ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRES DE JUIN-AOUT 2019 A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE

DE L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

INTRODUCTION

Mémoire de Technicien de Biologie Médicale Promotion 2016-2019

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Les maladies infectieuses, sont le résultat du développement d’agent

pathogènes microscopiques au sein d’un tissu ou d’un organe qui sont
d’origine bactérienne, virale ou mycosique, qui cause des maladies
infectieuses. Parmi ces infections on distingue l’infection urinaire qui
représente la deuxième pathologie infectieuse. L'infection urinaire (UI)
est l'une des infections la plus rencontrée en pratique de ville comme en
milieu hospitalier (GOBERNADO et al, 2007 ; SOULA et al, 1990 ;
ALAOUI et al, 1998). Les voies urinaires sont une source fréquente
d’infection à tout âge. Elles occupent une place importante parmi les
motifs de consultation.
Parmi les infections nosocomiales, les infections urinaires ont une place
non négligeable. Leur fréquence élevée pourrait s’expliquer par la
prolifération préférentielle de certains germes au niveau des voies
urinaires et la multiplicité des facteurs favorisants (âge, sexe, l’état du
patient). [1] Les IU sont fréquentes tant en milieu communautaire qu’en
milieu hospitaliers. L’intérêt porté ces dernières années aux infections
urinaires et leur prise en charge en thérapeutique anti-infectieuse reste
encore d’actualité.
En effet, ces infections constituent un véritable problème de santé
Publique tant par leur fréquence que par leur difficulté de traitement.
Leur fréquence élevée pourrait s’expliquer par la prolifération
préférentielle de certains germes au niveau des voies urinaires et la
multiplicité des facteurs favorisant. [2] Elle reste la plus fréquente des
infections en dépit des efforts de prévention. Elle est heureusement une
infection bénigne dans la majorité des cas.
Néanmoins les moyens mis en œuvre pour assurer son diagnostic et son
traitement représentent une part importante du budget de la santé. [3]
Elles sont le deuxième motif de consultation et de prescription
d’antibiotiques au cabinet du médecin et dans les services d’urgence,

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après les infections respiratoires, mais elles sont probablement la

première cause d’infection bactérienne. [4]
Elle est souvent associée à une anomalie des voies urinaires dont la
plus fréquente est le reflux vésico-urétéro rénal. Les signes et
symptômes des infections urinaires sont souvent non spécifiques, en
particulier chez le nourrisson et le nouveau-né. [5-8]
Devant la recrudescence et les conséquences graves que cette affection
pourrait entraîner chez la femme enceinte, les enfants et les sujets âgés,
plusieurs études lui ont été consacrées.
Aux Etats-Unis, les infections urinaires occupent la première place parmi
les infections nosocomiales. [52]
En France VEYSSIER au cours de ses travaux a trouvé que les
infections étaient essentiellement urinaires après un long séjour à
l’hôpital à 47 % et survenaient beaucoup plus chez les personnes âgées.
[53]
Leur traitement est le plus souvent probabiliste, mais l’émergence de
bactéries de plus en plus résistantes aux antibiotiques rend ces
traitements inefficaces. Le diagnostic au laboratoire des infections
urinaires reste donc un outil important de prise en charge autant sur le
point diagnostic que thérapeutique. [9]

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Objectif général:

Déterminer la prévalence des infections urinaires chez les patients reçus

Objectifs spécifiques :

1- Déterminer les facteurs de risque des infections urinaires

2- Identifier les microorganismes potentiellement responsables des
infections urinaires.
3- Indiquer la sensibilité aux antibiotiques des germes responsables.

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PREMIERE PARTIE :

GENERALITES

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I. GENERALITES SUR LES INFECTIONS URINAIRE

1. DEFINITION D'UNE INFECTION URINAIRE

Le terme d’infection urinaire regroupe des situations cliniques

hétérogènes qui ont comme caractéristique commune la présence de
quantités significatives de bactéries dans les urines [10]. C’est aussi la
présence dans les urines de nombreux leucocytes.

2. CLASSIFICATION

Il est classique de distinguer, selon la localisation anatomique, deux

situations :
Les cystites : infections localisées à la vessie, le plus souvent
d’origine bactérienne, bénignes, toujours d’origine ascendante.
Les pyélonéphrites : infections bactériennes urinaires avec
atteinte du parenchyme rénal, il s’agit d’une néphrite interstitielle
microbienne, potentiellement grave, atteignant le parenchyme par
voie ascendante, à partir de la vessie puis l’uretère, puis le
bassinet. Les termes d’infection urinaire haute et infection urinaire
basse sont aussi souvent employés et renvoient respectivement
aux infections localisées au rein et aux infections de la vessie. [11]

3. EPIDEMIOLOGIE

Les infections urinaires sont une des infections les plus fréquentes chez
les enfants. La prévalence de la maladie dépend de multiples facteurs,
notamment de l’âge et du sexe : Dans les trois premiers mois de vie, la
prévalence des IU est plus élevée chez les garçons : ainsi, parmi les
patients fébriles âgés de moins de trois mois, le risque d’IU est

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approximativement de 13% chez les filles, 2% chez les garçons

circoncis, 19% chez ceux qui ne le sont pas [5–8].
C’est dans la première année de vie que l’incidence du premier épisode
d’IU est la plus haute. [12] Chez les nourrissons, le risque d’IU est
estimé avant un an à 6% chez les filles et 3% chez les garçons ; après la
première année de vie, les infections urinaires sont beaucoup plus
fréquentes chez la fille que chez le garçon (8% des filles et 2% des
garçons avant l’âge de six ans) [5–8].
L’infection urinaire récidivante révèle très souvent une anomalie
malformative ou fonctionnelle des voies urinaires surtout chez le
nourrisson, anomalies dans 40 à 50 % des cas (reflux vésico-urétéral
dans 80 % des cas).
Un bilan étiologique urologique doit donc être réalisé dès la première
infection urinaire fébrile chez l'enfant (variation des explorations selon les
centres : au minimum échographie rénale et vésicale). [13]

4. ETIOLOGIE

Germes en cause dans les infections urinaires: Entérobactéries : 90 à

95% des cas, (dont : Escherichia coli 70 à 80% ; Proteus mirabilis 5 à
10% ; Klebsiella pneumoniae 4 à 8%). Parfois, Cocci + : Streptocoque D
et Staphylocoque. [13] La part occupée par E. coli est d’autant plus
importante qu’il s’agit de premier épisode et en l’absence d’uropathie
malformative, jusqu’à 88% dans certaines séries. Néanmoins, E.coli est
moins fréquent en cas d’infection survenant chez un enfant bénéficiant
d’une antibioprophylaxie [14].
Après E.coli, les trois espèces bactériennes jouant un rôle significatif
sont Proteus mirabilis, les entérocoques et Klebsiella spp. Les
staphylocoques, Pseudomonas aeruginosa, sont rarement impliqués

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chez l’enfant sans aucune atteinte pathologique. Staphylococcus

saprophyticus est une cause d’infection urinaire rencontrée surtout chez
l’adolescente [15].

5. RAPPEL ANATOMIQUE

Figure1 : Anatomie de l’appareil urinaire

L’appareil urinaire est divisé en deux. Il comprend en effet le bas

appareil, composé de l’urètre et la vessie, et le haut appareil urinaire,
bilatéral et symétrique, composé des uretères et des reins. L’urètre est le
premier obstacle à l’invasion des bactéries. Son sphincter limite la
colonisation. Sa longueur plus grande chez l’homme explique aussi la
moindre fréquence des infections urinaires dans le sexe masculin. [16]

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De plus, le système anti-reflux entre le rein et la vessie, limite la

progression des bactéries vers le haut appareil et donc le risque de
pyélonéphrite.

6. PHYSIOPATHOLOGIE

6.1 Origine de l’infection

L’arbre urinaire est normalement stérile, à l’exception de l’urètre distal

colonisé par la flore digestive (entérobactéries, streptocoques,
anaérobies), la flore cutanée (staphylocoques à coagulase négative,
corynébactéries) et la flore génitale (lactobacilles chez la femme). Les
reins sont protégés de l’invasion bactérienne par le sphincter vésico-
urétéral et le flux permanent de l’urine [17].
La flore digestive normale est habituellement le réservoir des bactéries
retrouvées dans les infections urinaires. L’infection est favorisée par la
présence d’une anomalie fonctionnelle ou organique responsable de la
colonisation de l’urine vésicale, de la stase urinaire ou du reflux des
urines vers le haut appareil.

6.2 Liés à la bactérie :

La virulence bactérienne, dans ce cadre d’uropathogénicité, est
également un facteur important qui a émergé ces dernières années [18].
En effet, toutes les souches bactériennes ne sont pas capables d’induire
une infection : certaines souches possèdent des facteurs spécifiques de
virulence, permettant une diffusion rapide depuis la flore fécale jusqu’au
parenchyme rénal.
L’histoire naturelle de l’infection urinaire débute donc par la colonisation
du tube digestif avec une souche uropathogène qui, grâce à la présence

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de facteurs de virulence, va coloniser l’aire péri urétrale et migrer le long

de l’urètre vers la vessie puis le long de l’uretère vers le rein [19].

6.3 Liés à l’hôte :

Selon le sexe : Distance courte urètre-anus chez le sexe féminin,
favorise un court trajet des bactéries vers le méat. [20]

7. PATHOLOGIQUES

Corps étranger : lithiase, sonde. - Obstacle voies urinaires : malformation

ou tumeur. [20]
- Diabète: Le diabète a été régulièrement incriminé.
Ce dernier pourrait favoriser les infections urinaires par différents
mécanismes :

Altération de la vidange vésicale : Modification de composition

de l'urine permettant une plus grande croissance microbienne.
- Insuffisance rénale - Incontinence
- Immunodéficience [21]
- La constipation est un autre facteur favorisant, car la stagnation
prolongée de matières fécales dans le rectum est une source
permanente d'infestation.
- Manque d’hygiène :

Le lavage : Le fait de s'essuyer d'arrière vers l'avant après être

allée à la selle favorise les infections en apportant des bactéries
vers le méat urinaire. [22]

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Le changement des couches de bébé : organes génitaux de nos

bébés sont en permanence entourés de couches. Même si on les
change le plus souvent possible, ces couches contiennent des
urines qui stagnent et des matières fécales. Les risques
d’infections ascendantes sont toujours possibles. Dans ce cas, les
microbes vont de l’extérieur de la couche, vers l’intérieur du
système urinaire.
- Le dysfonctionnement vésical ou l’immaturité vésicale : Les petits
éliminent mal la totalité de l’urine contenue dans leur vessie. Du
coup, l’urine stagne dans la vessie, ce qui favorise la multiplication
microbienne. [23]

8. RESISTANCE BACTERIENNE

Le niveau de résistance d’E.coli aux antibiotiques est variable d’un pays

à l’autre [24]. Il est particulièrement élevé chez l’enfant. Ce haut niveau
de résistance s’explique par la surconsommation d’antibiotiques dans les
infections respiratoires, premières causes de prescriptions en pédiatrie.
Ces prescriptions ont contribué à l’évolution de la résistance des
bactéries de l’écosystème intestinal. En effet, les traitements par amino-
pénicillines, céphalosporines ou cotrimoxazole sont fortement
générateurs de résistances acquises [25,26].
Pour E.coli, plus de la moitié des souches sont résistantes aux
pénicillines A, essentiellement par production de bêta-lactamases et
l’acide clavulanique ne restaure que très partiellement l’activitéde
l’amoxicilline. Le pourcentage de souches résistantes au cotrimoxazole
avoisine 20% et peut être plus élevé en cas d’antibioprophylaxie
préalable [15, 17,27 –28].

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Ces taux de résistance, résultent des schémas thérapeutiques

probabilistes (avant les résultats de la culture et de l’antibiogramme)
proposant l’amoxicilline, l’association amoxicilline–acide clavulanique, le
cotrimoxazole, validés par des études comparatives réalisées il y a
quelques années ou dans des pays où la résistance aux antibiotiques
est sensiblement plus faible. La résistance aux céphalosporines de
troisième génération injectables (C3Gi) reste limitée pour les souches de
E.coli isolées dans les infections urinaires de l’enfant (<2%).
L’augmentation des résistances associée à la diminution des nouveaux
antibiotiques mis sur le marché année après année est un sérieux
problème. La sensibilité au céfixime est généralement extrapolée de
celle des C3Gi. En fait, certaines études montrent une sensibilité
moindre au céfixime par rapport à ces dernières. Dans l’étude de
Goldstein, le pourcentage de souches sensibles au céfixime est évalué à
83 versus près de 99% pour les C3Gi [29].
Ces différences s’expliquent par le fait qu’E.coli possède dans son
patrimoine chromosomique une céphalosporinase chromosomique
constitutive très faiblement exprimée, qui lorsqu’elle est hyper exprimée
diminue plus rapidement l’activité du céfixime que celle des C3G
injectables [30].
Cela doit conduire à tester systématiquement cet antibiotique en
pédiatrie pour les E.coli isolés d’infection urinaire et remet en cause
l’utilisation du céfixime comme antibiothérapie probabiliste lors de la
mise en route du traitement d’une pyélonéphrite aiguë. Les souches
d’E.coli isolées d’infections urinaires restent dans la grande majorité des
cas sensibles aux aminosides dont la gentamicine [31].
Les entérocoques sont naturellement résistants aux céphalosporines et
aux aminosides.

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La résistance naturelle étant généralement de bas niveau, l’utilisation

des aminosides en association avec une aminopénicilline reste possible
en cas d’infection sévère du fait de la synergie. [28]

II. DIAGNOSTIC DES INFECTIONS URINAIRES

1. DIAGNOSTIC PARA-CLINIQUE

Reste important pour poser le diagnostic de certitude :

1.1. Prélèvement :
Conditions de prélèvement :
Les conditions suivantes doivent être remplies :
- Toilette périnéale soigneuse et séchage.
- Les organes génitaux externes doivent être soigneusement
nettoyés au savon puis avec un antiseptique, rincés largement à
l'eau stérile puis séchés avec une compresse stérile. Chez le
garçon, il est préférable de laisser le gland décalotté pendant la
miction. [32]
- Echantillon prélevé si possible le matin au réveil, sur les premières
urines qui se sont concentrées (si l’échantillon est prélevé dans la
journée, il faut demander au sujet d’essayer de ne pas uriner et de
ne pas boire pendant les 4 heures précédant le prélèvement). [33]

Les techniques de prélèvements :

Prélèvement d’urines en milieu de jet (per-mictionnel) :
C’est une technique non invasive. Le risque de contamination par la flore
péri-urétrale lors de la miction peut être réduit par une désinfection
soigneuse de la vulve, du prépuce ou du gland. C’est la technique à
utiliser chez les enfants ayant des mictions volontaires. Cette méthode

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peut être proposée aussi chez les nourrissons et chez les enfants trop
jeunes pour uriner sur commande. Elle demande de la patience, mais
ces résultats sont meilleurs que ceux obtenus par la technique de
prélèvement utilisant une poche. Elle doit donc être privilégiée dans la
mesure du possible.

Prélèvement utilisant un collecteur d’urines (poche à urine) :

C’est la technique la plus utilisée chez les enfants de moins de deux à
trois ans. Il expose à une contamination par la flore commensale du tube
digestif (exp: E. coli) présente de façon habituelle sur la vulve et le
prépuce.
La poche adhésive doit être enlevée dès l’émission des urines et, de
toute façon, ne doit pas rester en place plus de 30 minutes. Une
technique rigoureuse de désinfection et un temps de pose bref réduisent
le risque de contamination mais ne l’excluent pas, si bien que de très
nombreux auteurs et recommandations internationales remettent en
cause l’intérêt du prélèvement par poche.

Ponction sous-pubienne :
C’est la technique la plus fiable. C’est un acte médical qui expose à peu
de risques graves, mais il est invasif, douloureux, exige du temps et des
ressources. Enfin, il n’est pas rare qu’il échoue. Sa réalisation sous
échographie permet d’en améliorer le rendement.

Prélèvement par cathétérisme :

Le prélèvement par cathétérisme en utilisant une sonde souple, pré
lubrifiée, est aussi une technique fiable, mais elle partage en partie les
mêmes inconvénients. Si le cathétérisme « aller-retour » ne pose pas de
problème technique chez les filles, il est plus difficile à réaliser chez le

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garçon. Les risques d’IU iatrogène et de lésions urétrales chez le garçon

ne sont pas chiffrés, mais semblent faibles. Il est recommandé d’éliminer
les premières gouttes d’urine pour le prélèvement. [34, 35, 36]

1.2. Transport et conservation de prélèvement :

Les urines, une fois recueillies, doivent être examinées dans les heures
qui suivent et par conséquent immédiatement transportées au
laboratoire. En cas d'impossibilité, il importe de les conserver au
réfrigérateur entre 0 et +4°C, car à température ambiante, les rares
bactéries de l'urine normale se multiplient rapidement risquant de faire
poser à tort le diagnostic d'infection urinaire. [37] Au-delà de 12h à 4°C,
elle ne sera pas modifiée, mais les leucocytes peuvent s'altérer et se
grouper en amas. [32, 38].
Un autre moyen permettant d’empêcher toute prolifération bactérienne
est de mettre l’urine en présence d’un agent bactériostatique sous forme
de poudre comme l’acide borique. Le système permet une conservation
des urines à T° ambiante pendant 24h sous modification notable du taux
de bactérie et sans altération des leucocytes. C’est un système simple,
mais plutôt onéreux nécessite le remplissage du flacon selon les
indications du fabricant afin d’obtenir la concentration optimal du
conservateur. L’acide borique est susceptible de diminuer la sensibilité
de la recherche de leucocyte estérase par bandelettes urinaires. [39]

1.3. Renseignement accompagnant le prélèvement :

Les renseignements sont indispensables car ils permettront au
microbiologiste d’optimiser l’analyse et son interprétation.
Ils concernent l’Age et le Sexe du patient, le mode et l’heure du
prélèvement, les motifs de la demande, les antécédents d’infection
urinaire, la notion d’une maladie concomitante. [39]

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2. DIAGNOSTIC DE L’INFECTION URINAIRE PAR LES BANDELETTES

REACTIVES

Figure 2 : Bandelettes réactives

La bandelette urinaire permet d'éviter un grand nombre d'ECBU avec un

niveau de sécurité important. [33] L'intérêt essentiel du dépistage par les
bandelettes urinaires destinées à la recherche des leucocytes, des
nitrites, de la présence de sucre et de protéines, réside dans sa
praticabilité au lit du malade et dans sa valeur prédictive négative.
Ce qui peut permettre de diminuer la fréquence des examens
cytobactériologiques. Les bandelettes réactives détectent :
- Le leucocyte estérase produite par les polynucléaires neutrophiles.
Le seuil de sensibilité est de 104 leucocytes par ml.
- Les nitrites qui témoignent de la présence de bactéries,
essentiellement les entérobactéries, ayant un nitrate réductase
capable de transformer les nitrates en nitrites. [32] La bandelette
doit être trempée dans les urines fraîchement émises, dans un
récipient propre émises, Et sec mais non stérile. [33]
2.1. La manipulation
Elle est simple, il faut immerger brièvement la bandelette de manière à
ce que toutes les zones réactives soient au contact de l'urine.

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2.2. La lecture
Elle est faite en rapprochant la bandelette de l'échelle colorimétrique
visuellement. [40]

2.3. Interprétation des résultats

Une bandelette est considérée comme négative, si on ne détecte ni
leucocyturie, ni nitrites. Correctement réalisée, elle permet d’exclure une
infection urinaire avec une excellente probabilité ; car les bandelettes
réactives sont une sensibilité de 90 % et une spécificité de 70%. Il existe
un risque très faible (≈ 3%) de faux négatifs pour le test des nitrites en
cas de :
- bactériurie faible ;
- régime restreint en nitrates ;
- pH urinaire acide ;
- traitement diurétique ;
- bactéries non productives de nitrites : streptocoques,
entérocoques, acinetobacter spp, staphylocoque saprophyticus.
Une bandelette est considérée comme positive si on détecte une
leucocyturie et/ou des nitrites. [33]

Indication :
Suspicion de cystite simple
Seule la bandelette est indiquée. Si la bandelette est négative, un autre
diagnostic (Exp : cystalgie à urines claire) doit être envisagé. Si la
bandelette est positive, un traitement probabiliste sera débuté.
Autres infections urinaires

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La bandelette ne peut pas être considérée comme une méthode

pertinente de diagnostic. Un ECBU est nécessaire pour l’identification et
la sensibilité aux antibiotiques de la bactérie en cause. [33]

3. DIAGNOSTIC DE L’INFECTION URINAIRE PAR L’EXAMEN

CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES : ECBU

Le diagnostic d'infection urinaire repose sur un examen simple :

l'examen cytobactériologique des urines (E.C.B.U.) avec numération des
germes. [41]
L'examen cytobactériologique des urines (ECBU) a pour objectif de
recueillir l'urine vésicale, normalement stérile, en évitant sa
contamination, lors de la miction par la flore commensale qui colonise
l'urètre et la région périnéale [33]. L'E.C.B.U doit être pratiqué avant tout
traitement antibiotique qui risquerait de fausser les résultats. [41]
L'ECBU permet d'apprécier de façon quantitative et qualitative la
présence d'éléments figurés (leucocyturie, hématurie, cellules
épithéliales) et de micro-organismes (bactériurie, candidurie). Pour avoir
de bons résultats, il faut respecter les conditions de recueil, de
conservation et de transport d’urine. [42]

3.1. Examen macroscopique

L’examen macroscopique permet de noter les principaux caractères des
urines émises, en l’occurrence :
- L’aspect qui peut être limpide, louche, trouble.
- La couleur qui peut être jaune pâle, ambrée, hématique ou
éventuellement colorée par les médicaments.

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- La présence de sédiments et leur abondance donnant un aspect

floconneux, cristallin, blanchâtre (phosphate), rouge brique (acide
urique) ou rose. [43]

3.2. Examen microscopique

Il comprend un examen cytologique et un examen bactériologique.

Examen cytologique
Il est considéré comme le témoin d'une atteinte inflammatoire des tissus
de l'arbre urinaire. Parmi les méthodes de mesure, la numération en
cellule (Mallassez ou Thomas) sur une urine non centrifugée mais
homogénéisée, avec quantification des leucocytes par millimètre cube
ou par millilitre, s'est imposée comme une méthode simple, rapide et
fiable. Il est également utile de reconnaître et de quantifier les hématies
et les cylindres.

Examen bactériologique
La pratique d'une coloration de gram, sur une urine centrifugée permet
de connaître la morphologie des bactéries, alors que sur une urine non
centrifugée et homogénéisée, elle permet en plus d'effectuer une
numération semi-quantitative des bactéries. Cet examen est hautement
recommandé car il permet une orientation diagnostique en facilitant le
choix des milieux de culture et des conditions de diagnostique en
facilitant le choix des conditions de culture spécifiques.

3.3. Mise en culture

Elle permet d’obtenir des colonies isolées sur les milieux gélosés coulés
en boite de Pétri. Ces milieux d’isolement sont:

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- La gélose ordinaire nutritive, elle convient à la culture des germes

ne présentant pas d’exigences particulières ;
- Les milieux sélectifs : ce sont des milieux utilisés pour l’isolement
des bacilles Gram négatif (Marc conkey, Hektoen) ;
- Une gélose au sang voire une gélose chocolat : sous 10% de CO2
selon les résultats de l’observation microscopique. La culture se
fait à la température de 37° C et un temps d’incubation de
18heures à 24 heures.

3.4. L’identification
La technique à utiliser découle de la morphologie des colonies
complétée si besoin d’une coloration de Gram et de recherche de
l’oxydase et de la catalase. [44] La lecture est effectuée après au moins
18 heures d’incubation à 37° C

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Figure 3 : Identification des bactéries

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Figure 4: Algorithme d’identification des principaux genres de bacilles à

Gram négatif
3.5. Interprétation
Classiquement, on parle de bactériurie significative lorsqu’il existe au
moins 105 bactéries par ml d’urines. Une leucocyturie est significative à
partir de 104 leucocytes par ml. Cependant, il a été démontré qu’il existait
des infections urinaires vraies avec un taux de 102 à 103 bactéries par ml
d’urines. Il est généralement admis que le diagnostic d’infection urinaire
nécessite un taux moins élevé de bactéries par ml chez l’homme (103 ou
104) que chez la femme (104). [45]

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Tableau I : Interprétation des résultats

Leucocytes Bactéries
résultats Interprétation
par ml par ml

≤ 104 ˂ 103 Négative Urines normales

>104 ≥105 Positive Infection urinaire certaine

Infection urinaire possible à
>104 ≥103 et <105 Positive recontrôler (urétrite, prostatite
chronique)
Infection urinaire décapitée
par antibiotique. Penser à la
tuberculose, la bilharziose,
>104 < 103 Négative une néphropathie interstitielle
chronique, une urétrite,
tumeur urothéliale, lithiase,
germes exigeants.
Souillure surtout si les
espèces appartiennent à des
germes multiples. se fait au
≤ 104 > 103 Positive bout de 24 heures
d’incubation à 37° C. En
fonction du diamètre.
Recontrôler l’ECBU

Le biologiste donne les renseignements suivants :

- Le nombre de leucocytes : un taux supérieur ou égal à 105
leucocytes/ml d'urines fraîches est pathologique. Parfois, il y a tant
de leucocytes altérés (cellules de pus) qu'on parle de " pyurie".

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- Le nombre de microbes : pour qu'il y ait infection, il faut qu'on

trouve au moins 105 germes/ml à condition que ce taux ne
concerne qu'un seul et même microbe.

En-dessous de 104 germes/ml, il n'y a pas d'infection urinaire. Entre 104

et 105, le doute subsiste et l'examen doit être recommencé.
- Le nom du microbe: Escherichia Coli, Proteus, Klebsiella,
Pyocyanique, Aerobacter, Streptococcus fæcalis etc....
- L'antibiogramme étudie la sensibilité du germe aux antibactériens.

Parfois, l'ECBU met en évidence des "souillures". Il s'agit dans ce cas,

d'un prélèvement d'urine mal fait, dans des conditions d'hygiène
Défectueuse qui ont permis sa contamination (phimosis serré chez le
garçon, diarrhée, vulvite chez la fille etc.).[41]

3.6. L’antibiogramme :

Figure 5 : Exemple d’un antibiogramme

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L’antibiogramme permet l’étude de la sensibilité d’une souche

bactérienne aux divers antibiotiques. L’antibiogramme peut se réaliser
selon deux méthodes :

- La méthode de dilution en milieu liquide ou solide :

Elle est plus précise mais peu utilisée car plus longue, fastidieuse
et coûteuse nécessitant de nombreux tubes pour chaque
antibiotique ;

- La méthode de diffusion en gélose :

Elle est couramment utilisée et plus rapide. Dans ce cas, elle
consiste à déposer à la surface de la gélose d’une boite de pétri,
des disques de papier buvard imprégnés de différents antibiotiques
testés. Chaque antibiotique diffuse au sein de la gélose à partir du
disque et y détermine des concentrations. L’inhibition va se
traduire par une zone circulaire dépourvue de culture autour du
disque. La lecture d’inhibition de la pousse autour du disque
d’antibiotique, on dit que le germe est sensible (S), résistant (R) ou
intermédiaire (I) [46 ,47].

4. DIAGNOSTIC DIFFERENTIEL
- Bactériurie < 105 germes/ml surtout en l'absence des signes
cliniques : Contamination: refaire le prélèvement ;
- De même en cas de germes multiples, de leucocyturie sans
germes ;
- leucocytaire isolée : contamination ;
- Candidose urinaire rare ;
- Tuberculose urinaire exceptionnelle.
5. EVOLUTION

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Immédiate:
Satisfaisante sous traitement approprié avec apyrexie en 36 à 48
heures. Si persistance d'un état fébrile, rechercher :
- une résistance de germes (antibiogramme).
- une localisation secondaire, non exceptionnelle chez le nouveau-
né et le nourrisson (fréquence des bactériémies : abcès cérébral,
arthrite ...).

A long terme:
Infection sur un organe en croissance avec risque de séquelles rénales.
L'agression parenchymateuse peut entraîner la formation des cicatrices
corticales et se manifester à long terme par une HTA, une insuffisance
rénale. Ce risque est en corrélation avec le délai de mise en œuvre d'un
traitement efficace d'une PNA ; il est majoré lors d'uropathie sous-
jacente. [39]

III. PROPHYLAXIE
Si votre enfant n’est pas encore propre, changez fréquemment sa
couche.
Au moment de l’apprentissage de la propreté, apprenez à votre fille
à s’essuyer de l’avant vers l’arrière afin d’éviter que les bactéries
de son rectum entrent en contact avec ses voies urinaires.
Au moment du bain, évitez les bains moussants et les savons
parfumés, qui peuvent irriter l’urètre.
Apprenez à votre enfant à ne pas se retenir lorsqu’il a envie
d’uriner : vider régulièrement sa vessie permet d’éviter la
prolifération des bactéries dans la vessie.

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Prévenez la constipation chronique de votre enfant, car cette

condition est souvent associée aux infections urinaires à répétition.

La circoncision prévient-elle les infections urinaires?

La prévention des infections urinaires est l’un des motifs invoqués en
faveur de la circoncision. Certaines études indiquent en effet que cette
intervention chirurgicale pourrait réduire la fréquence des infections
urinaires chez les garçons de moins de 1 an. [48]

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DEUXIEME PARTIE :

NOTRE ETUDE

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CHAPITRE I :
MATERIEL ET METHODES

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I. MATERIEL
1. TYPE ET LIEU DE L’ETUDE
Il s’agit d’une étude descriptive de type transversale. Cette étude est
réalisée au laboratoire de Microbiologie médicale de l’institut pasteur de
Côte d’Ivoire à Abidjan.

2. PERIODE DE L’ETUDE
Cette étude s’est déroulée sur une période de trois mois, de Juin à Août
2019.

3. POPULATION ETUDIEE
Cette étude a concerné :
- Des patients qui se sont présentés au laboratoire de
Microbiologie médicale de l’institut pasteur de Côte d’Ivoire à
Abidjan pour le dépôt d’un prélèvement urinaire et ceci dans le
cadre d’une suspicion clinique d’une infection urinaire. Ces patients
ont préalablement consulté un médecin ou un généraliste, et ont
été redirigés vers le laboratoire.
- Des patients hospitalisés au sein du CHU de Cocody et des
patients du service d’urologie.

3.1. Critères d’inclusion

Les critères d’inclusion retenus pour la sélection des sujets de l’étude :
- Les patients présentant les signes d’une infection urinaire (cités
dans la fiche de renseignement).

3.2. Critères d’exclusion

- Les patients dont le bulletin ne mentionne pas l’ECBU.

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II. METHODES
1. ECHANTILLONNAGE
Notre population est constituée de 265 patients ambulant et hospitalisé
pour certains au CHU de Cocody et de patient du service d’urologie, qui
se sont présentés au laboratoire de microbiologie de l’institut pasteur de
Cocody.

2. RECUEIL DES DONNEES

Pour chaque patient, nous avons reporté sur une fiche de renseignement
(voir l’annexe A) les données épidémiologique concernant :
- Numéro d’échantillon ;
- Le sexe ;
- L’âge ;
- L’origine du patient *Hospitalisation ou pas ;
- Aspect ;
- Flore ;
- Gram ;
- Forme des bactéries ;
- Les pathologies associées ;
- Antibiogramme ;
- Traitement reçu.

3. SAISIE DES DONNEES ET ANALYSE STATISTIQUES

Nous avons établi une base de données sur le logiciel Microsoft Excel où
les données épidémiologiques, ainsi que les résultats de l’ECBU ont été
reportées pour faire l’analyse statistique. Les données saisies ont permis
d’établir les représentations graphiques, les comparaisons des
proportions.

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4. MATERIEL DE PRELEVEMENT URINAIRE

Pour effectuer le prélèvement urinaire, nous avons utilisé le matériel
suivant :

Le pot stérile pour ECBU : pour les enfants et les adultes

Figure 7 : Pot stérile pour ECBU

4.1. Echantillons
Durant la période d’étude nous avons collecté 265 prélèvements.

4.2. Matériel de laboratoire

Pour la réalisation de cette étude nous avons utilisé le matériel suivant :
- Gants ;
- Plateau ;
- Portoir ;
- Tubes à hémolyses ;
- Bandelettes réactives pour ECBU ;
- Pipettes pasteur ;
- Boites de Pétri avec gélose ;
- Microscope optique ;
- Lame (26*76 mm) ;
- Pipette automatique ;

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- Pointes de pipette ;
- Bec bunsen ;
- Etuve réglée à 37°C.

4.3. Milieux de culture

Les milieux de cultures utilisés lors de l’étude sont :
Gélose nutritive : Milieu de base qui permet la culture des
bactéries non exigeantes.

Gélose Mac Conkey ,Gélose EMB :

- La gélose Mac Conkey est un milieu sélectif pour l'isolement des
entérobactéries. En effet, elle contient des agents sélectifs qui
freinent le développement des bactéries à Gram positif: cristal
violet et sels biliaires.
- L'orientation de l'identification est basée sur l'utilisation du Portoir
réduit de Leminor.

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5. METHODOLOGIE DE L’ETUDE
L’ET

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6. PRELEVEMENT
Préparation du malade :

Pour le nourrisson :
Chez le petit enfant on doit utiliser un collecteur stérile spécifique (poche
adhésive stérile). Ce dispositif à usage unique adapté à l'anatomie se
pose après désinfection soigneuse de la partie uro-génitale du bébé et
ne peut être laissé en place plus de 30 minutes. Passé ce délai, si
l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et remplacé par un
collecteur neuf. Dès la miction terminée le collecteur est enlevé et les
urines sont transvasées soigneusement dans un flacon stérile puis
acheminées rapidement vers le laboratoire.

Pour l’enfant et l’adulte:

Lui demander de réaliser une toilette génito-urinaire à l'eau et au savon
et de bien rincer, en lui expliquant comment faire :
- Lui demander de se laver les mains
- Lui demander de faire une toilette intime minutieuse en allant du
pubis vers l'anus.
- Lui demander de jeter les premières gouttes d’urine et de recueillir
le milieu du jet sur les premières urines du matin, dans le flacon
stérile sans mettre les doigts à l'intérieur de celui-ci et faire
attention à ne pas mettre en contact le flacon avec la région
génitale.

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Acheminement au laboratoire :
Transporter au laboratoire le plus rapidement possible, ou
conserver à 4°C dans une glacière si le délai supérieur à 1h.
- Identifier le prélèvement et le placer dans le plateau métallique
prévu à cet effet.
- Remplir les informations sur le patient : la fiche de renseignement
doit être remplie pour mieux orienter le déroulement de l’ECBU
surtout si on a une cytologie négative.

7. EXAMEN MACROSCOPIQUE
- Durant cet examen on va noter les données suivantes :
Couleur : jaune clair, jaune citrin, rouge ...
- Aspect : présence de trouble ou pas
- Odeur : si particulière

• Test biochimique :
Ce test est réalisé pour tester les paramètres suivants :
- PH
- Présence d’albumine
- Présence d’acétone
- Présence de nitrite

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Figure 8 : Test biochimique d’urine (bandelette réactive)

8. EXAMEN MICROSCOPIQUE
C’est un examen à la fois qualitatif et quantitatif l’échantillon est examiné
au microscope optique pour :
8.1 L’examen quantitatif

Examen directe à l’état frais

Cet examen est réalisé en déposant deux gouttes d’urine étendue entre
une lame et lamelle sans coloration, puis examiner sous microscope à
l’objectif 40. Il permet de préciser l’existence des microorganismes dans
l’urine : hématies ; leucocytes ; cylindres ; cristaux, leur mobilité, et
estimer leur nombre et d’isoler celles en cause.

Mais ce test doit être évidemment complété par la coloration de frottis

(Gram).

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Figure 9 : Examen microscopique d’une urine

8.2 L’examen qualitatif

Coloration de Gram
Cet examen reste indispensable en apportant des informations
immédiates au clinicien sur le type de bactéries impliquées permettant
d’adapter le traitement [54]. Cette coloration permet d’étudier la
morphologie des germes et le Gram différentiel et est suivi par la culture
systématique sur milieu approprié.

Figure 10 : Coloration de Gram

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9. CULTURE
La mise en culture doit répondre à un double objectif : isolement et
numération des espèces bactériennes. C’est la seule méthode qui
permet une identification exacte des microorganismes qui
colonisent l’urine. Une très grande majorité de bactéries
responsables d’infection urinaire ne sont pas exigeantes et
sont cultivées sur gélose ordinaire, gélose nutritive (GN). Dans
un premier temps, l’ensemencement est réalisé en prélevant une
goutte de l’échantillon qui est déposé sur la surface de la GN à
ensemencer. Elle permet :

L’identification bactérienne
La numération des germes
Réalisation de l’antibiogramme
- Procédure : Mise en culture de l’échantillon en étalant un volume
précis d’urine (10 µl) sur une boite de Pétri contenant une gélose
nutritive et une gélose de Mac conkey, puis on doit les mettre à
étuve à 37°C pendant 24h voire 48 h si besoin, la poursuite de
l'analyse microbiologique dépend de l'interprétation
cytobactériologique.

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Figure 11 : Ensemencement d’urine

10. IDENTIFICATION
Elle consiste à effectuer des tests biochimiques par une méthode
spécifique à chaque famille de germe.

Pour l'identification la technique à utiliser découle de la morphologie des

colonies (taille, pigmentation), complétée si besoin d'une coloration de
Gram et de la recherche de caractères biochimiques (l’oxydase et de la
catalase).
Le nombre limité d'espèces microbiennes impliquées simplifie le choix de
la galerie commerciale à utiliser. Le comptage des colonies se fait après
24h d’étuvage à 37°C, en suivant le même principe de la figure 11 :

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Figure 12 : Numération bactérienne sur ensemencement urinaire

NB : L'absence de culture lorsque des bactéries ont été vues à l'examen

direct, chez un malade non traité par des antibiotiques doit
conduire à refaire l'ECBU.

11. ANTIBIOGRAMME
Ensemencement :
A partir d’une culture de 24 h sur milieu gélosé non sélectif, préparer une
suspension en bouillon Mueller-Hinton.
Ensemencement se fait par : La méthode de référence et la plus utilisée
est la méthode par diffusion en milieu gélosé.
Elle repose sur l’ensemencement par écouvillonnage, d’une suspension
bactérienne de densité connue et standardisée (0.5 Mcfarland), on
dispose ensuite les disques chargés d'antibiotiques et on incube cette
boite dans une étuve à 37°c.
Au bout de 24 h, on lit les différents diamètres d’inhibition et on peut
conclure en comparant ceux-ci aux abaques de lecture.

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Figure 13 : Antibiogramme

Interprétation de l’antibiogramme :
Les abaques de lecture se présentent sous forme de bandes présentant
deux données qui délimite les zones :
Sensible: La bactérie est détruite par l'antibiotique à concentration
élevée.
Intermédiaire: la bactérie est sensible à l'antibiotique testé mais à
une concentration faible.
Résistante: L'antibiotique testé est sans effet sur la souche
bactérienne.
Un report du diamètre mesuré sur la boîte permet de conclure
rapidement.

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Voilà un exemple de table de lecture de l’antibiogramme des

entérobactéries (Concentrations et diamètres critiques pour
les diverses classes d’antibiotiques) :

Figure 14 : Concentrations et diamètres critiques pour les diverses

classes d’antibiotiques pour les entérobactéries.

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CHAPITRE II :
RESULTATS

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I. CARACTERISTIQUES DE LA POPULATION GENERALE

1. REPARTITION DES SUJETS EN FONCTION DU SEXE

HOMME
FEMME

Figure 15 : Distribution des sujets en fonction du sexe

Selon le sexe 160 patients soit 60% sont de sexe masculin, et 105 patients soit
40% sont de sexe féminin, avec un sex-ratio sexe masculin / sexe féminin de
0.64.

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2. REPARTITION DES SUJETS EN FONCTION DE TRANCHE D’AGE

300

250

200

150
251
100

50

0 14

ENFANTS ADULTES

Figure 16 : Distribution des sujets en fonction de tranche d’âge

5% de notre population est constituée d’enfants et 95% des adultes.

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II. REPARTITION DES ECHANTILLONS SELON LE RESULTATS DE CULTURE

POSITIF
NEGATIF
CONTAMINANT A REPRENDRE
INDETERMINE

Figure 17 : Répartition des échantillons selon le résultat de la culture.

Après ensemencement sur gélose nutritive, 21 % des échantillons se sont

révélés positifs, 67% échantillons se sont révélés négatifs. Les échantillons
souillés 10% (contaminés) renfermaient une flore polymicrobienne, donc un
nouveau prélèvement étaient nécessaire, et 2% des germes isolés n’ont pu être
mis en évidence.

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III. CARACTERISTIQUES DE LA POPULATION AVEC INFECTION URINAIRE

24%

POSITIF
NEGATIF

76%

Figure 18 : Taux de prévalence de l’infection urinaire

Parmi les 265 patients inclus dans notre étude, 56 ont présenté une infection
urinaire confirmée par l’examen direct et la culture, soit un taux de prévalence de
24%.

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1. REPARTITION DES CAS D’INFECTION URINAIRE SELON LE SEXE

39%

HOMMES
FEMMES

61%

Figure 19 : Répartition des patients ayant une infection urinaire en fonction du

sexe

Pour les infections urinaire 61% de sexe féminin contre 39% de sexe masculin.

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2. REPARTITION DES PATIENTS ATTEINTS D’INFECTION URINAIRE SELON

L’AGE

60

50

40

30
52

20

10

4
0
ENFANTS ADULTES

Figure 20 : Répartition des patients ayant une infection urinaire en fonction de

tranche d’âge

On a 7% des enfants et 93 % des adultes atteintes d’infections urinaires.

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3. REPARTITION DES PATIENTS ATTEINTS D’INFECTION

D’INFECTION URINAIRE SELON
S
L’AGE ET LE SEXE

35 56%

30 HOMME FEMME

25 37%

20

15

10
5%
5
2%

0
ENFANT ADULTE

Figure 21 : Répartition des patients ayant une infection urinaire en fonction de

l’âge et le sexe

Cette répartition montre chez les enfants une prédominance

prédomina masculine,
contrairement aux adultes l’on a une prédominance féminine.
fémin Cette
prédominance féminine s’e
explique par l’anatomie de l’appareil urinaire
urin féminine,
qui est composée d’un urètre
ur court qui mesure environ 5 cm
m de longueur et
s’ouvre entre le clitoris et l’ouverture
l’o du vagin dans le vestibule
bule de celui-ci. Son
ouverture est insuffisante pour protéger contre les souillures du vagin et du
rectum ; de ce fait, il y a souvent des contaminations microbienn
obiennes avec des
irritations inflammatoires.
s. Contrairement
Contr à celui de l’homme qui mesure environ
20 à 25 cm ce qui diminue
inue le risque d’infection urinaire. L’effe
et des secrétions
prostatiques permet d’offfrir chez l’homme une protection
on supplémentaire.
s

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4. REPARTITION DES GERMES RESPONSABLES D’INFECTION URINAIRE

E.coli
5%
5%
S.aureus
8% 27%
K.pneumoniae + E.faecalis

Acinetobacter
15%

S.coag nég + Levure

P.aeruginosa+ Strepto B
22%
18%
K.oxytoca + M.morgani+Enterobacter
aerogenes

Figure 22 : Répartition des infections urinaires chez l’enfant et l’adulte

On constate une prédominance d’E.coli un taux de 27%.

Ceci s’expliquer que par le faite que cette espèce est la plus dominante de la flore
intestinale et qu’elle peut migrer vers l’intestin puis vers l’appareil urinaire.
Par ailleurs E.coli fait partie des coliformes fécaux, donc un mauvais nettoyage de
la partie intime peu facilement provoquer l’entrer de la bactérie dans la vessie.

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5. LA RESISTANCE DES ENTEROBACTERIES AUX ANTIBIOTIQUES

Lorsqu’une bactérie est isolée à partir d’un prélèvement, sa sensibilité aux

antibiotiques doit être recherchée. Ce test est capital, il permet de choisir un
antibiotique adéquat pour le traitement. La détermination de l’activité des
antibiotiques est réalisée par la méthode de diffusion sur gélose (Mueller
Hinton), et l’interprétation a été faite selon les normes du Comité de
l’antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CASFM).
Lors de notre étude nous avons cherché à déterminer la sensibilité et la résistance
des microorganismes identifiés à différents antibiotiques.

80 76 % 76 %
70
60
50 41 %
38 %
40
30 20 %
16 % 17 %
20 12 % 13 %
10
0

Figure 23: La résistance des entérobactéries aux antibiotiques

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5.1 La résistance de E.coli aux antibiotiques

101%
100%
100%
Résistant Sensible
99%
98%
97%
97%
96%
95%
94% 94%
94%
93%
92%
91%
Amoxiciline Imipenème Fosfomycine Cefoxitine et
Ciprofloxacine

Figure 24: La résistance d’E.coli aux antibiotiques

Dans notre étude on a constaté une résistance d’E.coli à l’Amoxicilline (94%), sensible à
lmipenème (100 %), et la Fosfomycine à 97 %. Concernant Cefoxitine, Ciprofloxacine la
bactérie exprime la même valeur 94% de sensibilité.

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5.2 La résistance de Klebsiella pneumoniae aux antibiotiques

120%
Résistant Sensible
100% 100%
100%
87%

80% 75%

60%

40%

20%

0%
Amoxiciline Ticarcilline Gentamicine Cefazoline

Figure 25: La résistance de Klebsiella pneumoniae aux antibiotiques

Les souches résistaient à l’Amoxicilline et à la Ticarcilline par contre elles

sont sensibles à 87 % à la Gentamicine, et à la Cefazoline à 75 %.

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5.3 La résistance de Staphylocoque aureus aux antibiotiques

120%

99% Résistant Sensible

100%
81%
80%

60% 51%

40%

20%
1%
0%
Métilicine Tétracycline Ofloxacine Cotrimoxazole

Figure 26: La résistance de Staphylocoque aureus aux antibiotiques

Les souches isolées étaient résistantes, mais aussi sensibles au

cotrimoxazole.

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5.4 La résistance de Pseudomonas aeruginosa aux antibiotiques

120%
Résistant Sensible

100%

80%

60%
100% 100% 100% 100%
40%

20%

0%
Ceftazidime Ticarciline Tobramycine Gentamicine

Figure 27: La résistance de Pseudomonas aeruginosa aux antibiotiques

Les souches résistaient à la Ceftazidime, Ticarcilline à 100 %, et sensible à

la Tobramycine, et Gentamicine à 100 %.

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5.5 La résistance de Staphylocoque à coagulase négative aux

antibiotiques

120%
Résistant Sensible

100%

80%

60%
100% 100% 100% 100%
40%

20%

0%
Cefoxitine Fosfomycine Rifampicine Ciprofloxacine

Figure 28: La résistance de staphylocoque à coagulase négative aux

antibiotiques

Les souche résistaient à la Cefoxitine et la Fosfomycine (100 %) par

contre elles étaient sensibles à d’autres antibiotiques comme la
Rifampicine, et la Ciprofloxacine (100 %).

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5.6 La résistance d’Enterobacter aerogenes aux antibiotiques

120%

100%

80%

60%
100% 100%
40%
57% 55%
20%

0%
Amoxiciline Céfalotine Ticarcilline Pipéracilline

Résistant Sensible

Figure 29: La résistance d’Enterobacter aerogenes aux antibiotiques

La bactérie résistait à l’Amoxiciline et à la Céfalotine à 100 % et par

contre elle est sensible à la Ticarcilline (57%) et Pipéracilline (55 %).

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5.7 La résistance de Streptococoque B aux antibiotiques

120%

100%

80%

60%
100% 100% 100% 100%
40%

20%

0%
Péniciline Rifampicine Clindamycine Ampiciline et
céfotaxime

Résistant Sensible

Figure 30: La résistance de streptococoque B aux antibiotiques

La souche résistait à la Pénicilline, la Rifampicine, la Tétracycline et

la Clindamycine (100 %) mais sensible à l’Ampicilline et la Céfotaxime (100%).

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5.8 La résistance d’Enterococcus faecalis aux antibiotiques

120%
Résistant Sensible

100%

80%

60%
100% 100% 94% 100%
40%

20%

0%
Oxalicine Lincomycine Amoxiciline Colistine

Figure 31: La résistance d’Enterococcus faecalis aux antibiotiques

La souche résistait à l’Oxalicine, Lincomycine, et à la Colistine à 100%

mais sensible à l’Amoxiciline à 94%.

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CHAPITRE III :
DISCUSSION

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La présence d’une leucocyturie supérieure ou égale à 1000/ ml avec ou

sans hématurie et d’une bactériurie nous a permis de porter le diagnostic
d’une infection urinaire. L’isolement des germes sur des milieux de
culture appropriés a été fait après coloration de Gram.
Nous avons identifié les germes isolés par leurs caractères
morphologiques, culturaux et biochimiques
L’étude de la sensibilité des bactéries isolées a été faite par la technique
de diffusion en gélose.
Après avoir procédé de manière minutieuse à l'analyse des patients
inclus dans notre étude, ainsi qu'à celle des antibiogrammes effectués, il
s'agit maintenant de discuter les résultats afin de pouvoir comprendre la
complexité des IU chez ceux-ci.

Dans notre étude la prévalence des infections urinaires chez les

enfants est de 7 %. Ce taux est un peut bas que celui retrouvé
dans une étude conduite par SIBY F.B en 1992 au Mali avec une
prévalence de 9.5 %. [49]

Il ressort de notre étude que la prévalence des infections urinaires chez

les adultes est de 93 %.Ce taux est supérieur à celui des enfants 7%.

Chez les enfants de sexe masculin, le pourcentage de l’infection est 5 %

par contre celui de sexe féminin est 2 % ; mais prépondérant chez les
patients de sexe masculin (5 %) que chez les patients de sexe féminin
(2%), ces résultats sont contraire à ceux retrouvés par le Dr
BELARMAIN dans son étude faite au Kongo en 2010 ou la
prépondérance était au niveau des enfants de sexe féminin (73,5%)
[50].
Ce taux d’infection prépondérant chez les enfants de sexe masculin
(22,90%) pourrait s’expliqué par non circoncision ou la circoncision

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tardive ainsi que le manque d’entretien des enfants, et un prépuce mal

nettoyé facteur de risque d’IU.

L’analyse des urines a donné une culture positive avec présence

de leucocyturie (24%) des patients, la présence d’une réaction
inflammatoire sans bactériurie peut être expliquée soit par :
- Urines concentrées par déshydratation.
- Lors d’une irritation liée à la présence d’un cathéter.
- La présence de calculs ou de corps étrangers dans les voies
urinaires.
- Lors d’une infection non bactérienne (Candida).
- Une urétrite.
- Une infection urinaire décapitée par une antibiothérapie préalable.

Un traitement antibiotique anarchique et répété peut être responsable

d'un déséquilibre de la flore digestive et entrainer :
- Souvent la chronicité et la répétition des infections urinaires
(infection urinaire récidivante), cela est expliqué par le fait que
cette prise anarchique entraine une destruction de la flore
microbienne commensale en favorisant la colonisation par des
germes pathogènes.
- La résistance aux antibiotiques

Enfin, à l’inverse, nous avons reçu des prélèvements pour lesquels

la cytologie était négative, mais la culture positive, ces cas
pourraient être expliqués :
- Par une contamination initiale du prélèvement
- Par de mauvaises conditions de transport

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- Le prélèvement urinaire d’un nourrisson: en effet, chez le

nourrisson, on peut souvent retrouver une infection urinaire active,
qui n’est nullement accompagnée par la réaction inflammatoire
habituelle, ceci s’explique par l’immaturité du système immunitaire
d’un nouveau-né.
- D’un sujet diabétique : en effet, chez les personnes diabétiques, en
plus d’être beaucoup plus sensibles aux infections urinaires car
ces dernières sont favorisées par la présence du glucose dans les
urines, celles-ci présentent souvent des infections sans réaction
inflammatoire associées.

L’insuffisance rénale peut être lors d’une infection urinaire un facteur de

risque, ou une conséquence :
L’insuffisance rénale entraine une modification considérable de
volume d’urine éliminée, et donc favorise la prolifération
microbienne.
L’IU non traitée cause à long terme une insuffisance rénale.

Les résultats de la prédominance des entérobactéries dans cette étude

avec E.coli à 27% sont en accord avec ceux de Guenifi et Keghouche
[55] mais à taux plus bas qui ont trouvé uniquement des enterobactéries
dans l’établissement hospitalo-sanitaire de Sidi Mabrouk de Constantine,
avec 80% des femmes infectées par E.coli. Ceci est la résultante de la
forte colonisation du périnée par les bactéries provenant de la flore
digestive mais aussi par la capacité que possèdent ces bactéries de
coloniser l’arbre urinaire grâce à la présence de facteurs spécifiques
d’uropathogénicité (adhésines, uréasesd). Mais ce qui doit être retenu

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de notre étude, c’est bien le taux de résistance aux antibiotiques des

souches isolées.

En effet, en Côte d’Ivoire comme dans d’autres pays, la résistance des

germes ne cessent d’augmenter, ce qui constitue un véritable problème
de santé publique.

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CONCLUSION

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Les infections urinaires sont d'une extrême fréquence en milieu

hospitalier et communautaire. Elles viennent, après les infections
respiratoires, au second rang des motifs de consultation et de
prescription d’antibiotiques.
Elles peuvent souvent se compliquer de pyélonéphrite et de septicémie.

Le travail que nous avons effectué a consisté à déterminer les

caractéristiques para-cliniques, épidémiologiques et biologiques de
l’infection urinaire chez l’enfant et l’adulte. Ainsi que la sensibilité aux
antibiotiques en vue de contribuer à l’amélioration de la prise en charge
de cette pathologie et d’éviter les conséquences sur le rein qui est un
organe noble et en pleine croissance.

L’examen cytobactériologique des urines reste donc l’outil le plus

important dans le diagnostic des infections urinaires car permet
d’adapter l’antibiothérapie.

La prévention est le meilleur moyen pour éviter ces infections, limiter

surtout leurs complications et leur impact économique, en respectant les
mesures d’hygiène et en diminuant la consommation élevée des
antibiotiques.
En perspectives, notre étude reste préliminaire et le thème reste ouvert
pour de prochaines études, nous suggérons :
Faire une étude à grande échelle et même au niveau nationale.
Prendre en considération les facteurs de risque d’une IU avant tout
une antibiothérapie bien que la probabilité d’IU est extrêmement
faible.
Etude de la résistance des souches en cause de l’IU à l’égard des
antibiotiques.

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RECOMMANDATION

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A la lumière de ce qui a été recueilli sur le terrain, il nous parait judicieux

de faire certaines recommandations visant l’amélioration du travail du
technicien de biologie médicale :
Au ministère de la santé et de l’hygiène publique :
- Organiser des campagnes pour la sensibilisation de la population
sur les infections urinaires.

Aux directeurs des centres hospitaliers :

- Accentuer la sensibilisation sur l’hygiène des centres de santé ;
- Recruter un personnel compétant pour assainissement des centres
- Respecter strictement les mesures d’hygiène (lavage des mains,
port de gants stériles).

Aux techniciens :
- Travailler dans le temps ;
- Respecter les conditions de réception des échantillons ;
- Suivre scrupuleusement la procédure.

Aux parents :
- Insister sur la surveillance de la propriété des enfants ;
- Eviter la prise anarchique des ATB.

A la population :

- Consulter devant tout trouble mictionnel ;

- Boire beaucoup d’eau en vue de la prévention d’une éventuelle
constipation, facteur favorisant d’une stase urinaire ;
- Faire la toilette intime des organes génitaux vers l’anus (pour les
femmes surtout), uriner avec chaque rapport sexuel.

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REFERENCES
BIBLIOGRAPHIQUES

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DE L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[1] Recommandations du Groupe suisse de néphrologie pédiatrique :

Diagnostic et traitement de l’infection urinaire de l’enfant ; Vol. 24 No. 4
2013.

[2] Traore, Les infections urinaires : 2004.

[3] CARSON III C.C. "Nosocomial urinary tract infections." Surg Clin
North Am 1988; Vol. 68, n°5.

[4] Bernard Lobel et Claude-James Soussy * Les infections urinaires*

2010.

[5] Marild S, Jodal U. Incidence rate of first-time symptomatic urinary

tract infection in children under 6 years of age. ActaPediatr.1998; 87:
549–52.

[6] Craig JC. Urinary tract infection: new perspectives on a common

disease. CurrOpin Infect Dis 2001;14:309–13.

[7] Downs SM. Technical report: urinary tract infections in febrile infants
and young children. Pediatrics 1999;103:e54.

[8] Hoberman A, Chao HP, Keller DM, Hickey R, Davis HW, Ellis D.
Prevalence of urinary tract infection in febrile infants. J Pediatr
1993;123:17–23.

[9] Bruyère et al.Prostatites aiguës, Elsevier Masson SAS 2008.

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 ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRE A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE DE JUIN - AOUT 2019
A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[10] Marks MI, Arrieta AC. Urinary tract infections. In: Feigin RD, Cherry
JD, eds. Textbook of pediatric infectious diseases. 4th ed ed.
Philadelphia: Saunders; 1998:483–503.

[11] Roberts KB, Charney E, Sweren RJ, Ahonkhai VI, Bergman DA,
Coulter MP, et al. Urinary tract infection in infants with unexplained fever:
a collaborative study. J Pediatr 1983; 103: 864–7.

[12] Nademi Z, Clark J, Richards CG, Walshaw D, Cant AJ. The causes
of feverin children attending hospital in the North of England.J Infect
2001;43:221–5.

[13] Docteur Guylène BOURDAT-MICHEL Infection urinaire de l'enfant

(93) Corpus Médical– Faculté de Médecine de Grenoble, Avril 2003.

[14] Lutter SA, Currie ML, Mitz LB, Greenbaum LA. Antibiotic resistance
patterns in children hospitalized for urinary tract infections. Arch
PediatrAdolesc Med 2005;159:924–8.

[15] Marcus N, Ashkenazi S, Yaari A, Samra Z, Livni G. Non-

Escherichiacoli versus Escherichiacoli community-acquired urinary tract
infections in children hospitalized in a tertiary center: relative frequency,
risk factors, antimicrobial resistance and outcome. Pediatr Infect Dis J
2005;24:581–5.

[16] Latham RH, Running K, Stamm WE. Urinary tract infections in

young adult women caused by Staphylococcus saprophyticus.Jama
1983;250:3063–6.

Mémoire de Technicien de Biologie Médicale Promotion 2016-2019 8

 ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRE A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE DE JUIN - AOUT 2019
A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[17] Conférence de Consensus co-organisée par la SPILF et l’AFU.

Infections urinaires nosocomiales de l’adulte. nov 2002. p.6. [18] Mariani-
Kurkdjian P. Physiopathologie des infections urinaires. Mt
Pédiatrie2004;7:167–72.

[19] Véronique Chaouat:Doctissimo,d’aprés la source de Tarek Msadek,

Directeur de recherche responsable du groupe "Signalisation et
pathogenèse des staphylocoques", unité de biologie des bactéries
pathogènes, département de microbiologie Institut Pasteur Créé le 18
août 2014.

[20] Bonacorsi S, Houdouin V, Mariani-Kurkdjian P, Mahjoub-Messai F,

BingenE. Comparative prevalence of virulence factors in
Escherichiacolicausing urinary tract infection in male infants with and
without bacteremia. J ClinMicrobiol 2006;44:1156–8.

[21] FERRY S., BURMAN L.G., HOLM S.E. : Clinical and bacteriological
e ffects of therapy of urinary tractinfection in primary health care: relation
to in vitro sensitivity testing. Scand. J. Infect. Dis., 1988, 20, 535-544.

[22] HOVELIUS B., THELIN 1., MARDH P.A.: Staphylococcus sapro -

phyticus in the aetiology of nongonococcal urethritis. Br. J. Vener. Dis.,
1979, 55, 369-374.

[23] Gatermann SG Mobley HLT, Garenne JW Les facteurs de virulence

de Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus epidermidis,et les
entérocoques. Infections des voies urinaires: pathogenèse moléculaire et
la gestion clinique, 1986 Washington DC ASM Press(P. 313 - 40).

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 ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRE A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE DE JUIN - AOUT 2019
A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[24] Zhanel GG, Hisanaga TL, Laing NM, DeCorby MR, Nichol KA,
Palatnik LP, et al. Antibiotic resistance in outpatient urinary isolates: final
results from the North American Urinary Tract Infection Collaborative
Alliance (NAUTICA). Int J Antimicrob Agents 2005;26:380–8.

[25] Edlund C, Nord CE. Effect on the human normal microflora of oral
antibiotics for treatment of urinary tract infections. J
AntimicrobChemother 2000;46Suppl 1:41–8.

[26] Howard AJ, Magee JT, Fitzgerald KA, Dunstan FD. Factors
associated with antibiotic resistance in coliform organisms from
community urinary tract infection in Wales. J AntimicrobChemother
2001;47:305–13.

[27] Dunand O, Vu-Thien H, Bensman A. Bactériurie à E.coli résistants

aux céphalosporines de troisième génération à l’hôpital Armand-
Trousseau. Journées parisiennes de pédiatrie: 9 et 10 octobre. Paris:
Flammarion Médecine–Sciences 2004 p. Abstract.

[28] Loirat C, Mariani-Kurkdjian P, Bingen E. Traitement des

pyélonéphrites aiguës. Journées parisiennes de pédiatrie: 7 et 8 octobre.
Paris: Flammarion Médecine–Sciences 2000 pp. 303–13.

[29] Goldstein FW. Antibiotic susceptibility of bacterial strains isolated

from patients with community-acquired urinary tract infections in France.
MulticentreStudy Group. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2000;19:112–7.

Mémoire de Technicien de Biologie Médicale Promotion 2016-2019 8

 ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRE A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE DE JUIN - AOUT 2019
A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[30] Philippon A, Jarlier V, Legrand P, Fournier G, Nicolas MH, Duval J.

Activitéantibactérienne du céfixime selon le type de bêtalactamase des
entérobactéries. Presse Med. 1989;18:1560–6.

[31] Karlowsky JA, Thornsberry C, Jones ME, Sahm DF. Susceptibility

of antimicrobial-resistant urinary Escherichiacoli isolates to
fluoroquinolones and nitrofurantoin. Clin Infect Dis 2003;36:183–7.

[32] Conférence de consensus co-organisée par la Société de

Pathologie.Infectieuse de Langue Française (SPLIF) et de l'Association
Française d'Urologie (AFU).Infections urinaires nosocomiales.Paris
,Institut Pasteur , 2002.

[33] Les recommandations 2008 de l’AFSSAPS (Agence française de

sécurité sanitairedes produits de santé) : Diagnostic et antibiothérapie
des infections bactériennescommunautaires de l’adulte.
Les recommandations de la SPILF (Société de Pathologie Infectieuse de
Langue Française) Agence française de sécurité sanitaire des produits
de santé) :Infections urinaires nosocomiales de l’adulte, 2002.

[34] Practice parameter: the diagnosis, treatment, and evaluation of the

initial urinary tract infection in febrile infants and youngchildren. American
Academy of Pediatrics. Committee on
QualityImprovement.Subcommittee, 2006.

[35] Royal Children’sHospital. Urinary Tract Infection Guideline. 2004.

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 ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRE A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE DE JUIN - AOUT 2019
A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[36] Al-Orifi F, McGillivray D, Tange S, Kramer MS. Urine culture from

bag specimens in young children: are the risks too high? J
Pediatr2000;137:221–6.

[38] Dr. Marrhich:Chartier E. Infections urinaires (Généralités).Med-Line,

2ème édition ,31-36., 2001.

[39] Thèse de DR.TIOUIT * Infection urinaire* en Algerie 2007

[40] These de Dr.en pharmacie Bouchra marrhich « les antibiotiques

utilises dans les infections urinaires » ,2008.

[41] Auteur Pierre Cochat- ( Hôpital Edouard-Herriot - Lyon)C@mpus

National de pédiatrie et chirurgie pédiatrique TICEM – UMVF, 2012.

[42] Ryter A : Structure et anatomie fonctionnelle de l’appareil urinaire

.BactériolMéd, Chapitre 1:1995.

[43] KOUADIO K.Infections urinaires nosocomiales : études

prospectives sur un an dans un service de réanimation du CHU de
Treichville. Thèse Med : Abidjan ,1992 ; 1381.

[44] Cavallo J., Garrabé E.Outils du diagnostic biologique des infections

urinaires nosocomiales : analyse critique, 2010.

[45] CHAMPETIER D.Infections de l’appareil urinaire. Impact Internat

Janvier ,1998 :139-141.

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A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

[46] CHILALA L J. Infections urinaires bactériennes et mycosiques chez

le sujet VIH positif. Thèse Med. Abidjan, 1996 ; 1778.

[47] KOUAKOU K A. Etudes sur les uroculture réalisées à Abidjan de

1978 à 1982 : les germes rencontres et leur sensibilité aux antibiotiques
.Th .Med : Abidjan ,1984 ; 513

[48] Dr Jean Turgeon, pédiatre, Équipe Naître et grandir, Mars 2015

[49] SIBY F B. Etude clinique, bactériologique et thérapeutique des

infections urinaires dans les services de Médecine interne de l’hôpital
national du Point G. Thèse Med, Bamako, 1992.

[50] Prise en charge des infections urinaires chez les enfants de 0 à 10

ans, durant l'année 2010 par Belarmain Mankulumbala Kongo - Docteur
en médecine, chirurgie et accouchement 2011.

[51] K. Zerouali(1), M. Mahmoudi(2), N. Elmdaghri(1), N. Soraa(3)

[52] MAIGA A B. Intérêt du culot urinaire dans le diagnostic et le suivi

des infections urinaires. Thèse Med, Bamako, 1993.

[53] VEYSSIER P. Infection chez le sujet âgé. Presse Med 1997 ; 26 :

32-8.

[54] Banacorsi S. (2007). Bactériologie médicale, Paris. 135-1

[55] Guenifi S. et Keghouche N., 2014. Les infections urinaires chez la
femme enceinte Mémoire de Master : microbiologie. Université mentouri
Constantine. 83p.)

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TABLE DES MATIERES

I. GENERALITES SUR LES INFECTIONS URINAIRE...................... 6

1. Définition d'une infection Urinaire ................................................ 6
2. Classification ............................................................................... 6
3. Epidémiologie .............................................................................. 6
4. Etiologie ...................................................................................... 7
5. Rappelanatomique : .................................................................... 8
6. Physiopathologie ......................................................................... 9
6.1 Origine de l’infection .............................................................. 9
6.2 Liés à la bactérie : .................................................................. 9
6.3 Liés à l’hôte :........................................................................ 10
7. Pathologiques ........................................................................... 10
8. Résistance bactérienne ............................................................. 11
II. DIAGNOSTIC DES INFECTIONS URINAIRES ............................ 13
1. Diagnosticpara-clinique : ........................................................... 13
1.1. Prélèvement : .................................................................... 13
1.2. Transport et conservation de prélèvement : ...................... 15
1.3. Renseignement accompagnant le prélèvement :............... 15
2. Diagnostic de l’infection urinaire par les bandelettes réactives : 16
3. Diagnostic de l’infection urinaire par l’examen cytobactériologique
des urines : ECBU .......................................................................... 18
4. Diagnostic différentiel : .............................................................. 25
5. Evolution : ................................................................................. 25
III. PROPHYLAXIE ......................................................................... 26
I. MATERIEL ................................................................................... 30
1. Type et lieu de l’étude .............................................................. 30
2. PERIODE DE L’ETUDE ............................................................ 30
3. Population étudiée..................................................................... 30

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II. METHODES ................................................................................. 31

1. Echantillonnage ......................................................................... 31
2. Recueil des données ................................................................. 31
3. Saisie des données et analyse statistiques ............................... 31
4. Matériel de prélèvement urinaire ............................................... 32
5. Méthodologie de l’étude ............................................................ 34
6. Prélèvement : ............................................................................ 35
7. Examen macroscopique : .......................................................... 36
8. Examen microscopique : ........................................................... 37
9. culture : .............................................. Erreur ! Signet non défini.
10. Identification : ......................................................................... 40
11. Antibiogramme : ..................................................................... 41
I. CARACTERISTIQUES GENERALES DE LA POPULATION
GENERALE ....................................................................................... 45
1. Répartition des sujets en fonction du sexe ................................ 45
2. Répartition des sujets en fonction de tranche d’âge .................. 46
3. Répartition des sujets selon le statut hospitalisé/ externe .. Erreur !
Signet non défini.
4. La prise des antibiotiques ................... Erreur ! Signet non défini.
II. CARACTERISTIQUES DE LA POPULATION AVEC INFECTION
URINAIRE ......................................................................................... 48
1. Répartition des cas d’infection urinaire selon le sexe ................ 49
2. Répartition des patients atteints d’infection urinaire selon l’âge . 50
3. Répartition des patients atteints d’infection urinaire selon l’âge et
le sexe : .......................................................................................... 51
4. Répartition des patients atteints d’infection urinaire selon le statut
hospitalisé/externe ................................... Erreur ! Signet non défini.
5. Les résultats de la cytologie et de la cultureErreur ! Signet non
défini.

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CHAPITRE III : DISCUSSION ...................................................................56

CONCLUSION ..........................................................................................61

RECOMMANDATION ................................................................................63

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ......................................................65

TABLES DES MATIERES .........................................................................73

ANNEXES .................................................................................................76

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ANNEXES

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ANNEXE 1

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ANNEXE 2

FICHE D’ENQUETE

THEME : ETUDE BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS URINAIRES

A L’UNITE DE BACTERIOLOGIE CLINIQUE DE JUIN-AOUT
2019 A L’INSTITUT PASTEUR D’ABIDJAN

N° du patient :

Externe interne service :

Sexe : Féminin Masculin

Age :ddddd..

Fréquence de changement de la couche :

Type d’infection : Nosocomiale Communautaire

Il a eu déjà cette infection : Oui Non

Signe clinique :
Fièvre Brulure mictionnelle
Diarrhée Pelvienne
Pâleur Douleur abdominale
Vomissement Douleur lombaire
Hématurie Poly-urée
Douleur

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Pathologies associée :

Qu’est-ce qu’il a eu comme traitement :

Séquelle : Non Oui

Résultat
Aspect macroscopique :

Cytologie :

Culture :

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