BIOQUIMICA

MICROBIANA
AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
 Índice

1. Introducción
2. Clasificación de los aminoácidos
3. Estereoquímica
4. Propiedades
5. Algunas reacciones biológicas
6. Péptidos y proteínas
6.1. Introducción
6.2. Secuenciación de péptidos y
proteínas
6.3. Estructura de péptidos y
proteínas
1. Introducción
 1. Introducción
Son compuestos que poseen un grupo amino (-NH2) y un grupo ácido (carboxílico -
COOH) en su estructura. Los aminoácidos son los precursores de los péptidos y las
proteínas, y en ellos el grupo amino y el grupo carboxilo, se encuentran unidos al
mismo átomo de carbono, conocido como carbono-α (α-aminoácidos)
.

-Los enlaces amida entre aminoácidos se conocen como enlaces petídicos y el

producto formado por la unión de dos aminoácidos se llama dipéptido.
-La cadena peptídica puede extenderse mediante la incorporación de otros
aminoácidos (tripéptidos, tetrapéptidos, etc.). Los polipéptidos contienen muchas
unidades de aminoácidos.
-Las proteínas son polipéptidos que contienen más de 50 aminoácidos, son
polímeros formados por 100-300 aminoácidos.
-Las proteínas ejercen muy diversos papeles en los seres vivos: Casi todos los
enzimas son proteínas.
2. Clasificación de los aminoácidos
 2. Clasificación de los aminoácidos
- Se clasifican como α, β, γ, etc. De acuerdo con la localización del grupo amino
en la cadena carbonada que contiene el ácido carboxílico.
NH3 Ácido 1-aminociclopropanocarboxílico: es un α-aminoácido y es el precursor
 biológico del etileno en la plantas.
CO2

 Ácido 3-aminopropanoico: conocido como β-alanina. Es un β-aminoácido que

CO2 constituye una de la unidades estructurales de la coenzima A .
H3N 


H3N CO2 Ácido γ-aminobutanoico: Conocido como ácido γ-aminobutírico (GABA). Es
 un γ-aminoácido y es el principal neurotransmisor inhibitorio cerebral.


-Aunque se conocen más de 700 aminoácidos naturales diferentes, hay un grupo de

20 α-aminoácidos que se encuentran normalmente presentes en las proteínas.
Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:

O

H2N 
H3 N CH C O Prolina
R CO2
 2. Clasificación de los aminoácidos

Nombre Abreviación Estructura Nombre Abreviación Estructura

Aminoácidos con extremos de cadenas non polares Prolina Pro(P) O

O
Glicina Gly(G) N
H2N H OH
OH fenilalanina Phe (F) O

O
Alanina Ala (A)
NH OH
2

NH OH
2
O Triptófano Trp(w) H2N
OH
Valina Val(V) HN

OH O

NH2 O
Leucina Leu(L)
OH Aminoácidos con extremos de cadenas polares pero no
NH2
ionizados
O O
Isoleucina Ile(I) Asparagina Asn(N)
H2N
OH OH

NH2 O NH2
O
Metionina Met(M) Glutamina
O O
S Gln (Q)
OH
H2N OH
NH2
NH2
 2-Clasificación de los aminoácidos
Nombre Abreviación Estructura Nombre Abreviación Estructura
O
Aminoácidos con extremos de cadena polares pero no Cisteína Cys(C)
ionizados
O HS OH

Serina Ser (S)

NH2

HO OH Aminoácidos con extremos de cadena básicos

O

OH
NH2
O
Lisina Lys(K)
Treonina Thr(T) H2N
OH

OH NH2

Arginina Arg (R)

NH O

NH2

Aminoácidos con extremos de cadenas ácidos H2N N

H
OH

O
NH2
Ácido Asp(D) Histidina
O

apártico
HO
OH
His (H
N
OH
O NH2
O O
Ácido Glu (E) HN
NH2

glutámico
HO OH

NH2
Tirosina Tyr(Y)
O

OH

NH2
HO
3. Estereoquímica
 3. Estereoquímica

- La glicina es el aminoácido más sencillo y es aquiral. (Quiralidad= es la propiedad

de un objeto de no ser superponible con su imagen especular).

-En los demás -aminoácidos el carbono  es un centro estereogénico.

- Las configuraciones se especifican mediante la notación D y L. Todos los

aminoácidos que provienen de proteínas tienen configuración L, aunque se conocen
α-aminoácidos naturales de la serie D.

CO2 NH3
H
CO2 H3N H CO2
Glicina
H3N H R
(Aquiral) R
L-aminoácido
H (Proyección de Fischer y en perspectiva)
 3. Estereoquímica

- El cambio de la configuración en aquellos aminoácidos que poseen sólo un centro

estereogénico conduce a la obtención de su enantiómero. Para un aminoácido con
más de un centro estereogénico el cambio de configuración del carbono α de L a D da
lugar a un diastereoisómero.

CO2 CO2

H 3N H H  NH3

L-Isoleucina H 3C H H3C H D-Allo-Isoleucina

CH2CH3 CH2CH3
4. Propiedades
 4. Propiedades
- Los aminoácidos son sustancias mucho más polares de lo que uno esperaría de
acuerdo con su fórmula molecular.
- Las propiedades que presentan, sólidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterión o sal interna.
O O

H2N CH C OH H3N CH C O

R R

Formas zwitteriónicas de un aminoácido

- Los aminoácidos son anfóteros, contienen un grupo ácido y uno básico.

O O O
-H+ -H+
H3N CH C OH H3N CH C O H2N CH C O
+H+ +H+
R R R
Zwitterión
Especie presente Especie presente Especie presente
en medio ácido en medio neutro en medio básico
 4. Propiedades
O O O
-H+ -H+
H3N CH C OH H3N CH C O H2N CH C O
+H+ +H+
R R R
a b c

Curva de valoración de la glicina.

- Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria.
- Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterión (b). La concentración
del zwitterión es máxima en el punto isoeléctrico pI.
- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentración.
 4. Propiedades
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posición más ácida
(pKa1) y el otro a la menos ácida (pKa2). Otros aminoácidos con cadenas laterales
neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.
- El punto isoeléctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminoácido no
tiene carga neta, corresponde a un máximo en la concentración del zwitterión.
Aminoácido pKa1 pKa2 pI

Glicina 2.34 9.60 5.97

Alanina 2.34 9.69 6.00
Valina 2.32 9,62 5.96
Leucina 2.36 9,60 5.98
Isoleucina 2.36 9,60 6.02
Metionina 2.28 9,21 5.74
Prolina 1.99 10.60 6.30
fenilalanina 1.83 9,13 5.48
Triptofan 2.83 9,39 5.89
Asparagina 2.02 8,80 5.41
Glutamina 2.17 9,13 5.65
Serina 2.21 9,15 5.68
Treonina 2.09 9,10 5.60

pKa1:ionización del grupo carboxílico; pKa2: deprotonación del ión amonio

 4. Propiedades
- Aquellos aminoácidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos ácidos o
básicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede
ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la función presente en la cadena lateral.
- Los puntos isoeléctricos de estos aminoácidos se encuentran a medio camino entre
los valores de los pKa del monocatión y del monoanión.
Aminoácido pka1 pKa2 pKa3 pI

Ácido Aspártico 1.88 3.65 9.60 2.77

Ácido Glutámico 2.19 4.25 9.67 3.22

Tirosina 2.20 9.11 10.07 5.66

Cisteína 1.96 8.18 10.28 5.07

Lisina 2.18 8.95 10.53 9.74

Arginina 2.17 9.04 12.48 10.76

Histidina 1.82 6.00 9.17 7.59

- Las propiedades ácido-base de la cadena lateral de los aminoácidos son

importantes tanto para las propiedades de las proteínas que los contienen como
para el análisis de mezclas de aminoácidos que pueden ser separados en base a su
capacidad para dar o aceptar protones.
5. Algunas reacciones biológicas
 5. Algunas reacciones biológicas
- El ácido glutámico se forma en la mayoría de los organismos por reacción de ácido
α-cetoglutárico y amoníaco. El ácido α-cetoglutárico, intermedio del ciclo de Krebs, se
forma a partir de la rotura metabólica de carbohidratos, grasas y proteínas
provenientes de los alimentos.

- El proceso es una aminación reductora (formación de imina y reducción de ésta)

catalizada por un enzima y por acción de un agente reductor (un coenzima). La
reducción de la imina intermedia tiene lugar de forma estereoselectiva dando lugar
únicamente al ácido L-glutámico.
O O O O

+ Enzima
NH3
HO OH Agente redutor HO OH

O NH2

Ácido α-cetoglutárico Ácido L-glutámico

- El ácido L-glutámico no es, por tanto, un aminoácido esencial. No es necesario

tomarlo en la dieta ya que los animales pueden sintentizarlo.
 5. Algunas reacciones biológicas
-El ácido L-glutámico es un intermedio clave en la síntesis de otros aminoácidos,
por ejemplo la L-alanina, mediante un proceso conocido como transaminación.
O O O O O O
+
OH + Enzimas
HO O O HO OH

O NH3 NH3 O

Ácido pirúvico ácido L-glutámico L-Alanina Ácido α-cetoglutámico

1era etapa: la formación de la imina 2º etapa: Un enzima cataliza la transferencia de l protón para
obtener un nuevo isómero de la imina
H-ácido
base HO
HO HO HO
HO HO
H O O O
O O
O + 1º etapa 2º etapa N
NH2 O N
O O
O
O O
O
ácido L-glutámico Ácido pirúvico Imina Imina reordenada

3º etapa: La hidrólisis de la iminia reordenada conduce al formación del anilina y ácido α-cetoglutámico

HO HO
HO HO

O O
O O
N + H2O O + H2N
O O
O O
Imina reordenada Ácido α-cetoglutárico L-Alanina
 5. Algunas reacciones biológicas
- La L-fenilalanina se clasifica como un aminoácido esencial que sirve como
precursor biológico de su derivado p-hidroxilado, la L-tirosina.
- Algunas personas carecen del enzima necesario para dicha transformación y la L-
fenilalanina que toman en su dieta sufre un proceso metabólico diferente formando
ácido fenilpirúvico: O O

Enzimas
OH OH

NH2 O

L-fenilanlanina
Ácido fenilpirúvico
-El ácido fenilpirúvico puede provocar retraso mental en niños (fenilcetonuria).
-La descarboxilación de la histidina, por ejemplo, produce histamina, un potente
vasodilatador presente normalmente en los tejidos. La histamina es responsable de
muchos síntomas asociados con alergias, los antihistamínicos reducen los síntomas
mediante el bloqueo de la acción de la histamina.
O

N N
OH Enzimas
-CO2
HN NH2 HN
H2N
Histidina Histamina
 5. Algunas reacciones biológicas
La química del cerebro y del sistema nervioso central se ve afectada por la presencia
de los neurotransmisores, algunos de ellos formados a partir de tirosina.
O O

HO
OH OH

NH2 NH2
HO HO

Tirosina 3,4-dihidroxifenilalanina

HO

HO NH2

Dopamina

HO HO

HO NH2 HO N
H
OH OH
norepinefrina Epinefrina
(Noradrenalina (Adrenalina)
6. Péptidos y proteínas
 6.1. Introducción
En péptidos, polipéptidos y proteínas los aminoácidos se unen unos a otros
mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminoácido
y el carboxilo de otro se denomina enlace peptídico.
Aminoácido N-terminal
Glicina
NH2 O

H
N
Aminoácido C-Terminal
Alanina
OH

O
Alanilglicina
- Por acuerdo las estructuras peptídicas se escriben de manera que el grupo amino
se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. Así los extremos izquierdo y
derecho de los péptidos corresponden al extremo amino y al carboxílico,
respectivamente. La alanina es el aminoácido N-terminal en la alanilglicina y la
glicina es el aminoácido C-terminal.
- El orden preciso de enlace en un péptido es su secuencia de aminoácidos y se
especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminoácido
conectadas por guiones.
- Los aminoácidos individuales que componen un péptido son llamados residuos.
 6.1. Introducción

Hechos estructurales importantes:

- El enlace peptídico muestra una geometría plana.

- La conformación más estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos 
en anti, uno con respecto al otro.

- La rotación en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalización del par

electrónico sin compartir del nitrógeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace C-
N cierto carácter de enlace doble.
 6.1. Introducción
La encefalina es un pentapéptido.
 6.1. Introducción
Algunos péptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la
oxitocina.
 6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
ANÁLISIS DE AMINOÁCIDOS EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS

-Existen distintos niveles en la estructura peptídica, uno de ellos es la estructura

primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminoácidos que forman la
cadena completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los
niveles estructurales del péptido o la proteína.

- La determinación de ésta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la

bioquímica (F. Sanger, premio Nobel de Química 1958). La estrategia básica
consiste en :

[Link] qué aminoácidos están presentes y en qué relación molar.

2. Romper el péptido en pequeños fragmentos, separarlos y determinar su
composición en aminoácidos.
3. Identificar los aminoácidos de N y C terminales del péptido original y de cada
fragmento.
4. Organizar la información de manera que los fragmentos puedan unirse para
revelar la secuencia completa.
 6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas

1. Análisis de aminoácidos.

Se lleva a cabo la hidrólisis completa de los enlaces peptídicos mediante el

tratamiento con disolución acuosa de HCl 6M y calefacción durante 24 h.

La mezcla de aminoácidos se separa mediante cromatografía de intercambio iónico

(basada en las diferentes propiedades ácido-base) y se establece la proporción
coloreando los residuos (con ninhydrina).

El proceso se encuentra totalmente automatizado y sólo requiere del orden de 10-5-

10-7 g de péptido.
 6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
2. Hidrólisis parcial del péptido.

- La hidrólisis enzimática (petidasas, proteasas o enzimas proteolíticas) es una

hidrólisis selectiva que permite convertir el péptido en fragmentos más
pequeños.

- Por ejemplo, un grupo de enzimas pancreáticas, conocidas como

carbopeptidasas, catalizan sólo la hidrólisis del enlace peptídico del
aminoácido C-terminal. La tripsina, enzima digestivo del intestino, cataliza
sólo la hidrólisis de los enlaces peptídicos que involucran al grupo carboxilo de
la lisina o arginina. Así, otras muchas enzimas digestivas se usan en al
hidrólisis selectiva de péptidos.

O O O
H
N CH C
H
N CH C
H
N CH C
El sitio catalizado de la Quimotripsina
cuando R’ es un grupo aromático
R R' R''
 6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas

3. Análisis de los residuos terminales.

- Una secuencia de aminoácidos es ambigua a no ser que se conozca el sentido

en que debe leerse. Es necesario conocer cuál es el extremo N y C- terminal.

- La hidrólisis catalizada por carbopetidasas rompe el aminoácido C-terminal, lo

que permite identificarlo.

- Para identificar el aminoácido N-terminal se suele aprovechar que el grupo

amino puede actuar como nucleófilo (frente a la menor nucleofilia de los N que
forman parte de los enlaces amida).
 6.2. Secuenciación de péptidos y proteínas
NO2

O O O O
H H H
O2N F + H2N CH C N CH C N CH2 C N CH C OH

CH(CH3)2 CH2C6H5 CH3

1-fluoro-2,4-dinitrobenceno Val-Phe-Gly-Ala

NO2

O O O O
H H H
O2N CH C N CH C N CH2 C N CH C OH

CH(CH3)2 CH2C6H5 CH3

DNP-Val-Phe-Gly-Ala

NO2

O O O O

O2N CH COH + H2N CH COH + H2N CH2 COH + H2N CH C OH

CH(CH3)2 CH2C6H5 CH3

DNP-Val Phe Gly Ala
 6.3. Estructura de péptidos y proteínas
ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS

- La estructura secundaria de un péptido consiste en la relación conformacional

del aminoácido vecino más cercano con respecto a otro.

- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptídicas eran

más estables que otras.

- Dos disposiciones especialmente estables son: la hélice α y la hoja plegada β.

- Ambas conformaciones se basan en:

- La geometría del enlace peptídico es plana y la cadena principal se dispone en

conformación anti.

- Se pueden formar enlaces de hidrógeno cuando el grupo N-H de un residuo y el

grupo C=O de otro se encuentran próximos en el espacio. Aquellas
conformaciones que maximizan el número de estos enlaces se encuentran
particularmente estabilizadas.
 6.3. Estructura de péptidos y proteínas
Hélice α
Se forma al enrollarse la estructura primaria
helicoidalmente sobre sí misma. Se debe a la
formación de enlaces de hidrógeno entre el -C=O de
un aminoácido y el -NH- del cuarto aminoácido que le
sigue. Ej: queratina del pelo, cuernos, uñas, lana.

Hoja plegada β o lámina β

En esta disposición los aminoácidos forman una
cadena en forma de zigzag, mediante la formación de
enlaces de hidrógeno entre los grupos N-H y los C=O
de cadenas adyacentes antiparalelas. Ej: fibroína de la
seda.
 6.3. Estructura de péptidos y proteínas
ESTRUCTURA TERCIARIA EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS
- La estructura terciaria de una proteína consiste en el plegamiento de la cadena.
La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades físicas como a su
función biológica.
- Las proteínas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los
tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hélice 
como de hoja plegada β, pero en general tienen una forma alargada de longitud
varias veces el diámetro de la cadena. Se denominan proteínas fibrosas y tienden a
no ser solubles en agua.
- Otras proteínas, incluyendo la mayoría de los enzimas, operan en agua. Éstas se
denominan globulares y tienen una forma más o menos esférica:

Mioglobina
 6.3. Estructura de péptidos y proteínas
La estructura terciaria de una proteína depende de diversos factores:
- Su estructura primaria y secundaria.
- Su entorno. En proteínas globulares la parte lipofílica se sitúa hacia el interior y los
grupos polares en la superficie. El estado nativo de una proteína es la estructura
terciaria en la cual expresan su actividad biológica.
- Conocer el plegamiento de la proteína permite entender el mecanismo por el que
un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.

- La región interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que
participan en la actividad catalítica se conoce con el nombre de sitio activo.
 6.3. Estructura de péptidos y proteínas
COENZIMAS
- Los coenzimas, cofactores o grupos prostéticos interaccionan tanto con los enzimas
como con el sustrato para producir los cambios químicos correspondientes que la
proteína no puede hacer por sí misma (ej: reacciones de oxidación o reducción).
- El grupo prostético hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina
(proteína del músculo). Esta proteína es capaz de almacenar el oxígeno gracias a que
éste se coordina al Fe2+ del grupo hemo, que no se oxida a Fe3+ (incapaz de unirse a
oxígeno) porque se encuentra protegido por esta proteína.
 6.3. Estructura de péptidos y proteínas
ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTEÍNAS: HEMOGLOBINA

- Algunas proteínas están formadas por ensamblaje de dos o más cadenas. La forma
en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura
cuaternaria.
- La hemoglobina es una proteína de la sangre encargada del transporte de oxígeno,
uniéndose a éste y transportándolo hasta los músculos donde se almacena en la
mioblobina. La hemoglobina se une a oxígeno de la misma forma que la mioglobina,
a través del grupo hemo, pero es mucho más grande que ésta. La hemoglobina es un
ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas protéicas, dos llamadas α y dos
β.
- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho más fuertemente al Fe que el oxígeno
por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxígeno pudiendo
provocar resultados letales.
hemoglobin protease,
Escherichia coli
([Link]
DOI:10.1074/jbc.M412885200