ENZIMAS

Principios de Bioingeniería
Profa. Cateryna Aiello Mazzarri
Enero 2005

ENZIMAS

Las enzimas son:

 Son catalizadores biológicos complejos

específicos, versátiles y muy efectivos
 Son usualmente proteínas de alto pero
molecular (15.000 < PM < varios millones
de daltons)
 Aceleran la velocidad de las reacciones
químicas

1
ENZIMAS

 Las enzimas solamente actúan sobre la

velocidad de reacción. No cambian el
equilibrio de la reacción

 Bajo condiciones fisiológicas las enzimas

regulan reacciones que sin catalizador
requerirían de condiciones extremas de pH,
presión o temperatura.

ENZIMAS

 La actividad catalítica de las enzimas depende

de la integridad de la conformación de la
proteína
 Si la enzima se desnaturaliza o se disocia en
subunidades, la actividad usualmente se pierde

 Si la enzima se separa en sus aminoácidos

constituyentes, la actividad siempre se pierde

La estructura de la proteína es esencial

para la actividad catalítica de la enzima

2
ENZIMAS

 Algunas enzimas solo necesitan de los residuos

de aminoácidos para su actividad

 Otras enzimas requieren de un componente

químico no proteico adicional para su actividad

 COFACTOR
 COENZIMA

COFACTOR

Es un compuesto no proteico que se combina

con una proteína inactiva para originar un
complejo catalítica mente activo

Uno o mas iones inorgánicos

Fe+2, Mg+2, Mn+2, Zn+2

3
COFACTOR

COFACTOR ENZIMA
Citocromo oxidasa
Fe+2 o Fe+3 Catalasa
Peroxídasa
Cu+2 Citocromo oxidasa
Zn+2 Alcohol dehidrogenasa
Mg+2 Hexoquinasa
Glucosa-6-fosfato
Piruvato quinasa
Ni+2 Ureasa
Se Glutationa peroxidasa

COENZIMA

Son compuestos orgánicos o moléculas

metalorgánicas que se combinan con una
proteína inactiva para originar un complejo
catalítica mente activo

 Vitaminas
 Moléculas organicas complejas:
NAD, FAD, CoA

4
COENZIMA

 Las coenzimas actúan como vehículos de

transporte de grupos funcionales
específicos

 Muchas vitaminas, nutrientes orgánicos

requeridos en pequeñas cantidades en la
dieta diaria, son precursores de coenzimas

COENZIMA
COENZIMA Grupo químico Precursor dietario
transferido en mamíferos
Tiamina pirofosfato Aldehídos Tiamina
(Vitamina B1)
Flavina adenina Electrones Riboflavina (Vitamina
dinucleótido B2)
5’-Deoxiadenosin- Atomos de H y
cobalamina grupos alquil Vitamina B12
Coenzima B12
Peridoxal fosfato Grupos amino Piridoxina
Vitamina B6
Biocitin CO2 Biotina

5
ENZIMAS

Una enzima que contiene un grupo no

proteico o Grupo Prostético (Cofactor o
Coenzima), se conoce como HOLOENZIMA

La parte proteica de esta enzima es llamada

APOENZIMA o APOPROTEINA

APOENZIMA + GRUPO PROSTÉTICO = HOLOENZIMA

Holoenzima

6
ISOZIMAS

Formas moleculares de la misma enzima

derivadas de diferencias de origen genético
en su secuencia primaria de aminoácidos
que catalizan la misma reacción química.

COMPLEJOS
ENZIMATICOS

Algunas enzimas se agrupan juntas para

formar complejos enzimáticos que actúan
sobre un sustrato particular.

SUSTRATO: Compuesto especifico

sobre el cual las enzimas actúan.

7
SITIO ACTIVO

Es la región de la superficie de la enzima

que se une a la molécula de sustrato y lo
transforma catalíticamente, también se
conoce como sitio catalítico o centro activo.

Es el lugar donde ocurre la reacción.

8
NOMENCLATURA

 La nomenclatura se deriva de lo que hace la

enzima y no de lo que la enzima es.
 Se denominan en función de la reacción que
catalizan, añadiendo el sufijo asa al nombre del
sustrato.

La ureasa cataliza la hidrólisis de la urea con

producción de amoniaco y CO2

La fosfatasa cataliza la hidrólisis de los

esteres fosfóricos

NOMENCLATURA

 Esta nomenclatura ha resultado, poco práctica

 Algunos nombres triviales han alcanzado
amplio uso:
 Pepsina
 Tripsina
 Quimotripsina
 La Unión Internacional de Bioquímica creó la
Comisión de Nomenclatura y Clasificación de
Enzimas : Sistema de Nomenclatura EC

9
Nomenclatura EC
A cada enzima se le asigna un código EC con
cuatro (4) números separados por puntos.
E.C. X.X.X.X

 El primer número indica el nombre de la clase

 El segundo número indica la subclase
 El tercer número define el tipo de actividad
 El cuarto número es el numero de serie de la enzima
dentro de su subclase

Clases de enzimas
N° Clase Tipo de reacción catalizada
1 Oxidoreductasas Transferencia de electrones (iones H+ o
átomos de H)
2 Transferasas Reacciones de transferencia de grupos

3 Hidrolasas Reacciones de hidrólisis

4 Liasas Adición de grupos a doble enlaces o

formación de doble enlace por remoción de
grupos
5 Isomerasas Transferencia de grupos entre moléculas
para formar isómeros
6 Ligasas Formación de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N
por reacciones de condensación acopladas
con ruptura de ATP

10
1. OXIDOREDUCTASAS

Catalizan reacciones de oxidorreducción, es decir, transferencia de

hidrógeno (H) o electrones (e-) de un sustrato a otro, según la reacción
general

AH2 + B A + BH2

Ared + Box Aox + Bred

Ejemplos:
• succinato deshidrogenasa
• citocromo c oxidasa.

1. Oxidoreductasas
Reacción de oxido-reducción

1.1 Actuando sobre CH - OH

1.2 Actuando sobre C=O

1.3 Actuando sobre C = CH -

1.4 Actuando sobre CH - NH2

1.5 Actuando sobre CH – NH -

11
2. TRANSFERASAS

Catalizan la transferencia de un grupo químico (distinto del

hidrógeno) de un sustrato a otro, según la reacción:

A-B + C A + C-B

Glucoquinasa: glucosa + ATP ADP + glucosa-6- fosfato

OH ATP ADP O PO3H2

H O H H O H
H H
OH H OH H
HO OH HO OH
H OH H OH

Glucosa Glucosa-6-P

2. Transferasas
Transferencia de grupos funcionales

2. 1 Grupos -C
2. 2 Grupos aldehído o cetona
2. 3 Grupos Acil
2. 4 Grupos Glicosil
2. 7 Grupos Fosfato
2. 8 Grupos -S

12
3. HIDROLASAS

Catalizan las reacciones de hidrólisis:

A - B + H2O AH + B - OH

La lactasa, que cataliza la reacción:

lactosa + agua glucosa + galactosa

3. Hidrolasas
Reacción de hidrólisis

3. 1 Esters
3. 2 Enlaces glicosídicos
3. 3 Enlaces peptídicos
3. 4 Otros enlaces C-N
3. 5 Anhídridos ácidos

13
4. LIASAS

Catalizan reacciones de ruptura o soldadura de sustratos:

A-B A+B

La acetacetato descarboxilasa cataliza la reacción:

ácido acetacético CO2 + acetona

4. Liasas
Adición de doble enlaces

4.1 C=C

4.2 C=O

4.3 C=N-

14
5. ISOMERASAS
5.1 Racemasas

Catalizan la interconversión de isómeros

A B

Fosfoglucosa
isomerasa
glucosa-6-fosfato fructosa-6-fosfato

O PO 3H2
PO 3 H2 O OH
H O H O
H H HO
OH H OH
H
HO OH
OH H
H OH

Glucosa-6-fosfato Fructosa-6-fosfato

6. LIGASAS

Catalizan la unión de dos sustratos con hidrólisis simultánea de un

nucleótido trifosfato (ATP, GTP, etc.):

A-B + XDP + Pi A + B + XTP

La piruvato carboxilasa cataliza la reacción:

piruvato + CO2 + ATP oxaloacetato + ADP + Pi

15
6. Ligasas
Formación de enlaces con ruptura de ATP

6. 1 C-O

6. 2 C-S

6. 3 C-N

6. 4 C-C

EC: 2.7.1.1
Nombre trivial: HEXOQUINASA
Nombre sistemático: ATP D-hexosa-6-fosfotransferasa
Rx Catalizada: Transferencia de un fosfato del ATP a una
hexosa

2: Transferasa
7: fosfotransferasa
1: fosfotransferasa c/ grupo hidroxilo
1: D-glucosa como aceptor del grupo
fosfato

16
Como trabajan las
enzimas ?
Las enzimas bajan la energía de activación de la reacción
catalizada enlazando el sustrato y formando un
complejo enzima-sustrato
Descomposición de peroxido de hidrogeno

Tipo de Reacción ΔE a 20 ºC ΔE a 20 ºC
Kj/mol Kcal/mol
Rx no catalizada 75 18
Rx c/ Platino coloidal 54 13
Rx c/ enzima catalasa 29 7

La catalasa acelera la velocidad de reacción por un factor de 108

17
Energía de Activación
Las enzimas incrementan la velocidad de una reacción, pero no afectan
el equilibrio de la misma.

Estado de Transición +

ΔG+S-> P
Energía Libre, G

ΔG+P->S

S
ΔG+

Coordinada de reacción

Requerimientos de
energía
 Un equilibrio favorable no implica que la conversión
S P es rápida
 Existe una barrera de energía entre S y P que
representa la energía requerida para las
transformaciones requeridas para que ocurra la
reacción, entre ellas:
 Alineación de los grupos reaccionantes
 Formación de cargas de transición
 Rearreglo de enlaces

18
Energía de Activación

La Energía de Estado de Transición +

Activación
(ΔG+) es la
ΔG+S-> P
diferencia de

Energía Libre, G
energía entre
ΔG+P->S
el estado
estacionario
(inicial o final) S ΔG+
y el estado de
transición P

Coordinada de reacción

Energía de Activación

Alta Energía de Reacción Lenta

Activación (ΔG+) Baja Velocidad de Reacción

Aumenta al aumentar T
Aumentan las moléculas con
energía suficiente para traspasar
la barrera de energía
Velocidad
de reacción
Aumenta al disminuir
la Energía de Activación
mediante la adición de un
catalizador

19
Energía de Activación
Una reacción puede tener varios pasos que incluyen la formación y
desaparición de compuestos intermedios

Estado de Transición +

ΔG+Sin sat

Energía Libre, G
S P +
ΔG+cat

S+ E ES S

ES EP
P
EP E+ P
Coordinada de reacción

Algunas definiciones

ESTADO DE TRANSICION
Es un complejo activado formado entre moléculas, que
puede regresar al estado original (no hay reacción) o
reorganizarse internamente para formar nuevos enlaces y
productos

CAMBIO EN LA ENERGÍA LIBRE ESTANDARD (  Gº+):

Es el cambio de la energía libre a una concentración 1M de

los reactantes y a una presión de 1 atm. Es un valor
constante y determina el equilibrio para esa reacción.
Gº+ = -RT ln Keq donde
Keq = [producto]/ [reactantes]

En un proceso espontáneo  Gº es negativa (-)

20
Algunas definiciones

ENERGIA DE ACTIVACION
En la teoría del estado de transición, es la cantidad de
energía libre, G*, necesaria para llevar un mol de moléculas
del sustrato de la mezcla de reacción hasta el estado de
transición, para su conversión a producto .
Se expresa en kJ/mol o kcal/mol (1kJ = 1caloria/4.184)

Ecuaciones…..
SP

[P] Constante de equilibrio bajo condiciones

k 'eq  estándar de T (298 K) y P (1 atm) (pH =7)
[S]

Cambio en la energía libre de Gibbs.a

Go   RT ln k 'eq
condiciones estándar,
R = 8.315 J/mol K y
T= temperatura absoluta (298 K)
v  k [ S] Velocidad de reacción 1er orden (k
v  k [S1 ][S 2 ] en 1/s) y 2do orden (k en 1/M.s)

T  Relacion entre ΔG+ y k, donde  es la

k e G / RT
constante de Boltzman y h la
h constante de Planck

21
 A diferencia de los catalizadores

Especificidad
químicos, las enzimas son altamente
especificas, lo cual permite modificar
selectivamente algunos componentes
individuales del sustrato
sin afectar otros

BAJA La enzima no discrimina entre sustratos, solo se

muestra especifica para el enlace a atacar

DE GRUPO La enzima es especifica para un enlace químico

Tripsina: hidroliza el enlace peptídico en el lado
carboxilo de la arginina y la lisina
ABSOLUTA La enzima ataca un solo sustrato y cataliza solo una
reacción. La mayoría de las enzimas presentan este
tipo de especificidad
ESTEROQUIMICA Las enzimas son esteroespecíficas, pueden
distinguir entre isómeros ópticos o geométricos

CINETICA ENZIMATICA

Comprende el estudio de la velocidad de las

reacciones químicas catalizadas y sus cambios en
respuesta a los cambios en los parámetros
experimentales, así como la interpretación de los
datos en termino de los mecanismos moleculares
posibles.

22
Modelo Llave - cerradura

k1
+
K -1

Enzima Sustrato Complejo Enzima-Sustrato

E + S ES

Modelo Llave - cerradura

Enzima

k1 k2 k3
k -1 k -2 k -3 +
Complejo Complejo
Enzima Sustrato
Enzima-Sustrato Enzima--Producto

Productos
E + S ES EP E + P

23
 Michaelis - Menten
k1 k2
S+E ES S+P
k-1 k-2
Vm

Velocidad de reacción, V
• La Rxn inversa del 2do
paso es despreciable ½ Vm
• El complejo ES y el
equilibrio se establecen
rápidamente.
• Estado cuasi-estacionario

0
k2
0 S = Km Substrate, S
k1
S+E ES S+P
k-1

k1 k2
S + E ES S + P
k -1

E = enzima ES = complejo enzima-sustrato

S = sustrato k1, k-1, k2 , k-2 = Constantes de velocidad
de reacción

Velocidad de d[P] Consumo de

formación de v  k 2 [ES]
dt sustrato, mol/L.s
producto

Velocidad de
d[ES]
variación del  k1[E][S]  k 1[ES]  k 2 [ES]
dt
complejo ES

24
 Asumiendo d[ES]
A condiciones  k1[E][S]  k 1[ES]  k 2 [ES]  0
dt
cuasi-
estacionarias

k1[E][S]  k 1[ES]  k 2 [ES]

k1[E][S]  [ES](k 1  k 2 )

[E][ S] (k 1  k 2 )

[ES] k1

(k 1  k 2 ) Constante de
 Km Michaelis-Menten
k1

[E][ S]
 Km
[ES]

Como la enzima no se
consume, la ecuación de [ E ]  [ Eo ]  [ ES ]
conservación [E] es]

Velocidad de d[P] [Eo][S]

formación de v  k 2 [ES]  k 2
dt Km  [S]
producto

La enzima esta
Vm  k 2 [Eo]
completamente saturada
por el sustrato

k 2 [Eo][S] Vm[S]
v 
Km  [S] Km  [S]

Ecuación de Vm[S]
v
Michaelis - Menten Km  [S]

25
 Asumiendo un equilibrio k1
B S + E ES
rápido entre la enzima y el
sustrato para formar [ES] k -1

La constante de equilibrio k 1 [E][S]

Km'  
Km es] k1 [ES]

Como la enzima no se
consume, la ecuación de [ E ]  [ Eo ]  [ ES ]
conservación [E] es]

[E][S]
[ES] 
Km'
([Eo]  [ES])[S]
[ES] 
Km'
La [ES] se expresa en
[Eo][ S]
función de [S] [ES] 
Km'  [S]

Velocidad de
formación de d[P] [Eo][S]
v  k 2 [ES] y [ES] 
producto dt Km'  [S]

d[P] [Eo][S]
v  k2
dt Km'  [S]

La Velocidad La enzima esta

máxima depende Vm  k 2 [Eo] completamente saturada
de Eo y no de S por el sustrato

Vm [S]
v Km  [S] cuando v  1
2 Vm
Km  [S]

Km  10  5  10  2

Si Km es alto, se requieren grandes cantidades de S para saturar

la enzima, poca afinidad
Si Km es bajo, se requiere poca cantidad de S para saturar la
enzima, alta afinidad

26
 Km para algunas enzimas
Enzima Sustrato Km (mM)

Chymotrypsin Acetyl-L-tryptophanamide 5,000

Lysozyme Hexa-N-acetylglucosamine 6
b-Galactosidase Lactose 4,000
Threonine deaminase Threonine 5,000
Carbonic anhydrase CO2 800
Penicillianase Benzylpenicillin 50
Pyruvate 400
Pyruvate Carboxylase HCO3- 1,000
ATP 50
Arginine 3
Arginine-tRNA synthetase tRNA 0.4
ATP 300
Concentración

Sustrato Producto
Concentración

Producto
[E]
[ES]

[E] Tiempo
[ES]

Tiempo

27
 v puede obtenerse
experimentalmente de la pendiente Determinación
Experimental
de una curva de progreso, es decir de
la gráfica [P] vs t de reacción.

A medida que la reacción transcurre,

la línea se va haciendo curva, ya que
de v
la velocidad de formación de
producto disminuye debido a:

• Disminución de la concentración de
sustrato
• Consumo de producto en la reacción
inversa
• Inhibición de la enzima por el producto
[P]
Se toma como valor de v la pendiente
inicial de la curva de progreso. Se
obtienen valores de vo a diferentes
concentraciones de sustrato y se
grafican vs [S] se obtiene una
hipérbola regular [S]

Ec. de Lineweaver-Burk
1/v (1/μM/min)

Vm [ S ] Km
pendiente 
Ec. Michaelis v  Vm
- Menten Km  [S ]

Tomando el 1 Km  [ S ]

inverso y v Vm [ S ]
separando 1 Km [S ]
los términos  
v Vm [ S ] Vm [ S ]
1
Vm
Ec.
1 Km 1 1
Lineweaver-   1 1/[S] (1/mM)
Burk v Vm [ S ] Vm 
Km

28
Ejemplo 1
v

Km 1

1
Vm [ S ] Vm

[S] V
mol/L  P/ min. 1/[S] 1/[V]

0.002 0.045 500 22.2

0.005 0.115 200 8.6
0.02 0.285 50 3.5
0.04 0.38 25 2.6
0.06 0.46 16.6 2.2
0.08 0.497 12.5 2.0
0.1 0.505 10 1.9
0.12 0.51 8.3 1.9

0.14 0.515 7.14 1.9

0.16 0.517 6.25 1.9

29
LineweaverBurk o la
Representación de Inversos
1 Km 1 1
  
v Vmax S  Vmax
Km/Vmax
1/v

y = aX + b
y = 1/v 1/Vmax
x = 1/[S]
a = Km/Vmax 1/[S]
b = 1/Vmax 1/Km

Tal vez una de las formas más utilizadas,

pero se intenta eliminar ya que oculta los
errores experimentales.

EadieHofstee

v
v  Km  Vmax
S 
Vmax
v

y = aX + b
y=v Km 1/Km
x = v/[S]
a = Km/Vmax
b = Vmaxx
v/[S]

30
HanesWoolf

S  1
 S 
Km
1/Vmax
v Vmax Vmax [S] /v

y = aX + b
y = [S}/v
x = [S] Km/Vmax

a = 1/Vmax
b = Km/Vmaxx [S]
Km

La más recomendada ya que no esconde los errores

experimentales como la de inversos ni los potencia como las
otras, se quedan como lo que son.

CINETICA DE INHIBICION
ENZIMATICA
Un inhibidor es cualquier compuesto que reduce la
velocidad de la reacción enzimática

Una molécula de inhibidor reacciona con la enzima,

con el complejo ES o con ambos, dando lugar a
cambios en el valor aparente de Km y Vmax o los
dos.

La enzima está inhibida

31
Tipos de inhibición

La inhibición Si se retira el inhibidor se

es reversible recupera la actividad catalítica.

Sin embargo, hay inhibidores irreversibles como los metales

pesados (ej. Hg), que al retirar el inhibidor la enzima no vuelve a
ser reactiva.

Si la molécula del inhibidor reacciona con:

E COMPETITIVA

ES ACOMPETITIVA

E y ES NO COMPETITIVA

Inhibición competitiva

Inhibidor y Sustrato compiten por

unirse al Enzima en el mismo sitio de
manera que no se unen a la vez.
1/v

1/S

La recta tendrá la misma V pero la pendiente será más grande porque

Km es mayor, cortará en el mismo punto de ordenadas.
Un inhibidor competitivo es estructuralmente parecido al sustrato .

32
Inhibición No-competitiva

1/v
Km/Vmáx

En este caso da igual unirse al enzima que al complejo enzima -

sustrato, aunque no se transformará igual de bien porque V es diferente.
Cuanto más se parezca el inhibidor al estado de transición del sustrato
más eficaz será el inhibidor. Son inhibidores muy potentes de la actividad
catalítica del enzima

33