’enfant par BamHI et EcoRI
50 kB
b. migration du milieu sur un gel d’électrophorèse
30 kB A : enfant sain
c. hybridation avec une sonde spécifique radioactive B : enfant malade
20 kB
d. autoradiographie sur film spécial
e. lecture des résultats

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Exercice 3 :
Un plasmide est un petit ADN circulaire de bactérie. Après transformation il est transfecté dans des
bactéries par électroporation. Ceci implique que c’est la machinerie de synthèse bactérienne qui va
produire l’insuline.
a) Dans ces conditions, nous sommes contraints à utiliser un ADNc (ou cDNA en anglais). L’ADNc est
obtenu par reverse transcription (par la Transcriptase Reverse) de l’ARNm codant pour l’insuline. De ce
fait, l’ADNc obtenu ne comporte plus que les séquences exoniques, les introns étant éliminés par la
cellule eucaryote.
b) Chez les eucaryotes, les introns de l’ARNm sont éliminés par EPISSAGE.
L’epissage se fait en 4 temps :
f. coupure en 3’ du premier exon Î l’extrémité 5’ de l’intron est libre
g. le 2’-OH de l’Adénine de branchement réagit avec le 5’-P libre de l’intron Î formation d’un lasso
h. coupure en 3’ de l’intron Î l’extrémité 5’-P de l’exon 2 est libre
i. le 3’-OH (nucléophile) de l’exon 1 va réagir avec l’extrémité 5’-P de l’exon 2 Î formation de la
nouvelle liaison phosphodiester avec élimination de l’intron
Ce mécanisme est assisté par les snRNA U1, U2, U4, U5 et U6 ainsi que par les snRNP qui forment un
complexe nucléoprotéique appelé SPLICEOSOME.

E1 I1 E2
5’ 3’
A

E1 I1 E2
5’ 3’ Étape 1
A

E1 E2
5’ 3’ Étape 2
A

E1 E2
5’ 3’ Étape 3
3’-OH A 5’-P

E1 E2
Étape 4
5’ 3’

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Exercice 4 :

1)

2) Pour faire ce type de construction, nous utilisons de l’ADNc. L’ADNc est obtenu par retro-
transcription de l’ARNm, ARNm dépourvu des séquences introniques présentent sur le gène
directement. Il est connu que les bactéries ne connaissent pas le mécanisme d’épissage. Il est donc
essentiel de leur donner un ADN qui ne contient pas d’introns… c’est l’ADNc !
3) L’ADN est fait de bases azotées, composés plans et aromatiques. Ils possèdent des doubles liaisons
conjuguées et sont donc capable d’absorber le rayonnement UV à 260 nm.
4) D’après la loi de Beer – Lambert : DO = ε x C x l.
Ici : l = 1 cm et ε = 0,02 mL / µg.
Donc : C = DO / ε soit C = 0,5 µg / mL.
5) On effectue une PCR de notre ADN à raison de 15 cycles. Nous amplifions donc notre ADN d’un
facteur : 215.
La concentration finale obtenue est donc :
C = 0,5 x 215 = 0,5 x 32768 = 16384 µg / mL
C = 16,35 mg / mL
6) Pour faire de la PCR, nous utilisons une AND polymérase issue d’une bactérie thermophile appelé
Thermophilus aquaticus. L’enzyme en question n’est pas dénaturée à des chaleurs extrêmes,
proches de 100°C. Elle est appelée Taq Polymérase.
7) L’insuline humaine administrée à des diabétiques peut être contaminée par des agents biologiques.
Pour éviter tous risques de contaminations ultérieures, nous utilisons des vecteurs d’expressions.
Nous sommes ainsi sûrs que la protéine synthétisée par des bactéries ne peut contenir des
contaminants.

Exercice 5 :
Les fragments en 1 sont obtenus par digestion grâce à des enzymes de restrictions (ER).
Les ER sont des endonucléases spécifiques de séquences nucléotidiques bien définies appelées sites
de restriction.
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Ex : EcoR I reconnaît la séquence : 5’-GAATTC-3’
3’-CTTAAG-5’

Il s’agit de séquences palindromiques.

Les ER sont capables de générer après coupure des :
• extrémités franches
• extrémités cohésives

En 2, l’obtention d’ADN à partir de l’ARNm se fait par une enzyme spécifique appelée Retro-
transcriptase (ou Transcriptase Réverse).
Les substrats de la RT sont :
• un ARN (ici ARNm)
• une amorce
• les 4 dNTP
• des cations divalents sont nécessaires pour la bonne activité de l’enzyme
Nous obtenons un ADNsb qui est ensuite répliqué par l’ADN polymérase : l’ADNdb obtenu est un ADNc
ou ADN complémentaire.

Intérêt : les ADNc sont des répliques désoxyribonucléotiques de l’ARNm ; ils ne possèdent pas les
séquences introniques trouvées dans les gènes eucaryotes et peuvent donc être utilisé en tant que
« gènes » dans les systèmes bactériens.

Les cDNA ainsi obtenus sont utilisés dans la mise en place de banques de cDNA ils s’agit de
constructions génétiques bactériennes qui expriment toutes les protéines exprimées dans un tissu
différencié.
Etapes :
• choix du bon vecteur (ex : plasmide)
• coupure du plasmide au sein de la K7 de clonage par une enzyme de restriction
• insertion du cDNA dans la K7 de clonage puis ligation (ligase)
• transformation des bactéries par le plasmide modifié (électroporation)
• sélections des clones qui ont intégrés le plasmide (milieu avec antibiotique)
• culture des colonies bactériennes résistantes et conservation !

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Exercice 6 :

Premier conseil : NE PAS PANIQUER lorsqu’on voit la séquence génétique fournie. Effectivement, le
première réflexe c’est de se dire : « c’est infaisable » ! Mais dites-vous toujours que si un prof le pose à
l’examen, c’est que c’est à votre portée !!!

1. Dans un premier temps, il faut repérer sur la séquence proposée les nucléotides 233 et 1636. Et là, il
suffit de compter… en se servant de l’échelle fournie !!!

5’

3’

Ensuite il suffit de réfléchir. Vous avez appris en cours que lors d’une PCR, les séquences des amorces
sont aussi amplifiées. Il faut donc choisir les amorces de manière à ce qu’elles fassent partie de la
séquence codante.
La séquence donnée est orientée de 5’ à 3’, comme tout séquence qui se respecte. Nous allons donc
déterminer deux amorces de 20 nucléotides chacune :
- la première : de 233 à 252
- la deuxième : de 1614 à 1633

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Les séquences sont :
- la première : 3’-TACCTGTGGTTTGTAAAGGA-5’ donc si on la retourne :
5’-AGGAAATGTTTGGTGTCCAT-3’
- la deuxième : 3’-TCCGTGGTGTAGTTCGGTGGATC-5’ donc si on la retourne :
5’-CTAGGTGGCTTGATGTGGTGCCT-3’

2. Pour amplifier la séquence qui nous interesse, il suffit de faire une PCr :
- on dénature l’ADN génomique (chauffage)
- on hybride les amorces que l’on a synthétisé
- on polymérise (grâce à la Taq Pol) la partie située entre els amorces
On effectue ce cycle de PCR plusieurs fois !

Exercice 7 :

Les profils électrophorétiques obtenus sont lus de bas – en haut. Cela nous donne la séquence du brin
néosynthétisé ayant incorporé le nucléotide radioactif. De bas – en haut, la séquence est lue de 5’ à 3’.
Il en découle que :
a. fragment 1 : 5’- ATCGCAATCCGGGCAT-3’
b. fragment 2 : 5’- GCAATTGGTCAATCGCA-3’
c. fragment 3 : 5’- TAATTGCGCAAT-3’

Une fois les séquences des brins néoformés obtenues, il faut déterminer les séquences des brins
préexistants, issus du brin que nous voulons séquencer. Il suffit donc de prendre la séquence
complémentaire aux séquences déterminées plus haut.
d. fragment 1 : 5’- ATCGCAATCCGGGCAT-3’
3’- TAGCGTTAGGCCCGTA-5’
e. fragment 2 : 5’- GCAATTGGTCAATCGCA-3’
(Séquences complémentaires
3’- CGTTAACCAGTTAGCGT-5’ en gras !)
f. fragment 3 : 5’- TAATTGCGCAAT-3’
3’- ATTAACGCGTTA-5’
Une fois à ce stade, le plus gros du travail est fait, il suffit maintenant de retourner les trois séquences
de manière à les lire de 5’ à 3’. Il faut ensuite trouver les séquences qui se chevauchent pour bien
aligner nos trois fragments :

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5’- ATGCCCGGATTGCGAT-3’
(Séquences alignées
5’- TGCGATTGACCAATTGC-3’ soulignées !)
5’- ATTGCGCAATTA-3’
Les séquences soulignées sont les séquences chevauchantes.
Cela nous permet d’aligner nos trois séquences comme ceci :
5’- ATGCCCGGATTGCGAT-3’
5’- TGCGATTGACCAATTGC-3’
5’- ATTGCGCAATTA-3’
La séquence complète est :
5’- ATGCCCGGATTGCGATTGACCAATTGCGCAATTA-3’

Rq : Lorsqu’on fait cela à l’échelle de l’ADN entier d’un organisme, on appelle cela la marche
chromosomique !

QCM :

Q1. QUELLES SONT LES PROPOSITIONS FAUSSES ?

1) Le code génétique est dit dégénéré car un amino acide peut être représenté par plusieurs codons :
VRAI
2) A chaque ARNt iso accepteur d’un amino acide correspond une amiono acyl ARNt synthétase : VRAI
3) La synthèse de toute chaîne polypeptidique débute par la liaison au site A du ribosome, d’un fMet
ARNt : NON… il se met sur le site P !
4) Grâce à la règle dite du « Wobble », la cellule n’a pas besoin de 61 ARNt différents pour reconnaître
61 codons différents : VRAI
5) La fonction première de la petite sous unité du ribosome est de fixer l’ARNm et l’ARNt alors que la
grande sous-unité catalyse la formation de la liaison peptidique : VRAI
6) De nombreux antibiotiques utilisés en médecine moderne inhibent la synthèse protéique chez les
bactéries en exploitant les différences fonctionnelles et structurales qui existent entre les ribosomes
procaryotes et eucaryotes : VRAI
7) Lors de l’initiation de la synthèse protéique, l’aminoacyl ARNt initiateur reconnaît le premier triplet de
l’extrémité 5’ de l’ARNm : NON, il reconnaît le codon initiateur !

B = 3 + 7 (Bonne réponse)

Q2. Les étapes de la synthèse des protéines qui nécessitent du GTP sont :
1) activation des acides aminés : NON
2) fixation du formyl méthionyl ARNt initiateur au niveau du codon AUG : vrai, il est rapporté par IF2
3) Activation du complexe Tu-Ts pour l’élongation : VRAI, les deux nécessitent du GTP
4) Entrée de l’aminoacyl ARNt dans le site A : VRAI, grâce à EF-Tu
5) Synthèse de la liaison peptidique : NON
6) Transfert du peptidyl ARNt du site P au site A : OUI, grâce à la translocation du ribosome et la
dégradation du GTP de EF-G
7) Terminaison de la synthèse protéique et libération de la protéine formée ainsi que le détachement du
ribosome de l’ARNm : VRAI, le GTP dégradé par le facteur RF !
B = 2 + 3 + 4 +6 + 7 (Bonne réponse)
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Q3. DEUX PROPOSITIONS SONT FAUSSES, LESQUELLES ?
Soit un ARN dont la séquence contient en particulier les codons correspondant à des signaux
spécifiques et/ou à des acides aminés :
site d’initiation de la traduction, Valine Asparagine, Acide glutamique, Alanine, Codon stop, Lysine,
Leucine, Acide glutamique, Codon stop et extension 3’ d’acide polyadénylique.
(BBB)x et (BBB)y correspondent à des séquences de codons non spécifiques.
5’ AUG GUG AAU (BBB)x GAA GCU UAA (BBB)y AAA UUA GAA UGA AAAAAAA 3’
Val Asn Glu Ala Stop Lys Leu Glu Stop
La délétion des 2 premières bases du codon GUG va entraîner :
A) L’absence de synthèse protéique : NON
B) Une mutation avec décalage du cadre de lecture : VRAI
C) La formation d’une protéine très différente de la protéine normale : VRAI
D) Si aucun codon stop n’apparaît, la transformation de l’extension poly-A en plusieurs codons AAA qui
codent la lysine : VRAI
E) L’apparition d’un codon de l’acide glutamique situé juste avant la séquence polyadénylique : NON

La nouvelle séquence devient :

5’AUG G AAU (BBB)x GAA GCU UAA (BBB)y AAA UAA GAA UGA AAAAAAA3’
Vous ne générez pas de codon stop ! Utilisez le code génétique pour répondre à cette question (qui sera fourni, si
besoin)
Q4. Quelle est la proposition fausse concernant la traduction chez les procaryotes ?
A) Plusieurs ribosomes peuvent traduire simultanément la même molécule d’ARNm : VRAI
B) La masse de la molécule d’ARNm est petite comparée à la masse d’un seul ribosome : VRAI
C) La traduction de l’ARNm commence du côté 5’ avec la formation de l’extrémité aminée de la protéine
correspondante : VRAI
D) La synthèse d’une chaîne polypeptidique débute par la liaison au site P du ribosome d’un fMet-
ARNt : NON, le tRNA-FMet se met sur la petite sous-unité du ribosome avant l’arrivée de la
grande!
E) La reconnaissance du codon par une molécule d’ARNt dépend de l’acide aminé qui est attaché à son
extrémité 3’-OH : VRAI

Q5. Lors de la synthèse protéique QUELLES SONT LES ETAPES qui nécessitent une hydrolyse
de GTP ou d’ATP ?
1) réaction d’activation d’un acide aminé : OUI, on hydrolyse un ATP pour former l’intermédiaire aa-
AMP
2) réaction de transfert de l’acide aminé activé sur l’ARNt : NON
3) mise en place du formylmethionyl-ARNt sur le codon initiateur : NON
4) formation du complexe d’initiation 70S : OUI
5) formation de la liaison peptidique : NON
E = 1+4 (bonne réponse)

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Q6. Quelle est la proposition juste ?
A) Au cours de la phase d’activation, l’acide aminé réagit avec une molécule de GTP pour former un
anhydride mixte riche en énergie : Non, il réagit avec un ATP.
B) A chaque tRNA isoaccepteur d’un acide aminé correspond une aminoacyl ARN synthétase : NON
(regardez le nom de l’enzyme)
C) Les aminoacyl tRNA synthétases sont en solution dans le cytosol : VRAI
D) Une fois fixé sur le tRNA, l’amino acide participe à la spécificité de reconnaissance du codon qui le
code : NON
E) Au cours de la réaction de charge, l’aminoacide se fixe à l’extrémité 5’ du tARN : NON, elle il se met
sur le 3’ !

Q7. Parmi les affirmations concernant les « outils biotechnologiques », la(les)quelle(s) est (sont)
fausse(s) ?
A) Le produit de la réaction catalysée par la reverse transcriptase est un ADN complémentaire
bicaténaire : NON, cette enzyme donne un ADN !
B) La ligase établit des liaisons covalentes : OUI
C) Les transcrits primaires peuvent être utilisés pour réaliser une banque génomique : NON ! Pour une
banque génomique on utilise l’ADN d’un génome !
D) Les enzymes de restriction ont pour substrat l’ADN bicanétaire : OUI
E) La reverse transcriptase peut utiliser pour matrice un transcript primaire (pré-messager) : OUI

Q8. Une enzyme de restriction :

A) est une exonucléase spécifique : NON, c’est une endonucléase spécifique
B) rompt les liaisons hydrogène du site de restriction : NON, elle rompt des liaisons covalentes !
C) utilise l’ATP (donneur d’énergie de liaison) comme cofacteur : NON
D) utilise l’ADN bicaténaire comme substrat (ou matrice) : VRAI
E) diminue la taille de l’ARN en excisant spécifiquement les séquences introniques : Absolument pas !

Q9. QUELLE EST LA PROPOSITION JUSTE ?

Les enzymes de restriction :
A) sont des exonucléases spécifiques : NON
B) sont des enzymes bactériens, qui ne peuvent pas couper des ADN eucaryotes : NON, elles coupent
très bien les ADN eucaryotes !
C) répriment l’activité catalytique 3’-5’ des polymérases bactériennes : NON
D) reconnaissent des sites souvent palindromiques, de 4, 5 ou 6 nucléotides : VRAI
E) sont souvent associés au facteur Sigma, pour restreindre l’activité de l’ADN-polymérase : NON, le
facteur sigma concerne l’ARN polymérase

Q10. Quelles sont les propositions justes ?

1) La technique de Southern sert à analyser l’ADN et à détecter des fragments d’ADN : VRAI
2) La technique de Northern utilise l’hybridation moléculaire pour détecter la taille et la quantité d’ARN
s’hybridant à la sonde moléculaire : VRAI
3) La détection des protéines codées par un gène se fait par hybridation moléculaire de la sonde
nucléotidique radioactive correspondant au gène : NON… un ADN ne s’hybride pas à une
protéine !
4) L’identification moléculaire des individus se fait par la mesure de la taille des protéines détectées par
la technique de Southern : NON, le Southern révèle de l’ADN, pas des protéines !
5) Le diagnostic prénatal se fait par l’analyse de l’ADN extrait de quelques cellules de l’embryon, en
utilisant la technique de Southern ou la technique de PCR : VRAI !
D = 1+2+5 (bonne réponse)
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Q11. QUELLES SONT LES PROPOSITIONS JUSTES ?
La technique de Nothern
1) permet l’analyse de l’ADN génomique : NON
2) permet l’analyse de l’ADN de plasmides recombinants : NON
3) permet l’analyse de l’ARN extrait de différents organes : OUI
4) permet de comparer le génome de deux ou plusieurs individus : NON
5) permet de définir la taille et l’abondance de l’ARN messager du gène étudié : OUI
D = 3+5 (bonne réponse)

Q12.
L’ARN extrait de muscle, de foie et de cerveau, est analysé par la technique de Nothern, et testé
avec une sonde moléculaire correspondant au gène X.
L’autoradiogramme obtenu est représenté ci-dessous :

ARN ARN ARN

muscle foie cerveau

DONNER LES DEUX PROPOSITIONS JUSTES :

A) il n’y a pas de gène X dans le muscle : On fait un Northern, on analyse donc l’ARN ! Le gel nous
donne aucune indication sur l’ADN ! La proposition est fausse !
B) le gène X est fortement exprimé dans le cerveau : Vrai ! Plus la tache est grosse, plus il y a de
l‘ARN… ce qui veut dire que le gène est fortement transcrit !
C) le gène X est plus grand dans le foie : NON, encore une fois, aucune indication sur le gène !
mais de toute façon, la proposition est absurde. Un gène codant pour la même protéine dans
différents tissus a la même taille !
D) l’ARN du gène X est méthylé dans le foie : NON ! Les méthylation se font au niveau de l’ADN
(sauf pour el Cap de l’ARNm)
E) l’ARN du gène X n’est pas exprimé dans le muscle : VRAI, puisqu’il n’y a pas de l’ARNm
correspondant à ce gène dans le muscle !

Q13. Parmi les différentes molécules citées, QUELLE EST CELLE qui ne pourra pas servir de
sonde moléculaire pour détecter l’expression, au niveau ARN ou protéine, du gène « ZUT » ? Ce
gène est composé de 4 exons, 3 introns et code pour une protéine de 409 acides aminés.
A) ADN radioactif correspondant à l’exon 2 : Oui, il peut s’hybrider avec l’ARNm
B) ADN radioactif correspondant à la totalité du clone génomique : Oui, il peut s’hybrider avec
l’ARNm
C) Anticorps radioactif dirigé contre la protéine « ZUT » : Oui, il reconnaîtra spécifiquement la
protéine dans un Western
D) ADN radioactif correspondant à l’intron 3 : NON, n’oubliez pas que dans les ARNm les introns
sont enlevés… donc cette sonde ne servirait à rien du tout !
E) ADN radioactif correspondant à la totalité du clone de l’ADNc double brin : Oui, il s’hybriderait
parfaitement à ‘ARNm

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Q14.
L’ARN extrait de muscles, de foie et de cerveau, est analysé par la technique de Northern, et testé avec
une sonde moléculaire correspondant au gène X.
L’autoradiogramme obtenu est représenté ci - dessous :
ARN ARN ARN
muscles foie cerveau

Donner l’interprétation juste :

A) il n’y a pas de gène X dans le cerveau : NON
B) le gène X est fortement exprimé dans le muscle : VRAI
C) le gène X est plus grand dans le foie : NON
D) l’ARN du gène X est glycosylé dans le foie : Absolument pas !!!!!
E) l’ARN du gène X est dégradé dans le muscle : Non, puisqu’on le voit !

Q15. QUELLE EST LA PROPOSITION FAUSSE ?

L’ADN-vecteur :
A) doit porter un marqueur de sélection : Oui, un gène de résistance à un antibiotique !
B) porte à une de ses extrémités un site de ligation permettant d’y fixer le fragment transporté : NON,
on introduit l’élement à transporter (un ADN cible) dans la K7 de clônage.
C) ne doit pas être difficile à purifier : Idéalement, sinon bonjour les problèmes…
D) contient toujours une origine de réplication : Oui, pour qu’il puisse se diviser lors de la réplication
bactérienne
E) ne doit pas être difficile à introduire dans les cellules –hôtes : Oui, sinon il ne sert à rien !

Q16.
L’électrophorèse des produits de digestion par les enzymes de restriction d’un clone d’ADN génomique
et du clone d’ADNc double brin correspondant donne la photographie suivante :

Clone d’ADNc double brin Clone d’ADN génomique

Eco R1 Hind III Bam H1 Eco R1 Hind III Bam H1

Donner les réponses justes :

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1) il n’y a pas de site EcoR1 à l’intérieur des séquences transcrites du gène : VRAI, puisqu’on a qu’un
seul fragment… c’est qu’on a pas coupé !
2) il n’y a pas de site Hind III à l’intérieur des séquences transcrites du gène : FAUX, la séquence
transcrite c’est le gène de départ, il faut donc regarder l’ADN génomique ! On obtient 2
fragments lorsqu’on coupe avec HindIII, donc il y a un site HindIII
3) les séquences contenues dans le clone d’ADNc double brin ne contiennent ni site EcoR1 ni site Hind
III : VRAI, puisqu’on a qu’un seul fragment à chaque fois !
4) les séquences contenues dans le clone génomique ne contiennent ni site EcoR1, ni site Hind III :
FAUX, Hind III donne deux fragments. Donc il y a coupure et donc il y a un site HindIII !
5) il y a au moins un site Hind III dans une séquence intronique : VRAI puisqu’on coupe l’ADN mais
pas l’ADNc (qui correspond à l’ARNm) !
6) il y a au moins un site Bam H1 dans une séquence exonique : VRAI, puisque l’on coupe avec
BamHI aussi bien l’ADN que l’ADNc !
B = 1+3+5+6 (bonne réponse)

Q17. QUELLE EST LA PROPOSITION JUSTE ?

Une « banque de cDNA » :
A) représente l’ensemble du génome de l’individu : séquence transcrites, séquences de régulation et
séquences intergéniques : Non, ça c’est une banque génomique !
B) contient toutes les séquences transcrites du génome d’un individu, mais non les séquences de
régulation ou les séquences intergéniques : NON, car elle ne contient pas les ARNr ou ARNt !
C) contient toutes les séquences transcrites génomiques d’un organe (ou tissu), mais non les
séquences de régulation ou les séquences intergéniques : NON, toujours pas d’ARNr ou ARNt !
D) représente toutes les séquences correspondant aux ARN messagers présents dans l’organe (ou le
tissu) au moment du prélèvement : VRAI !
E) contient deux exemplaires de toutes les séquences génomiques d’un organe (les cellules sont
diploïdes) : NON

Q18. DONNEZ LA PROPOSITION JUSTE :

Chez les eucaryotes : le cDNA (synthétisé par la reverse transcriptase) est :
A) le gène cloné
B) la séquence protéique du gène
C) la séquence nucléotidique de l’unité de transcription
D) la séquence nucléotidique de l’ARN messager
E) la séquence nucléotidique complémentaire à celle de l’ARN messager : VRAI

Q19. On constitue 4 banques différentes à partir des 4 échantillons suivants :

Banque 1 : ADN extrait de glandes mammaires normales.
Banque 2 : ADN extrait de tumeurs mammaires.
Banque 3 : ARN extrait d’une glande mammaire normale.
Banque 4 : ARN extrait d’une tumeur mammaire.

Pour étudier les gènes réprimés lors d’une transformation tumorale, il faut sélectionner les séquences :
(UNE REPONSE JUSTE)
A) communes aux banques 1 et 2
B) communes aux banques 3 et 4
C) présentes dans la banque 3 et absentes de la banque 4 : OUI
D) présentes dans la banque 4 et absentes de la banque 3
E) présentes dans la banque 2 et absentes de la banque 3.

Un gène réprimé n’aura pas d’équivalent ARNm dans le cytoplasme de la cellule ! Du coup, pour
voir quel gène est réprimé, on regarde quel ARNm manque ! La seule bonne réponse est la
réponse C !
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Q20. DONNEZ LES REPONSES JUSTES :
Pour exprimer une séquence eucaryote dans un vecteur d’expression procaryote :
1) Les séquences d’initiation (promoteur) et de terminaison de transcription sont bactériennes : Oui,
puisqu’on utilise les enzymes bactériennes !
2) La séquence traduite est la partie codante du cDNA : OUI, on utilise un cDNA qui est
complémentaire à l’ARNm eucaryote pour uen seul raison : un cDNA ne contient pas d’introns
et les bactéries ne font pas d’épissage ! La suite est logique…
3) La séquence clonée est le gène eucaryote : NON
4) Il faut fournir de l’ARN polymérase II eucaryote (pour transcrire des séquences eucaryotes) : NON,
l’ARN polymérase bactérienne suffit :
5) Il faut induire le promoteur bactérien par de l’α-amanitine : NON, c’est un inhibiteur !
B = 1+2 (bonne réponse)

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