Tecnologías de Secuenciación Masiva
• •ILLUMINA
Su método de secuenciación es mediante síntesis, con la
incorporación de nucleótidos fluorescentes en las cadenas de
ADN durante la amplificación.
• •PacBio
• La tecnología de Pacific Biosciences (PacBio) se basa en un
enfoque de secuenciación de lectura larga, permitiendo
lecturas que pueden alcanzar hasta 30 kb.
• •Oxford Nanopore
• La tecnología de Oxford Nanopore se basa en la
secuenciación de ADN a través de nanoporos, permitiendo
lecturas de longitud variable que pueden superar los 100 kb.
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Dispositivos de Illumina
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Dispositivos PacBio:
Sequel II es un sistema basado en la bien establecida RS II: El sistema PacBio RS II (PacBio RSII) es una
tecnología de secuenciación de una sola molécula en plataforma de secuenciación de alto rendimiento que
tiempo real (SMRT) que genera lecturas HiFi, largas utiliza la tecnología de secuenciación en tiempo real de
(hasta 30 kb) moléculas individuales (SMRT).
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Dispositivos Oxford Nanopore:
• MinION: Dispositivo portátil que permite
secuenciar ADN de hasta 100 kb en
tiempo real, útil para genomas completos
y metagenómica.
• Flongle: Adaptador que facilita la
secuenciación de muestras con bajo
costo y sin necesidad de multiplexar,
ideal para proyectos de investigación
inicial.
• PromethION: Secuenciador de alto
rendimiento que permite secuenciar 24 o
48 flujos simultáneamente, ideal para
investigaciones genómicas a gran escala.
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Comparación de Tecnologías
La elección de la tecnología de
NGS adecuada depende de los
objetivos del estudio y de las
características de las muestras.
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Comparación de Tecnologías
Tecnología Ventajas Desventajas
Illumina • Alta precisión y baja tasa de error. • Lecturas cortas (generalmente < 300 pb).
• Costos relativamente bajos por lectura. • Requiere una preparación de muestra compleja.
• Capacidad de generar grandes volúmenes de datos • Limitaciones en la resolución de regiones repetitivas.
rápidamente.
PacBio • Lecturas largas (hasta 30 kb o más). • Costos más altos por lectura.
• Mejor resolución de regiones complejas y repetitivas. • Menor capacidad de generación de datos en comparación con
• Alta precisión en la secuenciación de ADN circular. Illumina.
• Tasa de error más alta en lecturas individuales.
Oxford Nanopore • Lecturas extensas (hasta varios megabases). • Menor precisión en comparación con Illumina y PacBio.
• Portátil y fácil de usar en campo. • Tasa de error variable dependiendo de la calidad de la muestra.
• Permite la secuenciación en tiempo real. • Requiere un análisis bioinformático especializado.
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NGS en ecología microbiana
• NGS permite la identificación exhaustiva de microorganismos
presentes en un entorno, incluyendo bacterias, arqueas y
hongos, muchos de los cuales son difíciles de cultivar en
laboratorio
• En suelos agrícolas, se ha demostrado que una mayor
diversidad microbiana está asociada con una mejor salud del
suelo y una mayor productividad, lo que resalta la
importancia de conservar esta diversidad para prácticas
agrícolas sostenibles
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NGS en ecología microbiana
ha permitido desentrañar la complejidad de las ha permitido identificar patógenos y
comunidades microbianas en ríos, lagos y océanos microorganismos indicadores de contaminación lo
cual ha sido vital para la gestión de recursos
hídricos y la salud pública
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Estudio de Caso:
Secuenciación Masiva
en la Ecología
Microbiana de Suelos
Contaminados
En el análisis taxonómico, el genoma
microbiano más abundante analizado
pertenece al dominio bacteriano. Los taxones
predominantes son los de Actinobateria y
Alphaproteobacteria. Betaproteobacteria y
Gammaproteobacteria parecen estar
íntimamente ligadas al suelo rizosférico (RS).
Asimismo, Cyanobacteria y Acidobacteria solo
tienen representación en suelo masivo (BS).
De igual forma, se detectó el genoma
perteneciente al Dominio Eukarya involucrado
en la actividad funcional potencial de la
actividad microbiana.
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Perspectivas Futuras en Ecología
Microbiana
Los avances tecnológicos están revolucionando la ecología microbiana, proporcionando
nuevas herramientas y enfoques para investigar la biodiversidad microbiana y su papel
en los ecosistemas. Uno de los desarrollos más significativos es la mejora en las
tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS), que permiten obtener lecturas
más largas y precisas
El monitoreo ambiental también se beneficiará de tecnologías avanzadas. Sensores y
plataformas de muestreo automatizados permitirán un seguimiento continuo de las
comunidades microbianas en diversos entornos. Esto, combinado con modelos
predictivos, ayudará a anticipar cómo estas comunidades responderán a factores de
estrés ambiental,
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Conclusiones
La secuenciación masiva ha transformado el panorama de la ecología microbiana al
proporcionar herramientas avanzadas que permiten explorar la diversidad y
funcionalidad de las comunidades microbianas.
A pesar de los avances, la NGS enfrenta una serie de desafíos técnicos y analíticos
significativos. La calidad de los datos puede variar, esto afecta la interpretación de los
resultados obtenidos. Otro factor a tener en cuenta es la falta de estandarización en
los métodos de análisis bioinformático que puede llevar a discrepancias en la
identificación de las diferentes comunidades microbianas, lo que plantea problemas en
la reproducibilidad de los estudios. También la identificación de especies raras o no
cultivables sigue siendo un desafío, porque muchas especies microbianas no están
bien representadas en las bases de datos de referencia.
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Gracias
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