UE Pharmacie - Microbiologie
Le monde Microbien : Partie 2 :
La vie des microbes
Professeur Emmanuel DROUET
Anne universitaire 2010/2011
Universit Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits rservs.
Chapitre 5 : La cellule microbienne
Gnralits
Paroi bactrienne et membranes
Cas particulier des archbactries
La cellule eucaryote
Les structures bactriennes
Membrane cytoplasmique
Matriel gntique
Ribosomes
Cytoplasme
Paroi cellulaire
Capsule
Chromosome
Flagelles
Pilus ou Fimbrie
Capsule
Corpuscule
basal
Paroi
Pilis
Membrane
Inclusion
Pilis sexuels
Plasmide
Flagelle
Msosome
Barrire permable, slective, transport
des lments nutritifs (permase),
localisation de plusieurs processus
mtaboliques
Un seul chromosome ADN form de deux
brins dADN
Localisation cytoplasmique Synthse
protique
Localisation du matriel gntique,
rplication de lADN, ribosome synthse
protique
Protection de la membrane
cytoplasmique Proprits antigniques
Proprits structurales
Rsistance la phagocytose
Mobilit
Adhsion aux muqueuses (cellules)
Transfert de matriel gntique
La paroi bactrienne
La coloration de Gram
Bactries
Gram-
LPS
Bactries
Gram+
Riche en lipides
Coloration de Gram
Les bactries Gram-positif Les bactries Gram-ngatif
(ou Gram ngatives)
(ou Gram positives)
Bacillus subtilis
Escherichia coli
Paroi des bactries Gram versus
Gram +
Paroi paisse
Composant majeur : peptidoglycane
ou murine plusieurs couches
Paroi des bactries Gram versus
Gram +
Paroi fine : peptidoglycane beaucoup plus fin
Structure particulire : la membrane externe (situe lextrieur de la paroi)
Structure deux feuillets
Feuillet externe : LIPOPOLYSACCHARIDE ou LPS ou ENDOTOXINE
Les pili
Pilis communs = fimbriae (frange)
courts
Rle dans ladhsion = facteur de virulence
Cods par le chromosome ou les plasmides
Pilis sexuels
Plus longs
Rle dans lchange dADN (plasmide)
Cods par des plasmides
Les flagelles
Pouvoir pathogne des bactries
Pouvoir toxinogne
Bactries Gram-positif
Pouvoir de colonisation et
de multiplication (pili,
flagelles)
Rsistance la phagocytose
(capsule)
La cellule eucaryote
Organismes eucaryotes unicellulaires:
PROTISTES
Etapes cls de leur origine :
- Lincroyable symbiose : acquisition de certains organites par
endosymbiose
- Apparition dune surface cellulaire flexible,
- Apparition dune enveloppe cellulaire,
- Apparition de vsicules digestives,
- Symbiose = Vie en commun de deux organismes diffrents ou symbiontes
- Endosymbiose = Vie dun organisme lintrieur dune cellule dans une
association stable et souvent symbiotique
Tous les PROTISTES sont des Eucaryotes
et ont volu a partir des Procaryotes
Schma de lorigine de la cellule Eucaryote: thorie symbionte
1. Une grosse cellule amibode
procaryote incapable de respirer,
phagocyte de petites cellules
procaryotes arobies, capables de
transformer le glucose en CO2 +
H2O.
2. Les petites cellules continuent
de fonctionner lintrieur de leur
prdateur : symbiose
mutualiste .
3. Celles-ci se spcialisent et avec
le temps deviennent des
mitochondries grand rendezvous de lhistoire
4. Nouvelle incorporation de cellules
procaryotes, capables de photosynthse
(proches des cyanobactries actuelles)
chloroplastes des cellules vgtales.
Apparition dune surface cellulaire flexible
- Perte de la paroi cellulaire
solide de la cel. procaryote
- Apparition dune surface
cellulaire souple : membrane
plasmique
- Taille microscopique de la
cellule : les invaginations
accroissent la surface
cellulaire
Permet les changes de
matriaux avec
lenvironnement
Permet la nutrition par
endocytose (inclusion de
particules)
- Apparition de systmes de rgulation osmotique flexible
vacuole contractile.
- Aide la cellule
survivre dans des
environnement
aquatiques hypoosmotiques.
- Potentiel hydrique
infrieur celui de
leur environnement
en eau douce :
prennent
constamment de
leau par osmose
ncessit
dliminer leau en
excs.
Exemple de la Paramcie
- Apparition de vacuoles nutritives.
Ingestion de particules de nourriture solides : digestion a lintrieur
de vacuoles alimentaires responsables la nutrition et de lexcrtion
Htrotrophie par
ingestion
Exemple de la
Paramcie ingrant
des levures.
Au total :
Cellule des Protistes : totipotente (multipotente)
Une cellule unique remplit elle seule toutes les
fonctions vitales :
nutrition,
respiration,
excrtion,
locomotion,
rgulation osmotique,
reproduction.
Trs grande diversit : varit des plans dorganisation
Classification en trois phylums, base
fondamentalement sur leur locomotion (cils, flagelles,
pseudopodes).
Mode de vie trs vari
Organismes libres, symbiotes, parasites
Intrt de nombreux protistes en pathologie humaine et vtrinaire.
Classification des protistes
Phylums
Flagelles et/ou
pseudopodes
SARCOMASTIGOPHORA
Cils, 2 noyaux
SS Phylum,
Caractristiques
Exemples
Sarcodina :
pseudopodes
Mastigophora :
flagelles
Amibes
Cilis holotriches
Paramcie
Giardia
Trypanosome
CILIOPHORA
Pas de locomotion Sporozoa
complexe apical
reproduction
sexue
APICOMPLEXA
Plasmodium
Exemple type de Protozoaire Sarcodina : Entamoeba histolytica , amibe
pathogne pour lhomme
Vacuoles pulsatiles
Vacuoles digestives
noyau
Cytoplasme :
cytosquelette
Membrane plasmique
Taille : 30 40 M
Exemple de Protozoaire flagell (tube digestif) Mastigophora Giardia intestinalis
, pathogne pour lhomme
Forme vgtative
Forme vgtative :
microscopie balayage
Kyste : forme de rsistance
Exemple de Protozoaire flagell (sang) Mastigophora :
Trypanosoma brucei : Maladie du Sommeil
sang
Vecteur : Glossine ou Mouche Ts-ts
APICOMPLEXA, Sporozoa. Cycles asexu et sexu
Plasmodium falciparum: un
des agents du paludisme
humain.
- Transmis par piqre dun
moustique infect (2-6).
Anophle
- Homme : cycle hpatique (89) puis sanguin : GR (10).
- 5 000 cas imports en
France /an
- La plus grande endmie
parasitaire au plan mondial :
2-3 millions de morts/an
(jeunes enfants)
Homme
Champignons levuriformes
Paroi cellulaire entourant la membrane plasmique et protgeant la
levure des agressions physico-chimiques du milieu extrieur.
Membrane cytoplasmique compose principalement de
phospholipides double couche (partie hydrophile l'extrieur et partie
lipophile l'intrieur). Elle contient aussi de nombreux complexes
protiques intrinsques et extrinsques dont les rles sont varis, par
exemple des enzymes appeles protases mnent les transports de
substances du milieu extrieur vers le milieu intracellulaire et/ou
inversement avec ou non transformation du substrat durant le
passage.
Noyau contenant l'information gntique du gnome
chromosomique de la levure.
Mitochondries jouant un rle important dans la respiration arobie de
la levure et la production dATP.
Candida albicans
Matriel gntique des levures
Chromosomes : les levures sont des organismes eucaryotes et possdent un noyau avec des
chromosomes linaires. Chez les saccharomyces, les chromosomes sont au nombre de 16
simples ou 16 paires selon la forme haplode ou diplode de la cellule. Il existe des gnes de
structure information continue comme chez les bactries et des gnes information
discontinue (introns et exons) comme chez les organismes suprieurs. Par ailleurs, les gnes de
rgulation sont spcifiques des levures.
Plasmides : ct des chromosomes, il existe dans le noyau des petites molcules dADN
circulaire d'environ 6 000 paires de bases, les plasmides, prsents entre 50 et 100 exemplaires
par cellule. Ces plasmides sont autorplicables et autotransfrables sans affecter la viabilit de la
cellule. Ils portent l'information gntique de quelques caractres non essentiels la viabilit de la
levure. Ils ont un rle considrable dans toutes les oprations de gnie gntique.
ADN mitochondrial : chaque mitochondrie renferme plusieurs molcules circulaires d'ADN qui
portent l'information de certaines enzymes de la chane respiratoire.
Reproduction sexue
Les ascomyctes (Saccharomyces
cerevisiae, Candida albicans) qui se
reproduisent par un processus sexu dans
un asque rsultant de la transformation
d'une cellule aprs miose.
Les basidiomyctes (Cryptococcus) qui
ralisent une reproduction sexue avec
formation de basidiospores sur une baside.
Chapitre 6 : Le mode de vie des
bactries
Notion de croissance bactrienne
Les paramtres de la croissance
Exigence des bactries
Sexualit des bactries
Croissance et division cellulaire
Croissance et reproduction
1. La croissance bactrienne consiste en une
augmentation de la masse et de ses parties
constituantes
2.
Masse = croissance
3.
Parties constituantes = reproduction
Nutrition et croissance bactrienne
Macromolcules
Molcules
plus simples
Dgradation
transformation
Enzymes
endocellulaires
Enzymes
extracellulaires
Molcules
plus simples
Besoins
nutritionnels
Conditions de croissance
Energie
Lumineuse (espces photosynthtiques)
Chimique (espces chimiotrophes)
Eau
Conditions physicochimiques
Temprature
pH
Oxygne
Exigences nutritives
Sources de carbone
Autotrophe : CO2 (dvpt en milieu minral)
Htrotrophe : compos organique
Prototrophe : peut synthtiser tous ces
constituant sur un milieu minimum ex : E. Coli
Auxotrophe vis--vis dune substance : a besoin
dun nutriment donn pour sa croissance
Milieux de culture
1) Culture en milieu liquide
2) Culture en milieu solide (agarose)
Utilise pour des culture monomicrobiennes
Les bactries peuvent se dplacer librement
Les bactries donnent naissance une
par diffusion
population de bactries formant une colonie,
ou par locomotion
chaque colonie est un clone
Formation dun trouble
Etude dynamique de la croissance
Croissance de bactries exigeantes
Aspect des colonies
Milieu
enrichi
au sang
colonies hmolytiques
Culture sur
glose
chocolat
Haemophilus influenzae
Croissance de bactries exigeantes
Streptocoques alpha-hmolytiques
Streptocoques bta-hmolytiques
Streptococcus pneumoniae
(souche mucode)
Streptococcus pneumoniae
Transfert de matriel gntique
Mcanismes conduisant au transfert dune
information gntique dans une bactrie
sous la forme dun fragment dADN dune
autre origine:
Transformation
Conjugaison
Transduction
Transfert de matriel gntique
Transformation
Naturelle
(tat de comptence)
Bacillus subtilis
Haemophilus influenzae
Streptococcus pneumoniae
Neisseria
Induite
(traitement chimique)
Escherichia coli
Transfert dADN libre (bicatnaire, 5.106 daltons), en solution, entre 2 bactries
Transfert naturel (actif et spcifique) ou artificiel (transfert passif et non spcifique)
Transfert de matriel gntique
Conjugaison
Transfert de matriel gntique (total ou partiel)
sens unique entre une bactrie mle (F+) et
Une bactrie femelle (F-)
Prsence du plasmide F: synthse de pili sexuels
Transfert de matriel gntique
Transduction
Transfert de gnes bactriens dune bactrie donatrice vers une bactrie rceptrice
Par lintermdiaire dun bactriophage ouphage transducteur)
Transduction gnralise ou non spcifique
(nimporte quelle rgion dun chromosome
bactrien
Transduction spcialise ou spcifique
Chapitre 7 : Gntique microbienne et
gnomique
Bactries
Le gnome est constitu dADN:
chromosomique et extra-chromosomique
(plasmidique)
Virus
Le gnome peut tre soit de lADN soit de
lARN
Membrane
Plasmique
Cytoplasme
Paroi
peptidoglycane
Membrane
externe
Chromosome
Plasmide
Chromosome (1 chromosome/bactrie)
Plasmide (100 1000 copies/bactries)
(applications en clonage molculaire)
Echanges gntiques et apparition de
la rsistance aux antibiotiques
Ce mcanisme peut tre
transmis d'autres
bactries vivant dans le
voisinage d'une bactrie
rsistante
Gne de rsistance: transposons
Les transposons sont des
lments gntiques
mobiles (cf squences
dinsertion) codant pour des
fonctions qui vont confrer
la bactrie qui les porte, un
phnotype particulier (ex
une rsistance un
antibiotique)
Ce mcanisme est
hrditaire : une bactrie le
transmet sa descendance.
C'est ainsi que des bactries
qui vivent sur notre corps
(commensales) deviennent
elles aussi rsistantes.
Les gnomes viraux
Le gnome des virus est constitu dun seul type
dacide nuclique : de lADN ou de lARN, soit sous
forme monocatnaire ou bicatnaire, soit linaire ou
circulaire, soit en une seule molcule ou en plusieurs
segments.
Le gnome viral est haplode cest dire quil nexiste
quune seule copie de chaque gne lexception du
gnome des rtrovirus qui contient deux molcules
identiques dARN (gnome diplode).
Selon la taille du gnome le nombre de gnes peut
aller de 4 plus de 200 gnes codant pour autant de
protines. Celles-ci sont des protines structurales
constitutives du virus et des protines non
structurales qui interviendront lors du cycle de
multiplication intracellulaire du virus mais ne sont
pas incorpores dans le virion.
Virus ADN Virus ARN
Virus ADN : gnome gnralement
bicatnaire (sf les Parvoviridae). La taille
du gnome schelonne entre 3,2 kpb pour
le virus de lhpatite B (VHB) 375 kpb
pour les Poxvirus des insectes.
Les virus
ARN: gnome gnralement
monocatnaire (sf les Reoviridae). La taille
du gnome varie de 1,7 kb (3,5 kb pour la
coliphage) 27 kb pour les Roviridae.
LARN est habituellement linaire. Certains
virus ont un gnome segment comme les
Orthomyxoviridae (virus de la grippe) 7 ou
8 fragments ou les Bunyaviridae 3
segments. Cette structure fragmente de
lARN favorise les recombinaisons et
rassortiments
gntiques
entre
des
souches diffrentes: consquences sur
lpidmiologie dune infection par exemple
celle de la grippe.
Il est gnralement linaire mais il y a des
exceptions: par exemple celui du VHB, est
circulaire et partiellement bicatnaire .
La constitution des gnomes de grande
taille est complexe: certains contiennent
des squences rptitives, internes ou aux
extrmits du gnome, des rgions
codantes appeles cadres de lecture
ouverts (ORF soit Open Reading Frame)
et des rgions non codantes qui
interviendront dans le droulement du
cycle de rplication.
Enfin certains gnomes sous la forme
circulaire ont la capacit de sintgrer dans
le gnome de la cellule hte ( VHB, virus
Epstein-Barr).
Sur le plan structural, les gnomes linaires
et monocatnaires diffrent entre eux par
leurs extrmits 5 et 3. Lextrmit 5 peut
tre soit libre soit coiffe ou lie une
protine. Lextrmit 3 peut tre soit libre
soit polyadnyle. Comme dans les virus
ADN, certains contiennent des squences
rptitives, des rgions codantes et non
codantes.
Polarit des gnomes virus ARN
LARN viral simple brin se prsente sous forme soit dARN de
polarit positive (ARN+) soit dARN de polarit ngative (ARN-).
LARN+ a le mme sens quun ARNm, il se comporte comme
un messager et peut tre traduit directement en protines
virales par la cellule. Dans ce cas le gnome viral est
directement infectieux.
LARN-, de polarit anti-messager doit tre transcrit au
pralable en ARNm par une ARN polymrase associe au
virion. Dans ce cas le gnome nest pas directement infectieux.
ARN viral +
ARN viral + transcriptase
Traduction
Polyprotine
Clivage
(Protases)
Protines
virales
Rplication
ARN -
Rplication
(ARNpolARNdep)
ARN +
Nuclocapside
Rplication
ARN + ( = messager)
Traduction
Rplication
(ARNpolARNdep)
Protines
virales
ARN -
( dont transcriptase)
Nuclocapside
DEUX STRATEGIES POUR LA REPLICATION DES VIRUS A ARN
( ARN + = poliovirus; ARN - = influenzavirus )
Variabilit gntique des virus
Nature et gnration des virus mutants
Fidlit des enzymes de rplication virale
Processivit des enzymes de rplication virale
Slection et capacit rplicative des virus
mutants
Exemple de virus hautement variable :
Le VIH
Le virus du SIDA prsente une incroyable variabilit
gntique. Cet art de se transformer volont lui
permet de se maintenir et dchapper nos dfenses
immunitaires
Il existe deux types principaux : le VIH1 et le VIH2
VIH-1 PANDEMIQUE (Groupe M ( majority ) Groupe N
( non M /non O , Cameroun) Groupe O ( outlier ,
Cameroun, Gabon, Guine Eq.
VIH-2: NON PANDEMIQUE
Groupe Majeur M
Dix sous-types gntiquement proches, mais distincts
Ces sous-groupes se sont crs avec la progression de lpidmie travers le
monde. Leur distribution varie en fonction des rgions
Groupe Majeur M
Europe et Amrique du Nord
Groupe Majeur M
Europe et Amrique du Nord
Afrique
La variabilit du VIH ne sarrte pas l
Alors que le virus se rplique chez le
malade, des erreurs de copie ont lieu (une
mutation par copie)
Ces erreurs conduisent la gense de
variants dautant plus nombreux que la
rplication virale est intense (environ
mille milliards de virus infectent une
seule personne)
Groupe Majeur M
Europe et Amrique du Nord
Bn
B1
B6
B
B2
B7
B
B3
B8
B
B4
B9
B
B5
B10
Notion de quasi-espces
Ces milliards de virus ont tous un petit
quelque chose de diffrent du une
erreur de copie
Il sen trouvera un pour rsister aux
attaques du systme immunitaire et/ou
au traitement
Groupe Majeur M
Europe et Amrique du Nord
Bn
B1
B6
B
B2
B7
B
B3
B8
B
B4
B9
B
B5
B10
Echappement vis--vis des anticorps neutralisants: Le virus chappe la
rponse humorale en gnrant de nouveaux variants non reconnus par les
anticorps initiaux
Source de copies futures (chappement viral)
Divergence des souches de VIH
Grippe saisonnire 1996
Divergence du VIH chez un seul sujet infect 6 ans PI
Ensemble de sujets infects VIH
(Congo 1997)
Cohorte de sujets infects VIH
1991
Les Variations Antigniques des Virus
Influenza Humains
Types
Mcanismes
Modificationsantigniques
Cassures
Glissements
TypeA
TypesAetB
Rassortimentdegnes
(virusanimaux)
Changementsmajeursdes
gnesdeNAetHA
Majeures
Mutationsponctuelles
Drivesantigniques
progressives
Mineures
Consquences
Taxonomiques
Apparitiondenouveaux
soustypesA
Apparitiondenouveaux
variants
Immunitaires
Pasoupeudimmunit
croiseentredeuxsous
typesA
Immunitcroiseentre
deuxvariantsconscutifs
pidmiologiques
Pandmies
pidmiesannuelles
pidmiologie de la Grippe
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