Fitomejoramiento 2
Fitomejoramiento 2
HERNANDO CASTELLANOS
PRECURSORES
• Manuel Torregroza
• Luis Castiblanco
• Alejandro Chaparro
FITOMEJORAMIENTO
Ciencia que basada en conceptos teórico-
prácticos de otras ciencias, tiene como
objetivo modificar y alterar la herencia de las
plantas para lograr tipos mejorados
agronómicamente mejor adaptados y de
mayores rendimientos económicos que los
genotipos nativos.
MECANISMO
•Resistencia
•Adaptación
•Tolerancia ambiental
•Mecanización
5-6mil años
•Variación Mendeliana
•Hibridaciones interespecíficas
•Hibridación introgresiva
•Poliploidismo
VARIACION MENDELIANA
• Mutaciones de los genes, las cuales representan
la base de la evolución
• Recombinaciones por hibridaciones de mutantes:
selección natural, artificial
• Acumulación de diversidad genética: origen de
variedades adaptadas a diferentes ecologías,
mutaciones simples favorables (maíz tunicado).
HIBRIDACION INTERESPECIFICA
• Cruce entre especies taxonómicamente diferentes
• En divergencias grandes, los híbridos presentan esterilidad y
deficiencias, pudiendo llegar a incapacidad fisiológica
• Transferencia de caracteres de plantas silvestres a cultivadas
• Aparecen caracteres diferentes a los existentes en las especies
progenitoras
• Especies cultivadas mas importantes
• Un modo de acelerar la evolución para obtener especies de
utilidad.
HIBRIDACION INTROGRESIVA
• Cruces naturales, seguidos por el retrocruzamiento de uno
de los padres con la F1, en tal forma que las
características de una especie pueden transferirse a la
otra, sin perderse la integridad taxonómica de tales
especies.
• Habrá una nueva especie de características definidas,
según el grado de dominancia respectivo.
• La INFILTRACION se presenta en las regiones geográficas
en donde las especies en cuestión crecen entremezcladas.
El mejoramiento genético de
plantas tiene como objetivo
principal mejorar la productividad,
la calidad y la adaptabilidad de las
plantas cultivadas para satisfacer
las necesidades de la agricultura y
la alimentación. También puede
contribuir a la sostenibilidad
agrícola al reducir el uso de
pesticidas y fertilizantes, mejorar la
eficiencia en el uso de recursos y
aumentar la resistencia de las
plantas a las enfermedades y el
cambio climático.
La selección artificial implica
identificar plantas con
características deseables, como
resistencia a enfermedades,
mayor rendimiento o mejor
calidad de los productos, y luego
cruzarlas entre sí para producir
descendencia con esas
características. Este proceso se
repite durante varias
generaciones para obtener
variedades más mejoradas.
La hibridación es otro método
utilizado en el mejoramiento
genético de plantas. Consiste en
cruzar dos plantas de diferentes
variedades o especies para
combinar características
deseables de ambas. Esto puede
dar lugar a plantas híbridas con
características mejoradas, como
mayor resistencia a plagas o
adaptación a diferentes
condiciones ambientales.
La hibridación es otro método
utilizado en el mejoramiento
genético de plantas. Consiste en
cruzar dos plantas de diferentes
variedades o especies para
combinar características
deseables de ambas. Esto puede
dar lugar a plantas híbridas con
características mejoradas, como
mayor resistencia a plagas o
adaptación a diferentes
condiciones ambientales.
La ingeniería genética es una
técnica más reciente que permite
introducir genes específicos de
una especie en el ADN de otra
especie. Esto ha llevado al
desarrollo de plantas
transgénicas, que contienen
genes de otras especies para
conferirles características
deseables, como resistencia a
herbicidas o insectos, mayor
tolerancia a condiciones adversas
o mejor calidad nutricional.
La ingeniería genética es una
técnica más reciente que permite
introducir genes específicos de
una especie en el ADN de otra
especie. Esto ha llevado al
desarrollo de plantas
transgénicas, que contienen
genes de otras especies para
conferirles características
deseables, como resistencia a
herbicidas o insectos, mayor
tolerancia a condiciones adversas
o mejor calidad nutricional.
El mejoramiento genético de plantas tiene como objetivo principal mejorar la productividad, la calidad y la
adaptabilidad de las plantas cultivadas para satisfacer las necesidades de la agricultura y la alimentación.
También puede contribuir a la sostenibilidad agrícola al reducir el uso de pesticidas y fertilizantes, mejorar la
eficiencia en el uso de recursos y aumentar la resistencia de las plantas a las enfermedades y el cambio
climático.
Mejoramiento Genético de la
Palma en Colombia
OBJETIVO GENERAL
Obtener nuevos cultivares de palma de aceite con
elevada producción y calidad de aceite, resistentes a
enfermedades y adaptados a las condiciones
agroclimáticas colombianas a través de herramientas
biotecnológicas y de fitomejoramiento convencional
Esquema general de mejoramiento en Cenipalma
Cruzamientos Clonación
Pruebas de progenie
(Comportamiento Evaluación
agronómico), GxA comportamiento
agronómico
Producción de
semillas mejoradas Proceso de Mejoramiento: Fijar
características
1. Mejoramiento Genético:
Recursos Genéticos
Objetivo 1: Establecer, conservar, manejar, caracterizar y evaluar las
colecciones biológicas de E. guineensis y E. oleífera
Camerún y Angola
2001 / 2007 2003 / 2011 2015 / 2025 2019 / 2022
1. Caixito 9
71 C-72-3
99
86 C-33-5
C-41-2
C-41-3
C-41-4
C-41-1
92 71
59
66
C-37-1
C-37-4
C-37-2
ABONG
C-41-5 78 52 C-19-4
C-38-2C-24-2 76 86 74 C-19-3
C-38-3 93 C-19-1
C-38-1
C-23-1
C-38-5 82 50
66 C-17-5 C-19-2 EDEA
2. Sumbe 9
C-55-1
C-55-3 92 C-16-2 C-16-5
C-55-4 C-55-2
C-55-5 92 85
71
51 C-16-1
C-20-3
C-20-1
OBALA
C-20-4
C-19-5
C-09-3C-09-5
54
EBOLOWA
C-09-1
C-09-2 62 57 C-61-3
C-61-1
C-09-4 68 C-57-3
C-61-2
3. Cabinda 11
C-39-2 89 7288 C-61-5
C-22-1 98
51 58 C-61-4
C-22-2 C-63-2
C-22-4
C-20-5
C-22-5
C-25-1
C-22-3
74
70
66
54
90 C-63-1
C-59-5
BAFANG
81 56 C-59-4
C-59-2
C-64-4
C-64-3 67 74 C-59-3
C-16-4 C-59-1
C-64-5
C-64-1 C-66-4
C-66-3
81 58
68 C-52-3
C-52-2
C-07-4
C-52-4
MANKIN
C-64-2 C-66-5 C-52-1
C-51-4
C-51-5
51 C-50-5 C-52-5
4. Benguela 6
58
63 67 C-50-4
C-36-2 C-50-2
C-50-3
C-66-1 C-65-2
C-66-2 C-43-1 87 C-50-1
C-65-1C-65-5
C-65-3 C-69-3 C-35-3
C-65-4
C-69-1 71 C-35-2
C-35-5
C-43-2 C-12-4C-35-4
C-45-1 C-12-5 C-35-1
C-43-5
C-43-4 70 C-70-1C-12-2
C-43-3
C-39-1 C-14-1
C-76-2
C-73-4
C-26-4 C-73-1 C-12-1
C-73-3
5. Uige 9
C-20-2
C-69-2 C-26-5 C-73-5
C-76-4
C-26-1 C-76-5
C-26-2 C-40-2 C-33-2 C-74-2
C-26-3 C-40-4 C-33-3C-15-2 C-73-2
C-74-3
C-31-4 C-15-5 C-45-5
C-33-1
C-33-4 C-74-5
C-03-2 C-74-1
C-03-5 C-74-4
C-40-1 C-45-3 C-03-3
C-13-4
C-45-4 C-13-5
C-25-4 C-03-4
C-03-1
C-31-5 C-15-3
C-42-3
C-15-1
C-42-4 C-30-2
C-13-2
C-13-3
C-36-1
C-42-5 C-31-1 C-63-5
C-67-3 C-25-2C-34-1C-13-1
Total 44
C-45-2 C-11-1 C-34-4
C-34-3
C-42-1 C-06-2 C-67-5 C-01-5
C-07-2C-67-4 C-02-1 C-05-4C-40-3
C-36-4 C-34-2
C-36-5 C-69-5
C-31-3 C-07-3 C-01-3
C-67-2
C-44-4
C-06-5 C-05-2 C-36-3C-11-4 C-34-5
Angola - 2002
C-76-3 C-06-3 C-01-4
C-37-5 C-25-3
C-17-3
C-17-1C-40-5
C-76-1 C-17-4 C-11-5
C-31-2 C-06-4
C-07-1
C-02-4
C-01-2 C-02-3 C-05-5
C-11-3
C-02-2
C-06-1 C-63-4
C-67-1 C-17-2 C-01-1
C-63-3 C-02-5
C-05-3
C-05-1
C-15-4 C-12-3
0 0.2
Topología basada en el método de agrupamiento Neighbor-joining y el índice de disimilaridad. Incluye las 311 accesiones de
Zona geográfica Entradas E. guineensis de la Colecta de Camerún, las cuales no se observan separadas por su origen geográfico.
Abong-Mbang (A) 16
Edea (B) 8
Obala (C) 4
Ebolowa (D) 14
Bafang (E) 12
Mankim (F) 7
Total 61 Camerún - 2007
Contenidos de aceite y mesocarpio a fruto en Colección
Histograma de MF Biológica de Camerún
Normal
0,07
TF H istograma de A/R
dura
Normal
t enera
0,06
0, 1 2
TF
Media Desv.Est. N
N=787
44,90
en
7,657 1 01 7
dur a
0,05 t ener a
2020
70,06 1 2,24 201 0, 1 0
Media Desv.Est
1 4,79 4,029
D en sidad
0,04
21 ,33 7,21 1
0, 08
D en sidad
0,03
0, 06
0,02
0, 04
0,01
0, 02
0,00
0, 00
25,0 37,5 50,0 62,5 75,0 87,5 1 00,0
5 10 15 20 25 30 35
MF A/R
Se amplió la colección de E. oleifera con accesiones proveniente de diferentes
zonas de las regiones Caribe y Andina de Colombia. COLCIENCIAS 152
30
20
10
0
Ácidos grasos híbridos OxG y en diferentes
ecotipos de E. oleifera
A B
Línea roja: referencia de E. guineensis para ácido palmítico
(C16:0) panel A y ácido oleico (C18:1) en el panel B.
Cruzamientos Clonación
4)
Pruebas de progenie
(Comportamiento Evaluación
5) comportamiento
agronómico), GxA
agronómico
Producción de
6) semillas mejoradas 7) Proceso de Mejoramiento: Fijar
características
Esquema general de mejoramiento en Palma
4) Cruzamientos Clonación
Datos confiables
para producción de Pruebas de progenie
5) (Comportamiento Evaluación
semillas: 2030-2032
agronómico), GxA comportamiento
agronómico
Producción de
6) semillas mejoradas 7) Proceso de Mejoramiento: Fijar
características
Pruebas de evaluación agronómica (PEA) de Cenipalma
28
Parentales PEA 1- Palmas de lento crecimiento
El punto rojo corresponde a la media general de las progenies o cultivares y la línea horizontal a la mediana. DxA: Deli x AVROS, DxL: Dele x La Mé y DxY:
Deli x Yangambi.
+ Otros
29 rasgos de interés, tasas de extracción de aceite, RFF, OER 29
Valor de selección para madres tipo dura de Valor de selección para madres tipo dura de
FFB 200 kg por palma-1. BNO 15 racimos por palma-1.
30 30
Pruebas de evaluación agronómica (PEA) de Cenipalma
Objetivo:
Producir material clonal con resistencia a la pudrición de
cogollo (PC), con características agronómicas sobresaliente
como alta producción de aceite (alto RFF y altas producciones
de aceite) y evaluados en diferentes zonas palmeras
Palmas introducidas al proceso de clonación con interés para la palmicultura nacional
73,3
70
60
50
%
40 39,3
32,5
30
20 20,0
17,1
12,3 Clones
10
7,7 para
4,6
0 PEAs
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
Mes
O_34 O_36 O_28 O_33 O_35 Angola - Resistente Angola- Intermedio Angola-Susceptible
APROBACIÓN PRODUCCIÓN DE CLONES - ICA
Pruebas de evaluación agronómica (PEA) de Cenipalma
O x G
A B
1. Clasificación por el número de racimos
25
Categoría 1
Fértiles: Medianamente fértiles: Infertile
20 fruit set superior al 60% y un fruit set entre el 20% y el 60% y fruit set
10 Categoría 3
P11
P13
P15
P17
P19
P21
P23
P25
P27
P29
P31
P33
P35
P37
P39
P41
P43
P45
P47
P49
P51
P53
P55
P57
P59
P61
P63
P1
P3
P5
P7
P9
Categoría 1: palmas que producen mas de 15 racimos al año (19).
Categoría 2: palmas que producen entre 12 y 15 racimos al año (8).
Categoría 3: palmas que producen menos de 12 racimos al año (37)
Métodos de mejoramiento en Palma de Aceite
Selección Recurrente Recíproca - SRR
Donde vamos:
2022 y 2023, semillas para PEA y
cruzamientos para nuevos ciclos y
futura producción de semillas
(incremento de posibles madres)
Resistente (R):
247 progenies
• Altamente R
Angola x tester
• R intermedia
Zona
Susceptible
geográfica Familias
(No resistente)
1. Caixito 9
2. Sumbe 9 Inmune
3. Cabinda 11
4. Benguela 6 International Seed
Federation (ISF)
5. Uige 9
2017-2020 Total 44
Búsqueda de fuentes de resistencia a la pudrición Mortalidad - Resultados Angola x
del cogollo en Elaeis guineensis Jacq. tester 2020
Identificación de
genotipos
resistentes
Angola x tester
Selección parentales
Pruebas de progenie
60
50
40
30
Parentales seleccionados para los
20
parentales de las PEAs de PC
10
0
Progenies Angola x tester
C1: 0 - 25% C2: 26% - 50% C3: 51% - 75% C4: 76% - 100%
Selección de progenies: Baja incidencia/palmas erradicadas
para seleccionar parentales PEAs
Búsqueda de fuentes de resistencia a la pudrición del cogollo en
Elaeis guineensis Jacq. Variables epidemiológicas - AUDPC.
ZONA PLANTACIÓN Porte Bajo (PEA 1) Clones (PEA2) Híbridos (PEA 3) PC (PEA 4)
Tequendama PEA PEA PDO PEA
NORTE
Se han entregado dos tipos
El Roble PEA PEA PDO PEA
Sicarare PEA
de pruebas:
Monterrey PDO PDO
Yuma PEA PEA PEA 1. Pruebas de evaluación
CENTRAL Agrícola del
Norte PEA
agronómica - PEA con
PalNorte PDO PDO fines de registro ICA.
San Marcos PEA PEA PEA 2. Parcelas de observación
Palmasol PEA PEA PEA PEA (PDO) para seguimiento por
Sillatava PDO PDO parte de la plantación y
ORIENTAL
Manuelita PEA* acompañamiento de
Sapuga PDO PDO Cenipalma
La Estretta PDO
*Esta PEA fue establecida en campo en 2022
Pruebas de evaluación agronómica (PEA) entregadas en 2022
Prueba de
Parcela de
Evaluación
Prueba observación -
Agronómica -
PDO
PEA
Enanas 7 4
Clones 6 -
OxG 1 3
PC 5 4
Cruzamientos Clonación
-2023-2024 4)
Pruebas de progenie
(Comportamiento Evaluación
-2024-2035 5) comportamiento
agronómico), GxA
agronómico
Producción de
6) semillas mejoradas 7) Proceso de Mejoramiento: Fijar
características
Tamizaje en condiciones de umbráculo para el DH
• Selección de
parentales por su
posible tolerancia al
DH
• Selección basada
por sus variables
diagnósticas.
Fotosíntesis Z_score
Años de DH
Mejoramiento enfocado al déficit hídrico: Selección Número de racimos en la colección Angola - FIPS
de parentales en las colecciones biológicas. Reducciones entre el 15 y 25%
25
6 YAP 7 YAP 8 YAP 9 YAP 10 YAP 11 YAP 12 YAP
Rank FAM BLUP_NR FAM BLUP_NR FAM BLUP_NR FAM BLUP_NR FAM BLUP_NR FAM BLUP_NR FAM BLUP_NR
20 1 5-10 23.7 5-9 21.1 3-10 15.8 3-10 16.3 3-10 15.9 3-10 12.9 5-9 14.3
Número de racimos
2 3-10 22.8 3-10 20.7 5-9 15.4 5-9 15.8 3-3 15.2 3-3 12.1 3-10 13.7
15 3 3-1 21.9 3-11 20.2 5-10 15.2 3-3 14.9 5-9 14.8 2-3 11.7 1-9 13.6
4 3-11 21.9 3-1 20.1 3-3 15.1 5-10 14.7 1-4 14.1 5-9 11.3 3-3 13.0
10 5 5-8 21.8 3-3 19.6 5-3 14.8 3-11 14.3 3-1 13.9 3-8 11.1 5-10 12.5
6 1-9 21.7 1-9 19.4 3-8 14.5 3-8 14.2 1-9 13.6 3-4 11.1 1-8 12.0
7 5-9 21.6 5-8 19.0 5-8 14.0 5-8 14.2 3-4 13.4 5-10 10.9 3-8 12.0
5
8 3-3 21.5 3-8 18.8 3-11 13.9 5-3 13.9 5-10 13.3 5-3 10.8 3-11 11.9
9 2-2 20.7 5-10 18.7 3-1 13.9 1-8 13.8 3-11 13.3 3-9 10.5 5-8 11.5
0 10 3-8 20.7 3-4 18.3 5-6 13.6 5-4 13.5 3-8 13.0 2-6 10.4 2-3 11.5
T1 (CC) T2 (75% CC) T3 (50% CC) T4 (25% CC) 11 3-4 20.6 2-3 18.1 1-8 13.6 3-4 13.5 5-3 13.0 1-9 10.3 5-3 11.3
12 5-3 20.6 1-8 18.1 1-9 13.0 3-1 13.2 3-9 12.9 2-2 10.2 2-2 10.9
No. Infl. Femen No. Infl. Masc No. Abortos
13 1-8 20.5 5-3 17.3 1-4 12.9 1-4 13.0 5-4 12.8 3-1 10.2 3-4 10.9
T. Delgado; G. Ladino; N. Arias; A. Rincón; J. Jimenez; A. Zapata 14 1-2 20.3 2-2 17.0 5-4 12.8 2-2 12.9 1-8 12.6 3-11 9.8 4-4 10.8
15 3-9 20.1 1-4 17.0 3-4 12.6 1-9 12.8 2-2 12.6 1-4 9.6 5-7 10.7
30
16 5-1 19.9 5-1 16.9 5-7 12.5 2-6 12.3 5-7 12.6 4-4 9.5 2-8 10.7
Número de racimos palma año-1
17 1-4 19.9 4-4 16.9 5-1 12.5 5-2 12.3 1-3 12.4 1-6 9.5 5-4 10.6
25 18 1-7 19.8 3-9 16.8 2-2 12.5 5-7 12.0 5-8 12.4 4-2 9.5 1-4 10.5
19 1-3 19.4 5-2 16.8 2-6 12.4 3-9 11.7 1-7 12.2 5-7 9.4 3-1 10.3
20 2-6 19.3 1-6 16.5 5-2 12.2 4-4 11.6 1-6 11.9 1-2 9.3 5-2 10.0
20 21 5-7 19.3 5-7 16.5 2-3 12.0 1-3 11.5 2-9 11.8 1-5 9.3 5-1 10.0
22 5-2 18.8 2-6 16.3 4-4 11.8 1-7 11.5 5-2 11.8 4-5 9.3 5-6 9.9
23 2-5 18.7 5-4 16.3 2-9 11.8 5-1 11.5 2-6 11.7 5-2 9.2 3-9 9.9
15 CV calculado 24 4-4 18.6 5-6 15.7 3-9 11.7 4-5 11.0 4-1 11.7 1-1 9.1 2-6 9.8
25 2-3 18.6 2-1 15.5 4-6 11.6 2-3 10.9 2-3 11.6 1-3 9.1 2-5 9.8
10 para los años 26 5-4 18.5 1-7 15.4 1-6 11.4 4-2 10.9 1-2 11.5 5-1 9.0 1-2 9.8
27 1-5 18.1 1-2 15.3 4-5 11.3 1-6 10.8 4-5 11.3 3-6 8.9 1-5 9.8
2009-2017 28 3-6 17.4 3-7 14.9 1-5 11.2 1-2 10.8 4-4 11.3 1-7 8.9 3-6 9.7
5 29 4-2 17.3 4-2 14.8 1-7 11.2 4-1 10.8 5-1 11.2 2-8 8.9 1-7 9.6
30 2-1 17.3 4-5 14.6 1-3 11.1 4-6 10.7 3-7 11.2 2-1 8.8 4-2 9.5
31 5-6 17.3 2-9 14.4 1-2 11.0 5-6 10.6 4-2 11.1 5-8 8.7 4-5 9.3
0 32 2-9 17.1 4-1 13.8 3-7 11.0 1-5 10.4 4-3 11.1 5-4 8.5 2-1 9.2
0 20 40 60 80 100 33 4-1 17.0 3-6 13.8 2-1 10.8 2-5 10.4 2-4 10.8 1-8 8.5 1-3 9.1
Coeficiente de variación (%) 34 4-3 16.9 2-5 13.8 3-6 10.7 2-4 10.0 3-6 10.7 2-4 8.5 3-7 9.1
35 3-7 16.9 1-5 13.6 4-1 10.7 2-8 9.9 4-6 10.6 3-2 8.4 4-3 8.9
36 1-6 16.7 4-6 13.5 2-5 10.6 2-7 9.8 1-1 10.6 4-1 8.4 1-6 8.8
37 4-6 16.4 1-3 13.5 4-2 10.5 1-1 9.7 2-5 10.4 2-5 8.3 4-6 8.8
38 4-5 16.3 2-8 13.5 2-4 10.4 3-7 9.5 2-8 10.4 2-7 8.3 2-9 8.7
PEA-5: Cultivares con posible tolerancia al
déficit hídrico (DH)
Pisiferas de Cenipalma
45 Conclusiones y perspectivas
40
35
➢ Se identificaron familias para generar progenies
DxP para la tolerancia al déficit hídrico (DH) a
30
RFF ha año-1
Cruzamientos 2023-2024
PEA-DH
2
Dos comportamientos en el
1 mejoramiento para incrementar el
uso eficiente de Nutrientes
(UEN):
CODAZZI – MOTILONIA
Línea de tiempo PEA 6: Cultivares con alto UEN
Evaluación casa
de malla UEN
2022-2025…
76 palmas:
680 Palmas - • Clones R y S
242 madres Angola
Angola x tester – • OxG R y S
en el CEPV
en TUMACO • DxD R y S
Zona • CIRAD comercial – R?
geográfica Familias
1. Caixito 9
2. Sumbe
Variables:
9
• Incidencia
3. Cabinda 11
• Erradicaciones (mortalidad)
4. Benguela 6
• Tasa de recuperación
5. Uige 9
• Cat: 1-4, donde 1: 0%-25%, 2:
Total 44
21%-50%, 3: 51%-75% y 4:
76%-100% de la incidencia
242 progenies Angola x tester
Análisis Búsqueda de Marcadores para Selección de Plantas Élite - PC
de Expresión
Diferencial: Genes
Genotipos KASP
Importantes Matriz de
contrastantes 1000 muestras
para resistencia genotipaje
1505 SNPs
en Palma a PC
QC
Datos
Genes GWAS Filtro Alelos
Filtrados
Significativos FarmCPU Maf > 5%
1066 SNPs
Datos > 70 %
Distribución Incidencia
Q-Q plot Incidencia
Uso de herramientas genómicas para el
mejoramiento y manejo de las colecciones
genéticas.
https://www.plantbreeding.iastate.edu/project/turbocharging-gene-banks-through-genomic-selection
Resultados: Evaluación de las coleciones biológicas de E. guineensis:
Indentificación de genes asociados con rasgos de interés a través de “mapeo
de desequilibrio de ligamiento” o GWAS
GWAS - Gapit
Regiones GWAS
Genes en Datos Filtrados
Significativas FarmCPU
LD FDR < 10% 63.590
20Kb
500
Esquemas de genotipos
validación cruzada
(CV) para selección
genómica
500
genotipos
2022
Resultados: Alta precisión genómica (pred vs obs) a través
de diferentes escenarios de validación cruzada en
genotipos contrastantes de palma de aceite
Beta- Beta- Alpha- Alpha- Beta-
Cross validation ALT NR PMR RFF Vit A Vit E Tocopherol Tocotrienol Tocopherol caroteno C 16:0 C18:1 C18:2 IY
caroteno
10% Training 0,26 0,39 0,41 0,31 0,34 0,24 0,04 0,20 0,15 0,26 0,36 0,16 0,22 0,16 0,09
20% Training 0,39 0,50 0,50 0,43 0,46 0,29 0,02 0,24 0,18 0,36 0,48 0,27 0,28 0,21 0,17
30% Training 0,46 0,59 0,57 0,49 0,54 0,37 0,17 0,30 0,23 0,43 0,56 0,31 0,31 0,25 0,22
40% Training 0,50 0,65 0,61 0,54 0,55 0,39 0,21 0,33 0,24 0,44 0,58 0,33 0,34 0,26 0,26
50% Training 0,54 0,69 0,63 0,56 0,57 0,40 0,21 0,36 0,24 0,46 0,59 0,37 0,35 0,28 0,25
60% Training 0,56 0,70 0,65 0,58 0,58 0,43 0,21 0,38 0,27 0,47 0,60 0,38 0,37 0,27 0,28
70% Training 0,58 0,72 0,66 0,59 0,58 0,43 0,26 0,39 0,26 0,48 0,61 0,39 0,38 0,30 0,29
80% Training 0,59 0,74 0,67 0,60 0,60 0,44 0,35 0,40 0,28 0,49 0,62 0,40 0,40 0,31 0,30
90% Training 0,61 0,75 0,68 0,61 0,61 0,45 0,36 0,41 0,29 0,51 0,63 0,41 0,40 0,32 0,32
100% Training 0,62 0,75 0,69 0,62 0,61 0,46 0,34 0,42 0,29 0,51 0,64 0,41 0,41 0,33 0,33
Frequency
Palmas elite seleccionadas para cruces para
evitar al menos un ciclo de mejoramiento
Frequency
mediante GS.
• Reducción de ciclos de
mejoramiento
Variación
Relación filogenética de intraespecifica P.
P. palmivora de palma palmivora de
de aceite de Colombia Colombia vs
Malasia-Indonesia-
vs P. palmivora de
Korea del Sur.
otros hospederos con
marcador PhHPAV
(Avr4 (PiAvr4) de P.
infestans)
Colección de P. palmivora
cenipalma evaluada con
marcador PhHPAV
Separación de
aislamientos de P.
Relación filogenética de P. palmivora de Colombia
palmivora de palma de aceite vs Malasia – Indonesia
de Colombia - Corea del Sur.
vs
P. palmivora de otros
hospederos con marcador
PhHPAV (Avr4 (PiAvr4) de P.
infestans)
Aislamientos P.
palmivora colección
Cenipalma
Perspectivas
Secuenciar los fectores en aislamientos de P. palmivora de la coleccion de
Cenipalma.
Inoculación
P.palmivora
PCZC145
2017-
24,72 y 120h Genoma de palma versión 1
2019
2020-2022
2020-
Genoma de palma versión 2
2022
Selección de
genes asociados
a efectores
Validación de genes por
qRT-PCR
Interacción planta-patógeno: Genes de P. palmivora
http://apoplastp.csiro.au/
Categoría GEN ID
Hidrolasas PpalZC01_tig00001434_17240
Enzimas
PpalZC01_tig00000164_02111
degradadoras de
PpalZC01_tig00002102_25153
pared celular
Para-nitrobenzyl esterase PpalZC01_tig00000064_00541
Elicitinas PpalZC01_tig00001406_17013
PpalZC01_tig00002139_26439
Proteínas
Transglutaminasa PpalZC01_tig00002179_27211 inductoras de
defensa en plantas
Genes efectores Dominios de unión a celulosa PpalZC01_tig00001978_20964
PpalZC01_tig00000242_03280
Fosfatasa PpalZC01_tig00002013_22128
Pectinesterasas PpalZC01_tig00002180_27412
qRT-PCR
RNAseq
1 3
0,5 2
1
0 0
Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57
24h 24h 72h 72h 120h 120h
FC qRT-PCR FC RNAseq
FC RNAseq
1,5 6
FC qRT-PCR
1 4
0,5 2
0 0
Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57
24h 72h 120h
FC qRT-PCR
FC RNAseq
0,4
6
0,3
4
0,2
0,1 2
0 0
Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57
Clon 34→Resistente 24h 72h 120h
Clon 57→Susceptible
Genes inductores de defensa en planta
Elicitina_26439 (ELI26)
2 10
1,5 8
FC qRT-PCR
6
FC RNAseq
1
4
0,5 2
0 0
Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57
24h 24h 72h 72h 120h 120h
qRT-PCR RNAseq
0,6
Elicitina_17013 (ELI17) 8
0,5
6
FC RNAseq
0,4
FC qRT-PCR
0,3 4
0,2
2
0,1
0 0
Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57
24h 24h 72h 72h 120h 120h
1,5
Transglutaminasa (TG1) 6
FC qRT-PCR
1 4
FC RNAseq
0,5 2
0 0
Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57 Clon 34 Clon 57
24h 24h 72h 72h 120h 120h
qRT-PCR RNAseq
Clon 34→Resistente
Clon 57→Susceptible
Conclusiones
• Los genes validados son de importancia para las etapas tempranas del proceso de infección de P.palmivora.
• Algunos de los genes codifican para hidrolasas degradadoras de pared celular y proteínas inductoras de
sistema de defensa de la planta, y su expresión varía dependiendo del hospedero.
Perspectivas
• Continuar con la validación por PCR en tiempo real de genes.
• Validación funcional de genes mediate técnicas de edición (CRISPR/Cas).
Evaluación de genotipos de
E. guineensis mediante
inoculaciones con P. palmivora
transformada genéticamente
2021
Necrosis
DeDefolíolos
folíolosseC/hpi se
tomaron
tomaron a la 5longitud
fotos al de
azar
Gota inoculación
fotos la
Longitud de por cada
zona zona. Se
de lesión.
lesión
toman fotografías con 32
filtros.
Comparación de
Avance de lesión
genotipos.
Microscopía de
fluorescencia Proceso de infección de genotipos contrastantes de E.
guineensis
GFP IP
T0 T1 T2 T0 T1 T2 T0 T1 T2
T0 = 0H T1 = 24H T2 = 48H
Carmenza Montoya, Santiago, Mejía, David Botero,, Iván Ayala y Hernán Mauricio Romero Bioinformática
Genes involucrados en la
partenocarpia inducida con ANA