Regulación de la expresión
genética en procariotes
Fundamentos de la Regulación de la expresión genética:
No todas las proteínas se expresan simultáneamente
Los procariotas se adaptan rápidamente a cambios ambientales
Determinados programas genéticos necesitan de la expresión
ordenada de un conjunto de genes
Objetivo: Síntesis de cada proteína en el momento en que sea
necesaria
La expresión génica se regula fundamentalmente a nivel transcripcional ( a menudo al
inicio, usualmente no es controlada en la elongación, pero si en la terminación).
El control transcripcional involucra diferenciación de los genes
Tipos de genes
- Constitutivos = housekeeping
- Inducibles: aumenta su expresión en respuesta a un cambio.
- Reprimibles: inhibición de su expresión en presencia a una señal represora
Control transcripcional
Regulación negativa La unión de un represor Regulación positiva La unión de un activador
inhibe la transcripción facilita la transcripción
GENES AGRUPADOS SON REGULADOS
COORDINADAMENTE: OPERON
OPERON LACTOSA
EL OPERON LAC (AGRUPAMIENTO DE LOS GENES lacZYA) ES CONTROLADO
POR UN REPRESOR.
EL REPRESOR SE UNE AL PROMOTOR
LA PROTEINA REPRESORA ES UN TETRAMERO DE SUBUNIDADES IDENTICAS
CODIFICADA POR EL GEN lacI
lac Operon PUEDE SER INDUCIDO
• Pequeñas moléculas idénticas o relacionadas al
sustrato de sus enzimas.
• β-galactosidos son sustratos para las enzimas
codificadas por lacZYA.
• En ausencia de β-galactosidos, el lac operon es
expresado en un bajo nivel (basal).
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EL REPRESOR ES CONTROLADO
POR UNA MOLECULA
INDUCTORA
LA UNION DEL INDUCTOR AL
REPRESOR , LA CONVIERTE EN
UNA PROTEINA DE MUY BAJA
AFINIDAD AL PROMOTOR
Monomero Represor :
Dominios
– N-terminal dominio de union al ADN
– Una bisagra
– Núcleo de la proteína
• El dominio de union al ADN contiene
dos regiones α-helices cortas.
– Ellos se unen a la curvatura
mayor del ADN.
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• Monomeros forman un
dimero al poner en
contacto el dominio 1 y
dominio 2
• Los dimeros forman un
tetramero por
interacciones entre la
oligomerización
El operador es simétrico
Enlazando los inductores al
operador
• Un nivel de 10 represores
por célula asegura que el
operador se mantenga en
un 96%.
• La inducción reduce la
afinidad del operador, así
solo 3% de operadores se
unen.
Figure 12.24
16
La repression puede ocurrir en multiples locus
• Un repressor puede actuar en cualquier locus que
tenga una copia de su secuencia operador target.
Figure 12.25
17
SEGUNDO NIVEL DE CONTROL
Cyclic AMP es un Efector que Activa
CRP activador de varios operones
• CRP es una proteina activadora que se une a una
secuencia target de un promotor.
• Un dimero de CRP es activado por una unica
molecula de cyclic AMP.
18
Figure 12.28
Evaluación de bacterias recombinantes (plasmido complementa operon Lac).
En medio de cultivo indicados se muestran los resultados de coloración de
las colonias de cultivos de E coli. Determine el fenotipo en relación a los genes :
I+ , I-
O+, O c
Z+, Z-
Y+, Y-
A+, A-
Medio de Cultivo A Medio de Cultivo B
.+ glucosa, No glucosa,
No lactosa, + lactosa,
.+ X-gal. + X-gal
Caso Bacteria 1 Blanca Blanca
Caso Bacteria 2 Blanca Azul
Caso Bacteria 1 : I O Z Y A
Caso Bacteria 2 : I O Z Y A
Operón Triptofano.
l La terminación de genes
de trp en B. subtilis es
controlada por trp y por
tRNATrp
l La proteína tryptophan RNA-
binding attenuation protein
(TRAP) forma un multímetro
de once subunidades. Cada
subunidad se une a un Trp
y un trinucleotido del RNA
La proteína TRAP es
controlada por tRNAtrp
Los niveles de tRNAtrp
descargado este se une a
un mRNA de la proteína
anti TRAP (AT) evitando
la formación de un
hairpin atenuador en el
mensajero.
En E. coli el operon tryptophan es controlado por atenuación
El operón trp consta de cinco genes estructurales contiguos
precedidos por una región de control que incluye un promotor, un
operador, una región codificante del péptido líder y un atenuador.
Un atenuador controla la progresión
de la ARN polimerasa hacia los genes
trp. La ARN polimerasa se inicia en el
promotor y luego procede a la
posición 90, donde se detiene antes
de proceder al atenuador en la
posición 140. En ausencia de
triptófano, la polimerasa continúa
hacia los genes estructurales (trpE
comienza en +163). En presencia de
triptófano, hay ~90% de probabilidad
de terminación para liberar el ARN
líder de 140 bases.
La región líder de trp puede existir en conformaciones alternativas de pares de bases.
El centro muestra las cuatro regiones que pueden formar pares de bases. La región 1
es complementaria de la región 2, que es complementaria de la región 3, que es
complementaria de la región 4. A la izquierda está la conformación que se produce
cuando la región 1 se empareja con la región 2 y la región 3 se empareja con la región
4. A la derecha está la conformación cuando la región 2 se empareja con la región 3,
dejando las regiones 1 y 4 sin emparejar.
Las alternativas para la ARN
polimerasa en el atenuador
dependen de la ubicación del
ribosoma, que determina si las
regiones 3 y 4 pueden emparejarse
para formar la horquilla
terminadora.
En presencia de ARNt de
triptófano, los ribosomas
traducen el péptido líder y se
liberan. Esto permite la
formación de una horquilla, de
modo que termina la ARN
polimerasa. En ausencia de
ARNt de triptófano, el ribosoma
se bloquea, la horquilla de
terminación no puede formarse
y la ARN polimerasa continúa.
Phage Strategies
Desarrollo litico controlada por cascada de
eventos
• cascada – Una
secuencia de eventos
estimulada por el paso
previo.
– Regulación Transcripcional
dos estadíos. Uno de los
genes es expresado para
regular la expression de
genes del siguiente estado.
• Regulación por factor
proteico
• Regulación por
reconocimiento de promotor
Regulación de la transcripción en
eucariotes
En la expresión de los genes de eucariotes al menos
pueden distinguirse seis potenciales puntos de
control:
1. Activación de la estructura genética: cromatina
abierta
2. Inicio de la transcripción
3. Proceso de la transcripción
4. Transporte al citoplasma desde el núcleo
5. Traducción de ARNm
6. Degradación y recambio de ARNm
• Epigenetica
Los cambios en las propiedades de las células
que son heredados y que no representan un
cambio de la información genética
• En Eucariotes la
expresión de genes
es usualmente
controlada a nivel
de inicio de la
transcripción por la
accesibilidad de la
cromatina.
Mecanismo de Acción de Activadores y
represores
• Activadores determinan la frecuencia de
transcripción, pueden regular diferentes vias,
pueden unirse a otras proteinas y ejercer su
función con coactivadores, su acción se basa
en el contacto proteína-proteína con los
factores basales.
• Represor inhibe la expresión al afectar la
estructura de la cromatina o por unirse o
enmascarar a activadores
Control positivo, El estado por defecto (default)
de los genes bajo control positivo es que no se
expresan si no interviene un regulador positivo:
• Activadores
Tres clases:
1.Verdadero activador Un factor transcripcional
positivo que ejerce un contacto físico con el
aparato basal de transcripción y el promotor.
Puede ser regulado por varias vías
La actividad de un factor de
transcripción regulador positivo
puede controlarse mediante
• (a) síntesis de proteínas,
• (b) modificación covalente
de proteínas,
• (c) unión de ligandos o
• (d) unión de inhibidores que
secuestran la proteína o
afectan su capacidad para
unirse al ADN
• (e) mediante la capacidad
de seleccionar al
complemento de unión
correcto para la activación y
• (f) mediante escisión de un
precursor inactivo.
2. Antirepresor. Se une al
enhancer y reclutan
proteínas remodeladoras
de la cromatina ,
modificadoras de
histonas. Esta clase no
actua sobre el ADN su
función es sobre la
cromatina.
3. Proteínas
arquitecturales, se enlaza
y curva el DNA para
formar un complejo
colaborador
• Control Negativo El estado default de los
genes, es en estado de expresión y se requiere
de una intervención para apagarlos.
• Algunos componentes del aparato
trancripcional trabajan para cambiar la
estructura de la cromatina mientras que la
represión se obtiene por afectar la cromatina
o por unirse o enmascarar a los activadores
Un represor puede controlar
la transcripción al :
• (a) secuestrar un
activador en el
citoplasma,
• (b) unir un activador y
enmascarar su dominio
de activación,
• (c) mantenérselo en el
citoplasma hasta que sea
necesario, o
• (d) Compitiendo con un
activador por un sitio de
unión.
• Dominios independientes de unión se enlazan
al DNA y activan la transcripción
• También se han observado interacciones
promotor-promotor entre genes próximos y
distales.
• Los datos sugieren la posibilidad de que tal vez
los eucariotas posean un mecanismo, el
chroperón, para coordinar la expresión de
múltiples genes similares al modelo de operón en
procariotas. Interacciones sinérgicas de la
cromatina promoverian la transcripción de genes
agrupados.
Heterocromatica y Epigenetica
• La herencia epigenética describe la capacidad de tener
diferentes consecuencias fenotípicas, heredado sin
ningún cambio en la secuencia del ADN. Esto significa
que dos individuos con la misma secuencia de ADN en
el locus que controla el efecto puede mostrar
diferentes fenotipos. La causa es la existencia de una
estructura que se perpetúa a sí misma en uno de los
individuos que no depende de la secuencia de ADN.
• Los efectos epigenéticos pueden resultar de la
modificación de un ácido nucleico después de haber
sido sintetizado sin cambios en la secuencia de ADN
primaria o por la perpetuación de estructuras
proteicas.
• Estructuras de diferentes tipos tienen la
capacidad de mantener efectos epigenéticos:
– Una modificación covalente del ADN (metilación de
una base)
– Una estructura proteica que se ensambla sobre el
ADN.
– Un agregado proteico que controla la conformación
de nuevos subunidades a medida que se sintetizan.
(priones)
En cada caso, el estado epigenético resulta de una
diferencia en función que está determinada por la
estructura.
La heterocromatina se centraliza en una
región especifica y la estructura de
inactivación se propaga a lo largo de la
fibra del ADN
Los genes en esa región son inactivados Color
La longitud de la región de inactivación red
varia de célula a célula, no se precisa su White
extensión y puede ser estocástica. gene
Algunos promotores activos pueden inhibir active
la expansión. Algunos aislantes (insulator)
dominios independientes de transcripción
pueden proteger una región de
transcripción activa
La inactivación de genes en esa vecindad
por efecto de posición
(abigarramiento/mezcla o combinación)
Position effect variegation PEV en el cual White
células genéticas idénticas tienen diferente gene
fenotipo. inactive
En Drosophila regiones del ojo carecen de
color debido a que el gen white (requerido
para el pigmento rojo) fue inactivado por
estar adyacente a la heterocromatina en
algunas células, mientras en otras células 53
permanece activo.
El efecto del silenciamiento
telomerico en levaduras es análogo,
los genes translocados a una posición
telomerica muestras una variable
perdida de su actividad . En este caso
la unión de Rap 1 (represor activator
protein1) inicia el evento de
nucleación que resulta en el
reclutamiento de proteínas de
heterocromatina.
Adicional a los telomeros , otros dos
sitios son nucleados en levadura,
HML y HMR son copias de MAT (locus
de Yeast mating type) donde se
observa una nucleación de
heterocromatina vía proteínas.
Modelos sugerido para la formación de la heterocromatina
Comosoma X es sometido a cambios globales
Compensación de dosis: Mecanismo empleado para
compensar la discrepancia entre la presencia de dos
cromosomas X en un sexo pero solo un cromosoma X
en el otro sexo
Epigenética
Las islas de CpG estan sujetas a
metilación
Los grupos metil se encuentran sobre la citosina
en ambas hebras de dupletes CpG
La duplicacion convierte un sitio totalmente
metilado en un sitio parcialmente metilado
Es necesaria una DNA metiltransferasa
El estado de los CpG metilados puede
perpetuarse por una enzima (Dnmt1) que
reconoce solo sitios hemimetilados como
sustratos.
Modificaciones de estados de
metilación:
- Metilación nueva (de novo
metiltransferasa / Dnmt3A y Dnmt3B
en ratón )
- Metilación de perpetuacion( sitios
hemimetilados covertidos a full
metilados por una metilasa de
mantenimiento./ Dnmt1 en ratón
- Demetilación (demetilasa)
Metilación responsable del imprinting
Alelos paternos y maternos pueden
tener diferentes patrones de metilación.
La metilación es asociada a la
inactivación de un gen
Cuando los genes son diferencialmente
asociados a un imprinting. La
supervivencia del embrión puede
requerir que el alelo funcional sea
heredado del progenitor con alelo no
metilado
Genes de imprinting opuesto pueden ser controlados
por un unico centro regulador
El imprinting de genes está controlados por la metilación de sitios cis acting
La metilación puede ser responsable de inactivar o activar un gen.
Differentially
methylated
domains
(DMDs) or
imprinting
control
regions (ICRs).
Insulin-like
growth factor 2
(Igf2)
Efectos epigeneticos pueden ser heredados
Dos posibilidades para el destino de un
complejo proteico en la replicación:
Un complejo podría perpetuarse si se divide
simétricamente, por lo que que los
semicomplejos se asocian con cada duplex
secundario. Si los semicomplejos tienen la
capacidad formación nuclear de complejos, se
restaurará el estado original. Esto es
básicamente análogo al mantenimiento de la
metilación. El problema con este modelo es
que no hay una razón evidente por la cual la
proteína o los complejos deben comportarse
de esta manera.
Un complejo podría mantenerse como una
unidad y segregarse en uno de las dos hijas
dúplex. El problema con este modelo es que
requiere un nuevo complejo para ser
ensamblado de novo en el otra hija dúplex, y
no es evidente por qué esto debería ocurrir.
• Aún no se comprende cómo se heredan los cambios epigenéticos
en células somáticas.
• Los efectos epigenéticos pueden transmitirse de generación en
generación en un proceso conocida como epigenética
transgeneracional.
• Hay evidencia de que la metilación del ADN es un coordinador
central que asegura estabilidad la herencia transgeneracional en
plantas.
– En estudios de un Mutante de Arabidopsis thaliana deficiente en el
mantenimiento de la metilación del ADN, la pérdida de metilación del
ADN desencadena en todo el genoma Activación de mecanismos
epigenéticos alternativos como ARN dirigido, Metilación del ADN,
inhibición de la ADN desmetilasa y reorientación de la metilación de la
histona H3K9. En ausencia de metilación de mantenimiento, patrones
nuevos y aberrantes de epigenética se acumulan durante varias
generaciones, dejando estas plantas enanas y estériles. Como
resultado, al menos en las plantas, la metilación de mantenimiento
juega un papel importante en epigenética transgeneracional.
• En los mamíferos, la epigenética transgeneracional
es menos fuerte, pero hay varias evidencias que
indican que este proceso también ocurre.
• Los epialélicos metaestables son dependientes en
el estado epigenético para su transcripción. Este
estado puede variar no solo entre células sino
también entre tejidos.
• Aunque el estado epigenético del genoma se
somete a reprogramación en el genomas
parentales y durante la embriogénesis temprana,
algunos loci pueden transmitir el estado
epigenético a través de los gametos a la siguiente
generación (epigenética transgeneracional).
Yeast Prions son usualmente heredados
• Sup35 protein
soluble
Factor de
terminación de la
traducción
• Oligomerioc
inactivo
La presencia de la forma
oligomerica causa que la
nueva proteina sintetizada
adquiera la estructura
inactiva
• La presencia de la
forma oligomérica
hace que la proteína
recién sintetizada
adquiera la
estructura inactiva.
• La conversión entre
las dos formas está
influenciada por.
chaperonas.
