ANEXO 3
1-MANUAL PARA USO DEL PROGRAMA TNT
TNT (Tree analysis using New Technology) es un programa para realizar análisis
filogenéticos bajo parsimonia creado por P. Goloboff, J. Farris y K. Nixon (2000).
Gracias a un acuerdo con la Willi Henning Society y los autores del programa, el TNT
está actualmente disponible como un programa de uso libre
(http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/)
La matriz debe tener cierta información, presentada en un orden determinado, para
que el programa pueda procesarla. Una matriz ejemplo es:
xread 1º: Comando xread
17 8 2º: número de caracteres y número de
taxa
Lythrum 3º: los datos, identificando taxones y
---0000??00000000 estados (códigos para los caracteres, ?
para los datos faltantes, y – para gaps
Ludwigia
00000?0031?000100
Circaea
00001120010110000
Hauya
00001010220111010
Fuchsia
01001010010110000
Lopezia
01001210010110000
Oenothera
10111010110110010
Epilobium
10031011311110001
;
p/; 4º: comando para el TNT
1- ABRIR ARCHIVOS: ir a la ventana File y dentro de ella a Open Input File (como en
cualquier programa de Windows). Es conveniente cambiar el tipo de extensión de los
archivos para ver todos los tipos de matrices (pueden ser de distintos formatos: TNT,
SS). También hay un botón en la barra de herramientas para realizar este
procedimiento.
2. GENERAL DEL PROGRAMA: el TNT posee una pantalla (buffer) donde van a ir
apareciendo todas las acciones (inclusive los árboles de consenso o de soportes, si no
está activado el preview trees de la ventana Format). Debajo hay una barra que dice
Enter Commands, donde se puede escribir comandos para que el programa trabaje
(existen comandos para realizar todos los procedimientos indicados en las ventanas y
más). Por ejemplo, poniendo “ie” se realiza una búsqueda exacta de la matriz abierta.
Además, existe un espacio para los árboles, donde los árboles que el programa
encuentra en las búsquedas son guardados, al cual se accede mediante el botón de la
barra de herramienta indicado con un árbol y un ojo. Este espacio tiene un tamaño o
memoria para almacenar árboles que se puede cambiar. Conviene tener bastante
memoria para árboles (por ej. 10000). Por esto, antes de hacer búsquedas, es
conveniente ir a Settings/Memory y cambiar el número de árboles en Max Trees.
Otros seteos previos convenientes son: tildar: Map Characters in color y Preview
Trees en la ventana Format.
Tecleando el comando Help en la barra de comandos, se puede ver el listado de
comandos y una descripción de los mismos. Si se conoce el nombre de un comando,
se puede tipear help seguido del nombre del comando (e.g. help mult) y solo muestra
la explicación de este comando.
3- SETEO CARACTERES: ir a Data/Character settings
Para tratar a los caracteres como aditivos/ordenados cliquear en additive y luego
presionar CHARS (Botón de la derecha arriba):
Los caracteres que se desean codificar como aditivos se deben pasar de la ventana
derecha a la izquierda que dice Chars become Additive y luego apretarOK.
Para volver a considerarlos como no ordenados, o para activarlos o desactivarlos, hay
que volver a la pantalla anterior, cliquear en non-additive (o active – inactive) y
repetir el procedimiento.
4- BÚSQUEDAS: ir a ANALYZE
*Si la matriz es pequeña (menos de 20 o 15 taxones) hacer una búsquedaexacta - ir a
Implicit Enumeration
*Si la matriz es más grande - ir a Traditional Search :
La primera sub-ventana permite indicar la cantidad de árboles de Wagner iniciales y
cambiar la secuencia al azar para la aleatorización de los taxones, entre otros.
En la segunda sub-ventana, se puede elegir la estrategia de swapeo (como modificar
los árboles de Wagner para buscar árboles más cortos). La ventana con el numero 10,
(trees to save per replication) es para indicar cuantos árboles debe guardar el
programa en cada ronda.
Siempre se debe tildar la opción collapse trees after search. Si esta opción no se
tilda aparecerán nodos no soportados por ninguna transformación de caracteres.
Una vez cumplidos estos pasos se selecciona Search para obtener el o los árboles
por parsimonia.
*Nuevas Tecnologías (Para matrices muy grandes)
Entrar en Analyse/ New Technology Search:
Con esta opción se pueden combinar distintos algoritmos de búsqueda, como
búsquedas sectoriales, ratchet, drifting y tree fusing. También se pueden cambiar
distintos parámetros de las búsquedas (e. g. número de secuencias de adición, etc.).
5- OPTIMIZACIONES:
En la ventana OPTIMIZE, en Characters/Mapping characters se puede pedir al
programa que optimice caracteres en uno o más árboles. Esto se regula
seleccionando árboles y caracteres en la ventana que sigue:
Como resultado, cada carácter va a aparecer mapeado en el o los árboles, con un
color para cada estado. Los nodos en gris tienen optimizaciones ambiguas (los
estados 0, 1 o 2 dan la misma longitud). De esta forma pueden identificarse posibles
lugares donde se den optimizaciones ACCTRAN o DELTRAN (hay que chequear que
no sea un nodo terminal con algún taxón con entradas faltantes “?”). En estos casos
se le puede pedir al programa que muestre las reconstrucciones posibles para el
carácter (con OPTIMIZE/Characters/Reconstructions) e identificar cuál corresponde
a ACCTRAN y cuál a DELTRAN.
6- SOBRE ARBOLES:
En la memoria de árboles se pueden observar los árboles más parsimoniosos
almacenados. Debajo de cada uno, se indica qué árbol se está viendo y cuántos hay
(ejemplo “tree 0 of 3”, quiere decir que estamos en el primer árbol de los 4
almacenados). Siempre el primer árbol, carácter o taxón es el número 0. Si figura
(locked) quiere decir que el árbol no se puede modificar, para hacerlo hay que apretar
el botón de la barra de herramientas que es un candado (después va a decir
unlocked). Apretando el botón derecho del ratón sobre los nodos con los árboles
bloqueados van a aparecer los cambios de caracteres que sostienen a ese nodo. El
botón con un hombre desnudo sirve para indicar el número de cada nodo y taxón.
Para cambiarle la raíz a un árbol: Primero se debe ir a DATA/outgroup taxon y elegir
la nueva raíz. Luego ir a Trees/reroot. Así se observarán los árboles enraizados con
el nuevo outgroup.
7- CONSENSOS
Ir a Trees/Consensus (también con el 4º botón desde la derecha):
El programa construye consensos estrictos y de mayoría. Si se tilda save to RAM el
consenso calculado se almacenará en la memoria de árboles y será el último.
8- SOPORTES
Ir a ANALYZE/Resampling. Aparecen las opciones de soportes basados en
remuestreos (e.g. Bootstrap, Jacknife):
Se debe definir qué tipo de remuestreo se desea realizar (el default es Symmetric
Resampling, un tipo de JacKnife). En Output results as conviene tildar absolute
frequencies, sacar el de frequency differences y dar OK.
9- CALCULO DE CI, RI, BREMER Y LECTURA DE SCRIPTS
El TNT no tiene implementado el cálculo de estos índices, pero permite hacerlo con la
ayuda de un script (o macro). Estos son archivos con una serie de comandos (una
receta) que indican al programa que realice algún cálculo, por ejemplo que calcule un
determinado índice. De esta manera el usuario avanzado puede hacer análisis muy
sofisticados que no están implementados en ningún programa.
Para el cálculo de CI/RI, con la matriz abierta y los árboles más parsimoniosos en la
memoria de árboles, se debe abrir el Archivo CI_RI.txt a través de FILE/open input
file (o el botón de la barra de herramientas). En el buffer aparecerá una tabla con los
resultados. Otra forma de realizar este procedimiento es escribir en la barra de
comandos run CI_RI.txt. En este caso el archivo tiene que estar en la misma carpeta
que la matriz.
De la misma manera, abriendo el archivo BREMER.run se pueden calcular los
soportes de Bremer para los nodos de uno o más árboles que haya en memoria.
10- SALVANDO ÁRBOLES
Para salvar árboles, en la solapa FILE/Open Tree File, hay dos opciones, salvarlos
con formato “compacto” o “parentético”. Para ello se debe ir a Open, compact mode o
Open, parenthetical mode, respectivamente. Con la opción append se pueden
agregar árboles a un archivo creado con anterioridad. Si al crear el archivo ya existen
árboles en memoria, estos automáticamente serán guardados en el archivo, pero si se
hacen nuevas corridas con posterioridad y se quieren conservar copias de estos
nuevos árboles, se debe ir nuevamente a FILE/Open Tree File / Save trees to open
file. Cuando se finaliza se debe cerrar el archivo con FILE/Open Tree File/Close tree
file. Con posterioridad se podrán abrir estos archivos de árboles y automáticamente
estarán en memoria, sin necesidad de hacer las búsquedas de nuevo.
Output: permite guardar toda la información que el programa va volcando en el buffer
de texto, o hacer registro de lo que se ha realizado (que puede incluir árboles si no
tenemos activada la opción Preview Trees en Format). Se maneja de la misma
manera que el comando para guardar árboles, pero se entra por File/Output.
Esta guía fue creada por el Dr. Francisco Prevosti.
