Análisis de Hibridación
Genómica comparativa por
Array
(Array CGH)
Karen Alejandra Báez Sanabria
Residente de Pediatría – 2do año
Contenido:
01 Fundamentos tecnicos de la prueba
Indicaciones, Limitaciones y Comparación
02 con otros estudios
Ejemplos de trastornos genéticos diagnosticados con Array
03 CGH
01
Generalidades
Array CGH
Análisis de Hibridación Genómica comparativa por
Array (aCGH)
Técnica citogenética basada en la comparación de dos muestras de
ADN diferentes (Una de referencia y una analizada)
Estudio cromosómico que ha permitido determinar cambios en el
número de copias en los genomas, reorganizaciones criticas y
desequilibrios cromosómicos
Además se pueden detectar polimorfismos de nucleótidos que
proveen información adicional sobre pérdida de heterocigosidad,
indicando deleción o disomia uniparental.
Tecnología de elección para evaluar alteraciones del número de
copias, asociadas a características como RM, retraso del desarrollo,
autismo o dismorfismo
El aCGH es usado como método para revisar todo el genoma
y la resolución depende del número y tamaño de las sondas
usadas
Muchos laboratorios utilizan un umbral de tamaño, desde 50
hasta 500 kilobases para reportar deleciones y desde 150
hasta 500 kilobases para reportar duplicaciones
El Array CGH detecta alteraciones de entre 50 000 y 200
000 nucleótidos
CGH no requiere células que se estén dividiendo.
Fundamentos Técnicos
01 02 03 04
El ADN del paciente y un ADN Esta hibridación in situ con Color amarillo de las Colores verdes y rojos
control son marcados, fluorescencia, hecha en placas regiones no afectadas indican pérdidas o
mezclados en proporción 1:1 e con pozos de secuencias por CNV ganancias del ADN del
hibridados junto con un ADN genómicas definidas, resulta paciente respectivamente
de un donante normal. en:
Interpretación
• Probablemente patógena
La decisión más crítica es si una Sistema de 3 categorías para • Probablemente benigna
CNV es considerada benigna o clasificar las CNV halladas en un • Variante de Significancia
patológica. aCGH: Desconocida (VUS
La asignación de una CNV a una de estas Si una CNV no ha sido reportada previamente,
categorías puede hacerse revisando la literatura el proceso de clasificación involucra el análisis
y usando buscadores genómicos que muestran del tamaño, contenido y asociación con
las CNV patológicas y benignas reportadas fenotipos anormales, teniendo varias
consideraciones generales.
Alteraciones candidatas para ser responsables de los trastornos o patológicas, aquellas que
implican pérdidas, tienen gran tamaño, son ricas en genes o son de novo
Alteraciones candidatas para no ser responsables de los trastornos o benignas aquellas que
no contienen genes, contienen genes que no se ha demostrado que sean sensibles a la dosis, las
cercanas a otras alteraciones reportadas como benignas o las heredadas de un padre normal;
Variante de significado desconocido, las que contienen uno o más genes con funciones mal
definidas, contienen elementos reguladores o las que no encajan en las otras dos categorías
Figura 2 – Representación esquemática de un array personalizado
Indicaciones
• Diagnóstico prenatal de anomalías congénitas • Deleciones como las ocurridas en
o enfermedades genéticas causadas por Síndrome de cri-du-chat, Sx de Prader
cambios en la cantidad de material hereditario Willi y Angelman
• Detección de las alteraciones cromosómicas
de las células cancerosas para • Enfoque de discapaciadad intelectual,
poder clasificar el tipo de tumor
retraso de neurodesarrollo, TEA
• Facilitar el pronóstico del cáncer y optimizar
el tratamiento del paciente
Diagnóstico genético prenatal
Estudio de la presencia de determinadas alteraciones cromosómicas en el genoma del feto y en el diagnóstico genético
preimplantatorio, para la selección de embriones libres de dichas anormalidades.
La aplicación del CGH en este campo, implica la previa amplificación del genoma proveniente de una única célula que será
posteriormente estudiado.
Más rápido, preciso, con mayor resolución y por evitar el uso de cultivos celulares.
Esta técnica permitirá mejorar la eficiencia de la fecundación in vitro aumentando la tasa de implantación de embriones y
reduciendo el número de embarazos múltiples y abortos espontáneos.
Además, el CGH array permitirá detectar el sexo del genoma analizado (feto) ya que permite distinguir el doble cromosoma
X a través de un marcaje de XX sobre XY usando una muestra control de un individuo cuyo sexo es conocido.
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Anormalidades genómicas en cáncer
Las alteraciones genéticas y reordenamientos se producen con frecuencia en el cáncer y contribuyen a su patogénesis.
Uso clínico en el diagnóstico, el cáncer de clasificación y el pronóstico.
No todas las pérdidas de material genético son patogénicas, ya que un poco de material de ADN es fisiológicamente
perdido durante la reordenación de subgenes de inmunoglobulina.
• La matriz de CGH puede aplicar no sólo al descubrimiento de anormalidades cromosómicas en el cáncer, sino
también para el seguimiento de la progresión de los tumores.
• La diferenciación entre lesiones metastásicas y suaves también es posible mediante FISH una vez que las anomalías
fueron detectadas por el arreglo de CGH.
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Aberraciones submicroscópicas
El síndrome de Prader-Willi (SPW) es una anomalía estructural paterna que implica a la región cromosomica 15q11-13,
mientras que una aberración materna en la misma región causa el síndrome de Angelman (AS).
• En ambos síndromes, la mayoría de los casos (75%) son el resultado de una supresión Mb a 3-5 de la región PWS/AS
crítica.
• Estas pequeñas aberraciones no se pueden detectar usando citogenética o el CGH convencional, pero se pueden detectar
fácilmente utilizando arreglo de CGH.
Cuando se utiliza la superposición de microarreglos, también es posible descubrir los puntos de interrupción que participan
en las aberraciones cromosómicas.
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Limitaciones
1)
Puede arrojar resultados no concluyentes como VUS, no detecta poliploidias (sí detectados por el
cariotipo), ni detecta mutaciones puntuales (tampoco detectadas en el cariotipo)
2)
No detectará reordenamientos equilibrados translocaciones equilibradas, inserciones o inversiones
equilibradas, ni diferenciar trisomías libres de translocaciones robertsonianas desequilibradas que pueden
detectarse mediante cariotipo o FISH.
3)
Costo: En Colombia oscila entre 1500 y 3000 dólares, y en Europa y Estados Unidos es
aproximadamente 500 euros y 1500 dólares respectivamente
Cromosomas marcadores también pueden
Se pueden pasar por alto algunas aneuploidías pasarse por alto según el tamaño, la
XYY, si se utiliza el control de género composición del marcador y la cobertura de la
incorrecto. matriz de la región cromosómica específica
presente en el marcador.
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Tampoco debe usarse en casos de antecedentes
familiares de reordenamiento cromosómico en No puede detectar mosaicismo de bajo nivel o,
un individuo fenotípicamente normal o en en algunos arreglos poliploidía.
casos de abortos espontáneos múltiples.
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Comparación con otros
estudios
Ventajas Generales
El resultado del aCGH está disponible El proceso es sistematizado y no es
en cuatro a siete días, operador dependiente,
• Herramienta poderosa para la detección de anomalías cromosómicas submicroscópicas en personas
con RM idiopático y diversos defectos congénitos
• Tasa de detección de anomalías cromosómicas del 10% al 20% en niños con RM / retraso en el
desarrollo con o sin anomalías congénitas
**Sólo el 3% -5% de estas anomalías serían detectables por otros medios.
En 2010 se publicó un documento de consenso23 y un artículo de análisis
económico sugiriendo al aCGH como primera prueba diagnóstica, reemplazando
el cariotipo en pacientes con problemas neurológicos, autismo, déficit cognitivo
o RN con anomalías congénitas de etiología desconocida.
Es mas sensible a la deteccion que el cariotipo:
• Cariotipo de alta resolución detecta deleciones de 3-5 Mb y duplicaciones mayores de 5 Mb.
• Microarrays detectar CNV (Copy Number Variation ) tan pequeñas como 100 kb y matrices Oligo
aCGH, CNV tan pequeñas de un solo exón.
Análisis posteriores comparando aCGH, cariotipo,
MLPA y QF-PCR, encontraron ventajas del aCGH
sobre las otras pruebas, al examinar todo el genoma
con mejor resolución para la detección de pérdidas o
exceso de material genético
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23
24
Ejemplos de Diagnóstico
Deleciones y microdelecciones
Síndrome de Prader Willi
- Enfermedad genética multisistémica con discapacidad intelectual
- Prevalencia al nacer se ha estimado en 1/ 15.000-30.000 en todo el
mundo
Causada por una deleción 15q11-q13 de origen paterno, una disomía
materna o, muy raramente, defectos de impronta en la misma región.
-Los genes de estas regiones están fisiológicamente regulados por
impronta con el alelo materno silenciado.
- Si el alelo paterno está ausente, defectuoso o silenciado se produce
el SPW.
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Características Clínicas
• Hipotonía al nacer va asociada a pobres habilidades orales
y sociales que se mantienen durante toda la vida
• Hiperfagia y ausencia de sensación de saciedad con la
comida lo que suele conducir a obesidad grave en los niños
afectados de hasta tres años
• Rasgos faciales característicos frente estrecha, ojos almendrados, labio superior fino y boca
inclinada hacia abajo), así como manos y pies muy pequeños, aumento de peso ascendente.
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• Talla baja deficiencia de hormona del crecimiento (GH)
• Desarrollo puberal incompleto hipogonadismo de origen mixto (central y periférico), pubarquia precoz
• Hipotiroidismo y rara vez deficiencia de corticotropina
• El grado de disfunción cognitiva varía ampliamente de un niño a otro, siendo de leve a moderado en la mayoría
de los individuos
• Problemas de aprendizaje, del habla y de desarrollo del lenguaje que se agravan aún más por los problemas
psicológicos y de comportamiento, dificultad en las habilidades sociales y el control de las emociones
Diagnóstico
Sospecha Prenatal: Puede sospecharse en el último trimestre de gestación en base a la detección de
polihidramnios, disminución de los movimientos fetales y posiciones anormales de manos y pies con o sin
restricción del crecimiento fetal
Sospecha Perinatal: en la presentación de hipotonía neonatal grave, confirmando el diagnóstico mediante
pruebas genéticas que deberán incluir un análisis de metilación, hibridación fluorescente in situ y pruebas de
disomía uniparental.
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Asesoría genética
La mayoría de los casos son esporádico
Sin embargo, en raros casos, puede producirse una transmisión dominante con un riesgo de transmisión
a la descendencia del 50% cuando el padre presenta un defecto de impronta.
Síndrome de Angelman
Trastorno neurogenético caracterizado por una
discapacidad intelectual profunda y rasgos dismórficos
faciales distintivos.
70 -75% por deleción de la región 15q11.2-q13
(responsable por el síndrome) en el cromosoma 15
heredado de la madre
Prevalencia entre 1/10.000 y 1/20.000
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Etiología
Deleción de la región crítica 15q11.2-q13 en el cromosoma 15 heredado de la madre
Disomía uniparental del cromosoma 15 paterno
Un defecto de impronta genómica
Una mutación en el gen UBE3A
Un mecanismo no identificado
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Rasgos Faciales - Mujeres
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Rasgos Faciales - Hombres
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Otras Características Clínicas
• Apariencia normal en el nacimiento
En los primeros 6 meses de vida pueden darse dificultades en la alimentación e hipotonía, seguidos de un retraso
psicomotor entre los 6 meses y los 2 años de edad.
• > 1 año: Discapacidad intelectual profunda, ausencia de habla, estallidos de risa con aleteo de manos, microcefalia,
macrostomía, hipoplasia maxilar, prognatia y problemas neurológicos con marcha de tipo marioneta, ataxia y crisis
epilépticas con anomalías específicas en el electroencefalograma
• Aspecto feliz, hiperactividad sin agresividad, escasa capacidad de atención, excitabilidad y trastornos del sueño con
disminución de la necesidad de dormir, incremento de la sensibilidad al calor, atracción y fascinación por el agua.
Asesoría Genética
El riesgo de recurrencia depende de los mecanismos genéticos subyacentes:
Casos de deleciones en la región localizada en 15q11.2-q13:
- Una mujer tiene un riesgo del 50% de tener un hijo afectado
- Los hombres afectados tienen un riesgo del 50% de tener hijos con síndrome de Prader-Willi.
En mutación en el gen UBE3A:
- Una mujer tiene un riesgo de 50% de tener hijos con esta condición.
-Un hombre tiene un riesgo del 50% de transmitir la mutación a sus hijos, que serían portadores, pero ninguno
se vería afectado, sin embargo, las hijas que heredaron la mutación del padre tendrían un riesgo del 50% de
tener un niño con síndrome de Angelman.
Si una mujer tiene un defecto de impronta tiene un riesgo del 50% de transmitirla a sus hijos.
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Síndrome de Cri du chat
Incidencia de 1/15.000 y 1/45.000
Trastorno del desarrollo durante la embriogénesis poco
frecuente causado por una deleción total o parcial del
brazo corto del cromosoma 5.
La región delecionada incluye el locus 5p15.2 se
encuentra CTNND2 Gen relacionado con el desarrollo
cerebral y la migración neuronal
Se caracteriza por llanto agudo y monotónico en maullido
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Etiología
• Deleción parcial o total del brazo corto del cromosoma 5,
incluyendo la región crítica ubicada entre 5p15.2 y 5p15.3.
• El tamaño de la deleción puede variar de 0,5 a 40 Mb.
• Las deleciones pueden ser terminales (más frecuentes),
intersticiales o debidas a una translocación desequilibrada.
En el 80% de los casos, se trata de una alteración de
novo (no heredada).
En el 20% de los casos, el origen es una traslocación
equilibrada en alguno de los progenitores
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Características Clínicas
El trastorno muestra una elevada variabilidad fenotípica que evoluciona con el tiempo.
Desde el nacimiento, asociado a un grado variable de discapacidad intelectual, retraso psicomotor, microcefalia y dismorfia
facial.
Los neonatos exhiben bajo peso al nacer y microcefalia, así como crisis cianóticas de asfixia y mala succión
La dismorfia craneofacial incluye microcefalia, cara redondeada, puente nasal ancho, hipertelorismo, pliegues epicánticos,
estrabismo, fisuras palpebrales inclinadas hacia abajo, orejas de baja implantación, comisuras inclinadas hacia abajo, paladar
ojival, microrretrognatia y maloclusión.
Por lo general, el retraso psicomotor y la discapacidad intelectual se hacen evidentes en el primer año de vida y se ha
observado la ocurrencia de infecciones respiratorias e intestinales recurrentes durante la infancia.
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La hipotonía pasa a ser
Retraso del crecimiento pre- y hipertonía, la cara se vuelve
postnatal, con mayor afectación alargada y estrecha y el arco
del peso que de la talla. supraorbitario se hace más
prominente
Hay maloclusión dental, las La mortalidad descrita es del
fisuras palpebrales se tornan 10%, con un 75 a 90% de los
horizontales y aparecen canas casos dentro del primer año de
prematuras. vida
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Gracias!
BIBLIOGRAFÍA:
• Rawe V y col. La CGH con arrays (aCGH) para todos los cromosomas.
Reproducción - Vol 27 / Nº 2 / Junio 2012
• Mori M, Mansilla E, García F, et al. Diagnóstico prenatal y array-
hibridación genómica comparada (CGH) (I).Diagn Prenat . 2 0 1
2;23(2):34–48
• Posada S, Osorio VA, Garzón LG, Ramírez-Cheyne J. Hibridación
genómica comparativa: su interpretación y uso como herramienta
diagnóstica en retardo mental inespecífico y síndromes de
microdeleción/microduplicación. [Link]. 2016;29(2):137-44.
• Clavijo CREDITS:
S. Uso de This
la hibridación genómica
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pacientes con retraso global del desarrollo y fenotipo particular. revisión
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sistemática de la literatura. Trabajo de grado pediatría. Universidad del
Rosario. 2013
