Université d’Alger 1 2ème année SNV (sections A, B, C & D)
Département SNV Module Biochimie (TD)
2016/2017
TD : Acides aminés, peptides et protéines
Exercice 1
1-Ecrire en projection de Fisher la formule de la leucine naturelle.
2-Ecrire selon la représentation de Fisher la formule de différentes formes stéréoisomères de la
cystine.
3-les acides amines de la série L sont-ils obligatoirement lévogyres ?pourquoi ?
4-citer deux acides amines possédant chacun 2 carbones asymétriques, écrire ensuite les
diastéréoismères de l’acide aminé polaire.
5-expliquer le caractère amphotère des acides aminés.
6-Enumerer les acides amines qui absorbent fortement la lumière dans l’UV. Quel acide aminé présent
dans les protéines ne possède pas d’activité optique.
Exercice 2
-Ecrire la réaction d’ionisation de l’Arginine et de l’acide Aspartique quand on passe d’un milieu très
acide à un milieu très basique. Calculer leur pHi.
Les valeurs des pks d’ionisation de l’Arginine et de l’acide Aspartique sont les suivants :
Acide amine pK1 pK2 pK3
Arginine 2.17 9.04 12.48
Aspartate 2.1 9.8 4.2
-Indiquer leur charge nette à pH de : 1.0, 4.0, 7.6 et 10.
Exercice 3
On soumet un mélange d’histidine, d’arginine et d’acide aspartique à l’électrophorèse sur papier dans
un tampon à pH=5,2. Donner la position relative de ces 3 aminoacides après électrophorèse. Faire le
schéma de l’électrophorégramme.
A savoir : pHi His=7,6 ; pHi Asp=3,15 ; pHi Arg=10,16
Exercice 4 :
-On se propose d’étudier par électrophorèse un mélange composé de Glu (pHi= 3,22), Arg
(pHi= 10,75) et Tyr (pHi= 5,65). Quelle valeur de pH du milieu doit-on choisir pour que la Tyr reste
au voisinage du point de dépôt, avec migration du Glu vers l’anode et l’Arg vers la cathode ?
-Ce même mélange est soumis à une chromatographie d’échangeuse d’ions sur résine anionique. Quel
intervalle de pH de milieu doit on choisir pour retenir seulement Glu et Tyr sur la résine et éluer Arg.
Peut-on retenir l’Arg fixée à la résine et éluer les 2 autres acides aminés ?justifier votre réponse.
Exercice 5
Un mélange de peptides est soumis à une électrophorèse sur papier à un pH de 6,5.
Peptide 1 : His-Gly-Pro-Lys.
Peptide 2 : Glu-Leu-Cys-Asp.
Peptide 3 : Ala-Gly-Ile-Ser.
1) Indiquer la position des 03 peptides à la fin de l’expérience.
2) Lequel de ces peptides sera retenu par une résine échangeuse d’anions à pH = 8 ?
Exercice 6
1) On part d’un nonapeptide qui a donné par hydrolyse avec HCl 6N pendant 72h : 1Ala, 3Gly, 1Pro,
1Leu, 2Phe et 1Tyr. Ce nonapeptide :
- Ne donne pas de DNP-AA avec le DNFB.
- Réagit avec l’isatine (spécifique de la Pro).
- Donne par hydrolyse chymotrypsique 02 tripeptides (T1 et T3) et 01 dipeptide (D) + acide.
aminé libre.
- Donne par hydrolyse ménagée un tripeptide (T2).
2) Après hydrolyse des liaisons peptidiques par HCl 6N des tripeptides T1, T2 et T3 et du dipeptide
(D), suivi de la séparation des acides α-aminés des hydrolysats par chromatographie sur couche mince
et révélation à la ninhydrine, on obtient les résultats suivants :
Composition en acides α-aminés des fragments :
T1 : Gly, Tyr, Leu ; T2 : Gly, Ala, Phe ; T3 : Gly, Pro, Phe ; D : Gly, Phe.
La détermination de l’extrémité N-terminale par la méthode de Sanger donne pour T1 et pour
T2 Gly.
La détermination de l’extrémité C-terminale par hydrolyse enzymatique (carboxypeptidase)
donne pour T2 Ala.
Déduire de ces résultats expérimentaux la séquence des acides aminés dans les différents
peptides T1, T2, T3 et D ainsi que la séquence du nonapeptide de départ.
Exercice 7 :
Une protéine est étudiée en électrophorèse sur gel d’acrylamide en présence de SDS avant et après
oxydation performique. On calcul ainsi les masses moléculaires par comparaison avec des protéines de
masse moléculaire connue : 180 000 pour la protéine avant oxydation ; après oxydation 2 composantes
de masse respective 57000 et 33000 sont mise en évidence. Quelle est la constitution de cette protéine
en chaines peptidiques ?
Exercice 8 :
L’analyse d’une protéine montre qu’elle est formée de 03 chaines peptidiques différentes 1, 2, 3 ayant
les caractéristiques suivantes :
1 PM : 3500 pHi : 4,5
2 PM : 10000 pHi : 6
3 PM : 1000 pHi : 7
Les chaines peptidiques sont reliées entre elles par des ponts disulfures entre le peptide 1 et 2 et par
des liaisons hydrogènes entres le peptide 2 et 3. Citer les procédés de séparation et les techniques de
purification adaptés à ces peptides. Donner les résultats obtenus après leur séparation.
