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Pruebas Citogenéticas con Microarreglos

Este documento describe diferentes técnicas citogenéticas moleculares como el análisis de hibridación genómica comparativa en microarreglos (aCGH) y los microarreglos basados en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). El aCGH permite detectar de manera simultánea aneuploidías, deleciones, duplicaciones o amplificaciones en cualquier segmento de ADN representado en el microarreglo de forma automática y sin cultivos celulares. Los microarreglos de SNP pueden detectar sustituciones de un solo nucle

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Pruebas Citogenéticas con Microarreglos

Este documento describe diferentes técnicas citogenéticas moleculares como el análisis de hibridación genómica comparativa en microarreglos (aCGH) y los microarreglos basados en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). El aCGH permite detectar de manera simultánea aneuploidías, deleciones, duplicaciones o amplificaciones en cualquier segmento de ADN representado en el microarreglo de forma automática y sin cultivos celulares. Los microarreglos de SNP pueden detectar sustituciones de un solo nucle

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Pruebas citogenticas

basadas en microarreglos

Tcnicas citogenticas
moleculares
Anlisis basados en hibridaciones
genmica comparativa sobre
microarreglos
Microarreglos basados en polimorfismos
de un solo nucletido

Anlisis basados en hibridaciones genmica


comparativa sobre microarreglos

se comparan las intensidades relativas de


una seal fluorescente de 2 DNA
marcados de forma diferencial, los cuales
se hibridan en una metafase de referencia

las metafases de referencia del CGH son sustituidas por


pequeos segmentos de DNA sondas
las cuales se inmovilizan o imprimen
de manera tal que cada punto de impresin o spot en
la laminilla corresponde a un locus especfico en el
genoma y a una coordenada particular en el arreglo.
5 a 20 m de dimetro

son marcados de forma diferencial con fluorescencia e


hibridan de forma competitiva por las sondas
arregladas.

Se marca la muestra
con flurocromo y la
normal de color
diferente

Desnaturaliza los
DNA marcados y
se colocan en el
microarreglo

Hibridan con
las sondas
arregladas
de forma
competitiva

Capturan y
cuantifican las
intensidades de
las sondas del DNA
marcado

para analizar los resultados se determina la relacin entre la


intensidad de fluorescencia de las seales de hibridacin del
paciente y de la referencia en las distintas posiciones del
genoma

Las sondas impresas para el aCGH, estn diseadas


para representar reas de inters y pueden ser de
tamaos variables que van desde BAC (80 a 300 kb),
hasta oligonucletidos sintticos de (20 a 85 pb).

Por otro parte la resolucin terica de un microarreglo


est determinada por el tamao, nmero y distancia del
DNA genmico entre las sondas

aCGH: VENTAJAS
capacidad para detectar de manera
simultnea
aneuploidas,
deleciones,
duplicaciones o amplificaciones de
cualquier segmento de
DNA representado en el microarreglo.

Deteccin Variaciones en el numero de


copias
Fcil de hacer, reproducir y automatizado

No requiere de cultivos celulares

Desventajas
No detecta rearreglos en el que no hay desequilibrio en
la dosis

La aCGH detecta cambios de nmero de copias de DNA

los resultados idnticos en apariencia de los


microarreglos pueden ser ocasionados por diferentes
eventos moleculares

microarreglos basados en polimorfismo


de un solo nucletido SNPa
Son las variaciones en la secuencia de DNA, en el cual
un solo nucletido difiere entre individuos o entre pares
de cromosomas de un individuo.

se basan en la hibridacin de un DNA desnaturalizado


de cadena sencilla de un paciente en un microarreglo,

determinan de forma cuantitativa el nmero relativo de


copias para una regin de un genoma, sin comparacin
simultnea con otro genoma de referencia.

las CNV de la muestra se comparan con una base de


datos de controles y a continuacin mediante un
software especializado, se alinean los SNP
correspondientes a cada uno de los cromosomas, lo que
genera un cariotipo virtual.

Ventajas
Capases de detectar sustituciones de un solo nucletido
Se pueden usar para detectar perdida de
heterocigosidad
Obtener informacin de variaciones en el nmero de
copias
Proporcionan informacin genotpicamente alta
resolucin en un solo procedimiento

Desventaja
No detectan anomalas estructurales balanceadas que
no estn asociados con el desequilibrio genmico

Pueden proporcionar informacin clnica incierta

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