Distancias Génicas y

Métodos de
reconstrucción
filogenética
 ¿Que son las Distancias Génicas?

• La distancia genética es una medida de la

diferencia del material genético entre
distintas especies o individuos de la misma
especie.
• Al comparar el porcentaje de la diferencia entre los
mismos genes de diferentes especies, una figura
puede ser obtenida, la cual es una medida de la
"distancia genética". Dependiendo de la diferencia, y
corrigiendo ésta por tasas conocidas de evolución, la
distancia genética puede ser usada como una
herramienta para construir cladogramas que muestran
el árbol genealógico de todos los seres vivos.
 Métodos Distancia Génicas

Distancia genética de Nei (D)

Es la más utilizada y expresa la probabilidad de que dos
alelos tomados al azar de dos poblaciones diferentes sean
idénticos, con respecto a que dos alelos tomados al azar
de la misma población lo sean.
 Métodos Distancia Génicas
Nei’s (1972) standard genetic distance

D = -ln(GI).

La cantidad IG se trata de la "identidad genética"

o la "similaridad genética", y definida como
IG=ΣI÷#loci, en donde I=(Σ Pix • Piy)÷[(ΣPix²)·( ΣPiy²)]½.
Pix es la proporción de alelos i en una población X, Piy es la
proporción de alelos i en una población Y
• Cavalli-Sforza and Edward’s (1967) chord distancia de cuerda:

Es una medida de divergencia genética basada en un modelo

geométrico. Considera un gen con dos alelos en dos poblaciones
diferentes
 Así, el hecho de que la distancia genética entre chimpancés y
seres humanos es de sólo un 1,6% (es decir, hay alrededor de
98,4% de similitud), sugiere que los seres humanos y los
chimpancés comparten un ancestro común desde hace unos 5
millones de años, y que ambas especies están más cercanamente
relacionados entre ellas que con los gorilas o los orangutanes.
 Métodos de reconstrucción
filogenética
La agrupación de organismos implica ya una
clasificación Simpson (1961). Este señalo que la
necesidad de juntar seres en categorías es una
característica general de los organismos vivos.

Necesidad de clasificación taxonómica señalada

por Sarory (1970).

Concepto propuesto por (Mayr et, al., 1953, p.e.

1953), la clasificación es un agrupamiento de
organismos en taxones desde el phylum hasta el
genero y la especie por sus atributos estructurales.

Darwin (Características esenciales).

 Tipos de Relaciones para hacer
Agrupamientos
• Asociación por semejanza ¨sistemática¨: Es el
estudio científico de los tipos y diversidad de
los organismos y de cualquiera y de todas las
relaciones entre ellas.
• Asociación por contigüidad ¨Taxonomía¨: Es el
estudio teórico de la clasificación, influyendo
sus bases, principios, procedimientos y reglas.
 ¿Que se tienen en cuenta para agrupar?
• Características que son constantes en varios grupos
grandes.
• Diferenciar semejanzas espóreas (Evolución
convergente) y semejanzas análogas o adaptativas.
• Rechaza todas semejanzas debías a una
descendencia de semejanzas superficiales
producidas por convergencia.
• Se tienen muy en cuenta el peso de los caracteres.
• Descendencias comunes.
 Sistemas de Clasificación
Fenética: Se basa en que los
organismos deben estar
calcificados en función de la
conveniencia.
Estos analizan los datos
mediante programas que hacen
que se agrupen en las OUT´S, en
función de índices de
semejanza.

El cual produce un diagrama

ramificado (Dendograma).
Cladista: Su meta es producir hipótesis
¨comprobables¨ de las relaciones
genealógicas entre grupos
monofileticos de organismos.

Su metodología esta basada en la

descendencia común o sea la
genealogía estricta.

Su análisis consta de la identificación

de los caracteres homólogos de los
organismos, estableciendo la dirección
de cambio del carácter o evolución.

Su análisis producen un cladograma o

árbol.
Sistemática Ortodoxa (Evolutiva): Consiste en intentar representar en la
clasificación no solo la ramificación de las líneas fileticas sino también de
su posterior divergencia.

Si principal diferencia con las demás esta en el considerable peso que se

le da a las ¨autapomorfias¨ (caracteres derivados adquiridos por un
grupo hermano pero no por otro).

Esta emplea el termino grado que representa niveles de cambio

evolutivo que quedan reflejados en las clasificaciones.

Su resultado es la conversión del cladograma en un filograma o ¨árbol

evolutivo ¨ y se hace atendiendo a que se siguen los postulados de
Darwin en mayor o menor medida.
 ¿Qué es una filogenia?
Una filogenia es la
historia de la
ramificación de las
rutas que sigue la
herencia.
•La forma (o topología) de
estos árboles constituye
uno de los hechos
dominantes e
indispensables de la
historia de la evolución.
La revolución molecular en la clasificación de
los seres vivos
• Datos morfológicos vs moleculares
• Datos moleculares (DNA y proteínas)
• son universales
• evolucionan más uniformemente
• son más adecuados para el análisis cuantitativo
• son mucho más abundantes

Hoy en día es posible hacer realidad el

sueño de Darwin de reconstruir “un
árbol genealógico verdadero de cada
gran reino de la Naturaleza”
Métodos de reconstrucción

1. Matrices de distancia

2. Máxima parsimonia

3. Máxima verosimilitud
 Métodos de reconstrucción
1. Matrices de distancia: distancia
evolutiva (número de sustituciones de
aminoácidos o de nucleótidos entre
secuencias).
• UPGMA
• Distancia transformada
• Unión al vecino (Neighbor-Joining)
• Mínima Evolución
 Distancia Transformada
Este método se emplea si lo que se
esta analizando no tiene una tasa d'ij=[ (dij - diN - djN)/2 ] + d'N
de evolución constante, es decir la
matriz de sustitución no tiene dij= distancia entre los OTU's i y
diferencias ultrametricas. j.
Este método toma una secuencia diN = distancia del OTU i al outgroup N.
de (outgruop) grupo externo y a
partir de esta realiza las djN = distancia del OTU jal outgroup N.
correcciones a la tasa desigual de d'N =
evolución, y la nueva matriz le
aplica UPGMA.
Asumiendo que nuestro OTU N es
un outgroup, la matriz se modifica
de acuerdo a la siguiente formula:
 Distancias métricas
Distancias Métricas (condiciones):
1. d (a,b) ≥0 (no-negatividad)
• Los métodos de distancia se 2. d (a,b) = d (b,a) (simetría)
basan en la idea de que si 3. d (a,c) ≤ d (a,b) + d (b,c)
conociésemos las distancias (inecualidad triangular)
evolutivas entre OTUs, 4. d (a,b) = 0 sólo si a = b
podríamos reconstruir (distinción)
adecuadamente su historia
evolutiva. Este concepto se deriva
de la relación existente entre
distancias y árboles:
• - la distancia evolutiva
representa una escala métrica
topológica y por lo tanto define
un árbol.
Distancias Ultra métricas
• Condición:
• d (a,b) ≤ máximo [d (a,c), d (b,c) ]
(distancias más largas definen un
triángulo isósceles).
• La inecualidad ultramétrica. Las
dos distancias pareadas más largas
[d (a,c) y d (b, c)] son iguales, y
por lo tanto la ultrametricidad
define un triángulo isósceles.
• Las distancias ultramétricas
tienen la virtud de implicar igual
tasa de evolución entreOTUs a lo
largo de toda la filogenia.
 Métodos de reconstrucción

2. Máxima parsimonia: estado de un carácter

(se determina que aminoácido o nucleótido
concreto está en cada sitio y se determina cuales
son informativos). Se busca el árbol que requiere
el menor número de cambios evolutivos para
explicar las diferencias entre los OTUs.
 Métodos de reconstrucción
3. Máxima verosimilitud: Se calcula la verosimilitud de un conjunto de secuencias para
todos los árboles posibles, y se escoge el de mayor verosimilitud.

- Tienen un modelo probabilistico explicito

- Tienen importantes bases y soporte estadístico

- Buscan parámetros para obtener la respuesta más probable
Sistematica Molecular:
> Diferentes tasas de evolución en diferentes linajes. Los modelos toman
en cuenta las diferentes longitudes de las ramas del árbol.

> Los modelos son EXPLICITOS y no estan escondidos (falsabilidad)

> Puedes buscar el modelo que ajuste mejor a tus datos.

> Es un método eficiente y poderoso. Utiliza todos los datos

considerando todas las posibilidades de cambio
• ML permite la inferencia de árboles filogenéticos usando modelos
evolutivos complejos.
• incluye la habilidad de estimar los parámetros del modelo y hacer
inferencias de manera simultánea acerca de los patrones y procesos de
evolución y permite comparar diferentes modelos.
 Métodos de distancia:
UPGMA: Método de agrupamiento de pares con la
media aritmética no ponderada

OTUs (Unidad Taxonómica dij: número de

Operativa): A, B, C y D sustituciones entre
secuencias i y j
OTU
OTU A B C 1er par Mínimo es dAB
B dAB de OTUs A
C dAC dBC
B
D dAD dBD dCD dAB

2
 UPGMA
It was originally developed (Sneath and Sokal 1973)

Mínimo es d(AB)C
3er OTU
OTU A
OTU (AB) C
B
C d(AB)C
D d(AB)D dCD C
d(AB)C
2
d(AB)C dAC + dBC
=
2
 UPGMA
dAB
Árbol final con
2
distancias de las A
ramas
B
C
d(AB)C

2 D
d(ABC)D
d(ABC)D = [dAD + dBD + dCD]/3
2
Árbol enraizado Árbol desenraizado

A
C D
B

C A
D
B
E
E

Tiempo
Filogenia tradicional de humanos y
antropomorfos

Human Hominidae

Chimp

Gorila Pongidae

Orangutan

Gibbon Hilobatidae
 Filogenia de humanos y primates
antropomorfos
Número medio de substituciones Árbol por UPGMA
nucleotídicas por 100 sitios
H
OTU Hum Chim Gorila Orang
0,7 C
Chim 1,45
3 G
0,7
Gorila 1,51 1,57 7
O
Orang 2,98 2,94 3,04 1,4
9 Mono
Mono Rhesus
3,6
Rhesus 7,51 7,55 7,39 7,10
9
¿Cuantos Arboles se pueden hacer?

• Para N taxones con raíz

3x5x7x…..x(2N-3)= (2N-3)!!

• Para N taxones sin raíz

3x5x7x…..x(2N-5)= (2N-5)!!
Gracias