Aminoacido
Con una cadena lateral ®
Todos tiene esa estructura
Son anfóteros : aquellas que pueden comportarse como un acido cediendo ptrtones
al medio o comportarse como base aceptando proton
Todos los aminoacidos tiene mínimo un carbono (asimetrico en este caso)(actividad
kiral, actividad optica., hablamsos de estequimeria )
A este nos referíamos como carbono Alfa
Aminoácidos
Cualquier molécula, fijarse en esa particularidd
Alamina tiene un metilo
De manera análoga (cuando un grupo hidroxilo dependiendo si esta a al derecha o la izq
Los aminohacidos biologiv¡camente activoa
(Laminoacidos )
Clasificación de aa
según su cadena lateral
amino ac apolares o alifáticos. No pueden formar puenetes de H con el aua
1. Polares sin carga en PH fisiológico (grupo olas la cadena lateral si forma puenetes de H )
2. puentes con carga negativa a PH fisioloico
3. polares con carga positiva a PH fisiológico
4. ainoacidos aromáticos, tiene guroos aromaidos ( que es??) (1 y 2 )
Pico de abservancia (cnat de luz absorbida,
directamente proporcionar a la
concentración de la sustancia ). 280 nanometros
Monocromador, filtro que solo deja pasar una detrminada longitud de onda,
Puentes disulfuro, necesario `para que una proteína se funcional
Arginina grupo guaninimmio
Grupos carboxilicos en su cadena lateral
Aminoácidos modificados: aquel fruto de una modificación postraduccional
Intermediarios metabólicos, no corresponde a la estructura de ninguno de los
20 aminoaidos, intermediarios de dintesis de ureas e intermediarios metabolicos
Que cargas relativas tendrá a alanina coniciendo su ph
Péptidos y proteínas
Los péptidos son cadenas de aminoácidos.
OLIGOPÉPTIDOS (<20 aa)
POLIPÉPTIDOS (20-50 aa)
PROTEÍNAS (>50 aa)
la secuencia lineal de los aminoácidos que la forman. La estructura primaria contiene toda la
información necesaria para que la proteína sea única y siempre tenga tanto la misma
estructura y función.
Estructura secundaria: es el plegamiento que la cadena polipeptídica adopta gracias a la
formación de puentes de hidrógeno entre los átomos que forman el enlace peptídico.
Estructura terciaria:
se trata de un nivel superior de complejidad determinado por la disposición espacial de las
distintas estructuras secundarias de una cadena polipeptídica. Esta conformación se mantiene
estable gracias a interacciones entre los distintos radicales (R) de los aminoácidos; estas
interacciones pueden ser de varios tipos (no todos ellos contribuyen por igual al mantenimiento
de la estructura terciaria):
Estructura cuaternaria:
este nivel estructural sólo lo presentan aquellas proteínas formadas por más de una cadena
polipeptídica, ya que se trata de la unión mediante enlaces débiles (puentes de hidrógeno,
electrostáticos o hidrófobos) y ocasionalmente puentes disulfuro.
Sucesión nde planos, girara por los enlaces, los ángulos de trosion que se forman, son los
ángulos NO SE QUE MIERDS.
DIAGRAMA DE RAMACHANDRAW
A mayor intensidad del azul, mayor probabilidad de la
que la convim¡nación se de (de los ángulos de
rotación se den )
Estructuras secundarias que se pueden dar
(hélice a y hoja beta plegada)
- intracatenario
La Alfa gira a derechas sobre un eje imaginaria, y
la cadena ploipectidiaca es la que gira. Entre 3 y 4
residuos-
Las cadenas laterales de los aminoácidos quedan
hacia fuera
Va a depender de la naturaleza del aminoácidos
Es la propia secuencia es la que dirige la
estructura secundaria que va adopatr
Hélice a
Hoja beta plegada
Se estabiliza con puentes de H
intercatenarios antipararlelos.
Lámina
Giros beta, estructura de transiccion
Clasificación de proteínas:
-Simples: formada únicamente por aminoacidos
-Conjugadas: aparte de aminoácidos teien upotras porción que no es
proteica( grupo porstetico. Naturaleza: lipido, derivado de una vitamina, un
ion metalico)
CLAS DEPENDIENDODE SU ESTRCTURA:
--PROTEINAS HIDROSAS: confeccionasdas con un solo tipo de estructura
(a o bet) insolubes en agua y en general la funcio es estructural. (ketarina)
-- PORTEINAS GLOBULARES: pueden existir dentro de ellas estructuras
sevundarias ( alfa elute hoja beta plegada) forma esférica y soubles e agua.
Su función es encimartica y trasnportadora.
Queratina
GLOBULARES Prot formada por cadena pl+olipeptidicas, se
orgánicaen 8 alfa elices
TINEE UN GRUPO PROSTETICO (HEMO)
responsable de fijas el oxigeno ( funcioin porien)
almacenamiento de oxigeno en el musculo
Estructura compacta y asimétrica que forman las proteínas.
La mioglobina posee una estructura muy compacta con 153 aas, 8 hélices ,
sólo 2 aas polares en el interior (His).
Grupo hemo perteneza a una fam de moléculas
protoporfirinas. Estructura plana, compuesto orgánico
que contiene nitrógeno, fruto de 4 anillos pirrol unidos
a enlaces meteno.
Tiene un ion hierro, que puede formar 6 enlaces de
coordinación 4 van con anillos pirrol y quedan 2, 1se
une con un enlace a un aestirina concreta de la
cadena polnossequeeee, y el otro para pegar el
oxigeno
Cyando no se metaboliza bien da enfermedades
porfirias
HEMOGLOBINA port tetramerica (4 cadenas- 2 alfa
(141 minoacisos)y 2 beta 146 aminoaciso))
Resonsables del trasporte de oxigeno de los pulmoes
a los tejidos
Es el arreglo tridimensional de las subunidades que forman la proteína.
Fuerzas que estabilizan la estructura:
•puentes de hidrógeno
•interacciones hidrofóbicas
•interacciones electrostáticas
•puentes de azufre
Proteína que pierde su estructura ( se ha desnaturalizado y pierde
su función ) no se puede volver a renaturalizar
La hemoglobina cuando pasa por los pukmones tine una gran
afinidad con el oxigeno, pero cuando llega a los tejidos modula
su actividad, lo expulsa
¿Cómo cambia su afinidad cuando llega a los tejidos ?
Moléculas con enlaces peptídicos
Algunos antibióticos Gramicidina (15 aa)
Péptidos neuroactivos Encefalinas, vasopresina
Algunas hormonas Insulina ( 60aa)
Enzimas MW 10.000-200.000
Proteínas estructurales Colágeno, actina, miosina
LAS PROTEINAS SE CLASIFICAN COMO SIMPLES O CONJUGADAS.
LAS PROTEINAS CONJUGADAS TIENEN UNA PORCION NO-
PROTEICA LLAMADA GRUPO PROSTETICO.
•LIPIDOS
• AZUCARES
•METALES
•DERIVADOS DE VITAMINAS
Estudio de proteínas.
Estudiamos la estructura de la proteínas para saber su fncion
La purificación de proteínas es un primer paso esencial en el conocimiento
de su función.
Las secuencias de aminoácidos se pueden determinar por degradación de Edman
automatizada.
Los péptidos se pueden sintetizar por métodos automatizados en fase sólida.
La inmunología proporciona técnicas importantes para la investigación sobre las
proteínas.
La estructura tridimensional de las proteínas se puede determinar por espectroscopía
de NMR y cristalografía de rayos X.
1º aislamos la proteína. Por ejemplo en la mitocondria, porteina mitocondrial, su fuente: en
cultivos celulares o atreves de una toma de muestra. Cuando ya sabemos de donde la sacamos..
2º romper la membrana para acceder a la proteína: atraves de procecimientos químicos o
mecánicos (homogenizador) o combinación de ambos
3º fracccionamiento celular: seprar por centrifugación diferencial (determinadas ges para aislar de
otros componentes celulares)
4º precipitación especifica de proteínas atraves de SALTING IN/ SALTING OUT se le añade una
sal a al amezcla y precipita solo las proteínas
5º para eliminar la sal DIALISIS. Cogemos la mezcla precipitada y la ponemos en luna bolsa
diálisis con poros por donde pueden pasar sales, y añadimos una solución de baja concentración
de sales, por osmosis las sales salen y van reducioendo la concentración de sales, las proteínas
va a redisolverse
6º con esta mezcla separamos las proteínas unas de otras ---
Purificación de proteínas: fraccionamiento celular
Para su purificación las proteínas han de ser liberadas de la célula.
Mediante centrifugación diferencial se puede llevar a cabo un fraccionamiento celular.
Purificación de proteínas
Las proteínas se pueden purificar de acuerdo con su:
- Solubilidad: precipitación
- Tamaño: cromatografía de filtración por gel
- Carga: cromatografía de intercambio iónico
- Capacidad de unión: cromatografía de afinidad
Solubilidad:
- Muchas proteínas son menos solubles a concentraciones elevadas de sal
(sulfato amónico 0.8 M).
- La precipitación se usa para concentrar proteínas.
- La sal se elimina por diálisis.
Cromatografía de filtración por gel
--------Cromatologia en columna
Tubo de vidiro relleno de ``fase estacionaria´´ será la responsable de retener
unas proteínas de otras, ahí añadimos mi mezcla de proteínas, enuna soluion
acuosa ``fase movil´´
Tipos de cormatologia en columna
-Cormatologia de intercambio iónico: su fase estacionaria esta cmpuesta por
unas perlas de silicagel que tinen una carga o positiva o negativa
Intercambio catiónico (filtra negativa)
Intercambio aniónica (filtra positiva)
-Cromatologia de exclusión molecular o filtracioin en GEL . La fase estacionaria
compuesta de una fase de perlas que se encuentran micro perforadas en el
interior de cduna de ellas tinene unas micro fracciones, las que sadran primero
serans las de mayorr tamaño y luego las d emenor
-Cromatografia de afinidad. Sep la prot en función de la afinidad qiue tengan de
unirse a un ligando, s fase estacionaria esta rellena de un polímero que
contiene un ligando, las que tengan afinidad con este se quef¡dan Egadas y las
que no, van bajando
LIMITE DE RESOLUCIÓN capacidad de esta para diferencias 2 cosas como
distintas, diferencias 2 proteínas que se parecen pero son distintas. Para
aumentar la resolución aumentamos tamaño de columna y así el tiempo que
trada en bajar
HPLC– cormatografia encolumna que aumenta mucho la resolución. La
columna es una espcie de cable que en su interior tiene la resina o fase
estacionaria, inyectamos a presión.
ELECTROFORESIS
Técnica para separar y caracterizar moléculas, basada en la diferente
movilidad electrofonetica de moléculas cargadas dentro de un campo
eléctrico.
2 tipos:
-Horizontal
-Vertical en caso de las prot es la que se usa.
Ponemos un gel que es un entramado donde las proteínas van migrando por el
gel (poliacrilamida), técnica SDS-PAGE a la mezcla le añadil¡mos eso por cada
enlace pectidico se asocia una SDS con carga negativa, garantianfdo que la
carga sea negativa
Secuenciación de proteínas
MÉTODO SANGER
1.La secuencia se puede comparar con otras conocidas para averiguar si
existen similitudes.
2. La comparación con la secuencia de la misma proteína en otras especies
proporciona información sobre su evolución.
3. Se puede analizar para determinar la presencia de elementos internos.
4. Se pueden identificar secuencias señal.
5. Nos puede ayudar a encontrar regiones teóricamente inmunogénicas.
6. Nos ayudan en la preparación de sondas para la detección de su gen:
genética inversa.
Estructura 3D de proteínas
La cristalografía de rayos X proporciona la estructura tridimensional con
detalle atómico.
Las estructuras de proteínas en disolución pueden revelarse mediante
espectroscopía de resonancia magnética nuclear (NMR).
Bombardeamos con elctrones pudiendo representar una imagen
La inmunología aporta técnicas
fundamentales para el estudio de las
proteínas.
Especificidad de anticuerpos:
purificación, cuantificación,
localización,
caracterización.
Se pueden generar anticuerpos
contra proteínas específicas: conejo,
gallina,..anticuerpos policlonales
Se pueden obtener anticuerpos
más específicos: anticuerpos
monoclonales a
partir de hibridomas.
Técnicas que permiten cuantiuficar antígenos
Tenemos una placa con pozillos, fijado un antígeno que especifico de un
determinado anticuerpo. Son cualitativas y cuantittivas(intensidad del
color)
-Indirecto
-Directo o tipo sándwich. Se necesitan 2 anticuerpot s que identificas de
partes diferentes epítopo
Si es `psitivo da color
Tecnica westel wlod
Mezcal de proteínas u las separamos atraves de una elctroforesis
Las ort del gel se transfieren a una membrana (nailos) lo pones en blsa de incuvacion
Con un anticuerpo que reconoce una porteina wue esta marcado con radioactividad
