UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO
ESCUELA DE POSGRADO
UNIDAD DE POSGRADO EN CIENCIAS BIOLÓGICAS
Niveles estructurales de las enzimas. Plegado de la hélice alfa
(proteinfolding) y actividad biológica.
Alumno:
Blgo. Hernández Obregón Eswin David
- Docente:
- Dra. María Nelly Vásquez Valles
Lisozima
Trujillo, Septiembre de 2019.
NIVELES DE
ORGANIZACIÓN
ESTRUCTURAL
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Consideraciones sobre la estructura de las proteínas
• Las Proteinas no son
estructuras lineales, aun que
estén formadas por una
cadena lineal de aminoácidos
• La estructura proteica es
clave para su funcionalidad
• Las diferentes propiedades
químicas de los aa son las
responsables de las
interacciones entre ellas
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Alfa-amilasa
Estructura primaria: Secuencia de una cadena de aminoácidos . Enlaces covalentes peptídicos
Estructura secundaria: Conformación regular local. No incluye las cadenas laterales.
Estructura terciaria: Plegamiento o conformación global. Ordenamiento estructura
secundaria.
Estructura cuaternaria: Disposición espacial adoptada por proteínas formadas por más de una
cadena polipeptídica
Estructura Primaria
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Un oligopéptido tiene muchas conformaciones según enlaces y
Adopta más favorable:
Energéticamente
Menor impedimento estérico
Menor repulsión electrostática
Estructura
Secundaria
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Conformación local, regular, habitual y estable
Hélices
Hoja plegada o lámina
Giros y bucles
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Hélice alfa
Hélice alfa:
•Un puente de H entre el CO de
un aminoácido y el NH del
11
cuarto por detrás
•3,6 AA por vuelta de hélice
•1,5 Amstrong (0,15 nm) de
distancia entre vuelta y vuelta
•Dextrógira
12 ("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisha
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Puentes de H Paralelos al eje entre el O del carbonilo (C=O) de un aa y el H de la
amida (N-H del) cuarto aa por delante
Interacciones ente cadenas laterales
Estabilización de la hélice
Estabilizan:
aa con R con carga + y aa con carga – próximos. Interacciones iónicas.
aa con grupos aromáticos próximos. Interacciones hidrofóbicas.
aa pequeños o sin carga.
Desestabilizan:
Secuencias con densidad de carga del mismo signo.
Repulsión electrostática.
Grupos R voluminosos. Impedimento estérico.
Prolina
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Contenido de hélice en proteínas: prácticamente nada hasta 100%
Ferritina, 75% hélices Mioglobina, mayoritariamente hélice
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Lámina u hoja plegada
Esqueleto polipeptídico casi extendido completamente en zig zag
Estructura secundaria:
Lámina
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Lámina u hoja plegada
• Esqueleto de la cadena polipeptídica
extendido en zig-zag.
• Las cadenas polipeptídicas en zig-
zag se disponen de manera
adyacente formando una lámina
estabilizada por puentes de H.
• Láminas beta paralelas (cadenas
orientadas en la misma dirección)
y antiparalelas (orientadas en
7Å
direcciones opuestas).
Cadenas laterales R de aa contiguos Estabilización:
dispuestas en direcciones opuestas Puentes de hidrógeno intercatenarios
entre cadenas distintas o regiones
Ángulo = -119º a -139º
alejadas de una misma cadena que
se pliega. Perpendiculares al eje de la
Ángulo = 113º a 135º
cadena
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Hoja beta antiparalela
Vista superior
Vista lateral
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Hoja beta paralela
Vista superior C
Vista lateral
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Subunidad de proteínas G
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Antiparalela Giro
beta
2 3
Paralela
1 4
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
La probabilidad de formar helice alfa o lámina beta es
en cierta medida predecible a partir de la secuencia
de aminoácidos, según los angulos y
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Frecuencias relativas de la aparición de aminoácidos en estructuras secundarias
Hélice alfa Lámina beta Giro beta
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C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Puede haber largos fragmentos de proteína sin estructura secundaria definida
Quimotripsina
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C.M. Saunders College Publishing. 1999.)
Estructura Terciaria
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
• Estructura espacial de la proteína.
• Depende de la secuencia de aacs y puede
predecirse. Se determina por difracción de RX.
• Motivo: patrón de plegamiento característico que
aparece en varias proteínas.
• Dominio: región de la cadena polipeptídica que
puede plegarse de manera estable e independiente
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
• El plegamiento terciario no es inmediato, primero se agrupan
conjuntos de estructuras denominadas dominios que luego se
articulan para formar la estructura terciaria definitiva.
• Este plegamiento está facilitado por uniones denominadas puentes
disulfuro, -S-S- que se establecen entre los átomos de azufre del
aminoácido cisteína.
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Triple hélice del
Hélice del Triple hélice del colágeno (corte
colágeno colágeno sagital)
Hay dos tipos de proteínas, según su estructura terciaria: Proteínas fibrosas:
estructuras con forma de fibra o lámina. Insolubles en el agua.
Las proteínas que dan forma y protección a los organismos suelen ser
fibrosas. Las proteínas fibrosas se forman por repetición de estructuras
secundarias simples.
Proteínas globulares: estructuras globulares. Solubles en el agua. Muchas
enzimas y proteínas reguladoras tienen esta forma. Las proteínas globulares
tienen una estructura terciaria más compleja, formada a partir de varias
estructuras secundarias diferentes. En las proteínas globulares, los residuos
apolares se orientan hacia el interior (hidrófobos), y los polares hacia el
exterior (hidrófilos).
Estructura Cuaternaria
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
The tetrameric structure of hemoglobin
• Sólo está presente en las
proteínas que constan de más
de una cadena de
aminoácidos. La estructura
cuaternaria se refiere a las
uniones entre las distintas
cadenas polipeptídicas que
forman la proteína, dando
lugar a una estructura
tridimensional.
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
DESNATURALIZACION DE
PROTEINAS
• Pérdida de la estructura 3D de una proteína.
• Cambian las propiedades físicas, químicas y
biológicas.
• Se produce por tratamiento con agentes
físicos y agentes químicos.
NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL
Agentes desnaturalizantes
Ácidos y bases fuertes
Disolventes orgánicos (alcoholes, cetonas,
cloroformo)
Detergentes (SDS)
Agentes reductores (mercaptoetanol)
Compuestos polares neutros (urea, guanidina)
Sales a elevada concentración
Aumento de temperatura
Agresión mecánica (agitación, trituración)
ACTIVIDAD BIOLÓGICA
PLEGAMIENTO DE LAS
PROTEINAS
• Para que las proteínas funcionen correctamente han de
plegarse y alcanzar el estado nativo, su
conformación más estable.
• En el proceso de plegamiento de algunas proteínas
intervienen las chaperonas (HSPs, disulfuro-isomerasa),
que ayudan a plegarse a otras proteínas.
• Las proteínas tienden a adaptar espontáneamente la
conformación de minima eneria (<10 Kcal/mol) en base
a su secuencia de aa para ello, los residuos idrofobicos se
entirran en un nucleo interior
• Enfermedades por plegamiento anormal de proteínas:
Creutzfeldt-Jacob (encefalopatía espongiforme),
Alzheimer, esclerosis lateral amiotrófica, Parkinson.
ACTIVIDAD BIOLÓGICA
Formación rápida de estructuras
secundarias locales
Ruta de plegamiento
Formación de glóbulo fundido
de proteínas
Ajuste de la conformación
de los dominios
Proteína plegada
final
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