Modelización
molecular:
aplicación a
biomoléculas
A N ÁL IS IS P R E D I C T IVO D E C AD E N A S P OL IP E P T ÍD I C A S P OR
H OM OLOGÍA
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo de cadenas
polipeptídicas
• Introducción a la estructura de proteínas
• Métodos predictivos de análisis de polipéptidos y
proteínas
• Predicción de características de residuos individuales
• Predicción de la Función de un polipéptido
• Predicción de estructura de proteínas
• Comparación de estructuras de proteínas
• Análisis de la interacción (acoplamiento) de proteínas
(Docking)
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Bibliografía:
• Protein Bioinformatics: from sequence to function. (2010). M. Michael
Gromiha. Academic Press
• Bioinformatics. A practical guide to analysis of genes and proteins. (2005).
Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F. Third Edition. Willey Interescience.
• Molecular Modeling of Proteins. (2008). Andreas Kukol. In Methods in
Molecular Biology, 443. Humana Press.
• Internet.
• Expasy.org (https://www.expasy.org/)
• SWISS-MODEL (https://swissmodel.expasy.org/)
• Phyre2 (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index)
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• ¿Por qué es importante conocer la estructura de las proteínas?
• El conocimiento de la estructura de una proteína ofrece una visión
amplia de su función biológica.
• Permite relacionarla con enfermedades
• Permite abordar tratamientos específicos
• Permite estudiar las interacciones con otras proteínas y con ligandos
• Dirige el diseño de fármacos que estimulen o inhiban su función
• Dirige el diseño de fármacos que bloque su sitio activo
• Dirige el diseño de fármacos que impidan o bloqueen las interacciones
con otras proteínas
• Permite el diseño de nuevas funciones
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Biología estructural
• La Biología estructural es una rama de la biología molecular, la bioquímica y la biofísica que
estudia la estructura de macromoléculas biológicas tales como las proteínas y los ácidos
nucleicos, el origen de esta estructura y su relación con la función biológica de las
macromoléculas.
• Aun hay muchos centros que trabajan en Biología estructural de moléculas concretas
• Genómica estructural
• La Genómica estructural se ocupa de la determinación de la conformación tridimensional de
todas las proteínas codificadas por un genoma dado, con el propósito de facilitar la
caracterización funcional de proteínas basada en su secuenciay la obtención de estructuras
desconocidas a partir de proteínas con secuencias homólogas de aminoácidos analizadas
con esta técnica(1).
• Más ambiciosa en su concepción, actualmente la mayor parte de los avances y resultados
en cuanto a investigación de estructuras, se obtienen en centros de Genómica estructural.
• “Sin embargo, la eficiencia de los principales laboratorios de biología estructural, a pesar de
que trabajan en estructuras muy desafiantes, es comparable a la de los centros SG;
además, los documentos tradicionales de biología estructural se citan significativamente
más a menudo, lo que sugiere un mayor impacto actual” (2). DOI: 10.1126/science.1121018
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Sin embargo, todas las aproximaciones experimentales tiene limitaciones
• Ello hace necesario buscar métodos predictivos que ofrezcan
aproximaciones y resultados disminuyendo el esfuerzo experimental
• Los métodos predictivos deben proporcionar resultados basados en
resultados obtenidos previamente experimentalmente y deben permitir
optimizarlos
• Predicciones:
• 1D
• Propiedades de residuos, composición atómica, propiedades de la molécula en su conjunto,
estructuras secundarias, accesibilidad del disolvente, localización subcelular, estabilidad,
modificaciones postraduccionales, Helices transmembranas…
• 3D
• De novo o ab initio
• Comparative modeling
• Threading
• Evaluación de modelos
• Docking
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Siempre se requiere un conocimiento profundo previo
de la proteína:
• Localización celular
• Función
• Tejidos en los que se expresa
• Inducibilidad o expresión constitutiva
• Organismo
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 1D
• La información más inmediata que podemos sacar de
la secuencia de una proteína:
• Características físico-químicas de sus residuos.
• Esta información se empleará posteriormente en la
predicción de la estructura
• Protscale (expasy Tools) Calcula y representa perfiles producidos por
una cadena de aas. En fución de hasta 50 aspectos distintos (hidro/ab.,
polaridad, Chou-Fasman .. )
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 1D
• Estructura Secundaria
• La información más importante para predecir uan estructura secundaria está en las secuencia
de aa (estruuctura primaria)
• Partiendo de una secuencia de aa predecir las posibles estructuras secundarias en que se
puede plegar la cadena
• La mayoría de los métodos usan redes neuronales comparando proteínas resueltas con
estructura secundaria conocida para hacer propuestas
Prof. Basado en alineamientos múltiples y otras caracteristicas de los residuos obtenidas de
bases de datos
PSlpred. Basado en perfiles generados con psi-blast
JPred. Combina alineamientos múltiples y perfiles HMM con técnicas de consenso para
aumentar la exactitud (variaciones evolutivas)
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
• Es sin duda el proceso más complejo
• Una proteína está compuesto de muchos
átomos
• Predicción de la posición de cada átomo en el
espaci en el entorno en el que se encuentra que
hace que la estructura sea estable (y functional)
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
de novo o ab initio
• Basado en la Hipóteis termodinámica de mínima
energía (Anfinsen 1962): la conformación nativa y
funcional de una proteína es la de mínima energía (la
más estable energéticamente) en el entorno
intracelular.
• Predicción de la estructuras como la conformación
correspondiente al mínimo global de una función de
energía potencial determinada.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
de novo o ab initio
• Etot = Es + Eo + Ew - Enb
• Energía vibracional de enlace (Es)
• Potencial de Morse Es = Σ De[1 - e-α(l - lo)]2
• Potencial armónico Es = Σ κl (l - lo)2
• Energía de torsión de enlace (Eθ)
• Eθ = Σ κθ (θ - θ0)2
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
de novo o ab initio
• Etot = Es + Eo + Ew - Enb
• Energía de ángulo diedro (Eω)
• Eω = Σ Vn(1 + scosηω)
• Interacciones no enlace (Enb)
• Enb = Evdw + Eel
• E Van der Waals
• Potencial Lennard-Jones
• E electrostático
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
de novo o ab initio
• No requieren la existencia de un 'molde'.
• Proteínas correspondientes a plegamientos
totalmente nuevos pueden ser resueltas.
• La única información imprescindible es la
secuencia de aa. Emplean datos
experimantales o teóricos (ets., sec., hidrofob.
etc)
• Se portan bien para secuencias muy cortas
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
de novo o ab initio
• Generalmente emplean representaciones
simplificadas de la proteína (backbone,
Cα, etc)
• Predicción de estructuras secundarias a
partir de alineamiento múltiple.
• La función de potencial se hace mínima
por distintos procedimientos.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
de novo o ab initio. Métodos
• Combination. EM Monte Carlo para buscar en el
espacio de las conformaciones
• FRAGFOLD. Bases de datos de elementos de
estructura secundaria estándar
• Rosetta. Monte Carlo para buscar en el espacio de
conformaciones sobre segmentos pequeños de
secuencia
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
Modelos Comparativos
• La estructura 3D está mas conservada que la
secuencia
• Pequeños cambios en la secuencia de aa
resultan en pequeños cambios en la
estructura
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
Modelos Comparativos
• Aplicable cuando existe un homólogo de estructura conocida
• Si la homología es alta (> 40% y el alineamiento es bueno, las
regiones con estructura secundaria (core de la proteína) no suelen
tener problemas a la hora de modelarse. En este caso se toman las
coordenadas del esqueleto y los Cα en de la estructura molde.
• Regiones loop, distintas aproximaciones dependiendo del programa
(resultados menos fiables)
• Para las cadenas laterales se usan librerías de rotámeros y
dinámica molecular o minimización de energía
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
Modelos Comparativos: Pasos a seguir
• Identificación de estructuras
relacionadas o modelos
• Alineamiento
• Construcción del modelo
• Evaluación del Modelo
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
Modelos Comparativos
• Modelado por homología
• Threading (enhebrado)
• Evaluación de los modelos
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
Modelos Comparativos
• Modelado por homología
El modelado por homología se usa para aquellas
proteínas que tienen homólogos con sus estructuras
proteicas resueltas experimentalmente depositadas en
el Protein Data Bank (PDB).
Cuanto mayor sea la homología de aa en la secuencia y
la cobertura entre las dos proteínas mejor será la
predicción.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicciones 3D
Modelos Comparativos
• Threading (enhebrado)
El enhebrado de proteínas, también conocido como reconocimiento
de pliegues, es un método de modelado de proteínas que se usa
para modelar aquellas proteínas que tienen el mismo pliegue que
las proteínas de estructuras conocidas, pero que no tienen
proteínas homólogas con estructura conocida.
Se diferencia del método de modelado por homología en que se
usa para proteínas que no tienen sus estructuras proteicas
homólogas depositadas en la Protein Data Bank (PDB). Se
comparar estructuras, no secuencias de aa.
Threading funciona utilizando el conocimiento estadístico de la
relación entre las estructuras depositadas en el PDB y la secuencia
de la proteína que se desea modelar.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• La elucidación de la estructura de una proteína o
un polipéptido requiere un elevado esfuerzo y
tiempo que muchas veces no tiene la adecuada
recompensa.
• Actualmente se conocen dos técnicas
experimentales que permiten elucidar la estructura
de una cadena polipeptídica a nivel atómico:
• Cristalografía de Rayos X (el método más antiguo y
preciso. El resultado es una estructura de una proteína
“media”. La primera estructura de una proteína obtenida
por Rayos X fue la de la Mioglobina (Kendrew et al. 1985).
Desde entonces más de 20.000 estructuras de proteínas se
ha descrito mediante difracción de Rayos X.
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
LA CRISTLOGRAFÍA DE RX NO ES
INFALIBLE
Purificación • La cristalografía de RX requiere que la
proteína sea estudiada en un estado
Cristalización sólido “artificial” alejado de las
condiciones naturales (líquidas) en la
que se encuentra la proteína. Como
resultado no todas las partes de la
proteína (especialmente la regiones
móviles) son observables en la
estructura de rayos x. Estas regiones
están abiertas a interpretaciones.
• Resolución de 3 Ao o menos.
• El factor R (una medida de la
Cristales de lisozima (Fran Rey) concordancia entre la estructura
calculada y los datos experimentales,
0,0-0,59) para las mejores estructuras
de proteínas es típicamente 0,25,
mientras que para moléculas
https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Difraccion_rayos_x.png
pequeñas es 0,05.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Espectroscopía de RMN. Una técnica
mucho más reciente (la primera proteína
fue resuelta en 1983) y algo más
complicada. Esta técnica permite estudiar la
estructura y la dinámica de la molécula
disuelta en un estado cercano al fisiológico.
El resultado en una serie de 15 a 50
estructuras similares de la proteína que
satisfacen las restricciones experimentales.
• El resultado de RMN refleja probablemente
el comportamiento real, ya que muchas
proteínas parecen existir en un conjunto de
configuraciones ligeramente diferentes.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Las proteínas son probablemente las entidades
químicas más complejas en la Naturaleza.
Ninguna otra clase de molécula exhibe la
variedad e irregularidad en forma, tamaño,
textura y movilidad que presentan las
proteínas.
Momento dipolar del enlace peptídico
• La estructura de una proteína es
inherentemente compleja de ahí que se haya
hecho una gran esfuerzo para intentar
simplificar su descripción y buscar elementos
estructurales subyacentes
• La aproximación utilizada para describir la
estructura de una proteína se conoce como el
Método Jerárquico: las proteínas se describen
con diferentes niveles de estructura con
complejidad creciente, lo que facilita su Ángulos diédricos:
Φ psi: ángulo de torsión Cα-N
comprensión y estudio. Ψ phi: ángulo de torsión Cα-Carbonilico
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
Momento dipolar del enlace peptídico
Ángulos diédricos:
Φ psi: ángulo de torsión Cα-N
Ψ phi: ángulo de torsión Cα-Carbonilico
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• El nivel más simple se denomina estructura primaria la
cual hace referencia a la secuencia aminoácidos que la
forman. La naturaleza y características intrínsecas de
este polímero hace que virtualmente no pueda existir en
una conformación extendida.
• En otras palabras, debido a sus características
intrínsecas las proteínas tiene una tendencia natural a
formar estructura complejas.
• Por convenio, la secuencia de una cadena polipeptídica
se lee siempre a partir de su extremo amino: (Nt
Ct)
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• La secuencia de aa de una cadena polipeptídica se
puede determinar de distintas formas: Nº de acceso
• Secuenciación química (Edman) • U01143
• U06753
• Espectrometría de masas: Digestión enzimática, fragmentación y • AM746703
análisis de fragmentos. Comparación en biblioteca de fragmentos. • AM746706
• Análisis del ADN que codifica la cadena polipeptídica (indirecto). • FN868843
Búsqueda de secuencias de nucleótidos en bases de datos y • FR77358
traducción: https:// • CBX53576
blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch
• https://web.expasy.org/translate/
• La comparación de la estructura primaria de una misma
proteína entre especies diversas aporta información
desde los puntos de vista funcionales y filogenético:
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Métodos predictivos de análisis de
polipéptidos y de proteínas
Comparación de secuencias de aa: identificación de proteínas
homólogas
• BLASTp (NCBI, permite la búsqueda de secuencias homólogas en
bases de datos
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins
• EMBOSS paquete informático reducido de cadenas polipeptídicas
https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/
• Clustal omega, para comparer secuencias y estudiar homologías.
Permite la construcción de árboles filogenéticos sencillos
(dendogramas y cladeogramas)
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Como consecuencia del establecimiento de enlaces
peptídicos entre los distintos aa que forman la proteína
se origina una cadena principal o "esqueleto" a partir del
cual emergen las cadenas laterales de los aa.
• La unidad repetitiva básica que
aparece en la cadena principal de
una proteína es: (-NH-Cα-CO-).
• Para simplificar la visualización las
proteínas se representan mediante
diagramas esquemáticos
simplificados de su cadena
principal.
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
• Un exceso de información complica
enormemente el entendimiento de
la estructura y la comparación entre
cadenas polipeptídicas
• Se utilizan representaciones
esquemáticas en las que están
representadas el discurrir de la
cadena principal y su plegamiento.
• Cuando es necesario aparecen
reflejadas las cadenas laterales de
aa que cumplen una función
específica: unión a un grupo
prostético, átomo metálico o del
sitio activo
• Cada parte de la cadena que forma
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• El segundo nivel estructural se denomina estructura
secundaria, el cual hace referencia a la disposición estructural
que adquieren los componentes de la cadena polipeptídica
que se encuentran cercanos en la estructura primaria.
• Son estructuras repetitivas que resultan de las interacciones
por puentes de hidrógeno que se da entre grupos –NH- y –CO-
dentro de la cadena principal
• Las estructuras secundarias más comunes se pueden
clasificar en:
• Hélices (aproximadamente el 35 % de todos los residuos)
• Láminas β (aproximadamente el 25 % de todos los residuos)
• Otras
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Hélices α y láminas β
• Se caracterizan por presentar un Hélices α
patrón regular de puentes de
hidrógeno que se mantiene a lo
largo de al menos 3 residuos y
por que los aa que la forman
tiene similares ángulos Φ (phi) y
Ψ (psi).
• Son las estructuras secundarias
más abundantes
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Hélices α y láminas β Láminas β
• Se caracterizan por presentar un
patrón regular de puentes de
hidrógeno que se mantiene a lo
largo de al menos 3 residuos y
por que los aa que la forman
tiene similares ángulos Φ (phi) y
Ψ (psi).
• Son las estructuras secundarias
más abundantes
Paralela Antiparalela
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Hélices α y láminas β Láminas β
• Se caracterizan por presentar un
patrón regular de puentes de
hidrógeno que se mantiene a lo
largo de al menos 3 residuos y
por que los aa que la forman
tiene similares ángulos Φ (phi) y
Ψ (psi).
• Son las estructuras secundarias
más abundantes
Mixta
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
Otras estructuras
secundarias menos Giros β
abundantes
• Giros β
• Bucles/lazos Ω
• Otras. • Secuencias de la cadena polipeptídica
• Segmentos con estructura con estructura α o β a menudo están
conectadas entre sí por medio de los
al azar
llamados giros β. Son secuencias
cortas, con una conformación
característica que impone un brusco
giro de 180o a la cadena principal de un
polipéptido.
• Giros β prolina
• También se denominan “hairpin loops”
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Otras estructuras secundarias
menos abundantes
• Giros β Bucles/
lazos Ω
• Bucles/lazos Ω
• Son secuencias más largas, de
• Otras hélices. entre 6 y 16 aa, expuestas al
disolvente, que no tienen una
• Segmentos con Estructura al estructura secundaria regular.
azar • Al introducir un giro en 3D en la
cadena polipeptídica, ambos
extremos de la región quedan
muy cercanos, adoptando una
estructura que recuerda a la
letra griega Ω.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Otras estructuras
secundarias menos Otras
abundantes hélices
• Giros β
• Bucles/lazos Ω
• Otras hélices.
• Segmentos con Estructura
al azar.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
• Estos elementos de estructura secundaria pueden asignarse
aproximadamente al 65-75 % de los aminoácidos de las proteínas.
• Los elementos de estructura secundarias se asocian en motivos
simples.
• A estas asociaciones que aparecen repetidas en la estructura de muchas
proteínas se les denomina Motivos o Estructuras Supersencudarias.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
Estructuras Supersecundarias
En proteínas con estructura terciaria globular es frecuente encontrar
combinaciones de estructuras al azar, α y β con una disposición
característica que se repite en distintos tipos de proteínas. Son los
llamados motivos estructurales o estructuras supersecundarias.
Algunos están formados por hélices-α, otros por láminas-β, y otros
por combinaciones de las dos. De entre las más abundantes,
podemos destacar:
Elemento Motivo
a-hélice…. Hélice-
Coiled-coil Mano EF 4 Hélices
giro-hélice
estructura Horquilla β Meandro β Barril β Hélice β
b
a-b β-α-β Rossmann
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
Estructuras Supersecundarias
Hélice-giro-Hélice
Formada por dos α-hélices cortas,
conectadas entre sí mediante un tramo
sin estructura secundaria (o a veces un
giro β).
Es característico de proteínas que
interaccionan con el DNA.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Introducción a la estructura de
proteínas
Estructuras Supersecundarias
Coiled-coil
Es un motivo estructural formado por dos α-
hélices yuxtapuestas (Figura de la izquierda).
A menudo, estas dos hélices interaccionan
entre sí mediante cadenas laterales de leucina
(Figura de la derecha, en color azul),
originando una estructura llamada "cremallera
de leucina" que aparece frecuentemente en
proteínas que interaccionan con el DNA.
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Supersecundarias
Mano E-F
Formada por dos α-hélices conectadas
entre sí por un giro.
Está presente en proteínas que se unen a
calcio como la calmodulina o la troponina-
C.
La unión al Ca++ (átomo de color verde o
naranja en las figuras) se lleva a cabo
gracias a las dos cadenas laterales de Asp
localizadas en la secuencia que conecta las
dos hélices.
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Supersecundarias
Horquilla β
Es el motivo más simple en el que aparecen
hebras β. También se denomina unidad β-β
Es un motivo estructural muy sencillo en el
cual dos hebras β adyacentes se orientan de
forma antiparalela y están conectadas por
medio de un segmento con estructura al
azar.
Inhibidor de tripsina
Se encuentra con mucha frecuencia en las Erabutoxina
proteínas y no se le relaciona con ninguna
función concreta.
La longitud de la región bucle es de entre 2 a
5 residuos
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Supersecundarias
Motivo en Greca o llave griega
Se corresponde con el de una lámina β
antiparalela formada por 4 hebras.
Se denomina así por el parecido que
muestra con los motivos ornamentales
encontrados en la cerámica griega.
No está asociado con una función
específica, pero se presenta
frecuentemente en la estructura de
proteínas.
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras
Supersecundarias
β-α-β
Motivo estructural mediante el
cual dos hebras β se orientan
de forma paralela (en rojo en la
figura) mediante un segmento
que contiene una hélice α y dos
segmentos con estructura al
azar.
Aunque se pueden dar dos
posibles estructuras la “a” de la
figura inferior es la que
principalmente se encuentra en
las proteínas (“mano derecha”)
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructura terciaria
• Hace referencia a la ordenación especial de los residuos de aminoácidos
que están alejados en la estructura primaria.
• Es la estructura que presenta una proteína funcional
• También se le denomina Dominio, pues se considera que poseen la
propiedad de plegarse de forma independiente.
• El dominio está asociado a una función.
• Muchas proteínas presentan varios dominios funcionales.
• Son el resultado de la asociación de motivos y elementos de estructura
secundaria.
• El interior de las proteínas es hidrofóbico y excluye al agua
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructura terciaria
• Tres principales grupos
• Dominios Alfa, formados exclusivamente por hélices-α conectadas por
segmentos con estructura al azar
• Dominios Alfa-Beta, formados por hélices-α la láminas-β conectados por
segmentos con estructura al azar
• Dominios Beta, formados exclusivamente por láminas-β conectadas por
segmentos con estructura al azar
Introducción a la estructura de
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
proteínas
Estructuras Terciaria
Dominios alfa: 4 y 8 hélices α.
En este motivo, cuatro α-hélices se
asocian a lo largo de su eje 8 hélices α
longitudinal.
Los residuos hidrofóbicos se apiñan en
el interior de una forma tan compacta 4 hélices α
que el agua queda totalmente excluida.
El centro activo de proteínas como el
citocromo b562 o la miohemeritrina
está localizado uno de los extremos de
la zona hidrofóbica de esta estructura
terciaria. Plegamiento globina
Los residuos hidrofílicos se localizan en
la superficie.
El plegamiento de globina está
presente en la mioglobina y la Citocromo Miohemeritrina
hemoglobina con 8 hélices α. b562
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Terciaria
Dominios β
Son numerosos los tipos de estructuras
incluidos en este grupo de estructura
terciaria
En esta estructura numerosas hebras β
orientadas de forma antiparalela se
entrecruzan entre sí dando lugar a una
especie de canasta o barril o súper Superoxido dismutasa
barril, donde los residuos hidrofóbicos se
acumulan en el interior.
Barril β
Este motivo estructural aparece en la
Superóxido dismutasa y en la
proteína que une retinol (RBP),
donde 8 hebras β adoptan esta Retinol Binding Protein
configuración y la molécula de retinol se
acomoda en el interior dejando fuera
únicamente su grupo OH.
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Terciaria
Dominios α-β
Son las estructuras más regulares y
más frecuentes.
Consisten en una lamina β paralela
o mixta rodeada de hélices α.
Hebras-β y hélices-α están unidas a
través de segmentos con estructura
al azar que forman el sitio de unión
al sustrato.
Todos las enzimas glucolíticas
presentan esta estructura, además
de otras enzimas transportadoras.
Pueden ser estructura cerradas (a)
(tipo barril) y abiertas (b)
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Terciaria
Dominios α-β
Fosforribosil Antranilato
Isomerasa e Indoleglicerol
Fosfato sintasa son dos
enzimas implicadas en la
Biosíntesis de triptófano en E.
coli que presentan dos
dominios funcionales tipo
barril α/β
Ambas actividades
enzimáticas se encuentran en
regiones opuestas de la
molécula.
Fosforribosil Antranilato Isomerasa e Indoleglicerol
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Estructuras Terciaria
Dominios α/β
Las estructuras α/β abiertas
contienen una lámina β giradas.
Contienen hélices-α a ambos Flavodoxina Adenilato Kinasa
lados de la lámina-β
empaquetando residuos
hidrofóbicos.
Las regiones lazo que unen estos
elementos presentan estructuras
al azar y forman parte del sitio
activo de muchas enzimas
Fosfoglicerato Mutasa
Dominio de unión a ATP en la hexokinasa
Introducción a la estructura de de cadenas polipeptídicas
Análisis predictivo
proteínas
Representaciones de los
plegamientos
• Representaciones en el plano
Es lo que se denomina diagrama de
topología. Se representa con rectángulos,
flechas y líneas entre ambos los elementos FlavodoxinaAdenilato Kinasa
de estructura secundaría tal como se
encuentran en la estructura primaria de la
cadena polipeptídica.
• Representaciones tridimensionales
Se representan cómo interaccionan en el
espacio las distintas estructuras
secundarias que conforman los dominios.
• Representaciones estereoscópicas
Se representa la misma estructura
tridimensional observada desde distintos
ángulos, dando la sensación de observar
la estructura real en 3D Proteína A del reovirus aviar.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Métodos predictivos de análisis de polipéptidos y proteínas
Utilizaremos herramientas bioinformáticas de análisis disponible en la
red.
Un paquete informático bastante completo, de uso libre se encuentra
disponible en la siguiente dirección web:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Otro paquete informático es:
http://web.expasy.org
Además os aconsejo que busquéis en la red herramientas informáticas
de análisis de cadenas polipeptídicas alternativas y hagáis
comparaciones de los resultados obtenidos.
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Métodos predictivos de análisis de polipéptidos y proteínas
Bases de datos Biológicos
Incluyen datos de secuencia de ácidos nucleicos, proteínas, genomas,
expresión, de estructura de proteínas…
Las bases de datos más relevantes son:
• Bases de datos de nucleótidos
• NCBI (EEUU)
• EMBL (Europa)
• DDBJ (Japón)
• Bases de Datos de Proteínas
• Uniprot
• Swiss-prot
• PDB
• MMDB
• SCOP
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Métodos predictivos de análisis de polipéptidos y proteínas
Bases de datos Biológicos
Incluyen datos de secuencia de ácidos nucleicos, proteínas, genomas,
expresión, de estructura de proteínas…
Las bases de datos más relevantes son:
Rutas metabólicas:
• KEGG
Enfermedades genéticas humanas:
• OMIM
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Métodos predictivos de análisis de polipéptidos y proteínas
Utilizaremos herramientas bioinformáticas de análisis disponible en la red.
• Propiedades fisicoquímicas
• Índices de polaridad e hidrofobicidad, polaridad
• Índice de protrusión (exposición al disolvente)
• Sitios característicos (de modificación): glicosilación, localización, acetilación, fosforilación…
• Vida media e índice de inestabilidad
• Localización subcelular, puentes disulfuro y otros
• Dominios funcionales y función
EXPASY
https://www.expasy.org/structural_bioinformatics
http://web.expasy.org.protparam/
EMBOSS
https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicción de estructuras de proteínas
Utilizaremos herramientas bioinformáticas de análisis disponible en la red.
• Estructura secundaria
• Regiones transmembrana
https://predictprotein.org/
• Estructura terciara y Modelado Interactivo
https://swissmodel.expasy.org/
• https://swissmodel.expasy.org/interactive
https://www.proteinmodelportal.org/
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
http://osddlinux.osdd.net/raghava/pepstrmod/nat_ss.php
https://rosie.graylab.jhu.edu/signup
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicción de estructuras de proteínas
Bases de datos:
https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/bases_datos.html
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicción de estructuras de proteínas
• El programa RASMOL
http://www.ehu.eus/biofisica/juanma/rasmol/rasmol.htm
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_molecular_graphics_systems
El programa Jmol y Biomodel
http://biomodel.uah.es/inicio.htm
Protopedia
http://biomodel.uah.es/anun/cursos/Proteopedia2014/inicio.htm
Protein Structure
http://chemistry.umeche.maine.edu/MAT500/Lecture1.htm
Análisis predictivo de cadenas polipeptídicas
Predicción de estructuras de proteínas
• Protein Modeling
http://chemistry.umeche.maine.edu/MAT500/Lecture2.html
• Curso Predicting Protein Structure
http://chemistry.umeche.maine.edu/MAT500/Lecture3.html
• https://www.Predictprotein.org
