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Análisis y Predicción de Secuencias Proteicas

El documento analiza la estructura y propiedades de las proteínas, incluyendo su estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria, así como los dominios y motivos proteicos. También se discuten las modificaciones post-traduccionales, herramientas para el análisis de secuencias y predicción de localización subcelular. Además, se abordan las proteínas intrínsecamente desordenadas y su relevancia en procesos celulares.

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Análisis y Predicción de Secuencias Proteicas

El documento analiza la estructura y propiedades de las proteínas, incluyendo su estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria, así como los dominios y motivos proteicos. También se discuten las modificaciones post-traduccionales, herramientas para el análisis de secuencias y predicción de localización subcelular. Además, se abordan las proteínas intrínsecamente desordenadas y su relevancia en procesos celulares.

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Anlisis de una secuencia proteica (1)

Anlisis de una secuencia proteica (1)

Estructura primaria de una protena


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Estructuras secundaria y terciaria


Anlisis de una secuencia proteica (1)
Lactato
deshidrogenasa

Estructura cuaternaria
Anlisis de una secuencia proteica (1)
Dominios de la piruvato kinasa
(una enzima de la glicolisis)

Dominio
regulador

Dominio
de unin
al
sustrato

Dominio de
unin a
nucletidos

Dominios proteicos
Anlisis de una secuencia proteica (1)
Hlice-giro-hlice Helicoide enrollado (coiled coil)

Mano EF
Agrupacin de 4 hlices

Estructuras supersecundarias (a)


Anlisis de una secuencia proteica (1)
Horquilla b Meandro b Greca griega

Hlice b Barril b

Sndwich b

Estructuras supersecundarias (b)


Anlisis de una secuencia proteica (1)
Motivo de Rossman

b-a-b

Barril TIM (de la


triosa fosfato
isomerasa)

Herradura a-b

Estructuras supersecundarias (a-b)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Protenas de membrana
Anlisis de una secuencia proteica (1)

Anlisis de la estructura primaria


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Propiedades de los aminocidos (1)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Propiedades de los aminocidos (2)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Diagrama de Venn de los aminocidos


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://web.expasy.org/protparam/

El cdigo de acceso se
introduce aqu

La secuencia se
introduce aqu

ProtParam: Parmetros fsico-qumicos


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Resultados de ProtParam
Anlisis de una secuencia proteica (1)

Proteolisis virtual
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://web.expasy.org/peptide_cutter/

La herramienta PeptideCutter
Anlisis de una secuencia proteica (1)

Resultados de PeptideCutter
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://web.expasy.org/peptide_mass/

La herramienta PeptideMass
Anlisis de una secuencia proteica (1)

Resultados de PeptideMass
Anlisis de una secuencia proteica (1)

Modificaciones post-traduccionales (PTM)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Las PTM modifican la actividad de las protenas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Cuatro tipos de modificaciones post-traduccionales


Anlisis de una secuencia proteica (1)

La fosforilacin de protenas es reversible


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/

NetPhos predice sitios de fosforilacin en protenas eucariotas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/

NetPhosK predice sitios de fosforilacin


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://web.expasy.org/sulfinator/

Sulfinator predice sitios de sulfatacin de protenas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Glicoprotenas
Anlisis de una secuencia proteica (1)

Glicosilacin de protenas
Anlisis de una secuencia proteica (1)

N-glicosilacin y O-glicosilacin
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/

NetNGlyc predice sitios de N-glicosilacin en protenas humanas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/

NetOGlyc predice sitios de O-glicosilacin en protenas de mamfero


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Adicin de glicosilfosfatidilinositol (GPI anchor)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Manosa Manosa Manosa GlcN

Estructura del glicosilfosfatidilinositol (GPI anchor)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Sntesis de protenas con anclaje GPI


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://mendel.imp.ac.at/gpi/gpi_server.html

Big-PI Predictor predice sitios donde se puede aadir GPI


Anlisis de una secuencia proteica (1)
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://web.expasy.org/myristoylator/

La herramienta Myristoylator
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://mendel.imp.ac.at/myristate/SUPLpredictor.htm

La herramienta MYR Predictor


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Trfico intracelular de protenas


Anlisis de una secuencia proteica (1)
Propiedades de las secuencias seal que indican el destino intracelular de una protena

Diversos tipos de seal


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Pptido seal de las protenas de secrecin


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Pptido seal de las protenas de secrecin y de membrana


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

La herramienta TargetP predice la localizacin subcelular de una protena


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.signalpeptide.de/

Signal Peptide Website es una BD de secuencias seal


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://proline.bic.nus.edu.sg/spdb/searchn.html

El cdigo de acceso se
introduce aqu

La secuencia se
introduce aqu

SPdb es una BD que identifica pptidos seal en una secuencia


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Resultado de la bsqueda de secuencias seal


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

La secuencia se
introduce aqu

SignalP predice dnde se corta la secuencia seal


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Resultado de SignalP
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.predisi.de/

PrediSi predice pptidos seal


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Signal-3L/

Signal-3L predice secuencias seal


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://phobius.sbc.su.se/

Phobius predice secuencias seal de protenas de membrana


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Helicoides enrollados (coiled coils)


Anlisis de una secuencia proteica (1)
Protein-protein interactions
Connect protein domains
DNA-protein interactions

Funciones de los helicoides enrollados


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Hptadas repetidas cremalleras de leucina


Anlisis de una secuencia proteica (1)
A veces, la
presencia de
coiled coils puede
entorpecer las
http://embnet.vital-it.ch/software/COILS_form.html bsquedas en
bases de datos
porque dan lugar a
parecidos que no
implican una
relacin de
homologa. En
estos casos,
ignorar estas
regiones puede
ser una buena idea

La herramienta COILS (Expasy)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_lupas.html

La herramienta COILED-COIL PREDICTION


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://groups.csail.mit.edu/cb/multicoil/cgi-bin/multicoil.cgi

Multicoil predice coiled coils


Anlisis de una secuencia proteica (1)
http://2zip.molgen.mpg.de/

2Zip predice cremalleras de leucina


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://coiledcoils.chm.bris.ac.uk/ccplus/search/

CCPLUS: Una BD de protenas con coiled coils


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Intrinsically disordered proteins


Anlisis de una secuencia proteica (1)

The tale of protein disorder


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Hay protenas intrnsecamente desordenadas (IUP)


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Las IUP intervienen en muchos procesos celulares


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Estas protenas se estructuran al unirse al ligando


Anlisis de una secuencia proteica (1)

The protein quartet model


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.disprot.org/

DisProt: una BD de protenas desordenadas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://www.disprot.org/search

DisProt predice regiones desestructuradas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://mobidb.bio.unipd.it/

MobiDB: una BD de protenas desordenadas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://dis.embl.de/

DisEMBL predice regiones desestructuradas


Anlisis de una secuencia proteica (1)
http://iupred.enzim.hu/

IUPred predice regiones desestructuradas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Resultado de IUPred
Anlisis de una secuencia proteica (1)

http://globplot.embl.de/

GlobPlot2 predice regiones desestructuradas


Anlisis de una secuencia proteica (1)

URL relacionadas con las modificaciones post-traduccionales


Anlisis de una secuencia proteica (1)

Herramientas para la anotacin de secuencias proteicas

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